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LICENCE BIOLOGIE ET SCIENCES DE LA TERRE – MAQUETTE 2013-2014

Présentation de la Licence 1ère

Année (L1)

Responsable M. Pierre 02 47 36 73 50 Courriel : [email protected]

Maquette de L1 S1

Unité d'enseignement Eléments pédagogiques Coef ECTS CM TD TP Durée Total/

étudiant

1er semestre (S1)

1-1 Diversité du monde vivant 3 7 28 14 18 60

1-2 Biologie cellulaire –histologie 1,5 3 12 12 8 32

1-3 Sciences de la terre 1,5 3 16 13 1 30

1-4 Outils Scientifiques I 3 6

- Chimie générale 1,5 3 22 10 32

- Mathématiques 1,5 3 10 12 8 30

1-5 Outils de communication 2 4

- Anglais 1,5 3 22 22

- Expression écrite et Orale 0,5 1 10 10

1-6 Démarche expérimentale en sciences de la vie et de la terre 3 7

- Physique 2 5 24 15 39

- Démarche expérimentale en physiologie 1 2 7 14 21

Total 1er semestre 14 30 73 143 60 276

Descriptif des enseignements de L1 S1 UE 1.1 Diversité du monde vivant : N. Guivarc'h, D. Pierre Cours : Introduction à la diversité du vivant. Les caractéristiques morphologiques et biologiques des grands groupes végétaux seront abordées dans le cadre de leur évolution et leur adaptation aux différents milieux de vie. - Etude des grands plans d’organisation des êtres unicellulaires aux échinodermes - Des notions de classification et de phylogénie seront abordées. Interdépendances entre les règnes végétal et animal TD : séance d’exercices sur la compréhension des cycles biologiques. Présentation des organismes dans un contexte évolutif et biologique. TP : Observation et représentation d’organismes et d’organes végétaux et animaux permettant de mettre en relation structure et fonction UE 1.2 Biologie Cellulaire et Histologie : F. Bonnin, M. Goubault Cours : Biologie Cellulaire : Introduction à la biologie cellulaire, évolution de la cellule, procaryote, eucaryote animal ou végétal. Présentation d’un modèle type de cellule animale dans laquelle l’ensemble des structures cellulaires est décrit. La membrane plasmique, le système endomembranaire, le noyau, l’énergétique cellulaire. Différences et similarité entre les procaryotes et les eucaryotes, entre cellules animales et végétales Histologie: Introduction à l’histologie : présentation des 4 grands types de tissus, leurs grandes fonctions et leur localisation dans le corps animal TD : Biologie Cellulaire Présentation des différentes techniques d’étude de la cellule et de son fonctionnement : microscopies, biologie moléculaire, immunocytochimie, centrifugation. – Analyse de résultats d’article en soulignant la mise en place d’une démarche scientifique. Histologie : Etude approfondie des différents types de tissus animaux et de leurs caractéristiques structurales et fonctionnelles. Exercices d’identification des tissus et étude des méthodes de leur préparation en vue d’observation microscopique TP : Biologie Cellulaire : Observation au microscope des différents compartiments cellulaires. Observation de cellules animales, végétales et procaryotes. Histologie : Etude en microscopie optique des caractéristiques des principaux tissus animaux.

UE 1.3 Sciences de la terre: A. Lacoste Cours : Formation de l’Univers et du système solaire - Formation, structure et évolution de la Terre - Matériaux de l’écorce terrestre : minéraux - Matériaux de l’écorce terrestre : roches -L’air et l’eau - Evolution de la surface terrestre - Le temps en géologie - Evolution du monde vivant - Ressources géologiques : matériaux et énergie - Risques naturels TD : Observations de terrain - Introduction à la carte topographique - Introduction à la minéralogie et la pétrologie - Introduction à la pétrologie - Fossiles et principes de stratigraphie - Introduction à la carte géologique ; ex. structure tabulaire- La carte géologique ; structure monoclinale ; ex. pendages - Relations morphologie - géologie ; ex. la cuesta

UE 1.4 Outils scientifiques I EP 1 Chimie générale: F. Ghamouss TD: atomistique, configuration électronique, application à la théorie de Lewis – système physicochimique - - thermodynamique : 1

er principe et applications - réactions prépondérantes : application aux équilibres acido-

basiques et redox TP: calorimétrie, acide - base, système redox, pile EP 2 Mathématiques: S. Salameh Cours: Ensembles, applications, image directe et image réciproque d’un ensemble par une application. Eléments de calcul matriciel. Fonctions réelles d’une variable réelle, limite, continuité, dérivée. Fonctions réelles de deux variables réelles, dérivées partielles, gradient. Notions élémentaires sur les suites et séries numériques. Formule de Taylor-Maclaurin, développements limités. Intégrale de Riemann, intégration par parties et par changement de variable, intégrale généralisée. Équations différentielles du premier ordre : à variables séparables, linéaires. Équations différentielles linéaires du second ordre à coefficients constants. TD: Exercices d’application des différentes parties du cours. TP: Utilisation de logiciels spécifiques pour la représentation graphique et l’étude des fonctions d’une et de deux variables réelles, le calcul matriciel, les méthodes numériques de calcul d’intégrales et de résolution d’équations différentielles. UE 1.5 Outils de communication EP 1 Anglais: D. Boisard Etude de la langue anglaise appliquée au domaine de la spécialité scientifique à partir de l’analyse d’articles de presse et de documents audio-visuels. Révision et renforcement des connaissances grammaticales acquises dans le secondaire. EP 2 Formation documentaire & expression écrite et orale Méthodes de recherche de documents (enseignements assurés par les services de documentation de l'université). Savoir comparer deux problèmes pour en extraire les similitudes. Communiquer pour se former quelles que soient les difficultés. UE 1-6 : Démarche expérimentale en Sciences de la vie et de la terre EP 1 Démarche expérimentale en physique : A. Ruyter Cours/TD : Mécanique : Eléments de dynamique du point et du solide - Statique du solide et des fluides - Optique: Lois de l’optique géométrique ; systèmes optiques (miroirs, dioptres) - Lentilles et instruments d’optique. Electricité : Electrostatique (champ, potentiel, dipôles) - Electrocinétique (éléments de base en A.R.Q.S) TP : Mécanique (Oscillateurs, Fluides) - Optique (Lentilles, Microscope). Electricité ( Régimes continus et transitoires ).

EP 2 Démarche expérimentale en physiologie : O. Pichon Cours : Introduction à la Physiologie, présentation d’un sujet d’étude expérimentale en Physiologie animale : infarctus et plaque d’athérome, et en Physiologie végétale : mécanismes de défense d‘une plante d’intérêt agronomique contre l’attaque d ‘un pathogène. TD : Etude de documents scientifiques permettant de comprendre une démarche expérimentale en Physiologie notamment d’un point de vue technique.

