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7/23/2019 ARN catalytiques - dition - Virologie

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Les ARN catalytiques - Ldition - La

virologie

Sommaire

Introduction! 2

I. Les introns du groupe I (IG1)! 2

I.A. Distribution! 3

1.B. Structure primaire et secondaire! 3

I.C. Analyses phylogntiques des structures secondaires et tertiaire!

5

I.D. Les ions mtalliques! 6

I.E. La raction dautopissage! 6

I.F. Des IGI codent des endonuclases! 9

I.G. Histoire volutive de la mobilit des IG1! 11

II. Les introns du groupe II (IG2)! 13

II.A. Formation dun lasso! 13

II.B. Structure des IG2! 14

III. Les ARN catalytiques ou ribozymes! 15

III.A. La RNase P! 15

III.B. Les virodes - virusodes! 15

IV. Ldition des ARN! 18IV.A. Les fonctions dditions! 18

IV.B. Mcanismes dinsertion-dltion! 20

IV.C. Mcanisme ddition par conversion de bases! 23

IV.D. Implications volutives! 26

V - La virologie! 27

V.A - Le bactriophage! 28

V.B - Le bactriophage MS2! 36

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Introduction

On pensait initialement que seule les protines t dou dune activit catalytique, car:

Les structures tridimensionnelles sont extrmement varies

Variabilit importante de groupes ractifs lis la nature mme des acides amins

Les possibilits dans les sites catalytiques sont aussi trs varies (dues la structure tridimen-sionnelle justement)

Mais il se trouve que les protines ne sont pas les seules molcules du vivant porter des ca-

pacits catalytiques. Ceci a t montr par ltude de systme de maturation des ARN

Certains ARN peuvent tre porteurs de diffrentes ractions catalytiques: ribozymes

Ces ribozymes sont qualifis comme des enzymes protiques

- Activit dirige contre une molcule diffrente (activit intermolculaire)

- Activit dirige contre eux-mmes (activit intramolculaire)

Les exemples les plus frappants sont les introns des groupes1 et 2 qui sont dous dautopis-

sage. On a russi in vitro modifier leurs actions catalytiques. Cest le cas de la ribonuclase P

: enzyme qui intervient dans le clivage de certain ARNt, cest une ribonucloprotique. Cest un

complexe form dune protine, mais aussi dune molcule dARN. Les 2 sont lies de manire

covalente et dans ce complexe cest lARN qui porte lactivit catalytique. La protine a juste un

rle indirect dans le maintien de la conformation

Il y a un socle commun toutes ces ractions catalytiques: ce sont toujours des ractions de

clivage/formation de liaisons phosphodiester. La plupart des ractions ne ncessitent que

lARN, mais souvent in vivo il faut une protine pour que lARN maintienne sa conformation afin

que laction catalytique se passe bien

Les phnomnes ddition de lARN :

Dans les cellules eucaryotes, il y a maturation de lARN sous forme dpissage, mais il existe un

autre processus dans la modification de la squence dARN, cest ldition. Il peut y avoir desphnomnes dadditions ou de dltions. Cette dition se fait de manire individuelle. Dans la

majorit des cas, ce sont des additions duridine (pour des gnes mitochondriaux). Donc cela

implique 2 choses:

- Une trame, un modle qui indique ou doit avoir lieu la modification

- Le clivage et la formation de liaisons phosphodiester

I. Les introns du groupe I (IG1)

Les introns sont des squences nuclotidiques spcifiquement retires de leur ARN qui sont

formes par le processus de transcription. A priori, ce nest pas de linformation gntique

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Il existe des introns du groupe I, II, III et splice osomaux

On les classe selon:

- Leurs proprits

- Leurs structures

- Leurs activits catalytiques

Ces IG1 sont capables dpissage, mais reprsentent aussi des lments gntiques mobiles

(un peu comme des transposons)

! ! I.A. Distribution

On en a dtect dans diffrents compartiments cellulaires:

- Nuclaire

- Plastidiale- Mitochondriale

Les IG1 sont prsents chez une large majorit deucaryotes, mais on en a trouv chez certains

virus et Eubactries, mais pas chez les Archae. Ils ont t dcouverts en quantit importante

dans lADN mitochondrial des champignons. Ils sont plutt reprsents chez les eucaryotes in-

frieurs, mais pas chez les animaux (sauf pour les anmones et les coraux)

Au niveau du gnome, on les trouve insrs dans diffrents groupes de gnes. Il ny a pas deprfrence apparente au niveau de ces insertions nanmoins ils sont plutt insr dans des r-

gions conserves des gnes

Les IG1 sont observs dans les gnes nuclaires eucaryotes, mais seulement dans les gnes

dARNr. Chez les eubactries sont retrouv dans les boucles anticodons des ARNt

! ! 1.B. Structure primaire et secondaire

La plupart de ces lments sont composites. On trouve donc:

! - Une phase ouverte de lecture (ORF) qui code la synthse dune protine

- Une squence ARN qui encadre cette ORF

Tous les IG1 possdent la mme structure secondaire alors quil ne possde pas la mme

structure primaire (structure primaire = squence nuclotidique). Cela dit la structure primaire

possde des rgions tout de mme conserves. chaque extrmit, on retrouve des nucloti-

des identiques pour tous les IGI (commence par un T et fini toujours par un G). On a une con-

servation de la localisation de certaines adnosines. Les rgions P,Q,R et S sont les 4 rgions

principales qui participe, en se rejoignant, la formation de la structure secondaire

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3 types de structures (rgions):

- Tiges (Px)

- Boucles (Lx)

- Jonctions (Jx/y)

Les tiges P1 et P10 ont besoin de squences exoniques pour se former. Ces tiges sont formes

par des bases complmentaires selon les rgles de Watson et Crick. Mais on trouve aussi des

associations entre bases non complmentaires (G-U) qui sont relativement bien conserves

dans la tige P1. Les tiges PI et P10 sont des tiges transitoires qui permettent un rapprochement

de leurs espaces et qui aide au processus dpissage

Les parties dintrons associs aux exons sont appeles : IGS. On pensait que ces rgions

avaient un rle important dans les IG1 et donc dans la raction catalytique, mais apparemment

elles ne sont pas si importantes que a, car quand on modifie leurs squences, la raction se

fait tout de mme

La structure P7 est la structure la mieux conserve dans tous les IG1, elle stend sur 6 pb, un

nuclotide saillant nest associ aucun nuclotide. lintrieur on trouve une paire de base G-

C qui est prsente universellement dans tous les IGI

Les tiges sont observes dans toutes les rgions. Le corps est form de toutes les tiges sauf P2

et P10

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I.C. Analyses phylogntiques des structures secondaires et ter-

tiaire

La structure secondaire est fondamentale pour lactivit catalytique des Introns et pour confir-

mer le modle, on fait des analyses de mutation en cis (on modifie directement la squence de

lintron)

On prend le gne de la -galactosidase dans lequel on ajoute lintron de type I (on fait cette

construction dans un plasmide)

Une fois dans la cellule bactrienne, on lui donne un substrat (X-Gal) incolore et des que la -

galactosidase coupe la liaison, le X devient bleu. Donc on voit que lintron de type I fonctionne.

