Lesaddictionsoncogéniques:dudiagnosticausuivi
Michèle Beau-Faller Laboratoire de Biochimie et de Biologie Moléculaire Plate-forme de Génomique Moléculaire des Cancers d’Alsace (PGMCA) Unité INSERM U1113, groupe « Stress cellulaire et innovations thérapeutiques » CHU Strasbourg
10octobre2018–CoursduGOLF2018-Paris
L’addictiononcogénique
Ø L’identificationd’undriveroncogéniquefaitpartiedesélémentsdécisionnels,enplusdustade,dutypehistologique,duPS,desco-morbidités
Sharma SV, Nat Rev Cancer 2007
Dudiagnostic…ausuivi
Ferrara R, JTO 2017
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoïdedestadelocalementavancéoumétastatique
4,2 0,3
31,7
3,51,7
56,8
0,2
1,6
33,2
3,19,6
1,89,73,6
3,8
35,2
ÉtudeBIOMARQUEURSFrance
* Incluant les 2 664 cas avec données cliniques totalement disponibles au moment de l’analyse.
EGFR actif
EGFR résistant
KRAS
BRAF
ALK
PI3K
HER
Inconnu
Fumeurs Non-fumeurs
BIOMARQUEURS en fonction du tabagisme (n = 9 911*)
Barlesi F, ASCO 2013 - Lancet 2016
Hata AN, Nat Med 2016
Audiagnostic Suivi-1 Suivi-2
Dudiagnostic…ausuivi
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
cMETΔ14,HER2,,KRAS
RecherchedetranslocationsALK,ROS1
RET,NRG1,NTRKAudiagnostic
Alaprogression
Alaprogression
ITKEGFR1ère/2èmegénération
ITKEGFR3èmegénération
ITKALK1ère/2ème/3èmegénération
LesprélèvementsTissustumoraux
• Biopsies- Quantité
- Diagnostichistologiqueminimal- Réaliserd’embléeleslamesblanches- Garderunback-up
- Qualité- Typedefixateur- Duréedefixation
- Cellularitétumorale- Re-biopsies
• Cytologies
– Liquidepleural,lavagebronchique/LBA,liquidecéphalo-rachidien,liquideEBUS– Surnageantsdeliquides
LesprélèvementsBiopsiesliquides
• CellulesTumoralesCirculantesouADNtumoralcirculant
• ADNtc:Importancedupré-analytique
– Quantité:aumoins4mldeplasmafinal– Qualité
• TubesEDTA<4heures• TubesDNABCT®(Streck),cell-freeDNAcollectiontubes®(Roche),PAXgeneBloodcfDNATube®
(Qiagen)
– Doublecentrifugation
Type d’analyse
Avantages Inconvénients
CTC
Visualisation directe du phénotype malin Immunocytochimie FISH
Quantité très faible Fragilité des cellules Sensibilité < 40% Faux négatifs
ADNtc
Sensibilité 36-100% Analyse des mutations Monitoring moléculaire
Pré-analytique Hétérogénéité Recherche des translocations non validée Faux négatifs
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
AudiagnosticRecherchedemutationsd’oncogènesdrivers
EGFR,BRAFcMETΔ14,HER2,,KRAS
Lesmutations
Devarakonda S, Lancet Oncol 2015
Lesmutations
• Driver:directementliéesàl’activationd’unevoiedesignalisationdontlacelluledépendpoursasurvie
• «Passagères»:
– soitmodulateursnonessentielsduprocessustumoral– soitconséquencesdel’instabilitégénétique,sansimpactfonctionnel
• Lespolymorphismes(SNP,SingleNucleotidePolymorphism):modificationsprésenteschezungrandnombred’individusnormaux
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Audiagnostic
Devaronka S, Lancet Oncol 2015
transition
transversion
Ø Nonmuté/wildtypeØ LestypesdemutationsØ Lescompte-rendus
Faux-sens Non-sens
UAA,UAG,UGA
Frameshiftmutation
Indel,inframemutation
Truncatingmutation
Mutationdesited’épissageexonskipping