Maquette du L1 S2


étudiant

2ème semestre (S2)

2-1 Biochimie structurale 2 4 16 10 8 34

2-2 Génétique moléculaire 2 4 18 12 4 34

2-3 Ecologie -Ethologie 2 4 16 8 10 34

2-4 Outils Scientifiques II 6 9

- Chimie organique 2 3 22 6 28

- Physique 2 3 20 8 28

- Probabilités 2 3 10 12 10 32

2-5 Outils de communication 3 6

- Anglais 1,5 3 22 22

- Informatique 1,5 3 24 24

2-6 Projet de valorisation personnelle 1 3

- MOBIL 4 12 16

- EP d’Ouverture 1 3 20 20

Total 2ème semestre (S2) 16 30 64 162 46 272

Total Licence 1ère année 30 60 137 306 105 548

Descriptif des enseignements de L1 S2 UE 2 1 Biochimie structurale : F. Esnard, F. Lecaille Cours: Structure et propriété de l’eau - Solutions et tampons - Structure et propriétés des oses simples des polysaccharides, des protéoglycannes et des glycoprotéines. - Structure et propriétés des acides aminés, peptides et protéines - Structure des lipides et introductions aux constituants des membranes cellulaires - Constituants des acides nucléiques - Structure des nucléotides - Double hélice des acides nucléiques, réplication de l’ADN – traduction. TD : Au travers des TD et des TP seront abordés sous forme d’analyse de revue scientifique, présentation d'article d’une part la compréhension d’une démarche expérimentale ainsi que les domaines généraux d’applications de la biochimie (catalyse, biotechnologies, physio-pathologie,…) -Exercices d’application du cours magistral (acides nucléiques, oses, acides aminés et protéines). TP: Préparation de solutions tampons, analyse spectrale de protéines, dosage glucidique dans des boissons sucrées UE 2 2 Génétique moléculaire: C. Augé-Gouillou, S. Renault Cours : Historique de la génétique moléculaire – Organisation des génomes - Principes de bases de la réplication – Transcription et traduction – Régulation de la transcription. Ces notions seront abordées à la fois chez les eucaryotes et les procaryotes. Mitose et méiose – Mutations et mutagenèse – Lois de ségrégation des gènes (Mendel) – Test de conformité TD : Exercices d’applications sur les notions de cours TP : Mitose-Méiose - Analyse de mutants de drosophiles – Notion de ségrégation d’un gène UE 2 3 Ecologie Ethologie : S. Leman, D. Pierre Cours : Ecologie : écologie fonctionnelle, la circulation de l’énergie et de la matière dans la biosphère, les cycles biogéochimiques, étude des relations trophiques, les grandes biocénoses terrestres

Ethologie : Définition de l’éthologie et des disciplines associées à l’étude du comportement animal - Approche éthologique des émotions et valeur adaptative des expressions émotionnelles dans la communication animale et humaine – Etude de l’émotion de peur par une approche éthologique et neurobiologique – Pathologies des comportements émotionnels. TD d’éthologie : Illustrations des différentes disciplines associées à l’étude du comportement animal : Mesure du comportement animal – Modélisation animale et pathologies – Notions sur les différentes formes de conditionnement chez l’animal – Ecologie comportementale – Mémoires animales et humaine. TP : Sortie sur le terrain, découverte d’écosystèmes, approches de techniques d’échantillonnage, récolte, analyse et détermination des prélèvements, rédaction d’un compte rendu. UE 2 4 Outils scientifique II EP 1 chimie : E. Thiery Cours-TD : Organisation de la molécule organique (hybridation, disponibilité des doublets) - Les principaux types de transformations – les principaux mécanismes - Les intermédiaires de réaction (Stabilité des entités chimiques, propriétés des réactifs) - Effets électroniques (inductif et mésomère) - Initiation à la nomenclature (fonction simple) - Principales réactions chimiques (départs et attaques – aspect thermodynamique et cinétique) - Stéréochimie TP : extraction d’un produit d’une phase aqueuse, substitution nucléophile et modèles moléculaires EP 2 « Physique d’intérêt biologique » : A. Ruyter Cours/TD : Ondes : Oscillateurs harmoniques et ondes progressives - Signaux électriques -Ondes lumineuses (Interférences, diffraction …) - Ondes mécaniques et acoustiques (Effet Döppler, ultrasons, l’audition …) - Matière: Phénomènes de transport - Diffusion et osmose - Conduction électrique - Transferts de chaleur - Dynamique des fluides TP : Matière : Conduction électrique, Déphasage et résonance - Ondes : Ondes mécaniques, Dispersion de la lumière EP 3 Probabilités : S. Salameh Cours : Notions d’échantillonnage, sans ordre, ordonné avec ou sans répétitions. Notions d’événement et de probabilité sur un espace probabilisable, indépendance et probabilité conditionnelle, Bayes. Variable aléatoire, loi de probabilité, paramètres usuels (espérance, variance…). Principales lois utilisées en expérimentation : binomiale, Poisson, hypergéométrique, uniforme, exponentielle, normale… . Liens entre les différentes lois. Loi des grands nombres. TD : Exercices d’application, orientés « Sciences du vivant », des différentes parties du cours. TP : Initiation au logiciel libre R. Simulation de variables aléatoires des principales lois usuelles, générateur de nombres aléatoires, vérification graphique des principaux résultats de convergence et leur utilisation pratique. UE 2 5 Outils de communication EP 1 Anglais : D. Boisard Etude de la langue anglaise et américaine à partir de l'analyse d'articles scientifiques et de documents audiovisuels appliqués à la biologie, la génétique et la biochimie. EP 2 Informatique : A. Cabet Anatomie d’un ordinateur, éléments de logique et de numération, environnement windows, fonctions d’un tableur, opérations arithmétiques et logiques, principaux types de données, chaînes de caractères, fonctions de tri et de recherche, solveur. UE 2 6 Projet Personnel et professionnel EP 1 Module d’Orientation, Bilan, Insertion des Licences (MOBIL) Conférences sur les débouchés des études de biologie (LP, Masters professionnels, de recherche, doubles compétences). Témoignages d’anciens étudiants -Sensibilisation aux licences professionnelles “ production animale” et méthodes et techniques en analyse sensorielle”. Travaux dirigés consacrés à l'écrit dans le travail expérimental (du cahier de laboratoire à la publication scientifique, en passant par le compte-rendu de TP), bilan personnel, CV et lettre de motivation

Présentation de la Licence 2ème Année (L2)

Responsable M. Peineau 02 47 36 70 11 Courriel : [email protected]

Maquette de L2 S3

Descriptif des enseignements de L2 S3 UE 3.1 Microbiologie générale : des virus et des bactéries : A. Petit Cours : Bactériologie : Principes d’identification et de classification des bactéries - Structure de la cellule procaryote : éléments constants et inconstants - Nutrition et croissance bactérienne ; milieux de culture - Eléments de virulence et de pathogénicité. Virologie : Principes d’identification et de classification des virus - Structure des virus - Cycles de multiplication - Ces thématiques seront illustrées avec des virus des animaux (mammifères et invertébrés), des plantes et des bactéries. TD: Applications du cours sous forme d’exercices. Présentations orales d’articles en langue française. TP: colorations et observations microscopiques, ensemencement des bactéries et observations macroscopiques des colonies et bouillons. UE 3.2 Génétique moléculaire : C Augé- Gouillou – S. Renault Cours : Réplication de l’ADN et sa régulation – Régulation de l’expression des gènes (chromatine – transcription – traduction) – Recombinaison et réparation de l’ADN – Eléments génétiques mobiles. Cartographie des génomes eucaryotes - Génétique des procaryotes TD: Exercices d’applications sur les notions de cours. TP : Carte génétique pour 3 caractères chez la drosophile


étudiant

3ème semestre (S3)

