Projet Informatique

Projet InformatiqueProjet Informatique

Dess BioinformatiqueDess Bioinformatique

Sabine CarnetSabine Carnetetet

Pierre MargueritePierre Marguerite

DESS BioInformatique DESS BioInformatique 2003-20042003-2004

Pierre MARGUERITE et Sabine Pierre MARGUERITE et Sabine CARNETCARNET

22

Le projetLe projet

Une application composée de quatre Une application composée de quatre services:services: Consultation d’une enzymeConsultation d’une enzyme Liste des enzymes apparaissant dans un Liste des enzymes apparaissant dans un

chemin de réactionschemin de réactions Liste des motifs contenant une enzymeListe des motifs contenant une enzyme Recherche d’un motif dans une Recherche d’un motif dans une

séquence protéiqueséquence protéique



33

PlanPlan

AnalyseAnalyse Cas d’utilisationCas d’utilisation Concepts métiersConcepts métiers

ConceptionConception Outils d’administrationOutils d’administration Outil de visualisationOutil de visualisation

ArchitectureArchitecture DémonstrationDémonstration ConclusionConclusion



44

Analyse du projetAnalyse du projet



55

AnalyseAnalyseCas d’utilisationCas d’utilisation

Consultation fonction enzymatique

Liste des enzymes

Visualiser lesmotifs Prosite

Recherche de motifsdans une séquence



66

AnalyseAnalyseConcept métiersConcept métiers

1..*

0..*1..*

1..*



77

ConceptionConception



88

ConceptionConception

Décomposition en deux parties:Décomposition en deux parties: Administration - Traitement et Administration - Traitement et

stockage des donnéesstockage des données

Utilisation - Visualisation des Utilisation - Visualisation des donnéesdonnées



99

ConceptionConceptionAdministrationAdministration

Fichier enzyme

Fichier XML Base de données

Analyseur

de la base Ligand

Analyseur

FichierXML et Remplissage BDD



1010

Analyseur base LigandENTRY EC 1.1.1.5ENTRY EC 1.1.1.5NAME acetoin dehydrogenaseNAME acetoin dehydrogenase diacetyl reductasediacetyl reductaseCLASS OxidoreductasesCLASS Oxidoreductases Acting on the CH-OH group of donorsActing on the CH-OH group of donors With NAD+ or NADP+ as acceptorWith NAD+ or NADP+ as acceptorSYSNAME acetoin:NAD oxidoreductaseSYSNAME acetoin:NAD oxidoreductaseREACTION acetoin + NAD = diacetyl + NADH2REACTION acetoin + NAD = diacetyl + NADH2SUBSTRATE acetoinSUBSTRATE acetoin NADNADPRODUCT diacetylPRODUCT diacetyl NADHNADHCOMMENT NADP also acts as acceptor.COMMENT NADP also acts as acceptor.REFERENCE 1 [UI:74290075]REFERENCE 1 [UI:74290075] Diez, V., Burgos, J. and Martin, R. Pigeon liver Diez, V., Burgos, J. and Martin, R. Pigeon liver

diacetyl diacetyl reductase: purification and some properties. reductase: purification and some properties.

Biochim. Biophys. Acta Biochim. Biophys. Acta 350 (1974) 253-262.350 (1974) 253-262. 22 Strecker, H.J. and Harary, I. Bacterial butylene glycol Strecker, H.J. and Harary, I. Bacterial butylene glycol dehydrogenase and diacetyl reductase. J. Biol. dehydrogenase and diacetyl reductase. J. Biol.

