PAGés -...

Plateforme d’Analyse des Glycoconjugués PAGés

Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UMR 8576 du CNRS (Dir. Pr C. D’Hulst)

http://plateforme-pages.univ-lille1.fr/

Journée Plateformes de la FRABio Décembre 2015

Les Plates-formes : définition officielle (IBiSA)

Une plate-forme est le regroupement sur un même site des équipements et des moyens humains destinés à offrir à une

communauté d’utilisateurs des ressources technologiques de haut niveau

PAGés

Présentation PAGés à la journée plateforme à la FRABio Décembre 2015

PLATEFORME DE COMPÉTENCES AU SERVICE DES

LABORATOIRES DE RECHERCHE

ANALYSES DE GLYCANNES ET GLYCOCONJUGUÉS

GLYCOMICS

PAGés fait partie de la Plateforme de Protéomique et Spectrométrie de Masse des Plateformes Lilloises de Biologie et Santé (projet IDEX)

Glycothèque

COMPÉTENCES I : LES OUTILS

PAGés (Bat C9 215)

HPLCs

(classique et µLC et nLC)

(C9)

Sites Internet

Spectromètres de masse

LC-MS (amazon speed)

GC-MS (quadripole)

MALDI-TOF-TOF (2016)

(C9)

Chromatographes GC

(C9) Plateforme

RMN

IR-THC-RMN

(C4)

Chimie des sucres

(C9 217)

Plateforme Spectrométrie

de masse

(C4)

http://www.plateforme-pages.univ-lille1.fr

http://www.glycobase.univ-lille1.fr






http://glycobase.univ-lille1.fr/base/



Chromatographies gaz, liquides

(B. Coddeville, Y. Guérardel, F. Krzewinski, E. Maes, N. Yamakawa)

PAGés Resp. Sci. : Y. Guérardel

Resp. Tech. : E. Maes

Formations (B. Coddeville, Y. Guerardel, F. Krzewinski,

E. Maes, N. Yamakawa)

8 personnels Bernadette Coddeville (IGR)

Yann Guérardel (DR) Frédéric Krzewinski (MCF)

Emmanuel Maes (IR) Dounia Mouajjah (IE) Olga Plechakova (IGR) Martine Ratacjzak (IE)

Xavier Trivelli (IGR) Nao Yamakawa (IE) Spectrométrie de

masse (B. Coddeville, Y. Guérardel, F.

Krzewinski, E. Maes, D. Mouajjah, N. Yamakawa)

RMN (Y. Guérardel, E. Maes, X.

Trivelli)

Chimie des Sucres (B. Coddeville, Y. Guérardel, F.

Krzewinski, E. Maes, N. Yamakawa)

COMPÉTENCES II : LES PERSONNELS

« Bio» Informatique (O. Plechakova, E. Maes, F. Krzewinski)

Achat MALDI TOF/TOF 2016

IR-RMN THC


Administratif M. Ratacjzak, F. Krzewinski, E.

Maes, Y Guérardel

Démarche Qualité tous

HPLC

Ab

s 2

06

nm

Séparation moléculaire Purification

Analyses

RMN Spectrométrie de masse GC-MS

Phases normale, inverse, ionique …


CHROMATOGRAPHIES EN PHASE GAZEUSE

Echantillon

Modifications chimiques

Composition en monosaccharides Analyses de liaisons

GC-FID


SPECTROMÈTRES DE MASSE : « GLYCOMICS MATCHED »

AmaZon Speed EDT (Bruker®) infusion ou couplé à une nano et une micro-LC

GC –MS/MS Thermofischer (2KDa)

Echantillon (natif ou permethylé)

Echantillon dérivé chimiquement

monochargé dichargé

Ex : Hex6GNAc2 perMethylé

extraction

attribution

Séquence Masse moléculaire

Composition Analyse de liaisons

GC-TIC MS

SPECTROMÈTRES DE MASSE DU PLATEAU DE LILLE1

4800 plus MALDI TOF/TOF

Echantillon

Masse moléculaire

Séquences

Natifs ou permethylés


SPECTROMÈTRES DE RMN DE LA PLATEFORME

LILLE1

RMN800 du CCM

+ + + + = 21,223 (+/- 0,02) Indice

SOACS-ol

Déplacements chimiques

Détermination de la séquence glycannique


RMN800 du CCM

RMN400 du CCM

CHIMIE DES SUCRES

Dérivations des sucres

Hydrolyses

Modifications

Dégradation enzymatiques ou chimiques

…

Analyses


SITES INTERNET

PAGÉS (I)

Informations actualisées

Partie indispensable : Cœur des activités PAGés

Archives des articles publiés sur le site, informations générales etc…

Informations générales

EXTRANET

INTRANET

IBiSA Institutionnels Partenaires

SITES INTERNET PAGÉS (II) DÉMARCHE QUALITÉ

INTRANET

Suivi des dossiers en temps réel

Informations relatives au

travail en cours


SITES INTERNET PAGÉS (III) DÉMARCHE QUALITÉ

Client


SITES INTERNET PAGÉS (IV) STATISTIQUES AU 20/11/15


SITES INTERNET GLYCOBASE (I)

Base de données de spectres RMN et sa Glycothèque associée

Partenaires

FR3688

Emmanuel Maes (UMR8576) Examen professionnel pour le grade IRHC, Meudon, novembre 2014

SITE INTERNET GLYCOBASE (II)

Base de données de spectres RMN et sa Glycothèque associée

PRINCIPE ET APPLICATIONS

La Glycobase est connectée avec le consortium GlycomeDB et elle utilise la nomenclature de

l’autre banque de données de référence la Sweet-DB.

Format écriture séquence

international (glycome DB,

BCSDB…)


ADMINISTRATIF (I) FONCTIONNEMENT

Privés Académiques Externes

Internes

Prestations

Contrats de collaboration Collaborations

Collaborations Développements

technologiques

La charte d’utilisation de la plateforme est disponible sur le site Internet !


ADMINISTRATIF (II) FONCTIONNEMENT

Externes

1- Demande

Fiche Projet

Q

F

Q

2- Réflexion interne

2.1 - Oui/Non

2.2 - Répartition

2.3 - Devis sur coûts complets

3- Proposition devis n° PAGXXXXX

4- Contrat 5- Rapport

L’attribution d’un N° PAGXXXXX est utilisé pour tous les mouvements d’informations entre les personnels PAGés et entre PAGés et le client !


ADMINISTRATIF (III) FONCTIONNEMENT

Internes

1- Demande d’analyse et/ou

Fiche Projet

Q

F

Q

2- Réflexion interne

21 - Oui/Non

22 – Répartition entre les

personnels

23 – Estimation des coûts,

sans facturation

3- Accord de prise

en charge N° PAGXXXXX

4- Rapport

L’attribution d’un N° PAGXXXXX est utilisé pour tous les mouvements d’informations entre les personnels PAGés et entre PAGés et le client !


ADMINISTRATIF (IV)

Contrôle

Validation

Devis

Bon de Commande Client

Bo

n d

e C

om

man

de

Dev

is

Devis 1

2

3

4 5

6


PAGés -...

Documents

Transcript of PAGés -...