NetBioDyn Et la modélisation multiagents
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NetBioDynEt
la modélisation multiagents
Application à la modélisation de quelques phénomènes immunitaires
Les ressources?
• Le logiciel: un applet Java en ligne ou en local
http://acces.inrp.fr/acces/logiciels/externes/netbiodyn/logiciel-et-ressources
• Les modèleshttp://acces.inrp.fr/acces/ressources/sante/reponse-immunitaire/ressources/biodyn/
• Les pistes d’exploitation pédagogique:http://acces.inrp
.fr/acces/ressources/sante/reponse-immunitaire/enseigner/enseigner-avec-netbiodyn/
• Des didacticiels
QuickTime™ et undécompresseur
sont requis pour visionner cette image.
QuickTime™ et undécompresseur
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Pourquoi modéliser?
1. Utiliser un modèle pour simuler une manipulation non réalisable in vivo
2. Utiliser un modèle pour discuter d’un protocole à mettre en œuvre
3. Utiliser un modèle pour synthétiser des connaissances
4. Construire un modèle
Principe de la modélisation multiagents
Chaque agent• est une entité informatique
représentant une entité biologique • possède des comportements • est capable d'interactions avec
d’autres entités
Créer un système biologique avec plusieurs agents évoluant au cours du temps
1. Simuler une expérience
On sait: Les LT4 sont les pivots des réactions immunitaires acquises. On a mis en évidence la nécessité des LT4 pour la production d'anticorps.
Par quel moyen les LT4 interviennent-ils dans la différenciation des LB en plasmocytes sécréteurs d'anticorps.
Le rôle des LT4
QuickTime™ et undécompresseur
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Utilisation du dispositif de Marbrook
On extrait des lymphocytes B et T de la rate d’une souris préalablement mise en contact avec un antigène Z soluble.
Tester une hypothèseL’activation des LB se fait par contact avec les LT4
Modèle marbrook
Entités et comportements
Lba + iL -------> Lba +LBa
LT4a --------> LT4a + iL
Lba + iL ------->Plasmocyte
2. Simuler pour bâtir un protocole
Comment mettre en évidence une séropositivité?(Test ELISA)
Monter un protocole (avant de le mettre en œuvre)
3. Un modèle pour synthétiser des connaissances
Humeur…
4. Créer son modèle
Définir ses entitésNomImagevisible ou non dans le panel
Donner un comportement à Chacune
Montrer que la phagocytose est plus efficace si des anticorps spécifiques sont présents