Virus & Transposon 2012

download Virus & Transposon 2012

of 49

Transcript of Virus & Transposon 2012

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    1/49

    VIRUSES 

    Edited by Sudjadi

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    2/49

    Gambaran umum

    aselular  Hidup sebagai parasit intraselular

    Tidak dapat memperbanyak dirisendiri

    Tidak melakukan metabolismeintrinsik

    Tidak ada ribosom Sangat kecil

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    3/49

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    4/49

    Virion, Virus, dan Viriod

    virionvirus diluar sel inang

    virusTerdapat salam sel inang

    viroidnaked, infectious RNA molecules

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    5/49

    lasifikasi !altimore

    Kelas I : DNA Untai Ganda Replikasi terjadi di inti dan relatif tergantung kepada faktor"faktor

    seluler 

    Kelas II : DNA Untai Tunggal

    Replikasi terjadi di dalam nukleus, melibatkan bentuk untai ganda

    intermediate sebagai cetakan untuk sintesis untai tunggal #NA

    turunannya

    Kelas III : RNA Utas Ganda $irusnya memiliki genom yang tersegmentasi% masing"masing

    segmennya ditranskripsi secara terpisa& untuk meng&asilkan

    monosistronik mRNA individual

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    6/49

    elas IV : RNA Utas Tunggal (+)

    $irus dengan polisistronik mRNA dimana kelas ini genom RNA

    membentuk mRNA yang ditranslasikan untuk membentuk suatu

    polyprotein yang dipeca& membentuk protein matang Kelas V : RNA Utas Tunggal (-) 

    Genom tidak bersegmen

    Genom bersegmen

     Kelas VI : RNA Utas Tunggal (+) dengan DNA Interediate

    Genom Retrovirus RNA utas tunggal '() sebagi template untuk

    reverse transkriptase menjadi #NA%

    Kelas VII : DNA Utas Ganda dengan RNA Interediate

    $irus kelompok ini bergantung kepada reverse transkriptase,tetapi berbeda dengan retrovirus, prosesnya terjadi di dalam

    partikel virus selama maturasi

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    7/49

    Stru!tur Virus

    "a#sid protein pelindung*elindungi bagian dalam dari #NA atau RNA

    *elindungi bagian dalam, menentukan jenis sel yang dapatdiinfeksi ole& virion, dan bertanggung ja+ab ter&adapinfeksi sel

    a#elo# melapisi kapsid pada beberapa virus!erasal dari membran plasma*engandung protein yang disandi virus yang digunakan

    untuk menginfeksi sel inang

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    8/49

    Des"ri$ing a Virus

     Apaka& genom berupa #NA atau

    RNA

     Apaka& asam nukleatnya untaitunggal atau untai ganda

     Apaka& bentuk virionnya seder&ana

    atau komplek Apaka& virion dilapisi ole& membran

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    9/49

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    10/49

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    11/49

    influen-a A mengandung ..

    gen yang mengode ..protein/

    .%&emagglutinin 'HA),

    0% neuraminidase 'NA),

    1% nukleoprotein 'N2),3% *., *0,

    4% NS., NS0 'NE2/ nuclear

    export protein),

    5% 2A, 2!. ' polymerasebasic  .), 2!."60 dan 2!0

    http://id.wikipedia.org/wiki/Proteinhttp://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Hemagglutinin&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Neuraminidase&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Nukleoprotein&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_M1&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_M2&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_NS1_influenza&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_NS1_influenza&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_M2&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Protein_M1&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Nukleoprotein&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Neuraminidase&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Hemagglutinin&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/wiki/Protein

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    12/49

    HA merupakan lektin yang memediasi ikatan'binding) virus ter&adap sel target dan

    masuknya genom virus pada sel target,

     NA terlibat dalam lepasnya anak virus dari

    sel yang terinfeksi, dengan membela& gula

    yang berikatan pada partikel virus de+asa

    http://id.wikipedia.org/wiki/Lektinhttp://id.wikipedia.org/wiki/Lektin

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    13/49

    7enis virus/

    $irus influen-a A

    $irus influen-a !$irus influen-a 8

    http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_A&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_A&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_B&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_C&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_C&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_B&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_A&action=edit&redlink=1http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Virus_influenza_A&action=edit&redlink=1