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
cMETΔ14,HER2,,KRAS
x3
nonx3KRAS,TP53,LKB1,NF1
EGFR,RB1,PI3KCA,ERBB2
Lesoncogènesdriverslesmutations
• Sanger• Techniquesciblées
Techniques Advantage Disadvantage
Sanger « Gold standard » Complete Bad sensitivity (20%) Time consuming « Cost » if lot of exons
Techniques sans a priori
HRM Complete
Sensitivity
Techniques avec a priori = Techniques ciblées
Pyrosequencing Allele-specific amplification Snap-shot Fragment analysis
Quickly Best sensitivity
No complete Cost
Lesoncogènesdriverslesmutations
• LaPCRdigitale
(dropletDPCR,ddPCR)
Lesoncogènesdriverslesmutations
Ø Abondancefractionnelle: 5% 0,05%
• LaPCRdigitale
- Mutations
- Amplifications
Lesoncogènesdriverslesmutations
• LeNGS-cibléWGS WES
LeNGS-ciblé
D’après Meyerson M, Nat Rev Genetics 2010
Profon
deur
Couverture
VAF(fréquenceallélique)=nombredereadsmutésnombretotaldereads
Panels
Trusighttumor®(26genes)Ampliseqcolon-lung®(22)PanelINCa(26)…/…
Lesmutations:ciblablesounon
Oncogènesdriversvalidés
Oncogènesdriverspotentiels
Oncogènesnondrivers
Lesoncogènesdriverslesmutations
Lesoncogènesdriverslesmutations• LeNGS:résultats
n=214,stadesprécocesopérésPanelNGSTruseq®48gènes
Labbé C, Lung Cancer 2018
Lesoncogènesdriverslesmutations
• LeNGS:problématiques– Oncogènesdrivers/potentiels/nondrivers?– Variantsrares?– Mutationsadditionnellesauxdrivers?– Quellevaleurajoutée?– Délaiderendu??– Coût…
Lesoncogènesdriverslesmutations
Techniques Sensibilité Tissu
ADNtc
ADNtc
Spectrométriedemasse,MassArray®
0,1-1%
TissutumoralADNtc
TissutumoralADNtc(Nombrerestreintdecibles)
TissutumoralADNtc(Nombrerestreintdecibles)
TissutumoralADNtc(Nombrerestreintdecibles)
Lesoncogènesdriverslesmutations-ADNtc
Rolfo C, JTO 2018
- Mutationsactivatricesdel’EGFR
- Techniques:- qPCR,Cobas®- dPCR(ddPCR,BEAMing)- NGS(sinombredecopiessuffisant)
- Sensibilité:62-93%- Spécificité:90-97%
Sitestnégatif- Biopsietissulaire- Refairebiopsieliquide
Lesoncogènesdriverslesmutations
MutationsEGFR:communes,rares,complexes
• Récepteurmembranaireàactivitétyrosine-kinase• 28exons
Sharma SV, Nature Rev 2007
COSMIC data base: http://www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic/MyCancerGenome: https://www.mycancergenome.org/ …/…
MutationsEGFR:communes,rares,complexes
• BiomarqueurFrance• 848patientsmutésEGFR(11%)
Leduc C, Ann Oncol 2017
Exon18 Exon19
Exon20 Exon21
Exon19,del
MutationsEGFR:communes,rares,complexes
Leduc C, Ann Oncol 2017
LesoncogènesdriverslesmutationsEGFR• LaPCRdigitale:quiddessous-clonesmutés?• ExempledelamutationT790M
EtudeancillaireBiomarqueurFranceBeau-Faller M, soumis
LesoncogènesdriverslesmutationsEGFR• ApportduNGS
PFS OS
n=17,stadesavancés,EGFRmTraitéspargefitinibPanelNGSColonLung®22gènes
Absencedemutationadditionnelle+VAFEGFR>0,36présencedemutationadditionnelle+VAFEGFR<0,36
Bria E, Oncotarget 2015
LesoncogènesdriverslesmutationsEGFRettransformationhistologique
Lecloneinducteurestprésentaudiagnostic
– mutationRB1– mutationTP53
Lee JK, JCO 2017
• ApportduNGS/WES(n=9)
n=75,immunohistochimie,82%versus3%
• PhaseIV,gefinitib(n=1060)
