AXE 2 - Bioinformatique

Analyse bioinformatique des séquences nucléiques etprotéiques

OBJECTIFS

- Savoir exploiter les ressources bioinformatiques publiques pour mener une analyse de séquences - Savoir utiliser les logiciels de prédiction de gènes et d’annotation de protéines

PUBLIC

Chercheurs, ingénieurs ou techniciens en biologie et santé

PREREQUIS

Être familier avec le travail sur ordinateur (navigateur internet, traitement de texte)

PROGRAMME

- Présentation des banques de données généralistes nucléotidiques et protéiques avec leurs systèmesd’interrogation (Genbank, RefSeq, Uniprot, PDB...)- Recherche d’homologie avec BLAST- Annotation structurale de séquences génomiques : prédiction de séquences codantes et de gènes(Genescan, Genemark), analyse de la structure fine des gènes, conception d’amorces (Primer3), formatsd’annotation- Annotations structurale et fonctionnelle de protéines : recherche des domaines protéiques (InterProScan),classification fonctionnelle des protéines (GO, Kegg...), visualisation

Alternance de cours (50 %) et de travaux pratiques (50 %) sur ordinateurs (utilisation delogiciels libres accessibles en ligne)

Ce stage peut être poursuivi par un stage de perfectionnement "Bioinformatique : alignement etcomparaison de séquences nucléiques et protéiques" (Réf. 20298, ce catalogue)

EQUIPEMENT

Un ordinateur sera mis à la disposition de chaque stagiaire.

INTERVENANTS

F. Bonardi, J.-P. Meneboo et P. Pericard (ingénieurs)

Environnement scientifiqueet technique de la formation

Centre de recherche en informatique,signal et automatique de Lillehttp://cristal.univ-lille.fr/

RESPONSABLEHélène TOUZETDirectrice de rechercheUMR 9189

LIEUVILLENEUVE D'ASCQ (59)

ORGANISATION3 joursDe 5 à 10 stagiaires

COÛT PÉDAGOGIQUE1300 Euros

À L'ISSUE DE LA FORMATIONEvaluation de la formation par lesstagiairesEnvoi d’une attestation de formation

DATE DU STAGERéf. 20 297 : du mercredi 17/06/20 à09:00 au vendredi 19/06/20 à 17:00

cnrs formation entreprises - Tél. : +33 (0)1 69 82 44 55 - Email : cfe.contact@cnrs.fr - http://cnrsformation.cnrs.fr

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