Si on mute lintron et quon modifie sa structure secondaire, les colonies seront blanches et

donc il ny aura plus dactivit catalytique

On peut refaire des mutations jusqu ce que lune dentre elles permette de rcuprer lactivit

catalytique normale, mais avec une squence en nuclotide diffrente (ceci est trs informatif)

Les structures secondaires interagissent entre-elles aussi pour former des structures tertiaire.

Elles font intervenir les boucle de lintro qui interagissente entre-elles. A linterieur des boucles,

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on trouve des ttraboucles (tetralogs) constitu de 4 nuclotides (-G N R A - ) cest au travers

de ces squences que les interaction tertiaire se forment linterieur de lintron. Il y a des inter-

actions hydrogne comme si quil sagssait de pair de base classique avec parfois des interac-

tions boucles-tiges qui conduit la formation de triplets (3 bases qui sassocient). Ceci permet

lintron de se replier sur lui-meme.

Analyse de covariance : on fait varier la squence dune tetraboucle et on regard avec quelle

rgion elle interagit normalement

Structures secondaire et tertiaire sont essentielles pour lactivit catalytique de lintron

! ! I.D. Les ions mtalliques

Les introns de types I sont qualifi de mtallo enzymes. Ces structures ont besoin dions mtal-

lique pour pouvoir fonctionner correctement, ce sont nottament des ions divalents

Role des ions divalents :

- Il intervienne dans la stabilisation de la structure de lintron lui-meme

Cations interagissent avec le squelette ribose phosphate charg negativement et on stabilise

les rpulsion lectrostatique

Pour le maintient de la structure secondaire et tertiaire, 3 ions essentiels :

- Mg++

- Mn++- Ca++

- Il intervienne dans la chime de la raction catalytique

Seul le Mg et le Mn ont une activit maintenus (pas le Ca). Le plus efficace est le Mg

! ! I.E. La raction dautopissage

Elle a t dcouvert initialement chez Ttrahymena thermophila (protozoaire cilli). Cest unmodle en biologie. Il possde un ARNr qui provient dun ADN quon qualifie dADNr (= pi-

some). Cette ADNr est completement autonome. Ces ARNr sont synthtis sous forme de pr-

curseur premirement (pr-ARNr)

Schma

Dans la partie 26 S, on trouve une rgion IVS = intervening sequence qui doit sortir du prARNr

pour donner un ARNr mature

Cette raction dapissage fait intervenir aussi une guanosine qui est externe lintron. Cest un

cofacteur ncessaire la raction dpissage. Aucun autre base ne peut substituer la guano-

sine. Namoins toutes les formes de guanosine fonctionnent (GMP, GDP, GTP) pour la racton

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dapissage de lintron de type I. La raction ne ncessite donc pas dnergie (on na pas hydro-

lyse des groupements phosphates). Ce sont les grouement hydroxyle de la guanosine qui vont

tre utilis pour la raction de catalyse (hydroxyle en 2). Limplication de cette guanosine peut

tre suivi grace de la guanosine radioactive

3 ractions de transfert succesifs au cours de la ractions dpissage (ractions de trans estri-

fication) :

1re raction : lattaque nuclophile de la guanosine sur lextrmit 5 de lintron. Cela conduit

la formation dune structure intermdiaire dans laquelle on trouve la guanosine incorpor dans

lintron de type I

2me raction : Cela conduit a librer un groupement 3 OH qui va attaquer le coter 3 de lin-

tron. Cela implique la cassure dune liaison phosphodiester et la reformation dune liaison

phosphodiester entre les 2 exons

Ces 2 premire ractions sont interconnct, elles ont lieu en meme temps et dans un espace

relativement restreint. On a jamais t capable dobserver les 2 ractions sparment. On

trouve jamais les 2 exons form sous forme libre, on les observe directement attach

On libre donc un intron sous forme linaire et sa guanosine supplmentaire

3me raction : circularisation de lintron de type I. Lextremit 3 OH attaque lextremit 5 ce

qui conduit la reformation dun liaison phosphodiester et on obtient une boucle. On a pas be-soin de formation de liaison phosphodiester supplmentaire, cest pourquoi cela ne demande

pas denergie (cest juste des transformations)

Si la reaction na pas besoin denergie, en gnrale cette raction se termine par un nuclaire

entre les substrat et les produits finaux. Or ici, pas dquilibre, la raction est totale. Car :

- Dsiquilibre........

- Au final, on perd les produits finaux de la raction car lintron tire la production vers ces stru-

cure cyclique de lintron

In vitro, cette raction dexcision peut avoir lieu avec lARN seul (juste lintron, du Mg et de la

guanosine). Il ny a donc aucun intervention de protine dans ce processus. Nanmoins, in vivo,

ce nest pas le cas, on a besoin de protines. Les protines sont juste impliqu dans la stabili-

sation de la structure de lARN mais nintervienne pas dans la raction

Lintron est toujours catalytique, meme quand il est excis du site dans lequel il se trouv

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2 types de ractions de cyclisation :

- Soit extremit guanosine attate ......

- Soit la guanosine attaque luridine en position 20

Ces ractions de cyclisation ne sont pas dfinitive, on peut les rendre nouveau linaire avec

de leau.

On peut avoir dautres types de ractions. Aprs lobtention dune structure circulaire, on peut

avoir des raction avec des triplet duridine. Addition de triplet sur lintron. Raction de polym-

risation, il ajoute des nouveaux nuclotides sa squence. Tout a sans intervention de pro-

tine

Tout a montre que les ARN t les prcurseur des molcules de la vie car elles portent linfor-

mation gntique et sont capable dactivit catalytique

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In vitro, lactivit de lintro est intrinsque

In vivo, lactivit besoin de protines

Quelles est limplications de ces protines ?

