Dinâmica Populacional de Infecções ViraisDinâmica Populacional de Infecções Virais

Paolo ZanottoPaolo Zanotto

LEMB - ICB - USPLEMB - ICB - USP

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DNA como documento de dinámica populacional DNA como documento de dinámica populacional de vírusde vírus

Filogenias nos informam sobre:Filogenias nos informam sobre:

• • Origem e distribuição biogeográfica: ArbovírusOrigem e distribuição biogeográfica: Arbovírus

• • Modo de transmissão (contágio): e VHGModo de transmissão (contágio): e VHG

• • Dinâmica de transmissão (RDinâmica de transmissão (R00): HIV-1): HIV-1

• • Mecanismos de seleção (imunudade, vacinas & detecção): Mecanismos de seleção (imunudade, vacinas & detecção): HIV-1, CoV-SARSHIV-1, CoV-SARS

Arvore filogenética como metáfora da história de transmissão Arvore filogenética como metáfora da história de transmissão e distribuiçãoe distribuição

Arvore & InferênciaArvore & Inferência

??

??Caso índiceCaso índice

??

??

????

??Modelo Evolutivo & MétodoModelo Evolutivo & Método

InferênciaInferência

AmostrasAmostras

TBE Complex

CFA

YF

JE

DEN

100100

100

100

100100

100

100

100

100

89

90 TYU/SRETBE

LI

SLEKUN/WNMVE

JE

DEN 4

DEN 2

DEN 1

DEN 3

10% Divergence

Distribuição biogeográfica Distribuição biogeográfica Flavivírus transmitidos por ÁcarosFlavivírus transmitidos por Ácaros

(a)

(b)

0.30.1

16.0

16.5% transversions

% transitions

LI strains

LI/ILI/MA54

SSE

WTBE GGETSE

TBEVs

FETBE strains

OHFLGT

KFD

POW

ts 1:2 tv

ScotlandandEngland

Far-EastRussia

◊

LI/KNegishi

LI/ALI/261LI/369LI/GLI/NORLI/917

LI/31LI/SB526LI/MLI/I WalesLI/MA54 Ireland

SSE SpainWTBE AustriaGGE GreeceTSE Turkey

TBEVs SiberiaFETBE/205FETBEOHF Omsk

LGT MalaysiaKFD IndiaPOW Ontario

Dsitribuição Clinal do TBEDsitribuição Clinal do TBE

TBE Complex

CFA

YF

JE

DEN

100100

100

100

100100

100

100

100

100

89

90 TYU/SRETBE

LI

SLEKUN/WNMVE

JE

DEN 4

DEN 2

DEN 1

DEN 3

10% Divergence

Flavivírus transmitidos por MosquitosFlavivírus transmitidos por Mosquitos

No. of Lineages- LogarithmicTransformation

Time

No. of Lineages- EpidemicTransformation0 0.03 0.06 0.09 0.12 0.15(b)

0 0.03 0.06 0.09 0.12 0.151

70

(a)

10

0.13 0.135 0.14 0.145 0.15(d)

1

10

0.13 0.135 0.14 0.145 0.15

70

(c)

Dengue & Dengue & EJEJ

A-GBC2

E-GBVC/S23E-GBVC/S34N-R10NS3E-GBVC/S29E-GBVCSlym39E-GBVC/S17E-GBVCSlym34E-GBVC/S36E-GBVC/S15E-GBVC/S26E-GBVC/S27E-GBVC/S9B-Rzii60013cB-JLC75503B-ABJ70247B-RJM77811B-SLSB-JCC70064B-Jtrtf48729B-JDC71843AB-JDC67136B-JDC71843A-GBC3B-LFC71848AB-LFC61087B-LFC71841B-GHP76633B-Dvon3B-NMC86122B-GRD76282N-GBC5E-GBVC/S19N-GBC6E-GBVC/S7N-GBC7N-PNFNS3E-GBVCSlym5E-GBVC/S5B-Jbcn49438cB-JBN79956A-GBC4B-Rv5B-AMR67936B-MLAM67937B-NAM67945B-Mlam61871cB-Amr52112coB-Amr1B-Mpc3B-EAS69251B-Epp49592coB-RFB76628A-GBC1HN-GBCNS3A-GBC1E-GCVC/S13E-GBVC/S3B-Os

100

89

56

56

56 56

5656

5689 100

56 100

89 100 89

67 100 89

89 896789568989

100 100 100 89 67

100 10089

89 89 89 89

Africa ABrazil BEurope ENorth America N

F1

F2 (wife)

F2 (index)

Modo de transmissão: Modo de transmissão: Hepatite G (Hepatite G (HGVHGV))

c36-3BP variants

Short Ffragment variants

7

11

Formname

c27-3BPvariants

9

1214

14211

1

14

11

1

1

Subtype structure

1A1B1C

3A3B

Number %

43

2A2B2C

13

8

73 78 27 36 148 16613331241

73

1151

12

11

PR RT1 99 / 1 324

5’F/B3’ 653

111

5’B/F/B3’

1

1

HIV-1HIV-1: FRC - (B & F) Argentina: FRC - (B & F) Argentina

A

Number of Lineages: Epidemic Transform

Time (substitutions per site)

0.003 0.009 0.015 0.021 0.027 0.033

510

203040

50

54

10

B

C

Time (years)

e

1990 1995 2000

101

D

E

1990 1995 2000

101102103104105106107F

0.024 0.032 0.0400 0.008 0.0161

56

112

140

150

84

2814

10-1

§‡

102

103

104

FRC - B/FFRC - B/F Subtipo Subtipo BB

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Síndrome Respiratória Aguda Grave - SARSSíndrome Respiratória Aguda Grave - SARS

CoronavírusCoronavírusCov-SARSCov-SARS

CivetaCiveta““gato gato

almiscarado”almiscarado”

10-3

10-9

B

10-4

10-3

A

Detecção Molecular do CoV-SARSDetecção Molecular do CoV-SARS