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Page 1: Le laboratoire d'hier … à demain

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SSoommmmaaiirree Mots clés: automatisation, évolution, anciennes méthodes, entérobactéries, hémocultures Les techniciens en analyses biomédicales jouent un rôle essentiel dans le diagnostic et le traitement de certaines maladies. J’ai décidé d’effectuer ce travail pour mieux connaître ce métier, son histoire et ce à quoi il pourrait ressembler dans les années à venir. Pour cela, j’ai choisi une technique en bactériologie: la détection et l’identification d’entérobactéries dans les hémocultures. Mon but est de montrer les changements de ces 30 dernières années et quelques exemples de ceux prévus dans les 10 prochaines années. Grâce aux interviews de quatre technicien(ne)s en analyses biomédicales et du médecin chef de l’Institut de Microbiologie, j’ai analysé ces données sous plusieurs angles:

La description des anciennes et actuelles techniques dans les faits.

La comparaison de celles-ci, leurs avantages et inconvénients.

La description des changements possibles dans le futur.

Le ressenti des techniciens et du médecin chef par rapport au « laboratoire du futur ».

AAbbssttrraacctt Key words: automation, evolution, old methods, enterobacteria, blood cultures The technicians in biomedical analysis play an essential role in the diagnosis and treatment of some diseases. I decided to do this work to get to know this job, its history and what it might look like in the coming years. For this I chose a bacteriological technique: the detection and identification of enterobacteria in blood cultures. My goal is to show the changes of these last 30 years and some examples of those anticipated in the next 10 years. Thanks to the interviews with the four technicians in biomedical analysis and the medical chief officer of the Institute of Microbiology, I analyzed these data in different ways:

The description of the past and present techniques in practice.

The comparison of these, their advantages and disadvantages.

The description of possible changes in the future.

The feeling of technicians and medical chief officer over the “laboratory of the future”.

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RReemmeerrcciieemmeennttss En préambule à ce travail, je tiens à remercier toutes les personnes ayant aidé à son élaboration. Mes remerciements s’adressent tout particulièrement à Mme Maria Senra Ortiz pour toute l’aide qu’elle m’a apportée. Je remercie également Mme Marie-José Delisle pour m’avoir accompagnée durant ce travail. Un grand merci au Professeur Gilbert Greub pour ses conseils et sa disponibilité, ainsi qu’à Mme Carole Massonnet, Mme Dominique Pilloud, M. Ali Aliu et M. Alessandro Matteo pour leur participation aux interviews. Je remercie finalement le Dr. Guy Prod’hom et M. Christian Durussel pour l’aide qu’ils m’ont apportée.

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TTaabbllee ddeess mmaattiièèrreess

1 INTRODUCTION GÉNÉRALE ................................................................................................ 1

1.1 LABORATOIRE DE BACTÉRIOLOGIE DU CHUV: ......................................................................... 1 1.1.1 DESCRIPTION ............................................................................................................................... 1 1.2 ANALYSE CHOISIE: ...................................................................................................................... 2 1.2.1 RAISONS DE CE CHOIX ................................................................................................................. 2

2 BUTS ............................................................................................................................................. 3

3 INTRODUCTION : ASPECTS THÉORIQUES ....................................................................... 4

3.1 LES ENTÉROBACTÉRIES: .............................................................................................................. 4 3.1.1 CARACTÈRES COMMUNS À TOUTES LES ENTÉROBACTÉRIES: ...................................................... 5 3.1.2 PRÉLÈVEMENTS ET PATHOLOGIES ASSOCIÉS AUX ENTÉROBACTÉRIES: ...................................... 5 3.1.3 ENTÉROBACTÉRIE LA PLUS FRÉQUEMMENT RENCONTRÉE: ........................................................ 6 3.2 LES HÉMOCULTURES: ................................................................................................................... 7 3.2.1 TECHNIQUE: ................................................................................................................................ 7 3.2.2 GERMES PATHOGÈNES VERSUS CONTAMINATIONS: .................................................................... 7 3.2.3 SEPTICÉMIE OU SEPSIS: (SANTÉ-MÉDECINE, 2015)(YERSIN & VIÉNET, 2008)............................ 8 3.3 AUTOMATES ET TESTS BIOCHIMIQUES: ...................................................................................... 9 3.3.1 BD BBL™ SEPTI-CHEK™, DE LA MAISON HARDY DIAGNOSTICS ............................................. 9 3.3.2 VITAL®, DE LA MAISON BIOMÉRIEUX ....................................................................................... 9 3.3.3 BD BACTEC™ FX, DE LA MAISON BECTON DICKINSON .......................................................... 9 3.3.4 GALERIES MAISONS (IDENTIFICATION EN TUBE), API® (IDENTIFICATION) OU ATB™

(ANTIBIOGRAMME), DE LA MAISON BIOMÉRIEUX: .................................................................... 10 3.3.5 VITEK® 2, DE LA MAISON BIOMÉRIEUX : ................................................................................ 10 3.3.6 MALDI-TOF: MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION/IONISATION TIME-OF-FLIGHT, DE LA

MAISON BIOMÉRIEUX ................................................................................................................ 12 3.3.7 PETITS TESTS BIOCHIMIQUES: ................................................................................................... 12 3.4 SYSTÈME INFORMATIQUE: ......................................................................................................... 12 3.4.1 MOLIS: MODULAR OPEN LABORATORY INFORMATION SYSTEM ............................................ 12

4 MATÉRIEL ET MÉTHODES .................................................................................................. 13

4.1 INTERVIEWS: ............................................................................................................................... 13 4.1.1 CHOIX DES PROTAGONISTES ...................................................................................................... 13 4.1.2 LIEUX DE RENCONTRE ............................................................................................................... 13 4.1.3 DÉROULEMENT DES INTERVIEWS .............................................................................................. 13 4.1.4 CONSTRUCTION DU PROJET ET RÉDACTION DES INTERVIEWS ................................................... 13

5 RÉSULTATS .............................................................................................................................. 15

5.1 PRÉSENTATION DES QUATRE TECHNICIEN(NE)S INTERVIEWÉ(E)S: ....................................... 15 5.2 1

ÈRE PARTIE: DESCRIPTION DES MÉTHODES UTILISÉES AU FIL DU TEMPS ............................... 15

5.2.1 ÉTAPES ACTUELLES DE DÉTECTION ET D’IDENTIFICATION D’ENTÉROBACTÉRIES DANS LES

HÉMOCULTURES: ....................................................................................................................... 15 5.2.2 ÉTAPES DE DÉTECTION ET D’IDENTIFICATION D’ENTÉROBACTÉRIES DANS LES

HÉMOCULTURES AVEC LES ANCIENNES MÉTHODES: ................................................................. 17

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5.3 2ÈME

PARTIE: VISION ET RESSENTI DES TAB PAR RAPPORT À CES ÉVOLUTIONS ..................... 19 5.3.1 PLACE DE L’ANALYSE CHOISIE DANS LE LABORATOIRE: .......................................................... 19 5.3.2 COMPARAISON DES MÉTHODES: ................................................................................................ 19 5.3.3 AVEC LA MÉTHODE ACTUELLE: ................................................................................................. 22 5.3.4 MÉTHODE ACTUELLE: POUR LE CLINICIEN ET LA PRISE EN CHARGE DU PATIENT ..................... 29 5.3.5 MÉTHODE ACTUELLE: POUR LE LABORATOIRE ......................................................................... 29 5.3.6 MÉTHODE ACTUELLE: POUR LE TECHNICIEN EN ANALYSES BIOMÉDICALES ............................ 29 5.3.7 ÉVOLUTION FUTURE: INFORMATISATION DES DONNÉES ........................................................... 30 5.3.8 ÉVOLUTION FUTURE: RESSENTI DES TECHNICIENS .................................................................... 30 5.3.9 ÉVOLUTION FUTURE: CONSÉQUENCES ...................................................................................... 31 5.3.10 ÉVOLUTION FUTURE: SPÉCIFIQUEMENT POUR LA DÉTECTION ET L’IDENTIFICATION

D’ENTÉROBACTÉRIES DANS LES HÉMOCULTURES ..................................................................... 32 5.3.11 ÉVOLUTION FUTURE: POUR LA FORMATION DE TECHNICIEN EN ANALYSES BIOMÉDICALES .... 32 5.3.12 ÉVOLUTION FUTURE: AUTOMATISATION COMPLÈTE ................................................................. 33 5.4 3

ÈME PARTIE: INTERVIEW DU PROFESSEUR GILBERT GREUB ................................................... 34

5.4.1 PRÉSENTATION DU MÉDECIN INTERVIEWÉ: ............................................................................... 34 5.4.2 MOMENTS CLÉS DE L’ÉVOLUTION DE LA DÉTECTION ET DE L’IDENTIFICATION

D’ENTÉROBACTÉRIES DANS LES HÉMOCULTURES: .................................................................... 34 5.4.3 CHANGEMENTS PRÉVUS DANS LE FUTUR: ................................................................................. 34 5.4.4 AVANTAGES ET INCONVÉNIENTS DE CES CHANGEMENTS: ........................................................ 35 5.4.5 IMPACT DE CES CHANGEMENTS: ............................................................................................... 36

6 DISCUSSION ............................................................................................................................. 37

6.1 1ÈRE

PARTIE: DESCRIPTION DES MÉTHODES UTILISÉES AU FIL DU TEMPS ............................... 37 6.2 2

ÈME PARTIE: VISION ET RESSENTI DES TAB PAR RAPPORT À CES ÉVOLUTIONS ..................... 38

6.2.1 PROBLÈME RENCONTRÉ: ........................................................................................................... 38 6.2.2 COMPARAISON DES MÉTHODES: ................................................................................................ 38 6.2.3 AVEC LA MÉTHODE ACTUELLE: ................................................................................................. 39 6.2.4 ÉVOLUTION FUTURE: ................................................................................................................. 39 6.3 3

ÈME PARTIE: INTERVIEW DU PROFESSEUR GILBERT GREUB ................................................... 41

7 CONCLUSION ........................................................................................................................... 42

8 CONCLUSION PERSONNELLE ............................................................................................ 43

9 RÉFÉRENCES ........................................................................................................................... 44

9.1 ILLUSTRATIONS: ......................................................................................................................... 47

10 LEXIQUE/ABRÉVIATIONS ................................................................................................... 48

11 ANNEXES ................................................................................................................................... 50

11.1 ANNEXE I: TABLEAU DE LECTURE DES GALERIES API® 2 0E ................................................. 50

11.2 ANNEXE II: RÉSULTATS VITEK® 2 .......................................................................................... 51 11.3 ANNEXE III: MALDI-TOF EN COURS D’ANALYSE ................................................................... 52 11.4 ANNEXE IV: RÉSULTATS MALDI-TOF .................................................................................... 53 11.5 ANNEXE V: PROGRAMME INFORMATIQUE MOLIS ................................................................. 54 11.6 ANNEXE VI: INTERVIEWS DES TECHNICIEN(NE)S EN ANALYSES BIOMÉDICALES .................. 55 11.7 ANNEXES VII: INTERVIEW DU PROFESSEUR GREUB ................................................................ 61

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11 IInnttrroodduuccttiioonn ggéénnéérraallee Ce travail a pour but d’étudier l’évolution du métier de technicien en analyses biomédicales à travers un exemple d’analyse et le point de vue de quelques personnes interviewées. Cela fait maintenant de nombreuses années que les analyses de laboratoires évoluent. Selon les branches ou les lieux, ces changements se font plus ou moins vite, mais au final, tous les laboratoires d’analyses biomédicales sont appelés à évoluer. L’intérêt d’un métier ne vient à mon avis pas uniquement du travail qui nous est demandé, mais également de l’histoire de celui-ci. Il est pour moi impensable d’effectuer les analyses demandées sans jamais chercher à connaître leur histoire et leur futur. Ainsi, lorsque j’étais en stage à l’Institut de Microbiologie du CHUV1 en première année de la formation de TAB, l’évolution des laboratoires était au cœur des discussions. En effet, le CHUV est en pleine restructuration avec de nombreux déménagements, des projets d’achat de nouveaux automates, etc. Il en est de même dans de nombreux laboratoires, par exemple celui où j’ai effectué mon stage de CFC de laborantine en biologie (Unilabs Cypa, en pathologie), avec l’achat de deux nouveaux automates pour les colorations et l’immunohistochimie. Après ces différentes expériences et ma curiosité pour l’histoire et l’avenir de mon métier, un sujet sur l’évolution des laboratoires m’a paru d’actualité.

1.1 Laboratoire de bactériologie du CHUV:

J’ai choisi ce laboratoire, parce qu’il s’agit du lieu de mon stage de 1ère année TAB. De plus, ce laboratoire est en plein projet d’extension et tend vers une complète automatisation des analyses.

1.1.1 Description

Le laboratoire de bactériologie fait partie de l’Institut de Microbiologie (IMU). Cet institut, impliqué dans le diagnostic de maladies infectieuses, la recherche et l’enseignement, est une référence pour plusieurs agents pathogènes et contribue au développement de nouveaux tests. Son activité diagnostique est reconnue par Swissmedic (autorisation 28411) et accréditée sous la norme ISO/CEI 17025 (STS328). Environ 120 collaborateurs travaillent à l’IMU, dont 56 uniquement dans le secteur diagnostique. L’Institut de Microbiologie est composé de plusieurs laboratoires de diagnostic, dans différents domaines : bactériologie, parasitologie, diagnostic moléculaire, mycobactériologie, mycologie, sérologie et virologie. (IMUL, 2013) Mon stage m’a permis de voir que la réception des échantillons est commune au laboratoire de diagnostic moléculaire (LDM) et au laboratoire de bactériologie et parasitologie. Le laboratoire de bactériologie est séparé en 6 postes de lecture : 1. Pus, fragments, biopsies, … 2. Prélèvements respiratoires et ORL. 3. Hémocultures, Cathéters et LCR 4. Urines 5. Prélèvements gynécologiques 6. Selles En moyenne, le Professeur Gilbert Greub, médecin chef de l’Institut de Microbiologie, estime le nombre de cas traités par le laboratoire de bactériologie du CHUV à environ 500 par jour, ce qui fait 125'000/an, dont environ 20% sont positifs pour au moins un germe pathogène. (source orale : interview du Prof. Greub)

1 Mots soulignés cf. lexique pp. 48 - 49

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1.2 Analyse choisie:

L’analyse que j’ai choisi d’utiliser comme exemple de l’évolution générale des laboratoires est la détection et l’identification d’entérobactéries dans les hémocultures.

1.2.1 Raisons de ce choix

Mon choix s’est tout d’abord porté sur une analyse de bactériologie, car c’est une branche qui a déjà évolué en partie, mais pour laquelle de nombreux changements sont encore à venir. En effet, le fait de travailler avec du matériel vivant rend assez difficile la standardisation des analyses ; c’est la raison pour laquelle cette branche du laboratoire a commencé à changer alors que d’autres l’avaient déjà fait depuis des années. Mon travail de diplôme arrive juste au bon moment pour traiter des changements déjà effectués et de ceux prévus dans un avenir passablement proche. Je me suis ensuite dirigée vers le choix des hémocultures comme prélèvement. Ce choix me paraissait tout naturel pour représenter au mieux l’évolution générale de la bactériologie, puisqu’il s’agit du prélèvement le plus fréquent avec une moyenne de 35’000-36’000 bouteilles par an, dont 5-7% positives pour le CHUV. (Opota, 2014) Il s’agit d’un prélèvement dans lequel une détection de germes a une grande signification clinique, la septicémie étant, selon le Professeur Gilbert Greub, la pathologie avec la plus grande mortalité/malignité. De plus, les hémocultures forment le premier choix pour des recherches d’évolutions et d’améliorations grâce leur grande valeur ajoutée pour le laboratoire, les fournisseurs ou encore les patients. J’ai finalement précisé mon analyse en me concentrant uniquement sur la famille de germes la plus fréquemment rencontrée dans tous types d’échantillons : les entérobactéries. Cette famille, est essentiellement retrouvée dans les échantillons d’urines et les hémocultures. Par exemple, le 90% des cystites chez la jeune femme et le 50% des cystites chez les personnes hospitalisées sont dues à une entérobactérie : l’Escherichia coli. (CUEN, 2010)(IMU, stage, 2014)

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22 BBuuttss

Question de recherche:

Quelles évolutions, sur un plan qualitatif et quantitatif, le métier de technicien en analyses biomédicales en laboratoire de bactériologie a-t-il subi depuis 30 ans et subira-t-il dans les 10 ans à venir pour la détection et l’identification d’entérobactéries dans les hémocultures ?

