Réseaux fédérés et représentés

dans le Conseil Scientifique de l’ONERBA

R.I.C.A.I. 1997

Conseil Scientifique de l’ONERBA

Les membres du CS, désignés par le Conseil d’Administration, comprennent entre autres les bactériologistes en charge des réseaux de surveillance de la résistance bactérienne

Ces réseaux constituent la base du système de surveillance de la résistance

11 réseaux déjà en place se sont fédérés dans le CS de l’ONERBA

R.I.C.A.I. 1997

Réseaux fédérés et représentés dans le CS de l’ONERBA

• RESABO 38 Laboratoires vétérinaires

• EPIVILLE 13 LAM

• AFORCOPI-BIO 12 LAM

• Col.BVH 115 Hôpitaux

• REUSSIR 24 Hôpitaux

• Ile de France 10 Hôpitaux

• Hôpitaux de l’Est 51 Hôpitaux

• Hôpitaux des Armées 14 Hôpitaux

• CCLIN Sud-ouest 46 Hôpitaux

• CCLIN Paris-nord 95 Hôpitaux

• AP-HP 44 Hôpitaux

R.I.C.A.I. 1997

Réseaux fédérés et représentés dans le CS de l’ONERBA

Besoin d’une charte pour que chacun des Laboratoires constituant les réseaux puisse situer la place de son travail et son rôle

Cette charte précise l’état d’esprit et les principes qui animent les réseaux au moment où ils commencent à travailler ensemble

R.I.C.A.I. 1997

Charte des réseaux fédérés et représentés dans le CS de l’ONERBA

• Chaque réseau est son propre «maitre d’œuvre» :

–choix des thèmes

–méthodes de recueil et de transmission des données

–contrôles de vraissemblance et de cohérence

–analyse, interprétation et diffusion des résultats

• Chaque réseau s’engage à respecter les bonnes pratiques en vigueur.

R.I.C.A.I. 1997

Charte des réseaux fédérés et représentés dans le CS de l’ONERBA

Chaque réseau participe sans réserve aux activités de l’ONERBA, qui est responsable in fine des informations qu’il rassemble et présente, ce qui implique :– échange d’expérience, mise en commun de

compétence – définitions et normes communes– réflexion sur l’organisation des bases de données– analyse et interprétation collégiale des résultats

R.I.C.A.I. 1997

Premiers résultats 1997

L’expérience et les informations dont dispose chacun des réseaux, la confrontation et le travail collégial d’analyse, ont permis de présenter un premier ensemble de résultats

Résistances bactériennes communautaires : aspects épidémiologiques– Entérocoques résistants aux glycopeptides : portage et

infection

– Les entérobactéries isolées des hémocultures

– Les SARM vus de l’hôpital

R.I.C.A.I. 1997

Résistances bactériennes communautaires :

Aspects épidémiologiques

• AFORCOPI-BIO

• EPIVILLE

• ILE DE FRANCE

• RESABO

R.I.C.A.I. 1997

Espèces (%) responsables d’infections urinaires:

Laboratoires de ville (1996-97)AFORCOPI-BIO

n = 828EPIVILLE

n = 915

E.coli 67.9* 76.6**

P.mirabilis 4.3 5.1

Klebsiella 3.3 2.8

Enterobacter, Serratia..(Gr 3) 2.3 1.9

Pseudomonas, Acinetobacter 1.7 1.2

Enterococcus 8 4.3

Streptococcus 2.3 2.4

Staphylococcus 8.1 5

Autres 1.8 0.51.8

Intervalle de confiance (5%) : * 64-72%, ** 72-80%

R.I.C.A.I. 1997

Espèces (%) responsables d’infections urinaires en fonction des antécédents du malade

Laboratoires de ville (1996-97)

ANTIBIOTHERAPIE RECENTE

AFORCOPI -BIO EPIVILLE

NONn = 374

OUI*n = 139

NONn = 638

OUI**n = 112

E.coli 73.2 a 55 a 79.9 b 66.4 b

P.mirabilis 4.6 4.3 5.4 2.6

Enterobactéries Gr3,Pseudomonas... 1.9 10.6 5.1 5.3

Enterococcus 5.9 7.9 2.7 8.8

* Antibiothérapie dans les 6 mois précédents : 27% des souches** Antibiothérapie dans le mois précédent : 15% des souchesa : p = 0.008 , b : p = 0.02