3-1 Microbiologie générale 2 4 20 6 6 32

3-2 Génétique moléculaire 2 4 16 12 4 32

3-3 Biologie 2 4

- Biologie des organismes 1 2 6 6 12 24

- Biologie cellulaire 1 2 8 4 12

3-4 a Physiologie des grandes fonctions 5 9

- Grandes fonctions animales 2,5 4,5 24 16 8 48

- Grandes fonctions végétales 2,5 4,5 24 12 12 48

3-4 b Chimie 5 9

- Chimie Inorganique appliquée 2 3 17 12 3 32

- Chimie Organique 1,5 3 18 14 32

- Réactivité chimique 1,5 3 10 12 10 32

3-5 Outils scientifiques III 3 6

- Anglais 1 2 22 22

- Informatique 1 2 6 10 16

- Statistiques 1 2 6 6 6 18


- MOBIL

- EP d'Ouverture 1 3 20 20

Total 3ème semestre 15 30 272

UE 3.3 Biologie EP 1 Biologie des organismes : J.P Monge Cours : Comparaison évolutive des plans d’organisation des principaux groupes de vertébrés. TD: Synthèse dirigée à partir d’exercices TP: Mise en évidence des caractéristiques des plans d’organisation à partir de quelques exemples EP 2 Biologie cellulaire : F. Bonnin Cours : Cytosquelette et mouvements cellulaires, Processus de reconnaissance et d’adhésion cellulaire, Relation cellules et matrice extracellulaire, Communication intercellulaire. TD: Analyse de résultats d’article ayant attraits à l’inflammation, la coagulation ou les métastases. UE 3.4 a Physiologie des grandes fonctions EP 1 Physiologie des grandes fonctions animales : G. Bedfer Neurophysiologie: Potentiel de membrane et potentiel d'action; Synapses et jonction neuromusculaire; Couplage excitation - contraction. Physiologie sexuel male : Notion d'hormone et de récepteurs hormonaux, production, distribution, mode de sécrétion et d'action. Contrôle hormonal de la différentiation sexuelle; Système reproducteur mâle. TD: Analyse de données électrophysiologiques. TP : Simulation d'activités électriques. EP 2 Physiologie des grandes fonctions végétales : B. Saint-Pierre Cours: Nutrition organique des végétaux : la photosynthèse, autotrophie carbonée, autotrophie azotée, autotrophie soufrée - Alimentation en eau et nutrition minérale des végétaux : Le sol, l’eau et la plante – Absorption et circulation de l’eau et des sels minéraux dans la plante - Physiologie de la morphogenèse : Croissance de la cellule végétale – Rôles des facteurs de l’environnement et des régulateurs de morphogenèse. TD : Application des connaissances acquises sur la photosynthèse, l’autotrophie carbonée et la morphogenèse des végétaux pour la résolution d’exercices pratiques. Exemples d’application de ces connaissances à l’étude des fonctions de végétaux d’intérêt. TP : Mise en évidence des pigments et de l’activité des photosystèmes sur chloroplastes isolés - Analyse des échanges plante-eau. Fonctions de la nitrate réductase. UE 3.4 b Chimie EP 1 Chimie Inorganique Appliquée : F. Tran Van Rappels sur les notions d’oxydo-réduction- Loi de Nernst- Potentiel d’électrode- Nature des électrodes - Oxydation des métaux, réduction des oxydes – Application à la métallurgie extractive (construction et utilisation des diagrammes d’Ellingham) - Dispositifs électrochimiques utilisant les métaux et les oxydes métalliques : piles et accumulateurs, dispositifs électrochromes, capteurs - Application aux diodes électroluminescentes et cellules photovoltaïques EP 2 Chimie organique : M. Abarbri Stéréochimie – Nomenclature - Alcanes, alcènes, alcynes - Effets électroniques : applications - Alcools, thiols, éthers - Composés halogénés - Mécanisme réactionnels SN1, SN2, E1, E2, …- Amines EP 3 Réactivité et dynamique moléculaire : M. Anouti Le second principe : évolution, et le 3ème principe - L’équilibre chimique : le potentiel chimique (expression simple, systèmes idéaux) - Les constantes d’équilibres : application aux équilibres en phase homogène et aux réactions ioniques en solution - Partie pratique : calorimétrie, études des équilibres - Cinétique chimique - Vitesse, facteurs cinétiques et ordre de réaction - Energie d’activation - Partie pratique : facteurs cinétiques, détermination d’ordres partiels et de constantes de vitesse UE 3.5 Outils scientifiques III EP 1 Anglais : M.H. Cauchy Approfondissement grammatical et lexical (vocabulaire de la biologie, de la génétique, de la biochimie) - Etude de l'usage idiomatique de la langue anglaise et américaine - Entraînement à la compréhension de l'écrit (presse anglo-saxonne) et à la traduction scientifique - Pratique de l'expression orale à partir d'enregistrements vidéos

EP 2 Informatique : F. Dumas TD : Compréhension du modèle relationnel : passer du tableau à la table multi-relations. Modélisation d’une base de données - Interrogation des bases de données : langage SQL (requêtes simples, avec jointure, avec fonctions d’agrégats) - SQL comme langage de définition de données. Etude d’un cas d’école : conception d’une base de données dans le domaine SVT (schéma conceptuel) TP : SGBD-Relationnel bureautique : découverte de l’environnement - Création d’une base de données : implémentation du schéma conceptuel étudié en TD et importation de données - Interrogation de la base de données : requêtes et formulaires- Réalisation d’une application complète : menus, sorties formatées sous forme d’états - Finalisation d’une application complète. EP 3 Statistiques : S.Salameh Cours : Statistiques descriptives - Régression linéaire – Estimation ponctuelle et par intervalle de confiance d’un paramètre – Tests d’hypothèses et risques d’erreur sur un échantillon simple, deux échantillons indépendants ou appariés : comparaison de moyennes, de proportions, de variances… - Tests du khi-deux d'adéquation à un modèle paramétrique, d’homogénéité et d’indépendance. TD: Exercices d’application, orientés « Sciences du vivant », des différentes parties du cours. TP : Utilisation du logiciel libre R pour l’analyse descriptive de jeux de données et la réalisation des tests statistiques de base.

Modalités de contrôle des connaissances de L2 S3

UNITES D'ENSEIGNEMENT

Licence Biologie

ECTS

SESSION 1 SESSION DE RATTRAPAGE1

Régime général Régime spécial d’études (RSE)

Coef. Type2 de contrôle

Type3 d'épreuve

Type3 d'épreuve

Type d’épreuve3

Semestre 3

3.1 Microbiologie générale 2 4 CC+ET E E E

3.2 Génétique moléculaire 2 4 CC E E E

3.3 Biologie 2 4 CC+ET E E E

3.4a Physiologie des grandes fonctions 5 9 CC+ET E E E

3.4b Chimie 5 9 CC+ET E E E

3.5 Outils Scientifiques III 3 6

EP1 Anglais 1 2 CC+ET E+O E E

EP2 Informatique 1 2 CC E E E

EP3 Statistiques 1 2 CC+ET E E E

3.6 Projet de valorisation professionnel 1 3 CC+ET E E E

CC : Contrôle Continu - ET : Examen Terminal – E : Ecrit – O : Oral

Maquette de L2 S4


étudiant

4ème semestre (S4)

