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SOMMAIRE Les prélèvements ORL …………………………………………………………………………………………… 6 1. La flore commensale des voies aériennes supérieures ………………………………………………………… 8 2. Les prélèvements pharyngés ……………………………………………………………………………… 8 3. Les prélèvements auriculaires …………………………………………………………………………… 16 4. Les prélèvements de sinus ………………………………………………………………………………… 20 5. Le diagnostic bactériologique de la coqueluche …………………………………………………………… 22 Annexes Annexe 1. Présentation d’un test rapide de recherche de Streptococcus pyogenes : le Streptatest ……………………… 24 Annexe 2. La scarlatine ……………………………………………………………………………………………… 25 Annexe 3. La diphtérie ……………………………………………………………………………………………… 26 Annexe 4. La mononucléose infectieuse (MNI) ……………………………………………………………………… 28 Annexe 5. Test d’Elek pour la recherche de la production de toxine diphtérique …………………………………… 29 Annexe 6. La coqueluche …………………………………………………………………………………………… 30 Les sécrétions bronchopulmonaires ……………………………………………………………… 32 1. L’anatomie de l’appareil respiratoire ……………………………………………………………………… 34 2. Les mécanismes de défense de l’appareil respiratoire ……………………………………………………… 34 3. Les différentes formes cliniques …………………………………………………………………………… 36 4. Les principaux pathogènes………………………………………………………………………………… 38 5. Les problèmes rencontrés lors du diagnostic microbiologique ……………………………………………… 41 6. Les différentes étapes de l’analyse ………………………………………………………………………… 44 7. La recherche de micro-organismes atypiques ……………………………………………………………… 50 8. L’analyse des sécrétions bronchopulmonaires chez le patient atteint de mucoviscidose ……………………… 56 Études de cas ………………………………………………………………………………………… 58 - 69 Annexes Annexe 1. Principe et technique du test BINAX NOW® Streptococcus pneumoniae ………………………………… 70 Annexe 2. Fiche technique du Digest-EUR® ………………………………………………………………………… 75 Annexe 3. Les méthodes d’amplification génique utiles au diagnostic des infections respiratoires bactériennes ………………………………………………………………………………………………76 Annexe 4. Examens microscopiques de sécrétions bronchopulmonaires ……………………………………………77 Les mycobactéries ………………………………………………………………………………………………… 78 1. Définition et classification ………………………………………………………………………………… 80 2. La tuberculose …………………………………………………………………………………………… 80 3. Les mycobactéries non tuberculeuses (atypiques) ………………………………………………………… 84 4. Le diagnostic direct des infections à mycobactéries ………………………………………………………… 85 5. L’ identification des mycobactéries tuberculeuses ………………………………………………………… 90 6. L’ identification des mycobactéries non tuberculeuses ……………………………………………………… 96 7. L’antibiogramme des mycobactéries tuberculeuses ………………………………………………………… 96 Annexes Annexe 1. Le diagnostic indirect de la tuberculose ………………………………………………………………… 100 Annexe 2. Les méthodes de décontamination ……………………………………………………………………… 104 Annexe 3. Les techniques de coloration des mycobactéries………………………………………………………… 106 Annexe 4. La composition des milieux de culture ………………………………………………………………… 108 Annexe 5. Influence de la concentration en mycobactéries sur le délai de croissance ……………………………… 109 Annexe 6. Fiche technique du kit GenoQuick® MTB …………………………………………………………… 110 Annexe 7. Schéma du principe du test GenoQuick® MTB ……………………………………………………… 116 Annexe 8. Schéma du principe du test TBC ID® ………………………………………………………………… 118 Annexe 9. Tests pour l’identification phénotypique des mycobactéries …………………………………………… 119 Annexe 10. Fiche technique du kit GénoType® MTBC ………………………………………………………… 121 Abréviations et acronymes ……………………………………………………………………………… 125 Crédits ………………………………………………………………………………………………… 126

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SOMMAIRE

Les prélèvements ORL …………………………………………………………………………………………… 6

1. La flore commensale des voies aériennes supérieures ………………………………………………………… 8

2. Les prélèvements pharyngés ……………………………………………………………………………… 8

3. Les prélèvements auriculaires …………………………………………………………………………… 16

4. Les prélèvements de sinus ………………………………………………………………………………… 20

5. Le diagnostic bactériologique de la coqueluche …………………………………………………………… 22

AnnexesAnnexe 1. Présentation d’un test rapide de recherche de Streptococcus pyogenes : le Streptatest ……………………… 24

Annexe 2. La scarlatine ……………………………………………………………………………………………… 25

Annexe 3. La diphtérie ……………………………………………………………………………………………… 26

Annexe 4. La mononucléose infectieuse (MNI) ……………………………………………………………………… 28

Annexe 5. Test d’Elek pour la recherche de la production de toxine diphtérique …………………………………… 29

