UNIVERSITE DE OUAGADOUGOU BURKINA FASO

Unité de Formation et de Recherche en UNITE – PROGRES - JUSTICE

Sciences de la Vie et de la Terre (UFR/SVT)

Département de Biochimie-Microbiologie CERBA/LABIOGENE

UFR/SVT

Diplôme d’Etudes Approfondies en Génétique

Spécialité : Sciences Biologiques Appliquées

Par : KABORE Michel

Maître ès Sciences Biologiques

SUR LE THEME :

Soutenu le 23 Juillet 2012 devant le jury :

Président : Pr Jean Didier ZONGO, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou

Membres : Pr Jacques SIMPORE, Professeur Titulaire, Université de Ouagadougou

: Dr Guiguigbaza-K. DAYO, Chargé de Recherches, CIRDES, Bobo Dioulasso

Etude de la diversité génétique des taurins Baoulé du Burkina

Faso à l’aide de marqueurs microsatellites

i

Dédicace Je dédie ce modeste travail :

A mon père et à ma mère

A mes frères et sœurs

A ma bien aimée Jeannette Ouédraogo

ii

REMERCIEMENTS

Nous adressons nos sincères remerciements :

Au Professeur Jean-Didier ZONGO, Professeur Titulaire de Génétique à l’Université de

Ouagadougou, Responsable du Laboratoire de Génétique et de Biotechnologie Végétales,

notre Co-Directeur de mémoire. Nous sommes très marqué de l’honneur que vous nous avez

fait en nous acceptant dans votre laboratoire. Ce travail a été réalisé grâce à votre

encadrement scientifique et de votre soutien multiforme ;

Au Professeur Jacques SIMPORE, Professeur Titulaire de Génétique et de Biologie

moléculaires à l’Université de Ouagadougou, Directeur du CERBA/LABIOGENE, Directeur

du laboratoire du CMSC, Recteur de l’Université Saint Thomas d’Aquin, notre Directeur de

mémoire. Nous sommes très reconnaissant pour le privilège que vous nous avez accordé en

nous acceptant dans votre laboratoire. Nous avons bénéficié de votre soutien combien

important à ce travail malgré vos multiples responsabilités ;

Au Docteur Guiguigbaza-Kossigan DAYO, Chargé de recherches, Responsable de la plateforme

de Biotechnologies/CIRDES à Bobo Dioulasso, notre Maître de stage, pour avoir proposé le

sujet et le protocole de recherche. Ce travail ne saurait été réalisé sans votre appui technique,

votre encadrement, votre disponibilité ainsi que vos riches conseils et soutien moral ;

A l’ONUDI (Programme Qualité du CIRDES) qui a financé nos travaux de recherche. Merci

pour vos bonnes initiatives et votre détermination à faire avancer la recherche au sein de nos

pays ;

A la Direction Générale du CIRDES pour nous avoir accepté dans le dit Centre ;

A tous les Professeurs de l’UFR/SVT de l’Université de Ouagadougou pour les énormes

sacrifices consentis pour notre formation ;

Au Dr BENGALY Zakaria, Directeur Scientifique et Responsable Qualité du CIRDES, pour

sa sympathie, ses conseils et son soutien ;

Au Dr BANCE, responsable de la Cellule Communication et Formation (CCFOR) du

CIRDES, pour son appui et ses conseils ;

A tous les techniciens de laboratoire du CIRDES particulièrement aux techniciens SYLLA

Souleymane et KONKOBO Maurice de la plateforme de génotypage, pour le soutien

technique que nous avons bénéficié de leur part lors de nos manipulations au laboratoire ;

iii

Au Docteur Jacques KABORE ainsi qu’à Monsieur Laurent SAWADOGO du CIRDES pour

l’amour fraternel qu’ils ont manifesté à notre égard ;

A tout le personnel et stagiaires du CIRDES pour leur franche collaboration ;

Au Professeur Mahamoudou SAWADOGO du Laboratoire de Génétique et de

Biotechnologie Végétales pour ses conseils et sa sociabilité ;

Au Docteur BATIONO ainsi qu’au Docteur Romaric NANEMA du Laboratoire de Génétique

et de Biotechnologie Végétales pour leur encadrement, leur soutien et leur conseil ;

Aux Doctorants du Laboratoire de Génétique et de Biotechnologie Végétales pour leur

franche collaboration et leur soutien ;

A Neerbéwendé SAWADOGO pour la solidarité qu’il a manifesté à notre égard;

A tous mes promotionnaires et étudiants du Laboratoire de Génétique et de Biotechnologie

Végétales pour le partage, le soutien mutuel et la fraternité qu’ils entretiennent ;

Au Pasteur Michel OUEDRAOGO de l’Eglise EBEN-EZER de Bobo-Dioulasso et son

épouse pour l’accueil chaleureux et les conseils que nous avons bénéficiés de leur part ;

A mes frères et sœurs choristes des églises respectives Temple Emmanuel (Ouagadougou) et

Eben-Ezer (Bobo-Dioulasso) pour leur soutien spirituel ;

A tous mes amis pour le soutien et la solidarité qu’ils ont manifesté à notre égard ; A mes oncles, tantes et cousins pour leur soutien combien important ;

A tous ceux qui de loin ou de près ont contribué d’une manière ou d’une autre à la réalisation

de ce travail ; merci infiniment et soyez-en récompensés au centuple.

iv

TABLE DES MATIERES

Dédicace-----------------------------------------------------------------------------------------------------i

Remerciements---------------------------------------------------------------------------------------------ii

Résumé----------------------------------------------------------------------------------------------------vii

Abstract---------------------------------------------------------------------------------------------------viii

Sigles et abréviations-------------------------------------------------------------------------------------ix

Liste des tableaux------------------------------------------------------------------------------------------x

Liste des figures et photos-------------------------------------------------------------------------------xi

Liste des figures-------------------------------------------------------------------------------------------xi

Liste des photos-------------------------------------------------------------------------------------------xi

Liste des annexes-----------------------------------------------------------------------------------------xii

INTRODUCTION GENERALE ------------------------------------------------------------------------ 1

PREMIERE PARTIE : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE --------------------------------------- 3

CHAPITRE I : ETAT DES RESSOURCES GENETIQUES ANIMALES DOMESTIQUES

EN AFRIQUE DE L’OUEST --------------------------------------------------------------------------- 4

1. Effectifs globaux ---------------------------------------------------------------------------------------- 4

2. Caractéristiques des races bovines exploitées ------------------------------------------------------ 4

2.1. Taurins ---------------------------------------------------------------------------------------------- 6

2.1.1 Taurins à longues cornes --------------------------------------------------------------------- 8

2.1.2 Taurins à courtes cornes ---------------------------------------------------------------------- 9

2.2 Zébus ------------------------------------------------------------------------------------------------ 10

2.3 Produits de croisement entre zébus et taurins ------------------------------------------------- 13

2.4 Programmes d’amélioration génétique et de conservation des RGA ---------------------- 14

3. Systèmes d’élevage ------------------------------------------------------------------------------------ 14

3.1. Système traditionnel ou extensif --------------------------------------------------------------- 14

3.2. Système amélioré ou intensif ------------------------------------------------------------------- 15

4. Situation de l’élevage au Burkina Faso------------------------------------------------------------- 15

4.1 Brève présentation du Burkina Faso ------------------------------------------------------------ 15

4.2 Etat des ressources génétiques animales ------------------------------------------------------- 16

4.2.1 Effectifs et aires de répartition ------------------------------------------------------------- 16

4.2.2 Races bovines locales ------------------------------------------------------------------------ 17

4.2.3 Races bovines importées -------------------------------------------------------------------- 17

4.3. Importance de l'élevage -------------------------------------------------------------------------- 17

4.4. Contraintes au développement de l'élevage --------------------------------------------------- 18

4.5 Généralités sur le taurin Baoulé ----------------------------------------------------------------- 19

4.5.1 Berceau et aire de répartition --------------------------------------------------------------- 19

4.5.2 Morphologie ---------------------------------------------------------------------------------- 19

4.5.3 Performances zootechniques --------------------------------------------------------------- 20

4.5.4 Résistance aux trypanosomoses : la trypanotolérance ---------------------------------- 20

4.6. Arguments en faveur de la conservation et de la valorisation de la race Baoulé -------- 21

Conclusion partielle--------------------------------------------------------------------------------------22

CHAPITRE II : METHODES DE CARACTERISATION DES ANIMAUX D’ELEVAGE 23

1. Méthodes morphobiométriques ---------------------------------------------------------------------- 23

2. Méthodes immunogénétiques ------------------------------------------------------------------------ 24

v

2.1 Nature et polymorphisme des groupes sanguins ---------------------------------------------- 24

2.2 Polymorphisme des protéines ------------------------------------------------------------------- 24

2.2.1 Protéines du sang ----------------------------------------------------------------------------- 24

2.2.2 Polymorphisme des protéines du lait ------------------------------------------------------ 26

3. Méthodes cytogénétiques ----------------------------------------------------------------------------- 26

4. Méthodes moléculaires ------------------------------------------------------------------------------- 27

4.1. Définition d’un marqueur génétique ----------------------------------------------------------- 27

4.2. Définition des marqueurs microsatellites ----------------------------------------------------- 27

4.3. Propriétés et applications des marqueurs microsatellites ----------------------------------- 28

4.3.1 Propriétés -------------------------------------------------------------------------------------- 28

4.3.2 Applications des marqueurs microsatellites ---------------------------------------------- 29

Conclusion partielle----------------------------------------------------------------------------------------------30