LesoncogènesdriverslesmutationsEGFRetbiopsiesliquides-ctDNA
ü Extensiond’AMMpourgefitinib(EMEA)
ü Extensiond’AMMpourgefitinibavectestCobas®(FDA)
Douillard JTO 2014
LesoncogènesdriverslesmutationsEGFRetbiopsiesliquides-ctDNA
- Pronosticquandmutationestdétectéeuniquementdansleplasma(n=18)- Possibilitéde
- Répéterlesbiopsiesliquides- Demonitoring:àlaprogression,mutationEGFRactivatrice(56,2%)etT790M(31%)
Mayo-De-Las-Casas C, Ann Oncol 2017
PFSm11moisORR72%
n=1138
Diagnosticn=1033
Progressionn=105
EGFRm11%
LesoncogènesdriverslesmutationsEGFRetbiopsiesliquides-ctDNA
Karachaliou N, JAMA Oncol 2015
• MutationsautresqueV600,exons15et11– Augmententl’activitékinase– OUdéficiencedel’activitékinase:activationERK
viaCRAF– Quellevaleurprédictive?– ACSévémurafenib:étudeinsilicopourles
mutationsdansledomaineTK,quinesontpasdespolymorphismes,mutationsfaux-sensoudelinsenphase:absencederéponsepourlesmutationsnon-V600
Noeparast A, Oncotarget 2017; Baik CS, The Oncologist 2017;L Mazières J, WLCL 2018
Planchard D, Lancet Oncol 2016, 2017; Caprarica R, CROH 2016
V600XD594XG466V
G469X
BRAFnonV600
LesoncogènesdriverslesmutationsBRAF
Arcila ME, CCR 2012; Connel ME, ESMO Open 2017; Gow CH, GCC 2017
• 27exons• Mutationsrécurrentes:insertions/duplicationsexon20(3-12pb)
p.A775_G776insYVMA:80%• Quiddessubstitutions?Indel?• Autresexons(exon19,exon21)?
LesoncogènesdriversHER2
• MutationΔ14– Exclusivedesmutationsd’EGFRetKRAS– PanelNGSciblémodifiéet/ouautrestechniques
• Autresmutations– Impactfonctionnelresteàvalider
Frampton, Cancer Discov 2015; Cortot A, JNCI 2017
LesoncogènesdriversMutationMET,Δ14
Lesoncogènesdrivers-exclusivitédesmutations
EtudeancillaireBiomarqueurFranceGuibert N, JTO 2017
162(0,9%)patientsavecdoubleoutriplealtération
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
HER2,cMETd14,KRAS
BiopsietissulaireTechniquecibléeNGScibléSinonréalisable/informatif:
biopsieliquide
Audiagnostic
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
HER2,cMETd14,KRAS
RecherchedetranslocationsALK,ROS1
RET,NRG1,NTRK
BiopsietissulaireTechniquecibléeNGScibléSinonréalisable/informatif:
biopsieliquide
Audiagnostic
Lesoncogènesdriverslestranslocations
Lesoncogènesdriverslestranslocations
• IHC(ALK,ROS1)• FISH(ROS1,RET,NRG1)
• NGS
– TechnologieARN/ADN– Panels:InVisionFirst®,FoundationOne®,TrusightRNAFusionpanel®,AmpliSeqfusionpanel®,SolidTumor®,OncomineFocusAssayRNApanel®,HumanLungCancerpanel®,…
Contrôlepositif
Echantillon
Contrôlenégatif
Sondebreak-apartALK
• RT-PCR
Lesoncogènesdriverslestranslocations-biopsieliquide
• Cellulestumoralescirculantes–(• Plasma
InVisionFirst™Fusioncoverage Gene IntronsandExonscoveredEML4 Intron5toExon7,Intron12toExon14,Intron19toExon21ALK Exon19toIntron21ROS1 Intron31toExon34SLC34A2 Exon4toIntron4andintron12into3’UTRSDC4 Exon2toIntron2andExon4toIntron4CD74 Exon6toIntron6EZR Exon10tointronI10
Plagnol V, PLOSone2018
Lesoncogènesdriverslestranslocations-biopsieliquide
McCoach CE, CCR 2018
NGS-Guardant360®
• Beaucoupmoinsdedonnéesdisponiblesquepourlesmutationsd’EGFR
• Manquedecohortesprospectives• Quelletechnique?
