Qui s’en occupe ?

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    27-Jan-2016
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La banque de données Swiss-Prot. Swiss-Prot@expasy.org. http://beta.uniprot.org. MALWMRLLPLLALLALWGPDPA AAFVNQHLCGSHLVEALYLVCG ERGFFYTPKTRREAEDLQVGQV ELGGGPGAGSLQPLALEGSLQK RGIVEQCCTSICSLYQLENYCN. C’est quoi ? Swiss-Prot est une banque de connaissances sur les protéines créée en 1986. - PowerPoint PPT Presentation

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  • Qui sen occupe ?pour entraner des programmes informatiques capables de reconnatre des rgions biologiquement importantes dans des squences de protines non caractrises(utiliser ce qui est connu pour orienter la recherche sur des protines inconnues)pour identifier des protines dans des chantillons biologiques(chercher des marqueurs de maladies, drug design, etc)Cest quoi ?Swiss-Prot est une banque de connaissances sur les protines cre en 1986.Elle compte actuellement plus de 290000 fiches (1 fiche par protine) et est disponible sur internet.Les protines connues actuellement sont composes de 2 34350 acides amins.Les chercheurs en laboratoire (acadmique et industriel)pour trouver des ressemblances entre les squences de protines (tudier lvolution des espces, etc)Les bioinformaciens qui crent des programmes de visualisation, danalyse et comparaison de squences, de prdiction, etcUne quipe de prs de 100 biologistes et informaticiens au service de la communaut scientifiquePour nous contacter: Swiss-Prot@expasy.orgLinsuline humaineModlisation de la structure tridimensionnelleCollaboration UniProt Suisse Grande-Bretagne USAa sert quoi ?

    aider le chercheur en laboratoire ou le bioinformaticien en mettant leur disposition une encyclopdie informatise de ce qui est connu sur les protines Qui peut lutiliser ?

    Tous ceux qui ont accs internet (accs libre) http://www.expasy.org/sprot/Le contenu de chaque fiche est la synthse des informations extraites de la littrature scientifique et de lutilisation doutils bioinformatiques. Le tout est valid et rgulirement ractualis par des biologistes.Liste de publications scientifiquesNom de la protineInformations taxonomiquesLiens vers des banques de donnes spcialisesMots-clsSquence en acides aminsInformations biologiquesUne protine peut avoir plusieurs noms et parfois des noms rigolos: Zinedine, Bigbrain, Timeless, Prospero, Ken and Barbie

    Swiss-Prot contient des protines provenant de environ 10000 espces, de lhomme la bactrie en passant par le mammouth et les plantes.Swiss-Prot possde des liens vers environ 100 banques de donnes spcialises. Plaque tournante de linformation biologique

  • 1986-2007

    Quelques exemples (extraits) de fiches

    (parmi les 290000 existantes)

  • 1986-2007

    Encyclopdie informatise des protines

    http://beta.uniprot.org

  • Nom de la protine: Neuropeptide GWaInformations taxonomiquesCommon cuttlefish (Seiche)Squence Informations biologiquesRgule les contractions de loviducte.

    Il sagit de la plus petite protine connueFiche no P83570GW

  • Nom de la protine: OcytocineInformations taxonomiques Lapin

    existe aussi dans dautres espcesSquence Informations biologiquesFavorise les contractions de lutrus,stimule lexpulsion du lait pendant la tte,implique dans la rgulation des rapports sociaux

    Stimule les contractions de lutrus au moment de laccouchement

    Fiche no P69043

    CYIQNCPLG

  • Ocytocine

  • Nom de la protine: InsulineInformations taxonomiques Homo sapiens (homme)

    existe aussi dans dautres espces

    Squence Informations biologiques Rgule le taux sanguin de sucre, en permetant lentre et le stockage du glucose (sucre) dans les cellulesFiche no P01308

    Linsuline est la premire protine avoir t entirement squence (Frederick Sanger en 1955, prix Nobel en 1958)MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN

  • Nom de la protine: Erythropoitine (EPO)Informations taxonomiques Homo sapiens (homme)

    existe aussi dans dautres espces

    Squence Informations biologiquesHormone implique dans la rgulation de la synthse des globules rouges certains lutilisent pour se doperFiche no P01588

  • Nom de la protine: Sex-determining region Y protein (SRY)Informations taxonomiques Homo sapiens (homme)

    existe aussi dans dautres espces

    Squence Informations biologiquesResponsable de linitiation de la diffrenciation sexuelle mle: sans elle, il ny aurait que des femmes. Fiche no Q05066

    MQSYASAMLSVFNSDDYSPAVQENIPALRRSSSFLCTESCNSKYQCETGENSKGNVQDRVKRPMNAFIVWSRDQRRKMALENPRMRNSEISKQLGYQWKMLTEAEKWPFFQEAQKLQAMHREKYPNYKYRPRRKAKMLPKNCSLLPADPASVLCSEVQLDNRLYRDDCTKATHSRMEHQLGHLPPINAASSPQQRDRYSHWTKL

