Les outils du
chercheur
LARDY Jean-PierreUniversité LYON 1
13 avr. 2023 LARDY JP2
Sommaire
Le chercheur doit :S’informer
Publier
Archiver
Évaluer et se faire évaluer
Gérer son information
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S’informer
S’informer pour explorer un sujet :
état de l’art avant de commencer une thèse ou un nouveau sujet
faire le point pour une publication ou une communication à un congrès
Source d’information les bases de données bibliographiques
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S’informer
Suivre l’actualité scientifique : générale
Source d’information quelques publications peu nombreuses et multidisciplinaires comme La Recherche, Pour la Science, Science, Nature
sur un sujet particulier Source d’information les bases de données. Elles ont maintenant des mises à jour très rapides : quotidiennes et même en temps réel
les serveurs d’archives ouvertes donnent l’accès au texte intégral des articles
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S’informer
Rechercher une information ponctuelle : données numériques propriétés physiques et chimiques techniques réactions chimiques …. Source d’information séries techniques, handbooksEx : CRC Handbook of Chemistry and Physics
Bases de données factuelles DADI http://dadi.univ-lyon1.fr
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S’informer
Savoir ce que font les autres : par l’information informelle
rencontres et discussions aux congrès le collège invisible :
réseau de relations entretenu avec des chercheurs dans d'autres laboratoires
les outils PUSH (l’info arrive sur son poste de travail) :– Les listes de discussion– Les fils RSS des blogs
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S’informer
Faire de la veille pour suivre l’évolution des publications :
on parle d’alertes
Source d’information les bases de données bibliographiques et les collections de e-journaux
NB : il faut obligatoirement s’enregistrer c’est-à-dire avoir un compte (gratuit) pour chaque ressource
Ex SciencDirect : Register or Login--------: Password:------
Pubmed : My NCBI[Sign In] [Register]
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S’informer
Les fonctions d’alerte des bases de données ou des collections de jounaux électroniques permettent de rester averti des dernières informations dans ses domaines de recherche.
Les différents producteurs de ressources électroniques emploient une terminologie variée.
Une alerte de recherche est une demande de recherche programmée pour fonctionner automatiquement à une fréquence choisie et fournir un avertissement par mail des résultats.
De même, une alerte de table des matières de revue est une notification par mail d’une nouvelle édition d’un journal.
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S’informer
alerte sur profil = elle est basée sur un ou plusieurs termes de recherche Ex ScienceDirect Save Search | Save as Search Alert Pubmed : My Saved Searches
alerte basée sur un article particulier = pour être averti – de la citation d’un article– d’une correction quand un erratum est publié
– d’une discussionSD : Save as Citation AlertScience : Alert me when new articles cite this article
recevoir les tables des matières (ToC)SD : Alert me when new Journal Issues are available
Ex : Futuribles http://www.futuribles-revue.com
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S’informer
ticTOCs centralise les sommaires de plus de 12 200 revues scientifiques provenant de 436 éditeurs.http://www.tictocs.ac.uk
MyJournals.org http://www.myjournals.org Accès aux tables des matières de 559 revues
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S’informer
De nouvelles sources d’information sont apparues dernièrement – Google Scholar http://scholar.google.fr– Scirus http://www.scirus.com – OAIster http://www.oaister.org – BASE http://www.base-search.net – In Extenso http://www.in-extenso.org – Scitopia http://www.scitopia.org
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S’informer
Le web évolue : blogs et wikis
Les blogs
Définition : Pages web constituées de textes affichées et archivées automatiquement par ordre ante-chronologique, susceptibles d’être commentées et enrichies de liens externes.
