3 R – Décembre 2015
VARUME, un observatoire de la
variabilité génétique
C. Danchin-Burge
Institut de l’Elevage
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Inventaire des situations en ruminants
3 R– Décembre 2015
Projet CASDAR: VARiabilité génétique
des RUMinants et des Equidés
Création d’un observatoire de la variabilité génétique basé
sur les généalogies
• Opérationnel en juin 2015 pour les ruminants
• Des indicateurs:
consultables librement sur idele.fr (données agglomérées par
race) – Onglet Domaines Techniques/Améliorer le troupeau
/Ressources Génétiques
mise à jour annuelle
valorisation de bases de données déjà existantes et maintenues
pour d’autres usages
3 R– Décembre 2015
Ce que permettent de décrire les
généalogies…
• La transmission des gènes de génération en génération :
Importance relative des différents ancêtres
=> repérage des « goulets d’étranglement »
• L’utilisation qui est faite des reproducteurs :
=> Calcul des tailles de descendance
• Les liens génétiques entre animaux : parenté
Un animal est consanguin si ses 2 parents sont apparentés entre eux
3 R– Décembre 2015
“Contrôle qualité” vérifié à partir de l’analyse de la profondeur des généalogies
Une race connue sur 10 générations aura des indicateurs plus fiables qu’une race connue sur 2 générations
=> La comparaison entre races ne peut se faire quesi elles ont la même profondeur de généalogies
Quelle est la fiabilité des indicateurs ?
3 R– Décembre 2015
Les races étudiées
9 Bovins Lait
7 petits ruminants laitiers
22 petits ruminants viande
9 Bovins Viande
17 races à petits effectifs (> 1 000 et <
5 000 femelles analysées)
20 races à très petits effectifs (< 1 000 femelles
analysées)
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Indicateurs utilisés pour l’analyse
de la variabilité génétique
• Goulets d’étranglement: d’où proviennent les allèles portés par un individu ?
=> Indicateur Ae : nombre d’ancêtres efficaces
• Consanguinité: les allèles portés par un individu sont-ils identiques(= homozygotes) ?
=> Indicateur Ne: taille efficace de la population
• Qualité des généalogies
Pour cette étude, en moyenne la qualité de généalogies est supérieure à 5 générations: bonne qualité des indicateurs
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Ancêtres efficaces par filière(= goulet d’étranglement)
0
20
40
60
80
100
120
140
160
180
Races TPE Bovins lait Petitsruminants lait
Races PE Petitsruminants
viande
Bovinsallaitant
Moyenne Min Max
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0
100
200
300
400
500
600
700
800
Races TPE Bovins Lait Races PE Petitsruminants
Lait
Petitsruminants
Viande
Bovinsallaitant
Moyenne Min Max
9
Taille efficace par filière(= accroissement consanguinité)
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Enseignements majeurs
Les indicateurs de variabilité génétique sont le reflet de plusieurs facteurs :
Organisation programme sélection
Pouvoir diffusion IA
Taille population
Gestion génétique
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Application: définition d’une « race
menacée d’abandon par l’agriculture »
Avec l’aide d’E. Verrier, AgroParisTech
3 R– Décembre 2015
La MAE « Protection des races
Menacées »
Une aide financière européenne directe aux éleveurs
des races animales locales « menacées d’abandon
pour l’agriculture »
L’effectif ainsi que l’état de danger dans lequel se
trouve la race concernée doivent être «certifiés par
un organisme scientifique reconnu»
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Une approche multicritère
1. Nombre de femelles reproductrices
2. Evolution démographique récente
3. Proportion de femelles ne se reproduisant pas en
race pure
4. Taille efficace de la population (Ne)
5. Organisation des éleveurs, gestion génétique, appui
technique
6. Contexte social et économique
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La taille efficace (Ne)
Deux situations• Races avec suffisamment d’information généalogique
=> Ne « Cervantes »
• Races avec uniquement de l’information démographique
=> Ne « FAO », moins précis
Notion de 10eme de vie :D1/10 = nombre de générations nécessaires pour perdre 1/10 de la
variabilité génétique
Note de 5 (risque maximal) à 0
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Ne45 95 145 195 245
5 4 3 2 1 0
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C’est à vous d’interpréter
vos indicateurs !
Pour vous aider:
Un guide et un document annoté disponible
sur le site
Une formation annuelle (17/11/2016)
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