27_05_2015    Antoine Blanchard

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Retour sur 5 années d’évolution des

problématiques IST

Rapport d’étonnement

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Qui suis-je ?• Double formation ingénieur agronome et MSc

en sociologie des sciences• Blogueur de science depuis 2008 (« Enro »)• 2004 : stage bibliométrie à l’OST• 2005-2008 : spécialiste information brevet

dans l’industrie• 2009-2014 : directeur associé de Deuxième

labo• 2014-… : chargé du programme numérique

de l’IdEx Bordeaux

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Quelle est la place de l’IST dans la recherche

?

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Cycle de la vie de la recherche

Idée de recherche

Demande de

financement

Projet financé

Rapport final

Publications scientifiques

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Laissons parler les directeurs/rices d’unité• Portails documentaires,

archives scientifiques, numérisation, besoin de documentation

• Gestion des affiliations, recensement des publications, archives ouvertes, édition mutualisée

• Visibilité des publications, indicateurs bibliométriques, droit des données et publications, gestion des données de la recherche

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Cycle de la vie de la recherche

Idée de recherche

Demande de

financement

Projet financé

Rapport final

Publications scientifiques

ISTIST

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Chaîne de l’IST « publique »

Idée de recherche

Demande de

financement

Projet financé

Rapport final

Publications scientifiques

• CV normalisé• liste des publications

• impact

• référentiel des projets• présence web du projet

• auto-archivage• signalement

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Pourquoi faire ?• Le rêve d’un portail de la recherche française

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Pendant ce temps en France…

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Mettre fin aux cimetières à informations…• Rapport de l’Académie des sciences sur les struct

ures de la recherche publique française (septembre 2012) :– « La facilité de diffusion par voie électronique de

questionnaires construits de manière peu rationnelle par des personnes très éloignées des laboratoires et n’ayant pas une connaissance réelle de la vie des laboratoires amène les chercheurs à passer un temps de plus en plus grand à remplir de trop nombreux formulaires qui nourrissent des “cimetières à informations” dont la taille semble seulement limitée par celle des serveurs qui hébergent ces formulaires une fois remplis. »

• La règle devrait être : « input once, output many »

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…et faire ce que l’IST sait faire !

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Projet Conditor• Expérience pilote (mars 2013 à février 2014) : bâtir un référentiel bibliographique pour

partager les métadonnées décrivant la production scientifique nationale et mettre en commun et les inventaires de cette production scientifique.

• Ce n’est pas une archive (le texte intégral n’est pas inclus), ni un outil de d’aide à la décision (aucun indicateur n’est produit), ni un portail (il n’est pas prévu d’interface web pour les utilisateurs finaux), ni un CRIS (pas de gestion de la recherche)… mais un référentiel contenant des données de qualité permettant l’interopérabilité.

• Pour ce faire, Conditor met en commun les bases de données bibliographiques des établissements participant et les traite par :– curation et traitement des métadonnées– détection des doublons– enrichissement par d’autres référentiels (Répertoire national des structures de recherche,

identifiants uniques ORCID et idRef…)

• L’expérience pilote a permis de reconnaître que c’était « faisable » et que ça permettrait à terme d’éviter les saisies de données redondantes, à condition d’améliorer le traitement du corpus (notamment la détection des doublons et l’incorporation des référentiels des structures et des auteurs), d’investir dans le nettoyage et la vérification manuels en sus du traitement automatique.

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Référencement des publications

=> il faut automatiser la chaîne de traitement de l’IST, et on a besoin de professionnels pour construire et gérer cette chaîne

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Ma prédiction

La gestion de référentiels recherche va devenir le nouveau « métier caché » de l’IST(comme le catalogage et la gestion des abonnements aujourd’hui)

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Effet collatéral sur les annuaires de labo

http://labokitsch.tumblr.com/

L’annuaire du futur est déjà là !

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L’an 1 des archives ouvertes

Titre FAI Pays Ville Lien

Detection of Bonamia ostreae and B. exitiosa (Haplosporidia) in Ostrea edulis from the Adriatic Sea (Italy)

Florida Atlantic University

United States

Boca Raton

Recherche Google Scholar : bonamia crassostrea

In situ adsorption of mercury, methylmercury and other elements by iron oxyhydroxides and organic matter in lake sediments

Institut Polytechnique LaSalle-Beauvais

France Beauvais Recherche Google : ubiquitous metallic trace element in surficial waters

L’Ifremer comme modèle• mandat de dépôt• archive institutionnelle

<-> annuaire• informations visiteurs

envoyées aux chercheurs

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L’allergie française au mandat de dépôt

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L’allergie française au mandat de dépôt• Le président de l’ANR nous écrit (mai 2015) : – « Par ailleurs, je tiens à vous rappeler que l’ANR a

réaffirmé son engagement pour le libre accès aux publications en signant, aux côtés de 25 établissements de recherche, une convention de partenariat en faveur des archives ouvertes et en particulier de la plateforme commune d'archives ouvertes "HAL", en avril 2013. (…)De plus, l’ANR mentionne explicitement dans son appel à projets générique 2015 sa recommandation de dépôt des publications dans l’archive ouverte HAL ou toute archive institutionnelle (p.21 guide du déposant). »