DEUXIEME PARTIE : ETUDE EXPERIMENTALE --------------------------------------------- 31

CHAPITRE I : MATERIEL ET METHODES ------------------------------------------------------- 32

1. Matériel ------------------------------------------------------------------------------------------------- 32

1.1. Matériel animal ----------------------------------------------------------------------------------- 32

1.2. Matériel de laboratoire --------------------------------------------------------------------------- 32

2. Méthodes ------------------------------------------------------------------------------------------------ 33

2.1. Extraction de l’ADN ----------------------------------------------------------------------------- 33

2.2. Vérification de la qualité de L’ADN ---------------------------------------------------------- 33

2.3 Génotypage des individus à l’aide des marqueurs microsatellites ------------------------- 33

2.3.1 Rappel sur la PCR ---------------------------------------------------------------------------- 33

2.3.2 Spécificité des PCR Li-Cor ----------------------------------------------------------------- 35

2.3.3 Choix des marqueurs microsatellites utilisés --------------------------------------------- 36

2.3.4 Mise au point des conditions de PCR ----------------------------------------------------- 38

2.3.5 Réarrangement des plaques ----------------------------------------------------------------- 38

2.3.6 Migration des produits PCR sur le séquenceur Li-Cor --------------------------------- 39

2.3.7 Analyse des profils électrophorétiques ---------------------------------------------------- 39

3 Traitement des données -------------------------------------------------------------------------------- 40

3.1 Test de conformité à l'équilibre de Hardy-Weinberg ---------------------------------------- 40

3.2 Paramètres de la variabilité génétique intra-population ------------------------------------- 41

3.2.1 Estimation des fréquences alléliques ------------------------------------------------------ 41

3.2.2 Le taux de polymorphisme ------------------------------------------------------------------ 42

3.2.3 Nombre moyen d’allèles par locus et richesse allélique -------------------------------- 42

3.2.4 Taux d'hétérozygotie ------------------------------------------------------------------------- 42

3.3. Paramètres de la variabilité génétique inter-populations ----------------------------------- 43

3.3.1 F-statistiques ---------------------------------------------------------------------------------- 43

3.3.2 Etude de la structuration des différentes populations ----------------------------------- 44

CHAPITRE II : RESULTATS ET DISCUSSION -------------------------------------------------- 45

1.Résultats ------------------------------------------------------------------------------------------------- 45

1.1.Variabilité génétique intra-population---------------------------------------------------------- 45

1.1.1.Taux de polymorphisme --------------------------------------------------------------------- 45

1.1.2.Fréquences alléliques ------------------------------------------------------------------------ 46

1.1.3.Nombre moyen d’allèles par locus et richesse allélique -------------------------------- 49

1.1.4.Taux d’hétérozygotie ------------------------------------------------------------------------ 50

1.1.5.Les valeurs de FIS ---------------------------------------------------------------------------- 52

1.2. Variabilité génétique inter-populations -------------------------------------------------------- 52

1.2.1. FST et FST’ ------------------------------------------------------------------------------------- 52

vi

1.2.2. Etudes de la structuration génétique des populations ---------------------------------- 53

2. Discussion -------------------------------------------------------------------------------------------- 56

CONCLUSION GENERALE -------------------------------------------------------------------------- 60

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES -------------------------------------------------------------- 61

ANNEXES-----------------------------------------------------------------------------------------------xiii

vii

RESUME

Une gestion efficace des ressources génétiques animales passe par une bonne caractérisation

en utilisant des outils performants. Ainsi, l’objectif de la présente étude est d’utiliser le

polymorphisme de neuf marqueurs microsatellites pour analyser six populations bovines : les

taurins Baoulé du pays Lobi burkinabé, les taurins N’Dama (Burkina Faso et Mali), les zébus

Peul soudanais du Burkina Faso (Dori et Nouna) et enfin une population de bovins issus de

croisements entre taurins Baoulé et zébu Peul (Province de la Comoé). Ces marqueurs

microsatellites ont été utilisés pour génotyper 200 bovins (58 Baoulé, 45 N’Dama, 52 zébus

Peul et 45 produits de croisements taurins-zébus) sur le séquenceur Li-Cor. Les résultats

obtenus ont montré que tous les marqueurs microsatellites utilisés étaient fortement

polymorphes avec un nombre d’allèles par locus variant de 6 pour le marqueur BM1824 à 21

pour le marqueur MM12. Une forte diversité génique a été observée avec des valeurs

d’hétérozygoties de 0,57 chez la N’Dama du pays Lobi à 0,78 chez les zébus Peul de Dori.

Les analyses de structuration (AFC, approche bayésienne de structuration) ont permis de bien

distinguer les taurins des zébus et de montrer que les produits issus du croisement taurins

Baoulé X zébu Peul de Ouangolodougou (Comoé) étaient génétiquement très proches des

zébus que des taurins Baoulé. Nos résultats ont enfin montré que les taurins Baoulé du pays

Lobi sont faiblement introgressés par le sang zébu. Cette étude qui a utilisé des échantillons

collectés en 2002-2003 pourrait constituer une donnée de base (référence) pour suivre les

degrés d’introgression des Baoulé actuellement et dans les années à venir vu que le pays Lobi

constitue un couloir de transhumance des zébus vers les zones forestières ivoiriennes et

ghanéennes et ainsi contribuer à la préservation de cette population taurine très précieuse pour

la biodiversité.

Mots clés : taurins Baoulé - pays Lobi - marqueurs microsatellites - variabilité génétique -

Burkina Faso

viii

ABSTRACT

Effective management of animal genetic resources requires good characterization using tools.

Thus, the objective of this study is to use polymorphism of nine microsatellite markers to

analyze six cattle populations: Baoule taurine cattle of Lobi land, N'Dama taurine cattle

(Burkina Faso and Mali), the Sudanese Fulani zebu of Burkina Faso (Dori and Nouna) and a

crossbred population between Baoule cattle and Fulani zebu (Comoé Province in Burkina

Faso). Microsatellite markers were genotyped on 200 individuals (58 Baoule, 45 N'Dama, 52

Fulani zebu and 45 crossbred Baoule X zebu) on Li-Cor DNA Analyzer. Results showed that

all the microsatellite markers were highly polymorphic with a number of alleles per locus

ranged from 6 of BM1824 marker to 21 for the MM12 marker. High gene diversity was

observed with expected heterozygosities of 0.57 in N'Dama population to 0.78 in Fulani zebu

of Dori. Genetic structure analysis (AFC, Bayesian structuring) allowed to distinguish zebu

populations from and taurine cattle and showed that crossbred individuals from

Ouangolodougou (Comoé) were genetically very closed to zebu than Baoule taurine

poplations. Finally, our study showed that Baoule taurine cattle of Lobi region in Burkina

Faso is slightly introgressed by zebu blood. Our study, using samples collected in 2002-2003,

generated results that could be considered as a reference to assess the degree of introgression

of Baoule now (one decade after) and in future because Lobi region in Burkina Faso is one of

the transhumance corridor for zebu populations to reach the Ivorian and Ghanaian forest areas

and thus could contribute to preserve this taurine population valuable for animal biodiversity.

Keywords : Baoule cattle - Lobi - microsatellite markers - genetic variability - Burkina Faso

ix

SIGLES ET ABREVIATIONS

ADN : Acide Désoxyribonucléique

Alb : Albumine

Bp : Base Pair (paire de base)

BEt : Bromure d’Ethidium

CERBA : Centre de Recherche

CIRDES : Centre International de Recherche-Développement sur l’Elevage en zone Subhumide

Cm : Centimètre

CMA/AOC : Conférence des Ministres de l’Agriculture de l’Afrique de l’Ouest et du Centre

CMSC : Centre Médical Saint Camille

EDTA : Ethylène Diamine Tétra-Acétique

FAO : Food and Agriculture Organization of United Nations

g : gramme

Hb : Hémoglobine

Kg : kilogramme

Labiogene : Laboratoire de Biologie Moléculaire et de Génétique

Ln : Logarithme Népérien

m : mètre

mM : millimolaire

min : minute

ml : millilitre

MRA : Ministère des Ressources Animales

MAHRH : Ministère de l’Agriculture de l’Hydraulique et des Ressources Halieutiques

ONUDI : Organisation des Nations Unies pour le Développement Industriel

PCR : Polymerase Chain Reaction

PIB : Produit Intérieur Brut

QTL : Quantitative Trait Loci

RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism

RGA : Ressources Génétiques Animales

rpm : run per minute

Trf : Transferrine

TBE : Tris Borate EDTA

TE : Tris EDTA

UEMOA : Union Economique et Monétaire Ouest Africaine

UFR- SVT : Unité de Formation et de Recherche en Sciences de la Vie et de la Terre

UPB : Université Polytechnique de Bobo-Dioulasso

UV : Ultra-Violet

μl : microlitre

μm : micromètre

VNTR : Variable Number Tandem Repeat

x

LISTE DES TABLEAUX

Tableau I : Evolution des effectifs (en nombre de têtes) des animaux domestiques et des productions

animales ------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 4

Tableau II : Principales races taurines rencontrées en Afrique Occidentale et Centrale ----------------- 7

Tableau III : Principaux zébus rencontrés en Afrique Occidentale et Centrale ------------------------- 12

Tableau IV : Quelques programmes d’amélioration génétique des races bovines locales ------------- 14