– PaslaqPCR– ddPCR– NGS
Lesoncogènesdriverslestranslocations-biopsieliquide
• 2p23• Donnéescliniques:5%
– Petitfumeurounon-fumeur– Âgejeune– adénocarcinome
Ou SH, the Oncologist 2012
LesoncogènesdriverslestranslocationsALK
• Valeurprédictiveaucrizotinibdesdifférentsvariantsdefusion??
n=35RT-PCR
Yoshida T, JCO 2016
LesoncogènesdriverslestranslocationsALK
• Valeurprédictiveaucrizotinibdesdifférentsvariantsdefusion??
n=35RT-PCR
Yoshida T, JCO 2016
HétérogénéitéderéponseauxITKALKAutrespartenairesdefusionqueEML4
Variantsd’EML4v1versusnon-v1:pasderationnelbiologiqueAltérationsgénomiquesconcomittantes
Etuderétrospective,faiblenContradictoireavec2autresétudes
QuellevaleurpourdesinhibiteursdeALKde2ème/3èmegénération
LesoncogènesdriverslestranslocationsALK
• Valeurprédictivenégativedesvariants3a/b(crizotinib,ceritinib,alectinib)
LesoncogènesdriverslestranslocationsALK
Woo CG, Ann Oncol 2017
RT-PCR
TranslocationsROS1
• Chromosome6q22• Donnéescliniques:1-2%
(CBNPC)à3%(Adk)• Partenairesdefusion
Davies KD, CCR 2013; Lin JJ, JTO 2017
TranslocationsROS1
• EfficacitéducrizotinibenfonctiondesvariantsdeROS1?(n=49)
Li Z, JTO 2018
n=49RT-PCR
Exclusivitédestranslocationsavecmutationsdrivers?
• Concomitancerare• TranslocationALK+mutationsEGFR:0-8%• TranslocationROS1+mutations:trèsrare?3-30%…
– Résistanceprimaireaucrizotinib?
n=62FoundationOne®,SmartGenomics,LUNGSEQ-Techniquesciblées
Lin J, JTO 2017
Wiesweg M, JTO2017
n=25 9**(36%)
EGFR 6
KRAS 2
PI3KCA 1
BRAFV600E 1 Sanger,panelIllumina15gènes
**5/9aveccut-offà15(FISH):13%
Exclusivitédestranslocationsentreelles?
• Concomitancetrèsrare• TranslocationALK-ROS1:cascliniques
– 3casdetranslocationALK-ROS1– Efficacitéducrizotinib!
Zhu YC, Thoracic Cancer 2018
AdénocarcinomepapillaireIHCALK-,IHCROS1+
AnalyseNGS
EML4-ALK(VAF0,92%)
TPM3-ROS1(VAF25,53%)
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
HER2,cMETd14,KRAS
RecherchedetranslocationsALK,ROS1
RET,NRG1,NTRK
BiopsietissulaireTechniquecibléeNGScibléSinonréalisable/informatif:
biopsieliquide
Biopsietissulaire IHCFISHRT-PCRNGSciblé
Audiagnostic
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
HER2,cMETd14,KRAS
RecherchedetranslocationsALK,ROS1
RET,NRG1,NTRK
BiopsietissulaireTechniquecibléeNGScibléSinonréalisable/informatif:
biopsieliquide
Biopsietissulaire IHCFISHRT-PCRNGSciblé
Audiagnostic
Alaprogression
ITKEGFR1ère/2èmegénération
FréquencedesmécanismesderésistanceacquiseauxITK-EGFRdesCBNPCmutésEGFR
D’après Ohashi K, JCO 2013 > 60% ont une cause identifiée
Mutation de résistance d'EGFR, 50%
T790M
(autres 5%)
Amplification de MET, 5%
Mutation de PIK3CA, 5%
Mutation de BRAF, 1%
Transformation CBPC, 5-10%
Non établi, 30-40%
Activation autres ERBB Transition épithélio-mésenchymateuse (activation AXL, Slug …) Amplification ERK, CRKL, … Translocation RET ...
Amplification EGFR 8%
HGF 60%?