Buts du travail:

Décrire l’évolution de la détection de pathogènes responsables de sepsis

Décrire l’évolution de l’identification d’entérobactéries

Comprendre les raisons principales de ces évolutions

À travers plusieurs interviews :

Repérer des avantages et inconvénients de ces évolutions

Définir l’impact de ces évolutions sur le métier de technicien en analyses biomédicales

Montrer si les avis et ressentis des technicien(ne)s varient selon leurs années d’expérience ou non.

Montrer à travers l’exemple du laboratoire de bactériologie du CHUV l’évolution du laboratoire d’analyses biomédicales en général.

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33 IInnttrroodduuccttiioonn :: aassppeeccttss tthhééoorriiqquueess

3.1 Les entérobactéries:

Les principales bactéries sont séparées en 4 groupes, selon leur forme et leur aspect à la coloration de Gram.

Gram + Gram -

Cocci

Bacilles

Fig. 1: Groupes de bactéries

Chaque groupe contient ensuite un certain nombre de familles. Le groupe qui nous intéresse pour ce travail est celui des bacilles Gram négatif. Il se sépare en plusieurs familles : les bacilles – non-fastidieux (entérobactéries, non-fermentatifs) et les bacilles – fastidieux.

Schéma d’identification des bacilles Gram négatif:

Après ce premier tri, le genre et l’espèce seront déterminés grâce à des tests manuels ou sur automates. L’aspect et/ou l’odeur des colonies sur MC et les autres géloses sont également de bons indicateurs. La classification des entérobactéries a été effectuée en fonction de leurs caractères biochimiques.

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3.1.1 Caractères communs à toutes les entérobactéries:

Bacilles Gram négatif

Aéro-anaérobie facultatives

Fermentent le glucose

Oxydase négatives

Réduisent les nitrates en nitrites

Poussent sur des milieux de culture ordinaires

Il existe de rares exceptions. (IMU, stage, 2014)(ESsanté, cours de bactériologie)

3.1.2 Prélèvements et pathologies associés aux entérobactéries:

Les entérobactéries peuvent être commensales (Escherichia coli, Proteus, …) ou pathogènes (Shigella, Yersinia pestis, …). La plupart des entérobactéries commensales peuvent devenir des pathogènes opportunistes. Cette famille peut être retrouvée dans tout type de prélèvement (urines, hémocultures, selles, expectorations, …), parfois comme flore

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commensale, parfois comme pathogène. L’appartenance à l’une de ces catégories ou à l’autre dépendra du prélèvement, du genre, de l’espèce et/ou de la quantité de germe. J’ai pu observer durant mon stage que les pathologies les plus fréquemment liées aux entérobactéries sont les infections urinaires, les septicémies ou les infections digestives (diarrhées, gastroentérites, …). La positivité d’un milieu de culture n’a pas toujours une importance clinique : elle peut être due à une contamination du prélèvement lors de la prise d’échantillon (par exemple des germes commensaux de la peau qui se retrouveraient dans les hémocultures suite à la prise de sang). Le tableau ci-dessous donne un bref aperçu des cas de figure où l’on peut trouver des entérobactéries commensales, contaminantes ou pathogènes, dans les divers prélèvements de laboratoire.

Entérobactéries Prélèvements

Commensales Contaminations du prélèvement

Pathogènes

Selles X X

ORL X

Sang X

Urines X X

LCR X

Os X

Expectorations X (rare) X

Fragments X X

Frottis de cols X X

Abcès X X X

Frottis de plaies X X

Prothèses X X

3.1.3 Entérobactérie la plus fréquemment rencontrée:

Escherichia coli. Germe commensal du système digestif, il est le plus fréquemment isolé comme pathogène dans les urines et les hémocultures, bien qu’on puisse le retrouver dans de nombreux autres prélèvements. (IMU, stage, 2014)(ESsanté, cours de bactériologie)

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3.2 Les hémocultures:

3.2.1 Technique:

Il s’agit d’un prélèvement sanguin mis en culture. Les hémocultures sont toujours faites par paire : une bouteille en aérobiose (AEH) et une en anaérobiose (ANH), afin de détecter tous les germes nécessitant l’une ou l’autre de ces atmosphères. Plusieurs paires peuvent être lancées pour chaque patient, un minimum de quatre bouteilles étant idéal. Les bouteilles sont mises en incubation à 35-37°C et en agitation dans l’automate BACTEC™ FX. (cf. point 3.3.3) L’analyse du culot d’hémoculture permet de rendre un résultat provisoire 24h avant le définitif et d’augmenter la précision de celui-ci. (IMU, stage, 2014)(Lamy 2005)

Fig. 2: Preparation of a blood culture pellet

3.2.2 Germes pathogènes versus contaminations:

Il n’y a pas de germes commensaux du système sanguin ; tous les germes détectés ne sont toutefois pas pathogènes. En effet, il arrive régulièrement qu’une petite quantité de bactéries passe dans la circulation sanguine sans que cela n’entraîne d’infection, par exemple lors d’un traitement dentaire, d’une coupure ou encore de la digestion. C’est en fonction de la quantité de germes, de la souche ou encore des défenses immunitaires du patient que des complications surviendront ou non. Il arrive également que des bactéries commensales de la peau soient retrouvées dans les hémocultures ; il peut s’agir d’une contamination lors du prélèvement. Le fait d’effectuer plusieurs bouteilles d’hémocultures pour le même patient permet, en cas de germes commensaux de la peau, de savoir s’il s’agit d’une septicémie (le germe est retrouvé dans plusieurs bouteilles) ou d’une contamination (1 seule bouteille contient le germe). (IMU, stage, 2014) Lorsque la présence de bactéries pathogènes dans le sang est transitoire, le phénomène est appelé : bactériémie. Cette situation ne provoquant généralement pas de manifestations cliniques. (Vulgaris médical, date inconnue)

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3.2.3 Septicémie ou sepsis: (Santé-médecine, 2015)(Yersin & Viénet, 2008)

Terme utilisé pour parler d’ « infection du sang ». Il s’agit plus précisément d’une réaction inflammatoire systémique (RIS) d’origine infectieuse. La RIS est définie par la présence d’au moins deux des symptômes inflammatoires suivants :

Température corporelle <36°C ou >38°C.

Fréquence cardiaque >90 battements/minutes Tachycardie

Fréquence respiratoire >20 inspirations/min ou une PaCO2<32mmHg Hyperventilation

Hyperleucocytose (>12G/l) ou leucopénie (<4G/l)

Pour provoquer une septicémie, le germe responsable a nécessairement besoin d’une porte d’entrée: c’est-à-dire d’un passage lui permettant de pénétrer dans la circulation sanguine. De nombreux germes peuvent être à l’origine de ce phénomène et la plupart des infections sévères peuvent se compliquer en septicémie. Les portes d’entrée peuvent être une sonde, un cathéter, une plaie, une lésion des muqueuses, etc. La plus fréquente étant l’infection urinaire. (IMU, stage, 2014)

Fig. 3: Hémocultures CHUV 2013

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3.3 Automates et tests biochimiques:

Cette partie contient la liste et une brève description des différents matériels et automates utilisés en laboratoire. Ils sont présentés dans l’ordre chronologique de leur utilisation à travers les années.

3.3.1 BD BBL™ Septi-Chek™, de la maison Hardy Diagnostics

Exemple de système d’hémoculture utilisé avant l’apparition d’automates. Paire d’hémocultures avec une bouteille en atmosphère aérobie et une en anaérobie. Sur celle en aérobie se trouve une gélose, vissée au bouchon. Les bouteilles sont incubées et retournées deux fois par jour au début, puis tous les deux jours, afin d’ensemencer la gélose. Les résultats sont lus à l’œil.

3.3.2 VITAL®, de la maison bioMérieux

Automate de détection de germes dans les hémocultures. Chaque bouteille d’hémoculture contient une molécule fluorescente que va s’éteindre en présence de certains phénomènes. Elle est sensible à la présence de CO2, à la variation du pH, ainsi qu’à la modification du potentiel d’oxydo-réduction. Ces différents phénomènes sont induits par la croissance bactérienne, qui va ainsi provoquer l’extinction de la fluorescence. Une cellule de lecture, équipée d’une diode, présente dans chaque flacon va induire une lumière qui sera quantifiée par un compteur de photons. (Bacterio-web, 2001) Date d’introduction à l’IMU : année 2004

3.3.3 BD BACTEC™ FX, de la maison Becton Dickinson

Automate plus récent pour la détection de germes dans les hémocultures. Les bouteilles sont placées dans 4 compartiments qui font office d’incubateurs et d’agitateurs. La croissance bactérienne produit un dégagement de CO2, mais également une réduction du milieu de culture qui, avec la présence d’un sel de ruthénium, va produire de la fluorescence. Celle-ci va être mesurée en temps réel grâce à une cellule qui produit un faisceau passant à travers les bouteilles. Une courbe est effectuée et un système de référence informatique est comparé à celle-ci ; à partir d’un certain seuil, un signal de positivité se déclenchera. (Senra Ortiz, 2014) (IMU, stage, 2014)

Fig. 4: BD BBL™ Septi-Chek™

Fig. 5: Automate VITAL®

Fig. 6: Automate BD BACTEC™ FX

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3.3.4 Galeries maisons (identification en tube), API® (identification) ou ATB™ (antibiogramme), de la maison bioMérieux:

Différentes galeries biochimiques existent pour l’identification de germes. Elles étaient tout d’abord effectuées dans des tubes, puis des galeries commerciales sont apparues, permettant une identification plus rapide, avec moins de matériel. L’exemple en photo ci-dessus est celui de la galerie API® 20E pour l’identification d’entérobactéries. Le principe des galeries reste le même, qu’elles soient en tube ou en puits déjà prêts. Pour chaque caractère biochimique ou antibiotique à tester, il y a un puits ou un tube. Une suspension bactérienne est préparée et ajoutée dans chaque tube. Les galeries sont ensuite incubées pour permettre aux réactions d’avoir lieu. La lecture des résultats peut être faite à l’œil (cf. Annexe I) ou de façon automatisée, selon les galeries et les moyens à disposition. Pour certains tests, un 2ème réactif doit être ajouté avant la lecture. (BioMérieux, 2010)

3.3.5 VITEK® 2, de la maison bioMérieux :

Cet automate est utilisé pour les identifications de germes et/ou la détermination de leur sensibilité aux antibiotiques. Il fonctionne avec des cartes contenant 47 différents tests biochimiques et des substrats, ainsi qu’un puits de contrôle négatif. Elles ne sont pas les mêmes selon la famille de germe pour laquelle l’analyse est effectuée. (Matuszewski, 2009) (IMU, stage, 2014) Au moment de mon stage à l’IMU, par exemple, on utilisait 4 cartes différentes pour les antibiogrammes:

AST - N240: bacilles Gram négatif non-fermentatifs

AST - N242: bacilles Gram négatif entérobactéries

AST - P580: cocci Gram positif staphylocoques

AST - P586: cocci Gram positif entérocoques et streptocoques

Et 2 cartes pour les identifications:

GP: Gram positifs

GN: Gram négatifs non-fastidieux

Les inoculums sont préparés manuellement, tout comme l’identification et la mise en place des tubes et des cartes dans les cassettes qui seront ensuite introduites dans le VITEK® 2. L’inoculum sera réparti automatiquement dans la carte, grâce à un système de vide qui aspire la suspension dans un capillaire relié à la carte. Des microcapillaires permettent

Fig. 7: Galerie API®

Fig. 8: Automate VITEK® 2

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ensuite de répartir l’inoculum dans tous les puits de celle-ci. Un système optique va mesurer régulièrement les réactions durant l’incubation dans l’automate (durée : env. 10h) et permettre au système informatique de déduire le germe avec le profil réactionnel le plus proche de celui obtenu, en indiquant la fiabilité de ce résultat. (cf. Annexe II) Si l’antibiogramme est lancé en même temps, des alertes peuvent être préprogrammées dans le système, par exemple pour détecter des souches multi-résistantes et proposer des examens complémentaires ou pour détecter des réactions inhabituelles. (Matuszewski, 2009) (IMU, stage, 2014) La carte VITEK® 2 GN ID permet l’identification de très nombreux germes dont 77 espèces d’entérobactéries. Elle est composée de 64 puits permettant d’effectuer 48 tests de base et un grand nombre de tests complémentaires. (BioMérieux-diagnostics, 2015)(source écrite: email bioMérieux)

Puits vides: 1, 6, 8, 5, 24, 25, 28, 30, 38, 49, 50, 51, 54, 55, 60, 63

Fig. 9: Carte VITEK® 2 GN ID

Fig. 10: Composition carte VITEK® 2 GN ID

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3.3.6 MALDI-TOF: Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation Time-Of-Flight, de la maison bioMérieux

Il s’agit d’un spectromètre de masse utilisant une source d’ionisation laser assistée par une matrice et un analyseur à temps de vol. Une source laser est dirigée sur le dépôt ; les molécules de l’échantillon sont ionisées. L’ajout d’une matrice permet de protéger l’échantillon d’une trop grande dégradation. Le rapport masse/charge va déterminer la vitesse de chaque particule ; plus elle est grande, plus elle mettra de temps pour atteindre le détecteur. Dès qu’une particule passe devant le détecteur, le signal est amplifié et traité informatiquement. Le système informatique va transposer les signaux dans un spectre (cf. Annexe III); il va ensuite comparer les différents pics avec la base de données et y associer le germe correspondant. Les résultats se présentent sous forme de liste avec les différents germes possibles et leur score. (Senra Ortiz, 2014) (IMU, stage, 2014)(cf. Annexe IV) Date d’introduction à l’IMU: mars 2009

3.3.7 Petits tests biochimiques:

Oxydase:

Le flacon contient un réactif appelé Oxalate de N-diméthyl paraphénylène diamine (PDA) qui est un chromogène, incolore sous forme réduite. Ce réactif est mis en contact avec le germe. Si celui-ci possède la cytochrome oxydase, l’enzyme oxydera le PDA, qui sous cette forme deviendra violet, sinon, il restera incolore. (IMU, stage, 2014)

Spot indole:

Ce test doit être effectué uniquement à partir de colonies prélevées sur des géloses contenant du tryptophane (COL, CHOC, SCH, USB, …), qui sera alors désaminé par la présence de la tryptophanase chez certains germes. Cela produira de l’indole qui sera révélé par l’ajout de DMACA sous forme de gouttes. Une couleur bleue apparaîtra si le test est positif. (IMU, stage, 2014)

3.4 Système informatique:

3.4.1 MOLIS: Modular Open Laboratory Information System

Introduction de chaque étape de l’analyse dans un système de step (étapes). Les atmosphères (AEH et ANH) sont séparées en onglets différents, tout comme les différents microorganismes (BAC, CHC, LEVC, …). Dans chaque onglet se trouve la liste des milieux mis en culture et les tests effectués, repiquages, isolements, etc. seront inscrits chacun sous le milieu utilisé avec des cf. d’un milieu à l’autre pour ne pas écrire les informations plusieurs fois. Ce système permet un suivi de chaque étape avec ce qui est effectué, le résultat obtenu, la date d’exécution et même quel technicien l’a fait, grâce à des sessions propres à chacun. (IMU, stage, 2014)(cf. Annexe V) Date de passage à des dossiers entièrement informatisés à l’IMU: printemps 2014.

Fig. 11: Automate MALDI-TOF

Fig. 12: Test Oxydase

Fig. 13: Test Spot indole

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44 MMaattéérriieell eett mméétthhooddeess

4.1 Interviews:

4.1.1 Choix des protagonistes

Pour les personnes à interviewer, mon choix s’est tout d’abord porté sur le Professeur Gilbert Greub. Durant mon stage, j’ai pu assister à ses présentations sur les projets d’évolution du laboratoire de bactériologie du CHUV et il m’est tout naturellement paru être la personne la plus apte à me parler de cela. Je voulais ensuite comparer les avis de technicien(e)s en analyses biomédicales sur l’évolution des techniques d’analyse jusqu’à celles utilisées actuellement. J’ai donc choisi d’interviewer quatre personnes : deux ayant connu les anciennes techniques d’analyse et deux travaillant depuis peu en bactériologie, afin de ne pas réduire ma comparaison à un avis de chaque catégorie. Ayant effectué mon stage dans ce laboratoire, j’avais une idée des personnes à choisir pour représenter chaque catégorie et l’aide apportée par Mme Maria Senra Ortiz m’a permis d’arrêter mon choix final sur Mesdames Carole Massonnet et Dominique Pilloud, techniciennes expérimentées et sur Messieurs Ali Aliu et Alessandro Matteo, techniciens diplômés depuis moins de 10 ans.

