Plateforme Métabolisme- Metabolome Conseil de la Recherche, 28 octobre 2010.
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Plateforme Métabolisme-Metabolome
Conseil de la Recherche, 28 octobre 2010
Age :Officiellement
inaugurée en 2006
Localisation : IBP
Personnel (5) :2 IE, 1 IR, 1 AI, 1 T
(CNRS ou UPS)
Prestations : isotopiques et
métabol(om)iques
Tutelle : IFR87La plante et son environnement
ISVINRA MoulonESEIBP
Constitution de la Plateforme
1995 1999 fin 2004 2005 2006 2007 2008 2009
1er spectromètre de masse isotopique
(E. Deléens) IE U
PS 2nd spectromètre de
masse isotopique (J. Ghashghaie)
LCs et TOF-MS
(JL Prioul G. Noctor)
TOF-MS(G Tcherkez JL Prioul G
Noctor)IE C
NR
S
IE U
PS
AI
CN
RS
IR CNRS(Mvt Int.)
T C
NR
S
départ
Prestations isotopiques (IBP)
Prestations métabolome
Types d’analyses réalisées
Isotopes (13C/12C, 15N/14N):Gaz ou matière organique (EA-IRMS) ou composés purifiés (HPLC-EA-IRMS)
Extraits dérivés, dans un solvant: GC-C-IRMS. Analyses à façon uniquement.
Metabol(om)ique:Analyse TOF d’extraits dérivés, dans un solvant : GC-TOFQuantification absolue des amino-acides et pyridine
nucléotides: HPLC and UPLCAnalyse TOF d’extraits aqueux: LC-TOF.
Axées surtout sur la spectrométrie de masseTOF ou magnétique
Exercice
2006 2007 2008 2009 2010
CA
(eu
ros
an-1
)
0
10000
20000
30000
40000
50000
60000
Chiffre d’affaire
IFR87
IDF (Astre, Sesame)
BQRPraecipium ANR
PPF + other UPS
CNRS
Financement de l’équipement(cumulé sur les 6 dernières années
soit 815 000 €)
Santé financière de la Plateforme
A rajouter en 2008-2009: PRES UniverSud« Réseau métabolome »
Techniquement, l’entité financière de la Plateforme est une convention du SAIC et donc souffre du non-report des crédits d’une année sur l’autre
Utilisation du chiffre d’affaire: fonctionnement, petits renouvellements, réparations
Diffusion
Site internet
Plaquette publicitaire d’information
Séminaires et affiches de présentationJournée IFR87, Journées Inter-IFR, INRA Versailles, Réseau Français de Fluxomique,…
Affiliation des articles scientifiques
www.pmm.u-psud.fr
Démarche qualité
Plateforme sous démarche-qualitéManuel-qualité et maîtrise documentaireProcédures obligatoires ISO 9001 en placeCDD-qualiticien 2me semestre 2009 (contrat IFR)Amélioration hygiène et sécurité (en cours)
Evaluateurs de qualité positifsQuestionnaire de satisfaction client (chaque mois de Juin)Suivi de fidélité des clientsQualité scientifique : publications (2005-2009, 30 pub. indiquant la
Plateforme explicitement ou dans les acknowledgements)
Qualité technique : comparaison d’analyses (INRA Versailles, LSCE, fournisseur)
CouverturePC&E
Thématiques de recherche impliquant de près la Plateforme
- Membres du comité exécutif: opération et régulation du métabolisme primaireBilans isotopiques et respiration (J. Ghashghaie)Fluxomique du métabolisme carboné primaire et respiration (G. Tcherkez)Interactions entre métabolismes du C et N (G. Tcherkez & M. Hodges)Mécanismes réactionnels d’enzymes-clef (G. Tcherkez)Metabolomique, signalisation oxydative et régulation (G. Noctor)
-Autres équipes: caractérisations métaboliques et physiologiques, bilans de carbone des écosystèmesCaractérisation métabolique de mutants développementaux ou respiratoires (A. thaliana, Maïs, Tabac, etc.): INRA de Versailles et du Moulon, ENS-Lyon, IBP,…Bilans carbonés isotopiques à l’échelle de l’écosystème et de l’arbre: ESE, LSCE-CEA SaclayRadioprotection et diagnostic des sites nucléaires: ISRN Qualité et résistance à la sécheresse chez le blé : ArvalisDynamique de la sédimentation lacustre: Sc. de la Terre UPS
Développements envisagés
1- Optimisation informatique
Données d’acquisition métabolomique
Extraction des donnéesCompilation
Vérifications, intégrationStatistique
Résultats client
ArchivageBase de donnéesConsultable/interrogeable
Support et facilitation du traitement de données internesConsultation des plateformes partenaires
Réseau Métabolome PRES 2009(50 000 €)
2- Spectrométrie RMN à vocation métabolique (et non structurale)
IRMS : abondances naturelles, engagements métaboliques inférés, contributions de plusieurs sources de C ou N, etc.
Aspect fluxome et compositions isotopiques positionnelles: font défaut Traçage métabolique, interactions 13C/15N ou 13C/D, fluxome avec le marquage 13C, phosphorylome avec la 31P-RMN, métabolisme in vivo
Projet Sésame en cours d’évaluation (45% du montant)
55% restants à trouver !
Principaux plateaux techniques isotopiques métabolomiques fluxomiques/RMN métabolique
ULP Strasbourg
INRA/UBP Clermont
INRA Bordeaux
Univ. Bordeaux II
Univ. Nantes
-Association des différentes techniques sur une même plateforme
-La fluxomique en ferait un pôle unique francilien
INRA Versailles
Caen
Univ. Lille
CEA Grenoble
CEF Montpellier
INRA NancyINA-PG
PMM
Univ. Marseille
Univ. Rennes
Conclusion et perspectives
Plateforme qui s’est bien développée ces dernières années, notamment grâce à l’IFR87 et aux collectivités locales (équipement)
Autonome pour financer son fonctionnement (sur marge du chiffre d’affaire) mais pas pour l’équipement.
Budget pour équipements supplémentaires ou renouvellement : IFR 87 renouvelé : on verrasur projets (Astre, Sésame, PRES, etc.)devient urgent pour un spectro isotopique (qui a 20 ans)
Potentialités du label IBISA ?extrêmes difficultés d’appréhender le comité GIS-IBISA et leurs
attentes