POLYMORPHISME GENETIQUE

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    08-Jan-2016
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POLYMORPHISME GENETIQUE. LES DIFFERENTS TYPES DE MARQUEURS GENETIQUES. Marqueurs morphologiques Complexité d’analyse Influence de l’environnement Représentation partielle du génome Faible polymorphisme Expression tardifs des caractères Marqueurs biochimiques Complexité d’analyse - PowerPoint PPT Presentation

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  • POLYMORPHISME GENETIQUE

  • LES DIFFERENTS TYPES DE MARQUEURS GENETIQUES Marqueurs morphologiquesComplexit danalyseInfluence de lenvironnementReprsentation partielle du gnomeFaible polymorphismeExpression tardifs des caractresMarqueurs biochimiquesComplexit danalyseInfluence de lenvironnementReprsentation partielle du gnomeFaible polymorphismeExpression tardifs des caractresMarqueurs ADN

  • Localisation des marqueurs ADN

    ADN ChloroplastiqueADN mitochondrial Gne, ADNanonymeADN nuclaire

  • Les diffrents types de marqueurs polymorphes ADNPolymorphismes de longueur RFLPAFLPRAPDMinisatelliteMicrosatelliteMutation ponctuelle ou SNP

  • Dfinition et proprits des marqueurs

    Polymorphisme

    Liaison

  • PolymorphismeTaux 1 5% est fonction de: - Environnement - Composition du gnome (Hot spot, cite fragile etc.) - Mutations - Situation de la population (consanguinit, drive gntique, slection etc.)

  • PIC (polymorphisme information content)Varie de 0 1Proportion dindividus informatifs dans une population idaleInfluenc par:Nombre dalllesLe type de transmission du locus (dominant ou codominant)La composante de la famille en individus (homozygotes ou htrozygotes)

  • LiaisonAbsence de recombinaisonDistance gntique rduite (
  • Equilibre de liaison:

    Prsence de recombinaison

    Population en quilibre de H.W (absence de slection, migration, mutation ou drive gntique)

  • ORIGINE DU POLYMORPHISMEMutation ponctuelle

    Mutation large:InsertionDltionC.O ingauxSlippage Erreurs dans le systme de rparation de lADN

  • INTERT DUN MARQUEURPrcocit du typageRapidit dutilisationCot faibleDtermination du gnotype au marqueur possible chez tout animal Marqueurs ADN

  • DOMAINES DAPPLICATIONS Marqueurs trs polymorphesSAMMarqueurs lisCaractrisationMarqueurs lisCartographieMarqueurs lisClonage positionnelleCartographie dintervallePhylognieMarqueurs non lisPop de la mme espce (marqueurs microsatellites)Entre espces diffrentes (ex. gne Hox)Lig. Mat. (marq. Mito)

  • Marqueur moyennement polymorphe:Etude de caractrisation sur populations trs rduite en nombreEtude de caractrisation sur populations consanguinesEtude de caractrisation sur un faible chantillon

  • Comment palier a un problme dinformativit ?Situation:Rgion chromosomique importanteProblme:Absence de marqueurs polymorpheSolution:Haplotype (marqueur ADN gntiquement trs lis)

  • Stratgie dtablissement des cartes gntiquesConstitution dune collection dADN gnomique de familles de rfrence02 parents et 10 30 produits150 300 individus au total Recherche de marqueurs ADN par criblage de banque dADN gnomiqueTypage des individus du panel de rfrence pour les marqueurs tudisCentralisation des rsultats et analyse de liaison

  • RFLP Marqueur ADN

    Sonde ADN:RadioactifFluorescente Enzyme de restriction

  • Mcanisme de gnration du polymorphisme RFLPMutation ponctuelle

    InsertionTransposant Virus

    Duplication

  • Techniques de mise en videnceSouthern blot

    PCR/RFLP

  • Southern blotPrincipe de la techniqueDigestion de lADN par enzyme de restrictionElectrophorse sur gel dagaroseHybridation avec une sondeMise en videnceLimite de la techniqueQuantit dADN ToxicitNcessit de connatre la rgion tudi

  • PCR/RFLPPrincipeAmplification de lADNDigestion enzymatiqueElectrophorse sur gel dagaroseAvantage de la techniqueRapiditAutomatisation de la techniquePas de toxicit

  • CaractristiquesNombre dallle faibleNe reprsente quune faible proportion de la variabilit gntique

    Seules les mutations qui modifies un cite de restriction sont mise en vidence

  • Comment en peut palier au problme du polymorphisme?

    Les Haplotypes