Modification de la cible
By-pass
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR1/2GBiopsiesliquides–EGFRm-monitoring
Mok T, CCR 2015
- Concordancetissu/plasma:88%- Sensibilitéplasma:75%- Spécificitéplasma:96%
-Patientssouserlotinib:lapersistancedelamutationactivatriceà3moisestunfacteurdemauvaispronostic
EtudeFASTACT-2PhaseIIIerlotinibséquentielCobas®
Modificationtumeurprimitiveousitesmétastatiques
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR1/2GBiopsiesliquides-T790M
Rolfo C, JTO2018
- 45%despatientsontunemutationT790MdétectableAVANTlaprogressionclinique
- Sirésultatnégatif:*répéterletest*techniqueplussensible
*biopsietissu
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR1/2GBiopsiesliquides-T790M
Rolfo C, JTO2018
- 45%despatientsontunemutationT790Mdétectableavantlaprogressionclinique
- Sirésultatnégatif:*répéterletest*techniqueplussensible
*biopsietissu
UntestplasmatiqueT790Mnégatifad’autantplusdevaleurquelamutationactivatricedel’EGFRestdétectée
Mais
FréquencealléliquedelaT790Mplusfaiblequelapourlamutationactivatriceinitiale
• AURA,PhaseI,(n=216)
• Osimertinib>L1• TumeurETplasma
StatutàlaprogressionsousITK1G
• Techniques:BEAMingdPCR<Cobas®ouddPCR
• T790Metdétectiondansleplasma– Sensibilité70%– 31%dedétection
plasmaseul
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR1/2GT790M
Oxnard GR, JCO 2016
• PhaseI,AURA(n=216)
Oxnard GR, JCO 2016
T790M PFSm(mois)
Plasma 9,7
Tumeur 9,7
Tumeurseule 16,5
Tumeuretplasma 9,3
Négatiftumeuretplasma
2,8
PlasmaT790M-
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR1/2GT790M
• La«clearance»desmutations(del19/L858R,T790M)dansleplasmaà6semainessousosimertinibestcorréléeàunemeilleureréponseetunmeilleurpronostic->monitoringplasmatique
PlasmaT790M+
Thress KS, JCO 2017
TumorT790M PlasmaT790M
• 5patientsavecrésistanceprimaireàosimertinib• TransformationCBPC• Analyseplasmatiqueavanttraitement
– FaibleratioT790M/mutationactivatrice– T790Mnégativeavectechniquecibléeclassique/T790MpositiveavecddPCR
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR1ère/2èmegénération
Minari R, LC 2018
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR1ère/2èmegénération
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
HER2,cMETd14,KRAS
RecherchedetranslocationsALK,ROS1
RET,NRG1,NTRK
BiopsietissulaireTechniquecibléeNGScibléSinonréalisable/informatif:
biopsieliquide
Biopsietissulaire IHCFISHRT-PCRNGSciblé
RecherchedemutationderésistanceEGFR,T790M
Biopsieliquide
Sinégatif:biopsietissulaireRépéterbiopsieliquide
TechniquecibléePCRdigitale
Histologie
Audiagnostic
Alaprogression
ITKEGFR1ère/2èmegénération
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
HER2,cMETd14,KRAS
RecherchedetranslocationsALK,ROS1
RET,NRG1,NTRK
BiopsietissulaireTechniquecibléeNGScibléSinonréalisable/informatif:
biopsieliquide
Biopsietissulaire IHCFISHRT-PCRNGSciblé
RecherchedemutationderésistanceEGFR,T790M
Biopsieliquide
Sinégatif:biopsietissulaireRépéterbiopsieliquide
TechniquecibléePCRdigitale
Histologie
Audiagnostic
Alaprogression
Alaprogression
ITKEGFR1ère/2èmegénération
ITKEGFR3èmegénération
Minari R, Transl Lung Cancer Res 2016
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR3èmegénération
PerteT790MMutationC797SAmplificationMET
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR3èmegénération
Résistancedépendanteounond’EGFR
- RéactivationvoieEGFR- MutationC797S
- Voiesalternatives- FaibledépendanceEGFR