Tableau V : Effectif des bovins par région ------------------------------------------------------------------- 16

Tableau VI : Principales caractéristiques des races bovines locales -------------------------------------- 17

Tableau VII : Performances zootechniques moyennes du taurin Baoulé en milieu traditionnel et

amélioré ----------------------------------------------------------------------------------------------------------- 20

Tableau VIII : Fréquences des principaux types de microsatellites chez les mammifères ------------- 29

Tableau IX : Informations sur les races bovines utilisées -------------------------------------------------- 32

Tableau X : Matériel de laboratoire utilisé (équipements, consommables, solutions et réactifs) ------ 32

Tableau XI : Caractéristiques des marqueurs microsatellites utilisés ------------------------------------- 37

Tableau XII : Composition du Mix de la PCR Li-Cor ----------------------------------------------------- 38

Tableau XIII : Nombre d’allèles par locus et par population (A), nombre moyen d’allèles par locus

sur l’ensemble des populations, richesse allélique par locus et par population (RA) et richesse allélique

moyenne par population sur l’ensemble des loci.--------------------------------------------------------------49

Tableau XIV : Valeurs des taux d’hétérozygoties attendus (Hs) et observés (Ho) par locus et par

population --------------------------------------------------------------------------------------------------------- 51

Tableau XV : Valeurs des FIS par locus et par population-------------------------------------------------- 52

Tableau XVI : Valeurs des FST et FST’ entre les paires de populations ----------------------------------- 53

xi

LISTE DES FIGURES ET PHOTOS

LISTE DES FIGURES

Figure 1 : Nomenclature des bovins en Afrique occidentale ------------------------------------------------ 5

Figure 2 : Schémas de formes chromosomiques selon la position du centromère ------------------------- 5

Figure 3 : Répartition du cheptel bovin par région --------------------------------------------------------- 16

Figure 4 : Réaction de Polymérisation en Chaîne ou Polymerase Chain Reaction ---------------------- 35

Figure 5 : Nombre d’allèles par locus sur l’ensemble des populations ----------------------------------- 45

Figure 6a : Distribution des fréquences alléliques par population aux loci BM1824 (a), BM4440 (b) et

ETH225 (c) --------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 46

Figure 6b : Distribution des fréquences alléliques par population aux loci HEL1 (d), HEL9 (e) et

INERA 37 (f) ----------------------------------------------------------------------------------------------------- 47

Figure 6c : Distribution des fréquences alléliques par population aux loci MM12 (g), MNB42 (h) et

TGLA122 (i) ------------------------------------------------------------------------------------------------------ 47

Figure 7 : Analyse factorielle de correspondance AFC ----------------------------------------------------- 53

Figure 8 : Variations des différentes valeurs de K ---------------------------------------------------------- 54

Figure 9a : Structure génétique des 6 races de bovins en supposant K= 2, 3 et 4.----------------------- 54

Figure 9b : Structure génétique des 3 groupes de bovins en supposant K = 2, 3 et 4 ------------------- 55

LISTE DES PHOTOS

Photo 1 : Taureau N'Dama --------------------------------------------------------------- -------------------------8

Photo 2 : Taureau Kouri -------------------------------------------------------------------------------------------9

Photo 3 : Troupeau de taurins Lagunaire au Bénin -----------------------------------------------------10

Photo 4 : Taurin Baoulé -----------------------------------------------------------------------------------10

Photo 5 : Taureau Azawak-------------------------------------------------------------- --------------------------11

Photo 6 : Troupeau de zébus Peul--------------------------------------------------------------- ----------------11

Photo 7 : Métis Baoulé X zébu Peul BF (phénotype zébu dominant)--------------------------------13

Photo 8 : Métis Baoulé X zébu Peul BF (Phénotype Baoulé dominant)-----------------------------13

Photo 9 : Matériel apprêté pour le dépôt sur gel d'agarose------------------------------------------------33

Photo 10 : Dépôt de l'ADN sur le gel d'agarose--------------------------------------------------------------33

Photo 11 : Photo d’un rack--------------------------------------------------------------------------- -------------39

Photo 12 : Aspiration par capillarité sur un peigne membrane-------------------------------------------39

Photo 13 : Ordinateur connecté au séquenceur--------------------------------------------------------------40

Photo 14 : Image d’un gel après migration des allèles-------------------------------------------------------------40

xii

LISTE DES ANNEXES

Annexe 1 : Protocole d’extraction d’ADN --------------------------------------------------------------------- I

Annexe 2 : Protocole de réarrangement des marqueurs microsatellites ------------------------------------ II

Annexe 3 : Protocole de préparation du gel acrylamide et de dépôt des échantillons. ------------------ III

1

INTRODUCTION GENERALE

L’élevage représente une activité économique importante dans de nombreux pays africains

caractérisés par une grande richesse en ressources génétiques animales. En effet, on y trouve

presque toutes les espèces animales bien adaptées à leur milieu mais inégalement réparties

(SIDIBE, 2001). Parmi les espèces domestiques, les bovins et les petits ruminants occupent

une place de choix dans l’exploitation des animaux de rente (DAYO, 2002). Deux grands

groupes ou types de bovins sont retrouvés en Afrique : les zébus (Bos indicus) qui sont des

bovins possédant une bosse cervico-thoracique et adaptés aux zones sèches et les taurins (Bos

taurus) qui sont des bovins sans bosse cervico-thoracique, que l’on retrouve dans les zones

forestières humides. A ces deux types s’ajoutent les produits de leur croisement.

Au Burkina Faso, l’élevage constitue la deuxième ressource du secteur primaire et représente

près de 35% du PIB du secteur agricole (Réseau de Prévention des Crises Alimentaires ,

2010). Il contribue à hauteur de 12% à la formation du PIB et 26% des exportations totales, le

situant ainsi comme deuxième pourvoyeur de recettes d’exportation après le coton (MAHRH

BF, 2011). Des effectifs significatifs d’animaux de diverses espèces sont exploités.

Cependant, les productions animales parviennent difficilement à couvrir les besoins des

populations de plus en plus croissantes. Les bovins Baoulé y constituent les populations

taurines numériquement les plus importantes. Ils sont essentiellement retrouvés dans une

région du Sud-ouest du Burkina Faso appelée pays Lobi. Les taurins baoulé sont élevés pour

la viande (consommée essentiellement lors de fêtes), la force de travail ou le lait. Ils

appartiennent au groupe des taurins à cornes courtes de type savane à climat tropical sec.

Dans le pays Lobi, les taurins Baoulé sont presque considérés comme des animaux de

compagnie, élevés en petits troupeaux et souvent dans les habitations. Malheureusement, ces

taurins font l’objet de nombreux croisements avec les populations de zébus notamment les

zébus Peul car les taurins Baoulé (comme la plupart des taurins ouest-africains) sont très

souvent victimes de leur petit gabarit et leur faible production laitière par rapport aux zébus.

Tout comme chez les N'Dama, la trypanotolérance des taurins Baoulé les rend aptes à

survivre dans les milieux infestés de mouches tsé-tsé vectrices des trypanosomoses animales

africaines. Par le passé, des études de caractérisation de la race Baoulé ont été menées en

utilisant des marqueurs phénotypiques (SOKOURI et al., 2007) et des marqueurs

biochimiques (QUEVAL et PETIT, 1982; QUEVAL et BAMBARA, 1984; QUEVAL et al.,

1998). Mais, très peu d’études existent sur la diversité génétique de cette race en utilisant les

2

marqueurs moléculaires au Burkina Faso (SOUVENIR ZAFINDJRAONA et al., 1999). Afin

de contribuer à l'élaboration des stratégies et des approches pertinentes pour une gestion

durable de ces populations, il est important de les caractériser aussi bien morphologiquement

que génétiquement (avec des marqueurs moléculaires). De par leur grand polymorphisme,

leur abondance dans le génome, leur neutralité et leur codominance, les marqueurs

microsatellites constituent des marqueurs de choix pour la caractérisation et la gestion à long

terme des populations animales.

C’est dans ce contexte que s’inscrit notre travail dont les objectifs visent à :

- étudier la variabilité génétique intra-race des taurins Baoulé de la province de Poni dans le

pays Lobi;

- mesurer le degré d’introgression des populations de Baoulé dans deux provinces du Burkina

(Poni et Comoé) en ajoutant à notre étude des échantillons de zébus (zébus Peul soudanais du

Burkina Faso) et de taurins N’Dama.

Les hypothèses de base qui ont guidé l’étude sont les suivantes :

- les taurins Baoulé du pays Lobi auraient une structure génétique homogène du fait du

système conservateur des éleveurs du Lobi ;

- l’homogénéité de cette race trypanotolérante pourrait subir une introgression plus ou moins

importante par les zébus et quelques taurins N’Dama qui vivaient dans la même zone.

Notre document sera structuré en deux grandes parties :

- La première partie sera consacrée à la revue bibliographique qui fait le point sur les

ressources génétiques animales domestiques et les systèmes d’élevage en Afrique de l’Ouest

et principalement au Burkina Faso, et les méthodes courantes de caractérisation des races

domestiques;

- Dans la deuxième partie, nous présenterons notre étude expérimentale avec successivement

le matériel et les méthodes utilisés, les résultats obtenus suivis d’une discussion avant de

terminer par la conclusion générale qui contient les perspectives qu’on peut tirer de nos

travaux.