Annexe 6. La coqueluche …………………………………………………………………………………………… 30

Les sécrétions bronchopulmonaires ……………………………………………………………… 32

1. L’ anatomie de l’appareil respiratoire ……………………………………………………………………… 34

2. Les mécanismes de défense de l’appareil respiratoire ……………………………………………………… 34

3. Les différentes formes cliniques …………………………………………………………………………… 36

4. Les principaux pathogènes ………………………………………………………………………………… 38

5. Les problèmes rencontrés lors du diagnostic microbiologique ……………………………………………… 41

6. Les différentes étapes de l’analyse ………………………………………………………………………… 44

7. La recherche de micro-organismes atypiques ……………………………………………………………… 50

8. L’analyse des sécrétions bronchopulmonaires chez le patient atteint de mucoviscidose ……………………… 56

Études de cas ………………………………………………………………………………………… 58 - 69

AnnexesAnnexe 1. Principe et technique du test BINAX NOW® Streptococcus pneumoniae ………………………………… 70

Annexe 2. Fiche technique du Digest-EUR® ………………………………………………………………………… 75

Annexe 3. Les méthodes d’amplification génique utiles au diagnostic des infections respiratoires

bactériennes ………………………………………………………………………………………………76

Annexe 4. Examens microscopiques de sécrétions bronchopulmonaires ……………………………………………77

Les mycobactéries ………………………………………………………………………………………………… 78

1. Définition et classification ………………………………………………………………………………… 80

2. La tuberculose …………………………………………………………………………………………… 80

3. Les mycobactéries non tuberculeuses (atypiques) ………………………………………………………… 84

4. Le diagnostic direct des infections à mycobactéries ………………………………………………………… 85

5. L’ identification des mycobactéries tuberculeuses ………………………………………………………… 90

6. L’ identification des mycobactéries non tuberculeuses ……………………………………………………… 96

7. L’ antibiogramme des mycobactéries tuberculeuses ………………………………………………………… 96

AnnexesAnnexe 1. Le diagnostic indirect de la tuberculose ………………………………………………………………… 100

Annexe 2. Les méthodes de décontamination ……………………………………………………………………… 104

Annexe 3. Les techniques de coloration des mycobactéries ………………………………………………………… 106

Annexe 4. La composition des milieux de culture ………………………………………………………………… 108

Annexe 5. Influence de la concentration en mycobactéries sur le délai de croissance ……………………………… 109

Annexe 6. Fiche technique du kit GenoQuick® MTB …………………………………………………………… 110

Annexe 7. Schéma du principe du test GenoQuick® MTB ……………………………………………………… 116

Annexe 8. Schéma du principe du test TBC ID® ………………………………………………………………… 118

Annexe 9. Tests pour l’identification phénotypique des mycobactéries …………………………………………… 119

Annexe 10. Fiche technique du kit GénoType® MTBC ………………………………………………………… 121

Abréviations et acronymes ……………………………………………………………………………… 125

Crédits ………………………………………………………………………………………………… 126

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LES PRÉLÈVEMENTS ORL

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Chapitre

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44444444

555555

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La flore commensale des voies aériennes supérieures

Les prélèvements pharyngés

Les prélèvements auriculaires

Les prélèvements de sinus

Le diagnostic bactériologique de la coqueluche

Annexes

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Les prélèvements ORLChapitre 1

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2.1. Les contextesLes contextes justifiant l’analyse d’un prélèvement pha-ryngé sont très variés : - recherche de l’étiologie d’une angine ; - diagnostic des candidoses oropharyngées ; - recherche de Neisseria gonorrhoeae dans un contexte d’IST ;

- surveillance des flores des sujets immunodéprimés ; - recherche du portage de germes multi-résistants aux

antibiotiques (SARM par exemple) chez les patients admis dans certains services hospitaliers ou chez le personnel soignant 1.

Une angine, affection douloureuse, correspond à une inflammation aiguë d’origine infectieuse des amyg-dales palatines, structures latérales au fond de la gorge (photographie 3 ). Les douleurs irradient souvent vers les oreilles (otalgie) avec une sensation de brûlure de la gorge associée à des difficultés de déglutition.

La flore commensale des voies aériennes supérieures va-rie selon les sites (tableau 2 ). Elle est particulièrement abondante au niveau du pharynx.

La flore de la muqueuse buccaleElle est essentiellement constituée de streptocoques alpha hémolytiques (Streptococcus salivarius, S. mitis, S. sanguis, S. milleri...) et de bactéries anaérobies (Bacte-roides melaninogenicus, Fusobacterium spp., Veillonella) qui adhèrent aux cellules de l’épithélium lingual et ju-gal.

