POLYMORPHISME GENETIQUE

LES DIFFERENTS TYPES DE MARQUEURS GENETIQUES Marqueurs morphologiquesComplexit danalyseInfluence de lenvironnementReprsentation partielle du gnomeFaible polymorphismeExpression tardifs des caractresMarqueurs biochimiquesComplexit danalyseInfluence de lenvironnementReprsentation partielle du gnomeFaible polymorphismeExpression tardifs des caractresMarqueurs ADN

Localisation des marqueurs ADN

ADN ChloroplastiqueADN mitochondrial Gne, ADNanonymeADN nuclaire

Les diffrents types de marqueurs polymorphes ADNPolymorphismes de longueur RFLPAFLPRAPDMinisatelliteMicrosatelliteMutation ponctuelle ou SNP

Dfinition et proprits des marqueurs

Polymorphisme

Liaison

PolymorphismeTaux 1 5% est fonction de: - Environnement - Composition du gnome (Hot spot, cite fragile etc.) - Mutations - Situation de la population (consanguinit, drive gntique, slection etc.)

PIC (polymorphisme information content)Varie de 0 1Proportion dindividus informatifs dans une population idaleInfluenc par:Nombre dalllesLe type de transmission du locus (dominant ou codominant)La composante de la famille en individus (homozygotes ou htrozygotes)

LiaisonAbsence de recombinaisonDistance gntique rduite (

Equilibre de liaison:

Prsence de recombinaison

Population en quilibre de H.W (absence de slection, migration, mutation ou drive gntique)

ORIGINE DU POLYMORPHISMEMutation ponctuelle

Mutation large:InsertionDltionC.O ingauxSlippage Erreurs dans le systme de rparation de lADN

INTERT DUN MARQUEURPrcocit du typageRapidit dutilisationCot faibleDtermination du gnotype au marqueur possible chez tout animal Marqueurs ADN

DOMAINES DAPPLICATIONS Marqueurs trs polymorphesSAMMarqueurs lisCaractrisationMarqueurs lisCartographieMarqueurs lisClonage positionnelleCartographie dintervallePhylognieMarqueurs non lisPop de la mme espce (marqueurs microsatellites)Entre espces diffrentes (ex. gne Hox)Lig. Mat. (marq. Mito)

Marqueur moyennement polymorphe:Etude de caractrisation sur populations trs rduite en nombreEtude de caractrisation sur populations consanguinesEtude de caractrisation sur un faible chantillon

Comment palier a un problme dinformativit ?Situation:Rgion chromosomique importanteProblme:Absence de marqueurs polymorpheSolution:Haplotype (marqueur ADN gntiquement trs lis)

Stratgie dtablissement des cartes gntiquesConstitution dune collection dADN gnomique de familles de rfrence02 parents et 10 30 produits150 300 individus au total Recherche de marqueurs ADN par criblage de banque dADN gnomiqueTypage des individus du panel de rfrence pour les marqueurs tudisCentralisation des rsultats et analyse de liaison

RFLP Marqueur ADN

Sonde ADN:RadioactifFluorescente Enzyme de restriction

Mcanisme de gnration du polymorphisme RFLPMutation ponctuelle

InsertionTransposant Virus

Duplication

Techniques de mise en videnceSouthern blot

PCR/RFLP

Southern blotPrincipe de la techniqueDigestion de lADN par enzyme de restrictionElectrophorse sur gel dagaroseHybridation avec une sondeMise en videnceLimite de la techniqueQuantit dADN ToxicitNcessit de connatre la rgion tudi

PCR/RFLPPrincipeAmplification de lADNDigestion enzymatiqueElectrophorse sur gel dagaroseAvantage de la techniqueRapiditAutomatisation de la techniquePas de toxicit

CaractristiquesNombre dallle faibleNe reprsente quune faible proportion de la variabilit gntique

Seules les mutations qui modifies un cite de restriction sont mise en vidence

Comment en peut palier au problme du polymorphisme?

Les Haplotypes