3

PREMIERE PARTIE :

SYNTHESE

BIBLIOGRAPHIQUE

4

CHAPITRE I : ETAT DES RESSOURCES GENETIQUES

ANIMALES DOMESTIQUES EN AFRIQUE DE L’OUEST

1. Effectifs globaux

Les espèces animales domestiques rencontrées en Afrique de l’Ouest sont représentées

principalement par les bovins, les ovins, les caprins, les équins, les asins, les porcins, les

camelins et les volailles. Le tableau I présente l’évolution des effectifs des animaux

domestiques et des productions animales en Afrique de l’Ouest entre 1980 et 2006.

Tableau I :Evolution des effectifs (en nombre de têtes) des animaux domestiques et des productions

animales (en tonnes) en Afrique de l’Ouest (BLEIN et al., 2008)

Espèces animales 1980 2006

Bovins 31 310 056 39 419 736

Ovins 28 115 221 57 949 656

Caprins 34 894 893 6 116 734

Porcins 3 271 901 11 228 756

Volailles 176 254 000 346 597 000

Production de viande 1 357 957 2 353 794

Production de lait 1 253 668 2 050 512

Production d’œufs 272 850 729 390

2. Caractéristiques des races bovines exploitées

Deux groupes ou types de bovins sont retrouvés en Afrique Occidentale : les zébus (Bos

indicus), bovins avec bosse cervico-thoracique adaptés aux zones sèches et les taurins (Bos

taurus), bovins sans bosse cervico-thoracique, que l’on retrouve dans les zones forestières

humides et dans les zones subhumides (figure 1). A ces deux grands groupes s’ajoutent les

produits plus ou moins stabilisés de leur croisement encore appelés métis ou hybrides.

Morphologiquement, les taurins ont un format plus réduit que les zébus.

5

Figure 1 : Nomenclature des bovins en Afrique occidentale (BOLY, 1993)

Sur le plan caryotypique, les bovins possèdent 30 paires de chromosomes parmi lesquels 29

paires sont des autosomes ou chromosomes homologues et une paire est un hétérosome

(chromosomes sexuels). La forme de ces chromosomes a permis de distinguer les deux

groupes de bovins ouest-africains. En effet, les autosomes sont acrocentriques chez tous les

bovins (zébus et taurins) tandis que le chromosome sexuel Y est submétacentrique chez les

taurins et acrocentrique (figure 2) chez les zébus.

Figure 2: Schémas de formes chromosomiques selon la position du centromère

6

2.1. Taurins

Les taurins constituent les premiers bovins à avoir peuplé l’Afrique et auraient été introduits

sur le continent par l’Egypte à partir des populations originaires d’Asie du Sud-ouest. Les

races bovines taurines de l’Afrique de l’Ouest se rencontrent principalement dans les zones

les plus humides à savoir la zone guinéenne et la zone soudano-guinéenne. Les taurins sont

résistants à certaines maladies enzootiques dévastatrices (trypanosomose, dermatophilose,

maladies transmises par les tiques et parasitoses diverses).

On distingue deux sous-groupes de taurins : les taurins à longues cornes et les taurins à

courtes cornes (figure 1). Le tableau II présente la répartition géographique et quelques

caractéristiques des races taurines d’Afrique de l’Ouest et du Centre.

7

Tableau II : Principales races taurines rencontrées en Afrique Occidentale et Centrale (DAYO, 2009)

Groupes races Localisation

géographique

Effectifs Taille au garrot (en

cm)

Importantes

utilisations

Mâles Femelles

Taurins

à longues

cornes

N’Dama

Guinée, Sénégal,

Gambie, Guinée-

Bissau, Sierra

Leone, Côte

d’Ivoire, Mali,

Ghana, Togo,

Nigéria, Cameroun,

République

Centrafricaine,

Gabon, Congo,

République

Démocratique du

Congo (RDC)

4 900 000

Viande,

travail,

fumier

Kouri

Tchad, Niger,

Cameroun, Nigéria

172 350

80-100

80-100

Lait, travail,

viande

Taurins

à cornes

courtes

Types

de

savane

Baoulé Côte d’Ivoire,

République

Centrafricaine,

Gabon, Burkina

Faso

1 082 000

100-

106

90-103

Lait, viande

Bakosi Cameroun

1 300 Viande,

rituels

Kapsiki Cameroun 3 300 105-

117

100-109 Viande,

rituels

Doayo ou

Namchi

Cameroun 7 000 100-

110

97-106 Viande,

rituels

Ghana

Shorthorn

Ghana 738 000 105-

117

99-110 Lait, travail,

viande

Somba Bénin, Togo 216 000 89-106 85-103 Lait, rituels,

viande

Types

de forêt

Lagunaire Bénin, Congo, Côte

d’Ivoire, Gabon,

Togo, RDC

65 700 89-106 85-103 Viande,

fumier

Muturu Nigéria 40 000 85-95 83-93 Viande,

rituels

8

2.1.1 Taurins à longues cornes

Les représentants de ce sous-groupe sont les taurins N’Dama et Kouri.

- La race N’Dama

De son berceau, le Fouta-Djallon en Guinée où elle est élevée par les Peuls sédentaires, la

race N’Dama (Photo 1) a largement été diffusée dans de nombreux pays comme le Sénégal, le

Sud du Mali, le Nord de la Côte d’Ivoire, le Togo et le Bénin. Il s’agit d’un animal de petite

taille dont la hauteur au garrot varie entre 0,95 et 1,10 mètre avec un poids adulte de 250 kg et

pouvant atteindre 330 kg chez certains individus. La vache N’Dama a une faible production

laitière (2 à 3 litres par jour) dans les conditions traditionnelles de son exploitation (PAGOT,

1985). Les N’Dama constituent le chef de file des taurins ouest-africains réputés

trypanotolérants (HANOTTE et al., 2003; D’IETEREN et KIMANI, 2006). La couleur de la

robe varie de l’unicolore (habituellement fauve, rouge ou brun occasionnellement noir)

au multicolore ( occasionnellement pie).

Photo 1: Taureau N'Dama (cliché : KOUATO)

- La race Kouri

Originaires du bassin du lac Tchad, les bovins Kouri sont actuellement rencontrés au

Cameroun, au Niger et au Nigeria. Le Kouri est un animal de grand format présentant des

cornes bulbeuses, très caractéristiques de la race (photo 2). Son poids moyen est d’environ

400 à 500 kg à l’âge adulte avec une bonne aptitude laitière soit 4 à 6 litres de lait par jour

(MINISTERE DE LA COOPERATION, 1991). Le Kouri est un cas particulier de taurin. En

effet, il possède le chromosome Y submétacentrique caractéristique des taurins africains, mais

toutes les analyses génétiques réalisées en ce jour sur des populations de Kouri à l’aide des

marqueurs génétiques autosomaux ont montré que leur génome est pour moitié d’origine zébu

9

et moitié d’origine taurine (SOUVENIR ZAFINDJRAONA et al., 1999; FREEMAN et al.,

2004; DAYO et al., 2009). Par ailleurs, son caractère trypanotolérant reste encore mal élucidé

comparativement aux autres taurins d’Afrique de l’Ouest et du Centre. La couleur de la robe

est unicolore (clair ou blanc, occasionnellement avec des points).

Photo 2 : Taureau Kouri (source : http://www.sidym2006.com/imagenes/pdf/ponencias/21_se.pdf )

2.1.2 Taurins à courtes cornes

Les taurins à courtes cornes sont plus petits que les taurins à longues cornes, avec une

conformation assez bonne. Le cou est court et épais chez le taureau. Le fanon, comme chez

tous les taurins, est peu développé. La tête est large avec une légère dépression en région

orbitale, des oreilles assez larges et des cornes courtes. La queue est épaisse à la base avec un

toupillon très développé qui touche presque le sol. La robe est généralement pie noire ou noire

(DAYO, 2002). Ils sont classés en deux types : les types de savane et les types forestiers.

- Les types forestiers ou races naines

Selon la taille, ce sont les plus petits des taurins africains. Avec une hauteur au garrot

d’environ 80 à 90 cm, ils sont rencontrés surtout dans les milieux humides, les forêts et les

zones côtières. Leur effectif est estimé à environ 100 000 têtes soit environ 1 % de l’effectif

des bovins trypanotolérants rencontrés en Afrique (HOSTE et al., 1988; SHAW et HOSTE,

1988). On distingue les Lagunaire (photos 3) (au Bénin, en Côte d’Ivoire, au Ghana, en

République Démocratique du Congo et au Togo), les Muturu (au Nigéria et au Ghana) et les

Manjaca (en Guinée Bissau). Ces derniers n’existent plus qu’en état de traces (REGE et al.,

1994).

http://www.sidym2006.com/imagenes/pdf/ponencias/21_se.pdf

10

- Les types de savane

Les types de savane sont plus grands en taille que les types forestiers et mesurent environ 90 à

110 cm au garrot. Deux races prédominent parmi ces types de taurins: la race Baoulé (Photo

4) qui est le chef de file rencontrée en Côte d’Ivoire et au Burkina Faso, suivie de la

Shorthorn du Ghana (au Ghana), avec des effectifs estimés à 600 000- 870 000 têtes (REGE,

1999). En dehors de ces deux races, on retrouve les races Somba (Nord Togo et Nord Bénin),

Kapsiki, Namchi et Bakosi (Cameroun).