4.1.2 Lieux de rencontre

Le choix du lieu a été guidé par des raisons pratiques. Les interviews des technicien(e)s ayant été effectuées la semaine, je me suis rendue au 19ème étage du BH du CHUV, dans une des salles de colloque, afin d’intercaler les interviews dans leur emploi du temps. J’ai finalement interviewé le Professeur Gilbert Greub dans son bureau au Bugnon 48 (bâtiment annexe du CHUV), à la fin d’une journée de travail.

4.1.3 Déroulement des interviews

Les personnes interviewées m’ont toutes donné leur accord pour être enregistrées. Cela m’a permis d’écouter plus librement les réponses aux questions, en ne prenant que quelques notes sur le moment. J’ai ensuite réécouté le tout en le retranscrivant calmement et sans risquer d’oublier ou de déformer certains propos. J’ai finalement pris les diverses informations à l’état brut et je les ai mises en page de façon plus lisible (tableaux, graphiques, …). Les interviews ont été réalisées en trois fois :

06.01: les 2 techniciennes

16.01: les 2 techniciens

03.02: le Professeur Greub

4.1.4 Construction du projet et rédaction des interviews

Le choix de mon sujet et des questions pour les interviews s’est fait en plusieurs étapes. J’étais tout d’abord partie dans l’idée de traiter deux analyses de deux laboratoires différents, un public et un privé. Les deux branches que je pensais prendre étaient la bactériologie et l’hématologie. J’ai ainsi commencé par poser quelques idées d’analyses possibles pour chacune des 2 matières. Étant donné que je connaissais déjà les responsables du laboratoire de bactériologie du CHUV, suite à mon stage de 1ère année TAB, et qu’il était situé au même étage du bâtiment hospitalier que le laboratoire où j’effectuais mon stage de 2ème année, j’ai décidé de commencer par prendre contact avec eux. J’ai placé un premier rendez-vous mi-novembre avec Maria Senra Ortiz, mon ancienne responsable de stage et cadre au laboratoire de bactériologie, à qui j’ai parlé de mon idée de traiter de l’identification d’entérobactéries et de mon envie, pour cela, d’interviewer quatre TAB dont le nombre d’années d’expérience diffèrent. Elle m’a confirmé que ce choix d’analyse était une bonne idée et m’a aidée à choisir les TAB correspondant le mieux à mes

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attentes. Elle m’a également transmis divers documents aidant à la construction d’interviews que le Dr Guy Prod’hom lui avais envoyé à mon intention. J’ai tout d’abord rédigé une ébauche de questions, en me basant sur les documents transmis par le Dr Prod’hom, afin de mieux cerner mon sujet. Après cela, j’ai placé un rendez-vous le 1er décembre avec le Professeur Gilbert Greub que je voulais également interviewer pour qu’il me parle des projets futurs. Il m’a donné son accord pour l’interview et m’a également conseillé de ne pas traiter uniquement de l’identification d’entérobactéries, mais d’étendre mon sujet à leur détection dans les hémocultures. Ayant déjà pensé aux hémocultures comme prélèvement possible lorsque j’avais posé mes idées d’analyses, j’ai décidé d’écouter son conseil et j’ai modifié mon sujet pour obtenir mon projet définitif. C’est à ce moment là que j’ai abandonné l’idée de traiter deux analyses. Celle de bactériologie étant suffisamment conséquente, je ne voulais pas prendre le risque d’un trop plein d’informations, que je n’aurais que survolé pour ne pas dépasser le nombre de pages autorisées pour le travail. Après avoir réadapté mes interviews au sujet définitif, je les ai envoyées au Dr Guy Prod’hom, qui avait offert de me conseiller sur la construction de mes questionnaires. Suite à sa proposition, nous avons convenu d’un rendez-vous début décembre avec également Maria Senra Ortiz et Christian Durussel, chef du laboratoire de bactériologie. Ils m’ont tout trois donné quelques conseils sur la formulation de certaines questions et sur les points qu’il est important de faire ressortir par mes interviews. J’ai alors effectué quelques corrections en suivant leurs conseils, puis j’ai pris rendez-vous mi-décembre avec Mme Delisle, dont les conseils me feront modifier encore quelques détails, jusqu’à obtenir mon document final. (cf. Annexes VI et VII)

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55 RRééssuullttaattss

5.1 Présentation des quatre technicien(ne)s interviewé(e)s:

Âge Formation Expérience en microbiologie

Autres responsabilités

DP Entre 50 et 60 ans

École cantonale de laborantines de Neuchâtel

Burgdorf: Med chem labor: 3 ans IMU: 28 ans

CM Entre 50 et 60 ans

Apprentissage en 3 ans, section supérieure Cours de médecine tropicale en Belgique

IMU: bientôt 30 ans + un stage de 15 mois durant sa formation

Responsable de la logistique des TP des étudiants en médecine et des médecins du CHUV

AA Entre 20 et 29 ans

Formation de TAB en école supérieure.

IMU: 5 ans

AM Entre 30 et 39 ans

Formation de TAB en école supérieure.

Genève: 1 an IMU: 1 an et demi

5.2 1ère partie: description des méthodes utilisées au fil du temps

5.2.1 Étapes actuelles de détection et d’identification d’entérobactéries dans les hémocultures:

Selon les propos recueillis durant les interviews des quatre techniciens.

Au LCI:

Incuber et mettre en agitation les bouteilles d’hémocultures dans le BD BACTEC™ FX à la réception des laboratoires. Seules les bouteilles positives sont sorties et amenées au laboratoire par un transporteur. Regarder dans le système informatique MOLIS si le patient est connu ou non. Introduire les données de celui-ci et du prélèvement dans l’ordinateur et imprimer les étiquettes à mettre sur les milieux de culture, etc. Le technicien travaille sous flux laminaire ; il prépare son matériel et le stérilise.

Patient inconnu:

Préparer un culot:

Déposer 5 ml de sang dans un tube Falcon contenant 45 ml d’eau Bichsel.

Lancer une 1ère centrifugation (P1: 10 minutes à 1000g), aspirer le surnageant.

Resuspendre le culot avec 1ml de Chlorure d’ammonium, vortexer.

Lancer une 2ème centrifugation (P2: 10 minutes à 140g), aspirer le surnageant

Si le culot est toujours hémorragique, lancer une 3ème centrifugation avec 1ml d’eau Bichsel.

Ajouter 200 μl de PBS. Pendant les centrifugations, mettre les bouteilles AEH et ANH en culture sur quatre géloses par bouteille AEH et ANH: COL, CHOC, MC et SCH. Préparer une lame par bouteille avec une goutte de sang et une pour le culot. Colorer les lames au Gram et les amener au poste de lecture avec le tube contenant le culot. Mettre les géloses à incuber.

Patient connu:

Mettre le prélèvement en culture comme pour les patients inconnus. Préparer uniquement un Gram par bouteille native et les amener au poste de lecture. Mettre les géloses à incuber.

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Au poste de lecture: poste 3

Patient inconnu:

À partir du culot, faire deux dépôts sur la plaque du MALDI-TOF. Sur le 1er dépôt, ajouter de l’acide formique et de la matrice.2 Sur le 2ème dépôt, ajouter uniquement de la matrice.3 Programmer l’automate, identifier les dépôts et lancer l’analyse. Lire les examens directs (lames colorées au Gram). Introduire les résultats des examens directs et du MALDI-TOF dans le système informatique. Sauf exceptions, si les résultats concordent et obtiennent un score >2 au MALDI-TOF, les transmettre aux cadres pour validation. Résultat provisoire avec le genre et l’espèce. Si les résultats ne sont pas bons, lancer une extraction des protéines à partir du culot, puis refaire deux dépôts pour le MALDI-TOF. Si les résultats sont toujours d’un score <2, lancer une identification au VITEK® 2 et/ou attendre la lecture des géloses le lendemain. Résultat provisoire avec l’aspect au Gram. Le lendemain, lire les géloses et faire les petits tests biochimiques. Comparer les résultats à ceux du culot et si ceux-ci correspondent, finaliser le résultat sans nécessité de lancer un MALDI-TOF.

Patient connu:

Lire les Gram des bouteilles natives. Résultat provisoire avec l’aspect au Gram. Le lendemain, lire les géloses et faire les petits tests biochimiques. Lancer un MALDI-TOF à partir des colonies. Si les résultats concordent, finaliser l’identification et les transmettre pour validation. Si les résultats ne sont pas bons, suivre le même processus que pour les patients inconnus.

Délai moyen pour qu’une bouteille se positive:

Difficile à définir, il est estimé entre 1h et 3 jours selon les germes et leur quantité. Selon CM, les entérobactéries font partie des germes pour lesquels les bouteilles se positivent généralement assez rapidement. AA et AM placeraient le délai moyen entre 15 et 35h. Le protocole du laboratoire définit 5 jours comme un maximum, la bouteille étant considérée comme stérile passé ce délai.

Délai pour obtenir une 1ère identification à partir du moment où une hémoculture détectée comme positive arrive au LCI:

DP et AM l’estiment à environ 40 minutes. Selon AA, environ 1h30 est nécessaire, avec 1h de travail au LCI comprenant l’inscription dans le système, la préparation du culot, la mise en culture, etc. et 30 minutes pour lancer l’identification sur le culot, lire les Gram et introduire l’identification. Pour CM, ce délai se rapproche plutôt des 2-3h s’il est estimé depuis l’étape de détection de la positivité de la bouteille, c’est-à-dire en prenant en compte l’acheminement jusqu’au laboratoire. Ce délai est bien entendu différent pour les patients connus, pour lesquels aucun culot n’est préparé. Le nom du germe sera alors obtenu uniquement à la lecture des géloses le lendemain.

2 Meilleur rendement généralement pour les Gram positifs

3 Meilleur rendement généralement pour les Gram négatifs

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5.2.2 Étapes de détection et d’identification d’entérobactéries dans les hémocultures avec les anciennes méthodes:

Selon les propos recueillis durant les interviews de DP et CM, avec une participation d’AA pour la dernière technique d’identification avant le MALDI-TOF.

Détection de germes dans les hémocultures:

Lorsque DP et CM ont commencé à travailler à l’IMU, les techniques utilisées pour la détection et l’identification d’entérobactéries dans les hémocultures étaient bien différentes. Tout d’abord, il n’y avait pas d’automates pour la mise en culture et l’incubation des hémocultures ; le travail du technicien commençait donc à la réception de l’hémoculture avant incubation. Lorsque CM a effectué son stage durant sa formation professionnelle, il y avait déjà une bouteille en atmosphère aérobie (AEH) et une en atmosphère anaérobie (ANH) comme aujourd’hui, qui étaient repiquées chaque jour. Ensuite, il y a eu l’introduction de nouvelles bouteilles avec une surface gélosée, qui était observée en même temps que la bouteille elle-même lors des lectures.

Lorsque DP est arrivée en bactériologie, les bouteilles avaient encore changé ; les bouteilles AEH ont été remplacées par des bouteilles sur lesquelles on vissait une lame gélosée appelée « slide » (principe à peu près similaire aux uricults). La bouteille était renversée, afin de faire couler l’échantillon sur la gélose, et incubée à l’étuve.

Les bouteilles étaient retournées pour bien immerger la gélose tout d’abord deux fois par jour (matin et après-midi) les deux premiers jours, puis tous les deux jours. La lecture des bouteilles et de la gélose se faisait donc tous les jours au début, puis un jour sur deux. La positivité était repérée à l’œil soit sur la gélose, lorsqu’il y avait présence de colonies, soit dans la bouteille elle-même. Si aucune colonie n’avait poussé sur la gélose de la bouteille AEH, des subcultures devaient alors être lancées sur d’autres géloses. Dans les cas où des colonies avaient déjà poussé sur la gélose de la bouteille AEH, celles-ci étaient utilisées pour l’identification des germes. Le laboratoire est ensuite passé à un système automatisé appelé le VITAL® ; ce dernier repérait déjà les bouteilles positives et imprimait les résultats. Ensuite, cet automate a été remplacé par un premier BACTEC, puis par le BD BACTEC™ FX, utilisé actuellement.

Identification d’entérobactéries:

Elle se faisait avec des galeries biochimiques, qui se présentaient sous forme de galeries en tubes, de fabrication maison à partir de milieux déshydratés du commerce. Elles étaient composées de tubes pour tester l’urée (URE), la lysine (LDC), l’ornithine (ODC), un tube contrôle pour le glucose, le malonate (MAL) et la phénylalanine, le citrate (CIT), l’H2S et l’indole (IND) et le kligler. Des galeries API® et ATB™ sont ensuite apparues, rendant l’identification plus rapide et marquant le début de l’automatisation, puisque le résultat correspondant aux changements de couleurs relevés par le TAB était lu et interprété par un automate.

Fig. 14: Bouteille avec surface gélosée

Fig. 15: Bouteille slidée

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Puis, par la suite, est apparu le VITEK® 2, qui était le premier automate d’identification ; il est encore utilisé actuellement, lorsque le MALDI-TOF ne donne rien. Lorsqu’AA est arrivé à l’IMU, ils n’avaient encore pas de MALDI-TOF et le VITEK® 2 restait la méthode de référence pour l’identification des entérobactéries. Si des bacilles Gram négatif étaient vus à l’examen direct, une carte GN était lancée en même temps que l’antibiogramme dans le VITEK® 2.

Délai pour obtenir une 1ère identification à partir du moment où une hémoculture est détectée comme positive:

Avec la toute première méthode utilisée par CM et DP, le délai allait de 24h à 48h ; si des colonies étaient présentes sur la gélose de la bouteille AEH, une galerie était lancée et pouvait être lue 24h plus tard. Si une subculture était nécessaire, il fallait attendre 24h que les colonies poussent avant de pouvoir lancer la galerie. Avec les galeries API®, le délai est devenu plus court. Il existait des galeries rapides qui pouvaient être lues après quelques heures, plus précisément 4h, selon CM. À l’arrivée du VITEK® 2, ce délai est repassé à environ 24h. AA ajoute que le jour 0, tout comme pour la méthode actuelle, un résultat provisoire était déjà rendu au médecin avec « bacille Gram négatif en cours d’identification », l’orientant déjà vers une famille de germe plutôt qu’une autre.

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5.3 2ème partie: vision et ressenti des TAB par rapport à ces évolutions

5.3.1 Place de l’analyse choisie dans le laboratoire:

Le nombre d’hémocultures positives traitées varie fortement d’un jour à l’autre ; il est donc difficile d’en estimer précisément le nombre moyen par jour. Si AM la fixe à une dizaine, DP pense qu’elle varie entre 1 à 10 par jour, tandis que CM et AA l’estiment à plus de 10 bouteilles par jour. Les entérobactéries représentent la majorité des germes identifiés en laboratoire ; il est donc très fréquent de les isoler dans un prélèvement, quel qu’il soit. AM estime à 1% le nombre de cas d’entérobactéries qui sont détectées spécifiquement dans les hémocultures, par rapport au nombre total d’entérobactéries détectée au laboratoire. Avant l’interview, CM en a parlé avec Maria Senra Ortiz qui lui donné comme estimation entre 2 et 3%. AA situerait ce nombre entre 1 et 5%, alors que pour DP, le taux d’entérobactéries détectées dans les hémocultures se rapprocherait plutôt des 30%. En ce qui concerne l’estimation du nombre d’hémocultures qui sont spécifiquement positives pour des entérobactéries, par rapport aux hémocultures positives pour d’autres germes, elle varie entre 50 et 65% selon les TAB interviewés.

5.3.2 Comparaison des méthodes:

Pour cela, CM et DP m’ont parlé des méthodes qu’elles ont eu l’occasion d’utiliser, tandis qu’AA et AM ont tenté d’imaginer sans avoir eux-mêmes utilisé ces techniques. Dans le tableau ci-dessous, l’analyse choisie est séparée en deux étapes:

La détection: comprend tout ce qui se fait actuellement au LCI: la détection de la positivité des bouteilles d’hémocultures, l’inscription du cas, la préparation et l’identification des milieux, la mise en culture, la préparation du culot et des Gram.

