INTRODUCTION A REFERENCE MANAGER A propos de Reference Manager Reference Manager est un programme de base de données développé pour gérer des références bibliographiques. Reference Manager est utile pour réaliser les tâches suivantes :

Préparer des citations dans le texte mis en forme avec la bibliographie instantanément dans vos documents.

Créer et actualiser des bases de données relatives à votre domaine de recherche. Conserver une trace de vos manuscrits disponibles sous forme papier.

Reference Manager est un outil qui permet de gagner du temps lors de la rédaction d’articles en gérant les références en insérant les citations. Objectifs de ce cours

Comprendre les utilisations principales de Reference Manager en tant qu’outil de gestion de références bibliographiques.

Naviguer facilement avec les références dans la base de données grâce aux fonctionnalités standards.

Construire une base données en important des références ou bien en saisissant des références manuellement

Rechercher des références dans une base. Gérer vos références. Construire une bibliographie dans votre traitement de texte ou directement

depuis Reference Manager Utiliser les fichiers des styles

Capacité de la base de données Une base de données Reference Manager peut intégrer différents types de références (jusqu’à 34 types références), des sources de références différentes (Internet, saisie manuelle…..) Remarque : Il est recommandé de ne pas dépasser 100 000 références par base de données pour conserver de bonne performance dans l’utilisation des bases de données.

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NAVIGUER DANS REFERENCE MANAGER

Dans ce chapitre nous allons voir comment :

Ouvrir une base de données existante. Personnaliser l’ordre de classement de la base de données. Cliquer sur l’en-tête de la colonne pour classer instantanément votre base. Se déplacer entre base de données.

Ouvrir une base de données existante Pour ouvrir choisissez le menu File : Open Database Remarque : Si vous avez déjà utilisé Reference Manager, il ouvrira automatiquement la dernière base de données utilisées La fenêtre de la base de données apparaît ainsi :

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Notez qu’il y a 3 parties :

1 REFERENCE EDIT qui affiche les différents champs Reference Type

Report (Rapport) Journal (Article) , Conferences proceeding (Acte de Congres), Music score (Partition musciale), Map (Carte), Bill Resolution (Porjet de loi)…. Reference Manager inclut 34 types de reference :

Ref ID, numero enregistrement Auteur Titre Auteur Pub Date Link to PDF Notes Keywords jusqu’à 255, garanti le fonctionnement optimum de la base, conditionne la méthode de recherche Summary User def1, User def2 etc champs à personnaliser C’est dans la partie REFERENCE EDIT que l’on procède à la correction. Utilité du REF ID Le Reference ID est l’identifiant unique de chaque référence dans une base de données. Il est ensuite utilisé pour la recherche et pour l’insertion de référence dans un document Word. Vous pouvez définir le type de Reference ID à affecter à chaque référence et comment l’affecter. Vous pouvez aussi affecter ce Reference ID automatiquement, individuellement et si l’on veut personnaliser sa référence avec des chiffres et des lettres il est conseillé de le faire manuellement. Pour ce faire activer la fenêtre suivante et faire son choix.

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Avec la commande Tool Field and type Edit on peut personnaliser cette partie de la fenêtre (ouvrir la base en mode exclusive)

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2 REFERENCE LIST

Permet une vue synthétique des références, de changer la taille des colonnes. On peut personnaliser l’affichage de la liste des références à partir de la commande menu Tools Reference List Display

3 BARRE DE STATUT Indique un onglet avec la base ouverte (plusieurs bases peuvent être ouverte simultanément) Personnaliser l’ordre de classement de la base de données A partir du menu Tools Change Database Sort Order

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Cliquer sur l’en-tête de la colonne pour classer instantanément votre base Le classement instantané peut-être obtenu à l’aide des en-têtes de colonne de la liste de références . Pour classer par le champ date, cliquez sur l’en-tête de la colonne date. Les références sont alors classées par ordre ascendant. Effectuer un second clic pour inverser l’ordre et obtenir ainsi un classement descendant. Copie de Reference entre bases de données Sélectionner dans la base source les références à copier dans la base destination, puis activer la commande Reference Copy Between Databases . Cette fenêtre apparaît : [Créer une base "formarap2" pour faire une démo]

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CONSTRUCTION D’UNE BASE DE DONNEES REFERENCE MANAGER

Dans cette partie vous allez apprendre à

Créer une base de données Saisir et éditer les références Télécharger des références depuis Pubmed Impression de références

Recherche via internet depuis Reference Manager Créer une nouvelle base de données Pour créer une nouvelle base de données, utilisez la commande File : New, vous obtenez alors la fenêtre suivante :