Photo 4: Taurin Baoulé (cliché:DESQUESNES)

2.2 Zébus

Les zébus sont des bovins possédant une bosse cervico-thoracique. Ils sont de grande taille,

hauts sur pattes, habitués aux longs déplacements au cours desquels ils valorisent les parcours

naturels pauvres. Mieux adaptés aux conditions arides, ils sont rencontrés principalement dans

la frange sahélienne à climat chaud et sec de l’Afrique. Contrairement aux taurins, les zébus

sont très sensibles aux trypanosomoses et aux tiques et maladies qu’elles transmettent.

Cependant, l’avancée du désert vers le Sud et les effets des changements climatiques globaux

obligent les éleveurs des zébus aux mouvements de transhumance vers les zones à

Photo 3 : Troupeau de taurins Lagunaire de la

ferme de Samiondji au Bénin (cliché : G.-K. DAYO)

11

pluviométries favorables où l'obstacle important est la trypanosomose animale africaine

(TAA) transmise par les glossines ou mouches tsé-tsé. En Afrique occidentale et centrale,

trois groupes de zébus peuvent être identifiés :

- les zébus à courtes cornes représentés par les zébus Azawak (photo 5), Goudali, Maure,

Touareg et Adamaoua ;

- les zébus à cornes en lyre moyenne dont trois variétés ont été décrites : le zébu Peul

soudanais (photo 6) rencontré au Bénin, au Burkina Faso et au Mali, le Gobra au Sénégal et le

Djéli au Niger ;

- les zébus à cornes en lyre haute : le Mbororo ou Bororo.

Le tableau III présente les principales races de zébus rencontrées en Afrique de l’Ouest et du

Centre, leur répartition géographique et quelques aptitudes zootechniques.

Photo 5 : Taureau Azawak (Cliché : Kouato) Photo 6 : Troupeau de zébus Peul (Cliché : Thevenon S.)

12

Tableau III : Principaux zébus rencontrés en Afrique Occidentale et Centrale (DAYO, 2009)

Sources des informations ajoutées : * (MARICHATOU et al., 2005); ** http://dad.fao.org/; *** (REGE, 1999)

Groupes Races Localisation

géographique

Effectifs Taille au garrot

(cm)

Importantes

utilisations

Mâle Femelle

Zébus

Zébu Arabe ou

Choa

Tchad,

Cameroun, Nord-

est du Nigéria

4 092 000 au

Tchad en 1992

129 126 Lait, viande,

travail

Zébu Peul

soudanais

Mali, Burkina

Faso, Côte

d’Ivoire

130 Lait, viande,

travail

Zébu Bororo Niger, Tchad,

Cameroun,

Nigéria,

République

Centrafricaine,

Mali

300 000 au Tchad

en 1992

150 104 Lait, viande,

travail

Zébu Azawak Niger, Nigéria,

Mali, Burkina

Faso

2 600 000 en

1985 au Niger*

110-

130**

110-

130**

Lait, viande,

travail, fumier

Zébu Djéli Bénin, Niger

130** 115** Lait, viande,

travail

Zébu White

fulani

Nigéria, Ghana,

Togo, Tchad

137** 125** Lait, viande,

travail

Bovins croisés

(taurins ×zébus)

Borgou Bénin, Togo 316 000 au Bénin

en 1983 et 76 500

au Togo en 1984

91-107

91-107

Viande, travail,

fumier

Keteku Nigéria 95 000 en 1984 113-115 113-115 Viande, travail,

fumier

Bambara ou Méré

Djakoré

Sud et Ouest du

Mali, Nord de la

Côte d’Ivoire,

Sud-ouest du

Burkina Faso

Sénégal

ND

350000 en

1999***

100-140 100-140 Viande, travail,

fumier

Lait, viande,

travail, fumier

Ghana Sanga Nord-Ghana

201 430 en 1993 Lait, viande,

fumier, travail

http://dad.fao.org/

13

2.3 Produits de croisement entre zébus et taurins

Ils sont nombreux et représentent le plus souvent le résultat de croisement des zébus avec les

taurins africains ou avec les races taurines exotiques introduites sur le continent africain.

Toutefois, les bovins métis portant des dénominations en Afrique de l’Ouest sont en général

ceux issus des croisements entre les populations zébus et les populations taurines. L’effectif

des populations métisses bovines a été estimé à environ 2,9 millions de têtes en Afrique

Occidentale (HOSTE et al., 1988; SHAW et HOSTE, 1988). Ces bovins portent différents

noms en fonction des races bovines impliquées dans les croisements ou en fonction des

régions où ils sont produits ou encore en fonction des peuples qui procèdent aux croisements.

Certaines sont considérées comme des races plus ou moins stabilisées. C’est le cas des

Borgou (Bénin) et du Djakoré (Sénégal) respectivement issus des croisements

N’Dama/Somba/Lagunaire x White Fulani et N’Dama x Gobra. Les croisements entre races

différentes se font généralement lors des mouvements de transhumance ou lors des

programmes d’insémination artificielle dans le but d’accroître des performances

zootechniques. Le tableau III présente quelques bovins métis d’Afrique Occidentale et

Centrale avec leur aire de répartition et performances zootechniques. Les photos 7 et 8

montrent deux bovins métis Baoulé X zébu Peul soudanais à différents degrés d’introgression

par le sang zébu.

Photo 7: Métis Baoulé X zébu Peul BF Photo 8: Métis Baoulé X zébu Peul BF

(phénotype zébu dominant) (Cliché : G.-K. DAYO) (phénotype Baoulé dominant) (Cliché : G.-K. DAYO)

14

2.4 Programmes d’amélioration génétique et de conservation des RGA

La faible productivité des races locales a conduit les pouvoirs publics de la plupart des pays

africains à mettre en place des programmes d’amélioration génétique. C’est ainsi que certains

programmes de sélection ou de croisement entre races locales ou de sélection ont été mis en

place. Le tableau IV fait le point sur quelques programmes d’amélioration mis en place en

Afrique de l’Ouest et du Centre.

Tableau IV : Quelques programmes d’amélioration génétique des races bovines locales (PAGOT,

1985)

Races animales Méthodes d’amélioration Lieux d’élection des programmes (pays)

Zébu Azawak Sélection sur descendance Station de Toukounous (Niger)

Zébu M’Bororo

ou Red Fulani

Sélection Centrafrique

Zébu Adamaoua Sélection Station zootechnique de Wakwa (Cameroun)

Zébu Gobra Sélection CRZ de Dahra Djoloff (Sénégal)

Taurin N’Dama - Sélection

- Croisement avec les mâles

Jersiais et sélection

- Croisement avec des races

importées

- CRZ de Kolda (Sénégal)

-

- CRZ de Sotuba (Mali)

CRZ : Centre de Recherche Zootechnique

3. Systèmes d’élevage

Deux grands systèmes d'élevage coexistent au niveau de la plupart des espèces animales : le

système traditionnel et le système amélioré.

3.1. Système traditionnel ou extensif

Les systèmes d’élevage extensifs sont caractérisés par un très faible niveau d’investissement

et d’utilisation d’intrants alimentaires et vétérinaires. L’alimentation des animaux dépend

presque exclusivement des ressources naturelles. Il existe trois modes de conduite qui

appartiennent tous au système traditionnel en Afrique de l’Ouest: le nomadisme, la

transhumance et le sédentarisme.

Le nomadisme est le déplacement anarchique, totalement imprévisible et présentant de très

grandes variations (AKAKPO, 1994). Il est le fait d’éleveurs se déplaçant au cours de l’année

au gré des informations sur la disponibilité des ressources (eau et pâturage) pour les animaux.

15

La transhumance est un déplacement pendulaire de va-et-vient saisonniers des dromadaires,

des bovins et des petits ruminants (moutons notamment) entre les pâturages de saison sèche et

les pâturages de saison des pluies. Le point fixe est, d’une façon générale, le campement de

base de saison des pluies (BERNUS, 1986).

Le sédentarisme est un mode d’élevage pratiqué par les agriculteurs qui thésaurisent leurs

productions agricoles sous forme de bétail ou par les éleveurs sédentarisés pour diverses

raisons, qui diversifient leurs sources de revenus en pratiquant l’agriculture. Dans ce système,

les animaux sont gardés en permanence au niveau du village ou sont sous la conduite d’un

berger. Pour cela, l’éleveur stocke du fourrage ou achète des sous-produits agricoles (SPA) et

sous-produits agro-industriels (SPAI) pour complémenter le déficit pendant la période de

soudure de l’année.

Le caractère extensif du mode d’élevage africain caractérisé par des déplacements du cheptel

entraîne de nombreux métissages incontrôlés des populations animales avec une réduction

progressive de l’effectif des races « pures ».

3.2. Système amélioré ou intensif

Généralement développé en milieu péri-urbain, il s’agit d’un système d’élevage dans lequel

les animaux sont claustrés, ce qui nécessite un grand investissement en intrants sous forme de

complémentation alimentaire et un suivi sanitaire leur permettant d’extérioriser tout leur

potentiel génétique. Ce suivi implique des charges élevées liées aux coûts d'alimentation, de

soins et de locaux adaptés.