4-1 Métabolisme et Enzymologie 2 4 18 16 8 42

4-2 Outils scientifiques IV 3,5 7

- Biologie moléculaire 1 2 8 6 4 18

- Chimie organique 1 2 8 6 14

- Anglais 1,5 3 22 22

4-3 a Biologie de la reproduction et du développement

5 8 36 10 46 92

4-3 b Exploration du vivant : de l’organisme à la molécule

5 8 50 24 18 92

- Introduction à la pharmacologie 1,5 2 15 8 8 31

- Outils d'exploration de l’organisme à la molécule

1,5 3 18 8 2 28

- Méthodes d'analyse moléculaires et cellulaires

2 3 17 8 8 33

4-3 c Chimie 5 8

- Chimie Structurale et cristallographie 2,5 3 23 13 9 45

- Thermodynamique et Chimie analytique 1,5 3 18 14 32

- Méthodes spectroscopiques 1 2 9 6 15

4-4 a Biotechnologies animales et végétales

2,5 5 24 10 14 48

4-4 b Physiologie Animale

2,5 5 22 14 12 48

4-4 c Ecologie - Ethologie

2,5 5 22 8 18 48

4-4 d Biochimie cellulaire 2,5 5 20 16 12 48

4-4 e Chimie Expérimentale

2,5 5 48

- Chimie organique 1,5 3 8 6 12 26

- Chromatographie 1 2 6 4 12 22

4-5 Ateliers interdisciplinaires 1 3 14 14


- MOBIL


Total 4ème semestre (S4) 15 30 101 104 44 270

Total Licence 2ème année 30 60 542

Descriptif des enseignements de L2 S4 UE 4.1 Métabolisme et Enzymologie : S. Attucci Enzymologie : Structure et propriétés des enzymes : Notion de catalyseur biologique - Historique (de Spallanzani à aujourd’hui) - Le site actif (de la structure I

aire à la structure III

aire des enzymes), notion de

spécificité – Cofacteurs - Classification et nomenclature. Energie libre d’activation et catalyse enzymatique Cinétique enzymatique : réaction élémentaire et ordre de réaction - Cinétique michaélienne et détermination des paramètres cinétiques - Régulation de l’activité enzymatique : facteurs du milieu, inhibiteurs - Application thérapeutique des inhibiteurs : thérapie anti-inflammatoire de la mucoviscidose Biochimie métabolique : Métabolisme des glucides : glycolyse, voie des pentoses phosphates, néoglucogenèse, synthèse et dégradation des osides. Métabolisme des acides organiques : cycle de Krebs et ß-carboxylations. Métabolisme des lipides : biosynthèse et ß-oxydation des acides gras saturés, biosynthèse et dégradation des glycérolipides. Métabolisme énergétique : présentation des divers types de métabolisme énergétique (phototrophie, chimiotrophie : respirations et fermentations), la respiration aérobie organotrophe dans la cellule eucaryote (la chaîne respiratoire mitochondriale, l’ATP-synthase, les phosphorylations oxydatives), la fermentation lactique, la fermentation alcoolique. TD : Cinétique michaélienne (calcul des constantes) et exercices d’application du cours illustrant la relation métabolisme cellulaire et physiologie. TP : Etude de la cinétique michaélienne : détermination des constantes - Utilisation de la spectrophotométrie en biochimie : détermination du coefficient d’extinction molaire, dosage du glucose par la glucose oxydase. Chromatographie en couches minces de glucides UE 4.2 Outils Scientifiques IV EP 1 Biologie moléculaire : G. Weber Cours : Les acides nucléiques: l’influence de leur structure et leur séquence sur les manipulations en pratique - Les outils: les enzymes utilisés lors de la manipulation et l’analyse de l’ADN/ANR – Les vecteurs pour le clonage et l’expression de l’ADN recombinante - Les stratégies: comment fait-on pour analyser, isoler, et exprimer un gène TD: Exercices sur les principes de manipulation enzymatique de l'ADN pour le clivage et clonage et caractérisation par analyse de restriction, PCR, et analyse par Southern blot. TP : Analyse de restriction d'un plasmide. EP 2 Chimie organique : J.C. Kizirian Cours : Conformations des molécules organiques (éthane, butane, cyclohexane) – stéréoisomérie -Représentations de Cram, Newmann, Fischer et Haworth - les sucres (structure, mutarotation, réactions principales, exemples de dissacharides); les acides aminés (structures, propriétés acido-basiques, synthèse) - Peptides (étude de la structure primaire, synthèse, notion de groupe protecteur, exemples de peptides). TD : application et illustration du cours EP 3 Anglais : M.H. Cauchy Approfondissement grammatical et lexical (vocabulaire de la biologie, de la génétique, de la biochimie) - Etude de l'usage idiomatique de la langue anglaise et américaine - Entraînement à la compréhension de l'écrit (presse anglo-saxonne) et à la traduction scientifique - Pratique de l'expression orale à partir d'enregistrements vidéos. UE 4.3 a Biologie de la reproduction et du développement : J.P. Monge, B. St-Pierre Cours : Les organes de la reproduction chez les vertébrés. Les mécanismes de la fécondation. Le développement embryonnaire et post embryonnaire. Le contrôle du développement embryonnaire : inductions et régulations. Le développement direct et indirect. Mécanismes conduisant au développement et au fonctionnement de l'appareil reproducteur des angiospermes (mise à fleur, fécondation…). Développement et organisation morphologique des appareils aérien, racinaire et floral des angiospermes. Diversité anatomique et fonctionnelle des différents types tissulaires ou cellulaires formés. TP : Anatomie des organes de la reproduction. Étude structurale et ultra structurale des gonades. Observation et description du développement embryonnaire et post embryonnaire des amphibiens. Anatomie des angiospermes. De la fleur au fruit: suivi morphologique. TD : Exercices en approfondissement du cours

UE 4.3 b Exploration du vivant : de l’organisme à la molécule : L. Nadal-Desbarat EP 1 Introduction à la pharmacologie : F. Gannier Cours : Introduction à la Pharmacodynamie et à la Pharmacocinétique. Relation dose-effet et concentration-effet ; Volume de distribution ; Temps de demi-vie d’absorption, plasmatique et d’élimination ; Interactions médicamenteuses ; Débit de filtration glomérulaire (DFG). TD : Illustration du cours par des exercices. TP : Etablissement de courbes concentrations-réponses sur organes isolés. Utilisation de modèle pharmacocinétique, Mesure de temps de demi-vie. EP2 Outils d’exploration de l’organisme à la molécule : L. Nadal Desbarats Cours: Principes d’imagerie (Microscopie optique et électronique, IRM, Imagerie Isotopique). Méthodes d’analyse spectroscopique : Spectroscopie par résonance magnétique nucléaire appliquées au vivant (in vivo et in vitro), spectrométrie de masse. TD : Spectroscopie analytique : analyse de spectres. Exemple d’application en biologie. TP : Analyse spectrale et quantification d’un échantillon biologique par RMN du proton. EP3 Méthodes d’analyses moléculaires et cellulaires : F. Esnard, F. Lecaille Cours : Principes de détection, de quantification et d’exploration de composés biologiques selon leurs propriétés optiques (spectrophotométrie, spectrofluorimétrie). Principes de purification (centrifugation, chromatographie, électrophorèse), cytométrie de flux (tri et analyse cellulaire). TD : Echelles de grandeur en biologie – Utilisation de la microscopie – Equilibres – Solutions tampons – Biologie cellulaire. TP : Mise en oeuvre de techniques de séparation pour étudier la composition de boissons lactées : CCM et électrophorèse. UE 4.3 c Chimie : V. Delhorbe EP 1 : Chimie Structurale et cristallographie : M. Caravanier, B. Montigny Structure de Lewis et hybridation - Eléments de mécanique quantique - Fonctions d’onde – Structure polyélectronique - Eléments de symétrie - Orbitales localisées et délocalisées - Introduction à la chimie de coordination : champ cristallin, théorie de liaison de valence, théorie du champ de ligand Eléments de cristallographie Chimie de l’état solide - Etude des principales structures cristallines : mailles, réseaux, systèmes usuels. - Diffraction des rayons X - Application du cours par l’utilisation de logiciels (Carine cristallographie, Université en ligne) EP 2 Thermodynamique et chimie analytique des solutions : V. Delhorbe, C. Damas CM : Fonctions thermodynamiques du corps pur - Mélanges et solutions : notion d’idéalité et d’activité - Equilibres entre phases : diagrammes binaires simples - Equilibre ionique en solutions (précipitation et redissolution, complexation, réactions couplées) - Potentiel chimique et son application - Oxydo-réduction : représentation des données par des diagrammes (diagramme de Latimer, de Frost et de Pourbaix) TP : applications et illustrations directes du cours (diagrammes binaires simples, précipitation - redissolution, complexation, diagramme potentiel-pH, …) EP 3 Méthodes spectroscopiques : J.C. Kizirian Initiation à la spectroscopie UV. Aspect théorique (orbitales moléculaires), application des règles de Woodward-Fieser - Initiation à la spectroscopie IR. Principales bandes de vibrations des fonctions chimiques - RMN du proton : présentation des bases théoriques et étude de spectres UE 4.4 a Biotechnologies animale et végétale : C. Augé-Gouillou, N. Guivarc'h Cours : Les cours mêlent à la fois les approches théoriques des biotechnologies animales et végétales ainsi que l’étude d’applications concrètes dans l’agriculture aussi bien pour les végétaux que les animaux et dans le domaine de la santé humaine. Seront abordées les notions de : culture in vitro de cellules animales et végétales - régénération in vitro d’organismes végétaux - transgenèse avec les modalités spécifiques à chaque type d’organismes - application des biotechnologies à la santé (FIV, Thérapie génique, bioproduction de molécules à activité thérapeutique, OGM végétaux) - la place des biotechnologies dans le développement durable (phytorémédiation, recyclage du CO2) ainsi que des questions de bioéthique. TD : Les travaux dirigés sont sous formes d’exposés par binôme d’étudiants, l’objectif est d’illustrer par des exemples concrets l’ensemble des domaines d’application des biotechnologies. TP : La culture in vitro de cellules végétales et régénération d’une plante - La culture in vitro animale - Bioinformatique - Outils du génie génétique, par la caractérisation de deux plasmides recombinants