L’identification: comprend tout ce qui se fait actuellement au poste de lecture (poste 3): lecture des Gram, identification des entérobactéries, interprétation et rendu des résultats.

Dans le tableau ci-dessous, les technicien(ne)s devaient choisir, pour chaque affirmation,

entre: méthode actuelle (), ancienne méthode () ou identiques ().

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Détection Identification

AM AA CM DP AM AA CM DP

Méthode la plus rapide

Commentaires Suivi de: API® et ATB™, puis VITEK®2 et galeries maison

Temps d’interprétation et d’analyse du résultat le plus court

Commentaires

Temps de gestion des résultats (rendu et transmission des données) le plus court

Commentaires Rendu quasiment en temps réel. Différence très nette pour l’identification

Résultats les plus précis

Commentaires AA: Automate très performant DP: Peu de différence

AA: Automate très performant CM, DP: Groupes de germes moins vastes, plus d’espèces différentiées

Risque de diagnostic erroné le plus faible

Commentaires AA: Très grande fiabilité des nouveaux automates

Temps de préparation le plus court

Commentaires CM: S’il y a beaucoup de cas à la fois, ancienne

méthode plus avantageuse DP: galeries maison surtout

Volume de déchets le plus faible

Commentaires CM: Plus de matériel pour préparer le culot

AA, CM, DP: Moins de matériel et échantillon utilisés

Risque de contaminations pour le TAB le plus faible

Commentaires AA: Il y aura toujours des germes

AM: Plus de manipulations CM: Travail sous flux laminaire

CM: Moins de manipulations

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Risque de contaminations entre échantillons le plus faible

Commentaires

CM: Travail sous flux. Utilisation de capuchons une bouteille ouverte à la fois

AA, CM : Proximité entre les puits, coulures CM: Plusieurs cas en parallèle. Avec le temps: meilleure dextérité pour faire les spots et utilisation de plaques jetables diminution des risques

Risque dû à la toxicité des produits utilisés le plus faible

Commentaires CM: Travail sous flux laminaire Utilisation d’a. formique en faible quantité

Coût le plus bas

Commentaires AA, CM: Matériel actuel plus coûteux DP: N’a pas su le dire

AA, CM: Coût de l’automate compensé par la forte diminution de matériel utilisé

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5.3.3 Avec la méthode actuelle:

Erreurs dues à une inattention lors de la détection de germes dans les hémocultures, par exemple si le technicien est interrompu dans son travail ou qu’il manque de concentration. Elles peuvent avoir plusieurs conséquences :

Inversion de bouteilles, surtout si les numéros de cas sont proches

Dépôt d’une goutte d’une bouteille sur la lame pour le Gram d’un autre cas

Laisser traîner en longueur un cas avant de le transmettre

Oubli de mettre les géloses dans l’incubateur

Fréquence de ces erreurs aujourd’hui par rapport aux anciennes méthodes

Fréquence de ces erreurs aujourd'hui par rapport aux

anciennes méthodes

DP/AM : Plus

fréquentes

AA : ni plus, ni moins

fréquentes

CM : moins fréquentes

Fréquence de ces erreurs aujourd'hui par rapport aux

anciennes méthodes

DP/AM : Plus

fréquentes

AA : ni plus, ni moins

fréquentes

CM : moins fréquentes

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Erreurs dues à une inattention lors de l’identification d’entérobactéries :

Prise d’une plaque à la place d’une autre lors de la lecture, et ainsi associer un germe au faux patient

Oubli de lancer un test, de faire une identification au MALDI-TOF ou d’introduire un résultat dans le système informatique

Laisser traîner en longueur une analyse qui avait été lancée

Choix d’un petit test biochimique inadapté pour le germe recherché

Fréquence de ces erreurs aujourd’hui par rapport aux anciennes méthodes

Fréquence de ces erreurs aujourd'hui par rapport aux

anciennes méthodes

DP : Plus fréquentes

AA : ni plus, ni moins

fréquentes

AM/CM : moins

fréquentes

Fréquence de ces erreurs aujourd'hui par rapport aux

anciennes méthodes

DP : Plus fréquentes

AA : ni plus, ni moins

fréquentes

AM/CM : moins

fréquentes

Erreurs ni plus, ni moins fréquentes aujourd’hui:

Une inattention avait déjà et aura toujours pour conséquence l’apparition d’erreurs, quels que soient les outils à disposition. L’étape d’identification découlant de la détection de germes, certaines erreurs se répercuteront d’une étape à l’autre.

Erreurs moins fréquentes aujourd’hui:

Le système actuel et les contrôles devraient limiter ces erreurs ; celles-ci vont surtout apparaître s’il y a beaucoup de cas à la fois.

Une inattention lors de l’identification provoquait sûrement plus d’erreurs avant. La préparation et la lecture d’une galerie devaient demander plus de concentration que la préparation de la plaque du MALDI-TOF et la retranscription des résultats sur MOLIS.

Erreurs plus fréquentes aujourd’hui:

Les facteurs de dérangement pendant le travail sont plus fréquents aujourd’hui, avec le besoin de rendre des résultats dans les plus brefs délais. De plus, durant les deux heures prévues auparavant pour la lecture des hémocultures, le technicien ne s’occupait que de cela et n’était pas interrompu durant son travail.

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Erreurs lors de la lecture et de l’interprétation des résultats par la méthode actuelle de détection et d’identification d’entérobactéries dans les hémocultures :

Inversion de bouteilles ou de milieux de culture

BD BACTEC™ FX: il détecte des éléments qui n’étaient pas vus à l’œil ; cela peut parfois donner des faux positifs

Mauvaise orientation des analyses lors de la lecture des plaques.

MALDI-TOF: résultats donnés sous forme de liste pour chaque échantillon, avec tout en haut le germe ayant obtenu le meilleur score. Si l’identification est bonne, la même espèce apparaîtra généralement plusieurs fois dans la liste, mais il arrive que l’échantillon soit associé à plusieurs germes différents avec un bon score. Si le technicien ne se fie qu’au 1er germe de la liste ou ne prête pas attention aux scores, il peut donner une identification dont le score n’est pas suffisant ou encore ne pas remarquer que plusieurs germes sortent avec un score suffisant et qu’il serait nécessaire d’investiguer plus loin pour savoir lequel est le bon.

Gram: si le TAB le lit après avoir vu le résultat rendu par le MALDI-TOF, il peut se laisser influencer par celui-ci et, par exemple, ne pas repérer un 2ème germe que le MALDI-TOF n’aurait pas détecté, mais qui apparaîtrait sur la lame.

Bien que ce soit très rare, le risque que l’automate rende une identification erronée est tout de même présent.

Etc.

Fréquence de ces erreurs aujourd’hui par rapport aux anciennes méthodes

Fréquence de ces erreurs aujourd'hui par rapport aux

anciennes méthodes

DP : ni plus, ni

moins féquentes

AA/AM/CM : moins

fréquentes

Fréquence de ces erreurs aujourd'hui par rapport aux

anciennes méthodes

DP : ni plus, ni

moins féquentes

AA/AM/CM : moins

fréquentes

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Erreurs ni plus, ni moins fréquentes aujourd’hui:

Les cas étaient déjà traités l’un après l’autre, limitant les risques d’inversion de bouteilles. La grande précision de l’automate est contrebalancée par :

Le stress.

Le délai de rendu des résultats toujours plus court, augmentant le risque de commettre une erreur dans la précipitation.

Les cas plus nombreux qui se succèdent rapidement, cela ayant pour conséquence une diminution de l’attention portée à chaque cas séparément et une inévitable augmentation des risques d’erreurs.

Erreurs moins fréquentes aujourd’hui:

Chaque technique a des avantages et inconvénients:

VITAL®: il posait parfois des problèmes pour détecter la positivité à des levures.

BD BACTEC™ FX: il est certes plus précis que l’œil humain, mais il a certaines limites: par exemple, si une bouteille reste trop longtemps hors de l’automate avant d’être incubée, les germes commencent leur croissance et peuvent atteindre le plateau de croissance avant d’être placés dans l’automate. Le BD BACTEC™ FX détectant la positivité grâce au tracé d’une courbe, il sortira un faux négatif.

BD BACTEC™ FX: des faux positifs peuvent apparaître en cas de contamination du prélèvement ; ce dernier sera alors mis sur gélose, les tests d’identification seront lancés sur le culot et la contamination ne sera repérée que lors de la lecture du Gram ou à la lecture des géloses le lendemain. Avec les méthodes de lecture à l’œil, la plupart du temps, des germes poussaient sur la surface gélosée ou la gélose slidé, permettant de savoir, selon la diversité, l’aspect des colonies ou le nombre de bouteilles positives, s’il s’agissait d’un vrai positif ou d’une contamination et d’arrêter le processus d’identification plus tôt.

Augmentation des garde-fous avant de pouvoir rendre les résultats. Il est difficile, pour AA, d’imaginer comment il était possible de détecter de manière fiable une positivité de la bouteille à l’œil, tandis que le BACTEC est un automate d’une grande précision. Une lecture à l’œil est trop variable d’une personne à une autre, alors que l’automate est standardisé. Lors de l’identification d’entérobactéries, c’est à présent le MALDI-TOF qui fait le plus gros du travail. La seule explication à une mauvaise lecture et/ou interprétation des résultats serait, selon AM, que l’automate commette une erreur. Le TAB ne serait donc pas responsable de cette erreur et n’aurait qu’à la repérer et la signaler. Cela semble toutefois impossible à AA, pour qui, le MALDI-TOF est à 100% fiable. Avec les anciennes méthodes d’identification, la responsabilité du TAB face à d’éventuelles erreurs était bien plus grande qu’aujourd’hui. Si des erreurs sont commises lors de la lecture des plaques, l’identification au MALDI-TOF ne correspondra généralement pas à la première observation, ce qui résoudra le problème, avec une perte de temps comme seule conséquence.

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Contaminations entre échantillons lors de la détection des germes (dues par exemple à un oubli de changer d’anse entre deux cas ou à une giclée de sang)

Fréquence de ces erreurs avec les anciennes méthodes Fréquence de ces erreurs aujourd’hui

Fréquence de ces erreurs avec les anciennes méthodes

AM : très rares

DP/AA : rares

CM : moyennement

fréquentes

Fréquence de ces erreurs aujourd'hui

AM : très rares

CM/AA : rares

DP : moyennement

fréquentes

Fréquence de ces erreurs aujourd'hui

AM : très rares

CM/AA : rares

DP : moyennement

fréquentes

Contaminations entre échantillons lors de l’identification d’entérobactéries (dues par exemple à un oubli de changer d’embouts ou à des coulures d’un puits à un autre)

Fréquence de ces erreurs avec les anciennes méthodes Fréquence de ces erreurs aujourd’hui Fréquence de ces erreurs avec les anciennes méthodes

AM/DP : très rares

AA : rares

CM :Moyennement

fréquentes

Fréquence de ces erreurs aujourd'hui

AM : très rares

DP/AA/CM : rares

Fréquence de ces erreurs aujourd'hui

AM : très rares

DP/AA/CM : rares

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Arguments apportés par les technicien(ne)s pour justifier leurs changements d’opinion entre les anciennes méthodes et les actuelles.

Erreurs ni plus, ni moins fréquentes aujourd’hui:

Plusieurs cas sont traités en parallèle lors de l’ensemencement des plaques et de la préparation des lames à colorer au Gram. Cela est une des principales causes de contaminations entre échantillons. Ces manipulations étant encore manuelles actuellement, le niveau de risque reste le même.

Que ce soit entre les tubes d’une galerie maison ou entre les puits du MALDI-TOF, le risque de contamination est toujours présent.

L’utilisation de pipettes, d’écouvillons, etc. est également toujours une source d’erreur.

Erreurs moins fréquentes aujourd’hui:

Travail sous flux laminaires et utilisation de bouchons pour fermer les bouteilles entre chaque utilisation.

Toutes les lames préparées pour la coloration de Gram sont alignées sous le flux et une giclure peut atteindre les lames d’un autre cas ; le TAB devrait toutefois s’en rendre compte et refaire tous les Gram.

Bien que les cas se succèdent plus rapidement aujourd’hui, ils sont tout de même traités l’un après l’autre. Les géloses sont ouvertes l’une après l’autre sous le flux ou lors de la lecture, les dépôts pour le MALDI-TOF sont faits à la suite et non en même temps, etc.

L’augmentation de rigueur a également permis de diminuer les erreurs. Par exemple, les techniciens utilisent des buvards pour sécher les Gram. Le laboratoire insiste pour que ceux-ci soient changés régulièrement, car il est arrivé que des germes soient transmis d’un cas à l’autre par l’intermédiaire du buvard. Il s’agit là d’une amélioration qui aurait eu lieu, même sans l’arrivée de nouvelles techniques d’identification.

Erreurs plus fréquentes aujourd’hui:

Avec les nouvelles bouteilles, le sang peine parfois à sortir, obligeant le TAB à secouer l’hémoculture et risquant de provoquer des giclures.

Le problème du stress grandissant reste un facteur de risque important, à tous les niveaux.

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Erreurs d’inversion de patients lors de la détection et l’identification d’entérobactéries dans les hémocultures :

Lors de la détection de la positivité des bouteilles

Lors de l’acheminement des hémocultures positives en laboratoire

Lors de la réception du matériel, de l’inscription du cas

Lors de la mise en culture

Fréquence de ces erreurs avec les anciennes méthodes Fréquence de ces erreurs aujourd’hui

Fréquence de ces erreurs aujourd'hui

AA/AM : très rares

DP/CM : rares

Fréquence de ces erreurs avec les anciennes méthodes

AM : très très rares

AA : très rares

DP/CM : rares

Fréquence de ces erreurs avec les anciennes méthodes

AM : très très rares

AA : très rares

DP/CM : rares

Arguments apportés par les technicien(ne)s pour justifier leurs changements d’opinion entre les anciennes méthodes et les actuelles.

Erreurs ni plus, ni moins fréquentes aujourd’hui:

Erreurs essentiellement commises lors de la lecture des noms des patients, par exemple lorsque plusieurs portent le même nom de famille ou la même date de naissance. Ainsi, le progrès des techniques et l’informatisation des dossiers ne changent pas le problème. Ces erreurs peuvent être remarquées et corrigées le lendemain, comme elles peuvent passer totalement inaperçues.

L’inversion de patients est plus fréquente avant d’arriver au laboratoire, au moment de la prise d’échantillon et de l’envoi du prélèvement. Il arrive parfois qu’une incohérence entre le bon de demande et le prélèvement soit relevée lors de la réception de l’échantillon.

Erreurs plus fréquentes aujourd’hui:

Le fait de toujours vouloir raccourcir les délais aujourd’hui est un facteur important d’erreurs. Avant, il y avait beaucoup moins de stress pour traiter les échantillons et rendre les résultats. Par exemple, pour la lecture des hémocultures, deux heures étaient prévues, ce qui laissait le temps de le faire calmement.

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5.3.4 Méthode actuelle: pour le clinicien et la prise en charge du patient

Avantages Inconvénients

Rapidité d’obtention et de rendu du résultat. Rapidité d’adaptation du traitement. Traitement plus ciblé et plus efficace. Rapidité de la mise à l’isolement du patient. Baisse du risque de créer des résistances. Baisse du risque de répandre l’infection.

Risque de faux diagnostic si le médecin se fie trop à un 1er résultat donné sous réserve. Prise de mauvaises habitudes, augmentant les risques d’erreurs:

- Les cliniciens sont plus impatients. - Ils appellent régulièrement le

laboratoire. - Les cadres interrompent plus

souvent le technicien. Le patient s’attend à recevoir un résultat rapidement et s’inquiétera s’il tarde à arriver.

5.3.5 Méthode actuelle: pour le laboratoire

Avantages Inconvénients

Probable avantage financier. Gain de temps pour faire autre chose (commandes, maintenances, etc.) grâce à la rapidité de réalisation des analyses.* Prestige qu’une telle avancée technologique apporte au laboratoire. Image du laboratoire qui devient plus compétent aux yeux des cliniciens.

* Ce n’est en réalité pas le cas. La diminution du temps consacré à une analyse a permis d’augmenter le nombre de cas traités en un même laps de temps, occupant autant le TAB qu’auparavant.