Il existe de nombreux moteurs de recherche spécialisés sur les blogs comme Google recherche de blogs
http://www.google.fr/blogsearch?hl=fr
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S’informer
En français– Blog des bactéries et de l’Evolution http://bacterioblog.over-blog.com
– Climat Sceptique http://www.climat-sceptique.com– Inclassables Mathématique http://beverycool.hautetfort.com– Science, On Blogue! http://blogue.sciencepresse.info– Science pour tous http://science-for-everyone.over-blog.com
En anglais
– Sciencebase http://www.sciencebase.com – Cosmic Variance http://cosmicvariance.com– Panda’s Thumb http://pandasthumb.org– RealClimate http://www.realclimate.org– ScienceBlogs http://scienceblogs.com
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S’informer
Les wikisDéfinition : c’est un site web dynamique permettant à tout individu
d'en modifier les pages à volonté. Il permet de communiquer et diffuser des informations rapidement, et de structurer cette information pour permettre d'y naviguer commodément.
Le meilleur exemple est Wikipedia, l’encyclopédie librehttp://fr.wikipedia.org
Exemples :Proteopediahttp://proteopedia.org Paris 5 http://wiki.univ-paris5.frFluwiki http://www.fluwikie.com
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Publier
S’informer
Publier
Archiver
Évaluer et se faire évaluer
Gérer son information
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Publier
Tout chercheur doit publier pour la reconnaissance de son travail :
C’est le fameux « publish or perish »
La carrière des chercheurs s’appuient sur leurs publications avec toutes les dérives liées à ce principe, en particulier le copier/coller, la surabondance …
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Publier
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Publier
En sciences exactes et
biomédicales, l’article de
périodique est devenu le
média principal de publication,
suivi des communications aux congrès et pour les
doctorants des posters.
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Publier
Diffuser les connaissances scientifiques, c’est– éclairer les décisions des acteurs publics et privés- participer aux débats science/société- développer la culture scientifique et technique et
vulgariser la science en direction du grand public
Production livres, expositions, conférences grand public…
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Publier
Valoriser la recherche en– trouvant des partenaires : société de valorisation
Ex : EZUS à Lyon 1 http://www.ezus-lyon1.fr
– créant son entreprise : incubateur
Ex : Créalys http://www.crealys.com – déposant des brevets Ex : INPI http://www.inpi.fr
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Publier
Les nouveaux moyens de publication
le mouvement Accès Libre
Définition de l’Open Access (OA)
C’est la disponibilité libre de la littérature validée par les pairs l'Internet public, permettant à tout utilisateur de lire, télécharger, copier, distribuer, imprimer, rechercher ou lier le texte des articles.
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Publier Archiver
Deux voies complémentaires :
Open Access : principe d'accès gratuit aux publications scientifiques avec un comité de lecture. Les coûts d’une archive sont négligeables. C'est aussi comme cela qu'on appelle le mouvement, initié à Budapest en 2002 par des scientifiques.
Open Archive : stockage des publications scientifiques par les auteurs ou des médiateurs institutionnels (bibliothèques) sans comité de lecture sur des serveurs fonctionnant avec un logiciel « Open Source » (généralement E-prints), permettant une interopérabilité avec d'autres serveurs et offrant un accès totalement gratuit.
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Publier
De nouveaux acteurs :
Public Library of Science - PLoShttp://www.plos.org
Biomed Central (lancé en 2000, > 200 journaux)
http://www.biomedcentral.com Hindawi
http://www.hindawi.com BioOne
http://www.bioone.org
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Publier
DOAJhttp://www.doaj.orgRépertoire de plus de 3 850 journaux, toutes disciplines
et langues, dont 74 pour la France en 2008 HighWire Presshttp://highwire.stanford.eduPlus de 1 342 000 articles en texte intégral issus de
942 journaux hébergés par HighWire
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Publier
De nouvelles pratiques : on parle de publication hybride
EDP Sciences expérimente différentes formules : période de mise en accès libre - actualités ou archives ; modèles économiques comme par exemple le modèle mixte
pour lequel le choix est laissé à l’auteur de rendre ou non son article disponible gratuitement à l’intérieur d’une revue.
De même on trouve Springer Open Choice, Blackwell Publishing Online Open, Oxford Open (mai 2005)….
