SYLLABUS MASTER Mention BIOCHIMIE-BIOTECHNOLOGIE (BBT)

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- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 1 Université Paul Sabatier UNITE DE FORAMTION ET DE RECHERCHE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT) Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 4 05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30 MAJ : Juillet 2008 SYLLABUS MASTER Mention BIOCHIMIE-BIOTECHNOLOGIE (BBT) Année universitaire 2008/2009

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Université Paul Sabatier UNITE DE FORAMTION ET DE RECHERCHE

DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT) Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 4

� 05.61.55.67.20 ou � 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : �05.61.55.69.30

MAJ : Juillet 2008

SYLLABUS

MASTER Mention BIOCHIMIE-BIOTECHNOLOGIE

(BBT) Année universitaire 2008/2009

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SOMMAIRE

Master Première Année …………………………. Page 05 Master 2 Recherche Biologie Structurale et Fonctionnelle………………………………………………. Page 33 Master 2 Professionnel Bioinformatique ……… Page 34 Master 2 Professionnel Expression Génique et Protéines Recombinantes …………………………………… Page 35 Master 2 Professionnel Biochimie Structurale, Protéomique et Métabolomique……………… Page 36 Master 2 professionnel « Propriété intellectuelle et Nouvelles Technologies » M2P co habilité avec l’université des sciences sociales UT1, .......... Page 37

AVERTISSEMENT

Les informations données dans le présent syllabus sont susceptibles d’être modifiées sans préavis (mises à jour des coordonnées des

enseignants responsables, corrections d’erreurs, prise en compte d’un changement d’habilitation, …)

En cas de doute, il est conseillé de consulter la dernière version du syllabus (disponible sur le site internet de l’Université Paul Sabatier - www.ups-tlse.fr à la page consacrée à l’UFR SVT), de se rapprocher des enseignants responsables ou des secrétariats pédagogiques. En cas de constatation d’erreurs, vous pouvez envoyer un mel à l’adresse suivante : [email protected]. Merci de votre compréhension

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Université Paul Sabatier UNITE DE FORAMTION ET DE RECHERCHE

DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT) Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 4

� 05.61.55.67.20 ou � 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : �05.61.55.69.30

Master 1ère année Mention BIOCHIMIE BIOTECHNOLOGIES

(BBT)

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Master 1ère année : Biochimie Biotechnologies

Enseignant Responsable : Alain VERCELLONE � : IPBS/CNRS, 205 route de Narbonne 31077 Toulouse � : 05 61 17 55 56 � : [email protected] Secrétariat pédagogique : � : IBCG/CNRS, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse � : 05 61 33 58 98 � : [email protected] CONDITIONS D’ADMISSION

Accès de plein droit aux étudiants titulaires d'une Licence de Biochimie et Biologie moléculaire Pour tout autre cas, inscription soumise à la décision de l'équipe de formation (pré-inscription sur le site web de l'Université : www.ups-tlse.fr).

SCHEMA DES ETUDES : 3 parcours au choix

SEMESTRE 7

UE obligatoires et communes aux 3 parcours

3M7BT02M Mémoire bibliographique 6 ECTS 3M7BT03M Bioanalyse 6 ECTS

UE obligatoires selon parcours

Parcours 1

3M7BT01M Initiation à la recherche 18 ECTS Parcours 2

3M7BT11M Biochimie et Physiologie microbienne 6 ECTS 3M7BT12M Structure et fonction des récepteurs 6 ECTS 3M7BTLIM UE scientifique à choix libre 6 ECTS

Parcours 3

3M7BT10M Marketing, facteur de développement des entreprises de biotech 6 ECTS 3M7BT12M Structure et fonction des récepteurs 6 ECTS 3M7BTLIM UE scientifique à choix libre 6 ECTS

SEMESTRE 8 UE obligatoires et communes aux 3 parcours

3M8BT04M Biotechnologies II 6 ECTS 3M8BTLVM Langues 3 ECTS 3M8BTOUM UE d’Ouverture 3 ECTS 3M8BTLIM UE scientifique à choix libre 6 ECTS

+ 1 UE à choix restreint (Parcours 1 et 2)

3M8BT05M Analyse structurale des biomolécules 6 ECTS 3M8BT07M Relations structure/fonction des lipides et protéines dans les membranes biologiques 6 ECTS 3M8BT09M Bioinformatique 6 ECTS

+ 1 UE à choix restreint (Parcours 1 et 2)

3M8BT06M Biologie structurale des macromolécules 6 ECTS 3M8BT08M Du métabolisme au métabolome 6 ECTS 3M8G10M Bases moléculaires et cellulaires de l’expression génique eucaryote 6 ECTS

+ 1 UE à choix restreint (Parcours 3)

3M8BT05M Analyse structurale des biomolécules 6 ECTS 3M8BT14M Biochimie analytique quantitative 6 ECTS 3M8BT18M Biotechnologie et ingénierie médicales 6 ECTS

+ 1 UE à choix restreint (Parcours 3)

3M8BT13M Projet de création d’entreprise de biotechnologie 6 ECTS 3M8BT20M Introduction à la valorisation juridique de l’innovation 6 ECTS

Débouchés en deuxième année de Master à l'U.P.S. :

M2 Recherche : Biologie structurale et fonctionnelle M2 Professionnel : Bioinformatique Biochimie structurale, protéomique, métabolomique Expression génique et protéines recombinantes Propriété intellectuelle et nouvelles technologie

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MODALITES DE CONTROLES DES CONNAISSANCES

HABILITATION 2007-2010 - MCC DIPLOME

ANNEE UNIVERSITAIRE 2008/2009

CODE APOGEE DU DIPLOME: 3MBBT0/71 RESPONSABLE: A. Vercellone INTITULE DU DIPLOME: M1 BIOCHIMIE et BIOTECHNOLOGIE (B.B.T.) Code Apogée Libellé Type UE Nom du ECTS Volume Horaire PREMIERE SESSION SECONDE SESSION

UE Unité Enseignement (1) Responsable (2) CM TD TP CC (%) CP (%) CT (%) CTO (%) TOTAL CC (%) CP (%) CT (%) CTO(%) TOTAL

SEMESTRE 7

3M7BT01M Initiation à la recherche Ob L. Niéto 18 20 20 140 20 80 100 RS 20 80 100 3M7BT02M Mémoire de recherche en biochimie et biotechnologie Ob E. Clottes 6 0 0 60 25 40 35 100 RS 20 40 40 100

3M7BT03M Bioanalyse Ob C. Mathé 6 22 38 0 20 60 20 100 100 100 UE LIBRE

3M7BT10M Le marketing, facteur de développement des entreprises de biotechnologie Op M. Gayraud 6 20 20 20 20 OR 30 50 100 100 100

3M7BT11M Biochimie et physilogie microbienne Op A. Vercellone 6 30 14 16 20TP+20OR 60 100 20TP+20OR 60 100 3M7BT12M Structure et fonction des récepteurs membranaires Op C. Lebrun 6 24 24 12 20 80 100 RS 20 80 100 3M7BS15M Analyse et modélisation des données Bio. Op C. Jost 6 Voir syllabus Biologie-Santé 3M7MA5M Ingénierie moléculaire des microorganismes Op P.Ritzenthaler 6 24 16 20 20 OR 20 60 100 Voir syllabus MABS)

HM7MM2M Méthodes d'analyse et contrôle de qualités des produits de santé Op JP Souchard 6 40 20 0 coef. 2 coef. 6 coef. 2 (Consulter le détail des MCC dans le syllabus)

SEMESTRE 8

3M8BT04M Biotechnologies II Ob L. Paquereau 6 16 32 12 20 TP 60 20 100 100 100 3M8BTLVM Langues vivantes Ob E. Crosnier 3 60 40 100 30 70 100

UE LIBRE / UE A CHOIX 3M8BT05M Analyse structurale des biomolécules Op V. Puech Pages 6 22 22 16 20 TP 60 20 100 RS20TP 60 20 100 3M8BT06M Biologie structurale des macromolécules Op J. Czaplicki 6 46 12 12 20 TP 60 20 100 RS20TP 60 20 100

3M8BT07M Relations structure fonction des lipides et des protéines dans les membranes biologiques Op L. Maveyraud 6 22 14 14 20 TP 60 20 100 RS20TP 80 100

3M8BT08M Du métabolisme au métabolome Op J-C. Portais 6 22 20 18 20 TP 60 20 100 100 100 3M8BT09M Bioinformatique Op J. Czaplicki 6 20 20 20 20 TP 50 30 100 RS20TP 50 30 100 3M8BT13M Elaboration d'un projet de création d'entreprise Op J. Poque 6 36 4 20 Ec25+Or25 40+10 100 RS 40+10 100 3M8BT14M Biochimie analytique quantitative Op J-D. Marty 6 20 14 26 20 TP 20 OR 60 100 20 20 60 100