5.3.6 Méthode actuelle: pour le technicien en analyses biomédicales

Avantages Inconvénients

Moins de temps consacré à la préparation de milieux ou de tubes. La diminution du nombre de manipulations par analyses épargne les bras des techniciens à long terme. Lecture effectuée par les automates, laissant du temps au TAB pour s’occuper d’autre chose. Possibilité d’apprendre de nouvelles techniques, de travailler avec du matériel toujours plus pointu.

Augmentation de la pression et du stress avec l’arrivée de l’automatisation:

- Donne une raison supplémentaire aux cadres et aux cliniciens de réclamer les résultats avant qu’ils n’aient été obtenus.

- Nécessité d’être toujours à 100% de ses capacités.

- Erreur moins facilement acceptée, surtout si elle fait perdre du temps.

Besoin de pouvoir jongler entre le traitement des cas des jours précédents et ceux du jour même. Le TAB doit être attentif et capable d’interrompre un travail en cours pour s’occuper des culots qui sont prioritaires. Contact avec des produits plus toxiques qu’auparavant, bien qu’en faible quantité, durant l’identification au MALDI-TOF.

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5.3.7 Évolution future: informatisation des données

Le passage à une informatisation des données a surtout fortement amélioré la vitesse de rendu des résultats. En effet, un gain de temps est observé lors de la transmission des résultats dans le dossier du patient, puis au médecin. Ce bénéfice est observable au niveau du technicien tout d’abord, qui introduit et valide les résultats plus rapidement, mais également au niveau du médecin, qui peut consulter quasiment en temps réel les données transmises dans le dossier informatique. Le technicien, les validateurs et le médecin ont accès aux dossiers à peu de temps d’intervalle, directement sur leurs postes de travail. Cela permet ainsi aux validateurs ou aux TAB qui doivent vérifier une information dans un dossier traité à un autre poste que le leur, de le faire depuis leur ordinateur, sans déranger le technicien qui travaille au poste de lecture concerné. Une diminution du nombre de téléphones reçus devrait être observée, bien que cette baisse ne soit pas nettement visible. Le suivi s’est vu grandement amélioré en passant d’une quantité conséquente de feuilles volantes à une seule base de données et à une obligation de décrire chaque étape de l’analyse et les résultats obtenus. Le stockage des données a été facilité et prend beaucoup moins de place. La diminution du temps passé à écrire ou déchiffrer une écriture peu lisible et de la consommation de papier sont également des avantages non négligeables. Pourtant, AM estime que, sur le plan écologique, la fabrication d’un ordinateur est finalement plus nuisible que la consommation de papier. Le passage à l’informatisation des données n’a évidemment pas que des avantages : lorsque les dossiers et rapports étaient sur papier, les techniciens voyaient passer les noms des patients, les données et faisaient des liens entre eux. Selon DP, si les données sont traitées automatiquement, le technicien se sent moins responsable de ce qui se fait. Il perd l’habitude de réfléchir, puisqu’il n’est plus nécessaire de mémoriser et visualiser les cas dans l’ensemble, et une certaine routine s’installe. CM voit la dépendance à la technologie comme étant le plus gros inconvénient. Si l’ordinateur tombe en panne, le technicien ne peut plus rien faire. De plus, le temps nécessaire pour rechercher une information dans un dossier est plus long que dans les anciens dossiers papier. Pour AA, l’inconvénient des dossiers sous cette forme est la surcharge de l’écran pour certains dossiers, avec le risque de s’y perdre. Un trop grand suivi est autant un avantage qu’un inconvénient, selon AM. Actuellement, chaque acte que le TAB effectue est inscrit sur la base de données, avec ses initiales et l’heure à laquelle il l’a effectué. Cette surveillance permanente provoque une perte de liberté.

5.3.8 Évolution future: ressenti des techniciens

Depuis que DP et CM travaillent en bactériologie au CHUV, de nombreuses évolutions ont eu lieu, tant au niveau pratique, qu’organisationnel, et de nombreux changements vont encore avoir lieu, essentiellement pour AA et AM. En discutant avec des TAB, biologistes, médecins, étudiants, etc., j’ai remarqué que les avis concernant les projets d’automatisation future divergeaient beaucoup. Ceux-ci allaient d’une forte réticence à une grande impatience en passant par des avis plus mitigés. Par les affirmations suivantes, qui sont un éventail de réflexions entendues lors de discussions antérieures, j’ai tenté de déterminer les raisons qui feraient que les TAB

apprécieraient de travailler dans un laboratoire entièrement automatisé (), celles qui les

rendraient réticents à cette idée () ou encore celles qui n’influenceraient leur avis ni dans

un sens, ni dans l’autre (). Elles vont également me permettre de comparer les avis de

deux techniciennes ayant déjà connu des changements à ceux de deux techniciens qui vont vivre pleinement les prochains. Certaines affirmations sont déjà en partie d’actualité, tandis que d’autres sont encore au stade de projet ; certaines sont directement liées à l’automatisation complète, tandis que d’autres pourraient déjà avoir été introduites.

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AM AA CM DP

Gain de temps par analyse Simplification des protocoles Informatisation des données Tri automatique des géloses stériles ou positives Meilleure reproductibilité Interprétation des résultats simplifiée Diminution du temps consacré au classement et au tri des milieux de culture

Intérêt du travail en lui-même Travail moins manuel Diminution des connaissances théoriques nécessaires à la réalisation et l’interprétation de l’analyse

Installation d’une routine dans les manipulations Diminution du contact direct avec les germes (odeurs, aspect, consistance, …)

Introduction du 7/7, 24/24 Augmentation du temps d’analyse par rapport au temps de manipulation

Baisse du nombre de personnel nécessaire pour un travail identique

Perte du besoin de connaître les caractères biochimiques des germes

5.3.9 Évolution future: conséquences

Selon DP, en comparaison avec les méthodes manuelles, une trop grande confiance en l’automate et l’informatisation ont provoqué une augmentation du nombre d’erreurs. Elle ignore toutefois si avec le passage à une automatisation complète, c'est-à-dire comprenant l’inscription, le tri et le traitement des analyses, sans intervention de l’interprétation du technicien, ces erreurs augmenteront encore, resteront les mêmes ou diminueront. Elle suppose que cela ne changera pas la situation actuelle. AA pense également que des erreurs peuvent passer inaperçues si l’on se fie trop à l’automate, mais que cela ne représente qu’une très faible augmentation par rapport au nombre d’erreurs commises auparavant. Selon lui, l’automatisation complète devrait faire disparaître à nouveau ces erreurs, mais rien n’est sûr. Pour CM, avec la situation actuelle, une trop grande confiance en l’automate ne provoque pas d’augmentation du nombre d’erreurs. Elle pense que le problème risque de se poser plus tard dans le futur, puis l’automatisation complète le fera certainement disparaître à nouveau. Pour elle, un système entièrement automatisé provoquera une perte de temps, du moins au début, à cause d’un besoin de s’adapter. AM n’estime pas non plus que des erreurs puissent être dues à une trop grande confiance en l’automate, encore plus lorsque l’automatisation sera complète. Une grande confiance est mise sur les automates, tout simplement parce qu’ils sont de plus en plus fiables ; cela ne peut donc pas provoquer plus d’erreurs. L’augmentation du nombre d’analyses est l’une des raisons de l’avancée technologique. DP et AM sont d’accord avec l’idée que, l’offre créant la demande, c’est également l’avancée des techniques qui entraîne une hausse du nombre d’analyses. En effet, il semblerait que certaines demandes sont faites parce qu’elles sont possibles et non uniquement par nécessité.

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CM estime, elle, que ce phénomène est surtout observé en hôpital, mais semble diminuer. En effet, après une tendance initiale des cliniciens à augmenter le nombre de demandes par le simple fait de l’arrivée d’automates aux possibilités accrues, le laboratoire semble avoir réussi à inverser en partie la tendance, en demandant parfois aux prescripteurs de justifier leur choix, pour ne faire, la plupart du temps, que les analyses nécessaires pour le patient. Les laboratoires de bactériologie font partie des derniers à avoir connu ce problème, puisqu’ils sont entrés dans un processus d’automatisation après la plupart des autres laboratoires, à cause de la plus grande difficulté de standardiser des analyses sur des organismes vivants. CM relève toutefois que, l’avancée technologique étant bénéfique pour les patients, elle est également faite pour des raisons économiques. AA pense, lui, que seule l’augmentation du nombre d’analyses est responsable de l’évolution technologique et non l’inverse. Il justifie cela par le fait que tous les cliniciens ne sont pas informés des changements effectués dans le laboratoire ; ainsi, ils peuvent tout à fait ignorer qu’un nouvel automate vient d’être acheté et tout de même augmenter le nombre de demandes. Cela est donc réellement dû à un besoin, suite au nombre grandissant de cas, et non à une tendance générale à prescrire large plutôt que de cibler une seule analyse.

5.3.10 Évolution future: spécifiquement pour la détection et l’identification d’entérobactéries dans les hémocultures

Les TAB interviewés sont tous d’accords pour dire que la détection de germes dans les hémocultures et l’identification d’entérobactéries sont appelées à évoluer dans les 10 ans à venir, voire plutôt dans les 15 ou 20 ans, selon AA et CM. Si DP ignore quels pourraient être les changements, mise à part l’utilisation plus systématique de PCR, CM suppose que les germes pourront être détectés directement dans le sang sans mise en culture au préalable. Cela permettra de travailler avec peu de matériel, peut-être par PCR ou avec une autre technique à venir. Pour l’identification d’entérobactéries, le MALDI-TOF reste, selon elle, une technique rapide qui ne sera peut être pas remplacée dans les 10 ans, bien qu’il soit toujours envisageable que des PCR puissent être utilisées pour l’identification directement depuis le sang, sans culture au préalable. AA imagine essentiellement le laboratoire comme une chaîne entièrement automatisée, avec le passage direct de la bouteille d’hémoculture dans un ensemenceur automatique, déjà utilisé actuellement pour d’autres prélèvements, puis l’envoi des plaques dans un incubateur, un dépôt de colonie automatique sur la plaque du MALDI-TOF et l’identification du germe. Les techniques resteraient donc essentiellement les mêmes, mais seraient réalisées d’un bout à l’autre par un automate, avec l’intervention du TAB uniquement pour le choix des colonies à analyser, scannées au préalables par l’automate et visibles sur un écran, par exemple. Selon AM, les bouteilles d’hémocultures et l’automate de détection de germes seront probablement plus petits ; le temps d’incubation nécessaire pourrait également être plus court. Les entérobactéries ayant des caractères très spécifiques, AM imagine par exemple l’utilisation de bouteilles d’hémocultures spécialement pour les entérobactéries, permettant de mieux cibler les analyses.

5.3.11 Évolution future: pour la formation de technicien en analyses biomédicales

Toutes les avancées technologiques risquent d’avoir un impact non négligeable sur la formation des TAB. En effet, dans un futur où le laboratoire serait entièrement automatisé, l’achat d’automates serait utile, afin d’assurer la formation des étudiants à leur utilisation. CM, DP et AA sont unanimes sur l’importance de conserver l’apprentissage des techniques manuelles et de la théorie de base de bactériologie. Cela est indispensable pour que le travail reste intéressant et pour maintenir un bon niveau d’apprentissage de la bactériologie. De plus, chaque laboratoire utilise des automates différents et se trouve à un stade d’automatisation différent. La connaissance de la matière théorique permet également de limiter certaines erreurs qui peuvent s’installer avec la routine et de mieux réagir en cas de panne d’un automate.

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À l’inverse, AM estime que l’école devrait privilégier la formation à l’utilisation des automates plutôt qu’aux techniques manuelles, qui ne seront plus utilisées qu’exceptionnellement en laboratoire. Pour lui, il n’est pas seulement utile d’apprendre à utiliser les automates en pratique, mais il faudra également introduire plus de cours théoriques spécifiquement consacrés à l’automatisation et l’informatique.

5.3.12 Évolution future: automatisation complète

Pour cette dernière partie, je leur ai demandé de décrire le métier de TAB, tel qu’ils l’imaginent dans un laboratoire avec automatisation complète. DP m’a peint le portrait d’un technicien assis toute la journée à sa place, derrière un écran d’ordinateur, avec, à portée de mains, une caisse à outils pour réparer les automates qui tomberaient en panne. Les trois phases analytiques se dérouleront, selon elle, de la même manière: que ce soit en poste préanalytique, analytique ou post-analytique, le rôle du technicien en analyses biomédicales sera de lancer les machines, récupérer les résultats, les interpréter et dépanner l’automate si nécessaire. Au niveau de l’équipe pluridisciplinaire, la place du TAB est également appelée à changer. Comme c’est déjà le cas dans certains pays, DP imagine que dans un laboratoire entièrement automatisé, des universitaires s’occuperont des analyses et de leur interprétation, tandis que le travail du TAB sera relayé à celui de « manoillon ». Pour CM, les manipulations, qui donnaient un côté ludique à notre métier, seront moins nombreuses et cela entraînera une baisse certaine d’intérêt. Bien qu’elle doute que ce soit le cas, si le TAB reste responsable de l’interprétation des résultats, du moins en partie, cela rendra la journée tout de même intéressante. Plus l’automatisation progressera, plus le pouvoir de décision du technicien diminuera. Elle imagine même que, dans le futur, il existera des plaques chromogènes pour tous les germes et l’automate lira les plaques, reconnaîtra les couleurs, lancera les identifications et le TAB ne sera utile que pour déterminer si le germe est pathogène ou non, si l’automate ne peut pas le faire. Si le futur progresse dans cette extrémité, le rôle du TAB se limitera alors à celui de vérifier que l’automate ne se soit pas trompé. Il préparera l’échantillon, le mettra dans l’automate et tout se fera tout seul. CM pense que la place du TAB parmi l’équipe pluridisciplinaire va changer, du moins en bactériologie, mais que celle-ci sera déterminée par une décision politique. Elle peut imaginer qu’il se dirigera soit vers un travail se rapprochant de celui des biologistes actuels, avec un pouvoir accru dans l’analyse et la validation des résultats, soit vers un poste avec moins de responsabilités qu’aujourd’hui, consistant à s’occuper des automates et de leur bon fonctionnement. AA voit un travail avec une grande importance de l’informatique. Le TAB sera plus souvent devant un écran d’ordinateur et toutes les commandes seront informatisées. Le travail manuel sera progressivement remplacé par l’informatique. Les trois phases analytiques seront moins distinctes qu’aujourd’hui ; le travail du TAB sera, à tous les niveaux, de s’occuper des tâches moins intéressantes qu’actuellement, comme le tri de déchets, la surveillance des automates et leur maintenance. Il s’occupera finalement plus des automates que de la bactériologie en elle-même. AA pense que sa place par rapport à l’équipe pluridisciplinaire sera peut être légèrement inférieure à celle qu’il occupe actuellement, bien qu’il sera toujours responsable de l’interprétation et la validation des résultats donnés par l’automate. AM pense que le terme de technicien sera parfaitement adapté, puisque le travail du technicien en analyses biomédicales sera plutôt de s’occuper de la technique, du fonctionnement des automates, de leur maintenance. Le rôle du TAB dans les phases pré-analytiques, analytiques et post-analytiques sera certainement moins important que celui qu’il a à présent, puisqu’une grande partie de ses manipulations seront faites par des automates. Toutefois, par rapport à l’équipe pluridisciplinaire, sa place restera probablement la même.

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5.4 3ème partie: interview du Professeur Gilbert Greub

5.4.1 Présentation du médecin interviewé:

Le Professeur Greub a effectué des études de médecine ; très intéressé par les maladies infectieuses et médecines tropicales, il estimait nécessaire d’avoir des connaissances en microbiologie et s’est finalement spécialisé dans cette matière. Il occupe actuellement les postes de directeur de l’Institut de Microbiologie par intérim et de chef de service de ce même institut. En 2007, il a été nommé responsable du laboratoire de parasitologie, puis en 2009 de celui de bactériologie, pour finalement devenir le médecin chef de l’entier des laboratoires de diagnostic de microbiologie depuis septembre 2011.