Neurospora crassa. On a isol des mutant cyt 18. Ils sont dfectueux pour lpissage de plu-

sieurs introns de types I de la mitochondrie. Le produit du gne cyt 18 est une tyrosyl t-RNA

synthtase mitochondriale. Cest une protine impliqu dune t........... La mutation pour cette

protine est importante pour les introns de types I

! ! I.F. Des IGI codent des endonuclases

Certains IGF possdent des ORF qui vont tre traduite en protine. Ces protines vont tre

implqiu dans le processus de mobilit de lintron

Comment on a pue montre que les IGI t mobiles ?Saccharomyces cerevisiae. On a observ des croisements polaires

Gne du grand ARNr :

- Forme omega + (possde lintron)

- Forme omega - (possde pas lintron)

alpha omega + ! x! a omega -

On obtient des descendance tous omega + -> bizzardDans une segregation de type mendelien, on devrait obtenir 50 % domega + et 50 % domega -

Il y a donc un processus de mobilit de lintron. Lallle omega + va envahir lallle omega -

Un certian nombre dexperience ont t ensuite ralis :

omega + (transgnse avec UV dessus)! x! omega -

On obtient 50 % ! x! 50 % omega - (UV dessus)

on obtient 50% + et 50% -

Selon lindividu mut, on a des informatins differentes sur ce quil se passe chez ces individus :

* Si mutagnse sur omga + indique quon a une perte de la mobilit de lintron. La mutag-

nse a induit des modification de la squence de lintron. Ou alors il y a une ORF qui contientun gne et la mutagnse UV entraine la modification de cette phase ouverte de lecture et em-

peche la mobilit

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* SI on fait de la mutagnse sur des individus qui ne possde pas lintron, on perd tout de

meme la capacit de mobilit de lintron. Ceci est peut etre due la modification du site cible

Lendonuclase a une fonction de clivage et une activit de revers transcriptase. On a alors une

coupure dans le site cible (gne sans intron). On laisse libre une extrmit 3OH libre. Lendo-

cuclase utilise lARN (qui est lintron a inserer) comme matrice et allonge partir de lextremit

3OH. ..........

Cest un mcanisme qui ressemble fort celui des rtrotransposons

La squence cible est relativement longue (18 pb) et cest dans cette squence que lintron va

tre incorpor. Lendonuclase se comporte comme une enzyme de restriction. On a des ex-

tremit dbordante qui sont produite.

La particulart de ce mcansime semble etre universel et a quelque soit la sequence cible et

meme si il ny a pas dhomogie entre les squence codante dans les introns

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La longueur (relativement grande) des squences cibles permet une grande spcificit. On va

parler de domiciliation de lintron.

LORF code lendonuclase (Homing Endonuclease Gene)

! ! I.G. Histoire volutive de la mobilit des IG1

Les IG1 sont repartis de manire sporadique dans tout les classes dtre vivants. Donc cela

suggre que les IG1 ont plus subit des transferts horizontaux entre les espces. Si lIG1 t ap-

paru trs tot et quil t transmis de manire verticules, on aurait une rpartition homogne

dans toutes les classes despces

Plus la lettre est grande, plus lIG1 est fortement reprsent

Il est trs difficile de reconstitue lorigine dun IG1 dans une espce donne surtout si il est

transmis de manire stable de descendant en descendant. Cette transmission de descendant

en descendant conduit la fixation de lintron ou a une perte de celui ci

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2me difficult : il sagit dlment mosaique, prsence dORF linterieur de lintron (lORF et

lintron nont pas la meme histoire volutive). Lintron existait avant lORF. Au depart les IG1

nt donc pas mobile

Dautre part, on obeserve linsertion de lintron dans une squence htrologue et en particulier

lorsquil vient se placer dans une espce diferente (transfert horizontaux) ceci est due la va-

riabilit de lORF entre les espces. Il y a une sorte de dindependance entre lORF et lintron

La mobilit de lintron, au cours du temps envahis toute la population. Lendonuclase na donc

plus besoin de fonctionner, elle subit donc des mutations qui saccumulent au fil du temps, elle

fini par ntre plus fonctionnel. Et donc parfois elle est perdu. Donc encore aprs dautre indivi-

du pourront ensuite ne pas possder lintron et il ne pourra plus tre transfr chez eux car

lendonuclase est perdue, jusqua ce quelle revienne -> on obtient des cycles

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II. Les introns du groupe II (IG2)

Les IG2 sautoexcise par la formation dun lasso

! ! II.A. Formation dun lasso

On trouve ces IG2 dans les gnomes bactriens et dans les gnomes des organelles (plastes

et mitochondrie)

Gnome bactrie : cyanobactrie et protobactrie

Ces IG2 sautoexcise selon un processus different des IG1

Le groupements nuclophyle va permettre lopeartion dexcision. Lattaque nuclo...............

snRNA quon trouve dans le splicosome laisse penser quil drive dun IG2

Lintron commence par une squence de type GU et fini par une squence AG. On retrouve

linterieur de cet intron, un site de branchement qui est une adnosine impliqu dans la raction

dpissage (il se trouve dans un bloque de pyrimidine). Ces introns classque nont pas de struc-

tures secondaires particulires............

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La structure secondaires est trs conserv quelque soit lIG2 mais la structure primaire est trs

diffrentes. Ils sont capable de s....

! ! II.B. Structure des IG2

Structures avec 6 domaines (le plus important est le 6) :

- Domaine D6 : contient ladnosine non appari qui permet lattaque nuclophile de lextrmit

5 de lintron -> transesterification

- Domaine D4 : domaine dans lequel on retrouve frquemment une ORF (un gne qui permet

de synthtiser une protine qui a une activit dendonuclase de de transcriptase invers

comme les IG1

snRNA -> ce quon retrouve dans le spliceosome. Petit ARN quon retrouve chez les IG2 et les

processus dpissage dARNm donc cela nous laisse penser que cela est li lvolution

Chez les IG2, il sagit dune raction en trans, il nagisse pas sur eux meme

Au dela des structures secondaires, on retrouve aussi des structures tertiaires (boucle qui se

lient entres-elles pour se replier dans lespace)

Ce type de raction est aussi neutre en nergie et conduit une structure en lasso

Les ORF conduit la production dune protine qui a une activit dendonuclases et transcri-

pase inverse qui permette la domiciliation de ces IG2, meme principe que prcedemment

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La protines produite possde 3 domaines (N-ter -> transcriptase inverse ; maturase au milieu ;

C-ter -> endonuclase)