La flore salivaireElle est le reflet de la flore de la muqueuse buccale ; elle contient un nombre élevé de bactéries (105-106/mL), avec une nette prédominance des streptocoques et par-ticulièrement de S. salivarius.La flore du pharynx Elle est abondante (108/mL) et de composition similaire à celle de la salive ; elle s'en distingue par la présence des Haemophilus, des Neisseria et des Branhamella.

La flore des fosses nasalesElle est composée essentiellement de Staphylococcus epidermidis, de corynébactéries et, dans une moindre mesure, de streptocoques alpha hémolytiques et de Neisseria. Les sinus, à l’état normal, sont stériles.

La flore du conduit auditif Elle est qualitativement proche de la flore cutanée (staphylocoques, microcoques et corynébactéries) mais limitée quantitativement par l’activité bactéricide du cérumen.

À ces germes commensaux, s’ajoutent en petite quantité des bactéries en transit : entérobactéries, Pseudomonas.Certains sujets sont porteurs de germes potentiellement pathogènes comme : - Staphylococcus aureus, au niveau des fosses nasales (un tiers des individus) ;

- Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae et Streptococcus pyogenes, au niveau du pharynx.

Les infections ORL (Oto-Rhino-Laryngées) concernent les voies aériennes supérieures.Les voies aériennes supérieures comprennent (figure 1 ): - la cavité nasale ; - le pharynx divisé en 3 zones : le naso ou rhinopharynx, l’oropharynx et l’hypopharynx ;

- la bouche ; - l’oreille reliée au rhinopharynx par la trompe d’Eus-tache ;

- le larynx.

Seront développés dans ce chapitre, les diagnostics des angines, des otites et des sinusites avec, dans un premier

temps, les flores commensales des voies aériennes supé-rieures, flores riches et variées dont l’existence complique le diagnostic des infections ORL  ; il est possible, en outre, de trouver au sein de cette flore, des espèces poten-tiellement pathogènes et il est alors difficile de distinguer un simple portage d’une infection.Le traitement des infections ORL virales étant seule-ment symptomatique (antalgique et antipyrétique), leur diagnostic ne sera pas développé.Bien que ce ne soit pas une infection ORL, le diagnostic bactériologique de la coqueluche sera présenté en der-nière partie de ce chapitre puisqu’il est établi à partir d’un prélèvement nasopharyngé.

1. LA FLORE COMMENSALE DES VOIES AÉRIENNES SUPÉRIEURES

2. LES PRÉLÈVEMENTS PHARYNGÉS

1. Ces deux derniers contextes sont développés dans le tome 3 de Bactériologie médicale, au chapitre Rôle du laboratoire de bactériologie dans la lutte contre les infections nosocomiales.

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On parle de “pharyngite” lorsque l’inflammation est plus diffuse et affecte toute la muqueuse.Les signes généraux peuvent être au premier ou au se-cond plan : fièvre, frissons, malaise général, ganglions volumineux dans le cou.En fonction de l’aspect des amygdales palatines, on dis-tingue différents types d’angines :

- les angines érythémateuses (angines rouges) et les an-gines érythématopultacées (angines blanches) ;

- les angines pseudo-membraneuses ; - les angines ulcéreuses et ulcéro-nécrotiques ; - les angines vésiculeuses.

Cavité nasale

Orifice de la tromped’Eustache

Nasopharynx

Luette

AmygdaleLangue

Oropharynx

Hypopharynx

Épiglotteferme la trachée

pendant la déglutition

LarynxCordes vocales

TrachéeŒsophage

2 Flores commensales prédominantes des voies aériennes supérieures

Flore de la muqueuse

buccale

Flore sali-vaire

Flore du pharynx

Flore des fosses nasales

Flore du conduit auditif

Streptococcus salivarius +++ +++ ++Autres Streptococcus alpha hémolytiques

+++ ++ ++ +

Bactéries anaérobies ++ + ++

Haemophilus +

Neisseria ++ +

Branhamella ++

Staphylococcus epidermidis +++ +++

Corynébactéries ++ +++

Micrococcus ++

Voile du palais

Pilier postérieur

Pilier antérieur

Luette

Amygdale palatine

Oropharynx

Langue

3 Vue antérieure d’une bouche ouverte présen-tant des amygdales enflammées et dilatées

1 Les voies aériennes supérieures

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Les prélèvements ORLChapitre 1

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2.1.1. Les angines érythémateuses et érythé-mato-pultacées

Les angines érythémateuses (photographie 4 ), com-munément appelées “angines rouges”, se traduisent par une rougeur du pharynx, du voile du palais, de la luette et des amygdales. Elles sont, le plus souvent, d'origine virale mais peuvent aussi être d’origine streptococcique.