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    14/49

    $irus 9nfluen-a A/

    H.N., yang menimbulkan 6lu Spanyol pada ta&un .:.;, dan6lu !abi pada ta&un 0

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    15/49

    9nfluen-a $irus

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    16/49

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    17/49

    H9$

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    18/49

    %&ti" 's %&sogeni"

    #alam sel, siklus lisis dan lisogenmenyebabkan perbedaan patologiSeklus lisis ole& Epstein"!arr virus 'E!$)

    pasa sel plasma terjadi pada mononucleosis 9nfeksi laten sel ! ole& E!$ menjadi

    lymp&oma

    9nfeksi lisis ole& &uman papilloma virus'H2$) menyebabkan kutil genital 9nfeksi laten ole& beberapa strain H2$

    menimbulkan cervical cancer 

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    19/49

    Retro'irus

    Retrovirus mempunyai RNA"dependent

    #NA polymerase 're'erse trans"ri#tase),

    yang dapat mensintesis #NA dengan

    cetakan RNA%

    Human immunodeficiency virus 'H9$), yang

    menyebabkan ac@uired immune deficiencysyndrome 'A9#S), adala& retrovirus%

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    20/49

    Te %i*e &"le o* IV

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    21/49

    Integration o* te IV Dou$le-Stranded

    DNA into roosoal DNA

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    22/49

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    23/49

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    24/49

    Hepatitis B Virus (HBV

     Non-infectious 20 nm spheres  and filaments

     Infectious 42-47 nm Dane particle

    HBsAg

    polymerase

    HBcAg

    genome

    Titers = 109 /ml

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    25/49

    HBV3.2 kb

    glikoprotein permukaan

    Transcriptional Regulation

    Oncogenic?

    Nukleokapsid

    C

    X

    S

    P

    Genom HBV

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    26/49

    Hepatitis C virus

     elum tersedia !aksin

     Dapat men"e#a#kan transplantasi hati d

     Termasuk famili &la!i!iridae

     'enom diklon pada ()*)

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    27/49

    HCV genome organization

    structural nonstructural

     +en"andi OR& tunggal, 0(0-0 aa

     .)/ k# genom RN1 untai positif

     

    (UU)./ 0/NS3C E1 E2 NS2 4B 5A 5B4Ap7

    Signal peptidase NS3-4A Ser protease

    Virion components RNA replication machinery

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    28/49

    Replikasi HCV dalam sitoplasmvia perantara RNA

    Nucleus

     Virus masuk & tanpa pembungkus

    ranslasi & processing

    (+)

    (+)

    (-)

    (+)

    Replikasi

    HCV RNAersusun partikeVirus

    !ntermediet replicati"

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    29/49

    Virus engguna!an e!anise $erturutan ut! engu$a

    sel

    Setiap virus unik

    1 Trans-a"ti'ation gena selular 

    0% 9naktivasi tuour su##ressor #roteins

    1% Aksi 'iral on"ogenes

    nkno+n

    1 *ekanisme umum/

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    30/49

    1 Trans-a"ti'ation:

    ost

    trans"ri#tion*a"tor 

    Ekspresi Gena

    8is"activation

    'iral

    trans"ri#tion

    *a"tor Ekspresi gena

    Trans"activation

    Host #NA

     ATG

    promoter 

    Host #NA

     ATG

    promoter 

    $irus"menyandi faktor transkripsi utk mengaktifkan gena sel inang

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    31/49

    Ekspresi

    gena

    inang

    e%g% HTB$.

    2roliferasi

    sel

    Tidak terkendaliHost #NA

    2rotein TaC

    2 I ti ti * t

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    32/49

    8ell +it& duplicated c&romosome

    8&romosome

    duplication

    #NA synt&esis

    8ell division

    mitosis

    G1

    S

    G2

    3

    #NA repair 'e%g% p41)