Maturase : impliqu dans les processus dpissage de lARN -> aide lARN de prendre sa

forme mature par les diverses repliements

Certains IG2 ne posde pas le gne qui permet la production de la maturase

Lactivit maturase permet le maintient de lORF

III. Les ARN catalytiques ou ribozymes

! ! III.A. La RNase P

Complexe ribonucloprotique constitu de protines et dARN

-LARN -> 375 nuclotides

- Polypeptdide -> 20 kDa

Activit dendonuclase dirig contre les ARNt chez E.Coli. Permet de produire la structure fi-

nale de ces ARNt. In vitro, on pensait au dpart que les 2 partie t necessair pour la raction

catalytique mais en fait non, seul lARN est ncessair pour avoir lactivit catalytique. Cela dit la

vitesse de la raction augment trs fortement si la protine est prsente

! ! III.B. Les virodes - virusodes

On les appels les small plant RNA quon retrouve dans les plantes. Taille environ de 350 nt. Ils

sont capables de ractions dautoclivages (raction en cis)

2 classes : dans tout les cas ARN monocatnaire circulaire :

- viroides : molcule dARN infectieuse et qui sont fonctionnelement indpendante (elles ne co-

dent aucun protines et pas associ des protines in vivo)- virusoides : en gnral encapsid dans les capside des virus qui infecte la plante. Ils ne peu-

vent pas se rpliquer de maniere independante, ils ont besoin dun virus helper

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Ils ont des processus de rplication un peu particulier dit en Rolling circle (= cercle tournant)

2 manire de procder la rplication en rolling circle :- A gauche de limage rolling circle asymtrique : formation dun ARN complmentaire de ma-

nire concatmre forme (-) (qui ne sarrete pas). Transcription de ce concatmre pour re-

donner une forme (+) complmentaire qui va se cliver et se refermer sur elle meme pour re-

donner les viroides. Cette rplication a lieu dans le noyau et seffectue probablement par

lARN polII car plusieur evidences :

* LARN typII purifi peut transcrire lARN + in vitro

* Ce processus est sensible lalpha amanitine

* Experiene de coimmunoprcipitation (CEVD). Les sous unit de lARN polII vienne ....A droite, Autre rplication symmtrique : LARN + est transcrit en ARN - produit sous la forme

de concatmaire. LARN - va tre autocliv, se referme pour produire des ngatif de lARN de

dpart qui sert de matrice pour refaire un rolling circle et qui recrra la meme squence dori-

gine

Pour cette famille, la rplication est permis par 2 polymrase dans le plaste (NEP et PEP) soit

cest un pol synthtis par le gnome nuclaire (NEP) ou par le gnome plastidiale (PEP)

Les formes concatmre de ces ARN ont une capacit dautoclivage donc qui les classes dans

la catgorie des ribozyme. Ceci a t montr de manire sur dfinitive. Cette raction ncessite

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la prsence dions mtalliques (comme IG1 et IG2) et ce qui est particulier cest que la raction

de clivage qui intervient aprs un cycle de dnaturation renaturation. Cela indique que la struc-

ture secondaire est particulirement importante pour que la raction se fasse

Structure en tete de marteau (hammerhead) :

Ce repliement est just ncessaire pour que la relation de clivage est lieu. On a pue commen-

cer manipuler les squences de ces ARN pour produire dautres ARN capable dautocliva afin

de traiter des pathologies, cancers ...

IV. Ldition des ARN

! ! IV.A. Les fonctions dditions

Il y a encore une trentaine dannes, le dogme de la biologie molculaire. ADN -> ARN -> Pro-

tine directement entres toutes ces molcules. Cela a t remis en cause par lpissage des

ARNm mais aussi on a dcouvert des modifications post-transcriptionnel (coiffe du cot 5 et

queue poly A du cot 3). Dans les Annes 80, il y a a un autre processus post-transcriptionnel a

t dcouvert. On a dcouvert que des rsidus duridine t soit additionn, soit dlt, en par-

ticulier dans lARN mitochondrial et qui ne

Edition concerne les 3 grandes classes dARN : ARNr, ARNm et ARNt

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Pour les ARNm, cration de nouveaux codons START ou STOP par insertion duridine ou deconvertion de cytidine en uridine, obersv chez certains protozoaires, les organelles de plantes

et meme chez lhomme

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On peut avoir spcifiquement des suppression de codon STOP par remplacement duridine par

... cration dORF par insertion de nuclotide.

on peut avoir des dcalages en ORF altrnative (chez paramyxovirus)

Substitution dacides amines par des changement de C en U et de U en C. Ou par de A par

inosine

Ces evenements ddition concerne des nuclotides trs conserv dans les ARNm ou concerne

des codons qui sont essentiel lactivit de la protines.

Ldition est trs rare dans les parties 5 ou 3 UTR ou dans les introns.

Pour les ARNt :- Ractions ddition qui peuvent concerner les 4 types de nuclotides. Certaines raction

change lidentit de lARNt, il ne reconnait plus le meme AA transporter

Pour les ARNr :

Trs peu de cas pour ces ARN mais dans tout les cas, ces ractions dditions sont importan-

tes, en particulier, elles sont impliqu dans les raction catalytiques de polymrisation de pepti-

des

Diffrents types dvenements dditions :

! ! IV.B. Mcanismes dinsertion-dltion

* Insertion ou dltion post-transcriptionnelle de nuclotide (a gauche A)

Quelle est la matrice qui permet de remplacer le nuclotide de manire prcise (ciblage?)

On a trouv des ARNg (= ARN guides), ils permettent de cibler le site de modification de la s-

quence dARN. Processus de transestrification ou clivage ligation

Finalement cest le processus de clivage ligation qui intervient :

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* Dltion puis insertion de nuclotide (a droite B)

Cest ce quon trouve principalement chez les ARNt. Cest un processus de remplacement. Cela

implique dabord une activit nuclasique (on ne sais pas si elle est endo ou exonuclase)

Lenzyme qui est ncessaire la reformation est plutot particulire. Activit pol 3 -> 5 (cest le

contraire en temps normal)

Ce qui sert de guide est la tige qui dpasse du cot 3. Il sert de modle pour modifier la s-

quence de lARNt

! ! * Insertion de nuclotide pendant la transcription

Observ chez paramyxovirus, pour une protine particulire (protine P); On rajoute des rsidu

de guanise, jusqu 4 ou 5 rsidus pendant la transcription. Modification de lORF dans tout lescas, cela est due la polymrase stuttering (= begaiement) cela se deroule dans le cytoplasme.