UE 4.4 b Physiologie animale et sensorielle : N. Peineau Cours : Physiologie neurosensorielle : audition et vision – Signalisation et plasticité synaptique – Bases anatomique du cerveau humain – Neuroanatomie fonctionnelle et clinique du système somato-sensoriel - Thermorégulation – Introduction à la pharmacologie - Physiologie des régulations – Maladies génétiques et thérapies TD : Méthodes d’études en physiologie – Analyse bibliographique – Exposé oral TP : Mesure de l’activité électrique et mécanique – Analyse de données UE 4.4 c Ecologie – Ethologie : M. Zimmerman Cours : Biogéographie, spéciation, phylogénie - Questions majeures en éthologie d'après Tinbergen: mécanisme (physiologie), développement (ontogénie), adaptation (écologie, sélection naturelle), évolution. Mise en évidence des hypothèses dans le contexte des quatre questions majeures TD : Réalisation d'un rapport sur la phylogénie d'un groupe animal. Introduction aux méthodes de l'observation, de l'expérience, et de la collection et l'analyse des données employés dans l'étude de comportements animaux. TP : Méthodes d'échantillonnage, taxonomie, analyse de données. UE 4.4 d Biochimie cellulaire : S. Attucci Cours : Les mécanismes moléculaires de la transduction intracellulaire du signal (voie de l’AMPc et des protéines G, la voie du calcium, récepteurs TK (EGFR et cancer)) - Métabolisme : le rôle de la compartimentation cellulaire dans la régulation du métabolisme et orientation des voies métaboliques en fonction des apports alimentaires - Le métabolisme énergétique de la cellule (phosphorylation oxydative, énergie des transports membranaires) - Vitamines-coenzymes : éléments clés des voies métaboliques, conséquences pathologiques de leur déficit - Trafic intracellulaire et adressage des protéines TP : suivi d’un marqueur plasmatique au cours de la réaction inflammatoire chez le rat. Mise en oeuvre de techniques de purification de protéines par chromatographie, caractérisation par électrophorèse, dosage des protéines par la méthode de Bradford. Exploitation des résultats et leur mise en commun. Démarche rédactionnelle d’un compte-rendu. Découverte d’une unité de recherche : Visite organisée du laboratoire de recherche UE 4.4 e Chimie expérimentale : Y. Carcenac EP 1 Chimie Organique : M. Abarbri CM : Propriétés et réactivité des fonctions : aldéhyde, cétones, acides carboxyliques et dérivés - Préparation et réactivité de l’organomagnésien - Substitution électrophile sur le noyau aromatique (SEAr). Propriétés et réactivité des fonctions carbonylés : aldéhyde, cétones, acides carboxyliques et dérivés…. TP : Séparation par extraction – Modèles Moléculaires – Organomagnésien – Substitution électrophile aromatique. EP 2 Chromatographie : Y. Carcenac CM-TD: Différents types de chromatographie : chromatographie d'adsorption, de partage, d'échange d'ions, d'exclusion stérique. - Techniques utilisées : chromatographie sur couche mince (CCM), chromatographie en phase gazeuse (CPG), chromatographie liquide à haute performance (HPLC) ... Calcul des grandeurs fondamentales : facteur de rétention, sélectivité, résolution et efficacité. TP : Oxydation d’un alcool – Réduction de cétones par des hydrures – Synthèse de la dibenzylidèneacétone – Préparation et réaction d’un sel de diazonium – Purification sur colonne de silice – Estérification et distillation sous pression réduite. UE 4.5 Ateliers interdisciplinaires :, V. Courdavault, J. Petrignet TD : Réalisation de projets sélectionnés par l'équipe pédagogique en s'appuyant sur plusieurs disciplines scientifiques. La démarche comportera impérativement des phases de recherche et d'exploitation de documents. Une formation à la recherche de documents utilisant les ressources de la bibliothèque sera également dispensée. Ce travail documentaire permettra, à son tour, d'affiner la problématique et de décider de la réalisation la plus cohérente avec le sujet choisi. Cet enseignement est effectué sous la direction d’enseignants d’au moins 2 disciplines différentes qui seront des personnes ressources tout au long de l’élaboration du projet.

Présentation de la Licence 3ème Année (L3)

Responsables : Mme Dallet-Choisy 02 47 36 61 49 Courriel : [email protected]

Maquette de L3 S5

Descriptif des enseignements de L3 S5 UE 5.1 Biochimie structurale et métabolique : T. Moreau Cours: Structure et fonction des protéines: les différents niveaux d’organisation structurale, relations structure-fonction - Sucres et glycoprotéines: Structure et métabolisme des glycoconjugués, Sucres et reconnaissances cellulaires - Lipides et membranes: Constituants membranaires et principes de l’organisation membranaire, Transports membranaires - Enzymologie générale: Nomenclature et classification, spécificité d'action des enzymes, cinétique des réactions à un substrat, mesure des activités enzymatiques TD : Exercices d’application portant sur: spectrophotométrie, structure des protéines, techniques biochimiques et tampons, cinétique enzymatique TP : Purification, caractérisation et étude fonctionnelle d’une enzyme

UE 5.2 Biologie cellulaire – Génétique : F. Esnard, F. Dedeine EP 1 Biologie cellulaire et moléculaire : F. Esnard Cours: Acides nucléiques, Eléments de génomique, Enzymes et techniques relatives aux acides nucléiques, Chromosomes, Réplication, Cycle cellulaire, Réparation, Transcription et expression génique, Modifications post-transcriptionnelles TD : Compréhension du principe et des champs d’application des techniques employées, de l’interprétation des résultats et de leur validation (témoins, contrôles, …), à partir d’exemples issus de la littérature scientifique. Un système d’auto-évaluation du niveau et d’accompagnement des étudiants sera mis en place

