Standard Occurrence de taxon Formation · producteur Place du standard de données DEE....

1

Standard Occurrence de taxon Formation

J. Chataigner (MNHN/SPN), Chef de projet Standardisation des données SINP

[email protected]

2

Plan

Démarche d'élaboration

Les informations à véhiculer : concepts et attributs

Présentation générale

Présentation détaillée

Le format technique : le GML

Exemple

Démarche d’élaboration

Contexte & Organisation

3

4

http://www.naturefrance.fr/sinp/presentation‐du‐sinp

•Initié par : Ministère en charge de l’écologie en 2005 •Objectifs :

• Diffusion des données publiques (Aarhus, Inspire)• Utilisation de ces données pour le rapportage européen, l’INPN, les décideurs, le grand public …

Le SINP

Organisation du SINP

5 Architecture

Coordination Scientifique et Technique (CST)

SINP

COPIL

Guide et valide

Juridique

QualificationDonnées sensibles

Standard Données

Metadonnées

Equipe projet Secrétariat de la CST

JuridiqueRéférentielRéférentiel

Plateformes

…

Le GT standard de donnéesMandat du groupe de travail standard de données

L'objectif du GT est de définir par grandes thématiques du SINP un format national (tel que prévu dans le projet de protocole en tant que données élémentaires d'échange ou DEE) compatible avec les standards existants au niveau international.

Il traitera en priorité des données espèces.

Pour la thematique ≪biodiversite≫, et en particulier les donnees d'observation, definir un standard minimal (ou coeur commun) en tenant compte de l'existant

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Qu’est-ce qu’un standard d’échange de données ?

Définition sémantique des information à échanger

- Dictionnaire de données (schéma UML et document pdf)

Format technique pour l’échange :

- Ici : Schéma GML (XSD)

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Optimisé « humain »

Optimisé « machine »

Qu'est-ce qu'une Donnée Elementaire d'Echange (DEE) ?

Une donnée élémentaire d’échange est une donnée formatée au standard de données SINP et ayant un identifiant pérenne SINP

Format Sémantique Format TechniqueIdentifiant uniqueDictionnaire de données Schéma GMLNote explicative

8

‐ Une élaboration partenariale et basée sur l'existant

Ebauche Construction partagée / test Publication & Validation

Septembre 2012 Décembre 2012 Octobre 2013 Mars 2014

Le GT Standard de données

Mise en place

Avril 2014

Membres du GT : Mnhn, Ministère, OBHN, Maison de l’environnement Franche Comté (PPNMEFC), aires marines protégées, IGN, Sandre (Onema), FCBN, Ifremer, Aten, Parcs Nationaux de France, GBIF, UMS BEBEES (Mnhn/CNRS)

9

Publication V1 Dictionnaire de donnéesDécembre 2013

Publication V1 Schéma GMLAvril 2014


Ebauche Construction partagée / test Validation et publication



Mise en place

Avril 2014

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‐ Analyses de standards existants : International : DarwinCore, OBIS, GISIN…National : Australie, UK, Suisse …National France : FCBN, SIE …Régional : Alaska, HauteNormandie , PACA…

‐ Définition des besoins des utilisateurs du SINP

Ebauche : impact de l'annexe C du protocole du SINP

Informations obligatoires Annexe C Implémentation dans le standard

Identifiant unique national IdentifiantPermanent

Traçabilité DS ‐> DEE Identifiant de la DS dans son JDD d’origine

Géolocalisation maximale / géolocalisation pour données d’origine privée

Règles sur la géolocalisation des observations

Auteurs de la donnée source Observateur

Date(s) de collecte Date et période d’imprécision

Producteur de la donnée source Gestionnaire de la donnée source

Statut Privée/publique de la DS DSPublique

Qualification de la DEE Impact des conclusions GT dédié

Sensibilité de la DS Impact des conclusions GT dédié

Informations facultatives : possible mais pas de précisions du protocole

11

Ebauche d’un dictionnaire de données

12

Schéma UML

Document lisible « humain »





Mise en place

Avril 2014

13

‐ 4 réunions avec le GT, nombreuses relectures tant sur les aspects généraux (redondance des informations, flexibilité du standard…) que précis : quels attributs, quelles définitions …

‐ Echanges avec les autres GT du SINP, la CST

‐ Tests sur vrais jeux de données (7 dont des DREALs) ou documentation de standardisation (3)