3M8BT15M Bases moléculaires de l'expression de la pathogénie bactérienne Op A. Vercellone 6 30 14 16 20 TP 60 20 100 20 60 20 100

3M8BT20M Initiation à la valorisation juridique de l'innovation Op J. Fischer 6 60 0 0 40 60 100 RS 40 60 100

3M8ELMM Ecotoxicologie Op 6 Voir syllabus Ecologie

3M8BS5M Bases moléculaires et cellulaires de l'expression génique eucaryote Op H. Prats 6

3M8BS13M Pharmacologie fondalentale Op B. Frances 6 3M8BS16M Immunophysiopathologie Op S. Valitutti 6

Voir syllabus Biologie-Santé

HM8MM2M Biotechnologie et ingéniérie médicales Op B. Couderc 6 HM8MM4M Concept et structure moléculaire Op V.Genisson Bardes 6 HM8MM5M Physiopathologie infectueuse Op 6

Consulter le détail des MCC dans le syllabus

UE OUVERTURE

3M8OVE3M Droit de l'Environnement Op M.L. Lambert 3 100 100 3M8OVT1M Co-Evolution Op A. Vercellone 3 24 0 0 0 100 100 100 100 3M8OVT2M Introduction à la valorisation juridique de l'innovation Op J. Fischer 3 24 0 0 0 100 100 100 100 CM8OV1M Activités physique Op SCUAPS 3

(1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif. (2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS.

Remarques:

Le responsable du diplôme : Alain VERCELLONE Le Président de l'Université Paul Sabatier : Professeur Gilles FOURTANIER

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3M7BT01M - INITIATION A LA RECHERCHE

Enseignant Responsable : Laurence NIETO � IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex � : 05 61 17 54 23 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 7 - 18 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

20h 20h 140h 180h Equipe pédagogique : L. Nieto, F. Couderc, L. Paquereau, I. Lajoie-Mazenc, F. Dumas, V. Ecochard, M. Tropis, V. Puech, A. Vercellone Objectif : Formation pratique approfondie des méthodes modernes de la biochimie et des biotechnologies ; Formation « à et par » la recherche. Suite à des enseignements généraux théoriques sur la recherche bibliographique, les bonnes pratiques de laboratoire, la biochimie et les biotechnologies, les étudiants effectuent un stage d’un semestre dans un laboratoire de recherche. Ils y conduisent une activité de recherche, sous l’encadrement étroit d’un chercheur appartenant à une équipe de recherche reconnue par une Ecole Doctorale de l’UPS, ainsi que sous l’encadrement de l’équipe pédagogique du module. Les étudiants présentent régulièrement devant l’équipe pédagogique les avancées de leurs travaux, avec des points précis effectués sur les aspects bibliographiques et théoriques de leur sujet, sur les méthodes mises en œuvre, et sur les résultats (obtention et analyse de données). Ils assistent régulièrement à des conférences de recherche en français et en anglais ainsi qu’à des cours complémentaires organisés par l’équipe pédagogique. A l’issue du module l’étudiant rédigera un rapport écrit sur ses réalisations et les présentera oralement devant le jury du module. Ces deux épreuves seront notées. Par ailleurs, le correspondant de stage rédigera un rapport sur les qualités de l’étudiant. Ces trois évaluations constitueront la base de la notation du module.

Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 20 Ecrit 20 20 Oral 60 60 Total 20 80 20 80

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3M7BT02M - MEMOIRE DE RECHERCHE EN BIOCHIMIE ET BIOTECHNOLOGIES Enseignant Responsable : Eric CLOTTES � IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex � : 05 61 17 55 40 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

60h 60h Equipe pédagogique : F. Bardou, E. Clottes, F Lahkdar-Ghazal, F Letisse, L Paquereau, Y. Poquet, M. Tropis Objectif : A partir d’un article rédigé en anglais sur un sujet scientifique d’actualité, les étudiants de Master 1 parcours 2 de Biochimie-Biotechnologies effectueront une recherche bibliographique (sujet scientifique, techniques utilisées dans l’étude, résultats obtenus, conclusions tirées), rédigeront un rapport synthétique présentant une analyse critique de la publication et exposeront ce travail oralement en un temps court devant un jury d’enseignants-chercheurs. Au cours du semestre, les étudiants seront conviés à assister à 2 ou 3 conférences scientifiques sur le contenu desquelles ils seront également amenés à être évalués. Contenu et façon de travailler : Chaque enseignant de l’équipe pédagogique participant au module proposera un sujet à un groupe de 4 ou 5 étudiants. Chaque étudiant devra alors analyser une publication scientifique se rapportant au sujet proposé au groupe, en effectuant sa propre recherche bibliographique, laquelle aboutira au terme du module à un rapport écrit et une présentation orale. Il s’agira pour chaque étudiant, au terme de l’analyse de la publication, de pouvoir répondre à un certain nombre de questions : quel est le sujet ? quelle est la problématique explorée ? quelles sont les techniques utilisées dans cette étude ? etc… Le travail est dirigé par l’enseignant lors de réunions périodiques, où sont discutés, l’avancement du travail, les choix à faire, et l’analyse critique des sources bibliographiques.

Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP Ecrit 25 40 20 40 Oral 35 40 Total 25 75 20 80

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3M7BT03M - BIOANALYSE

Enseignant Responsable : Catherine MATHE � Pôle de biotechnologies végétales UMR CNRS/UPS 5546 Surfaces cellulaires et signalisation chez les Végétaux 24 chemin de Borde-rouge BP42617 31326 Castanet Tolosan � : 05 62 19 35 03 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

22h 38h 60h Equipe pédagogique : C. Mathé, L. Maveyraud, J-C. Portais, J-L. Tichadou, S. Tranier Objectif : L’objectif de ce module est d’apporter un certain nombre d’outils nécessaires à l’analyse et l’interprétation des données biologiques. L’accent sera mis sur la mise en œuvre de ces outils en travaux dirigés. Le module se composera des domaines suivants : Analyse de données expérimentales : à partir d'exemples de situations expérimentales typiques de laboratoires de biochimie et de biotechnologie, être capable de poser les problèmes, choisir les méthodes appropriées d'analyse de données en fonction de leur nombre et de leur nature, mettre en oeuvre ces méthodes et interpréter leurs résultats. Analyse de séquences : présentation et interrogation des banques de données de séquences biologiques ; différents types d’alignement de séquences (méthodes et intérêts de chacun) ; exemples d’analyse de séquences nucléiques et protéiques en utilisant les principaux sites web et programmes de bio-informatique dédiés à l’analyse des séquences. Structures des protéines : l'accent sera mis sur les déterminants de la structuration des protéines et les forces d'interaction en présence. Par ailleurs, les techniques de prédiction de structures basées sur les propriétés physico-chimiques de molécules seront abordées. L'introduction à la visualisation de molécules en 3D sera également présentée. Analyse du métabolome : différents niveaux d’analyse du métabolome seront appréhendés (reconstruction métabolique, alignement de voies, recherche d’étapes manquantes, etc…), et les outils disponibles (banques de données métaboliques, outils d’analyse, etc.) seront présentés.

Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 Ecrit 60 100 Oral 20 Total 20 80 100

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3M7BT10M - LE MARKETING FACTEUR DES ENTREPRISES DE BIOTECHNOLOGIES

Enseignant Responsable : Maryse GAYRAUD � : 05 61 24 87 14 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

20h 20h 20h 60h Objectif : Comme toute organisation, l’entreprise de biotechnologie est confrontée à son marché. La qualité d’un produit est bien souvent insuffisante pour permettre à l’entreprise de s’imposer à sa concurrence. La maîtrise des techniques du marketing donne à l’entrepreneur un savoir-faire réel dans l’approche des marchés (en particulier des marchés industriels intéressés par la biotechnologie). De l’étude de marché à la gestion des différentes variables du marketing, cet enseignement se propose de développer les connaissances en marketing nécessaires à une entreprise de biotechnologie mais également de transmettre la philosophie de cette discipline fondée sur l’écoute du marché. Programme : Le concept de marketing et la démarche marketing Le diagnostic externe et interne Les études de marché - études documentaires - études quantitatives - études qualitatives Objectifs et stratégies Le mix - produit - prix - distribution - communication Le marketing à l’export Les biotechnologies - panorama des entreprises de biotechnologies et difficultés des entreprises françaises - les aides aux entreprises de biotechnologies - protection de l’innovation - le marketing dans la recherche et développement Modalités de contrôle des connaissances : 1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 Ecrit 30 50 100 Oral 20 Total 20 30 50 20 100

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3M7BT11M - BIOCHIMIE ET PHYSIOLOGIE BACTERIENNE Enseignant Responsable : Alain VERCELLONE � IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex � : 05 61 17 55 56 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