Cest lARN polymrase du virus qui est responsable de cette raction et ncessite une matrice

ribonucloprotique. Cette insrtion de G supplmentaire est li une insertion ritrrative des

meme bases de la matrice. Cela arrive a des endroits ou elle sarrete de faire une pause, reve-

nir en arrire. Il va y avoir un dcalage entre les brins complmentaire et on aura la formation

de boucle

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* Insertion mixte de nuclotide

Observ dans le cas du protiste chez Physarium. Processus qui se droule pendant la trans-

cription et qui conduit linsertion de nuclotide. Linsertion se fait toujours sur lextrmit 3 OH

et la aussi cest toujours li une pause de lARN polymrase. Mais cette fois ci, les 4 types de

nuclotide peuvent tre incorpor (mais on ne sais pas encore ou et comment la pol doit avoir

lieu la modification)

! ! IV.C. Mcanisme ddition par conversion de bases

Observ dans les transcrit dorganelle de plante. Au niveau des ARNt dorganisme eucaryotes

unicellulaire et ARNm chez vertbrs et inertbrs

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Cest phnmne de convertion sont due des dsamination (A -> I ou C -> U) ou aminations (U

-> C)

* Conversion de C en U

Observ chez les vertbrs en particulier au niveau de lARNm de lapolipoprotine B (protine

qui intervient dans la formation des lipoprotine plasmatique -> transport lipide dans le sang).

On a un changement dun codon de type CAA -> UAA (codon stop). On a un arret proce de la

traduction. Lvenement de dsamination est nuclaire

Cette raction a besoin de lintervention dune squence tripartite (on retrouve 3 domaine dans

cette squence qui permet ldition dans lARNm)

Le complexe protique Editosome qui contient une protine cytidine desaminase intervient

sur ce site tripartite et permet ldition

Cette dsamination nest pas spcifique lapolipoprotine B mais dans dautres squence chez

les certaines plante et lHomme

On a pue montrer de manire formelle que ce nest pas un remplacemet de la base mais une

de desamination

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* Conversion de U en C

Observ chez quelques plantes terrestres infrieur, famille des hpatiques. Oberv chez mam-

mifres dans le cas des tumeurs de Wilms (tumeur rnal qui se dveloppe chez lenfant. On ne

connait pas encore les mcnismes ddition de U en C. Cela doit tre un processus similaire

celui que fait la CP synthtase (elle synthtise la cytidine triphosphate) -> Elle produit le CTP

partir de CDP par un mcanisme damination

* Conversion de A en I

Dcouvert dans les ARNt de levure et certains........ Linosine sapparie avec un cytidine

50 % de conversion dadnosine en inosine

Ce type ddition peut avoir aussi lieu dans les introns (chose assez rare)

Ce phnomne ddition se fait dans des rgions trs conserv en terme de structure secon-

daire cela suggre que ce type ddition est fait par des adnosine dsaminase et que cest en-

zymes sont spcifiques des dsRNA (double stranded RNA)

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Les enzymes concernent les meme que celles qui contiennent lAPOBEC1 vue prcedement.

ADAR (adnosine dsaminase that act on RNA)

! ! IV.D. Implications volutives

Comment quand et pourquoi ce phnomne a til lieu ?

Comment lvolution de ce gne est t-elle affect par le processus ddition ?

Tout ces mcanismes sont trs diffrents, il est donc peu probable que lensemble de ces m-

canismes proviennent dun seul mcanisme ancestral qui aurait diverg au cours du temps

Par ailleurs la distribution de cette dition est sporadique. Argument pour dire que ces mca-

nismes sont apparu relativement tard dans lvolution

Dautre part, on le retrouve pas chez les arches ni chez les bactries

Il faut pouvoir imaginer un modle covolutif qui pourrait expliquer lorigine de ldition de lARN

Le mcansime ddition permet de corriger un probleme dans la squence de lARN (dcalage

de lORF, absence dun codon STOP...) mais on peut pas imaginer en terme dvolution que

ldition apparait en meme temps que lerreur. Il faut penser que ldition commence apparei-

tre alors quil nest pas requit, li au processus de la duplication dun gne (desaminase) et

puisquon a 2 copies dun dsaminase (une normale, et lautre qui volue et qui a des propri-ts nouvelle qui agit sur des polynuclotide au lieu de nuclotide) au fil du temps, cette dsami-

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nase va permettre au gne concern de lui meme commencer voluer et de produire plu-

sieurs forme........................

Le cas de lapolipoprotine B : un gne code cette enzyme qui fait 100 kDa et linterieur de

lARNm de cette protine, il y a un site ditable qui conduit la production dune protine de 48

kDa et cest 2 protines sont ncessaire pour lorganisme

Ldition de A en I sexplique par les meme processus ....................

V - La virologie

On sinteresse aux cycles de rplication, de dveloppement de bactriophages

Caractristiques gnrales des virus :

Caractristiques biologiques: capable de se multiplier uniquement dans des cellules vivantes(virus-hte). Les hotes peuvent tres soient des cellules eucaryotes pour procaryotes

Caractristique chimiques et physiques: nombre restreint de constituant protines et acidesnucliques. Les particules virales qui permette linfection de se transmettre de cellule cellu-les = virion. Tout les virion dune famille sont identiques entre eux.

Dfinition dun virus (par Andr Lwoff 1953):- Le virion ne possde quun seul type dacide nuclique (soit ARN, soit ADN)- Le virion se multiplie partir de son seul acide nuclique- Le virion est incapable de croitre et de subir des division binaire- Le virion na aucune informations gntique concernant le mtabolisme intermdiaire- La multiplication du virion implique lutilisation de la cellule hote et en particulier les ri-

bosomes (parasitisme absolue)

Terminologie:

Virion : produit ultime du dveloppement viral, constitu de matriel gntique (ADN ouARN) et se matriel gntique et protg par une ou plusieurs structure spcifiques, lesplus simples coques protiques (capside)

Capside : construite partir de sous unit protique multiple ou un seul type de proti-nes. La capside lorsque est associ lacide nuclique on lappel nuclocapside

2 types de nuclocapside:- Nue : association de la capside et du matriel gntique seulement suffit- Enveloppe : embarque des lement de la membrane de la cellule hote, formation

dune enveloppe autour de la capsude, se ne sont pas des lments viraux

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! ! V.A - Le bactriophage

Il est qualifi aussi de bactriophage tempr. Virus de bactrie (E.Coli) qui est constitu dunenuclocapside nue, dADN double brin de 48 000 pair de bases

2 mode de dveloppement possible:

- Cycle non productif intgratif : cycle de dveloppement qui conduit ne pas produirede nouvelles particules virale et integrative dans la mesure ou le gnome de phagevient sintegrer dans celui de la bactrie