Chem. 211 (1954) Chem. 211 (1954) 263-270.263-270.PATHWAY PATH: MAP00650 Butanoate metabolismPATHWAY PATH: MAP00650 Butanoate metabolismORTHOLOG KO: K03366 acetoin dehydrogenaseORTHOLOG KO: K03366 acetoin dehydrogenaseGENES RNO: 171408(glb)GENES RNO: 171408(glb) SMU: SMU.1322(budC)SMU: SMU.1322(budC)MOTIF PS: PS00061 [LIVSPADNK]-x(12)-Y-[PSTAGNCV]-MOTIF PS: PS00061 [LIVSPADNK]-x(12)-Y-[PSTAGNCV]-

[STAGNQCIVM]-[STAGC]-K-[STAGNQCIVM]-[STAGC]-K- {PC}-[SAGFYR]-[LIVMSTAGD]-x(2)-{PC}-[SAGFYR]-[LIVMSTAGD]-x(2)-

[LIVMFYW]-x(3)-[LIVMFYW]-x(3)- [LIVMFYWGAPTHQ]-[GSACQRHM][LIVMFYWGAPTHQ]-[GSACQRHM]STRUCTURES PDB: 1GEG STRUCTURES PDB: 1GEG DBLINKS IUBMB Enzyme Nomenclature: 1.1.1.5DBLINKS IUBMB Enzyme Nomenclature: 1.1.1.5 ExPASy - ENZYME nomenclature database: 1.1.1.5ExPASy - ENZYME nomenclature database: 1.1.1.5 WIT (What Is There) Metabolic Reconstruction: WIT (What Is There) Metabolic Reconstruction:

1.1.1.51.1.1.5 BRENDA, the Enzyme Database: 1.1.1.5BRENDA, the Enzyme Database: 1.1.1.5 CAS: 9028-49-3CAS: 9028-49-3//////

<ENZYME><ENTRY>EC 1.1.1.5</ENTRY>

<NAME>acetoin dehydrogenase</NAME>

<CLASS>Oxidoreductases</CLASS><CLASS>Acting on the CH-OH group of donors</CLASS><CLASS>With NAD+ or NADP+ as acceptor</CLASS>

<SUB>acetoin</SUB>

<SUB>NAD</SUB>

<PRO>diacetyl</PRO>

<PRO>NADH</PRO>

<COM>NADP also acts as acceptor..</COM><PATH IDP="MAP00650">Butanoate metabolism</PATH>

<MOTIF IDM="PS00061">[LIVSPADNK]-x(12)-Y-[PSTAGNCV]-[STAGNQCIVM]-[STAGC]-K-{PC}-[SAGFYR]-[LIVMSTAGD]-x(2)-[LIVMFYW]-x(3)-[LIVMFYWGAPTHQ]-[GSACQRHM]</MOTIF>

<PDB>1GEG</PDB></ENZYME>



1111

Conception: administrationConception: administrationAnalyseur XMLAnalyseur XML



1212

Conception: AdministrationConception: AdministrationBase de donnéesBase de données



1313

Conception: UtilisationConception: Utilisation



1414

Les différents outilsLes différents outils

:AnalyseurBase

:BaseLigandKEGG

:FichierXML

:AnalyseurXML

:BaseDe

données :Interface

lit

crée

lit

remplit consulte



1515

ArchitectureArchitecture



1616

Architecture techniqueArchitecture technique

Perl: pour l’analyseur de la base Perl: pour l’analyseur de la base ligandligand

JAVA SAX: pour l’analyseur XMLJAVA SAX: pour l’analyseur XML

PostgreSQL: pour le remplissage PostgreSQL: pour le remplissage et la consultation de la base de et la consultation de la base de donnéesdonnées

JAVA Server Page (JSP): pour une JAVA Server Page (JSP): pour une interface WEB interface WEB

PS SCAN (Prosite): recherche de PS SCAN (Prosite): recherche de motifs dans une séquence motifs dans une séquence protéiqueprotéique



1717

DémonstrationDémonstration

http://192.168.5.196:8080/projet_info/index.jsp



1818

ConclusionConclusion

ApplicationApplication Problèmes rencontrésProblèmes rencontrés Améliorations possiblesAméliorations possibles

Apport du projetApport du projet Travail d’équipeTravail d’équipe Réalisation complète d’un projetRéalisation complète d’un projet



1919

??????

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Documents

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