POLYMORPHISME GENETIQUE
date post
08-Jan-2016Category
Documents
view
72download
3
Embed Size (px)
description
Transcript of POLYMORPHISME GENETIQUE
POLYMORPHISME GENETIQUE
LES DIFFERENTS TYPES DE MARQUEURS GENETIQUES Marqueurs morphologiquesComplexit danalyseInfluence de lenvironnementReprsentation partielle du gnomeFaible polymorphismeExpression tardifs des caractresMarqueurs biochimiquesComplexit danalyseInfluence de lenvironnementReprsentation partielle du gnomeFaible polymorphismeExpression tardifs des caractresMarqueurs ADN
Localisation des marqueurs ADN
ADN ChloroplastiqueADN mitochondrial Gne, ADNanonymeADN nuclaire
Les diffrents types de marqueurs polymorphes ADNPolymorphismes de longueur RFLPAFLPRAPDMinisatelliteMicrosatelliteMutation ponctuelle ou SNP
Dfinition et proprits des marqueurs
Polymorphisme
Liaison
PolymorphismeTaux 1 5% est fonction de: - Environnement - Composition du gnome (Hot spot, cite fragile etc.) - Mutations - Situation de la population (consanguinit, drive gntique, slection etc.)
PIC (polymorphisme information content)Varie de 0 1Proportion dindividus informatifs dans une population idaleInfluenc par:Nombre dalllesLe type de transmission du locus (dominant ou codominant)La composante de la famille en individus (homozygotes ou htrozygotes)
- LiaisonAbsence de recombinaisonDistance gntique rduite (
Equilibre de liaison:
Prsence de recombinaison
Population en quilibre de H.W (absence de slection, migration, mutation ou drive gntique)
ORIGINE DU POLYMORPHISMEMutation ponctuelle
Mutation large:InsertionDltionC.O ingauxSlippage Erreurs dans le systme de rparation de lADN
INTERT DUN MARQUEURPrcocit du typageRapidit dutilisationCot faibleDtermination du gnotype au marqueur possible chez tout animal Marqueurs ADN
DOMAINES DAPPLICATIONS Marqueurs trs polymorphesSAMMarqueurs lisCaractrisationMarqueurs lisCartographieMarqueurs lisClonage positionnelleCartographie dintervallePhylognieMarqueurs non lisPop de la mme espce (marqueurs microsatellites)Entre espces diffrentes (ex. gne Hox)Lig. Mat. (marq. Mito)
Marqueur moyennement polymorphe:Etude de caractrisation sur populations trs rduite en nombreEtude de caractrisation sur populations consanguinesEtude de caractrisation sur un faible chantillon
Comment palier a un problme dinformativit ?Situation:Rgion chromosomique importanteProblme:Absence de marqueurs polymorpheSolution:Haplotype (marqueur ADN gntiquement trs lis)
Stratgie dtablissement des cartes gntiquesConstitution dune collection dADN gnomique de familles de rfrence02 parents et 10 30 produits150 300 individus au total Recherche de marqueurs ADN par criblage de banque dADN gnomiqueTypage des individus du panel de rfrence pour les marqueurs tudisCentralisation des rsultats et analyse de liaison
RFLP Marqueur ADN
Sonde ADN:RadioactifFluorescente Enzyme de restriction
Mcanisme de gnration du polymorphisme RFLPMutation ponctuelle
InsertionTransposant Virus
Duplication
Techniques de mise en videnceSouthern blot
PCR/RFLP
Southern blotPrincipe de la techniqueDigestion de lADN par enzyme de restrictionElectrophorse sur gel dagaroseHybridation avec une sondeMise en videnceLimite de la techniqueQuantit dADN ToxicitNcessit de connatre la rgion tudi
PCR/RFLPPrincipeAmplification de lADNDigestion enzymatiqueElectrophorse sur gel dagaroseAvantage de la techniqueRapiditAutomatisation de la techniquePas de toxicit
CaractristiquesNombre dallle faibleNe reprsente quune faible proportion de la variabilit gntique
Seules les mutations qui modifies un cite de restriction sont mise en vidence
Comment en peut palier au problme du polymorphisme?
Les Haplotypes