Mise en place

Avril 2014

14

‐ CST intermédiaire

‐ Publication en décembre 2013





Mise en place

Avril 2014

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‐ Publication du format d’échange optimisé pour l’échange entre machine

‐ CST final – en cours ‐

‐ Conformité INSPIRE

‐ Accompagnement à l’utilisation

‐ Extension

‐ Identifiant unique‐ Versionnement du standard :‐ V2 pour fin 2014/ début 2015

Présentation générale

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L’occurrence de taxon est l’observation ou la non-observation d’un taxon à une localisation à une date donnée par un ou plusieurs observateurs selon des méthodes d’observation directes (de visu) ou indirectes (empreintes, fèces, nid…).

Le périmètre ne concerne pas les données de synthèse ou agrégées

L'organisation du standard● Un cœur de données « Occurrence de taxon »

Observation directe de lépidoptère

Observation indirecte de mammifère

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Exemple d’occurrence de taxon :Le 10 mai 2014, Patrick Haffner du Mnhn a observé des traces de blaireau au point 8 050, 67 523 (Lambert 93)

QuandOù D’où QuiQuoi

L'organisation du standard : les concepts du cœur Occurrence de taxon

Cœur du standard

18

48 attributs dont 13 obligatoires

L'organisation du standard● Un cœur de données Occurrence de taxon

● Des règles à suivre

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Règlesd’utilisation

Est‐ce que l’attribut doit être renseigné ?Obligatoire : Doit être renseignéObligatoire Conditionnel : la ou les conditions pour lesquelles l’attribut devient obligatoire est précisée dans la section règleFacultatif : peut ne pas être renseigné



20


Nombre minimal et maximal de valeur que l’on peut échangerN = plusieursExemple : 0..N : zéro à plusieurs ; 1..N : 1 à plusieurs ; 1 : 1 et un seul



21


Text : chaîne de caractères alphanumériquesEntier : format numérique entierDecimal : format numérique avec décimalLogique : format logique booléen (type oui/non)



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Précisions guidant la standardisation afin de limiter l’interprétation ou d’indiquer les conditions pour lesquelles un attribut devient obligatoire



23


Référentiel nationaux

Nomenclatures propres au standard SINP : 4

Taxonomique : TAXREFCommune : INSEEAutres : Espaces naturels, Masse d’eau, Maille, Habitat, IDCNP

Référence à une liste de valeur



CoeurAttributs additionnels

Extension

Extension

Extension

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● Des extensions / nouveaux standards :

● Des attributs à renseigner suivant des règles précises

● Est programmé suivant les besoins

● Attributs additionnels

Coeur

Extension

Extension

Extension

Coeur

Extension

Extension

Extension

Attributs additionnelsCoeur

Extension

Extension

Extension

Exemple : Partage de données sur la présence de taxon

Attributs additionne

ls

Coeur

Extension

Extension

Extension

Exemple : Partage Occurrence et des données sur les conditions climatiques non prévues par le standard

Exemple : Partage de données phytosociologique

Attributs additionnels

Coeur

Végétation

Extension

Extension

Coeur

Extension

Extension

Extension

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Un compromis entre la diffusion et la réutilisation des données

Moins le standard est contraignant et plus il est facile de diffuser des données….

…. mais moins il est évident de les réutiliser…

Diffusion :– Permettre l’ajout d’attributs additionnels, non prévus par

le standard

Réutilisation :– Mise en place de contraintes sur des attributs

• Attributs obligatoires (13 sur 48)• Définitions, Règles et formats à suivre

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QuandOù D’où QuiQuoi

Les concepts du standard Occurrence de taxon

Attribut Additionnel

Cœur du standard

Extension à venir

‐ 48 attributs – 13 obligatoires

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Une DEE

Une donnée élémentaire d’échange est une donnée formatée au standard de données SINP et ayant un identifiant pérenne SINP

Format Sémantique Format TechniqueIdentifiant uniqueDictionnaire de données Schéma GMLNote explicative

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Aspect technique : le gabarit physique du standard