5.4.2 Moments clés de l’évolution de la détection et de l’identification d’entérobactéries dans les hémocultures:

Les techniques de détection de germes dans les hémocultures n’on pas cessé d’évoluer ces dernières années. Il existe toutefois quelques moments clés de cette évolution. En 1994, lorsque le Prof. Gilbert Greub est arrivé en microbiologie, la positivité des hémocultures se détectait à l’œil en observant la turbidité du bouillon, puis avec l’aide d’une pastille colorimétrique dans le fond de la bouteille. La grande progression s’est faite en 2004, avec l’arrivée d’automates de détection de croissance bactérienne. Il en est de même pour les techniques d’identification d’entérobactéries, qui se faisaient avec des galeries en tubes jusque vers le milieu des années 90, puis d’autres galeries, telles que l’API® ou l’ATB™, sont arrivées sur le marché et finalement le VITEK® 2. Ces différents changements ont permis de faire les mêmes identifications dans un délai plus court, en utilisant moins de matériel. En routine, des géloses chromogènes ont également été introduites, il y a environ 15 ans, généralement utilisées pour d’autres prélèvements que les hémocultures. Mais la grande révolution s’est faite au mois de mars 2009, avec l’arrivée du MALDI-TOF au CHUV, qui a permis de diminuer grandement le temps de rendu des résultats et, en conséquence, le temps nécessaire pour pouvoir cibler le traitement antibiotique des patients. Une période de mise au point a été nécessaire, avant de pouvoir l’utiliser sur les culots d’hémocultures, dès le mois de septembre de la même année. Toutes ces évolutions sont, selon le Prof. Gilbert Greub, liées à la volonté de passer à une technologie plus poussée par la miniaturisation et l’automatisation. Il ne pense pas que l’introduction de nouvelles technologies pousse les cliniciens à demander plus d’analyses, sans qu’elles soient forcément nécessaires. À son avis, l’augmentation du nombre d’analyses est simplement due à l’augmentation de l’espérance de vie des patients. De cela va forcément découler un plus grand nombre de personnes immunosupprimées, âgées et donc, plus aptes à contracter des infections. À noter que le nombre d’hémocultures à fortement augmenté avec l’âge de la population. Une hausse du nombre de voyageurs est également responsable de l’augmentation du nombre d’analyses en microbiologie.

5.4.3 Changements prévus dans le futur:

Le laboratoire de bactériologie du CHUV s’apprête à subir de nombreux changements. Au niveau des hémocultures, le souhait du Prof. Greub serait de pouvoir posséder des automates de détection plus près des urgences ou soins intensifs, de façon à pouvoir incuber le prélèvement immédiatement après l’échantillonnage, même la nuit, et ainsi diminuer les délais. Des progrès dans l’identification d’entérobactéries sont également imaginables, par exemple avec des automates qui seraient capables d’identifier les germes lors de la lecture, en se basant sur les caractères physicochimiques, l’aspect, la réfringence des colonies. Une autre possibilité serait le développement de géloses chromogènes ou avec un fluorochrome, qui soient plus ciblées. Cela permettrait par la suite, comme c’est déjà le cas pour certaines PCR, de pouvoir valider automatiquement l’identification et la quantité de certains germes dans des prélèvements assez standards, sans aucune intervention des techniciens. Ce

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serait utile par exemple dans les urines, où toutes les géloses stériles ou positives pour l’Escherichia coli (environ 90% des cas) n’auraient plus à passer dans les mains du technicien. Pour la bactériologie en général, l’évolution se dirigerait plutôt vers la télébactériologie, c’est-à-dire la possibilité d’obtenir des images directement à partir des géloses qui se trouvent dans l’incubateur, qui seront ensuite traitées sur écran. Cela permettrait un traitement plus précoce et un meilleur flux d’analyses. Pour permettre cela, un laboratoire de type « automatisation complète » serait nécessaire. Si ces changements sont quasiment certains, d’autres en sont encore au stade de souhait. Le Professeur Greub espère entre autre pouvoir mettre au point une technique qui permette non seulement une identification rapide, comme c’est déjà le cas avec le MALDI-TOF, mais également d’avoir un antibiogramme dans de plus brefs délais. D’après lui, un antibiogramme génotypique ne correspondra jamais complètement à la sensibilité des germes aux antibiotiques, à cause de mécanismes épigénétiques ne pouvant pas être lus par PCR. Il aimerait pouvoir obtenir une technique aussi rapide que la PCR, mais qui soit phénotypique et non génotypique. Des projets de recherche sur le sujet sont déjà en route, avec par exemple l’utilisation de microscopie à force atomique. Cette nanotechnologie permet de voir si une bactérie est vivante ou pas à l’aide d’un petit curseur sur lequel se trouve la bactérie ; celui-ci va bouger et les vibrations seront mesurées. Des données préliminaires ont montré que cette méthode fonctionnait, mais elle n’est pas encore applicable en routine, dans les laboratoires.

5.4.4 Avantages et inconvénients de ces changements:

Pour le clinicien, ces nouvelles technologies apporteront des résultats plus rapides et ainsi, la possibilité de traiter le patient de manière plus ciblée et plus efficace. Le clinicien aura potentiellement accès à plus d’informations, comme par exemple le génome d’un bacille Gram négatif trouvé dans une hémoculture positive. Cela ne serait pas systématique, mais dans des situations particulières, il pourrait être utile de mieux connaître le facteur de virulence d’un germe pour le suivi du patient, par exemple lors de forte résistance aux antibiotiques. L’inconvénient pourrait être que les cliniciens risquent de trop se fier aux automates et de ne se baser plus que sur les résultats donnés par le laboratoire, sans tenir compte de la clinique du patient. Il est très important que l’infectiologue continue à ausculter ses patients, à les écouter et rechercher la cause de l’infection, afin d’éviter qu’elle se reproduise par la suite. Au niveau du laboratoire, ces évolutions permettront une meilleure rentabilité, que ce soit grâce à la baisse d’EPT par analyse ou à l’augmentation de la productivité. L’automatisation permettra de concentrer les analyses dans un nombre plus restreint de laboratoires plus grands. Au niveau du TAB, la plus grande inquiétude est que le travail perde de l’intérêt. Pourtant, le Prof. Gilbert Greub ne pense pas que ce sera le cas. Selon lui, la télébactériologie permettra de visualiser les colonies sous un autre angle, plus en profondeur. Le temps sera également réparti différemment, laissant la possibilité au TAB de s’adonner à des tâches plus intéressantes, pendant que l’automate s’occupe des tâches plus répétitives et ennuyeuses. Le développement sera plus grand et nécessitera la présence de techniciens. Ils seront donc toujours nécessaires, mais le métier se spécialisera certainement plus vers des compétences accrues en informatique, gestion de connexions, etc.

Fig. 16: Télébactériologie

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5.4.5 Impact de ces changements:

L’incidence de l’automatisation sur les coûts du laboratoire est difficile à évaluer. Les appareils utilisés actuellement sont assez robustes et vont, pour la plupart, durer plus de 10 ans avant de devoir être changés. Il est donc difficile de savoir si l’on peut envisager un amortissement sur une aussi longue période, puisque les techniques évoluent très vite et l’automate risque d’être désuet et de devoir être remplacé même s’il fonctionne encore. Un amortissement sur 5 ans serait plus adapté, mais les coûts des appareils étant de l’ordre de deux millions, seuls des laboratoires effectuant un très grand nombre d’analyses peuvent se le permettre. Cela nécessite un regroupement des analyses bactériologiques, avec pour conséquence une perte de proximité entre les laboratoires et certaines cliniques ou certains petits hôpitaux menant à la disparition des petites structures au profit d’une centralisation. Les coûts de la santé ne sont que peu touchés par ces évolutions. En effet, le plus coûteux actuellement est le temps technicien (environ 80%, contre 10-20% des coûts pour les réactifs) qui ne sera pas augmenté, voir même diminué. L’effet sur les coûts de la santé, s’il y en a un, sera donc plutôt bénéfique. Actuellement, les prélèvements du vendredi sont incubés tout le week-end et lus seulement le lundi, ce qui ne pose généralement pas de problème. Toutefois, les colonies n’ont plus le même aspect si elles ont été incubées 72h au lieu de 24h ; un automate étant plus standardisé que l’œil humain, il n’arrivera certainement pas à lire des géloses si les morphologies sont trop différentes. Pour maintenir une bonne qualité de lecture avec une automatisation complète, il faudra donc certainement passer à un horaire de travail de 7/7. L’automatisation va provoquer une diminution de la charge de travail, ce qui pourrait causer une baisse du personnel nécessaire. Malgré cela, le Professeur Greub pense que ce ne sera pas le cas, puisque le nombre d’analyses va continuer à augmenter et ainsi compenser la baisse de travail par analyse. L’automatisation ne va donc pas nécessiter de diminution du personnel, mais risque d’enrayer le besoin d’augmenter le nombre d’employés. L’évolution des technologies se faisant en permanence et progressivement, le Prof. Greub estime que les connaissances et l’apprentissage à l’utilisation du nouveau matériel par le personnel de laboratoire pourra se faire essentiellement dans la routine. Il lui paraît toutefois important qu’au niveau de la formation, des cours d’informatique ou de codage soient donnés, afin de préparer les futurs techniciens en analyses biomédicales à la gestion de l’information et de l’informatique de laboratoire. Malgré cela, l’enseignement des bases de bactériologie reste indispensable. Même avec un laboratoire entièrement automatisé, le technicien doit rester capable de comprendre ce qu’est une colonie, de différencier les espèces et de savoir comment elles sont définies. Il doit également être en mesure de réaliser certaines anciennes méthodes d’identifications, qui lui permettront de connaître les principaux caractères biochimiques et phénotypiques des germes. Au niveau de la pratique, le technicien doit toujours savoir lire les géloses et les ensemencer manuellement. Cela sera utile pour les projets de développement, les bactéries ou les échantillons particuliers que l’automate ne pourra pas traiter, pour les plus petits laboratoires moins automatisés ou encore en cas de pannes.

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66 DDiissccuussssiioonn Avec les résultats obtenus, il est impossible de faire des statistiques. Les avis des personnes interviewées doivent être pris à titre d’exemples, mais ne sont pas assez nombreux pour représenter l’avis de l’entier des TABs. Le choix des personnes à interviewer a toutefois été fait de manière à représenter le plus possible l’avis général.

6.1 1ère partie: description des méthodes utilisées au fil du temps

J’ai choisi de parler des techniques comme elles m’ont été décrites durant les interviews par les technicien(ne)s en analyses biomédicales. Par ce biais, certains détails peuvent être omis, mais j’ai préféré mettre l’accent sur les éléments essentiels du point de vue des technicien(ne)s qui ont travaillé avec ces méthodes. Cela implique bien sûr de n’avoir que deux avis pour les techniques plus anciennes et quatre pour les actuelles.

Changements principaux observés:

Il y a 30 ans Intermédiaire Aujourd’hui

Détection de la positivité À l’œil VITAL® BD BACTEC™ FX

Dossier du patient Papier Papier/informatisé Informatisé

Méthodes d’identification

Galeries en tubes VITEK® 2 MALDI-TOF

Délai entre la positivité et une 1ère identification

24-48h * 24-48h

40’ – 3h

* Entre les galeries en tube et le VITEK® 2, les galeries API® permettaient une identification en 4h Dans les faits, le principal progrès a lieu au niveau du temps d’analyse. Même avec les galeries API®, qui étaient les plus rapides de l’époque, la durée de l’identification est plus grande que celle nécessaire aujourd’hui pour introduire un cas, le mettre en culture, préparer le culot et obtenir une 1ère identification. Il est étonnant de voir que pour la méthode actuelle, l’estimation du temps d’analyse varie entre 40 minutes et 3 heures d’un technicien à l’autre. Plusieurs facteurs peuvent expliquer cette différence : Si l’on prend le temps qu’il faut pour chaque étape séparément et qu’on les additionne, le total devrait se situer entre 40 minutes et 1h.

Introduction du cas et identification des géloses : 5-10 minutes

Préparation du culot, mise en culture et préparation des Gram : 30-40 minutes

Indentification au MALDI-TOF et lecture des Gram : 5-10 minutes Mais si l’on prend en compte l’acheminement des bouteilles jusqu’au laboratoire, les temps d’attente pour pouvoir introduire le cas, le mettre en culture, préparer le culot ou lancer le MALDI-TOF, le temps pour les déplacements d’une salle à une autre ou encore des imprévus ou distractions en tout genre, ce délai peut facilement doubler ou tripler en routine.

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6.2 2ème partie: vision et ressenti des TAB par rapport à ces évolutions

6.2.1 Problème rencontré:

J’ai demandé aux techniciens d’estimer le pourcentage d’entérobactéries détectées spécifiquement dans hémocultures. En traitant ensuite les résultats, j’ai remarqué que la question avait certainement été comprise différemment par tous les techniciens. Leurs 1ères estimations variaient entre 2 et 75%. Il m’était impossible de faire une comparaison avec cela. Après réflexion, j’ai compris quelle avait pu être la méprise et j’ai décidé de leur reposer la question de départ par écrit, pour plus de clarté, et de leur poser également celle avec laquelle la première avait été confondue. Ils ont donc tous estimé : le pourcentage d’entérobactéries détectées spécifiquement dans les hémocultures et le pourcentage d’hémocultures spécifiquement positives pour des entérobactéries. Le problème a été réglé, puisque leurs 2ème estimations sont plus proches et j‘ai gardé celles-là pour la comparaison. Bien entendu, l’estimation reste difficile ; le nombre d’entérobactéries varie beaucoup d’une semaine à l’autre et si le TAB interviewé vient de travailler au poste des hémocultures, il pourrait sur ou sous-évaluer le nombre en fonction de ce qu’il vient de voir en une semaine.

6.2.2 Comparaison des méthodes:

Ce que les méthodes actuelles ont apporté par rapport aux anciennes:

Une plus grande rapidité d’analyse, un gain de temps entre la réception du résultat et sa transmission aux cliniciens, ainsi qu’une meilleure précision lors de l’identification d’entérobactéries sont les points relevés par les quatre techniciens. Les deux techniciens avec peu d’années d’expériences pensent que les nouvelles méthodes ont également diminué le risque de diagnostic erroné. Les deux techniciennes très expérimentées estiment, quant à elles, que c’est au niveau de la détection de germes dans les hémocultures que d’autres progrès ont été faits. La méthode actuelle de détection a permis de diminuer les risques de contamination du technicien en analyses biomédicales et son contact avec des produits toxiques. D’autres progrès ont été relevés par l’un ou l’autre des techniciens, comme par exemple le gain de temps avant de lancer l’analyse, la diminution du volume de déchets, etc.

Ce que les anciennes méthodes avaient de mieux que les actuelles:

Le contact avec des produits toxiques lors de l’identification d’entérobactéries est le seul facteur cité comme moins avantageux avec la nouvelle méthode par les quatre techniciens. Ceci en raison de l’utilisation de petites quantités d’acide formique pour le MALDI-TOF. Quelques autres inconvénients ont été relevés par l’un ou l’autre des techniciens, comme par exemple les coûts plus élevés, le volume de déchets lors de la détection, le temps de préparation, etc.

Synthèse:

Pour cette partie, les deux techniciens avec peu d’années d’expérience ont dû imaginer quelle méthode était la meilleure pour chaque affirmation sans les avoir eux-mêmes utilisées. Ils se sont basés sur ce qu’ils savaient de la méthode actuelle en se demandant si les anciennes méthodes pouvaient être mieux ou non. Il est intéressant de voir que les avis sont assez proches entre les techniciennes ayant travaillé avec les anciennes méthodes et les techniciens ne connaissant que les nouvelles. Les années d’expérience ne semblent pas avoir d’influence sur la vision que chacun d’eux a sur les méthodes de détection et d’identification d’entérobactéries dans les hémocultures. Cette partie permet également de voir que les méthodes actuelles ont plus d’avantages que d’inconvénients par rapport aux anciennes techniques utilisées.