4. Situation de l’élevage au Burkina Faso

4.1 Brève présentation du Burkina Faso

Le Burkina Faso est un pays d’Afrique occidentale. D’une superficie de 274 000 km2, il est

situé dans la boucle du Niger. Ses pays limitrophes sont le Niger à l’Est, le Mali au Nord et à

l’Ouest, le Bénin, le Togo, le Ghana et la Côte d’Ivoire au Sud. Il est géographiquement

enclavé et largement tributaire des aléas climatiques. Le Burkina Faso bénéficie d’un climat

tropical de type soudano-sahélien à deux saisons : une saison sèche et une saison pluvieuse

dont les durées varient en fonction des zones agro-écologiques. Du Nord au Sud, on distingue

globalement trois grandes zones climatiques:

16

- la zone sahélienne au-dessus du parallèle 14°N couvre environ 25% du territoire avec une

pluviométrie annuelle moyenne inférieure à 600 mm;

- la zone nord-soudanienne, comprise entre 11°30’ et 14° latitude Nord, avec une

pluviométrie annuelle moyenne variant entre 600 et 900 mm;

- la zone sud-soudanienne, située au Sud de 11°30’ latitude Nord, avec une pluviométrie

annuelle moyenne de plus de 900 mm (MAHRH BF, 2007).

La population rurale représente plus de 80% de la population totale et vit surtout de

l’agriculture et de l’élevage (KABORE et al., 2010) qui constitue la deuxième ressource du

secteur primaire.

4.2 Etat des ressources génétiques animales

4.2.1 Effectifs et aires de répartition

En 2008, le cheptel burkinabé était estimé à plus de 8 millions de têtes de bovins, 7,8 millions

d’ovins, 11,6 millions de caprins et 35,4 millions de volailles (poules et pintades) (MRA BF,

2008). Le cheptel bovin burkinabé se place au second rang des pays de l’UEMOA en

importance numérique, derrière celui du Mali (MRA BF, 2006). Les régions du Sahel, des

Hauts-Bassins et de l’Est sont celles qui hébergent le plus de bovins avec respectivement

21%, 17% et 11% de l’effectif national, tandis que les effectifs les moins importants sont

observés dans les régions du Centre (2%) (figure 3; tableau V).

Tableau V : Effectif des bovins par région

(Unité = tête) (MRA BF, 2008)

Figure 3 : Répartition du cheptel bovin par région (MRA, 2008)

Régions Effectifs

Boucle du Mouhoun (BM) 712 761 Cascades (CAS) 600 605 Centre 138 391 Centre Est (CE) 378 950 Centre Nord (CN) 454 573 Centre Ouest (CO) 626 814 Centre Sud (CS) 282 402 Est 917 735 Hauts Bassins (HB) 1 340 385 Nord 368 442 Plateau Central (PC) 287 767 Sahel 1 658 909 Sud-Ouest (SO) 304 686

Total 8 072 420

17

4.2.2 Races bovines locales

Deux races bovines locales (le zébu Peul soudanais et le taurin Baoulé) et un produit de

croisement zébu X taurin (le Méré) sont rencontrés au Burkina Faso (MRA BF, 2003). Les

principales caractéristiques des races bovines locales sont synthétisées dans le tableau VI.

Tableau VI : Principales caractéristiques des races bovines locales (NIANOGO et al., 1996)

ZP : Zébu Peul ; HG : hauteur au garrot; Poids M : poids du mâle adulte; Poids F : poids de la femelle adulte; RDTC :

rendement carcasse; l/j : litres par jour et par vache.

4.2.3 Races bovines importées

En dehors des races locales ci-dessus citées, il existe également :

- le zébu Azawak importé du Niger pour le lait et la viande, et qui bénéficie d’une incitation

pour la gestion de programmes de conservation in-situ depuis l’année 2003 (MRA BF, 2003) ;

- des races importées des pays européens (la Tarentaise, la Brune des Alpes et la

Montbéliarde) qui sont utilisées en croisement dans les fermes de Koubri et de Kokologho

pour l’amélioration de la production laitière. Deux introductions ponctuelles et récentes des

races Gir et Girolando (Brésil) ont été conduites dans les fermes étatiques de Boulbi et de

Loumbila. On peut citer également la Jerseyaise, la Holstein et la Limousine (MRA BF,

2003).

4.3. Importance de l'élevage

Au Burkina Faso, l’élevage joue un rôle fondamental notamment dans les domaines

alimentaire, socioculturel et économique. En effet, l’élevage participe pour une part

essentielle dans l’équilibre alimentaire de la population en procurant des aliments d’origine

animale (lait, viande et œufs) de haute valeur nutritive (apport en protéines, lipides, acides

gras, acides aminés essentiels, énergie, micronutriments, etc.).

Sa place dans la vie socioculturelle a également une dimension spatiotemporelle importante.

En effet, les volailles et les ruminants sont le plus souvent abattus à l’occasion des cérémonies

Races HG (cm) Poids M

(kg)

Poids F (kg) RDTC (%) Lait

(l/j)

Cuir sec (kg)

ZP soudanais 120 à 140 300 à 350 250 à 300 48 à 50 2 à 3 6 à 7

Taurin Baoulé 90 à 110 200 190 48 à 52 2 3 à 4

18

rituelles (funérailles, fiançailles, sacrifices…) (CHOQUEL, 1969; PERE, 1982; FAO, 1987)

ou religieuses (exemple du mouton de tabaski chez les musulmans). L’élevage est également

une source de prestige car la taille et la structure du troupeau constituent parfois des critères

de distinction entre les riches et les pauvres.

Sur le plan économique, l’élevage constitue la deuxième ressource du secteur primaire

burkinabé après l’agriculture et représente près de 35% du PIB du secteur agricole (Réseau de

Prévention des Crises Alimentaires , 2010). Il contribue à hauteur de 12% à la formation du

PIB et 26% des exportations totales, le situant ainsi comme deuxième pourvoyeur de recettes

d’exportation après le coton (MAHRH BF, 2011). Au cours de la période 2003-2008, les

exportations du bétail ont connu une hausse moyenne annuelle de 26 % pour les bovins et

ovins, et 31% pour les caprins (MRA BF, 2008). L’élevage constitue la source principale de

revenus pour une grande partie des ménages ruraux. En effet, la population active qui tire

entièrement ou partiellement ses revenus de ce secteur est de 86% (MRA BF, 2000). Au

niveau des éleveurs, ce secteur constitue une source de revenu et d’épargne.

4.4. Contraintes au développement de l'élevage

Les contraintes au développement de ce secteur peuvent être résumées principalement à :

- une insécurité foncière, qui se traduit essentiellement par une progression des zones

agricoles, limitant l’accès des troupeaux aux ressources pastorales (pâturages, eau, etc.);

- des difficultés d’alimentation et d’abreuvement du bétail liées aux aléas climatiques ;

- des problèmes sanitaires (maladies infectieuses, maladies parasitaires notamment celles à

transmission vectorielle, etc.);

- un faible niveau d’organisation des éleveurs.

Après cette synthèse bibliographique sur la situation de l’élevage au Burkina Faso de façon

générale, nous présenterons dans ce qui suit, les généralités sur le taurin Baoulé ainsi que les

raisons qui expliquent la nécessité de sa conservation.

19

4.5 Généralités sur le taurin Baoulé

4.5.1 Berceau et aire de répartition

Le berceau de la race Baoulé est le pays Lobi et son aire d'extension naturelle couvre six pays

d'Afrique occidentale qui sont: le Bénin, le Burkina Faso, la Côte d'Ivoire, le Ghana, le

Nigéria et le Togo, avec des zones d’implantation qui sont la Centrafrique, le Congo et le

Gabon (OUEDRAOGO, 1989 ). Le nom de la race est plutôt géographique et ethnique. En

effet, le terme Baoulé principalement utilisé en Côte d'Ivoire provient des ethnies Baoulé,

Lobi en Côte d'Ivoire et au Burkina Faso.

Le pays Lobi est un territoire commun au Nord du Ghana, Nord-est de la Côte-d’Ivoire et

Sud-ouest du Burkina Faso (MAILLARD et al., 1992). Le côté burkinabé se situe à l'extrême

Sud du pays, entre 9°25 et 10°35 de latitude nord. Il s’agit d’une des régions les plus arrosées

du Burkina Faso avec une pluviométrie se situant entre 900 et 1400 mm/an et plaçant ainsi la

région en zone agro-climatique subhumide (GUINKO, 1984). Les peuples du pays Lobi sont

essentiellement d’ethnies Lobi, Gan, Birifor, Dagara, qui forment avec les Dorosyé et les

Dian, le « rameau Lobi ». La population du pays Lobi est essentiellement rurale, à vocation

agricole familiale avec des animaux surtout destinés aux échanges matrimoniaux et aux

pratiques coutumières. Le cheptel bovin est majoritairement constitué des taurins Baoulé.

L’élevage y est essentiellement de type sédentaire et les animaux reçoivent rarement des

compléments alimentaires et des soins vétérinaires (MRA BF, 2000).

4.5.2 Morphologie

Selon la description donnée par DOUTRESSOLE (1947), « Ce sont des bovins de petite

taille, rectilignes, brévilignes, ellipométriques, la hauteur au garrot varie de 90 centimètres à 1

mètre. Le poids moyen est de 190 kg pour la vache, 200 kg pour le taureau, 220 kg pour le

bœuf. La tête est massive, le front plat. Les cornes sont courtes, épaisses à la base et sont plus

fortes chez les taureaux et plus fines et aiguës chez les vaches du type orthocéros (les cornes à

section circulaire sont fortes à la base, insérées dans le prolongement du chignon). Les

arcades orbitaires ne sont pas saillantes, les oreilles sont courtes, larges et portées

horizontalement. L’encolure est courte, mince chez la vache, très forte chez le taureau. Le

fanon est développé chez le mâle. Le garrot (court, léger chez la vache et épais chez le

taureau) est droit, le dos droit, le rein large. L’épaule est longue et musclée, la poitrine (large,

20

ronde mais sanglée) descendue, la cuisse et les fesses sont dessinées. La queue est légèrement

surélevée à son insertion. Les membres sont fins, la peau est souple, le poil est court et

brillant. La robe est pie noire, noir pie, pie jaune ou jaune, rarement fauve ou froment. Les

extrémités sont foncées, noires ou marquées de noir ».