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Cliquer sur le bouton Advanced pour personnaliser la structure de la base, vous obtenez alors l’écran suivant

La partie Database Definition permet de choisir le masque des références et ainsi définir comment les références sont saisies La partie ‘Periodical Synonyms permet d’obtenir une liste de périodique dans son domaine d’activité (Medical, Humanity, Chemical….) La partie Database Author permet d’indiquer le nom de l’administrateur de la base de données La partie Database Subject permet de définir le contenu et le thème de la base (Bibliographie Palu) La partie droite Default Sort permet de définir le classement par défaut de la base concernée au sein de Reference Manager Saisir et éditer les références Vous gagnerez du temps en utilisant la méthode de recherche par téléchargement ou via internet depuis Reference Manager. Cependant, vous aurez peut-être avoir à saisir des rapports, des thèses….(base rapport Epicentre). Pour ce faire utiliser le menu Reference New ou la touche Insert Télécharger et importer des références depuis Pubmed

1. Pour effectuer la recherche depuis votre navigateur Internet à l’adresse suivante www.ncbi.nlm.nhi.gov/PubMed/

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2. Pour marquer ensuite les références à télécharger, cliquez sur la coche

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3. Choisissez les options ci-dessus pour enregistrer les données sur votre micro-

ordinateur. Cliquez ensuite sur le bouton Send to

4. Dans la fenêtre Enregistrer Sous, sélectionner le dossier ou vous souhaitez enregistrer votre recherche et saisissez le nom du fichier, utilisez l’extension .txt

5. Il ne vous reste plus qu’à importer ce fichier dans Reference Manager

On procède alors à l’importation de références depuis Reference manager. Choisir la commande Reference : Import Text File

1. Utilisez la liste déroulante Database pour selectionner la base de donnée qui doit recevoir les références à importer.

2. Au niveau de la liste déroulante Filter. Choisissez ensuite le fichier

PUBMED.cap

3. Au niveau de la liste déroulante Text File, cliquez sur le bouton de navigation à droite de la liste déroulante. Choisissez ensuite le fichier .text.

Remarque : Contenu de Pubmed : Accès à Medline, Pre-Medline (références très récentes qui correspondent à des citations non encore indexées dans Medline ; Elles sont accessibles par les mots du titre, du résumé ou par le nom de l’auteur et leur mise à jour quotidienne). On a aussi à des bases de données factuelles de biologie…

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Recherche via internet depuis Reference Manager Remarque : les sites Z39.50 (sites universitaires, catalogues de bibliothèques publiques etc….) Sélectionner la commande Tools : Internet Search ou bien l’icône des loupes puis cocher internet search On peut construire la recherche suivante

On peut effectuer une recherche par date en respectant le format suivant AAAA/MM/JJ Mettre deux points pour l’intervalle de date

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LA BARRE D’OUTILS DE RECHERCHE Dans ce chapitre nous allons apprendre à

Créer une stratégie de recherche Sauvegarder une stratégie de recherche Impression de références

La barre d’outils de recherche

Le bouton « Start Search » permet de lancer la recherche.

Le bouton « Strategy files » permet d’enregistrer le contenu de la requête (de la question) dans un fichier.

Le bouton « Last Searches » permet de rappeler les dernières recherches de la session Référence Manager.

Le bouton « Browse » permet de faire appel à la liste indexée correspondant aux champs0 de recherche (Keywords, Year…).

Le bouton « Insert Parameter » permet d’insérer un champ de recherche entre deux critères.

Le bouton « Delete Parameter » permet de supprimer la ligne de critère de recherche sélectionnée.

Le bouton « Clear All Entries » efface l’intégralité du contenu de la recherche.

Les boutons sont des opérateurs booléens qui correspondent respectivement au AND, NOT et OR.

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Créer une stratégie de recherche Une stratégie de recherche est constituée des éléments suivants Field – Sélectionner un champ (ex author) Parameter – Saisissez le mot ou la phrase que vous souhaitez recherchez dans

Reference Manager Connector – C’est l’opérateur logique (AND, OR, NOT)

Sauvegarder une stratégie de recheche Il est intéressant d’enregistrer une stratégie de recherche utilisée fréquemment. Faite une recherche en cliquant sur les jumelles Enregistrer la stratégie en cliquant sur le bouton Strategy Files. Une boîte de dialogue Search Strategy apparaît :

Cliquez sur le bouton save et donnez à la stratégie de recherche. Cliquez sur le bouton Ok et votre stratégie est enregistrée. Plus tard, vous pourrez revenir à cet écran, en cliquant sur le bouton Strategy Files et activer la commande Load Remarque : l’extension de cet enregistrement .prm Impression de références Reference Manager propose des options d’impression des références marquées, ou de toutes les références de votre base de données dans divers styles et diverses polices. Pour imprimer vos références (en tant que bibliographie) à partir de l’onglet de la base de données active ou à partir du résultat des recherches suivez la démarche suivante :

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Cliquez sur le bouton d’impression et choisissez la commande File/Print Vous obtenez ainsi la boîte de dialogue d’impression ci-dessous

A partir de cette boîte de dialogue, vous pouvez choisir si vous souhaitez imprimer

toutes les références ou seulement les références cochées et utiliser la police et le style de votre choix.