  • SRY

  • Nom de la protine: CytochromeInformations taxonomiques MammouthSquence Informations biologiquesImplique dans la production dnergie

    Fiche no P92658

    MTHIRKSHPLLKILNKSFIDLPTPSNISTWWNFGSLLGACLITQILTGLFLAMHYTPDTMTAFSSMSHICRDVNYGWIIRQLHSNGASIFFLCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTDLVEWIWGGFSVDKATLNRFFALHFILPFTMIALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLGLLILILFLLLLALLSPDMLGDPDNYMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALLLSILILGIMPLLHTSKHRSMMLRPLSQVLFWTLATDLLMLTWIGSQPVEYPYIIIGQMASILYFSIILAFLPIAGMIENYLIK

    la squence de cette protine est connue dans beaucoup despces (~1250). Elle est souvent utilise pour construire des arbres phylogntiques (tude de lvolution des espces)

  • Cytochrome

  • Nom de la protine: RubisCOInformations taxonomiques Epinard

    existe aussi dans dautres espces de plantes

    Squence Informations biologiquesImplique dans la fabrication de loxygne partir de la lumire (photosynthse). . Cest la protine la plus abondante sur notre plante

    Fiche no P00875

    MSPQTETKAS VEFKAGVKDY KLTYYTPEYE TLDTDILAAF RVSPQPGVPP EEAGAAVAAE SSTGTWTTVW TDGLTNLDRY KGRCYHIEPV AGEENQYICY VAYPLDLFEE GSVTNMFTSI VGNVFGFKAL RALRLEDLRI PVAYVKTFQG PPHGIQVERD KLNKYGRPLL GCTIKPKLGL SAKNYGRAVY ECLRGGLDFT KDDENVNSQP FMRWRDRFLF CAEALYKAQA ETGEIKGHYL NATAGTCEDM MKRAVFAREL GVPIVMHDYL TGGFTANTTL SHYCRDNGLL LHIHRAMHAV IDRQKNHGMH FRVLAKALRL SGGDHIHSGT VVGKLEGERD ITLGFVDLLR DDYTEKDRSR GIYFTQSWVS TPGVLPVASG GIHVWHMPAL TEIFGDDSVL QFGGGTLGHP WGNAPGAVAN RVALEACVQA RNEGRDLARE GNTIIREATK WSPELAAACE VWKEIKFEFP AMDTV

  • Nom de la protine: Toxine botulinique (BOTOX)Informations taxonomiquesClostridium botulinum (Bactrie)Squence Informations biologiquesInhibiteur de la libration dun neurotransmetteur (actylcholine). Utilise en cosmtique pour paralyser les muscles de lexpression (lifting). Fiche no P10845

    PFVNKQFNYK DPVNGVDIAY IKIPNVGQMQ PVKAFKIHNK IWVIPERDTF TNPEEGDLNP PPEAKQVPVS YYDSTYLSTD NEKDNYLKGV TKLFERIYST DLGRMLLTSI VRGIPFWGGS TIDTELKVID TNCINVIQPD GSYRSEELNL VIIGPSADII QFECKSFGHE VLNLTRNGYG STQYIRFSPD FTFGFEESLE VDTNPLLGAG KFATDPAVTL AHELIHAGHR LYGIAINPNR VFKVNTNAYY EMSGLEVSFE ELRTFGGHDA KFIDSLQENE FRLYYYNKFK DIASTLNKAK SIVGTTASLQ YMKNVFKEKY LLSEDTSGKF SVDKLKFDKL YKMLTEIYTE DNFVKFFKVL NRKTYLNFDK AVFKINIVPK VNYTIYDGFN LRNTNLAANF NGQNTEINNM NFTKLKNFTG LFEFYKLLCV RGIITSKTKS LDKGYNKALN DLCIKVNNWD LFFSPSEDNF TNDLNKGEEI TSDTNIEAAE ENISLDLIQQ YYLTFNFDNE PENISIENLS SDIIGQLELM PNIERFPNGK KYELDKYTMF HYLRAQEFEH GKSRIALTNS VNEALLNPSR VYTFFSSDYV KKVNKATEAA MFLGWVEQLV YDFTDETSEV STTDKIADIT IIIPYIGPAL NIGNMLYKDD FVGALIFSGA VILLEFIPEI AIPVLGTFAL VSYIANKVLT VQTIDNALSK RNEKWDEVYK YIVTNWLAKV NTQIDLIRKK MKEALENQAE ATKAIINYQY NQYTEEEKNN INFNIDDLSS KLNESINKAM ININKFLNQC SVSYLMNSMI PYGVKRLEDF DASLKDALLK YIYDNRGTLI GQVDRLKDKV NNTLSTDIPF QLSKYVDNQR LLSTFTEYIK NIINTSILNL RYESNHLIDL SRYASKINIG SKVNFDPIDK NQIQLFNLES SKIEVILKNA IVYNSMYENF STSFWIRIPK YFNSISLNNE YTIINCMENN SGWKVSLNYG EIIWTLQDTQ EIKQRVVFKY SQMINISDYI NRWIFVTITN NRLNNSKIYI NGRLIDQKPI SNLGNIHASN NIMFKLDGCR DTHRYIWIKY FNLFDKELNE KEIKDLYDNQ SNSGILKDFW GDYLQYDKPY YMLNLYDPNK YVDVNNVGIR GYMYLKGPRG SVMTTNIYLN SSLYRGTKFI IKKYASGNKD NIVRNNDRVY INVVVKNKEY RLATNASQAG VEKILSALEI PDVGNLSQVV VMKSKNDQGI TNKCKMNLQD NNGNDIGFIG FHQFNNIAKL VASNWYNRQI ERSSRTLGCS WEFIPVDDGW GERPL