Piotrowska Z, ASCO 2017, A 9020, actualisé
TranslocationsROS1,RET
• AURA,phaseI,II• Osimertinib>L1
• Al’instaurationdel’osimertinib,T790Mpositifdanstumeurouplasma(n=53)
– Plasmanégatif(n=13)– Plasmapositif,mutationEGFR
activatrice(n=40)• +T790M(n=34)
• Etudedemonitoringsousosimertinib,àlarésistancesousosimertinib(n=40)
– Modificationduprofilplasma(n=19)
• Suivipost-progression
Lin CC, Lancet Respir Med 2017
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR1/2GT790M-monitoring
DifférentsprofilsdemutationEGFRactivatrice,T790M&C797Sdansplasma
Lin CC, Lancet Respir Med 2017
Aucunemutationn=13
• AURA,phaseI,II(n=53)• Osimertinib>L1• mFS11mois,mOS16,9mois• Statutavanttraitement• Laprésencedemutations
dansleplasmaestdemauvaispronostic
Mutationactivatricen=40Dontn=34(85%)avecT790M
PFS
OS
Post-progression
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR1/2GT790M-monitoring
Lin CC, Lancet Respir Med 2017
• AURA,phaseI,II(n=53)• Osimertinib>L1• Statutàlaprogressionsous
osimertinib
• LapertedelamutationT790Mestdemauvaispronostic
• Laprésencedemutationactivatriceestmauvaispronostic
• LamutationC797Sestdebonpronostic
PertedeT790Metprésencemutationactivatricen=11(A)
Absencedemutationn=12(B)
Présencedemutationsn=12(C)
PFS
OS
Post-progression
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR1/2GT790M-monitoring
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR3èmegénérationPertedelaT790M
Ichihara E, Cancer Discovery 2015
• AURA,phaseI,II(n=53)• Osimertinib>L1• 22tumeursanalyséesàla
progression
– PerteT790M50%– C797S17%(T790M+)
– QuelquesoitlestatutT790M
• AmplificationcMET50%• BRAF8%
Lin CC, Lancet Respir Med 2017
Résistancehétérogène
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR3èmegénération
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR3G
Le X, CCR 2018
• Osimertinibn=118• L1(n=6)et>L1
MécanismesEGFRindépendants
50% 50%
C797/L792(26%)
AmplificationcMET(14%)
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR3G
Le X, CCR 2018
• Osimertinibn=118• L1(n=6)et>L1• Poursuitedel’osimertinibà
progressionontunmeilleurpronostic
• Analysemoléculaireàprogressionn=42
Facteursdemauvaispronostic– Altérationsdegènesducycle
cellulaire(amplificationCDK4/6,pertedeCDKN2A)
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR3èmegénération
T790M+
Erlotinib
Mutation EGFR
T790M+
Osimertinib T790M+ plus C797S
T790M+ plus mécanisme de
résistance non connu
T790M- plus mécanisme de
résistance non connu “Perte de T790M”
= EGFR T790M
= EGFR C797S
= Mécanisme de résistance lié à l’activation de voies d’aval ou de voies complémentaires
Amplification cMET Amplification HER2, BRAF V600E
Janne P, ASCO 2016, A9000-9001
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR3èmegénération
• MutationEGFRC797S(exon20)dansplasma• 22%desrésistancessecondairesàl’osimertiniben2èmeligne(n=15)
– Encisoutrans
• MutationEGFRC797Saprèsosimertiniben1èreligne,sansT790M->
monitoringplasmatique
Thress KS, Nat Med 2015
Cis Trans
->intérêtdumonitoringplasma
RésistancesauxinhibiteursdeT790Mdépendantesd’EGFRMutation«tertiaire»C797S:30-40%Valeurprédictive?
Nierderst MU, CCR 2015
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR3èmegénération
• PasdeconsensusactuellementsurlarecherchedebiomarqueurlorsdelaprogressionsousITK-EGFR3G
• C797Sentrans:triplesmutantsEGFRm/T790M/C797S• DisparitiondelaT790M• Translocations• Transformationhistologique• Quiddesprofilsderésistanceen1èreligne?