Unité d’enseignement Eléments pédagogiques Coef ECTS CM TD TP Durée Total/

étudiant

5ème semestre (S5)

5-1 Biochimie structurale et métabolique 3 5 28 14 8 50

5-2 Biologie cellulaire - Génétique 3 5

- Biologie cellulaire et moléculaire 1,5 2,5 17 8 25

- Génétique des populations 1,5 2,5 15 10 25

5-3 Langue - Projet 3,5 5

- Anglais 1,5 3 22 22

- Projet Exp.Transversal 2 2 2 38 40

5-4 a Chimie appliquée au vivant 2,5 4 20 12 8 40

5-4 b Méthodologies moléculaires 2,5 4 20 12 8 40

5-4 c Physiologie des régulations 2,5 4 20 12 8 40

5-5 a Ecophysiologie des Organismes 2,5 4 20 12 8 40

5-5 b Bactériologie Générale 2,5 4 20 12 8 40

5-6 a Relations Plantes-Organismes 2,5 4 20 12 8 40

5-6 b Immunologie 2,5 4 20 12 8 40


- MOBIL

- EP d’ouverture 1 3 20 20

Total 5ème semestre 18 30 302

EP 2 Génétique des populations: F. Dedeine, G. Dubreuil Cours: La théorie synthétique de l’évolution - Définition et objectifs de la génétique des populations - Structure génétique des populations : modèle théorique de Hardy-Weinberg - Présentation générale des forces évolutives (mutation, sélection, migration, dérive) - La variation génétique : définitions et mesure en populations naturelles - Les marqueurs moléculaires : nature et méthodes d’analyses – Exemples d’application des marqueurs moléculaires TD : Exercices d’application et analyses d’articles scientifiques

UE 5.3 – Langue - Projet EP 1 Anglais : B. Barreira

Assimilation des techniques d’analyse et de gestion d’un document (« skimming », « scanning », inférence, résumé, contraction …) - Travaux d’enrichissement lexical - Encouragement à la prise de parole en continu - Entraînement ponctuel à la traduction de courts extraits (thème et version).v

EP 2 Enseignement Pratique Transversal : S. Besseau, S. Renault Cette UE de travaux pratiques a pour but de sensibiliser les étudiants aux moyens de traiter une question biologique par l’élaboration de stratégies d’analyses et la mise en œuvre de méthodologies complémentaires, faisant appel à plusieurs champs disciplinaires tels que le métabolisme, la génétique moléculaire, la bactériologie et la biochimie. L’objectif est donc de rassembler tous ces domaines au sein d’un même TP afin

que les étudiants considèrent la biologie de manière intégrée, de l’organisme à la molécule. La problématique scientifique repose sur l’analyse de la réponse d’une plante à une interaction avec un pathogène sous différents aspects : physiologique, bactériologique, génétique, moléculaire et biochimique.

UE 5.4 –a Chimie appliquée au vivant: E. Anselmi, G. Prié Cours: Aspects fondamentaux: Les grandes fonctions essentielles en biologie: dérivés carbonylés, amines, acides carboxyliques, alcools et thiols. - Mécanismes moléculaires essentiels à la compréhension de la biologie - Aspects appliqués: chimie des peptides et des protéines - Apport de la chimie à l’analyse des systèmes biologiques et de physiopathologies chroniques TD : Exercices d’application des principaux points traités en cours magistral - Rétrosynthèse et synthèses totales – Applications aux sciences du vivant TP : Extraction, identification de médicaments, couplage peptidique

UE 5.4 b Méthodes moléculaires : F. Bonnin, S. Renault CM: Méthode d’analyse du génome (clonage, banque, polymorphisme, génétique inverse). Méthode d’analyse du transcriptome (Puce à ARN, ARN interférence, structure des ARN, PCR quantitative, activité des promoteurs). Méthode d’analyse du protéome (Immunoprécipitation, CHIP) TD : Analyse de résultats expérimentaux et analyse d’articles en anglais illustrant les notions développées en cours. Travail personnel : rédaction d’un mini-projet par groupes de 3-4 étudiants portant sur l’analyse d’articles sur une maladie génétique, sur la structure de populations, ou des processus physiologiques animaux ou végétaux. TP : Mise en place et réalisation d’un plan expérimental pour l’analyse de l’expression de la Menin, gène impliqué dans les processus de cancérisation

UE 5.4 c Physiologie des régulations humaines : N. Peineau CM: Physiologie sensorielle : intéroception (barorécepteurs, chimiorécepteurs) extéroception - Physiologie de la respiration – Régulation de la pression artérielle - Physiologie de la reproduction TD : Méthodes d'étude en physiologie TP: Mesure de la pression artérielle – spiromètrie

UE 5.5 a Ecophysiologie des organismes : C. Lazzari Cours: Organisation et évolution des systèmes sensoriels - Sensorialité et orientation spatiale – Thermorégulation - Equilibre hydrique et ionique - Exploitation de ressources alimentaires - Adaptations à l’environnement TD : Exercices de rappel et approfondissement des concepts - Discussion critique de documents et matériel vidéo

TP : Circulation – Excrétion – Nutrition - Système nerveux - Sensorialité et Perception

UE 5.5 b Bactériologie générale : A. Petit CM: Bactériologie : Métabolismes bactériens. - Identification des bactéries – Antibactériens.- Flores et diversités bactériennes – Expression génique - Communication Cellulaire. TD : Applications du cours sous forme d'exercices - Présentation d'articles en langue française TP : Identification bactérienne- Antibiogramme par la méthode des disques UE 5.6 a Relations Plantes-Organismes : O. Pichon CM - TD : Etude de l’adaptation des plantes aux contraintes biotiques de l’environnement, notamment les mécanismes de défense et de résistance des plantes contre les micro-organismes phytopathogènes et les organismes herbivores. TP : Mise en évidence par CPG de l'action d'un champignon pathogène sur la composition en acide gras de feuilles de tomate UE 5.6 b Immunologie : T. Baranek, F. Velge CM: Introduction à l’immunologie, le système immunitaire (les cellules du système immunitaire, les organes lymphoïdes, les cytokines), les mécanismes de l’immunité adaptative (la reconnaissance des antigènes par les lymphocytes T, la réponse des lymphocytes T, la reconnaissance des antigènes par les lymphocytes B, la réponse des lymphocytes B), les mécanismes de l’immunité innée (la barrière épithéliale, les cellules NK, le système du complément, les cellules phagocytaires, l’inflammation), le système immunitaire en fonction (l’immunité anti-infectieuse, l’immunité anti-tumorale, l’immunité des greffes) TD: Description des techniques immuno-chimiques et des techniques utilisées en immunologie – Exercices d’application TP: Immunoprécipitation d’une molécule de classe I du CMH - Dosage d’une cytokine par ELISA

Maquette de L3 S6

Parcours "Biologie Santé" (BS)

Responsable : Sandrine DALLET-CHOISY 02 47 36 61 49 Courriel : [email protected] Parcours "Biologie Intégrative et Evolutive" (BIE)

Responsable : Olivier PICHON 02 47 36 69 84 Courriel : [email protected]

Unité d’enseignement Eléments pédagogiques Coef ECTS CM TD TP Durée Total/

étudiant

6ème semestre (S6)