Les angines érythémato-pultacées se caractérisent par des amygdales d’abord très rouges, puis apparaît un enduit blanc crémeux plus ou moins abondant facile-ment décollable de la surface amygdalienne (photogra-phie 5 ). Elles sont communément appelées “angines blanches” (pultacée provient du latin pultis = bouillie). L’ étiologie est ici aussi majoritairement d’origine vi-rale mais les angines érythémato-pultacées sont plus fréquemment d’origine bactérienne que les angines érythémateuses.

Parmi les 9 millions d’angines diagnostiquées chaque année en France, 92 % sont des angines érythémateuses ou érythémato-pultacées.Comme indiqué précédemment, elles sont le plus souvent d’origine virale (tableau ci-dessous). Les principaux virus en cause sont les Adenovirus, Myxovirus parainfluenzae et Myxovirus influenzae (virus grippal). Un traitement symptomatique suffit (antalgique et antipyrétique).Elles peuvent également être d’origine bactérienne. On dénombre, en moyenne, en France, deux millions de cas d’angines érythémateuses ou érythémato-pultacées à streptocoque A (Streptococcus pyogenes). Ces angines doivent être impérativement traitées par antibiotiques afin d’éviter des complications graves (document 6 ). Elles sont habituellement traitées avec de la pénicilline G ou des macrolides en cas d’allergie aux pénicillines.

Principales étiologies des angines érythémateuses et érythémato-pultacées :

Enfant Adulte

Virus 60 à 75 % 75 à 90 %

Streptocoque A 25 à 40 % 10 à 25 %

Comme il est difficile à l’examen clinique de déterminer si l’étiologie est virale ou bactérienne, pendant de nom-breuses années, toutes les angines étaient traitées avec des antibiotiques, or ce traitement est inutile si l’angine est d’origine virale.Pour limiter la prescription d’antibiotiques, tout en les utilisant pour traiter les infections à streptocoque A, il a fallu généraliser la recherche des streptocoques A dans les prélèvements de gorge.Le médecin-traitant dispose désormais de tests de dépis-tage rapide : ils sont simples, rapides (moins de 10 mi-nutes) et ont une spécificité de 95 % avec une sensibilité de 95 % (cf. annexe 1 page 24).

Prise en charge des angines érythémateuses et érythé-mato-pultacéesLe schéma 9 récapitule le protocole de prise en charge d’une angine.

Rôle du laboratoire de bactériologieLes tests de dépistage rapide suffisent pour diagnosti-quer 95 % des angines à streptocoque A.Le rôle du laboratoire de bactériologie pourrait désor-mais se limiter à l’analyse de prélèvements pharyngés de sujets présentant un test de dépistage rapide négatif et des facteurs de risque.L’analyse par le laboratoire de bactériologie des prélève-ments pharyngés, bien qu’un peu plus longue, présente cependant l’avantage d’isoler d’autres bactéries patho-gènes, comme les streptocoques C et G.D’autres espèces potentiellement pathogènes peuvent être isolées mais si la symptomatologie se limite au pha-rynx, elles ne sont pas considérées comme pathogènes et leur présence ne doit pas être notifiée sur le compte rendu. C’est le cas de Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Neisseria meningiti-dis et Candida albicans.La scarlatine est une forme particulière d’angine due à des souches de streptocoque A qui produisent une toxine érythrogène (cf. annexe 2 page 25).

2.1.2. Les angines pseudo-membraneusesElles se caractérisent par la présence de “fausses mem-branes” sous forme de peaux blanchâtres ou grisâtres qui adhèrent plus ou moins fortement aux muqueuses (photo-graphie 7 ).Un tel aspect clinique fait redouter une diphtérie, mala-die strictement humaine, hautement contagieuse, dont l’évolution est rapidement fatale. Elle est due aux souches du complexe diphtheriae sécrétrices de la toxine diphté-rique. Ce complexe comprend les espèces Corynebacterium  diphtheriae, C. ulcerans et C. pseudotuberculosis (cf. annexe 3 page 26). La diphtérie est très rare en France et les angines pseudo-membraneuses observées correspondent le plus souvent à : - une mononucléose infectieuse  : habituellement érythé-mateuse, l’angine accompagnant une MNI est quelque-fois pseudo-membraneuse (cf. annexe 4 page 28) ;

- une angine pseudo-membraneuse d’étiologie bactérienne variée (Staphylococcus aureus, Streptococcus A, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae) ;

- un début d’angine de Vincent (cf. § suivant).

2.1.3. Les angines ulcéreuses et ulcéro-nécro-tiquesLors de ces angines, le plus souvent unilatérales, une amygdale est recouverte d’une ulcération (perte de subs-tance) à bords surélevés.

L’angine de VincentSouvent consécutive à une mauvaise hygiène bucco-dentaire, l’angine de Vincent est due à la pullulation de deux germes anaérobies commensaux : un bacille fusi-forme (Fusobacterium necrophorum) et un spirochète (Borrelia vincentii) (photographie  8 ).