30h 14h 16h 60h

Equipe pédagogique : F. Bardou, JC. Portais, A. Vercellone Objectif : Cet enseignement a pour objectif de comprendre les relations structure fonctions des principaux éléments de la physiologie bactérienne Cours : Structure, biosynthèse, organisation et rôles physiologiques des constituants bactériens. Organisation des systèmes métaboliques et croissance Travaux dirigés : Ils seront axés sur l’analyse et la compréhension d’expériences tirées de publications en relation avec les thèmes abordés en cours. Travaux Pratiques : Analyse structurale du peptidoglycane et du LPS d’E. coli Mise en évidence de la répression catabolique par le glucose chez E. coli Utilisation des bases de données de métabolomique Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 20 Ecrit 60 60 Oral 20 20 Total 40 60 40 60

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3M7BT12M - STRUCTURE ET FONCTIONS DES RECEPTEURS

Enseignant Responsable : Chantal LEBRUN � IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex � : 05 61 17 59 46 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

24h 24h 12h 60h

Equipe pédagogique : N.Eynard, C.Lebrun, I.Muller, Y.Poquet. Objectif : L’objectif de cet enseignement est de montrer les stratégies développées en recherche pour étudier, au niveau moléculaire, le fonctionnement de récepteurs membranaires et en particulier des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) . Ces systèmes biologiques permettent d’aborder des questions telles que l’interaction entre une protéine et son ligand, l’interaction entre différentes protéines et le rôle de l’environnement dans le mécanisme réactionnel de systèmes intégrés. On s’attachera à faire le lien entre les méthodologies et l’analyse des données pour répondre à des questions biologiques précises. Cet enseignement devrait ainsi permettre aux étudiants d’appliquer les connaissances acquises à l’étude d’autres systèmes protéiques. Programme des cours

Les différents types de récepteurs Etude structurale et fonctionnelle d’une famille de récepteurs : les RCPG - Expression - purification - reconstitution - Structure - Interaction Récepteur- Ligand - Relation structure –fonction Etude des partenaires de la signalisation : - Interaction protéine-protéine – Oligomérisation - Dynamique Régulation fonctionnelle – Pathologies Travaux Dirigés/Enseignements dirigés/: Exercices d’analyses de données expérimentales. Mise en pratique des connaissances acquises en cours par la lecture, la compréhension et la présentation de publications scientifiques. Travaux pratiques: En exploitant des données de la littérature et du cours, les étudiants établiront un protocole expérimental et réaliseront les expériences choisies pour répondre à une question déterminée. Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 20 Ecrit 80 80 Oral Total 20 80 20 80

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HM7MM2M – METHODES D’ANALYSE ET CONTROLE DE QUALITE DES PRODUITS DE SANTE Enseignant responsable : Jean-Pierre SOUCHARD (Pharmacie) � IMRCP – Bât. 2R1 – UPS - 118 route de Narbonne ���� 05 61 55 77 43 � [email protected]

Secrétariat pédagogique : � IBCG/CNRS – 118 route de Narbonne ���� 05 61 33 58 98 � [email protected]

Enseignement de semestre 1 – 7 ECTS

Cours TD TP

40 h 20 h 0 h Equipe pédagogique : C. Arellano, M. Bergon, J. Bernadou, B. Couderc, N. Fabre, V. Génisson, S. Girod, M.F. Malmary, F. Nepveu, P. Labat, C. Roques, P. Sies, J.-P. Souchard, M. Tafani Objectif de la formation : Cette UE s’adresse aux étudiants des UFR SVT, Pharmacie, Médecine et Odontologie. L’objectif de cet enseignement est de préciser les principaux concepts liés au contrôle de la qualité des médicaments à usage humain et vétérinaire, des produits diététiques et de développer les bases nécessaires à leur application dans les industries de santé, au quotidien et en développement scientifique. La pluridisciplinarité de l’équipe pédagogique permet d’aborder les contrôles de la majorité des produits de santé. Programme :

1- Contrôles physico-chimiques des matières premières et des produits finis - Méthodes physico-chimiques d’analyse majeures - Identification et pureté des principes actifs et des excipients (Pharmacopée Européenne), des médicaments de synthèse, d’hémisynthèse et d’origine végétale - Contrôle qualité des produits diététiques

2- Nouvelles méthodes analytiques, choix des méthodes pour l’analyse du médicament - Nouvelles méthodes d’analyse spectrales (IR/FT, RMN basse résolution, temps de relaxation SNIF-RMN) - Méthodes de séparation des molécules chirales par chromatographie - Couplage des méthodes (GC-MS, CLHP-MS, ICP-MS, EC-MS) - Critère de choix d’une méthode analytique, applications aux médicaments et aux produits diététiques

3- Contrôle radio-pharmaceutiques et galéniques

- Utilisation et Contrôle de qualité de médicaments radio-pharmaceutiques en exploration fonctionnelle - Contrôles pharmaceutiques des formes galéniques (comprimés, pâteux, injectables) 4- Contrôles biochimiques, hématologiques et microbiologiques - Contrôle de pureté de médicaments d’origine biotechnologique (vecteurs, gènes, protéines de l’hôte) - Contrôle des produits dérivés du sang (approche sécuritaire, méthodes de réduction virale, pharmacovigilance) - Contrôle microbiologique (stérilité, pyrogènes et endotoxines, sécurité virale) 5- Statistique, validation statistique des résultats expérimentaux

- Analyse statistique des résultats - validation des méthodes analytiques et application aux produits pharmaceutiques

6- Législation et réglementation, dossier d’AMM et contrôle qualité - Textes européens et normes réglementaires en relation avec la partie analytique des dossiers d’AMM - Les normes de qualité pharmaceutique, bonnes pratiques de fabrication, qualité ISO. Les travaux dirigés seront axés sur l’analyse et la compréhension d’expériences tirées de publications en relation avec les thèmes abordés en cours.

Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session Ecrit 60 60 Oral 40 40 Total 100 100

Ne passent les oraux que les étudiants qui n’ont pas eu la moyenne à l’écrit.

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3M7BT21M / 3M8BT21M - EXPERIENCE EN LABORATOIRE

Enseignant Responsable : Alain VERCELLONE � IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex � : 05 61 17 55 56 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Equipe pédagogique : Objectif : Donner aux étudiants la possibilité d’acquérir, hors cursus, une expérience en laboratoire. Celle-ci leur donnera la possibilité de parfaire leur formation pratique en biochimie et biotechnologies. Elle leur permettra également d’être confrontés au monde du travail et aux exigences que celui-ci impose.

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3M8BT04M - BIOTECHNOLOGIES II- LES STRATEGIES EN BIOLOGIE MOLECULAIRE

Enseignant Responsable : Laurent PAQUEREAU � IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex � : 05 61 17 58 59 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

16h 32h 12h 60h Equipe pédagogique : B. Couderc, V. Ecochard, D. Fournier, I. Lajoie-Mazenc, L. Nieto. Objectif : Cours et TD : Approfondissement des techniques de biologie moléculaire vues les années précedentes, dans le but de rendre l’étudiant capable de choisir les technologies appropriées et de monter une stratégie scientifique. Les différentes stratégies seront abordées soit directement soit à l’aide d’exemples illustrant des grands problèmes biologiques. Exemples de techniques abordées : Analyse de mutations et du polymorphisme Construction et modification de séquence La PCR Interuption de gènes (knock-out, RNA interference…) Exemples biologiques Interactions entre macromolécules Chaque unité d’enseignement sera composé d’un TD de 2h pendant lequel l’étudiant cherchera les stratégies à mettre en œuvre pour résoudre un problème, d’un cours de 2h pendant lequel seront développées les stratégies qui peuvent être mises en œuvre et d’un TD de 2h pendant lequel l’étudiant comparera les différentes stratégies. Travaux Pratiques : Typage moléculaire : Analyse du polymorphisme de l’ADN (extraction d’ADN, et amplification par PCR) Bioinformatique

Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 Ecrit 60 100 Oral 20 Total 20 80 100

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3M8BT05M - ANALYSE STRUCTURALE DE BIOMOLECULES

Enseignant Responsable : Virginie PUECH � Pôle de biotechnologies végétales UMR CNRS/UPS 5546 Surfaces cellulaires et signalisation chez les Végétaux 24 chemin de Borde-rouge BP42617 31326 Castanet Tolosan � : 05 62 19 35 38 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

22h 22h 16h 60h Equipe pédagogique : M. P. Bousquet, F. Couderc, J. Czaplicki, A. Lemassu, A. Milon, R. Poupot, J. Prandi, V. Puech Pagès, A. Savagnac, M. Tropis. Objectif : Cours/TD : - Analyse structurale par RMN - Protéomique et spectrométrie de masse (SM) appliquée aux petites molécules - Chimie des bio-molécules - Vision intégrée (SM, RMN..) TP : - analyse des MPT d’une protéine par SM et interrogation des banques de données (3h) - interprétation de spectres RMN (3h) - traitement de données RMN (3h) - dosage d’arômes en SM (7h)

Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 20 Ecrit 60 60 Oral 20 20 Total 20 80 20 80

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3M8BT06M - BIOLOGIE STRUCTURALE DES MACROMOLECULES

Enseignant Responsable : Jerzy CZAPLICKI � IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex � : 05 61 17 54 04 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

46h 12h 12h 60h Equipe pédagogique : C. Bon, J.-P. Borges, V. Gervais, J. Czaplicki, A. Gonzalez, L. Maveyraud, S. Tranier, O. Saurel Objectif : Elucidation des structures tridimensionnelles de macromolécules biologiques et de complexes supramoléculaires. Méthodes principales de la biologie structurale et exemples de complexes biologiques pour lesquels la connaissance de structures 3D a joué un rôle décisif dans la compréhension des phénomènes. Ceci comprend les domaines suivants : - Spectrométrie de masse et protéomique ; caractérisation de la structure primaire (y compris les modifications post-traductionnelles) de macromolécules biologiques naturelles et/ou recombinantes. - Utilisation de la bioinformatique dans le contexte de la détermination de structure 3D de macromolécules, de leur dynamique, de leurs interactions, que ce soit entre elles ou avec des ligands d’intérêt pharmacologique. - Cristallographie et méthodes de diffusion/diffraction des rayonnements : fondements théoriques et applications pharmacologiques. - Résonance Magnétique Nucléaire : fondements théoriques et applications pharmacologiques. Les travaux pratiques seront réalisés en laboratoire de recherche, en utilisant les équipements utilisés à ce jour dans les laboratoires académiques et industriels : stations graphiques, diffractomètres, spectromètres de masse et de RMN récents. Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 20 Ecrit 60 60 Oral 20 20 Total 20 80 20 80

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3M8BT07M - RELATIONS STRUCTURE FONCTION DES LIPIDES ET DES PROTEINES DANS LES

MEMBRANES BIOLOGIQUES

Enseignant Responsable : Laurent MAVEYRAUD � IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex � : 05 61 17 54 35 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

22h 24h 14h 60h Equipe pédagogique : C. Lebrun, L. Maveyraud, P. Faller, A. Labrousse Objectif : Les membranes biologiques, outre leur rôle de compartimentation des cellules ou des organites, jouent un rôle central dans la cellule. En effet, de nombreux processus cellulaires (transduction de signal, transport de molécules, production d'énergie) se déroulent au niveau des membranes. Ces 10 dernières années la vision des membranes a fortement évolué, il est notamment de plus en plus évident que ce sont des structures subtilement structurées et très dynamiques. COURS : Le cours se partage en 2 grandes parties: I- Composition et dynamique des membranes biologiques - Structure des lipides et des protéines membranaires. - Dynamique latérale et transverse des lipides et des protéines - Synthèse et adressage des protéines membranaires - Systèmes intégrés: transmission des signaux à travers les membranes II Couplage énergétique - Transfert des électrons – Chaîne respiratoire – Système photosynthétique TRAVAUX DIRIGES : Ils seront axés sur la compréhension d’expériences tirées de publications et la résolution d’exercices en relation avec les différentes parties du cours. TRAVAUX PRATIQUES :

- Etude de la perméabilité de membranes modèles par turbidimétrie - Etude de la perméabilité de membranes modèles par fluorescence - Analyse d’articles Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 20 Ecrit 60 80 Oral 20 Total 20 80 20 80

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3M8BT08M - DU METABOLISME AU METABOLOME

Enseignant Responsable : Jean-Charles PORTAIS � Laboratoire Biotechnologie- Bioprocédés- INSA- DGBA- 135 avenue de Rangueil- Toulouse � : 05 61 55 96 89 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

22h 20h 18h 60h Equipe pédagogique : Isabelle Muller, Fabien Létisse, Jean-Charles Portais Objectif : A l’ère post-génomique, il est devenu essentiel de pouvoir caractériser le comportement (phénotype global) d’un système vivant, qu’il soit simple ou complexe. Parmi les approches émergentes, l’analyse fonctionnelle du métabolome (ensemble des processus métaboliques d’une cellule, d’un organisme, etc.) occupe une place croissante car le comportement métabolique résulte directement de l’interaction entre l’expression du génome et l’environnement. Ainsi, des modifications de l’expression du génome ou de l’environnement sont immédiatement perceptibles au niveau du métabolome. Les domaines d’applications sont très larges et vont des biotechnologies à la santé. Dans ce cours, la notion de métabolome sera présentée, et l’accent sera mis sur la compréhension de l’organisation, de la mise en œuvre et du contrôle des systèmes métaboliques dans le contexte de la cellule vivante. L’enseignement s’articulera autour de trois thèmes : le métabolome, son analyse fonctionnelle, et les domaines d’applications de l’analyse du métabolome. Le métabolome : définitions. Organisation du métabolome : réseaux métaboliques, analyse topologique. Notion de contrôle des systèmes métaboliques. Principes généraux de l’adaptation des systèmes métaboliques Analyse fonctionnelle du métabolome Métabolomique. Approches ciblées et approches globales. Principales méthodes d’analyse : Fluxomique. Notion de flux métaboliques. Techniques de marquage isotopique (au 13C) couplées à la RMN et à la spectrométrie de masse. Principes de l’analyse des flux métaboliques. Domaines d’applications Les principaux domaines d’applications seront présentés, puis deux exemples seront détaillés : Biotechnologies microbiennes Santé : recherche de biomarqueurs Les thèmes traités en cours seront illustrés en TD (notamment par l’analyse de données expérimentales de la littérature) et en TP. Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 Ecrit 60 Oral 20 100 Total 20 80 100

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3M8BT09M - BIOINFORMATIQUE

Enseignant Responsable : Jerzy CZAPLICKI � IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex � : 05 61 17 54 04 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

20h 20h 20h 60h Equipe pédagogique : P. Arnaud, J.-P. Borges, J. Czaplicki, F. Rodriguez, L. Sanchou Objectif : Cet enseignement s'adresse aux étudiants possédant déjà une culture de base en bioinformatique, spécifiquement à ceux qui ont suivi le module de Bioanalyse (3M7B03M) ou qui ont validé d’autres modules équivalents. Nous proposons un ensemble de thèmes qui couvrent les différents aspects de la bioinformatique et qui sont essentiels dans un contexte de recherche scientifique et industrielle moderne : Unix et Internet

Cours dont l’objectif est d’apprendre la structure du système d'exploitation Unix et de savoir utiliser ses outils (notamment ceux qui permettent de gérer les fichiers, visualiser les données et de communiquer par réseau), en vue de besoins spécifiques liés à la Biochimie et la Biologie Moléculaire. Modélisation par homologie

Nous présentons les principes d’une approche empirique qui permet de déterminer la structure et la dynamique de molécules d’intérêt biologique. La structure tridimensionnelle des protéines, dont seule la structure primaire est connue, peut être déterminée avec l’aide d’au moins une protéine de référence, dont la structure atomique est disponible. Les sujets abordés vont impliquer l’alignement de séquences, identification de régions structurellement conservés, la notion d’un champ de force et les techniques de minimisation d’énergie. Applicatifs Bio en Python et Biopython

La réalisation des tâches bioinformatiques exige souvent le recours à l’aide d’un ordinateur. La programmation en biologie ne nécessite pas de connaissance du langage machine ; il est suffisant – et beaucoup plus simple – de programmer en langage de haut niveau. Nous présenterons la création des applications bioinformatiques en Python. Python est maintenant utilisé en Bioinformatique à la fois comme langage de programmation d'applicatifs (par exemple pour la modélisation ou la visualisation de structures moléculaires) que comme langage de script ou de macros. Une raison de ce succès est certainement que Python a été à la fois conçu pour répondre aux besoins des débutants autant qu'à ceux de Bioinformaticiens expérimentés. Finalement, une bibliothèque de modules Python, de plus en plus importante, s'avère essentielle dans plusieurs domaines de la Bioinformatique. Un exemple, Biopython (www.biopython.org) est une collaboration internationale pour collecter et produire des codes Bioinformatiques Open Source et est particulièrement efficace dans le cadre de manipulation de formats de fichiers spécialisés (séquences, structures biologiques), d'intégration de données et de ressources Biologiques. Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 20 Ecrit 50 50 Oral 30 30 Total 20 80 20 80

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3M8BT13M - ELABORATION D’UN PROJET DE CREATION D’ENTREPRISE EN

BIOTECHNOLOGIE

Enseignant Responsable : Josiane POQUE

� Bât. 3R2 - Gestion - UFR MIG – 118 route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex ���� : 05 61 55 69 20 � : [email protected]

Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM TD TP Enseignement délocalisé Total