R.I.C.A.I. 1997

Espèces (%) responsables d’infections urinaires en fonction des antécédents du malade

Laboratoires de ville (1996-97) HOSPITALISATION RECENTE

AFORCOPI-BIO EPIVILLE

NONn = 498

OUI*n = 93

NONn = 805

OUI**n = 91

E.coli 69.5 a 56 a 78.8 b 63.7 b

P.mirabilis 4.4 5.5 5.2 3.3

Enterobactéries Gr3,Pseudomonas... 3.6 6.6 2.1 8.8

Enterococcus 6 15.4 3.5 9.4

* Hospitalisation dans les 6 mois précédents : 16% des souches** Hospitalisation dans le mois précédent : 10% des souchesa : p = 0.06, b : p = 0.02

R.I.C.A.I. 1997

Sensibilité aux antibiotiques (%) de E.coli Infections urinaires

Laboratoires de ville (1996-97)

AFORCOPI-BIOn = 562

EPIVILLEn = 692

Amoxicilline ou ampicilline 61.4 61

Amox. + clavulanate 67.3 69.9

Céfotaxime ou ceftriaxone 99.8 99.7

Cotrimoxazole 72.4 72.1

Acide nalidixique 87.7* 94.4**

Norfloxacine 92.7 97.7

Ciprofloxacine 95.4 98.7

Intervalle de confiance : * 85-91%, ** 92-96%

R.I.C.A.I. 1997

Sensibilité aux antibiotiques (%) de E.coli Inf. urinaires, en fonction des antécédents du malade

Laboratoires de ville (1996-97)

ANTIBIOTHERAPIE RECENTE

AFORCOPI-BIO EPIVILLE

NONn = 273

OUIn = 77

NONn = 507

OUIn = 75

Amoxicilline ou ampicilline 71.8* 37.7* 62.8* 40*

Amox. + clavulanate 76.2* 40.3* 76.2* 48*

Céfotaxime ou ceftriaxone 99.6 100 99.8 98.7

Cotrimoxazole 82.1* 48.1* 82.7* 65.3*

Acide nalidixique 93* 75.3* 95.2 90.7

Norfloxacine 97.1 84.4 98 94.7

Ciprofloxacine 98.2 89.6 99 95.9

* p < 0.05

R.I.C.A.I. 1997

Sensibilité aux antibiotiques (%) de E.coli Inf. urinaires, en fonction des antécédents du malade

Laboratoires de ville (1996-97)

HOSPITALISATION RECENTE

AFORCOPI-BIO EPIVILLE

NONn = 346

OUIn = 51

NONn = 634

OUIn = 58

Amoxicilline ou ampicilline 66.2* 39.2* 62.3* 46.3*

Amox. + clavulanate 70.2* 41.2* 71.3* 51*

Céfotaxime , ceftriaxone 99.7 100 99.7 100

Cotrimoxazole 74.3* 52* 83.9* 72.7*

Acide nalidixique 88.7 88.2 94.7 90.9

Norfloxacine 93.6 98 97.9 96.4

Ciprofloxacine 95.4 100 98.7 98.3

* p < 0.05

R.I.C.A.I. 1997

Sensibilité aux antibiotiques de P.mirabilis Infections urinaires

(Réseau Ile de France 1996)

Caractéristiques(% parmi NalS et Nal R)

Nal Sn = 70

Nal Rn = 27

p

Age > 66 ans 52 92 0.001

Hospitalisation < 1mois 38 72 0.004

Antibiothérapie < 1 mois 18 34 0.08

R à amoxicilline 29 81 < 0.0001

R à gentamicine 0 11 0.004

R à ciprofloxacine 0 11 < 0.0001

R.I.C.A.I. 1997

Sensibilité de E.coli selon l’âge des animaux Laboratoires vétérinaires

Veaux1491 souches

Adultes692 souches

n % n %

Ampicilline 234 16 (14-18) 451 65 (61-69)