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4 Angine érythémateuse 5 Angine érythémato-pultacée

6 Complications post angine streptococcique 7 Angine diphtérique

Le rhumatisme articulaire aigu (RAA) est une complica-tion auto-immune des angines à streptocoque A. Il existe en effet une parenté antigénique entre des régions de la protéine M des streptocoques A et des macromolécules tissulaires (laminine, myosine, collagène).Les tissus articulaires et cardiaques sont détériorés après fixation d’anticorps dirigés contre la protéine M des strep-tocoques A et activation du système du complément.Le RAA est encore très fréquent dans les pays en voie de développement. En France, il est très rare (environ 10 cas par an).

La glomérulonéphrite aiguë (GNA) post streptococcique est une inflammation des glomérules liée au dépôt de complexes immuns circulants. Un traitement antibiotique d’une angine à streptocoque A ne diminue pas le risque de GNA.

Le diagnostic de ces complications repose en partie sur le titrage dans le sérum d’anticorps signalant une infection récente à streptocoque A : antistreptolysine O (ASLO), antistreptodornase (ASD) et antistreptokinase (ASK). Une concentration d’anticorps élevée ou une élévation de cette concentration à 15 jours d’intervalle est observée lors de complications post streptococciques.

8 Association fuso-spirochétienne = Angine de Vincent

9 Schéma décisionnel de la prise en charge d’une angine

ANGINE AIGUË

Positif Test de diagnostic rapide Négatif

Facteurs de risquede RAA (1)

Oui

Non

Culture

Traitementantibiotique

Présence destreptocoques A

Absence de streptocoques A

Traitement symtomatique(antalgique, antipyrétique)

(1) Antécédent personnel de RAA, épisodes antérieurs d’infections à streptocoque A, séjours en région d’endémie (Afrique, Antilles...), certains facteurs environnementaux (conditions sociales, sanitaires et économiques, promiscuité, collectivité fermée).NB : un traitement antibiotique même retardé (jusqu’au 9e jour) présente néanmoins un effet protecteur vis-à-vis du RAA.

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Les prélèvements ORLChapitre 1

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Pseudo-membraneuse en début d’ évolution, elle se caractérise ensuite par une ulcération à fond grisâtre, unilatérale. L’haleine est fétide.Elle touche surtout l’adolescent et l’adulte jeune.L’ examen microscopique après coloration de Gram suffit pour poser le diagnostic : observation de bacilles fusiformes à Gram négatif associés à des bacilles spira-lés, allongés et très fins également Gram négatif.

Les angines accompagnant certaines hémopathies Elles sont observées lors de neutropénies profondes et d'agranulocytose. Elles sont généralement bilatérales.

2.1.4. Les angines vésiculeusesElles sont toujours d’origine virale et se caractérisent par la présence de petites vésicules sur une muqueuse inflammatoire. On distingue :

L’angine herpétique, due au virus HSV (Herpes sim-plex de type I), débute brutalement avec de la fièvre, une douleur pharyngée et l’apparition sur les amyg-dales de vésicules qui, en se rompant, se transforment en petites ulcérations.

L’herpangine, due à des entérovirus (virus coxsackie du groupe A), survient surtout chez l’enfant de moins de 7 ans, en période estivale, sous forme de poussées épidé-miques. Elle débute brutalement dans un contexte fé-brile avec des douleurs abdominales. Il s’agit davantage d’une pharyngite, avec de petites vésicules entourées d’un halo inflammatoire qui se groupent sur les piliers antérieurs, le voile du palais et la paroi postérieure du pharynx (photographie 10 ). La muqueuse sous-jacente est très inflammatoire. La guérison spontanée survient habituellement en une semaine.

2.1.5. Les candidoses oropharyngéesElles concernent :- les nouveau-nés et les nourrissons ; - les sujets traités par des antibiotiques, des corticoïdes, des immunodépresseurs ;

- les sujets immunodéprimés (SIDA principalement) ; - les personnes diabétiques ; - les malades atteints d'un cancer, sous chimiothérapie ou radiothérapie.

On observe principalement deux formes :

Le muguet  : il est caractérisé par un enduit crémeux blanchâtre sur la langue, la face interne des joues, le voile du palais et le pharynx (photographies 11 )  ; il s’accompagne d’une sensation de sécheresse de la bouche avec brûlure au contact des aliments.

La candidose atrophique  : elle se traduit par une langue très douloureuse, rouge, dépapillée et luisante et des muqueuses buccales sèches (photographie 12 ).

Une perlèche (lésion cutanée inflammatoire, localisée au pli de la commissure des lèvres - photographie 13 ) est fréquemment associée.