● GML : Geography Markup Language

● Optimisé pour l’échange de données entre plateformes

● Conseillé par Inspire● Adapté aux tests de conformité des fichiers

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Schéma GML XSDLe moule

Fichier GMLLes exemplaires

Place du standard de données DEE

Plateforme Régionale Plateforme Thématique

Données Sources DSen formats variésSystème

producteur

Système producteur

Système producteur

Système producteur

Standard Données

DEE

Plateforme Nationale

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INSPIRE GBIF

Standard Régionaux, Thématiques

Diverses extractions

SINP

Observation & Measurement…

DWC

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Plateforme Régionale


Plateforme Thématique

‐ Informations compatibles avec celles du dictionnaire de données

‐ Informations standardisées selon le dictionnaire de données

‐ Dans le format GML‐ DEE avec l’identifiant unique du SINP

Système producteur

DS

DEE

Système producteur

Système producteur

Système producteur

Place du standard de données DEE

Présentation détaillée des attributs

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D’où

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Informations relatives à la Donnée Source à l’origine de la Donnée Elementaire d’Echange

StatutSourceTerrain (Te), Collection (Co), Littérature (Li)

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Collection

Littérature

Terrain

Base de données« Collection »

Les différentes notions de source

Article/ouvrage scientifique

‐ Des données de source littérature peuvent être saisie dans une BD terrain qui est fournie à la plateforme régionale ou thématique ‐

Base de données « Terrain »

Pas carte postale, blog … NSPInconnu

ReferenceBiblio

Norme ISO690 (de préférence)LOMINANDZE, DG. Cyclotron waves in plasma. Traduit par AN. Dellis ; édité par SM. Hamberger. 1re éd. Oxford : Pergamon Press, 1981. 206 p. International series in natural philosophy. Traduction de : Ciklotronnye volny v plazme. ISBN 0-08-021680-3.

WEAVER, William. The Collectors : command performances. Photographies par Robert Emmet Bright. Architectural Digest, décembre 1985, vol. 42, no 12, p. 126-133.

Doit concerner l’observation en elle-même

Obligatoire si la source est littérature

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jddID / jddCode

Concerne la donnée source : ‐ Où est‐elle gérée ? Dans quelle base de données ? Dans

quelle collection ? ‐ Information potentiellement en métadonnées

jddId : Identifiant codé du jeu de données ou de la collection d’où provient la donnée source

jddCode : Libellé, nom du jeu de données ou de la collection d’où provient la donnée source

36

IdentifiantOrigine- Identifiant fort de l’observation dans la base de données d’origine.- Possible qu’il ne soit pas géré.

Attention : ne pas confondre avec la clé primaire de l'observation

37

Notion d’identifiant versus clé primaire

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Un identifiant est un attribut.

L’attribut peut :

– Ne pas être un identifiant– Être un identifiant faible (ex nom de famille)– Être un identifiant fort (N° de sécurité social)

Une clé primaire est une contrainte utilisée par un système de base de données relationnelle permettant d’identifier de façon unique chaque enregistrement d’une table. C’est une notion physique et non conceptuelle. Elle peut être modifiée lors d'une fusion de base de donnéesElle peut être soit :

– Un ensemble d’identifiants faibles (Prénom, nom de famille, date de naissance)

– Un identifiant fort (N° de sécurité social)– Un numéro système non significatif (automatique)

IdentifiantOrigine- Identifiant fort de l’observation dans la base de données d’origine.- Possible qu’il ne soit pas géré.

Attention : ne pas confondre avec la clé primaire de l'observation

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IdentifiantOrigine 732996

A vérifier avec le fournisseur de données si c’est bien un identifiant permanent de la donnée source

Récapitulatif

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Littérature Terrain Collection Inconnu « Ne sait pas »

statutSource O O O Si connu

referenceBiblio O Si connu

jddId O O Si connu

jddCode O O Si connu

IdentifiantOrigine HR HR Si connu

Mon observation vient de la littérature mais concerne le spécimen d’une collection : comment je le note dans le standard ?