Gentamicine 1184 79 (77-81) 674 97 (96-98)

Sulfamides- trimethoprime

801 54 (51-57) 620 89 (87-91)

Acide nalidixique 1090 73 (71-75) 574 83 (80-86)

n Nombre de souches sensibles% Pourcentage de souches sensibles (intervalle de confiance à 5%)

R.I.C.A.I. 1997

CONCLUSIONS

• Les données brutes (distribution des espèces, sensibilité aux antibiotiques) sont la résultante de situations épidémiologiques diverses : antécédents d’antibiothérapie, d’hospitalisation...

• Pour refléter la réalité de chacune de ces situations, concrètes en médecine courante, et donc aider au bon usage des antibiotiques (RCP, recommandations thérapeutiques), il est nécessaire de disposer de données épidémiologiques adaptées, donc pertinentes.

• L’obtention de telles données pertinentes à partir des Laboratoires de ville requiert un travail considérable en raison :

– des habitudes médicales, recommandations voire RMO concernant les analyses bactériologiques

– de la nouvelle nomenclature des actes de biologie médicale.

• La surveillance de la résistance des bactéries communautaires devra probablement reposer, à l’avenir, sur des systèmes intégrés de type «sentinelles».

R.I.C.A.I. 1997

1

Entérocoques résistants aux glycopeptides:

Portage et Infection.

R.I.C.A.I. 1997

2

Introduction• Les entérocoques sont des bactéries dont le pouvoir

pathogène est maintenant bien établi. Des souches d ’entérocoques résistant aux glycopeptides ont été isolées lors d ’épidémies d ’infections nosocomiales aux USA. Il est apparu intéressant de faire le point sur deux questions:

• Quelle est la fréquence du portage d ’entérocoques résistant aux glycopeptides dans les hôpitaux français.

• Quelle est la fréquence d ’entérocoques résistant aux glycopeptides dans les infections.

R.I.C.A.I. 1997

3

Matériels et Méthodes

• 1 Enquêtes sur le portage :– Milieux d ’enrichissement et milieux sélectifs (6 mg/l

de vancomycine)

– Identification des mécanismes de résistance par PCR multiplex : vanA, vanB, vanC1 et vanC2

• 2 Enquêtes sur l ’infection:– Isolement à partir de prélèvements à visée diagnostique.

– Identification et antibiogramme par des techniques de routine.

R.I.C.A.I. 1997

4

Portage d ’entérocoques résistant aux glycopeptides chez les appelés destinés à travailler dans les cuisines

des armées.Réseau des Hôpitaux des Armées *

• Janvier à Mai 1997

• 4242 coprocultures sur des hommes jeunes à l ’embauche; 1 prélèvement par personne

• 47 patients ont été trouvés porteurs:

– 42 E. faecium, 3 E. faecalis, 2 E. durans

– 1 souche était résistante à l ’amoxicilline

– 0 souche résistante à la gentamicine.

*J. Thierry et J.D. Perrier -Gros Claude HIA Desgenettes.

R.I.C.A.I. 1997

5

Portage d ’entérocoques résistant aux glycopeptides chez des patients hospitalisés en U.S.I.

Col BVH *

• 647 patients hospitalisés en USI

– 1 seul prélèvement par malade.

• 13 patients porteurs d ’E. faecium vanA

– (2 %)

– 10 pulsotypes différents.

• 19 patients étaient également porteurs

– d ’E. gallinarum ou d ’E. casseliflavus.

* A. Boisivon 1994

R.I.C.A.I. 1997

6

Entérocoques résistant aux glycopeptides dans les prélèvements à visée diagnostique.

Col BVH, CCLIN P-Nord, CCLIN Est.

Col BVH CCLIN PNord CCLIN EstTotal souches 5686 2754Total Cocci+ 1343

Total Entérocoques 413 852Hémocultures 26 140

Urines 329Pus 25

Poumons 12Ponctions 4

Entérocoques IR àVanco

8 (1.9 %) 0 10 (1.2 %)

R.I.C.A.I. 1997

7

Entérocoques résistant aux glycopeptides dans les prélèvements à visée diagnostique.