- Cycle productif lytique : production de nouvelle particule virale et lytique car il conduit la lyse de la bactrie infecte

Ltat integr de lambda dans la bactrie nest pas dfinitif, cela veut dire que certains signauxvont faire reprendre au virus un cycle productif lytique

La bactrie qui possde 1 copie du gnome lambda = bactrie lysogneLe virus integr est quant lui appel provirus/prophage

Le processus de dvp de lambda est devenue un modle trs tot car on maitris bien les cyclesli au dvp de ce phage et la squence complete du phage a t obtenue dans les annes 80(grace Sanger)

Quand il est linterieur de sa capside, le genome de lambda est sous forme linaire. Le phagevient se fixer la surface de Coli par lintermdiaire de rcepteur. Il va injecter son ADN bicat-

naire linaire dans le cytoplasme.La premire chose : lARN se circularise grace lexistence de squence cos (extrmits co-hsives) qui possdent des bouts dbordants qui avec un ADN ligase va fermer les liaisonsphosphodiester. Cest une raction qui ncessite de lnergieLorsquil est sous cette forme circulaire, cest la que le choix entre les 2 cycles va se faire

Si le virus choisis le cycle non productif, il sintegre dans le gnome au travers de site spcifi-que att P = attachement et un site similaire dans la bactrie att b une recombinaison entreles 2 permet lintegration. La recombinaison se fait par la recombinase de lambda

Les sites dattachement font peu pret 200 pb mais il y a une partie central qui est strictementidentique, cest se niveau quil y a recombinaison. Cela ne necessite pas dnergie et rversi-ble. Donc si le phage veut reprendre un cycle lytique, il doit imprativement sortir de lADN de labactrie -> cest le phnomne dexcision

Phnomne dexcision : Effectu aussi par lintgrase + lexcisionase (protine) etant elle aussiune protine cod par le gnome de lambda

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Lorsquil est sous la forme circulaire, des le dbut d linfection, on va avoir lexpression de g-nes viraux travers 2 promoteur (PL et PR) synthse dun certains nombre de transcrit

PL -> Left (controle opron de gauche)PR -> right (controle opron de droite)

.......ARN pol E.Coli

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Opron de gauche :Le 1er gne rencontr est le gne N : il code un anti-terminateur de transcription (protine N) ->Protine qu empeche darreter la transcription de manire prcoce car entre N et C3, on trouveune squence qui est un terminateur de transcription (terminateur la fin de chaque gne).Cette antiterminateur a un autre effet sur le gne cro sur lopron de droite, et permet dam-pecher la synthse

Tout les gnes prsent dans lopron, sont appel gnes prcoces

O et P : produisent des protines qui vont tre des rgulateur de la rplication du gnome delambda

Q : protine Q -> antiterminateur de la transcription qui va permettre lexpresion des gne tar-difs (entre N et J) qui vont permettre la synthse des protine de la capside ......

Lorsque cest la voie lytique : le produit du gne Q va augmenter pour permettre lexpressiondes gnes tardifs

Les gnes qui vont dcider lun ou lautre cycle de dvp vont etre cro et C2. Les protines cor-respondant ces 2 gnes la saccumule des le dbut de linfection. Ces protines ont des effetsoposs essentielle au choix du dvp du virus (lytique ou integratif)

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Comment s marche ? :

C2 active transcription de C1. C1 se trouve entre les 2 oprons, il est transcrit partir du pro-moteur PRE. La protine C1 est le represseur de lambda qui favorise le cycle intgratif. Lors-que la concentration de cette protine C1 est importante, elle peut rgul sa propre rgulationgrace au promoteur CRM. C1 va bloquer les promoteur des fonctions lytiqu et en particulier la

transcription du rgulateur Q

cro va favoriser le dveloppement lityque du phage,

La protine C2 est ncessaire pour synthtiser C1 partir du promoteur PREC1 rprime les gnes tardifsLa protine cro favorise le dvp lytique du phage. Elle va ralentir la production d'ARNm partirdes promotteur PR et PL

On empeche l'ARN polymrase d'all vers C2 et ......On rduit la synthse de O, P et Q mais il y en a assez pour maintenir un dveloppement lyti-que(c'est un choix dfinitif)

cro bloque aussi la synthse de C1 partir du promotteur PRM utilis par C1 lui meme pour sapropre production

cro et C2 ont des effets oposs et priori, on ne sait toujours pas pourquoi, on peut all d'uncot ou de l'autre

Comment se fait ce choix ?

PR et PL -> les protine cro et C1 se fixe sur ces promotteurs. Elles se fixe sur des rgionsqu'on appel : oprateurs.

- Oprateurs OL (gauche)- Oprateurs OR (droite)

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3 oprateurs : elles ont des squences qui se ressemble mais qui ne sont pas identiques. Ducoup cro et C1 auront des affinits diffrentes pour ces 3 oprateurscro a plus d'affinit plus l'oprateur OR3 qu'avec OR1 et OR2. De ce fait en se fixant sur l'op-rateur OR3, elle masque le promotteur PL ce qui empeche la synthese des gene par la polyme-rase. Du coup, la polymrase synthtise plus de protine cro qui peuvent aprs se fixer surOR1 et OR2

C1 a plus d'affinit avec OR1 que les 2 autres. On bloque alors le promotteur PR et du coupC1 rprime la synthse de cro. Association en trimre de C1 qui recouvre OR2. Ceci permet derecruter l'ARN polymrase sur le promotteur PRM pour favoriser sa propre production. Lorsquela concentration de C1 augmente en concentration, C1 interagit avec OR3, elle masque PRM etrprime sa propre synthse (systme d'auto-rgulation -> maintient du taux de concentrationuniforme)

Cela se passe de la mme manire au niveau de l'oprateur PL

Au dbut de l'infection, la concentration de C1 et cro sont primordiale pour le choix du dvelop-pement du phage. C1 est dpendant de C2. C2 est requis pour permettre la synthse de C1 partir du promotteur PRE. L'importance de la protine C2 a t montr par des analyse de mu-tation. Toute les mutation de C2 donnent des phages lytiques

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En fait il existe une activit de rgulation de C2 en fonction des conditions physiologique de lacellule bactrienne affect

Si les conditions de croissance bactriennes sont idales (milieu glos en laboratoire parexemple) : concentration en AMPc plutt basse dans les cellules -> messager secondaire qui

indique les conditions physiologique dans laquelle se trouve la cellule. L'AMPc provient del'AMP -> ADP -> ATP et plus la croissance est idal, plus on a d'ATP. Dans ces conditions, l'ac-tivit de C2 baisse