36h 4h 20h 60h

Equipe pédagogique : J. Poque, H. Dolgopoloff, F. Couderc, B. Couderc, Mme Gayraud Objectif : Le but de cet enseignement est de permettre aux étudiants de connaître les rouages de la valorisation de la recherche dans l'entreprise, ce qu'elle nécessite au niveau de la propriété industrielle, et de la gestion de produit, du financement de projet et du management d'entreprise. Ce module permettra à l'étudiant d'avoir une approche réaliste et pratique de l'entreprise et facilitera son insertion professionnelle ou une création d'entreprise. Il saura comment s'entourer de compétences complémentaires et possédera les notions lui permettant de faire avancer ses projets de valorisation de recherche. L'étudiant pourra cerner les divers enjeux et les répercussions dans l'entreprise d'un transfert de technologie au travers d'un projet de valorisation de recherches biotechnologiques. Cet enseignement s'adresse aussi bien à l'étudiant intéressé par son insertion immédiate dans la vie professionnelle qu'aux étudiants soucieux de réaliser une thèse de doctorat et de la possible valorisation de leur recherche. Cours I) Problématique du transfert de technologie Transfert de technologie, Propriété industrielle (les brevets) II) Gestion financière de l'entreprise Droits des contrats, des sociétés, Finance: comptabilité générale/ Analyse des documents de synthèse. III) L'entreprise comme système organisé- notion de stratégies et aspects structurels de l'entreprise Marketing international, Notions de ressources humaines, Lois sociales IV) Analyse des coûts et gestion de projet Analyse de coûts, Gestion prévisionnelle/ business plan V) Le financement de l'entreprise Investissements, Financement/rentabilité, Relation banque/entreprise: société de capital risque Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session Examen : Comptabilité et Business Plan 40 % Stratégie 10 % Contrôle Continu : Dossier 25 % Soutenance 25 % 2ème session Examen Comptabilité et Business Plan 40 % Stratégie 10 % Contrôle continu : ne se repasse pas en session 2 (notes de la session 1 conservées). 1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP Ecrit 25 40 + 10 report 40 + 10 Oral 25 report Total 50 50 50 50

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3M8BT14M - BIOCHIMIE ANALYTIQUE QUANTITATIVE

Enseignant Responsable : Jean-Daniel MARTY � IMRCP UMR 5623-Bât. 2R1 – 3ème étage – 118 route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex � : 05 61 55 61 35 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

20h 14h 26h 60h

Equipe pédagogique : Cécile Albenne, Jean-Noël Genthon, Jean-Daniel Marty, Françoise Nepveu, Arlette Savagnac Objectif : L'objectif de l'enseignement est de former l'étudiant à la démarche analytique telle qu'elle est mise en œuvre dans les départements d'analyse et de contrôles des industries des secteurs biotechnologique, pharmaceutique, agro-alimentaire et biochimique. PROGRAMME :

Le programme des enseignements est centré autour de la biochimie analytique en respectant les phases de mise en place d'un protocole analytique en milieu industriel. - Bonnes pratiques de laboratoire et assurances de qualité - Validation des méthodes d'Analyse - Analyse des données et validation des résultats analytiques - Mise en place des méthodologies d'analyse - Choix des méthodes - Préparation des échantillons - Spectroscopies moléculaires (UV-visible, fluorimétrie, infrarouge, ...) - Techniques électrophorétiques et électrophorèse capillaire - Techniques chromatographiques et couplages - Spectrométrie de masse et couplages - Techniques électrochimiques et biocapteurs (titrateurs automatiques, coulométriques, ampérométriques, ...) - Techniques d'émission et d'absorption moléculaire - Automates d'analyse, infralyseurs et analyses à distance ENSEIGNEMENTS PRATIQUES : - Utilisation de l’électrochimie pour la chimie quantitative - Mini-projet analytique pour la détermination des acides organiques dans les vins (CE, HPLC, deux journées) Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 20 Ecrit 60 60 Oral 20 20 Total 20 20 60 20 20 60

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3M8BT15M - BASES MOLECULAIRES DE L’EXPRESSION DE LA PATHOGENIE BACTERIENNE

Enseignant Responsable : Alain VERCELLONE � IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex � : 05 61 17 55 56 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

30h 14h 16h 60h

Equipe pédagogique : F. Bardou, F. Dumas, G. Etienne, A. Vercellone Objectif : L’enseignement a pour objectif de présenter les mécanismes moléculaires impliqués lors des différentes étapes d’une infection bactérienne. Cet enseignement repose sur les connaissances acquises dans les domaines de la biologie cellulaire, de la biochimie, de la génétique, de l’immunologie et de la microbiologie mais se veut accessible aux étudiants des maîtrises de biologie cellulaire et de biochimie. Cours :

Les cours sont regroupés en trois thèmes : Bases moléculaires des interactions hôte-pathogène Modes d’action des antibiotiques et mécanismes de résistance bactériens aux antibiotiques Acquisition et régulation de la virulence Travaux Dirigés : Ils seront axés sur l’analyse et la compréhension d’expériences tirées de publications en relation avec les différents thèmes abordés. Travaux Pratiques :

Internalisation par des macrophages murins de Mycobactéries marquées au FITC. Suivi de l’internalisation par spectrofluorimétrie. Mise en évidence de la résistance aux \-lactames. Action d’une toxine sur une membrane modèle. Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 20 Ecrit 60 60 Oral 20 20 Total 20 80 20 80

Page 26: SYLLABUS MASTER Mention BIOCHIMIE-BIOTECHNOLOGIE (BBT)

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3M8BT20M - INTRODUCTION A LA VALORISATION JURIDIQUE DE L’INNOVATION

Enseignant Responsable : Jérôme FISCHER � Université des sciences sociales de Toulouse-2 rue du Doyen-Gabriel-Marty. 31042. Toulouse Cedex. Bureau SUIO Ancienne Faculté Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

60h 60h

Equipe pédagogique : J. Fischer Objectif : I : Initiation juridique aux notions de base : Organisation judiciaire Sources du droit en matière scientifique (Traités, Constitution, Loi, règlements, usages), L’instrument contractuel et les principaux types de contrats II : La propriété intellectuelle: A : la propriété industrielle (brevets, modèles et dessins, semi-conducteurs, certificats végétaux) B : les droits d'auteurs (la protection du logiciel) C : les contrats de licence de brevet ou de marque. Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP Ecrit 40 60 40 60 Oral Total 40 60 20 40 60

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HM8MM2M - BIOTECHNOLOGIES ET INGENIERIE MEDICALES

Enseignant Responsable : Bettina COUDERC � : 05 61 42 46 44 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé Total

50h 10h 60h

Equipe pédagogique : I. Berry (PR, UFR Medecine), H. BENOIST (PR, UFR Pharmacie), C. CLAVEL (UFR Medecine), B. COUDERC (PR, UFR Pharmacie), F. COUDERC (PR, UFR PCA), D. FOURNIER (PR, UFR SVT), JP GELUGNE (MCU, UFR SVT), G. Gregoire, (PR, UFR dentaire),I. LAJOIE MAZENC (MCU UFR Pharmacie), F. LEGAILLARD (PR, UFR Pharmacie), L. Liaubet (CR, INSA), A. PARINI (PR UFR Pharmacie), J. Pettenati (CR, CNRS) , T. Pineau (CR INRA), , MP ROLS (CR CNRS), P. SIE (PR, UFR Pharmacie)D. TOVAR (MCU UFR Pharmacie) Objectif : L'objectif de l'enseignement est de former l'étudiant aux principales techniques utilisant des biotechnologies utilisées pour la synthèse et l¹utilisation de molécules thérapeutiques. Le programme des enseignements comporte les paragraphes suivants : génomes, thérapie génique, technologies des protéines recombinantes, ingéniérie et thérapie cellulaire, biotechnologies fongiques à visée pharmacologique, immunotechnologies, biomatériaux, animaux et plantes transgéniques, génomique fonctionnelle, traitement et visualisation des images numériques, isotopes radioactifs, système de protection industrielle et intellectuelle. COURS MAGISTRAUX :

GENOMES THERAPIE GENIQUE TECHNOLOGIES DES PROTEINES RECOMBINANTES INGENIERIE ET THERAPIE CELLULAIRE BIOTECHNOLOGIES FONGIQUES À VISÉE PHARMACOLOGIQUE IMMUNOTECHNOLOGIES BIOMATÉRIAUX ANIMAUX TRANSGENIQUES PLANTES TRANSGENIQUES GENOMIQUE FONCTIONNELLE TRAITEMENT ET VISUALISATION DES IMAGES NUMERIQUES SYSTEME DE PROTECTION INDUSTRIELLE ET INTELLECTUELLE ENSEIGNEMENTS DIRIGES Préparation par groupe de 2 étudiants d’une présentation synthétique PowerpPoint de 10 mn sur une technique originale de biotechnologies ou un sujet d’actualité en biotechnologie. Présentation à l’oral de contrôle continu et réponses à des questions sur le sujet. Le sujet de ce rapport sera choisi par le groupe d’étudiant en accord avec un « tuteur » de l’équipe pédagogique. Modalités de contrôle des connaissances : 1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP Ecrit 20 60 20 60 Oral 20 20 Total 20 80 20 80