Possibilité 1

statutSource li

referenceBiblio obligatoire

jddId Si retrouvé

jddCode Si retrouvé

IdentifiantOrigine Si retrouvé et existe

Possibilité 2

statutSource co

referenceBiblio Peut être renseigné

jddId obligatoire

jddCode obligatoire

IdentifiantOrigine Si existe : renseigné

Deux possibilités :

Identifiant permanent national : unique et pérenne

● Présentation de l’identifiant unique et pérenne● Permet d’identifier et de tracer la DEE

● Identifiant unique a été défini par le GT Standard de données

Format : http://nomDeLaPlateforme/thematique/UUID

Exemple : http://silene.eu/occtax/a0eebc99-9c0b-4ef8-bb6d-6bb9bd380a11

Domaine pérenne

Liste officielle et partagée des thématiques

Algorithme de création de l’UUID

Plateforme R/T


41

Recommandé : - Gérer l'identifiant au niveau de la donnée source

42

Identifiant permanent national : unique et pérenne

BD Producteur DS1

DEE1 & idN

DS1 idN

1 Fourniture de la DS au SINP2. Transformation en DEE et attribution d’un identifiant national permanant : idN3 Transfert à la DS de l’ identifiant national (RECOMMANDE)

1 2

3

Plateforme R /T

DSPublique

La DEE est publique mais la Donnée Source peut être :- Publique : Régie ou Acquise- Privée- Inconnu (NSP)

43

DSPublique Pr

CodeIDCNPDispositif• Permettant de faire le lien avec le dispositif de collecte et la méthode • Implique que le dispositif de collecte ai un code , ie qu’il a été déclaré

http://inventaire.naturefrance.fr/presentation/consultation/recherche_fiches_recherche.php?RETOUR=NOLOG

CodeIDCNPDispositif

44CodeDispositifIDCNP ?

A redemander au producteur de données

StatutObservation

J’ai des données de présence et de non observation, est-ce que je peux les mettre dans un seul jeu de données ?

Oui

StatutObservation : Pr

StatutObservation : No

Pas de possibilité de noter « inconnu »

Définit s’il s’agit d’une observation de taxon ou si selon le protocole adéquate et la date adéquate, le taxon n’a pas été observé : il peut être non vu, temporairement absent, réellement absent.

45

StatutObservation Pr

NomCite : nom du taxon inscrit par l’observateur qu'il soit en latin, vernaculaire ou autres …« bufo bufo », « crapaud commun », « crapaud com. » « 259 » …

cdNom et cdRef : code du référentiel taxonomique TaxRef en vigueur au moment de la saisie pour cdRef

Extrait de Taxref v7

46

Les codes taxonomique et le NomCite ne correspondent pas forcément

Les informations sur le taxon

cdNom et cdRefPeuvent être vides si et seulement si le taxon n’est pas présent dans TaxRef (nouvelle espèce par exemple)

Demande à TaxRef

cf présentation Olivier Gargominy

Ne pas échanger si ne correspond pas à un taxon ( poisson jaune, colonie bleue, …)

47

Les informations sur le taxonDoute sur un taxon : plusieurs espèces possibles

Problèmes : ‐ Un code taxon qui n’est pas TaxRef‐ Des doutes sur l’espèce : non échangeable au niveau national ainsi

48


Si un code taxon dans un autre référentiel que TAXREF (Worms, …) : - Soit ne pas l'échanger au niveau national - Soit ajouter en attribut additionnel :

- Fortement conseillé si pas de cdNom existantCf partie Attribut Additionnel

49

50

Attribut Valeur

NomCite Eriophyes tiliae

CdNom 221383

CdRef 221383

cdRef non présent dans le jeu de données mais retrouvé dans TaxRef v5 correspondant :


http://inpn.mnhn.fr/telechargement/referentielEspece/referentielTaxo/login

Sensible

Définition de la donnée sensible a fait l’objet d’un groupe de travail

‐ Standard V1 : Protocole du SINP indiquait un champ booléen « oui/non » et non : « non sensible» par défaut

‐ Standard V2 : prendra en compte les informations demandées par le GT Sensible une fois validée par la CST

Cf Présentation de Julien Touroult

51

Attribut Valeur

sensible non

Dénombrement (Facultatif)

ObjetDenombrement : Sujet du dénombrement. Liste qui sera ensuite étendue : pour l’instant une seule valeur « Individu »