    9nisiasi apoptosis

    .% 2roliferasi berlebi&an

    0% egagalan sel memperbaiki #NA yang rusak

    1% egagalan sel tsb melakukan apoptosis

    2 Ina"ti'ation o* tuour su##ressor genes:

    Human papillomavirus

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    33/49

    0 Viral on"ogenes

    Dnkogena/

    gena inang yang tela& beruba& struktur atau fungsinya%

    *enyandi protein yang bertanggung ja+ab dlm proliferasi/

    faktor pertumbu&an

    reseptor faktur pertumbu&an2rotein penempel #NA

    Signal sitoplasmik

     virus tertentu memba+a gena itu diambil dari sel inang/

    Gena itu bersifat on"ogenes

    on"ogene

    e%g% Rous sar"oa 'irus

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    34/49

    Virus &ang en&e$a$!an !an!er:

    Human papilloma virus 8a cerviC, penis, vulva, anus

    s@uamous carcinomas 'skin)

    Epstein !arr virus Non Hodgkins lymp&omas

    naso"p&aryngeal carcinoma

    HTB$. Human T cell leukaemia

    Hepatitis ! Hepato"cellular carcinoma

    Hepatitis 8 Hepato"cellular carcinoma

    HH$; aposi sarcoma

    !ody cavity lymp&omas

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    35/49

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    36/49

    Transposable Elements

    Transposable elementsFtransposonF

    terdapat dalam genom berbagai

    organisme, dengan struktur dan fungsibermacam"macam%

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    37/49

    7enis Transposisi

    2ada "ut-and-#aste transposition, elemenitu keluar dari satu lokus pada kromosomdan pinda& ke lokus baru%

    2ada re#li"ati'e trans#osition, elemenitu mereplikasi, dan one kopi disisipkanpada lokus baru satukopi lama tetap padalokus lama%

    2ada retrotrans#osition, elemen RNAdigunakan sebagai cetakan utk mensintesis#NA, yang disisipkan pada lokus baru%

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    38/49

    Transposable Elements

    in Humans

    Sekitar 33 genom manusiaberupa berbagai transposon

    yang tersebar%

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    39/49

    T&e L1 Element

    T&e L1 element merupakan retroposon anggota longinters#ersed nu"lear eleents (%INEs)

    Genom manusia mengandung 1

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    40/49

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    41/49

    S&ort 9nterspersed Nuclear

    Elements 'S9NEs)

    S9NEs retroposons terdapat dalamterbanyak kedua% 6amili S9NE adala& Alu,MIR , dan Ther2/MIR3 elements%

    S9NEs berukuran kurang dari 3

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    42/49

    ey 2oints

    Genom manusia mengandung empat jenis

    transposon/ B9NEs, S9NEs, retroviruslike

    elements, dan cut"and"paste transposons%

     L1 B9NE dan  Alu S9NE merupakan

    transposon aktif, sedangkan yang lain

    suda& inaktif%

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    43/49

    T&e Genetic and EvolutionarySignificance of Transposable

    ElementsTransposable elements &ave s&aped

    genomes during t&e course of evolution%

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    44/49

    T&e Evolutionary Status of

    Transposable Elements

    #o transposable elements perform anyuseful function, or are t&ey merely geneticparasites

    I&ere did transposable elements comefrom

    I&at mec&anisms &ave evolved to controland limit t&eir movement

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    45/49

    Transposon dan Strktur romosom

    Transposable elements dapat menyebabkanterjadinya penyusunan ulang kromosom%

    8rossing over mungkin terjadi antaratransposon &omolog yang terdapat padaposisi berbeda pada kromosom yang samaatau pada kromosom berbeda% ejadian ini

    dinamakanberturut"turut e"to#i"intra"roosoal e4"anges ataue"to#i" inter"roosoal e4"anges%

    R k bi i i t k t

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    46/49

    Rekombinasi intrakromosomantara

    transposon yang berorientasi sama

    dan meng&asilkan delesi

    R k bi i 9 t k

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    47/49

    Rekombinasi 9ntrakromosom

    antara transposon yang

    oreintasinya berla+anan,meng&asilkan 9nversi

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    48/49

    ey 2oints

    Transposon terdapat dalam genom

    berbagai organisme%

    Transposon penyebab utama terjadinya

    mutasi dan penyusunan ulang kromosom%

    !eberapa transposon bersifatmenguntungkan pada organisme pemba+a

    lainnya sebagai parasit%

  • 8/18/2019 Virus & Transposon 2012

    49/49

     Ada pertanyaan