SI les conditions sont dfavorables (milieu minimum) : dans ce cas la concentration en AMPcaugmente. Dans ces condition, la concentration de l'activit de C2 augmente

La concentration de C2 est due la sensibilit des protases. En faisant du recyclage lorsqueles conditions sont bonne, elle dgrade C2. La bactrie peut entamer un cycle lytique afin d'en

tirer bnfice

Lorsque les conditions sont faible, le mtabolisme est faible, l'activit des protase est faible,donc pas de dgradation de C2 qui va alors activer C1

D'autres conditions : le nombre d'infection par les phage :Plus le niveau d'infection est lev, plus le cycle lysogne va tre choisiet vice versa

Qu'est ce qui fait qu'on a la production de C1 partir du promoteur PREPRE : il possde une rgion -10 et -35, dans sa configuration normal il n'est pas reconnu pasl'ARN polymrase (ce n'est pas un vrai promoteur). La protine C2 vient se fixer autour de largion -35, ce qui rend lisible le promoteur visible par l'ARN polymrase

C2 agit aussi sur le promoteur PI. Il s'agit d'un promoteur qui se trouve l'interieur du gne del'excisionnase, il favorise l'expression de l'integrase

LE role des protine N et Q :

Ce sont des antiterminateur de transcription. Ce sont des protines qui agissent pour empcherune terminaison prcoce de la transcription

La protine N agit sur 3 sites d'actionsLa protine Q rgule l'expression des gnes tardifs. PR' -> 26 kb -> polycistronique

Squence nut -> permet la fixation de l'antiterminateur sur l'ARN qui vient s'associer l'ARNpolymrase.

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Le phnomne de rtro-rgulation : concerne le gne de l'Int donc le gne de l'intgrase. On avu que C2 activ la synthse d'ARNm a partir de PRE pour la synthse de C1. C2 est aussi ne-cessaire pour la synthese de l'integrase partir de Pi.Le probleme c'est que l'integrase peutetre produite partir de la transcription qui dbute au promoteur PL. DOnc la protine peut treproduite de 2 manire. En fait ce n'est pas le cas, elle peut l'tre mais pas en meme temps

L'ARNm produit partir de PL ne permet pas la production de l'intgrase, il est spcifiquementdgrad au niveau des squences de l'intgrases. Seul celui qui est produit partir de Pi seraefficace

Pourquoi cette diffrence ? cela est due la structure de l'ARNm du cot 3' :

Pour PL : l'association de l'ARN polymrase avec l'antiterminateur conduit a la production denuclotide surnumraire qui sera sensible par la nuclase et donc elle sera dgradPour Pi : la structur est resistante aux nuclase

Quand le phage est integr, on a que C1. Si le phage decide de reprendre un cycle lytique et il

doit utilis l'integrase de lambda. Le seul promoteur qu'on peut utiliser c'est le promoteur PLpour produire l'integrase. Et l'tat integr, le fait que le genome viral est coup pour etre inte-gr, la squence terminateur ne sera plus actif et donc l'ARN produit ne presentera plus le de-faut d'instabilit qu'on observe lorsqu'il est circulaire

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La rplication de l'ADN phagique :

2 protine importantes : O et P. La protine O reconnait l'origine de replication de lambda (orilambda) et vient s'y fixer, un fois fixer, il y a recrutement de la protine P. Le role de la protine

P est de recruter la protine bactrienne dna B qui est une hlicase. Elle sert ouvrir la doublehlice. L'origine de replication de lambda se trouve dans le gne O lui-meme.

Fixation de dimre de la protine O sur la structure bicatnaire

Pour qe cela est lieu, il faut que l'ARN pol soit dans une rgion toute proche car pour transcrir,l'ARN pol ouvre la double hlice et c'est en ouvrant que l'on obtient les pingles cheveux etqu'on obtient les structure bicatnaires

Le mode de rplication est variable selon le stade de dveloppement :Au dbut de l'infection : quelques cycles de rplications par les forme teta -> augmente le nom-bre de copie de lambda dans la cellule infect

Rolling circle (cercle tournant) : mode de rplication pour les nouvelles particules virales. Il ex-plique pour lADN phagique est sou forme linaire dans la capside et pourquoi les rgions cossont trouv chaque extrmit du phage lambda.

Il est bas sous lutilisation des formes circulaire. On va avoir un seul complexe de rgulation

Mettre schma ADN pol (bactrienne) ori lambda

Obtention dun concatmre. Il pourra y avoir alors encapsidation. Les capsides se forme demanire autonome. Lencapsidation de lADN se fait partir dune squence cos

Coupure de la squence cos par Prot A + Nu1 (protines virales)

La linarisation de lADN bicatnaire est due la coupure des sites cos

Lintegration de lambda dans la bactrie est un processus stable mais qui nest pas dfinitif. Ilpeut arriver un moment que les phages reprenent un cycle lytique. Cela implique le processus

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Gne de la rplicase : protine de 544 aa , impliqu dans la rplication du gnome phagique

Gne du lysozyme : protine de 75 aa, ncessaire la lyse de la bactrie pour la libraprotinede lyse (tion des nouveaux virions

Pas de systme de rgulation aussi sophistiqu que lambda car il ny a 4 gnes

LARN du phage MS2 est monocatnaire, il a la capacit de se replier sur lui-meme et qui formedes structures secondires particulirement dvelopp. Les repliments observ au niveau de cesARN permettent dexpliquer comment le phage rgule les diffrent gnes quon trouve lint-rieur de ce gnome. Cest l manire dont lARN est repli et la formation de ces structures se-condaire qui va expliquer la manire dont le phage controle et rgul les diffrent gnes quelon trouve linterieur de ce gnome. On a besoin de rgulation car on a besoin de 180 exem-plaire de protines de lenveloppe par particule virale alors quon a besoin seulement dun seulexemplaire de la protine de maturation, donc il nest pas ncessaire dall produire de protinede maturation que de protine de lenveloppe. On a besoin une rgulation, cela ne sert a rien

de mobiliser les ressources pour all produire une protine dont on a pas besoin, on a en be-soin du moins que de seulement quelques exemplaire. Cest pareil pour la rplicase car uneseul molcule de rplicase est capable de rpliquer plusieurs millier de molcule elle-seule.

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Ce qui est important cest de mobiliser les resources pour aller produire cette protine de len-veloppe. Cet ARN est repli sur lui meme aves des structures un peu particulire.