4.5.3 Performances zootechniques

Le taurin Baoulé est élevé pour son lait, sa viande (consommée essentiellement lors de fêtes)

ou sa force de travail. Il a une productivité intéressante malgré son petit format (LANDAIS,

1983). Le tableau VII présente les performances zootechniques du taurin Baoulé en milieu

traditionnel et en milieu amélioré.

Tableau VII : Performances zootechniques moyennes du taurin Baoulé en milieu traditionnel et

amélioré (OUEDRAOGO, 1989 )

Poids

adultes

(kg)

Age 1er

vêlage

(mois)

Intervalle

inter-vêlage

(mois)

Fécondité

(%)

Production

laitière (kg)

Rendement

carcasse (%)

Elevage

traditionnel

270 (M);

175 (F)

48-60 18-24 ND 100-300 61,5

Elevage

amélioré

ND 26-35 12-15 82-85 400-700 ND

M : mâle ; F : femelle ND : Non déterminé

4.5.4 Résistance aux trypanosomoses : la trypanotolérance

PIERRE (1906) fut l’un des premiers à constater que certaines populations taurines ouest-

africaines survivaient dans des zones infestées de glossines tandis que les zébus et beaucoup

d'autres espèces animales ne pouvaient y vivre (DUVALLET, 1987; DUVALLET et TOURE,

1993). Selon TOURE (1977), "le mot trypanotolérance a été consacré par l'usage pour

traduire l'aptitude de certaines races bovines à survivre et à se développer en milieu infesté de

glossines qui leur transmettent diverses espèces de trypanosomes pathogènes, alors que

d'autres races, à qui l'on ne reconnaît pas cette propriété, succombent habituellement dans un

tel milieu et n'y sont pas représentées". En Afrique de l’Ouest, les bovins trypanotolérants

sont tolérants à la fois à Trypanosoma congolense et à Trypanosoma vivax. Toutefois, le degré

de résistance est plus élevé contre T. vivax que T. congolense (MURRAY et al., 1981;

MURRAY et al., 1982; MATTIOLI et al., 1999). Les populations taurines de référence pour

21

la trypanotolérance sont représentées par la race N’Dama suivie des taurins Baoulé. En dehors

des trypanosomoses, les taurins Baoulé sont également résistants aux infestations par les

tiques par rapport aux zébus (TIDORI et al., 1975).

4.6. Arguments en faveur de la conservation et de la valorisation de la race

Baoulé

Les taurins Baoulé sont numériquement les taurins locaux les plus importants du Burkina

Faso. Ils sont bien adaptés à leur environnement (savanes et zones humides et subhumides

favorables au développement des glossines vectrices des trypanosomes). Ainsi, contrairement

aux zébus, ils sont réputés trypanotolérants et résistent également à d’autres pathologies

notamment celles causées par les tiques (TIDORI et al., 1975). D’un point de vue

zootechnique, les bovins Baoulé ont une productivité intéressante quoique légèrement

inférieure à celle des zébus, en dépit de son petit format (LANDAIS, 1983).

Malgré ses aptitudes adaptatives intéressantes, le taurin Baoulé est de nos jours menacé car il

fait l’objet de nombreux croisements avec les populations de zébus. En effet, on note de plus

en plus, un recul global des zones habitées par les glossines correspondant au recul des

isohyètes (COURTIN et al., 2008) ainsi qu’à une détérioration de leur habitat provoquée par

des facteurs anthropiques et climatiques (BOUYER, 2006). Ces changements se manifestent

par des mouvements précoces des populations de zébus vers les zones de transhumance à la

recherche des pâturages et des points d’eau notamment au Nord de la Côte d’Ivoire et du

Ghana et, le Pays Lobi du Burkina Faso se situe sur le couloir de transhumance vers ces pays

limitrophes du Burkina Faso. Des actions pour une préservation in situ ou ex situ s’avèrent

nécessaires pour assurer une utilisation économique durable de cette population taurine et

prévenir une éventuelle érosion de ses caractères adaptatifs.

Il est important de noter que si l’on néglige de préserver les races locales adaptées à leur

milieu par une amélioration de leur productivité, on perdra une chance d’aider les pays en

développement à nourrir leurs populations car la diversité des ressources zoogénétiques est

essentielle pour satisfaire les besoins de base des populations humaines en matière de sécurité

alimentaire et de moyens d’existence stables (FAO, 2007). Par ailleurs, la diversité génétique,

une fois perdue, ne se récupère plus.

Par ailleurs, la FAO (2007), dans son Plan Mondial pour les Ressources Zoogénétiques, a

défini quatre domaines prioritaires :

22

- la caractérisation, l’inventaire et la surveillance des tendances et des risques associés ;

- l’utilisation durable et la mise en valeur ;

- la conservation ;

- le renforcement des politiques, des institutions et des capacités.

Ainsi, dans ce Plan, un appel a été lancé aux gouvernements qui devraient prendre des

mesures appropriées et nécessaires afin de soutenir et de mettre en œuvre des activités dans

ces domaines prioritaires. Ces activités devraient viser l’optimisation des fonctions assurées

par les animaux domestiques dans la vie des éleveurs dans les mythes, les cultures, les

religions, les traditions, les pratiques sociales, la production des aliments d’origine animale

pour la nutrition et les fonctions socioéconomiques et culturelles. Les éleveurs Lobi ne sont

pas en reste vu que ces éleveurs sédentaires sont très attachés à leurs animaux.

Conclusion partielle :

Le Burkina Faso tout comme la plupart des pays de l’Afrique de l’Ouest est caractérisé par

une importante diversité en ressources génétiques animales bien adaptées à leur

environnement. D’une manière générale, le système d’élevage est extensif marqué par des

brassages incontrôlés des animaux, ce qui peut entraîner l’extinction de certaines races avant

même d’être connues. Pour mettre en place des programmes de conservation et d’amélioration

appropriés pour ces races locales, il s’avère nécessaire qu’elles soient surtout bien

caractérisées et inventoriées. Ainsi, dans le chapitre suivant, nous présenterons quelques

méthodes de caractérisation chez les animaux domestiques.

23

CHAPITRE II: METHODES DE CARACTERISATION DES

ANIMAUX D’ELEVAGE

L’utilisation, le développement et la préservation durables et efficaces des ressources

génétiques animales nécessitent qu’elles soient mieux caractérisées et bien inventoriées. Mais

avant toute description, il est important de pouvoir définir la notion de « race ». Ce terme de

« race » est souvent utilisé dans son acception culturelle plus que technique ou biologique.

Dans notre document, nous utiliserons une définition plus simple. Ainsi, la race peut être

définie comme une subdivision de l’espèce regroupant les individus ayant en commun un

certain nombre de caractères héréditaires qui les distinguent des individus des autres groupes.

Toutefois, la plupart des races bovines africaines, recensées dans les bases de données,

souffrent le plus souvent de redondance d’informations du fait que la plupart de ces

populations ne soient caractérisées qu’en utilisant des caractères morphobiométriques et non

des marqueurs moléculaires. Cela fait qu’une même race peut se trouver décrite dans divers

autres pays sous différentes dénominations sans qu’il soit possible de dire s’il y a ou non de

véritables différences génétiques.

Diverses méthodes sont utilisées pour caractériser les races animales et peuvent être

phénotypiques (caractères morphobiométriques), biochimiques ou immunogénétiques

(polymorphisme des protéines du sang et du lait), cytogénétiques (nombre, formes et

anomalies chromosomiques) ou moléculaires (analyse des marqueurs directement situés sur

l’ADN).

1. Méthodes morphobiométriques

Les méthodes morphobiométriques utilisent des caractères phénotypiques, notamment ceux

concernant la présence ou l’absence de la bosse cervico-thoracique chez les bovins, la

morphologie de la tête et du corps, la couleur de la tête, des pattes et de la robe, la forme des

cornes, la forme des oreilles, la présence ou l’absence de la pendeloque et de la barbiche (chez

les ovins et caprins), la présence ou l’absence ou encore le degré de développement du fanon

(chez les bovins), la morphologie du front, du chanfrein, etc. Dans ce type de caractérisation,

on retrouve également la détermination des indices biométriques. Ces derniers concernent

essentiellement la longueur du corps, de la tête, du chanfrein, des cornes et des oreilles, le

24

périmètre thoracique, la largeur du corps et de la queue, la hauteur au garrot et au coude, le

poids corporel. Ces méthodes ont été largement utilisées chez différentes espèces animales :

chez les petits ruminants (AMEGEE, 1983; AMEGEE, 1984; LAUVERGNE et al., 1993;

MISSOHOU et al., 2000; TRAORE et al., 2008), chez les bovins (DODO et al., 2001;

SOKOURI et al., 2007; N'GORAN et al., 2008; COYRAL-CASTEL et al., 2009), chez les

volailles (NGWE-ASSOUMOU, 1997; FOTSA et al., 2008; MOULA et al., 2009).