Pour sélectionner le style de sortie voulu, cliquez sur le bouton Output Style. Une fois que votre choix est fait, cliquez sur Printer pour imprimer directement, sur Print Preview pour visualiser avant d’imprimer et sur File pour sauvegarder les références avant des les imprimer.

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CONSTRUCTION DE BIBLIOGRAPHIES

Barre de traitement de texte Reference Manager Ouvrir un document de traitement de texte Utiliser l’outil Reference Manager depuis votre traitement de texte Identifier les références à citer Créer le document final avec la liste de références bibliographiques

Barre de traitement de texte Reference Manager

Insert Citation Ce bouton permet d’insérer des références en faisant une recherche dans Reference Manager

Insert Marked Reference (s) Ce bouton permet d’insérer les références cochées ou surlignées dans Référence Manager

Instant Formatting Avec ce bouton, la bibliographie est générée simultanément lors de l’insertion de références

Generate Bibliography Ce bouton permet de générer la bibliographie et les citations sont automatiquement mises en forme.

Edit Citation (s) Ce bouton permet de corriger les références déjà insérées

Insert Notes Ce bouton permet d’insérer des notes

Edit Database Reference (s) Permet de corriger la référence sélectionnée dans Reference Manager

Revert to Original Text Remet les champs désactivés dans Word

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Remove Field Codes Retire les champs activés dans Word

Cite while you write preferences Ensemble de paramètre pour activer l’insertion automatique des références Help Aide Ouvrir un document de traitement de texte D’abord ouvrir dans Reference Manager, la base de données qui contient les références à insérer. Puis ouvrir un nouveau document Word. En principe vous devez avoir la barre d’outil Reference Manager affichée dans Word. Si vous ne l’avez pas, choisissez la commande Affichage Barre d’outils puis cochez Reference Manager . Positionnez-vous pendant quelques secondes sur chaque bouton de la barre et une aide contextuelle apparaît décrivant la fonctionnalité de l’outil. Utiliser l’outil Reference Manager depuis votre traitement de texte Quand vous écrivez un article, vous souhaitez citer des références particulières. Reference Manager, fournit 2 manières différentes d’insérer une citation dans votre document. Une fois la citation insérée, vous pouvez créer et modifier votre document final autant de fois que nécessaire. Identifier les références à citer

Sélectionner le premier bouton de la barre d’outils Reference Manager

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Par exemple saisissez un nom d’auteur ou un numero d’identification etc…à Search For et cliquer sur le bouton Perform Search . Reference Manager recherche la base de données et renvoie une liste de références trouvées s’il y a plus d’une référence qui correspond à la recherche. Puis cliquez à Insert

On peut aussi aussi utiliser le bouton Insert Marked References . Au préalable choisir une ou des références dans la base puis basculer dans le document word.

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Remarque : La bibliographie est générée simultanément avec l’insertion de références

grâce à la fonctionnalité Instant Formating défini par défaut à l’aide du

troisième bouton de la barre d’outils Reference Manager

Créer le document final avec la liste de références bibliographiques Une fois que les citations bibliographiques Reference Manager sont insérées, ils sont liés à la base de données dans Reference Manager et le document est mis en forme automatiquement. Le format de présentation est choisi parmi les styles disponibles (Output Style).

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Choisir le bouton Generate Bibliography de la barre d’outils Reference Manager

Sélectionner la liste de référence en fin de document, choisissez le style voulu et cliquez sur le bouton OK pour générer la bibliographie et vos citations sont automatiquement mise en forme. Remarque :

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Revert to Original Text Remet les champs désactivés dans Word Si l’on a écrit un article dans la version refman 9 et que entretemps on a acquis la version Refman 10, l’utilisation de cette commande permettra que notre article écrit avec la version antérieure soit mis à jour dans la nouvelle version de refman

Remove Field Codes Retire les champs activés dans Word Une fois notre article finalisé on peut activer cette commande pour obtenir une version sans champs qui sera proposé à l’éditeur. Un doublon nous est proposé et que l’on renomme, tout en conservant la version finalisée de son article avec champs.