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKEGFR3èmegénération
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
HER2,cMETd14,KRAS
RecherchedetranslocationsALK,ROS1
RET,NRG1,NTRK
BiopsietissulaireTechniquecibléeNGScibléSinonréalisable/informatif:
biopsieliquide
Biopsietissulaire IHCFISHRT-PCRNGSciblé
RecherchedemutationderésistanceEGFR,T790M
Biopsieliquide
Sinégatif:biopsietissulaireRépéterbiopsieliquide
TechniquecibléePCRdigitale
Histologie
RecherchedemutationderésistanceEGFR:C797S,L718Q,L844V…PertedelamutationEGFRT790M
Biopsieliquide
Sinégatif:biopsietissulaireRépéterbiopsieliquide
TechniquecibléePCRdigitaleNGSciblé
Histologie
Audiagnostic
Alaprogression
Alaprogression
ITKEGFR1ère/2èmegénération
ITKEGFR3èmegénération
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
HER2,cMETd14,KRAS
RecherchedetranslocationsALK,ROS1
RET,NRG1,NTRK
BiopsietissulaireTechniquecibléeNGScibléSinonréalisable/informatif:
biopsieliquide
Biopsietissulaire IHCFISHRT-PCRNGSciblé
Audiagnostic
Alaprogression
ITKALK1ère/2ème/3èmegénération
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1er/2èmegénération
• Dépendantsounond’ALK• Conservationounondelatranslocation
D’après Doebele RC, CCR 2012
Emergenced’un2èmedriver Emergenced’unautredriver
ALKtr
Autreoncogène
2èmedriver
Modification de la cible
D’après Doebele RC, CCR 2012
By-pass
Mutations d'ALK, 28%
Mutations d'ALK, amplification d'ALK,
9%
Amplification d'ALK, 9% Mutation KRAS,
ALK +, 9%
Mutation KRAS, ALK -, 9%
Mutation EGFR, ALK - 9%
Inconnu, ALK -, 9%
Inconnu, ALK +, 18%
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1ère/2èmegénération
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1ère/2èmegénération
• Lesmutationsd’ALK– Fréquentes:20à>50%– DomaineTK:exons20-28– Nonrécurrentes
Qiao H, Cancer Discoevery 2016 Puig de la Bellacasa R, TLCR 2013
%detumeursavecunemutationdudomaineTKd’ALK
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1ère/2èmegénération
• Lesmutationsd’ALK– QuellevaleurprédictiveauxITK-ALK?
Gainor JF, Cancer Discovery 2016 Puig de la Bellacasa R, TLCR 2013
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK3èmegénération
Yoda S, Cancer Discovery 2018
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK3èmegénération
• Mutationsd’ALK– Fréquentes:30-50%– Doublevoiretriple
mutationsd’ALK• Mécanisme
d’accumulationdesmutations
– !Pertedemutations
Yoda S, Cancer Discovery 2018
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK3èmegénération
• DoublemutationC1156Y/I1198Fsurlemêmeallèle
• Réponseàunre-challenge
parcrizotinib
Shaw A, NEJM 2016
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK3èmegénération
Shaw A, NEJM 2016
C1156Y C1156Y
C1156Y-L1198F C1156Y-
L1198F
Crizotinib
Crizotinib
Lorlatinib
Lorlatinib
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK3èmegénération
Yoda S, Cancer Discovery 2018
• Mutationsassociées:TP53,MAP3K,NRAS n=20
NGScibléFoundationOne®MutationsALK35%
• Impactdesvariantsd’ALKsurlesmécanismesderésistance
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1er/2ème/3èmegénération
Lin JJ, JCO 2018
n=129 n=77
• Impactdesvariantsd’ALKsurlesmécanismesderésistance
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1er/2ème/3èmegénération
Lin JJ, JCO 2018
n=129
crizotinib
• Impactdesvariantsd’ALKsurlesmécanismesderésistance
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1er/2ème/3èmegénération
Lin JJ, JCO 2018
n=129
crizotinib ITL-ALK2G
• Impactdesvariantsd’ALKsurlesmécanismesderésistance
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1er/2ème/3èmegénération
Lin JJ, JCO 2018
n=129
crizotinib ITK-ALK2G lorlatinib
ValeurprédictiveduvariantEML4v3?