Col BVH, CCIN P-Nord, CCLIN Est.

Col BVH CCLIN EstPrélèvement 8/8 Urines 10/10 Urines

Espéces 8 E. faecium 6 E. faecium4 E. faecalis

R à Vanco 8/8 R selonCASFM

8/10 CMI = 32 mg/l

R à Amox 0/8 0/10R à Genta 0/8 0/10

R.I.C.A.I. 1997

8

Conclusion

• Des entérocoques résistants aux glycopeptides ont été retrouvés lors d ’enquêtes chez des patients hospitalisés et des personnels hospitaliers.

• En France le nombre d ’infections causées par des entérocoques résistant aux glycopeptides est très faible.

R.I.C.A.I. 1997

Les entérobactéries isolées des hémocultures

(1996)

• C. CLIN Paris Nord

• Col BVH

R.I.C.A.I. 1997

Méthodologie

• Episode bactériémique : 1 hémoculture positive (CDC)

• Episode bactériémique nosocomial :– >> 48h après admission– < 48h mais admission par transfert – < 48h mais notion d’acte iatrogène à domicile

• Episode bactériémique communautaire :– < 48h après admission– admission directe– pas notion d’acte iatrogène à domicile

R.I.C.A.I. 1997

Distribution des espèces

N (% Total) [% BGN] {% Enterobact}

ESPECES CCLIN Nord3 mois

Col BVH15 jours

TOUTES 2 547 668 Bacilles à Gram nég. 1 270 (50%) 302 (45%) Entérobactéries 1 057 [83%] 286 [95%]

Groupe 1 E. coli 668

{72%}a {63%} 191

{81%}b {67%}

P. mirabilis 65 25Salmonella 29 16

Groupe 2K. pneumoniae 86

{13%}22

{10%}

K. oxytoca 38 6C. diversus 8

Groupe 3E. cloacae 64

{15%}18

{9%}

Enterobacter sp 29 8C. freundii 16

Proteus ind+, Provid. 26Serratia 26

% E.coli : intervalle de confiance (5%), a [60-66], b [63-71]

R.I.C.A.I. 1997

Distribution des entérobactéries (%) selon le type d'acquisition

CCLIN Nord Col-BVH

Espèces commun.n = 516

nosoc.n = 541

commun.n = 229

nosoc.n = 56

Groupe 1E.coli, P.mirSalmonella

80.3*5.2

59.3*0.4

806

591.8

Groupe 2Klebsiella.. 7.9 16.8 7 21.4

Groupe 3Enterobacter.. 6.6 23.5 7 17.8

Distributions p < 0.05 pour chacun des réseaux

R.I.C.A.I. 1997

Distribution des entérobactéries (%) selon le type de service (acquisition nosocomiale)

(données fusionnées)

Service (n souches) Groupe 1E.coli, P.mir.

Groupe 2Klebsiella..

Groupe 3Enterobacter..

M.L. séjour (48) 83* 6 10

Médecine (205) 62 19 19

Chirurgie (131) 56 17 27

S.I. (114) 44* 22 33

* p< 0.01

R.I.C.A.I. 1997

Proportion (%) de souches IR aux C3G (BLSE ou non) selon le type d'acquisition

(données fusionnées)

Total BLSE non BLSE

Espèces(N comm/nosoc)

comm nosoc comm nosoc comm nosoc

Gr. 1 (638/355) 0.5 1.4 0.5 1.4 - -

Gr. 2 (57/103) 2 21 2 21 - -

Gr. 3 (50/137) 10 28.4 2 3.6 8 24.8

Total (745/595) 1.2 11.4 0.7 5.5 0.5 5.9

R.I.C.A.I. 1997

Conclusions

• 3215 épisodes de bactériémie

• Entérobactéries : 40 % des souches dont 2/3 de E. coli

• Nécessité d'analyser séparément, pour ce qui est de la résistance naturelle (espèces) et de la résistance acquise :

– types d’acquisition (communautaire/nosocomiale)

– types de service (pour nosocomial)