6-1 Outils Scientifiques V 3 5

- Anglais 1,5 2,5 22 22

Parcours Biologie Santé - Biostatistiques et bioinformatique

1,5 2,5 14 14

Parcours Biologie Intégrative et Evolutive

- Biostatistiques et bioinformatique

1,5 2.5 4 10 14

6-2 a1 Biologie Moléculaire 3 6 18 14 18 50

6-2 a2 Enzymologie Moléculaire et Métabolique 3 6 24 18 8 50

6-2 b1 Génétique du développement 3 6 18 12 20 50

6-2 b2 Virologie 3 6 26 12 12 50

6-2 c1 Physiologie Cardiovasculaire 3 6 20 10 20 50

6-2 c2 Physiologie de la nutrition 3 6 20 10 20 50

6-3 a Biologie du comportement 3 6 24 16 10 50

6-3 b Biologie du développement animale et Végétal 3 6 24 8 18 50

6-3 c Biologie de la reproduction et développement 3 6 24 14 12 50

6-3 d Réponse des végétaux aux contraintes de l’environnement 3 6 24 10 16 50

6-4 a Biochimie Cellulaire et Pharmacologie 2,5 5 20 14 16 50

6-4 b Ecologie Biodiversité, Conservation 2,5 5 25 5 20 50

6-4 c Biotechnologies vertes 2,5 5 24 6 20 50

6-5 a Génétique bactérienne et virale 2,5 5 28 12 10 50

6-5 b Biologie Evolutive 2,5 5 24 16 10 50

6-5 c Neurosciences Comportementales 2,5 5 24 14 12 50


- MOBIL 10 10


Total 6ème semestre (S6) 15 30 266

Total Licence 3ème année 33 60 568

Descriptif des enseignements de L3 S6 UE 6.1 Outils scientifiques V EP 1 Anglais : B. Barreira Consolider les acquis, développer les 5 compétences telles qu'elles sont définies par le Cadre Européen Commun de Référence des Langues (CECRL), à savoir la compréhension écrite et orale, l'expression écrite, orale en continu et en interaction. Préparer nos étudiants aux exigences du CLES 2. Les cours se feront en alternance en salle traditionnelle et au Centre de Ressources en Langues. EP 2a Biostatistiques et Bioinformatique pour le parcours Biologie-Santé: G. Bedfer EP 2b Biostatistiques et Bioinformatique pour le parcours Biologie Intégrative et Evolutive: C. Suppo TP : Analyse de données et la modélisation (validation d’hypothèses à l’aide de tests statistiques, modulation allostérique et chaîne de Markov). Utilisation d'un logiciel d'analyses statistiques (R). L'évaluation de l'acquisition des compétences sera faite par un examen pratique. UE 6.2 a1 Biologie moléculaire : M.L. Zani Cours : Séparation, détection et quantification des acides nucléiques - Amplification des acides nucléiques - Transfert des acides nucléiques - Obtention de la structure d’un gène - Etude de la transcription et de sa régulation TD : Applications des notions les plus saillantes du cours TP : Clonage acellulaire d’un ADN complémentaire humain en vue de son utilisation en thérapie anti-inflammatoire. Les 2 séances de TP illustrent en bonne partie les notions abordées en cours et en TD. UE 6.2 a2 Enzymologie moléculaire et Métabolique : G. Lalmanach Cours: Enzymes monomériques et polymériques - Coopérativité et allostérie; conséquences métaboliques - Mécanisme des réactions à deux substrats – Réactions couplées Oxydo-réductases, cytochromes et sous-produits de l'oxygène - Métabolisme des dérivés de l’azote et de l'oxygène - Structure et conformation du site actif - Etat de transition et analogues de substrat - Mécanismes de la catalyse enzymatique - Contrôle et régulation de l’activité enzymatique - Notions de génie enzymatique (production, alimentation) et biotechnologies - Quelques exemples d’applications: fermentation, hydrolases (lipases, protéases, glycosidases) TP : Etude d'une enzyme allostérique

TD : Exercices d’application des principaux points traités en cours magistral UE 6.2 b1 Génétique du développement pathologies et cancer : E. Huguet, P. Vaudin Cours: Mécanismes impliqués dans la perception d’un signal jusqu’à l’expression d’une réponse dans les cellules procaryotes et eucaryotes. Nous abordons cette thématique au travers de trois exemples : (1) Transduction du signal et développement chez les animaux et les plantes. (2) Etudes des voies de signalisation et de leurs dérégulations au cours d’interaction hôtes-pathogènes. (3) Dérégulations de voies de signalisation et cancers. TD : Travail en petits groupes sur plusieurs articles scientifiques. Une synthèse des articles est présentée sous la forme d’un exposé oral. L’objectif est de comprendre la démarche expérimentale mise en œuvre pour répondre à une question scientifique. TP : Interaction hôtes-pathogènes : étude de l’expression d’un gène viral impliqué dans une interaction hôte-parasite. L’étude de l’expression se fait au niveau de l’ARN par la méthode de RT-PCR et au niveau des protéines par la méthode de Western blot. Présentation des travaux sous le format d’une publication scientifique. TP développement : présentation du modèle génétique drosophile. Utilisation des lignées transgéniques permettant la dérégulation de gènes et d’analyser la conséquence sur l’expression de systèmes rapporteurs pendant le développement larvaire. Construction des lignées double et triple transgéniques en

utilisant les principes de la génétique mendélienne. UE 6.2 b2 Virologie : C. Dupuy, D. Rasschaert CM : Bases moléculaires de la réplication de différents groupes de virus à ADN et ARN. - Réplication des virus en relation avec leurs hôtes (Insectes, bactéries plantes, humains et animaux) - La structure ainsi que les stratégies réplicatives des virus des hépatites, des herpes virus, des rhabdovirus, des rotavirus, des virus influenzae, des picornavirus, des rhabdovirus, des filovirus, des papillomavirus, des mimivirus, des coronavirus, des rétrovirus, etc seront étudiées. TD : Applications du cours sous forme d'exercices, présentation d'articles TP : Bactériophage lambda - Réplication virale, Plages de lyse et Titrage - Expression protéines phagiques au cours du cycle viral- Détection des ARN et ADN du phage (RT-PCR et PCR quantitative) - Bilan comparatif des approches de quantification