DenombrementMin – DenombrementMax : fourchette du nombre d'objet du taxon

TypeDenombrement : d’Inspire – Spécification « Species Distribution » : sans objet après analyse – sera probablement retiré en version 2

compté – calculé - estimé

52

Attribut Valeur

DenombrementMin 5

DenombrementMax 5

ObjetDenombrement individu

TypeDenombrement co

53

Un champ vide est un champ interprétable : les limiter

Attribut Valeur

DenombrementMin 0

DenombrementMax 0

ObjetDenombrement individu

TypeDenombrement co

Si AlorsAttribut Valeur

StatutObservation No

Exemple

Autre cas

obligatoirement

Possibilité 1a Possibilité 1b Possibilité 2a Possibilité 2b

DenombrementMin 1 1 25 25

DenombrementMax 1 1 45 45

ObjetDenombrement individu individu Individu Individu

TypeDenombrement co co es es

attributAdditionnel NombreOeuf : 45

‐ ‐ NombreOeuf : 45NombreAdulte: 1

Différentes possibilités

Dépend de l’expertise terrain, du protocole …54

CommentaireChamp informatif complémentaire « texte »N’est pas facilement exploitable – préférer les attributs additionnels

Ne doit pas remettre en cause les informations prévues. Exemple : « la commune est la commune adjacente du lieu

de l’observation »

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DateDebut / DateFin1. Date au jour

2. Période d’incertitude

Dans les 2 cas, renseigner les 2 attributs : DateDebut et DateFin

Format : norme ISO_8601

1. Date au jour :

DateDebut : 2012-05-26

DateFin : 2012-05-26

Sans les heures : aaaa−mm−jj : 1997−07−16

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Période d’incertitude :Exemple 1 : campagne en mer du 15 mai au 30 mai 2002DateDebut : 2002‐05‐15DateFin : 2002‐05‐30

Exemple 2 : collectionDateDebut : 1847‐03‐01DateFin : 1847‐03‐31

Exemple 3 : Doute sur des données d’observation aquises dans le cadre d’un programme créé en 2000 et toujours en coursDateDebut : 2000‐01‐01DateFin : 2014‐05‐31

57

DateDebut : 2002DateFin :

DateDebut : 2012‐07DateFin : 2012‐09

Période d'incertitude <> Période d'observation

Nom Cite : petit pingouincdNom : 3388DateDebut : 2011‐06‐01DateFin : 2011‐06‐30

Signifie que le taxon alca torda a été observé une fois dans le mois de juin 2011

Et non qu’alca torda a été observé tous les jours de la période du 1er au 30 juin.

30 observations = 30 DEE

Pas une période d’observation mais bien une période d’incertitude d’une seule observation




…

58

HeureDebut / HeureFin Même attribut que DateDebut ‐ DateFin selon la norme ISO

8601

http://fr.wikipedia.org/wiki/ISO_8601

Peut être dans un champ à part pour les

producteurs de données

Champ date au jour et heure

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Plateforme R/T

la date complète calendaire avec heures et minutes :format : "aaaa−mm−jjThh:mizzzzzz" (ex : 1997−07−16T19:20+01:00)

DateDetermination : date de la détermination peut être différente de la date de l'observation. Norme ISO 8601.

60

Attribut Valeur

DateDebut 2012‐05‐26

DateFin 2012‐05‐26

HeureDebut

HeureFin

DateDetermination

LocalisationPlusieurs modalités possibles

Attributs communs aux différentes localisations

AltitudeMin ‐ AltitudeMaxProfondeurMin ‐ ProfondeurMax

Habitat (code/refHabitat)

Localisation réelle de l’observation ou de l’aire

d’observation

ObjetGeographique

Territoire de rattachementModalité 1 Modalité 2

61

Modalité 1. Localisation réelle

Géométrie : simple ou multiple

Simple

Multiple

La géométrie est dans un champ GML : ‐ Le point est traité comme un autre objet : pas d’attribut de coordonnées X, Y‐ C’est bien l’objet en lui‐même‐ La projection est comprise dans le champ

Objet géographique

62

NatureObjetGeo

NatureObjetGeoNature de la localisation transmise

Stationnel

Inventoriel

Spartina maritima

« partout »Le taxon observé est présent sur l’ensemble de l’objet

« quelque part »L’objet représente la zone de prospection plus que la localisation précise du taxon

Selon les taxons, plus ou moins pertinent : - Moins nécessaire pour la faune et pour les objets points- Mais intéressant pour les objets linéaire, polygone et certains

taxons de la flore

63

Modalité 1. Localisation réelle

Géométrie : l'objet en lui-même

NatureObjetGeo : stationnel ou inventoriel

Précision : Peut être une précision matérielle (exemple : GPS) et/ou due au protocole d’acquisition. En mètre.