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Le statut enviable mais incertain de

l’auteur

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Thèse de David Pontille (2004)

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Cas de l’affaire Voinnet

• « Maria Teresa Ruiz placed the responsibility for a problematic figure in Ruiz et al. on her co-author Voinnet »

• « Andrew Hamilton confirmed that the criticised data in Hamilton et al. originated from Voinnet as well. »

• « Susana Rivas admitted that the suspicious figure in Voinnet et al. does contain her own data, though it was assembled by Voinnet. »

• « Yvonne Pinto, declined any responsibility for the incriminated figures in the PNAS paper by Voinnet, Pinto & Baulcombe. According to Hamilton, group leader Baulcombe was not personally involved in the compilation of figures at that time. »

• « James Carrington, referred the liability for the discrepancies in two collaboratively-produced Science publications distinctly onto the Voinnet lab. »

• « Jonathan Jones, group leader at The Sainsbury Laboratory (TSL) in Norwich, made clear that the critical figure in his Science paper, Navarro et al. was created in Voinnet’s lab »

• « Former collaborators indicated that a certain likely manipulated image in Sansregret et al. was generated in the lab of Voinnet. »

• « Edith Heard, professor at the Institut Curie in Paris, also passed the responsibility for the reported inconsistencies in two of her papers in PLoS Genetics onto Voinnet and his former employee Constance Ciaudo. »

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Réutilisation des données en libre accès• Co-auteur ou dans les remerciements ?• Encore du chemin à parcourir dans les labos…

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Recherche reproductible et

intégrité scientifique

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Tribune dans « Le Monde » (juillet 2013)

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Initiatives françaises pour la reproductibilité de la recherche

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Plus que de bonnes pratiques, une condition de l’intégrité scientifique

« We often forget that scientific knowledge is reliable not because scientists are more clever, objective or honest than other people, but because their claims are exposed to criticism and replication. The key to protecting science, therefore, is to strengthen self-correction. Publication, peer-review and misconduct investigations should focus less on what scientists do, and more on what they communicate. »

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Toute omission trompeuse est une fraude !

• « A good start would be to redefine misconduct as distorted reporting: ‘any omission or misrepresentation of the information necessary and sufficient to evaluate the validity and significance of research, at the level appropriate to the context in which the research is communicated’. »

• « By focusing on reporting practices, the community would respect scientific autonomy but impose fairness. A scientist should be free to decide, for example, that ‘fishing’ for statistical significance is necessary. However, guidelines would require a list of every test used, allowing others to infer the risk of false positives. »

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La tentation de la promesse

Katja Bargum (2006), « Write and Wrong », Nature, 22 juin, vol. 441, n° 7096 , p. 1024

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Et l’archivage dans tout ça ?

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Grosse marge de progression

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D’autant plus que le financement des activités de gestion des données de la recherche est…

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Une préoccupation récurrente« L'affectation sur des projets courts, comme c'est le cas en tout cas à l’Inria, me semble compromettre l'investissement dans ces projets. Comment s'investir dans un projet quand on ne sait pas combien de temps on va rester dessus ? ou quand on va être affecté ailleurs dans quelques mois ? Personnellement, je considère que l'investissement du développeur est la condition nécessaire pour insuffler un potentiel d'évolution à un logiciel : coder en pensant à l'avenir influe sur les décisions d'architectures, structures de données et autres. Quid alors des logiciels développés sans vision de l'avenir car sans investissement possible ? Je pense qu'ils finissent en grande partie à la poubelle. »

— un IR Inria le 13 novembre 2012

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Sur le blog de Deuxième labo

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Sur le blog de Deuxième labo1. Les archivistes s’occupent aussi d’archivage électronique2. Les archives d’un établissement d’enseignement supérieur et de recherche nais

sent souvent au moment d’un déménagement3. L’archivage institutionnel de la recherche est extrêmement réglementé4. Les archives d’un chercheur appartiennent à son institution5. Si vous possédez chez vous des documents historiques d’intérêt général pour u

ne discipline ou un champ scientifique, vous pouvez les confier à une archive institutionnelle

6. L’archivage de la recherche s’occupe également des données scientifiques7. L’archiviste n’est pas que le professionnel du stockage, c’est aussi le profession

nel de l’élimination8. Les archives de la recherche posent des problèmes spécifiques en terme de ges

tion9. Les archives de la recherche se préoccupent aussi de ce qui fait la vie du labora

toire, loin d’être cantonnée aux documents administratifs ou scientifiques10. Les archives sont valorisées pour ne pas tomber dans l’oubli

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Merci de votre attention !

antoine.blanchard@u-bordeaux.fr

@enroweb

http://www.enroweb.com/blogsciences/