• Ex.: résistance aux C3G chez les entérobactéries (1.2% commun /11.4 % nosoc) et à péniA chez E.coli (50 % commun /63 % nosoc)

• Des enquêtes spécifiques sont nécessaires pour préciser

l’importance de la résistance aux C3G dans la communauté

R.I.C.A.I. 1997

Les SARM vus de l’hôpital en 1997

• Col.BVH• Réussir • Hôpitaux de l’Est • Hôpitaux des Armées• CCLIN Sud-ouest • CCLIN Paris-nord • AP-HP

R.I.C.A.I. 1997

SARM : Etat des lieux en 1993 (% chez S. aureus)

AP-HP2 mois

n = 1831

CCLIN Sud-ouest6 mois

n = 10775Global 41.7* 38.2**Pédiatrie-mater 15.2 9.8Chirurgie 38.4 35.7Réanimation-SI 54.6 43.6Moyen long séjour 53.5 64.2Hémocultures 46.4 32.2Pus 40.5 33.6Prél. respiratoires 42.5 41.9Urines 61.4 64.6

Intervalle de confiance (5%) : * 40-44, **36-40

R.I.C.A.I. 1997

SARM : Etat des lieux en 1995-961. Plus de réseaux

Réseau Période n S.aureus % SARM

1995 Hôp. Est 6 mois 8990 33.1

Réussir 12 mois 2361 28.1

1996 Col. BVH 15 jours 611 41.7

AP-HP 2 mois 1772 36.6

CCLIN Nord 3 mois 3002 35.2

R.I.C.A.I. 1997

SARM : Etat des lieux en 19962. Plus d’indicateurs

AP-HPn = 648

CCLIN Nordn = 1058

Incidence % admis, court séj. 0.99 0.54

p 1000 j hosp. total 0.86 0.73

« « court séj. 1.16 0.77

« « ML séj. 0.49 0.59

Importation % importé 31.4 36

Acquisition % acquis 68.6 64

délai médian 22 j* 15 j

* Enquête 1997

R.I.C.A.I. 1997

SARM : Etat des lieux en 19963. Place dans les infections nosocomiales

n patients

CCLINNord67239

CCLINSud-ouest

36265

Hôpitauxarmées

3269% SARM vs.S.aureus 58.8 58.3 53.1

% SARM vs.patients infectés 10.8 10.1 12.1

% prévalenceinfectés à SARM 0.8 0.6 0.5

R.I.C.A.I. 1997

SARM : Evolution de la sensibilité à la gentamicine (en %) 1993-97

CCLIN S.ouest n 1500/ an

AP-HPn 600/ an

1993 13.5

1995 20.4 35

1997 50 54

Réussir : 51 % en 1995

R.I.C.A.I. 1997

SARM : Evolution 1993-97AP-HP (% chez S. aureus)

n souches

1993

1831

1994

1882

1995

1859

1996

1742

1997

1632 p*Global 41.7 39.7 36.3 37.1 37.1 S

Médecine 34.6 30.9 35.1 34.7 34.9 NS

Réa-SI 54.6 51.3 47.1 45.8 44.5 S

ML séjour 53.5 56.3 60.2 58.8 69.2 S

Hémocultures 46.4 33.8 35.9 27.7 32.6 S

Prèl. respirat. 42.5 42.9 38.3 37.1 31.5 S

Urines 61.4 64.2 57.3 63 60.8 NS

* S : p < 0.05 (chi2 de tendance)

R.I.C.A.I. 1997

Conclusions• Les données recueillies par les réseaux sur les SARM

sont concordantes et détaillées

• Sur la base de ces données, on peut estimer le nombre annuel de malades hospitalisés en France et qui sont «concernés» par SARM :

• 35 à 70 000 avec prélèvement à visée diagnostique +– 25 à 45 000 avec infection nosocomiale (critères CDC)

• La surveillance des SARM nécessite plusieurs types d’indicateurs (% espèce, incidences..) et de paramètres épidémiologiques (établissement, service, prélèvement, acquisition..)