2.1.6. Les IST à Neisseria gonorrhoeaeDans un contexte de diagnostic d’IST à Neisseria gonor-rhoeae, ce germe peut être recherché dans un prélèvement pharyngé.

2.2. L’analyse des prélèvements pharyngés au laboratoire de micro-biologieLes principaux objectifs de l’analyse des prélèvements pharyngés au laboratoire de bactériologie dépendent du contexte (tableau  14  et schéma 15 ).

2.2.1. Modalités de prélèvement et de trans-port

Le prélèvementIl doit être réalisé avant toute antibiothérapie locale ou générale.Le préleveur utilise un abaisse-langue pour éviter tout contact salivaire.Le prélèvement est recueilli de préférence au labora-toire sur deux écouvillons (un pour effectuer les frottis, l’autre pour la mise en culture). Le site du prélèvement dépend du contexte : - le plus souvent au niveau des amygdales ; - s’il existe un exsudat, à son niveau ; - s’il existe des fausses membranes, à leur périphérie ; - pour la recherche de Candida spp., le prélèvement s’effectue au niveau de la langue, du palais et de la face interne des joues.

Le transportUn milieu de transport type Stuart ou Amies 2 doit être utilisé dans les cas suivants : - recherche de Neisseria gonorrhoeae si la mise en culture n’ est pas immédiate ;

- recherche des autres germes si la mise en culture est différée de plus de deux heures.

2.2.2. Examen microscopiqueSon intérêt est souvent limité en raison de l’abondance de la flore commensale. Cependant, cet examen micros-copique est capital dans les cas suivants : - l’ observation d’une flore de bacilles fusiformes (Fuso-bacterium) et de spirochètes (Borrelia vincentii), tous les deux Gram négatif, suffit au diagnostic de l’angine de Vincent ;

- l’ observation de spores ou filaments mycéliens oriente vers une mycose à Candida albicans ;

- l’ observation de nombreux coques à Gram positif, for-mant de longues chaînettes, associés à de nombreux granulocytes neutrophiles, oriente vers une angine à streptocoque A, C ou G.

2.2.3. Mise en cultureIl existe deux techniques d’isolement : - l’ écouvillon est pressé dans un petit volume de bouillon de transport et les isolements sont réalisés avec un ino-culateur après avoir déposé une goutte du bouillon ;

2. Cf. le chapitre Qualité dans le tome 3 de Bactériologie médicale.

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14 Principaux objectifs de l’analyse des prélèvements pharyngés

Contexte Principaux objectifs

Angine érythémateuse et érythémato-pultacée

Recherche de Streptococcus pyogenes (groupe A) et Streptococcus ß-hémolytiques des groupes C et G.Si l’angine s’accompagne d’un rash cutané (éruption passagère) : recherche de Streptococcus pyogenes sécréteur de la toxine érythro-gène (scarlatine) et d’Arcanobacterium haemolyticum.

Angine à fausses membranes Recherche de C. diphtheriae, C. ulcerans et C. pseudotuberclosis.

Angine ulcéreuse et ulcéro-nécrotique Recherche au Gram de l’association fuso-spirochétienne caractéristique de l’angine de Vincent.

Candidose oropharyngées Recherche de Candida albicans.Bilan d’une IST Recherche de Neisseria gonorrhoeae.Malades greffés ou hématologiques Recherche de Pseudomonas spp., entérobactéries, C. albicans.Bilan à l’admission dans un service de soins intensifs Recherche de SARM (Staphylococcus aureus méticillino-résistants).

15 Protocole d’analyse des prélèvements pharyngés

Isolement systématique

GS

gélose au sang gélose au sang+ ANC

gélose au sang+ ANC

CHOCO+PVX

Recherche de Streptococcus pyogenes ou

d’ Arcanobacterium haemolyticum

GS+ANC GS+ANC

Recherche de Corynebactérium du complexe diphtheriae

TINSDALE

Isolement selon le contexte et les résultats de l’examen direct

Recherche de Candida albicans

Recherche de Neisseria

gonorrhoeae

SAB CHLO CHOCO+PVX+VCAT

Transport en milieu de Stuart ou d’Amies (si nécessaire)

Prélèvement à l’écouvillon

Gram

gélose chocolatenrichie

gélose Tinsdale gélose Sabouraud+ chloramphénicol

gélose chocolatenrichie +

vancomycinecolistine

amphotéricine B ettriméthoprime

48h à 37°Csous 5 à 10 % de CO2

48h à 37°Csous 5 à 10 % de CO2

48h à 37°Csous 5 à 10 % de CO2

48h à 37°Csous 5 à 10 % de CO2

24 à 48h à 37°C 24 à 48h à 37°C48h à 37°C

11 Muguet

12 Candidose atrophique

13 Perlèche

10 Herpangine

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Les prélèvements ORL

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Chapitre 1 Les prélèvements ORL

ANNEXE 1PRÉSENTATION D’UN TEST RAPIDE DE RECHERCHE DE STREPTOCOCCUS PYOGENES :LE STREPTATEST

ATTENDRE 1 MINUTE

2

1

3

4

1 min

5 min

Prélèvement à l’aide d’un écouvillon

Déposer 4 gouttes de réactif A puis 4 gouttes de réactif B dans le tube d’extraction

Introduire l’écouvillondans le tube d’extraction.