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HM8MM4M - CONCEPTION ET STRUCTURES DES MOLECULES D’INTERET THERAPEUTIQUE Enseignant Responsable : Vania BERNARDES-GENISSON (Pharmacie) � Fac de Pharmacie 35, Chemin des maraîchers - 31062 Toulouse Cedex � : 05 62 25 68 66 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

47 h 3h 20h 70h

Equipe pédagogique : Vania BERNARDES-GENISSON (pharmacie), Jean BERNADOU (pharmacie), Jean-Luc STIGLIANI (pharmacie), Cécile TOURNAIRE-ARELLANO (pharmacie), Claude MOULIS (pharmacie), Françoise, NEPVEU (pharmacie), Suzy FERY-FORGUES (CNRS), Yves GENISSON (CNRS), Geneviève PRATVIEL (CNRS) et Anne ROBERT (CNRS). Objectif : L’objectif de cet enseignement est de présenter les bases moléculaires de la chimie médicinale permettant une bonne compréhension des différentes approches à mettre en œuvre dans la conception de nouvelles entités médicamenteuses. pour la conception principaux éléments de la physiologie bactérienne Cours : Différentes méthodes de découverte des médicaments (drug design, chimie combinatoire, criblage à haut débit, produits naturels), mécanisme d’action des médicaments au niveau moléculaire, pharmacomodulation, relation structure-activité, stratégies de marquage, phototoxicité. Travaux dirigés : Ils seront axés sur l’analyse et la compréhension d’expériences tirées de publications en relation avec les thèmes abordés en cours. Travaux Pratiques : Etude de l’influence des paramètres physico-chimiques (lipophilie et constante de ionisation – pKa) sur l’activité antibactérienne d’une famille de sulfamides. Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP 20 20 Ecrit 60 60 Oral 20 20 Total 20 80 20 80

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3M8OVT1M - CO-EVOLUTION : EXEMPLES DES INTERACTIONS HOTE-PATHOGENE

Enseignant Responsable : Alain VERCELLONE � IPBS/CNRS- 205 route de Narbonne- 31077 Toulouse Cedex � : 05 61 17 55 56 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de semestre 8 3ECTS COURS TD TP 24h

Equipe Pédagogique : A. VERCELLONE.

Cours :

L’enseignement a pour objectif de montrer au niveau moléculaire comment les interactions entre

organismes procaryotes et eucaryotes ont permis l’évolution de ces organismes. Les différentes étapes

de l’infection de l’homme par les bactéries pathogènes seront décrites (Pénétration, adhérence, invasion,

résistance aux défenses de l’hôte, création de dommages) au travers d’exemples. Cet enseignement

repose sur les connaissances acquises dans les domaines de la biologie cellulaire, de la biochimie, de la

génétique, de l’immunologie et de la microbiologie.

Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP Ecrit 100 100 Oral Total 100 100

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3M8OVT2M - INITIATION JURIDIQUE

Enseignant Responsable : Jérôme FISCHER � Université des sciences sociales de Toulouse-2 rue du Doyen-Gabriel-Marty. 31042. Toulouse Cedex. Bureau SUIO Ancienne Faculté Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS

CM

TD TP Enseignement délocalisé

Total

24 h 24 h

Equipe pédagogique : J. Fischer Objectif : I : Initiation juridique aux notions de base : Organisation judiciaire Sources du droit en matière scientifique (Traités, Constitution, Loi, règlements, usages), L’instrument contractuel et les principaux types de contrats Modalités de contrôle des connaissances :

1ère session 2ème session C. C. C.P. C.T. C. C. C.P. C.T. TP Ecrit 100 100 Oral Total 100 100

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Université Paul Sabatier UNITE DE FORAMTION ET DE RECHERCHE

DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT) Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 4

� 05.61.55.67.20 ou � 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : �05.61.55.69.30

SYLLABUS

Mention BIOCHIMIE BIOTECHNOLOGIE

Les spécialités des Masters 2 de la Mention Biochimie Biotechnologie (BBT)

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Master 2 R : Biologie structurale et fonctionnelle

Enseignant Responsable : Germain PUZO � : IPBS/CNRS, 205 route de Narbonne 31077 Toulouse � : 05 61 17 55 04 � : Germain.Puzo @ipbs.fr Secrétariat pédagogique : � : IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse � : 05 61 33 58 98 � : [email protected] CONDITIONS D’ADMISSION

Accès après audition des étudiants ayant le M1 biochimie /biotechnologies, pharmaciens et élèves ingénieurs Pour tout autre cas, inscription soumise à la décision de l'équipe de formation (pré-inscription sur le site web de

l'Université : www.ups-tlse.fr).

SCHEMA DES ETUDES :

3A9SF1M 15 ECTS Proteomique structurale et fonctionnelle/tronc commun 1er semestre 15 ECTS Stage d’immersion 1er semestre 3AASF1M 15 ECTS Mécanismes moléculaires des fonctions du vivant 2ème

semestre

3A9SF2M 15 ECTS Stage de recherche 2ème semestre

Débouchés en deuxième année de Master à l'U.P.S. :

Doctorats, Le Master recherche, au travers des spécificités de chaque option, éclaire les étudiants

sur les possibilités d’insertion professionnelle post-Master dans le tissu socio-économique. Il

s’agit principalement de métiers à double compétence (contrôle qualité, brevets, technico-

commercial, journalisme…).

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3SBIN1 – M2P de Bioinformatique Enseignant Responsable : Jerzy Czaplicki et Gwennaele Fichant Secrétariat Pédagogique : � IBCG/CNRS – 118 route de Narbonne � 05 61 33 58 98 � [email protected] Coordonnées de l’Enseignant Responsable :

J. Czaplicki � IPBS/CNRS 205 route de Narbonne � 05 61 17 54 04 � [email protected] G. Fichant � IBCG/CNRS 118 route de Narbonne � 05 61 33 58 26 � [email protected]

Enseignement de Semestre 9 - 60 ECTS

MATIERE

COURS

TD

TP Enseignement de terrain (nombre de

jours) Bioinformatique 160 h 100 h 100 h -

Formation professionnelle

20 h 20 h 20 h -

Equipe Pédagogique : P. Arnaud, J.-P. Bahsoun, F. Benamara, J.-P. Borges, M.-P. Bousquet, S. Breand, S. Calgaro, J. Czaplicki, J. Farinas, G. Fichant, B. Franc, M. Gevrey, C. Jost, S. Kaminka, L. Maveyraud, M. Mojahid, M. Reynal, G. Richard, G. Roux, K. Sauvagnat, M. Serrurier, S. Tranier

Mots clés : bioinformatique, analyse de données, modélisation de systèmes biologiques

Objectifs/Généralités : Notre objectif est de former des étudiants issus de l'un des domaines de la biologie aux techniques informatiques, statistiques, mathématiques et aux méthodologies du traitement de l'information en biologie. L'accent sera mis sur l'analyse des génomes et l'étude des relations structure-fonction des macromolécules biologiques, deux thèmes particulièrement développés à Toulouse. Une intégration des CM-TD–TP et un contact permanent avec les outils informatiques, permettent de la qualifier "d'immersion totale". Dans chaque matière, les étudiants ont à réaliser, en petits groupes, des projets, donnant lieu à des compte- rendus, sous la forme de documents écrits, de pages HTML, ou de présentations orales. Au delà de la mise en pratique des matières enseignées, cette approche a pour objectifs la responsabilisation des étudiants, l'apprentissage du travail en équipe et une formation aux différentes formes de communication. Matières enseignées : formation professionnelle : normes, éthique, sécurité informatique, aspects juridiques, gestion, brevets, communication écrite et orale ; bioinformatique : système d’exploitation Unix, réseaux, algorithmique, méthodes d’optimisation, création et gestion de bases de données, analyse de génomes (alignement de séquences, analyse de banques, phylogénie moléculaire, annotation de génomes, cartographie génétique), modélisation moléculaire pour la biologie structurale, simulation de systèmes biologiques, biostatistiques, automatisation et robotique. Stage : stage professionnel en entreprise de 6 mois, dont l’objectif est de développer des compétences professionnels de haut niveau appliquées à l’exploitation et au management des concepts et méthodologies de la bioinformatique.