UE 6.2 c1 Physiologie cardiovasculaire : C. Vandier Cours: Physiologie cardiaque : Anatomie et fonction du muscle cardiaque, méthodes d'enregistrement de l'activité électrique et mécanique cardiaque, genèse du potentiel d'action cardiaque, couplage excitation contraction cardiaque, l'automatisme cardiaque, l'électrocardiogramme. Physiologie vasculaire : Anatomie, fonction et caractéristique du muscle lisse vasculaire, couplage excitation contraction et contrôle de l’appareil contractile. TP : Activité électrique du muscle cardiaque : expérimentation et simulation informatique - Activité contractile du muscle lisse vasculaire : expérimentation et simulation informatique TD : Exercices sur les méthodes d'étude en physiologie cardiovasculaire : étude de cas pathologiques. UE 6.2 c2 Physiologie de la nutrition : M. Potier Cours : Fonction, organisation et contrôle de la digestion, étude et régulation du métabolisme hydro-minéral, phospho-calcique et lipidique. TP : Métabolisme hépatique/musculaire et motilité intestinale. TD : Exercices sur les méthodes d'étude en physiologie de la nutrition, sur les transports épithéliaux ; étude de cas pathologiques UE 6.3 a Biologie du comportement : M. Greenfield Ce cours se développe le long de deux axes majeurs: les mécanismes de comportement animal et de comportement de point de vue évolutif (écologie comportementale). Physiologie du comportement, développement (ontogénie) du comportement, l'évolution du comportement, et l'adaptation du comportement; les sujets précis comprennent la perception, la motivation, l'apprentissage, le développement et l'acquisition du comportement, la cognition, la sélection naturelle et le comportement, la sélection sexuelle et d'autres composants du comportement reproductif, le comportement social, les applications de comportement animal dans la conservation de la biodiversité et la connaissance de comportement humain UE 6.3 b Biologie du développement animale et végétale : J.P Monge, E. Ducos Cours : Méristèmes, édification de l'appareil végétatif des plantes, changement de phase et induction florale, organogenèse florale. Les périodes du développement embryonnaire et en particulier l'organogenèse chez les animaux. Le développement embryonnaire précoce, régulations et inductions. Les déplacements cellulaires. TP : Analyse de promoteurs organes –spécifiques grâce au suivi de l'expression d'un gène rapporteur dans des plantes transgéniques. La mise en place du tractus uro génital chez les mammifères. Le développement des oiseaux. TD : Exercices d'application inspirés de résultats expérimentaux publiés en relation avec les enseignements théoriques. UE 6.3 c Biologie de la reproduction et du développement post-embryonnaire : de l’œuf aux reproducteurs: D. Pillon Cours: La biologie et la physiologie des gonades, des voies génitales et des organes génitaux externes (relations entre les structures anatomiques et leurs fonctions), la gamétogenèse, l’endocrinologie. Seront traités les divers facteurs de régulation de la fonction de reproduction (hormones, facteurs de croissance…, facteurs environnementaux) et les mécanismes cellulaires mis en jeu. -Les stratégies de développement et les rôles des annexes nécessaires au développement embryonnaire. Seront particulièrement abordé l’importance des réserves vitellines par leur nature et leur utilisation, ainsi que la diversité des annexes embryonnaires dans le règne animal. - La croissance chez les mammifères, de la parturition à la puberté ; les mues et la métamorphose chez les autres animaux (vertébrés et invertébrés). TD : Exercices d’application et analyses d’articles scientifiques. TP : Fécondation in vitro chez la souris UE 6.3 d Réponses des végétaux aux contraintes de l’environnement : B. St-pierre Cours: Nutrition carbonée - évolution de la fonction photosynthétique - Physiologie des stress abiotiques ; Adaptation évolutive des végétaux aux contraintes abiotiques. TD: Exercices et approfondissement des cours ; analyse de publications. TP : Photorégulation de l’activité PEPcase chez une plante C4 ; Induction de la synthèse et localisation de la PEPcase dans les tissus photosynthétiques ; Analyse de la réponse au stress thermique UE 6.4 a Biochimie cellulaire et Pharmacologie : S. Attucci, F. Gannier Cours : Notion approfondie de réceptologie et ciblage thérapeutique - Approches expérimentales biochimique et pharmacologique du décryptage d’une voie de signalisation : adrénaline et protéines G - Interaction entre les voies de transduction intracellulaire - analyse de la régulation transcriptionnelle (ex des puces à ADN) - Contrôle des voies de signalisation dans l’immunosuppression : la cyclosporine et le rejet des greffes - Les différents types de mort cellulaire : dysfonctionnement des mécanismes de mort cellulaire et pathologies - Analyse des profils métaboliques cellulaires et tissulaires par RMN du 1H, 13C et 31P :

métabolisme du glucose (en utilisant des sources de carbohydrate marqué au 13C), application à la leucémie et à la sclérose latérale amyotrophique TP: identification d’acteurs moléculaires de la voie de transduction de l’adrénaline (récepteurs, protéines G, AMPc) par l’utilisation d’agoniste et d’antagoniste - Mise en évidence de la spécificité des récepteurs adrénergiques sur tissu isolé (cœur, aorte) à l’aide d’agonistes et d’antagonistes - Détermination de la spécificité d’un récepteur par la méthode de Scatchard UE 6.4 b Ecologie, Biodiversité, Conservation : D. Pierre Cours: Introduction à l’étude des populations, définitions et estimation des principaux paramètres biodémographiques. Seront ensuite abordés les différents modèles de croissance et de dynamiques de populations en temps discret et continu et les interactions entre populations, compétitions et prédation. Une partie du cours est consacrée à la biologie de la conservation, et plus particulièrement aux problèmes génétiques liés aux petites populations (espèces menacées). En se basant sur des exemples concrets, cette partie du cours présente les concepts importants de la génétique de la conservation (dérive génétique,

dépression de consanguinité) et s'attache à définir la taille minimale de survie d’une population. TD /TP : Illustrations des différents chapitres du cours, construction et interprétation d’une table de vie, mise en œuvre avec l’outil informatique. UE 6.4 c : Biotechnologies vertes : concepts et exploitations : C. Augé-Gouillou, V. Courdavault Cours : Cette unité d’enseignement intégrera un premier volet pédagogique dédié à la description et l’illustration des techniques moléculaires mises en œuvre pour assurer la sélection, l’amélioration et la création d’espèces végétales. Il sera associé à un second volet consacré à l’étude des procédés utilisant les végétaux à des fins d’intérêt tels que la détoxification des sols ou la production de biomolécules. TD: Exercices de synthèse de plusieurs articles articulés autour d’un même sujet et présentation d‘un exposé devant l’ensemble de la promotion - Pratique de logiciels afin d’utiliser des marqueurs moléculaires - Description des principaux OGM cultivés dans le monde - Cadre juridique de la gestion des OGM en Europe TP : Production de protéines recombinantes en système végétal - - Technique d’extinction d’expression génique utilisant les siRNA via l’approche « Virus Induced Gene Silencing » UE 6.5 a Génétique bactérienne et virale : A. Petit Cours : Bactériologie : Organisation du génome des procaryotes et particularités – Variabilité verticale : ARN 16S-23S, mutations, recombinaison et méthylation - .Communication cellulaire et Système de transport -.Variabilité horizontale : plasmides, transferts génétiques, éléments -.génétiques mobiles et application en génie génétique et biotechnologie Virologie :Évolution des virus, quasi-espèces - Les promoteurs viraux, les phases de lecture simultanée et la régulation post-transcriptionnelle (épissage, pseudo-noeud, miR, editing, …) et leur impact sur l’évolution et la diversité des virus - RNA interference, miR et siRNA chez les animaux et les plantes - Arbovirus et virus vectorisés, des gènes pour la réplication chez les vecteurs (insectes) et chez les animaux ou les plantes - Les virus comme outils biologiques TD : Applications du cours sous forme d'exercices - Présentation d'articles TP : Sélection de mutants /conjugaison bactérienne / CMI / CMB / vecteur UE 6.5 b Biologie évolutive : F. Dedeine Cours : Les théories de l’évolution - Structure génétique des populations - Sélection naturelle et adaptation - Dérive génétique et évolution neutre - Mécanismes de la spéciation - Evolution moléculaire et phylogénie TD : Exercices d’application, analyses de publications TP : Modélisations et simulations des forces évolutives (dérive, sélection), analyses de la structure génétique de populations naturelles, utilisation de la bioinformatique en phylogénie moléculaire UE 6.5 c Neurosciences comportementales : S. Leman Cours : Bases neurobiologiques de la perception sensorielle, de la motricité volontaire, des fonctions cognitives (mémoire & apprentissage, attention et rythmes biologiques), des émotions et des maladies neurodégénératives et psychiatriques. TP : Techniques de mesure des corrélats physiologiques des comportements chez l’Homme (temps de réaction, audiométrie, activité neurovégétative et émotions, illusions d’optique, apprentissage perceptif, apprentissage incident et intentionnel, apprentissage moteur et transfert bilatéral, partage attentionnel, mémoire de travail). TD : Approfondissement des thèmes développés en cours, éléments de neuro-imagerie, de neurogénétique et de neuropharmacologie, ontogenèse et phylogenèse du système nerveux, système nerveux végétatif.

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