Sur lARN, toutes les squences du cot 5 sont des squences qui sont non traduites en pro-tines, elles forment en quelques sortent une rgion 5UTR. Le premier codon de traduction quelon trouve et qui permet dinitier la synthse de la protine A (codon GUG). Le gne de la pro-

tine A est reprsent par un trait jusquau codon de terminaison, puis on continue, on retrouvedes structures secondaires particulirement dvelopp. On va retrouv ensuite le codon dinitia-tion de la capside de lenveloppe, on continue jusquau codon de terminaison de la capside, en-suite on trouve le codon dinitiation de la rplicase jusquau codon. La protine de lyse est che-vauchante avec le gne d lenveloppe et celle de la rplicase et enfin, tout le reste jusqu laterminaison 3OH nest pas traduit. On a donc une 5 UTR et une 3UTR. Ces rgions non tra-duites sont des rgions qui sont certainement ncessaire la stabilit de lARN, pour maintenirsont intgrit, les repliements empechent les attaques par les nuclases et en particuliers lesnuclases de la bactrie qui sont les seules armes de la bactries fasse aux intruions de mat-

riel gntique comme le font les enzyme de restriction

Ces repliements au niveau de lARN vont tre particulirement important pour le controle delexpression de ces diffrents gnes

Comment controle t-on lexpression de ces diffrents gnes?

Les carrs noirs repreesente les sites dinitiation de la synthse des 3 protines majeures (pro-tine A, de la capside et la rplicase). Dans ce contexte et suite aux diffrents repliement, le

seul site qui est accssible aux ribosomes, est le site dinitiation de la synhse de la capside.Cest le seul site qui lorsque lARN est repli linterieur du cytoplasme dans la bactrie est ac-cssible par les ribosomes. Les 2 autres sites dinitiation (protine A et rplicase sont dit ferm),cest a dire que les ribosomes narrivent pas les reconnaitre parce quils sont impliqu dansdes structures secondaires. Du coup si les ribosomes reconnaissent uniquement le site dinitia-tion de la synthse de la capside, et bien ils vont venir se fixer dessus et commenc la traduc-tion du gne correspondant jusquau site de terminaison. Cest un systme qui produit en conti-nue des protines de lenveloppe et cela est ncessair car le virus a besoin de 180 protinesde lenveloppe pour form une particule viral. Lorsque les ribosomes commence lire lARN etbien forcement, ils sont oblig de casser les structures pseudo bicatnaire pour pouvoir lire cor-rectement cette ARN et cela a une consquence cest du coup le site dinitiation de la synhsede la rplicase va souvrir. Cest les ribosomes qui sont entrain de lire le gne qui est a cot quivont casser ses structures secondaire et ouvrir le site dinitation d la rplicase qui va tre tra-duit. Le probleme cest quon a pas besoin dall produire autant de rplicase que de protinede lenveloppe donc le systme doit continu de manire pour lenveloppe mais pas pour la r-plicase. Le site dinitiation de la synthse de la rplicase va se refermer trs rapidement, en fait,comme la structure sest fait ouvrir, la structure a tendance se replier sous une forme particu-lire en forme dpingle cheveux qui nest pas la meme que la structure initial. Cela va con-duire a referm le site qui va redevenir illisible pour les ribosomes qui vont tre incapable dereconnaire le codon AUG. Si cela ne tenait qu a, cela ne permettrait pas dexpliquer pourquoile site du coup est ferm de manire trs forte et ne plus raccssible par la suite. Il se trouve

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que les protines de lenveloppe qui elles sont produites de manires importantes et qui sac-cumulent de manire importante dans le cytoplasmes vont tre capables dinteragir avec lesstructures secondaire dans lARN au nveau de squence consensus. Les protines de lenve-loppe sy fixent de manire trs stable. Cest ce repliement en pingle cheveux plus les pro-tines qui bloque de manire de manire dfinitive le codon dinitation de la rplicase.

Comment marche le systme de rplication de ce virus ?

La rplicase ne fonctionnent pas toute seule, elle est impliqu dans un complexe qui implique 3sous unit protines bactrienne qui vont sassoci la rplicase pour favoriser la rplication dugnome phagique. Cest ce qui fome le complexe de la rplicase.

Initialement, on a lintrieur de la bactrie, un seul exemplaire de lARN+. Cet ARN+ va servirde matrice pour all synthtiser un ARN- complmentaire. Tout les acides nucliques synthtsin vivo sont des acides nuclques synthtis de 5 vers 3 donc du coup, on doit lire la matrice

dans lautre sens, on lie la matrice de 3 vers 5 pour pouvoir synthtiser le brin complmentaire.On a la rplicase qui va venir se fixer sur lextrmit 3 de lARN+ pour migrer vers lextrmit 5et donc all synthtiser le brin complmentaire. Un fois lARN- synthtis, il sert rien dautreque de servir de matrice pour all servir de matrice pour all produire des ARN+ et du coup, lecomplexe de la rplicase la proprit de venir se fixer sur lextrmit 3 de cet ARN- pour syn-thtiser un ARN+. On a systme qui produit des ARN- dont la seul fonction est dall synthtisdes ARN+. On a donc besoin de synthtiser beaucoup plus dARN+ que dARN- car les ARN+servent traduire les protines et les nouvelles particules virales. On a un systme qui favoriseformtement la synthse des ARN+ tout simplement parce que la rplicase a plus daffinit pour

lextrmit 3OH des ARN- que lextrmit 3OH des ARN+

Pendant le processus de rplication, on pourrait imaginer que comme les 2 brins dARN sontcomplmentaire forment des structures bicatnaires, aprs tout, ils sont tout fait complmen-taire mais en fait, on observe jamais ces structures et cest surement la rplicase qui est res-ponsable de cette situation, la prsence de la rplicase empeche les 2 ARN de se refermrer lunsur lautre. Cela a t observ in vitro, lorsquon dgrade la rplicase, on retrouve un apparie-ment bicatnaire

Il reste la synthse de la protine de maturation (A) celle dont on a besoin dun seul exemplaire

par particule virale, quand a lieu la synthse de ces protine la ?

Elle dpend de louverture du site dinitiation de la traduction. Le seul moment qui permet lasynthse de la protine A est le moment ou on est entrain dall rpliquer les ARN- en ARN+. lesite dinitiation de la rplicase va tre ouvert quand on est entrain de rpliquer des ARN- enARN+. Au dbut de la synhtse de lARN+, il na pas encore eu le temps dadopter un replie-ment secondaires que les ribosomes ont reconnus le codon dinitiation de la traduction (GUG)et du coup il initie la traduction de la protine de maturation mais cela ne peu se passer que

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