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3SEGP – M2 Professionnel : Expression Génique et Protéines

Recombinantes Enseignant Responsable : Laurent PAQUEREAU

Secrétariat Pédagogique : � Nicole Perez IBCG, 118 route de Narbonne, 31062 Toulouse � 05 61 33 58 98 � [email protected] � Coordonnées de l’Enseignant Responsable : � IPBS/CNRS, 205 route de Narbonne,

31077 Toulouse, � : 05 61 17 58 59 � [email protected] Pour plus d’informations, connectez-vous sur le site de l’Université (www.ups-tlse.fr) ou de la Formation (http://www.adbt.com/DESS_EGPR/index.php)

Enseignement de Semestre 9 et 10 - 60 ECTS

MATIERE

COURS

TD Enseignement de terrain

(nombre de jours) S9 (25 ECTS) - Biologie Moléculaire / Biochimie

100 h

200 h

0 h

S9-(5 ECTS) - Gestion pour les masters Pro

20 h

30 h

0 h

S10-(30ECTS) –Stage en Entreprise

6 mois

Equipe Pédagogique : C. Alia, F. Couderc, P. Demange, A. Faivre-Dupaigre, D. Fournier, M. Knibiehler, L. Nieto, L. Paquereau, S. Tranier Mots clés : Biotechnologie, Protéines Recombinantes, Biochimie des Protéines

Objectifs/Généralités : Cette formation forme des cadres de haut niveau capables de mettre en application l'ensemble des outils de la biologie moléculaire et de la biochimie des protéines. Les domaines couverts concernent entre autres l'analyse transcriptionnelle, les stratégies de clonage et sous clonage, la production de protéines recombinantes et la caractérisation protéique.

ENSEIGNEMENT THEORIQUE (30 ECTS): Biologie Moléculaire/Biochimie (25 ECTS) Stratégies de Biologie Moléculaire (orientations conceptuelles et choix technologiques), Expression génique (puces à ADN, protéomique, differential display…), Expression des protéines en systèmes cellulaire ou acellulaire, Production de protéines recombinantes, Purifications des protéines, Analyse et caractérisation des protéines, Structures tridimensionnelles, Robotisation, Criblage à haut débit. Séminaires

Gestion pour les masters Pro (5ECTS) Structure et administration des entreprises, Gestion (financière, commerciale), Financement de l'entreprise, Business plan, Marketing (stratégique, management, industriel), Contrôle et gestion de projet, Gestion des ressources humaines, Création d'entreprise, Veille technologique Stage pratique (30 ECTS): 6 mois en entreprise (début janvier à fin juin)

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M2 Professionnel spécialité : Biochimie Structurale, Protéomique et Métabolomique

Objectifs Le M2 Pro "Biochimie Structurale, Protéomique et Métabolomique" a pour objectif la formation d’étudiants capables d’identifier et/ou de déterminer la structure de molécules biologiques simples ou complexes de toute nature (protéine, acide nucléiques, lipides, oligosaccharides, métabolites, contaminants,…), soit dans le cadre d’une démarche analytique, soit dans le cadre d’une démarche d’analyse globale du métabolisme. L’élucidation structurale ainsi que l’analyse métabolomique font largement appel à un socle méthodologique commun, plus particulièrement la résonance magnétique nucléaire et la spectrométrie de masse, mais aussi à la cristallographie aux rayons X. Ce M2 Pro s’appuie sur l’existence de quatre plate-formes reconnues au plan national par le Ministère et les EPST : la plate-forme opérationnelle nationale de protéomique (responsable B. Monsarrat), et les plateaux techniques de RMN (responsable A. Milon), de cristallographie biologique (responsable L. Mourey) et de métabolomique-fluxomique (responsable J.C. Portais), localisées à proximité immédiate de l’Université Paul Sabatier, à l’Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale ou à l’Institut National de Sciences Appliquées. Ces différentes plate-formes garantiront aux étudiants un accès aux approches les plus modernes en analyses structurale biologique et métabolique.

Admission Recrutement naturel à partir du Master 1 "Biochimie – Biotechnologie" de l’UPS Toulouse, avec : Module "initiation à la recherche", ou stage de recherche équivalent d’une durée de trois mois minimum D’autre part, sont fortement conseillées les UE suivantes : - biologie structurale des macromolécules - analyse structurale des biomolécules - métabolisme intégré

Master 1 de Chimie Biologie ou Biochimie, écoles d’ingénieur, faculté de pharmacie : veiller à se constituer une formation de M1 proche de celle du M1 '"biochimie Biotechnologie" de l’UPS. Pour tous les étudiants : admission au M2 Pro après examen du dossier de candidature et audition organisée par l’équipe pédagogique de M2, dans la limite de la capacité d’accueil du M2 Pro (contacter le secrétariat pour constituer un dossier de candidature). Toute admission en Master 2 de droit ou par validation passe obligatoirement par un dépôt de candidature sur le site web de l’UPS : http://www.syspo.ups-tlse.fr

Débouchés professionnels Les débouchés professionnels naturels de la formation sont : - les services d’analyse des groupes industriels en pharmacologie, agroalimentaire et chimie fine ; - les start-up en biotechnologie ; - les postes d’ingénieurs d’études dans les EPST et les Universités.

Programmes

Semestre 1 (S9) UE méthodologie : spectrométrie de masse, résonance magnétique nucléaire, diffraction des rayons X et métabolomique, 184 h, 9 crédits ECTS UE préparation de l’échantillon et analyse des données, 90 h, 6 crédits ECTS UE gestion pour les M2 Pro : management de l’entreprise, 50 h, 6 crédits ECTS UE spécialisation soit en analyse structurale, soit en métabolomique, 90 h, 6 crédits ECTS UE langue, 24 h, 3 crédits ECST Semestre 2 (S10)

UE stage en entreprise, 24 semaines, 30 crédits ECTS

Informations complémentaires : http://m2pro-bsp.ipbs.fr:84/

Contact Responsable de la formation : Laurent MAVEYRAUD Professeur de Biophysique E-mail : [email protected] Tél. : 05 61 33 59 98

Pour la spécialité Métabolomique : Jean-Charles PORTAIS Professeur de Métabolisme E-mail : [email protected] Tél : 05 61 55 96 89

Secrétariat pédagogique : Noëlle VERGUES IBCG - 118, route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 4 - E-mail : [email protected] - Tél. : 05 61 33 59 98

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Master 2 professionnel « Propriété intellectuelle et Nouvelles Technologies » M2P co habilité avec l’université des sciences sociales, UT1

Responsables : à UT1 : Jacques Larrieu, professeur ; Céline Castets-Renard, maître de conférences ; Alexandra Mendoza, maître de conférences : à l’Université Paul Sabatier : François Couderc, professeur [email protected]. Bernard Dousset, professeur. Enseignant Responsable UPS : François COUDERC � Laboratoire des IMRCP 118 route de Narbonne- 31062 Toulouse Cedex � : 05 61 55 83 33 � : [email protected] Secrétariat Pédagogique : � 118, route de Narbonne, IBCG/CNRS - 31062 TOULOUSE Cedex 04 � : 05 61 33 58 98 � : [email protected]

Enseignement de Semestre 9 - 60 ECTS

CM, TD TP Enseignement

délocalisé Total

317H UT1 (225H) et

UT3 (92H) 317H

Conditions d'admission : Accessible également en 2e A (M2) de Master, aux étudiants titulaires d’un M1 de l’UPS ayant validé l’UE 3M8BT20M - INTRODUCTION A LA VALORISATION JURIDIQUE DE L’INNOVATION du master de Biochimie Biotechnologie. Avoir effectué un stage en entreprise n’est pas pré-requis.

Objectifs : Les métiers de la propriété intellectuelle ne sont pas réservés aujourd'hui exclusivement aux juristes. C'est ce qui ressort du « plan pour la promotion et le développement de la propriété industrielle » annoncé le 28 novembre 2002 par le Ministère de l'Industrie et de l'appel à candidature pour la création d'un centre de formation « Entreprise et propriété industrielle » lancé par l'Institut National de la Propriété Industrielle le 18 avril 2003. Les métiers de la PI sont ouverts à des ingénieurs, des profils de managers, commerciaux ou économistes... Pour résister à cette concurrence, la formation à la PI délivrée aux juristes ne doit pas se cantonner dans un enseignement strictement juridique. Elle doit aussi valoriser les secteurs où les juristes ont un « avantage concurrentiel » : les techniques contractuelles, la rédaction des dépôts, le suivi judiciaire des procédures, le droit de la concurrence français et communautaire, le droit de la responsabilité,... Elle doit aussi permettre aux étudiants de se familiariser d'une part avec la stratégie commerciale en matière de propriété intellectuelle et, d'autre part, par des stages en entreprise et en laboratoire, avec l'environnement scientifique et technique de l'innovation pour mieux appréhender les besoins des entreprises et des chercheurs.

La spécialité Propriété intellectuelle a pour objet de délivrer les connaissances théoriques indispensables et de dispenser une formation concrète aux étudiants qui souhaitent acquérir une spécialisation dans ce domaine. Les enseignements associent largement les professionnels du secteur (conseils en propriété industrielle, INPI, SACEM, OHMI, OMPI, avocats spécialisés, juristes d'entreprise).