Réaliser une dizaine de rotations.

Exprimer l’écouvillon en pressantles parois du tube.

Immerger la bandelette.Lire le résultat au bout de 5 minutes.

ZONE TEST ZONE CONTROLE

positif

négatif

non significatif

Vidéo disponible sur le site suivant http://testangine.com/resume_operatoire.html

Streptatest est un test immunochromatographique sur membrane utilisant une méthode sandwich de capture.Dans un premier temps, il est nécessaire d’extraire l'antigène spécifique du streptocoque A.Un anticorps anti-streptocoque A est fixé au niveau de la région test de la membrane.Un second anticorps anti-streptocoque A est conjugué à des particules de latex mauves et placé juste au dessus de la zone d'immersion de la membrane. La présence d'une ligne mauve au niveau de la zone test indique un résultat positif tandis que l'absence de la ligne mauve indique un résultat négatif.Au niveau de la zone contrôle, l'apparition d'une bande mauve signe le bon fonctionnement du test.

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ANNEXE 2LA SCARLATINE

La scarlatine est une forme particulière d’angine due aux souches de Streptococcus A qui produisent une toxine érythrogène. Cette toxine, produite localement puis véhiculée par voie sanguine, est responsable des signes cutanés de la maladie.Après une incubation de 3 à 5 jours, le début de la maladie est brutal, associant fièvre à 39-40 °C, frissons, douleurs pha-ryngées, vomissements et parfois douleurs abdominales et articulaires. La période d’état survient ensuite en moins de 2 jours. La fièvre reste élevée.La scarlatine se caractérise par la survenue : - d’un exanthème (photographies 1 ) : c’est une éruption cutanée rouge diffuse recouverte d’un fin granité qui apparaît sur la totalité du corps sauf la région autour de la bouche, la paume des mains et la plante des pieds ;

- d’un énanthème (photographie 2 ) : coloration rouge de la bouche, de la langue (langue framboisée) et de la gorge.

Il est à noter que les formes atténuées sont les plus fréquentes actuellement : manifestations générales (fièvre, douleurs...) moins marquées, exanthème plus discret se limitant aux plis de flexion. Cependant, l’énanthème reste constant et caracté-ristique.

Le diagnostic impose un isolement des malades (48 h après le début de l’antibiothérapie).L’incidence de la scarlatine en France n’est pas connue.

1 Exanthème

2 Énanthème

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Chapitre 1 Les prélèvements ORL

ANNEXE 3LA DIPHTÉRIE

Auparavant, la diphtérie se limitait à des infections (pharyngées, cutanées) dues à des souches de Corynebacterium diphthe-riae sécrétrices de la toxine diphtérique. Désormais sont considérées comme diphtérie, toutes les infections provoquées par les corynébactéries du complexe diphtheriae (C. diphtheriae, C. ulcerans et C. pseudotuberculosis) qu’elles soient sécrétrices de toxines ou non.Les souches productrices de la toxine sont lysogènes pour un bactériophage β qui apporte le gène tox codant cette toxine.

1. ÉpidémiologieLa diphtérie due à C. diphtheriae est une maladie hautement contagieuse, strictement humaine. Le mode de contami-nation le plus fréquent se fait par contact direct avec un malade ou un porteur sain, via des sécrétions oropharyngées.La diphtérie due aux espèces C ulcerans et C. pseudotuberculosis sont des zoonoses : - C. ulcerans est transmis par le lait cru ou les animaux de compagnie (chats et chiens) ; - C. pseudotuberculosis est transmis par les caprins.

Pour ces deux espèces, il n’a pas été observé de transmission interhumaine.En France, 5 cas de diphtérie dus à C. diphtheriae ont été rapportés depuis 1989. Les 4 derniers cas (2002, 2004, 2006 et 2008) sont des cas importés (sujets provenant de pays oÙ la diphtérie est plus fréquente). Depuis 2003, 18 cas de diphtérie à Corynebacterium ulcerans ont été identifiés (source INVS).