  • Nom de la protine: VitellognineInformations taxonomiques Poulet

    existe aussi dans dautres espces doiseaux

    Squence Informations biologiquesPrincipal constituant du blanc doeuf Fiche no P87498

    MRGLISALVL TLVGSQHLNY QPDFGENKVY TYNYESILFS GIPEKGLART GIRIRSEVEI SGIGPKLCLI RIHSIEAAEY NGIWPTSSFS RSLKLTQALT GQLSIPIKFE YSNGHVGNLM APDSVSDDGL NIYRGILNIL ELSLKKMQHS YSIQEAGIGG ICNTTYAIQE NKKANLVDVT KSKDLNSCEE KVQVVTGSAY TQPCQTCQQR NKNSRATATY NYKIKYTHNE AVITQAEVEE VHQFTPFHEI TGGNAIVEAR QKLALIEVQK QVAEVPPKEF QKRGSLQYQF GSELLQLPVH LFKIKDVERQ IEERLQDLVE TTYEQLPSDA PAKALKLMHL LRAANEENYE SVWKQFSSRP AYRRYLLDLL PAAASHRSLR FLRHKMERQE LTNWEIAQTV LVALHSSSPT QEVMEEATLI VKKHCPRSSS VLRKVCLLSY ASLCHKRCSS PYSCSECLQV FHVFAGEALG KSNIEEVLLA LKALGNVGHP ASIKHIKKFL PGYAAGASEL PLKVHETAVM ALKSIGMRDP QMVQAITLEI FLNHKIHPRI RMLAAVVLLE TKPGLPILMI LVDAVLKEPS MQVASFIYSH LRALGRSTAP DLQMMASACR MAVRALSPKF DRSGYQFSKV FRFSMFKEFL MSGLAAKYFV LNNAGSLIPT MAVSQLRTHF LGRVADPIEV GIAAEGLQEM FVRGYSPDKD WETNYDFREI LKKLSDWKAL PRDKPFASGY LKMFGQELLF GRLDKDTLQN VLQVWYGPDE KIPSIRRLIS SLQTGIGRQW TKALLLSEIR CIVPTCVGFP METSFYYSSV TKVAGNVQAQ ITPSPRSDFR LTELLNSNVR LRSKMSLSMA KHMTFVIGIN TNMIQAGLEA HTKVNAHVPV NVVATIQMKE KSIKAEIPPC KEETNLIIVS SKTFAVTRNI EDLAASKMTP VLLPEAVPDI MKMSFDSDSA SGETDNIRDR QSVEDVSSGN SFSFGHPSSG KEPFIQSMCS NASTFGVQVC IEKKSVHAAF IRNVPLYNAI GEHALRMSFK PVYSDVPIEK IQVTIQAGDQ APTKMVRLVT FEDPERQESS RKEVMKRVKK ILDDTDNQAT RNSRSSSSSA SSISESSEST TSTPSSSDSD NRASQGDPQI NLKSRQSKAN EKKFYPFGDS SSSGSSSSSS SSSSSSSDSS SSSRSSSSSD SSSSSSSSSS SSSSKSKSSS RSSKSNRSSS SSNSKDSSSS SSKSNSKGSS SSSSKASGTR QKAKKQSKTT SFPHASAAEG ERSVHEQKQE TQSSSSSSSR ASSNSRSTSS STSSSSESSG VSHRQWKQDR EAETKRVKSQ FNSHSSYDIP NEWETYLPKV YRLRFRSAHT HWHSGHRTSS SSSSSSSESG SSHSNSSSSD SSSRRSHMSD SSSSSSSHRH GEKAAHSSRR SPTSRAASAH HRPGSSLTRE RNFLGDVIPP GITIVAQAVR SDNRNQGYQA TAYVRSDAAK VDVQLVVV