• SuividesmutationsALKdansleplasma
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1er/2ème/3èmegénération
MrCoachCE,CCR2018
NGS-360Barcodingmoléculaire
• SuividesmutationsALKdansleplasma
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1er/2ème/3èmegénération
Rolfo R, JTO 2018
- Détectiondesmutationsprécèdentlaprogressionclinique- IntérêtduNGS- Pasderecommandationactuelleenpratiqueclinique- Nepasoublierletissu
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1er/2ème/3èmegénération
CombinaisondemécanismesTransformationphénotypique+mutationd’ALKG1202R• CBNPCavectranslocationALK• Progressionaprèsceritinibpuisalectinib• DétectionG1202R(ALK)dansplasma• Traitementparlorlatinib• Réponsecérébrale,disparitiondelaG1202Rdansplasmademanièrerécurrente• Épanchementpéricardique:
– CBPC,ALK+– NGS:
• nouvellesmutationsmutationRb(C706Y)etTP53
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKALK1er/2ème/3èmegénération
Ignatius SH, LC 2017
CBPC IHCALK+(D5F3)200x 200x
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
HER2,cMETd14,KRAS
RecherchedetranslocationsALK,ROS1
RET,NRG1,NTRK
BiopsietissulaireTechniquecibléeNGScibléSinonréalisable/informatif:
biopsieliquide
Biopsietissulaire IHCFISHRT-PCRNGSciblé
RecherchedemutationsderésistanceALK,I1171T/N/S,F1174L/C,L1196M,G1202R…
Biopsietissulaireouliquide NGSciblé
Audiagnostic
Alaprogression
ITKALK1ère/2ème/3èmegénération
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKROS11èregénération
• Moinsdedonnéesmoléculairesconnues• MutationsdeROS1:G2032R
– chezplusde50%despatients– nonrécurrentes
• Persistancedelatranslocationàlarésistance• Pasd’amplificationdeROS1
• Activationdevoiesdesignalisationalternatives– Mutationsd’autresgènes:TP53,KIT,
PI3KCA,BRAF,PI3KCA
Gainor JF, JCO Precis Oncol 2017; Xu CW, Thoracic Cancer 2018; Mormille R, JTO 2017; Dziadziusko R, JTO 2016
n=16
+transformationhistologique:transitionépithélio-mésenchymateuse
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKROS11èregénération
Lin JJ, JTO 2017
LesoncogènesdriversàlaprogressionITKROS11èregénération
PatientavecCBNPCdetypenonépidermoidedestadelocalementavancéoumétastatique
Recherchedemutationsd’oncogènesdriversEGFR,BRAF
HER2,cMETd14,KRAS
RecherchedetranslocationsALK,ROS1
RET,NRG1,NTRK
BiopsietissulaireTechniquecibléeNGScibléSinonréalisable/informatif:
biopsieliquide
Biopsietissulaire IHCFISHRT-PCRNGSciblé
RecherchedemutationderésistanceEGFR,T790M
Biopsieliquide
Sinégatif:biopsietissulaireRépéterbiopsieliquide
TechniquecibléePCRdigitale
RecherchedemutationsderésistanceALK,I1171T/N/S,F1174L/C,L1196M,G1202R…
Histologie
Biopsietissulaireouliquide NGSciblé
RecherchedemutationderésistanceEGFR:C797S,L718Q,L844V…PertedelamutationEGFRT790M
Biopsieliquide
Sinégatif:biopsietissulaireRépéterbiopsieliquide
TechniquecibléePCRdigitaleNGSciblé
Histologie
Audiagnostic
Alaprogression
Alaprogression
ITKEGFR1ère/2èmegénération
ITKEGFR3èmegénération
ITKALK1ère/2ème/3èmegénération
Conclusion• Audiagnostic
– Analysemoléculairemaisquellesvaleursajoutéesdesnouvellestechniques?
– Délairendu– Biopsiesliquides+
Conclusion• Audiagnostic
– Analysemoléculairemaisquellesvaleursajoutéesdesnouvellestechniques?
– Délairendu– Biopsiesliquides+
• Ausuivi:monitoringviabiopsiesliquides+++– EGFRT790Msolide/liquide– Anticipationdesrésistances?– Quellesaltérationsmoléculairesrechercheràlarésistanceetqu’en
faire?– Suivides«niches»etdroguesdenouvellesgénérations;L1?
Conclusion• Audiagnostic
– Analysemoléculairemaisquellesvaleursajoutéesdesnouvellestechniques?
– Délairendu– Biopsiesliquides+
• Ausuivi:monitoringviabiopsiesliquides+++– EGFRT790Msolide/liquide– Anticipationdesrésistances?– Quellesaltérationsmoléculairesrechercheràlarésistanceetqu’en
faire?– Suivides«niches»etdroguesdenouvellesgénérations;L1?
• Biologieenavancesurlaclinique
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