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6.2.3 Avec la méthode actuelle:

Différentes erreurs peuvent être commises en laboratoire. Celles-ci sont parfois dues à une inattention ou encore à une contamination entre échantillons. Elles peuvent avoir pour conséquence une inversion de patients ou encore une mauvaise lecture ou interprétation des résultats. Malgré le fait qu’elles sont inévitables, les techniciens m’ont décrit ces erreurs comme étant généralement très rares à moyennement fréquentes. Les raisons de la diminution du risque d’erreurs qui ressortent des interviews sont la grande précision des automates et les contrôles plus fréquents, tandis que celles qui influencent négativement le taux d’erreurs sont l’augmentation du nombre d’analyses et le stress pour rendre les résultats dans un délai toujours plus court. Les réponses d’AM laissent paraître que, pour lui, ces facteurs se compensent plus ou moins et que si certaines erreurs tendent à augmenter avec les nouvelles techniques, d’autres ont diminué. Pour CM et AA, le risque d’erreurs a, de manière générale, diminué ou est resté le même par rapport à celui encouru avec les anciennes méthodes. Pour DP, le facteur stress semble jouer un rôle très important et cause, selon elle, un maintien, voire une augmentation du risque d’erreurs en général. Les méthodes actuelles de détection et d’identification d’entérobactéries dans les hémocultures ont apporté des avantages, que ce soit pour le patient, le clinicien, le laboratoire ou le technicien en analyses biomédicales. Les résultats sont obtenus plus rapidement, ce qui permet un traitement plus ciblé et plus efficace du patient. Ces techniques sont probablement plus rentables pour le laboratoire et permettent un gain de temps par analyse. Le technicien peut également répartir son temps différemment, pendant que l’automate le décharge de certaines tâches, et s’initier à de nouvelles techniques. La grande fiabilité des méthodes actuelles a également eu pour conséquence une confiance parfois aveugle en les résultats obtenus : les cliniciens auront parfois tendance à trop s’y fier et risquer de mal orienter un traitement en se basant sur un premier résultat donné sous réserve. La rapidité d’analyse des automates a également rendu les cliniciens plus impatients et, en cas d’imprévus ou de germes nécessitant d’avantage de temps pour leur analyse, le technicien sera sous pression pour rattraper ce retard, ce qui augmentera le risque d’erreurs dans la précipitation. Même lorsque les délais sont respectés, le technicien devra toujours être capable de « jongler » entre la lecture des géloses et le traitement des cas du jour même. Si les nouvelles technologies ont apporté des avantages à tous les niveaux, c’est pour le laboratoire que ces évolutions semblent être les plus bénéfiques ; en effet, les techniciens m’ont cité des inconvénients pour eux-mêmes ou les cliniciens, mais ils n’en ont trouvé aucun pour le laboratoire.

6.2.4 Évolution future:

Avec le projet d’une automatisation complète du laboratoire, les nouvelles technologies et l’informatisation des données seront toujours plus nombreuses. Le système déjà en place aujourd’hui a permis d’améliorer le suivi et la transmission des données ; les dossiers sont également plus complets qu’auparavant. En contrepartie, plusieurs inconvénients ont été relevés durant les interviews. Les techniciens sont dépendants de la technologie ; ils risquent également d’être moins attentifs à chaque cas individuellement. Le suivi de chaque étape est un avantage en cas d’erreurs, mais peut également être ressenti comme une surveillance et une perte de liberté de la part des employés. L’introduction d’un système d’automatisation complète aura des conséquences sur le travail du technicien en analyses biomédicales. La liste de changements liés à l’évolution des techniques que j’ai proposée aux quatre techniciens interviewés comprenait des affirmations déjà d’actualité, du moins en partie, et d’autres qui seront certainement inévitables lorsque

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l’automatisation sera complète. Certaines sont directement liées à l’automatisation, alors que d’autres sont plutôt liées au progrès en général. Si AM est en majorité favorable aux affirmations proposées, AA est à 50% pour et 50% contre. CM est légèrement moins favorable aux différentes affirmations que l’est AA, tandis que DP est encore un peu plus défavorable à celles-ci. Bien que le nombre de personnes interviewées et le peu de différence entre chaque avis ne permettent pas de faire de statistiques, on peut toutefois noter une faible corrélation entre le nombre d’années d’expérience dans le laboratoire de bactériologie et l’accueil des changements futurs. En effet, le plus favorable aux affirmations proposées est AM, qui n’a que 2 ans et demi d’expérience en laboratoire de bactériologie, puis vient AA qui a 5 ans d’expérience et ensuite CM et DP qui ont bientôt 30 ans d’expérience. Le plus important est de noter que tous avis confondus, les favorables et les défavorables sont en nombre quasiment équivalent.

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6.3 3ème partie: interview du Professeur Gilbert Greub

Tant au niveau de la détection de germes dans les hémocultures, qu’au niveau de l’identification d’entérobactéries, les principaux changements ont eu lieu avec l’apparition d’automates. Il est intéressant de voir qu’à chaque évolution des techniques de détection, celles d’identification évoluent également et inversement. Ainsi, nous avons des techniques entièrement manuelles des deux côtés, puis dans le milieu des années 90, des galeries plus rapides apparaissent pour l’identification d’entérobactéries. Pendant ce temps là, la détection de germes dans les hémocultures est toujours manuelle, mais progresse jusqu’à l’apparition d’automates de détection en 2004 qui vont être toujours plus performants avec les années. Avec ce progrès dans la détection, les méthodes d’identification doivent être améliorées pour une plus grande rapidité et précision, les galeries faisant place au VITEK® 2, puis en 2009 au MALDI-TOF. Il en sera certainement de même dans le futur. Avec une automatisation complète de la mise en culture et de l’identification, la détection devra également être améliorée. Les projets dont m’a parlé le Professeur Greub vont d’ailleurs dans ce sens, puisqu’il ne parle pas de changer d’automates de détection, mais d’en avoir à des emplacements plus stratégiques pour un gain de temps par exemple. L’automatisation complète avec télébactériologie permettrait d’améliorer la rentabilité et la reproductibilité des analyses ; elle permettra bien entendu un diagnostic plus rapide et plus détaillé, avec une possibilité de traitement plus ciblé et efficace pour les patients. L’achat de nouveaux automates rendrait également nécessaire une concentration des analyses bactériologiques de Suisse dans moins de laboratoires, mais plus performants. Seuls des laboratoires effectuant un grand nombre d’analyses pourront compenser le coût des automates. Si l’une des craintes des TAB vis-à-vis de l’évolution des techniques est la perte d’intérêt de leur travail, le Professeur Greub ne pense pas que cela arrivera, car le travail sera différent, mais les techniciens resteront essentiels aux analyses. Il est toutefois intéressant de voir que l’un des inconvénients que le Prof. Greub attribuerait à l’évolution des techniques de laboratoire serait le risque que les médecins se fient trop aux résultats de laboratoire pour poser le diagnostic, sans prendre le temps d’ausculter leurs patients. Cela entrainerait une baisse d’intérêt du métier de médecin, ce qui rejoint la même crainte que celle des techniciens, mais à un autre niveau de l’équipe pluridisciplinaire. L’automatisation complète sera certainement accompagnée d’un passage à du 7/7, afin d’assurer la continuité des analyses. Une baisse de la charge de travail pour les techniciens permettra au laboratoire de ne plus avoir à augmenter le personnel ; cela pourrait également avoir un effet bénéfique sur les coûts de la santé. Tout comme les quatre techniciens interviewés, le Professeur Greub estime nécessaire l’introduction de cours de formation aux nouvelles technologies et à l’informatique de laboratoire à l’ESsanté, que ce soit en théorie ou en pratique. Il est également convaincu que les techniques et connaissances de base de bactériologie ne doivent en aucun cas être abandonnées. Il est important de connaître les principales caractéristiques des germes et les techniques manuelles de base, même dans un futur ou une grande partie des analyses seront automatisées.

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77 CCoonncclluussiioonn Les difficultés de ce travail se situaient essentiellement au niveau des interviews ; il était important que les questions n’aient pas de double sens. La planification des rendez-vous pour faire les interviews devait se faire en tenant compte de mes horaires de stage, mais également de ceux des personnes interviewées. Il était également important, au moment de la retranscription des résultats, de ne pas déformer les propos, tout en les reformulant de manière adaptée. Les buts ont été largement atteints. Ce travail m’a permis de découvrir l’une des analyses les plus courantes du laboratoire de bactériologie du CHUV sous toutes ses coutures. J’ai pu voir les changements effectués et ceux prévus, ainsi que la manière dont ils ont été accueillis par les techniciens et le médecin chef de l’IMU. Il en est ressorti un attachement certain pour les anciennes méthodes, bien que celles utilisées actuellement soient plus avantageuses sur de nombreux points. Si la rapidité et la précision des analyses vont certainement encore progresser dans les années à venir, cela semble être, pour la plupart des techniciens, au détriment de l’intérêt du travail. L’évolution des techniques n’a pas uniquement une incidence sur le métier de technicien en analyses biomédicales, mais va jusqu’à remettre en cause la définition de certains genres et espèces. Non seulement le nombre d’espèces différentiées augmente à chaque nouvelle technique, mais l’apparition du MALDI-TOF, qui est le premier automate à ne pas utiliser les caractères biochimiques des germes pour les identifier, remet en question leur classification. Ainsi, parmi les entérobactéries, les Escherichia coli et Shigella sont considérés comme appartenant au même genre sur le plan protéique ; le MALDI-TOF ne les différentie pas. La classification des espèces sera-t-elle appelée à être modifiée pour correspondre aux techniques actuelles ? Il serait intéressant de mener une étude plus approfondie. Pour cela, il faudrait interviewer un plus grand nombre de techniciens, d’âges et d’années d’expériences différents, avec, par exemple, des situations familiales différentes. Il faudrait également soumettre un questionnaire du même genre à des techniciens cadres, biologistes, médecins, aides de laboratoires, etc. pour comparer les avis. Ceux-ci paraissent plutôt semblables dans mon travail, mais ils ne sont pas assez nombreux pour en faire une généralité. Il faudrait également pouvoir faire le même travail dans plusieurs laboratoires, publics ou privés, de bactériologie ou non. Dans l’avenir, le laboratoire pourra-t-il évoluer à l’infini ? L’homme aura-t-il toujours un rôle à jouer dans l’exécution et le rendu des analyses ? Quel est l’avenir du métier de Technicien en Analyses Biomédicales et de la formation en Ecole Supérieure ?

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88 CCoonncclluussiioonn ppeerrssoonnnneellllee J’ai eu énormément de plaisir à réaliser ce travail. J’ai tout particulièrement apprécié de pouvoir traiter un sujet entièrement de ma composition. Ce travail m’a permis de découvrir le métier de technicien(ne) en analyses biomédicales sous un autre angle. Connaître l’origine d’une technique permet, selon moi, une meilleure compréhension de celle-ci. C’est la raison pour laquelle l’expérience de technicien(ne)s ayant connu autre chose que ce qui existe actuellement est indispensable au bon fonctionnement d’un laboratoire ou de toute autre entreprise. L’utilisation d’interviews m’a permis de relever un nouveau défi qui consiste à devoir retranscrire les avis d’autres personnes. Cela n’est pas aussi aisé que de le faire pour ses propres idées. Ce travail m’a permis de consolider certains de mes acquis en bactériologie, tout en les étoffant. Il m’a également donné l’occasion de réunir mon futur métier avec certains de mes passe-temps : l’informatique et l’écriture. J’ai finalement pu constater ma grande facilité d’organisation et de planification du travail ; deux éléments nécessaires à la réalisation d’un tel dossier. Si j’ai choisi de faire le métier de technicienne en analyses biomédicales, c’est en partie pour le côté pratique qu’apporte cette formation ; pour cette raison, j’aurais beaucoup aimé connaître les anciennes méthodes utilisées, plutôt que celles qui m’attendent dans l’avenir. Le choix de cette page de titre représente parfaitement ce que je pense de l’évolution technologique à venir: les nouvelles techniques sont nécessaires ; elles sont plus performantes, précises et standardisées, mais apportent également des aspects négatifs par leur manque d’humanité, leur froideur et une diminution de l’intérêt personnel à les connaître. Ce que le technicien en analyses biomédicales apporte au laboratoire est sa capacité à effectuer les bonnes analyses, orienter ses choix en fonction du résultat et permettre au médecin de traiter ses patients au mieux. Malheureusement, l’utilisation d’automates risque de rendre le technicien de moins en moins essentiel au laboratoire. Au sujet de la technologie, l’auteur Roland Topor a dit : « Les prouesses réalisées par des individus exceptionnels, grâce à leur art et leur intelligence, tôt ou tard la technologie les rend possibles à tout le monde ».

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99 RRééfféérreenncceess

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9.1 Illustrations:

Titre Référence

Fig. 1 Groupes de bactéries

http://www.bacteriainphotos.com

Fig. 2 Preparation of a blood culture pellet

https://www.jove.com

Fig. 3 Hémocultures CHUV 2013

Opota, 2014: Formation continue du DL

Fig. 4 BD BBL™ Septi-Chek™

http://www.fishersci.com

Fig. 5 Automate VITAL® http://www.oftalmo.com

Fig. 6 Automate BD BACTEC™ FX

http://www.takapo.com/en/product_detail.php?id=29

Fig. 7 Galerie API® http://slideplayer.fr/slide/1858946/

Fig. 8 Automate VITEK® 2

http://www.biomerieux.de

Fig. 9 Carte VITEK® 2 GN ID

http://www.biomerieux-industry.com

Fig. 10 Composition carte VITEK® 2 GN ID

Document envoyé par Biomérieux

Fig. 11 Automate MALDI-TOF

http://www.sequences.crchul.ulaval.ca

Fig. 12 Test Oxydase http://fr.wikipedia.org

Fig. 13 Test Spot Indole Yersin & Viénet, 2008: travail de diplôme

Fig. 14 Bouteille avec surface gélosée

http://biotechnologie.ac-montpellier.fr/IMG/pdf/differents_flacons_hemoculture.pdf

Fig. 15 Bouteille slidée https://www.youtube.com/watch?v=zYIAq2qsWMs

Fig. 16 Télébactériologie Croxatto, 2013: Cours: Nouvelles technologies

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1100 LLeexxiiqquuee//AAbbrréévviiaattiioonnss

Page 1:

CHUV Centre Hospitalier Universitaire Vaudois

TAB Technicien(ne)s en Analyses Biomédicales

CFC Certificat Fédéral de Capacité

ORL Oto-Rhino-Laryngologie

LCR Liquide Céphalo-Rachidien

Page 4:

MC MacConkey. Gélose sélective pour les bacilles Gram négatif et différentielle entre les lactose – (jaunes/incolores) et lactose + (roses) (IMU, stage, 2014)(ESsanté, cours de bactériologie)

Page 8:

PaCO2<32mmHg Pression artérielle en gaz carbonique inférieure à 32 millimètres de mercure

Page 9:

Ruthénium Elément chimique faisant partie du groupe du platine, dans les métaux de transition (Auteur inconnu, 2015)

Page 10:

GP Gram positif

GN Gram négatif

Inoculum Milieu favorable dans lequel on introduit des germes vivants en vue de leur multiplication ou de leur identification (ESsanté, cours de bactériologie)

Page 12:

Dépôt Egalement appelé « spot » dans la routine. Petite quantité de germe déposée sur la plaque du MALDI-TOF (IMU, stage, 2014)

Score Evaluation de la qualité de l’identification. (IMU, stage, 2014)

COL Columbia. Gélose au sang permettant de mettre en évidence les germes non exigeants (IMU, stage, 2014)

CHOC Chocolat. Gélose au sang cuit permettant de mettre en évidence les germes non exigeants et, grâce à la présence des facteurs V et X, certaines bactéries exigeantes (ex. Haemophilus) (IMU, stage, 2014)(ESsanté, cours de bactériologie)

SCH Schaedler. Gélose au sang. Milieu très riche permettant la mise en évidence de germes exigeants et non exigeants. Utilisé généralement pour l’isolement de germes anaéobies (IMU, stage, 2014)(ESsanté, cours de bactériologie)

USB Urine Screening of Bacteria. Gélose chromogène utilisée principalement pour les urines. Permet de différencier entre autres les Escherichia coli des autres germes (IMU, stage, 2014)

DMACA 4-(Dimethylamino)-cinnamaldehyde

AEH Atmosphère aérobie

ANH Atmosphère anaérobie

BAC Culture de bactéries

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CHC Culture de champignons

LEVC Culture de levures

Page 13:

BH Bâtiment Hospitalier

Page 15:

LCI Laboratoire Commun de l’Institut de Microbiologie

Eau Bichsel Eau stérile du fournisseur Bichsel

Chlorure d’ammonium (NH4Cl) Composé utilisé pour la lyse des érythrocytes lors de la préparation du culot (IMU, stage, 2014)

PBS Phosphate Buffered Saline

Page 16:

Acide formique Utilisé pour l’étape d’extraction des protéines lors de l’identification au MALDI-TOF (IMU, stage, 2014)(Senra Ortiz, 2014)

Matrice Composé qui préserve l’échantillon d’une dégradation trop grande lors de l’identification au MALDI-TOF (IMU, stage, 2014)(Senra Ortiz, 2014)

Page 17:

Uricults Flacons avec une lame de trempage gélosée pour la mise en évidence de germes dans les urines (IMU, stage, 2014)

Malonate (MAL) Utilisation du malonate

Phénylalanine Recherche de l’activité de la phénylalanine désaminase

Kligler Milieu utilisé pour tester l’utilisation du glucose et du lactose par les voies fermentative et oxydative, la production d’H2S et la formation de gaz (IMU, stage, 2014)

Page 32:

PCR Polymerase Chain Reaction. Méthode d’amplification de l’ADN

Page 35:

Épigénétique Domaine concernant les changements génomiques, influencés par l’environnement ou l’expérience personnelle, sans mutation de l’ADN (Futura-Sciences, 2015)

Phénotypique Relatif à l’expression visible des gènes. Par exemple : couleur des yeux

Génotypique Relatif aux caractères génétiques, traduits ou non dans le phénotype

EPT Equivalent plein temps

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1111 AAnnnneexxeess

11.1 Annexe I: Tableau de lecture des galeries API® 2 0E

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11.2 Annexe II: Résultats VITEK® 2

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11.3 Annexe III: MALDI-TOF en cours d’analyse

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11.4 Annexe IV: Résultats MALDI-TOF

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54

11.5 Annexe V: Programme informatique MOLIS

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55

11.6 Annexe VI: Interviews des technicien(ne)s en analyses biomédicales

1. Renseignements sur la personne interviewée:

Nom, prénom

Sexe

Quelle est votre formation ?