Objet géographique

64

Modalité 2. Territoire de rattachement

Rattachement de l'observation à un élément de référentiel par son code :

- Espace Naturel : espaces naturels protégés, Natura2000, Znieff- Type et code

- Commune- Code et nom (pour éviter des problèmes de codes postaux)

- Maille 10x10- Masse d’eau

- Code

- Secteur marin : – prévu dans le protocole mais pas de référentiel – en attente

Ces référentiels sont nationaux et disponibles aux adresses indiquées dans le dictionnaire de données

65

LocalisationPlusieurs modalités possibles

Attributs communs au localisationAltitudeMin ‐ AltitudeMax

ProfondeurMin ‐ ProfondeurMaxHabitat (code/refHabitat)

Localisation réelle de l’observation ou de l’aire d’observation

ObjetGeographique

Territoire de rattachementPlusieurs possibles

Modalité 1 Modalité 2

Ce qui signifie : ‐ Pas d’échange de l’objet géographique de commune, maille, espace naturel …‐ Pas de centroïde de territoire en objet géographique

code

66

Notion de floutage géographiquehors problématique de donnée sensible

Donnée privée :- Ne pas échanger la donnée

- Echanger de la donnée floutée à la commune et à la maille

Donnée publique : - Pas de floutage

67

Autres QuestionsMon observation est localisée à un toponyme : comment dois-je le noter dans le standard ?

Je ne sais pas où a été observé le taxon précisément, je sais juste que c’était en France métropolitaine. Comment la localiser ?

Mon observation est en dehors du territoire français, comment faire ?

J’utilise une autre grille que la 10*10, comment faire ?

Ma donnée est publique, elle est ancienne et la seule localisation de l'observation est à la commune

Renseigner le code Commune, rajouter ou non le toponyme en attribut additionnel

L’information d’observation n’est pas assez précise pour être remontée au niveau national dans le cadre du SINP

Cette observation n’est pas dans le périmètre du SINP : ne pas la remonter au niveau national

Rattacher à un des référentiels permis et rajouter ou non ce code en attribut additionnel

Echanger l’observation et la rattacher au code et au nom de la commune

69

Acteurs et rôles

Observateurs Gestionnaire de la donnée source

OrganismeStandardisateur

Validateursnaturaliste

Déterminateurs

Exemple complexe de diffusion de la données :

données70

Acteurs et rôles

Observateurs Gestionnaire de la donnée source

organismeStandardisateur

Validateurnaturaliste

Déterminateurs

Exemple plus simple :

données

71

Qui : Les acteurs et rôles

O Multiple Organisme Individu Format

Observateur O Oui x x 1 champ pour les personnes1 champ pour les organismes

Déterminateur F Oui x x 1 champ

Validateur F Oui x x 1 champ

Gestionnaire de la donnée source

O 1 x 1 champ

OrganismeStandardisateur

F Oui x 1 champ

Possibilité d’indiquer :Indépendant : si observateur n’est pas rattaché à un organismeAnonyme : si requiert l’anonymatInconnu : si ne sait pas

72

Un champ vide est un champ interprétable : les limiter

74

Ajout d’informations non prévues par le standard

Exemple :


Attributs Valeurs

ThématiqueAttribut OccurrenceTaxon

NomAttribut TemperatureAir

Définition Température de l’air relevé au thermomètreélectronique

ValeurAttribut 12

UniteAttribut Degré Celsius

Pas de nombre limité d’ajouts d’attributs additionnels

Ajout d’informations non prévues par le standard


Cas de jeu de données où des relations entre taxons ont été observées :‐ Plusieurs possibilités

Cas 1. Soit ajouter en attributs additionnels les informations plus succinctes d’un des taxonsCas 2. Soit lier 2 observations

75

76


Coeur

Extension

Extension

Extension

Cas 1

Attributs décrivant la fleur de façon succincte :‐ L’observation de la fleur n’est pas traitée comme une observation‐ L’observation peut être partielle

Coeur

Extension

Extension

Extension

77

Coeur

Extension

Extension

Extension

Attribut de l’identifiant de la fleur en attribut additionnel de l’ observation du papillon :

‐ Lien entre l’observation de la fleur et du papillon‐ La fleur est traitée comme une observation à part entière

Observation 1 du papillon Observation 2 de la fleurCas 2

AttributAdditionnelConcrètement : Exemple du Cas 2

78

Attribut Valeur

ThématiqueAttribut Occurrence Taxon

NomAttribut IdentifiantFleur

Définition Identifiant origine de l’observation de la fleur sur laquelle a été observé le taxon de l’observation