Pour mieux utiliser les compétences locales et mieux exploiter les possibilités de débouchés régionaux, la spécialité Propriété intellectuelle est solidement ancrée dans l'environnement industriel, socio-économique et de recherche de la région Midi-Pyrénées et des régions voisines (aéronautique, espace, biotechnologies...). Un partenariat est projeté avec deux pôles de l'industrie et de la recherche de la région toulousaine : la « Cité des Biotechnologies » en devenir, et l'industrie de l'espace et de l'aéronautique autour du CNES. La formation s'appuie par ailleurs sur les collaborations qui ont déjà été développées au sein de l'université de Toulouse entre économistes (IDEI), juristes et scientifiques de l’UPS pour la veille technologique.

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Maquette des enseignements de Master 2

Les enseignements de Master 2ème année « Propriété intellectuelle » constituent 60 ECTS de spécialisation en droit de la propriété intellectuelle. Flux et débouchés : Cette formation, créée en septembre 2005, accueille sa troisième promotion (21 étudiants) pour l’année universitaire 2007-2008 (280 dossiers de candidature). Les 18 étudiants de la première promotion (250 dossiers de candidature) sont actuellement soit en CDD ou CDI (principalement dans des services de valorisation de la recherche et dans les services spécialisés des entreprises), soit en poursuite d’études (préparation CRFPA notamment), soit inscrits en thèse (2), quelques uns en recherche d’emploi. La première promotion a accueilli un docteur en biologie (actuellement en CDD) ; la deuxième promotion (21 étudiants) compte deux docteurs en sciences et un étudiant avocat du CRFPA en PPI. Chaque promotion reçoit deux étudiants en formation continue. Références et partenariats : Cette formation figure dans le Répertoire des formations à la propriété intellectuelle (édition janvier 2007) publié par l’Institut National de la Propriété Industrielle (p. 29). Du fait que l'INPI a signé avec l'Etat un contrat d'objectifs sur la période 2005-2008 qui met au premier rang de ses priorités la "promotion de la propriété industrielle", un partenariat a été institué entre la délégation régionale de l’INPI et le Master. La formation s’appuie sur les professionnels (INPI, conseils en propriété industrielle, avocats spécialisés, juristes d’entreprise) et les organismes spécialisés (INPI, INSERM, CNRS, CNES,…) de la région Midi-Pyrénées, et notamment sur le groupe de travail Epitoul (constitué avec la délégation régionale de l’INPI) qui réunit périodiquement universitaires et praticiens de la région. Cette collaboration permet notamment de définir des axes de recherche pour les étudiants ayant choisi l’option recherche, et de constituer un portefeuille d’offres de stages. Elle permet également d’identifier les besoins des secteurs économiques en vue du lancement de recherches de plus longue durée, notamment dans le cadre de conventions CIFRE. Lorsque l’option réservée aux étudiants scientifiques de l’Université Paul Sabatier sera ouverte, elle comptera environ une quinzaine d’étudiants supplémentaires (formation initiale et continue). Caractéristiques générales : La formation couvre tous les aspects de la propriété intellectuelle (propriété industrielle et propriété littéraire et artistique) ainsi que leurs liens avec le droit des contrats (négociation, rédaction, validité, effets, responsabilité et rupture des contrats conclus en PI).. L’accent est mis notamment, outre l’acquisition des compétences générales en droit de la propriété intellectuelle, sur le droit des contrats et l’apprentissage des techniques de négociation, sur l’ouverture à l’international (langue anglaise et droit comparé), et sur l’initiation aux domaines scientifiques nouveaux. A noter que les étudiants reçoivent un enseignement (rare) d’économie de la propriété industrielle assuré par un membre de l’IDEI. Le cursus comporte quatre unités d’enseignement :

- Une unité de consolidation et d’approfondissement des connaissances en propriété intellectuelle proposant des enseignements relatifs aux principes fondamentaux du droit et de l’économie de la propriété intellectuelle : un programme général sur support multimédia UNJF accessible en ligne qui bénéficie d’un accompagnement par des tuteurs (FOAD) et un programme spécial enseigné au premier trimestre.

- Une unité de spécialisation offrant des enseignements pratiques sous forme d’ateliers,

d’études de cas et de séminaires. Ces enseignements sont principalement dispensés par des professionnels.

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- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 39

1. Les étudiants de formation juridique suivent l’unité de l’Option 1 qui leur permet de se familiariser avec les techniques contractuelles relatives à la propriété intellectuelle, et de suivre des séminaires de spécialisations liées à l’économie régionale.

2. Les étudiants de formation scientifique (Université Paul Sabatier, ou autre université

scientifique ayant validé une UE juridique équivalente à - INTRODUCTION A LA

VALORISATION JURIDIQUE DE L’INNOVATION) suivront l’unité de l’Option 2

destinée à les spécialiser en veille technologique.

- Une troisième unité, dédiée à l’ouverture internationale de la formation, comprend des cours

de langue anglaise, et des cours dispensés par des professeurs étrangers invités, relatifs au droit américain et aux aspects internationaux de la propriété intellectuelle.

- La quatrième unité différencie le parcours professionnel de la voie recherche : 1. La voie professionnelle comporte une immersion en entreprise ou en cabinet

sous forme d’un stage de 4 mois minimum

2. La voie recherche comporte une initiation à la recherche académique (méthodologie) et la rédaction d’un mémoire.

Unité 1: Les fondamentaux de la propriété intellectuelle

(155h ; 18ECTS)

- Module 1 : Propriété industrielle (65h)

1. programme général FOAD : Propriété industrielle (UNJF) 35h 2. programme spécial : aspects internationaux et pratiques de la propriété industrielle (30h)

- Module 2 : Propriété littéraire et artistique (50h) 1. programme général FOAD : Propriété littéraire et artistique (UNJF) 35h 2. programme spécial : aspects internationaux et pratiques de la PLA (15h)

- Module 3 : Aspects économiques et stratégiques de la propriété intellectuelle (20h)

- Module 4 : Séminaires d’application (20h) 1. Enregistrement d’une marque ; opposition 2. Demande de brevet d’invention 3. Partenariats public/privé ; marchés publics 4. Valorisation de la recherche 5. Action en contrefaçon 6. Gestion collective des droits

Unité 2 : Veille technologique (92h ; 20 ECTS)

Réservée au cursus qui sera créé en partenariat avec l’Université Paul Sabatier

- Module 7 : Méthodes et techniques de recherche d’information (Cours TD, Pr Mohand Boughanem, UPS 22h)

o les modèles de représentation de l’information o la notion de profil utilisateur o identifier et sélectionner les sources d’information électronique o évaluer et collecter l’information électronique

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- UPS – UFR SVT – SYLLABUS Master STS Mention Biochimie Biotechnologies (BBT) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 40

- Module 8 : Méthodes d’analyse de l’information (Cours TD, Pr Bernard Dousset, UPS,35h) o introduction à la veille stratégique o l’analyse de données o les classifications o l’analyse relationnelle o l’analyse sémantique o notions de géostratégie

- Module 9 : Utilisation d’outils de veille stratégique (TP, Pr Bernard Dousset, UPS, 35h)

o la notion de metadonnées o l’outil Tétralogie o Bureau d’étude sur l’analyse de bases brevets

Exemples : Airbus/Boeing, l’hybride chez Toyota, … Unité 3: Dimension internationale (50h, 9ECTS)

Parcours professionnel : 20h + anglais

- Module 10 : Droit comparé et international (20h) 3 ECTS � Copyright et numérique aux USA � Actualité internationale du droit d’auteur1

- Module 11 : Anglais spécialisé (30h) 6 ECTS Unité 4: Stage en entreprise (13 ECTS)

- Module 12 : Parcours professionnel

o Stage obligatoire de quatre mois minimum, rédaction et soutenance d’un rapport de stage

C. Régime des examens

UE1 Les fondamentaux de la propriété intellectuelle : un oral de 30 minutes devant un jury (un exposé de 15’ suivi d’une discussion avec le jury) portant sur les trois matières du module (à la fin du premier trimestre) (P et R) UE2 Options de spécialisation :

Option 2 - Module 7 : Méthodes et techniques de recherche d’information - Module 8: Méthodes d’analyse de l’information - Module 9 : Utilisation d’outils de veille stratégique - Un oral de 20 minutes devant un jury (un exposé de 10’ suivi d’une discussion avec le jury)

portant sur les trois modules (P e t R ) UE3 : Dimension internationale

- Conférences : contrôle continu - Anglais spécialisé : contrôle continu

UE4 : Stage en entreprise.

- Stage (P): rédaction du rapport de stage et soutenance Modalités de contrôle des connaissances : 1ère session 2ème session C.C C.T. C.T. UE1 Les fondamentaux de la propriété intellectuelle

140 140

UE2 Spécialisation : veille technologique 120 120 UE3 Dimension internationale 80 80 UE4 Stage en entreprise 80

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