Plone per applicazioni web tecnico‑scientifiche

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Milano, 28/4/2010 Plone per applicazioni web tecnicoscientifiche Ivan Rossi – BioDec S.r.l.

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Plone come framework applicativo in un settore di punta. la bioinformatica

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Plone per applicazioni web tecnico‑scientifiche

Ivan Rossi – BioDec S.r.l.

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Cosa fa BioDec ...

BioDec S.r.l.Via Calzavecchio 20/2

40033 Casalecchio di Reno (BO)[email protected]

Software e consulenza in Bioinformatica

Applicazioni web tecnico scientifiche‑

Sistemistica Unix/Linux

Software e consulenza in Bioinformatica

Applicazioni web tecnico scientifiche‑

Sistemistica Unix/Linux

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Gestione dati tecnici: ma perché?

● I tecnici lavorano per la produzione dei dati, la loro visualizzazione e gestione non sono percepite altrettanto prioritarie

... però ...● Spesso i dati devono

essere fruiti da chi tanto tecnico non è

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... OK, ma quando? ...● In presenza di dati strutturati

– Sappiamo ogni volta che “forma” hanno

● Quando non tutto deve essere visibile a tutti– Una parte dei dati sono confidenziali

– Esiste una distinzione di ruoli tra chi accede ai dati

● Quando il processo di analisi è definito– Esiste un “protocollo” da seguire

● Quando i file Excel è troppo grande o sono >1!– Gli spreadsheet servono per fare prototipi

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... cioè? Fammi un esempio ...

Gestione dati strumentali (LIMS)● Monitoraggio apparecchiature, anche distribuite● Aggregazione dati da sorgenti diverse● Taratura strumentazioni● Implementazione di protocolli di analisi● Calcolo e visualizzazione di dati derivati● Ricerca dati storici

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Esempi

● BioDec BMS: Raccolta di analisi su composti confidenziali effettuata da fornitore esterno

● BioDec BMS: integrazione dati di laboratorio (biologia molecolare) con database di informazioni accessorie

● Haplone: database di dati speciali, che necessitano del calcolo di quantità derivate

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Analisi da fornitore esterno

Requisiti fondamentali● Fornitore e committente sono in città diverse

(MI e RM): trasmissione crittata via Internet.● Il fornitore non deve conoscere dettagli sul

composto (patent pending)● Il fornitore deve avere accesso solo ai composti

di sua competenza.● Analisi specifica (IHC)

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BioDec BMS

● Integrazione dati di laboratorio (biologia molecolare) con database di informazioni accessorie (proprietà biosequenze)

● Gestione di protocolli di analisi● Ricerca e organizzazione dati● Cross-linking tra dati e piattaforma collaborativa● Browser di biosequenze rilasciato free

(GPL, http://plone4bio.org)

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Haplone

● Dati sensibili: dati personali e genetici● Calcolo di dati derivati (genealogie, aplogruppi)● Inserimento dati sia manuale che massivo● Validazione dati inseriti● Ricerca sottoinsiemi di dati e loro export● Statistiche sugli insiemi selezionati

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BioDec S.r.l.Via Calzavecchio 20/2

40033 Casalecchio di Reno (BO)

Email: [email protected]: www.biodec.comTelefono: 051-0548263

Grazie per l'attenzione!