2. Manifestation clinique et physiopathologieAprès une incubation de 2 à 6 jours en moyenne, les malades présentent une angine, peu fébrile et caractérisée par l’apparition de fausses membranes grisâtres, extensives, adhérant solidement à la muqueuse sous-jacente et recouvrant les amygdales, les piliers et le voile du palais. C’est une angine pseudo-membraneuse.Dans quelques cas, l’ extension de ces fausses membranes au larynx peut conduire au décès par asphyxie. Cette forme est appelée le “croup”.Corynebacterium diphtheriae n’envahit pas les tissus profonds et ne passe pas dans le sang.La gravité de l’infection due aux corynébactéries sécrétrices de toxine est liée à la diffusion de la toxine diphtérique par voie sanguine dans l’ organisme. Cette toxine agit en inhibant la synthèse protéique. Elle est de nature protéique et est constituée de deux sous-unités A et B.La sous-unité B permet la fixation de la toxine sur un récepteur présent à la surface de nombreuses cellules (le récepteur est le pro HB-EGF). Les deux sous-unités se séparent et la sous-unité A pénètre dans le cytoplasme de la cellule. Elle catalyse l’ADP-ribosylation du facteur d’élongation ribosomal EF2, ce qui entraîne l’inactivation de ce facteur. Or ce facteur est nécessaire à la traduction des ARN messagers par les ribosomes (plus précisément il est nécessaire à l’étape de translocation) (schéma 1 ).

Cette toxine affecte la plupart des organes (elle est dite “pantrope”) avec une certaine prédilection pour le myocarde et le système nerveux périphérique :

sur le plan neurologique, la toxine est responsable de paralysies périphériques : - paralysies du voile du palais (se caractérisant par des difficultés pour parler et déglutir), - paralysies des muscles moteurs de l’accommodation visuelle (impossibilité d’observer des objets proches), - paralysies flasques des membres et en particulier des muscles respiratoires nécessitant quelquefois une assistance respiratoire ;

la myocardite aiguë est la complication majeure. Elle peut conduire à une insuffisance cardiaque aiguë responsable de la plupart des décès ; elle est dépistée par l’ électrocardiogramme.

3. PréventionLa vaccination antidiphtérique est une vaccination antitoxinique qui protège contre les manifestations toxiniques des bactéries porteuses du gène tox. Le vaccin contient une anatoxine diphtérique. Cette anatoxine est obtenue en traitant la toxine diphtérique avec du formol à 4 %, à 40 °C pendant 4 semaines (procédé mis au point par Ramon en 1923). Ce traitement fait perdre à la toxine son pouvoir pathogène mais elle conserve son pouvoir immunogène.En France, cette vaccination est obligatoire pour les enfants avant l’âge de 18 mois et pour les professionnels de santé.La primo vaccination comprend trois injections à un mois d’intervalle à partir de l’âge de 2 mois et un rappel entre 16 et 18 mois d’âge. Les rappels sont recommandés aux âges de 6 ans, 11-13 ans, puis entre les âges de 16 et 18 ans. Un rappel de vaccination diphtérique est recommandé tous les dix ans pour tous les adultes (cf. calendrier vaccinal en vigueur). Comme la maladie continue de sévir dans certaines régions du monde (Europe de l’Est, Inde, Asie du Sud-Est, Afrique…), il est important pour tout adulte d’être à jour de ses rappels.

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4. Traitement des malades et des cas contactLes malades doivent être rapidement isolés. Le traitement repose sur la neutralisation rapide de la toxine par sérothérapie associée à une antibiothérapie (amoxicilline et érythromycine), cette dernière visant à la fois à arrêter la production de toxine et éliminer C. diphtheriae.La diphtérie est une maladie à déclaration obligatoire.

Les mesures préventives recommandées par l’INVS en 1998 sont les suivantes : - surveillance clinique : pour recherche de signes de diphtérie pendant 7 jours à partir de la date du dernier contact avec le cas ;

- investigation microbiologique  : par un écouvillonnage nasal et pharyngé pour culture en précisant de rechercher C. diphtheriae. Le résultat de ces cultures ne modifie pas l’antibioprophylaxie mais permet l’identification de porteurs asymptomatiques qui seront isolés (exclusion de l'environnement de travail, de l'école) et contrôlés bactériologiquement après antibioprophylaxie ;

- antibioprophylaxie : elle est nécessaire pour rompre la chaîne de transmission et concerne tous les contacts proches ; - vaccination : tous les individus ayant eu un contact rapproché avec un malade doivent recevoir une dose de vaccin.

1 Inhibition de la synthèse des protéines

A

A

A

B

B

B

1. Fixation de la toxine

2. Internalisation de la toxine

Acidification de l'endosome etséparation des deux sous-unités

NAD+ + EF2 ADPR-EF2 + Nicotinamide + H+

Actif Inactif

La sous unité A catalyse l'ADP ribosylationdu facteur d'élongation EF2.Le facteur EF2 est ainsi inactivé =Inhibition de la synthèse des protéines

4.

3.

ATP ADP+Pi