• Des enquêtes spécifiques sont nécessaires pour préciser l’importance des SARM dans la communauté

R.I.C.A.I. 1997

ONERBA

perspectives de travail 1998

R.I.C.A.I. 1997

Surveillance de la résistance des principales espèces

bactériennes aux principaux antibiotiques : 1. Principes

L’objectif est de recueillir des données qui reflètent la réalité de la résistance dans des situations épidémiologiques définies : site de l’infection (bactériémie…), type d’établissement (CH, CHU, taille), circonstances (nosocomiales, communautaires …), plus que des données “brutes” qui sont la résultante de toutes les situations précédentes, et sont donc difficiles à utiliser.

R.I.C.A.I. 1997

Surveillance de la résistance des principales espèces

bactériennes aux principaux antibiotiques : 1. Principes

l Chaque réseau, selon ses caractéristiques, prend en charge tel ou tel aspect de la surveillance.

l C’est la complémentarité des réseaux qui permet d’aborder plusieurs thèmes, ou d’aborder un même thème sous plusieurs éclairages.

l Respect de la charte (définitions...).

R.I.C.A.I. 1997

Surveillance de la résistance des principales espèces

bactériennes aux principaux antibiotiques : 2. thèmes

l Entérobactéries (effort particulier sur E.coli et Enterobacter), à priori par les réseaux : RESABO, EPIVILLE, AFORCOPI-BIO, Col-BVH, Hôpitaux de l’Est, CCLIN Paris-Nord et CCLIN Sud-Ouest (bactériémies)..

l S.aureus, à priori par les réseaux : CCLIN Paris-Nord, CCLIN Sud-Ouest, Hôpitaux de l’Est, AP-HP, Col-BVH, Hôpitaux des armées..

R.I.C.A.I. 1997

Surveillance de la résistance des principales espèces bactériennes aux principaux

antibiotiques : 2. thèmes

l P.aeruginosa : des données recueillies en 1998, à priori par les réseaux REUSSIR, C-CLIN Paris-Nord (étude bactériémies, groupe ARECLIN), Col-BVH, Hôpitaux de l’Est (réanimations).., permettront après analyse de concevoir des études spécifiques en 1999.

l Streptocoques autres que les entérocoques (groupe A..) : première série de données (REUSSIR..) et confrontation avec les autres données diponibles.

R.I.C.A.I. 1997

Enquêtes spécifiques inter-réseaux

1. Principes

l Deux enquêtes spécifiques seront proposées par les coordonnateurs de chacun des réseaux fédérés dans l’ONERBA à l’ensemble des Laboratoires membres de ces réseaux.

l Chaque enquête sera menée selon une méthodologie commune à tous les Laboratoires participants (en cours d’élaboration).

R.I.C.A.I. 1997

Enquêtes spécifiques inter-réseaux

2. Thèmes

l Enquête S.aureus multirésistants (et entérobactéries BLSE?) dans la communauté.

l Enquête H. influenzae en situation “invasive” (sang, séreuses…), proposée par le CNR (H. Dabernat) : élargissement du réseau de correspondants du CNR aux Laboratoires des réseaux fédérés dans l’ONERBA, sur la base des méthodes de travail déjà utilisées par le CNR (envoi de fiches de renseignements cliniques et des souches).

R.I.C.A.I. 1997

Aspects méthodologiquesl Doublons épidémiologiques : définitions, problèmes

techniques, recommandations.

l Gestion des dates des évènements dans les fichiers (entrée à l’hôpital, transferts…) : définitions, problèmes techniques, recommandations.

l Extraction de données à partir de fichiers utilisant des bases de données de même structure mais des thesaurus différents : définition de formats d’extraction, protocoles de transfert, traduction des thesaurus (transcodage) (SIR, AG3S..).

l L’abord rationnel de ces 3 points nécessite que soit menée une enquête sur l’état des ressources informatiques et bureautiques des Laboratoires des réseaux fédérés dans l’ONERBA.

R.I.C.A.I. 1997

Aspects méthodologiques

Contrôle de qualité, avec l’aide de P. Courvalin (CRAB).

Propositions méthodologiques pour la surveillance de la résistance «primaire» et «secondaire» dans la communauté (recommandations à la CNAM, DGS..?).

R.I.C.A.I. 1997