ValeurAttribut F_589

UniteAttribut Sans objet

Le schéma GMLLe fichier physique

79

Lecture du Modèle Logique de Données

80

class SINP

«featureType»SujetObserv ation

{root}

+ identifiantPermanent :CharacterString+ statutObservation :StatutObservationValue+ nomCite :CharacterString+ dateDebut :DateTime+ dateFin :DateTime+ observateur :PersonneType

«voidable»+ cdNom :TaxRefValue+ cdRef :TaxRefValue+ dateDetermination :Date+ determinateur :CharacterString+ denombrement :DenombrementType+ objetGeo :ObjetGeographiqueType+ habitat :HabitatType [1..*]+ alti tudeMin :Decimal+ alti tudeMax :Decimal+ profondeurMin :Decimal+ profondeurMax :Decimal+ organismeStandard :NomOrganismeValue+ validateur :CharacterString+ commentaire :CharacterString

«dataType»ObjetGeographiqueType

+ geometrie :GM_Object+ natureObjetGeo :NatureObjetGeoValue«voidable»+ precisionGeometrie :Integer

«enumeration»StatutSourceValue

Te Co Li NSP

«enumeration»DSPubliqueValue

Pu Re Ac Pr NSP

«enumeration»StatutObserv ationValue

Pr No

«codeList»TaxRefValue

«codeList»IDCNPValue

«dataType»Source

+ statutSource :StatutSourceValue+ sensible :boolean«voidable»+ identifiantOrigine :CharacterString+ dSPublique :DSPubliqueValue+ jddCode :CharacterString+ jddId :CharacterString+ organismeGestionnaireDonnee :NomOrganismeValue+ referenceBiblio :CharacterString+ codeIDCNPDispositi f :IDCNPValue

«dataType»EspaceNaturel

+ typeEN :TypeENValue+ codeEN :CodeENValue

«dataType»Commune

+ codeCommune :codeCommuneValue+ nomCommune :NomCommuneValue

«dataType»Maille10x10

+ codeMaille :CodeMailleValue

«dataType»MasseEau

+ codeME :CodeMasseEauValue

«dataType»AttributAdditionel

+ nomAttribut :CharacterString+ definitionAttribut :CharacterString+ valeurAttribut :CharacterString«voidable»+ uniteAttribut :CharacterString+ thematiqueAttribut :CharacterString

«dataType»HabitatType

+ refHabitat :CodeRefHabitatValue+ codeHabitat :CodeHabitatValue

«enumeration»TypeDenombrementValue

Co Es Ca NSP

«codeList»ObjetDenombrementValue

«enumeration»NatureObjetGeoValue

St In NSP

«enumerati...TypeENValue

CNP AAPN RIPN PNM PNR RNN RNC RNR PRN RBD RBI RNCFS RCFS APB MAB SCL RAMSAR ASPIM SCEN ENS OSPAR APIA CARTH ANTAR NAIRO ZHAE BPM N2000 ZNIEFF1 ZNIEFF2

«codeList»CodeMasseEauValue

«codeList»NomOrganismeValue

«codeList»NomCommuneValue

«dataType»DenombrementType

+ denombrementMin :int+ denombrementMax :int+ objetDenombrement :ObjetDenombrementValue

«voidable»+ typeDenombrement :TypeDenombrementValue

«codeList»CodeMailleValue

«codeList»CodeCommuneValue

«codeList»CodeENValue

«enumeration»CodeRefHabitatValue

PVF BRYOSOCIO BBMEDFR PALSPM ANTMER GUYMER REUMER CORINEBIOTOPES PAL EUNIS GMRC CH OSPAR BARC REBENT

«codeList»CodeHabitatValue

«dataType»PersonneType

+ identite :CharacterString+ organisme :NomOrganismeValue

1+attributAdditionel

0..*

+masseEaux 0..*+mail les 0..*+communes 0..*

1

+source

1

+espacesNaturels 0..*

MCDConceptuel

MLDLogique

MPDPhysique

Format

81

+ nomAttribut : format de l’attribut

Format « simple » :CharacterString = texteDateTime = Format ISO 8601Int = integer = nombre entierDecimal = décimale