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Publier
Les bibliothèques numériques : une bibliothèque numérique est une collection organisée de documents électroniques en accès libre et gratuit sur Internet, associée à une interface permettant la recherche et la consultation de ces documents.
– NUMDAM http://www.numdam.orgnumérisation rétrospective des fonds mathématiques publiés en
France– Persée http://www.persee.frportail de revues scientifiques en sciences humaines et sociales
Bibliothèques numériques en Francehttp://jp.lardy.free.fr/pages/bibnum.html
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Archiver
S’informer
Publier
Archiver
Évaluer et se faire évaluer
Gérer son information
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Archiver
Différents types d’archives :Par discipline : arXiv en physique lancé en 1991 arXiv.org PubMed Central lancé en 1999 http://www.pubmedcentral.org/Par institution : eScholarship - California Digital Library
http://repositories.cdlib.org/escholarship/
En France : HAL http://hal.archives-ouvertes.fr La Cellule MathDoc http://mathdoc.emath.fr
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Réactions des éditeurs
Pour convaincre les chercheurs que les éditeurs commerciaux admettent l’auto-archivage, consultez le site :
The SHERPA/ROMEO listhttp://www.sherpa.ac.uk
plus de 500 éditeurs
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S’informerPublier
Archiver Évaluer et se faire évaluer Gérer son information
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Depuis plus de 40 ans, l’ISI comptabilise les co-citations.
– Journal Citation Reports (JCR) permet la comparaison des périodiques de recherche à partir des citations tirées de plus de 8 400 périodiques de recherche.
Il présente :– le facteur d'impact annuel par revue – l'évolution de l'impact des revues scientifiques – des informations statistiques basées sur des données de
citations – une mesure qualitative des citations entre publications
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Citations
Web of Science est composé de 3 bases interrogeables séparément ou simultanément :
– Arts & Humanities Citation Index – Science Citation Index Expanded – Social Sciences Citation Index
On peut rechercher par référence citée– auteur cité (Cited author)– publication citée (Cited work)
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Il existe d’autres ressources d’évaluation des articles et journaux.
Faculty of 1000, http://www.facultyof1000.com
publié dans BMC, est un ensemble d'articles sélectionnés en sciences biologiques.
Le classement est effectué par plus de 1000 chercheurs.
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Des bases de données récentes proposent aussi les co-citations voir http://urfist.univ-lyon1.fr/cocitations.html
ex ScienceDirect :http://www.sciencedirect.compub-date > 1994 and pub-date < 2005 and TITLE-ABSTR-KEY(vioxx) and
TITLE-ABSTR-KEY(cardio!)
11 Articles Found That Cited: Risk of cardiovascular events and rofecoxib: cumulative meta-
analysisThe Lancet, Volume 364, Issue 9450, 4 December 2004-10 December 2004, Pages 2021-2029
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Scholar Google
On retrouve le même article :Risk of cardiovascular events and rofecoxib
: cumulative meta-analysisP Jueni, L Nartey, S Reichenbach, R Sterchi, PA … - Lancet, 2004 - Peter Jüni, Linda Nartey, Stephan ... Cited by 49 -
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HighWire : certaines références donnent le lien
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Évaluer et se faire évaluer
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13 avr. 2023 LARDY JP38
Gérer l’information
Un logiciel de gestion de bibliographie permet :
La saisie et l’importation automatique de références La gestion de la base de références L’interrogation de la base de données La liaison entre un document de traitement de texte
et la base de données La génération de bibliographie selon le style
demandé par la publication
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Gérer l’information
Il existe des solutions commerciales : EndNote est le plus connu http://www.endnote.com
RefWorks de CSA est disponible en lignehttp://www.refworks.com
Mais aussi des solutions Open source gratuites : Zotero plugin de Firefox http://www.zotero.org Bibus multi-plateforme http://bibus-biblio.sourceforge.net
Wikindx en ligne http://wikindx.sourceforge.net
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