Avez-vous une fonction particulière au sein du CHUV en plus de votre rôle de TAB ?

Depuis combien de temps travaillez-vous en bactériologie ?

Depuis combien de temps travaillez-vous à l’IMU?

Avez-vous:

Moins de 20 ans

Entre 20 et 29 ans

Entre 30 et 39 ans

Entre 40 et 49 ans

Entre 50 et 60 ans

Plus de 60 ans 2. Renseignements sur l’analyse choisie: Tout le long du travail, je vais séparer les questions en 2 catégories:

La détection des germes dans les hémocultures : cela comprend tout ce qui se fait de la mise en culture des bouteilles jusqu’à la mise en culture des germes: détection lorsque la bouteille se positive ou non, prise en charge au laboratoire, création du dossier, identification des milieux, mise en culture y compris la préparation du culot.

L’identification des entérobactéries dans les hémocultures : cela comprend tous les moyens d’identifications: colorations, identification sur les colonies, mais aussi la première identification dans le culot.

Combien de bouteilles d’hémocultures positives sont traitées en moyenne chaque jour ?

< 1

1-5

6-10

> 10 Dans tous les prélèvements reçus en laboratoire, diriez-vous que l’identification

d’entérobactéries est:

Très fréquente

Moyennement fréquente

Rare

Très rare Et dans combiens de cas ces entérobactéries sont détectées dans des

hémocultures ?

La totalité des entérobactéries identifiées à l’IMU sont détectées dans les hémocultures

Le 75% des entérobactéries identifiées à l’IMU sont détectées dans les hémocultures

Le 60% des entérobactéries identifiées à l’IMU sont détectées dans les hémocultures

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Le 50% des entérobactéries identifiées à l’IMU sont détectées dans les hémocultures

Le 25% de la moitié des entérobactéries identifiées à l’IMU sont détectées dans les hémocultures

Le 10% des entérobactéries identifiées à l’IMU sont détectées dans les hémocultures

Aucune entérobactérie identifiée à l’IMU n’est détectée dans les hémocultures Quelles sont les différentes étapes de la détection de germes dans les

hémocultures? Décrivez.

Quelles sont les différentes étapes de l’identification d’entérobactéries dans les hémocultures? Décrivez.

Quel est le délai moyen pour qu’une bouteille d’hémoculture se positive ?

Quel est le délai pour obtenir l’identification du germe à partir du moment où une bouteille s’est positivée?

La détection de germes dans les hémocultures se faisait-elle de la même façon lorsque vous avez commencé à travailler ?

Si non, quelle était la méthode utilisée ? Décrivez.

L’identification d’entérobactéries dans les hémocultures se faisait-elle de la même façon lorsque vous avez commencé à travailler ?

Si non, quelle était la méthode utilisée ? Décrivez.

Quel était le délai lorsque la bouteille s’était positivée jusqu’à obtention de l’identification?

Entre cette méthode et l’actuelle, y a-t-il eu d’autres méthodes de détection de germes dans les hémocultures ?

Si oui, le(s)quel(s) ? Décrivez.

Entre cette méthode et l’actuelle, avez-vous travaillé avec d’autres moyens d’identification d’entérobactéries ?

Si oui, le(s)quel(s) ? Décrivez.

Quel était le délai lorsque la bouteille s’était positivée jusqu’à obtention de l’identification?

3. Questions sur les différentes méthodes:

Je vais à présent vous donner une liste d’affirmations. Pourriez-vous, pour chacune, classer les méthodes décrites précédemment de la plus proche de l’affirmation à celle qui s’en éloigne le plus.

Pour les nouveaux TAB n’ayant pas utilisé d’autres méthodes que l’actuelle, classez les méthodes (que je vais vous expliquer brièvement) selon ce que vous pensez.

Cette méthode permet la détection de germes dans les hémocultures la plus rapide.

Cette méthode permet l’identification d’entérobactéries la plus rapide.

Le temps de préparation avant le lancement de la mise en culture (préparation des milieux, tubes, suspensions, automates, identification du cas, …) est le plus court.

Le temps de préparation avant le lancement de l’identification (préparation des milieux, tubes, suspensions, automates, identification du cas, …) est le plus court.

Le temps de gestion du résultat (transmission/rendu dans le dossier) de la culture est le plus court.

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Le temps de gestion (transmission/rendu dans le dossier) du résultat de l’identification est le plus court.

Cette méthode permet de donner un résultat précis. Donnez un classement pour la méthode de détection et un pour la méthode d’identification.

Le risque de donner un diagnostic erroné est le plus faible avec cette méthode. Donnez un classement pour la méthode de détection et un pour la méthode d’identification.

Les risques d’infection du TAB sont les plus faibles avec cette méthode. Donnez un classement pour la méthode de détection et un pour la méthode d’identification.

L’exposition à des produits dangereux (toxiques/cancérigènes/…) est la plus faible avec cette méthode. Donnez un classement pour la méthode de détection et un pour la méthode d’identification.

Le risque de contaminations entre échantillons est le plus faible avec cette méthode. Donnez un classement pour la méthode de détection et un pour la méthode d’identification.

Le volume des déchets est le plus faible avec cette méthode. Donnez un classement pour la méthode de détection et un pour la méthode d’identification.

Le coût de l’analyse est le plus bas avec cette méthode. Donnez un classement pour la méthode de détection et un pour la méthode d’identification.

Le temps pour l’interprétation/l’analyse du résultat est le plus court. Donnez un classement pour la méthode de détection et un pour la méthode d’identification.

Quelles peuvent être les erreurs lors de la lecture et l’interprétation des résultats de la détection de germes dans les hémocultures par la méthode actuelle ?

Pensez-vous qu’avec les méthodes antérieures, les erreurs de lecture et/ou d’interprétation étaient:

Plus fréquentes

Ni plus, ni moins fréquentes

Moins fréquentes Pourquoi ?

Quelles peuvent être les erreurs lors de la lecture et l’interprétation des résultats de l’identification d’entérobactéries par la méthode actuelle ?

Pensez-vous qu’avec les méthodes antérieures, les erreurs de lecture et/ou d’interprétation étaient:

Plus fréquentes

Ni plus, ni moins fréquentes

Moins fréquentes Pourquoi ?

Les erreurs dues à une contamination entre échantillons (giclées de sang, souillures, oubli de changer d’anse, …) lors de la détection de germes dans les hémocultures sont-elles:

Très fréquentes

Moyennement fréquentes

Rares

Très rares

Inexistantes Pensez-vous qu’avec les anciennes méthodes, le nombre de contaminations

entre échantillons était:

Supérieur

Identique

Inférieur Pourquoi ?

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58

Les erreurs dues à une contamination entre échantillons (coulures, oubli de changer d’embouts, …) lors de l’identification d’entérobactéries sont-elles:

Très fréquentes

Moyennement fréquentes

Rares

Très rares

Inexistantes Pensez-vous qu’avec les anciennes méthodes, le nombre de contaminations

entre échantillons était:

Supérieur

Identique

Inférieur Pourquoi ?

Les erreurs dues à une inversion de patients lors de la détection des germes dans les hémocultures (positivité, inscription, mise en culture) sont-elles:

Très fréquentes

Moyennement fréquentes

Rares

Très rares

Inexistantes Pensez-vous qu’avec les anciennes méthodes, le nombre d’inversions de

patients était:

Supérieur

Identique

Inférieur Pourquoi ?

Les erreurs dues à une inversion de patients lors de l’identification d’entérobactéries sont-elles:

Très fréquentes

Moyennement fréquentes

Rares

Très rares

Inexistantes Pensez-vous qu’avec les anciennes méthodes, le nombre d’inversions de

patients était:

Supérieur

Identique

Inférieur Pourquoi ?

Quelles peuvent être les erreurs dues à une inattention lors de la détection des germes dans les hémocultures par la méthode actuelle ?

Pensez-vous qu’avec les méthodes antérieures, ces erreurs d’inattention étaient:

Plus fréquentes

Ni plus, ni moins fréquentes

Moins fréquentes Pourquoi ?

Quelles peuvent être les erreurs dues à une inattention lors de l’identification d’entérobactéries par la méthode actuelle ?

Pensez-vous qu’avec les méthodes antérieures, ces erreurs d’inattention étaient:

Plus fréquentes

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Ni plus, ni moins fréquentes

Moins fréquentes Pourquoi ?

Citez-moi les principaux avantages de la méthode actuelle de détection de germes dans les hémocultures:

Pour le clinicien/la prise en charge du patient

Pour le laboratoire.

Pour le TAB. Citez-moi les principaux inconvénients de la méthode actuelle de détection de

germes dans les hémocultures:

Pour le clinicien/la prise en charge du patient

Pour le laboratoire.

Pour le TAB. Citez-moi les principaux avantages de la méthode actuelle d’identification des

entérobactéries dans les hémocultures:

Pour le clinicien/la prise en charge du patient

Pour le laboratoire.

Pour le TAB. Citez-moi les principaux inconvénients de la méthode actuelle d’identification des

entérobactéries dans les hémocultures:

Pour le clinicien/la prise en charge du patient

Pour le laboratoire.

Pour le TAB. 5. Questions plus générales sur l’évolution future: Si vous pensez uniquement au rendu/à la transmission des résultats:

Quels ont été les bénéfices du passage à l’informatisation des données ?

Quels ont été les méfaits du passage à l’informatisation des données ?

Voici une liste d’éléments pouvant influencer votre avis sur les projets d’évolution du laboratoire de bactériologie. Classez-les dans la case la plus adéquate selon vous.

Ce qui me plaît dans les évolutions prévues

Ce qui me rend réticent(e) aux évolutions prévues

Gain de temps par analyse

Simplification des protocoles

Meilleure reproductibilité

Interprétation des résultats simplifiée

Augmentation du temps d’analyse par rapport au temps de manipulation

Informatisation des données

Moins de temps consacré au classement et au tri des milieux de culture

Moins de personnel nécessaire pour un travail identique

Connaissance des caractères biochimiques des germes plus nécessaire

Moins de connaissances théoriques nécessaires à la réalisation et l’interprétation de l’analyse

Routine

Travail moins manuel

Diminution du contact direct avec les germes (odeurs, aspect, consistance, …)

Introduction du 7/7, 24/24

L’intérêt du travail en lui-même

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Tri automatique des géloses stériles ou positives Pensez-vous qu’avec l’automatisation des méthodes, le risque de laisser passer

une erreur à cause d’une trop grande confiance en l’automate a augmenté ?

Si oui, pensez-vous que cette augmentation d’erreurs va :

Diminuer si l’automatisation devient complète (inscription, classement des plaques, lecture, traitement des données, …)

Rester la même si l’automatisation devient complète

Continuer d’augmenter, même avec une automatisation complète L’évolution des méthodes est en partie due à la forte augmentation du nombre

d’analyses. Pensez-vous que l’augmentation du nombre d’analyses est également due à l’évolution de ces techniques (les demandes sont plus nombreuses parce qu’on peut le faire et non parce qu’elles sont vraiment nécessaires) ? (l’offre crée la demande)

Pensez-vous que la détection de germes dans les hémocultures se fera différemment dans 10 ans ?

Si oui, quels pourraient être les changements ?

Pensez-vous que l’identification d’entérobactéries se fera différemment dans 10 ans ?

Si oui, quels pourraient être les changements ?

Pensez-vous que l’avancée des techniques aura un impact sur la formation des TAB en Essanté ?

Si oui, quelles seront à votre avis les adaptations nécessaires (programme, matériel infrastructure, …) ?

Pensez-vous que l’apprentissage des techniques manuelles reste nécessaire à l’école ou faut-il privilégier l’apprentissage de l’utilisation des automates ?

Comment imaginez-vous le rôle du TAB dans un laboratoire entièrement automatisé ?

Quel sera votre travail ?

Quel rôle jouerez-vous dans les 3 phases analytiques ?

Quelle place occuperez-vous dans l’équipe pluridisciplinaire ?

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11.7 Annexes VII: Interview du Professeur Greub

1. Renseignements sur la personne interviewée:

Nom, prénom

Quel est votre cursus?

Quel est votre poste actuel au sein du CHUV ?

Depuis combien de temps occupez-vous ce poste ?

2. Questions pour poser le contexte:

Quels ont été les moments clés de l’évolution des techniques de détection de germes dans les hémocultures ces 30 dernières années?

Quels ont été les moments clés de l’évolution des techniques d’identification d’entérobactéries dans les hémocultures ces 30 dernières années?

Quelles sont à votre avis les principales raisons de cette évolution ?

Cette évolution est probablement due à la forte augmentation du nombre d’analyses. Pensez-vous que cette augmentation est également due à l’évolution de ces techniques (les demandes sont plus nombreuses parce qu’on peut le faire et non par vraie nécessité) ? (l’offre crée la demande)

3. Renseignements généraux sur les projets futurs:

Pourriez-vous me décrire brièvement quels sont les changements (automates, horaires de travail, organisation,…) prévus pour les 10 ans à venir ?

Quels sont les changements certains ?

Quels sont les changements que vous espérez, mais qui ne sont pas encore réalisables ?

Quels sont plus précisément les changements prévus dans la détection de germes dans les hémocultures ?

Quels sont plus précisément les changements prévus dans l’identification d’entérobactéries dans les hémocultures ?

4. Questions sur l’impact de cette évolution:

Pour le laboratoire (quantité de réactifs, d’échantillon, coûts, délais, charge de travail, …)

Quels seront à votre avis les avantages de cette évolution future ?

Quels seront à votre avis les inconvénients de cette évolution future ? Pour les TAB (charge de travail, intérêt, hygiène/sécurité, …):

Quels seront à votre avis les avantages de cette évolution future ?

Quels seront à votre avis les inconvénients de cette évolution future ? Pour le clinicien/la prise en charge du patient:

Quels seront à votre avis les avantages de cette évolution future ?

Quels seront à votre avis les inconvénients de cette évolution future ? Quelle est l’incidence de l’automatisation sur les coûts du laboratoire (achat de

nouveaux automates, années pour l’amortissement, maintenances, personnel informatique, …)

Quelle est l’incidence de l’automatisation sur les coûts de la santé ?

Quelle est l’impact de l’automatisation au niveau du personnel (nombre, intérêt, horaires, …)?

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Avec cette rapide avancée technologique, pensez-vous qu’il sera nécessaire de proposer aux collaborateurs des cours de formation à l’utilisation des nouveaux logiciels et automates ?

Pensez-vous qu’une telle avancée technologique aura un impact sur la formation des TAB en Essanté ?

Si oui, quelles pourraient être à votre avis les adaptations nécessaires (programme, matériel infrastructure, …) ?

Quelles en seraient les conséquences (coûts, enseignement, durée de la formation, …)?

Question supplémentaire:

Sauriez-vous me dire environ combien de cas sont traités au total par année actuellement dans le laboratoire de bactériologie du CHUV ? Et combien sont positifs pour au moins un germe pathogène ?