Référence à une liste de valeur :Ex : statutObservation : StatutObservationValue

Référence à un attribut complexe :Ex : observateur :PersonneType

Enumeration : liste de valeur dans le GML

CodeListe : extérieur GML

82

ObligatoireFichier non valide si null

Facultatif ou Obligatoire selon les conditions (cf dictionnaire de données)

Voidable : stéréotype Inspire

83

<SujetObservation><identifiantPermanent> xxx </identifiantPermanent>

……

<habitat><refHabitat>EUNIS </refHabitat><codeHabitat>A2.4</codeHabitat>

</habitat><habitat>

<refHabitat>EUNIS </refHabitat><codeHabitat>A2.5</codeHabitat>

</habitat>……</SujetObservation>

Notion de balises imbriquéesUn fichier : plusieurs observations

<FeatureMember>

</FeatureMember>

<Member>

</Member>

<FeatureMember>

</FeatureMember>…

Observation

1

Obs.2

Le schéma GML

84

En implémentation par le GT mises en place des plateformes OGAM. Dans ce cadre, un comité d'utilisateurs sera organisé.

Plus en période de tests qu’à implémenter dans une optique d’exploitation (mars 2015)

Le schéma GML XSD

Les fichiers GML

Le moule

Les exemplaires

Un mot au sujet des métadonnées …

Le dictionnaire de données reprend le document du GT Métadonnées avec quelques restrictions listées dans un chapitre.

Pour le format : dépend des livrables du GT Standard Métadonnées

85

86

Plateforme Régionale


Plateforme Thématique

‐ Informations compatibles avec celles du dictionnaire de données

‐ Informations standardisées selon le dictionnaire de données

‐ Dans le format GML‐ DEE avec l’identifiant unique du SINP

Système producteur

DS

DEE

Système producteur

Système producteur

Système producteur

Récapitulatif

Documentation

87

Site public http://www.naturefrance.fr/actions/groupe-de-travail-standardisation-des-donnees-biodiversite-du-sinp (documents en bas de page)

Dictionnaire de données

Standard occurrence de taxon v1

Identifiant Permanent Identifiant permanent des DEEGML Fichiers GML béta du standard occurrence de taxon (zip)

Schéma XSDExemple d’un GMLDocument de présentation

A venirDocument de mise en correspondance avec le standard International (DarwinCore / Gbif)Document de mise en correspondance avec InspireExtension Végétation

Prochainement sur la plateforme nationale du SINP : INPN Outils/Donnéeshttp://inpn.mnhn.fr/accueil/index

Exercice à partir d’une feuille de terrain

88

Exemple du dispositif :

ChronoventaireLepidoptere

Prise en compte dans la demande des champs du SINP

Exemple Chronoventaire

Lepidoptere

Prise en compte dans la demande des champs du SINP

89

90

En jaune : non prévu dans le standardEn vert Données Obligatoire du standardEn blanc : facultatif dans le standard

AttributAdditionnel si vous le souhaitez

Remarque : Un certain nombre d’information dans les métadonnées :‐ Le nom du jeu de données‐ L’organisme gestionnaire

StatutSource TeReferenceBiblioJddId cf Métadonnées

Chronoventaire2010JddCodeIdentifiantOrigine cf Base de données SourceIdentifiantPermanent Donné par la plateformeDSPublique ReCodeIDCNPDispositifOrganismeStandard MnhnStatutObservation PrNomCite Melanaria galatheaCdNom 53700CdRef 53700Sensible nonDenombrementMinDenombrementMaxTypeDenombrementObjetDenombrementIdentiteObservateur Dupont PascalOrganismeObservateur MnHn‐SPNOrganismeGestionnaireDonnees

MnHn‐SPN

Determinateur Dupont PascalValidateurCommentaireDateDebut 2012‐06‐22 91

LocalisationGeometrie coordonnées du PolygonePrecisionNatureObjetGeo in ‐vérifierCodeCommune 26273NomCommune Rochefort‐SamsonCodeENTypeENCodeMailleCodeME

DateDeterminationObs 2012‐06‐12AltitudeMinAltitudeMaxProfondeurMinProfondeurMaxCodeHabitatRefHabitat

DateFin 2012‐06‐12HeureDebut 11:10:00HeureFin 11:10:05

Merci de votre attention

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Standard Occurrence de taxon Formation · producteur Place du standard de données DEE....

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