La caractérisation morphobiométrique donne des indications assez vagues sur le patrimoine

génétique d’une population, du fait du mode de transmission héréditaire généralement

complexe et souvent mal élucidé des caractères pris en compte. Pour cela, d’autres méthodes

utilisant les produits d’expression des gènes (protéines) ont été développées par la suite.

2. Méthodes immunogénétiques

Elles ont été développées grâce aux apports de la génétique biochimique qui ont permis

d’étudier les groupes sanguins ou les profils électrophorétiques des protéines du lait et des

protéines sériques ou érythrocytaires.

2.1 Nature et polymorphisme des groupes sanguins

Les groupes sanguins sont des ensembles d’antigènes situés à la surface des globules rouges

et transmis héréditairement. Chez les animaux en général et les bovins en particulier, les

groupes sanguins sont très complexes et sont sous le contrôle de 11 loci (loci A, B, C, F, J, L,

M, S, Z, R’ et T’) très polymorphes. Ainsi, l’étude des groupes sanguins a été utilisée pour la

caractérisation des races animales. Par exemple, le facteur AZ’ des groupes sanguins semble

caractériser les zébus ouest-africains tandis que le facteur AH serait spécifique des taurins

ouest-africains (BELEMSAGA, 2000).

2.2 Polymorphisme des protéines

2.2.1 Protéines du sang

Chez les animaux d’élevage, trois principaux systèmes polymorphes de protéines du sang ont

été décrits grâce à l’électrophorèse : l’hémoglobine, l’albumine et la transferrine.

25

Hémoglobine

L’hémoglobine (Hb) est une protéine complexe riche en fer contenue dans les globules rouges

et chargée de fixer l’oxygène pour son transport dans le sang vers les tissus.

Chez les bovins, il existe deux allèles du gène de l’hémoglobine (A et B) qui sont autosomaux

codominants et définissent trois phénotypes possibles AA, BB et AB. En Afrique de l’Ouest,

il est possible de distinguer les taurins des zébus par une très forte fréquence de l’allèle A

dans les populations taurines trypanotolérantes (PLANCHENAULT, 1988). Des résultats

similaires ont été obtenus par BELEMSAGA (2000) dans une étude sur les taurins (Lagunaire

du Bénin, Somba du Togo et du Bénin), une race métissée zébu x taurin (Borgou du Bénin) et

deux races de zébus (zébus Peul soudanais du Burkina Faso et celui du Bénin). Le principal

intérêt de ce marqueur sanguin réside dans la simplicité des déterminations qui permet une

analyse de génétique des populations.

Transferrines

Les transferrines (Trf) sont des protéines synthétisées principalement au niveau du foie et

dont le rôle est le transport du fer dans le plasma (SEGER et LUCOTTE, 1981). Le

polymorphisme génétique des systèmes de transferrine chez les animaux d’élevage (bovins,

caprins et ovins) permet de les identifier et de les caractériser. Les études menées par

BELEMSAGA (2000) sur les zébus et taurins du Bénin, du Burkina Faso et du Togo ont

montré, par exemple, que le variant de transferrine TrfG était rarissime chez les taurins

Somba. Dans ces mêmes études ainsi que dans celles de QUEVAL (1982), il a été noté

l’absence chez les taurins trypanotolérants ouest-africains (Baoulé, N’Dama, Somba et

Lagunaire) des transferrines TrfB et Trf

F.

Albumines

L’albumine est une holoprotéine sanguine synthétisée par le foie et dont le rôle est le transport

de certaines substances biologiques dans le plasma (cations, anions, colorants et drogues)

(SEGER et LUCOTTE, 1981). Chez les taurins, on observe une forte fréquence de l’allèle

AlbF

(F : Fast) tandis que l’allèle Alb

S (S : Slow)

domine chez les zébus (QUEVAL et

BAMBARA, 1984; BELEMSAGA, 2000).

26

2.2.2 Polymorphisme des protéines du lait

La principale protéine du lait de la vache est la caséine. Il existe quatre types connus de

caséine : les caséines αS1

, αS2

, β et к. Il a été montré que le polymorphisme de la caséine S1

et

к a un intérêt scientifique doublé d’un réel intérêt pratique et économique. Ainsi, l’effet

significatif des allèles A et B de la caséine к sur les aptitudes fromagères du lait a été

démontré (GROSCLAUDE et al., 1996). En effet, la prédominance dans les deux principales

races de chèvres laitières françaises (Alpine et Saanen) des allèles à taux réduit serait

responsable de la faiblesse des taux protéiques et de certaines difficultés de fabrication

fromagère.

En dehors des caséines, il existe également dans le lait les lactalbumines et les

lactoglobulines.

3. Méthodes cytogénétiques

Elles correspondent à l’étude du nombre, de la forme et des anomalies des chromosomes dans

une espèce ou dans une population donnée. Le caryotype d’un individu est le résultat de

l’observation microscopique et de l’identification de chacun des chromosomes de la cellule

d’une espèce donnée. Le nombre de chromosomes, très variable entre espèces, est

généralement constant pour une espèce donnée. Par exemple, chez l’Homme on a 2n = 46 ;

chez le lapin : 2n = 44 ; chez les ovins : 2n = 54 ; chez les bovins : 2n = 60.

Le caryotype des bovins est composé de 60 chromosomes dont 58 autosomes ou

chromosomes homologues et 2 gonosomes ou hétérosomes (chromosomes sexuels XX chez la

femelle et XY chez le mâle). Chez les bovins ouest-africains, les autosomes sont

acrocentriques (centromère en position terminale) et le chromosome Y est submétacentrique

(position submédiane) chez les taurins tandis qu’il est acrocentrique chez les zébus (KIEFFER

et CARTWRIGHT, 1968). Chez certains zébus de l’Afrique du Sud notamment Africander

(HALNAN et FRANCIS, 1976), Bonsmara, Drakensberger, Nguni et Pedi (MEYER et al.,

1980), le chromosome Y est submétacentrique comme chez les taurins ouest africains. De

plus en plus, avec le développement de nouveaux outils de biologie moléculaire, la variabilité

génétique qui est le reflet du polymorphisme observé au niveau du génome, peut s’étudier

directement au niveau de l’ADN à travers l’utilisation des marqueurs moléculaires

polymorphes.

27

4. Méthodes moléculaires

4.1. Définition d’un marqueur génétique

Les marqueurs génétiques sont des fragments d’ADN qui servent de repère pour suivre la

transmission d’un segment de chromosome d’une génération à l'autre (BOICHARD et al.,

1998). Il s’agit donc des séquences d’ADN localisées dans le génome et qui présentent des

variations facilement détectables au laboratoire. De façon simplifiée, un marqueur génétique

est une portion de l’ADN d’un organisme (espèce) ou un sous-produit codé par cet ADN.

L’utilisation des marqueurs génétiques comme outils d’étude de la variabilité génétique de

diverses populations a été rendue possible grâce au développement des nouvelles techniques

de biologie moléculaire, notamment la PCR (Polymerase Chain Reaction) et la mise en ligne

de séquences de génomes entiers de divers organismes vivants. Les marqueurs génétiques

sont également utilisés pour rechercher les gènes qui gouvernent les caractères d’intérêt

zootechnique. Chaque type de marqueur présente des avantages et des limites, et le choix doit

tenir compte des objectifs de l’étude, des moyens financiers et techniques mais surtout de

l’état des connaissances sur le génome des espèces étudiées.

On peut distinguer des marqueurs multialléliques qui permettent de révéler une série de

plusieurs allèles pour chaque locus étudié et des marqueurs de type empreintes génétiques qui

permettent de révéler l’absence ou la présence d’un allèle pour chaque locus et cela

simultanément pour un grand nombre de loci. A ces deux types de marqueurs peuvent

également s’ajouter les marqueurs cytoplasmiques essentiellement présents dans le génome

mitochondrial. Parmi les marqueurs multialléliques, on distingue entre autres les isoenzymes,

les RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphism) et les ADN microsatellites. Ces

derniers sont ceux que nous avons choisis pour notre étude.

4.2. Définition des marqueurs microsatellites

Egalement appelés Simple Sequence Repeat (SSR), Short Tandem Repeat (STR), ou Variable

Number Tandem Repeat (VNTR), les microsatellites sont des séquences d’ADN (non codant)

formées par une répétition de motifs (10 à 20 fois en moyenne) composés de 2 à 4

nucléotides. La longueur de ces séquences (le nombre de répétitions) est variable d'un

individu à l'autre et d'un allèle à l'autre chez un même individu (BOICHARD et al., 1998). Ce

sont ainsi des polymorphismes de longueur.

http://fr.wikipedia.org/wiki/All%C3%A8le

28

Les ADN microsatellites constituent une classe particulière d’ADN et sont très répandus dans

le génome des eucaryotes (HAMADA et KAKUNAGA, 1982; TAUTZ et RENZ, 1984). Ils

sont majoritairement localisés entre les gènes, dans les introns des gènes et dans les régions

non transcrites. Généralement, ce sont les dinucléotides [CA] qui sont les plus nombreux dans

le génome (SHIBLER et al., 2000). Ils peuvent être parfaits (pas d’interruption dans les

séquences), interrompus (une ou plusieurs répétitions séparées par quelques bases) ou

composés (une séquence répétée suivi d’une autre base répétée) (WEBER, 1990) comme

illustré ci-dessous :

Parfait : CACACACACACACACACACA

Composé : CACACACACAGAGAGAGAGA

Interrompu : CACATTCACACATTCATTCA

La fonction biologique de ces séquences répétées de l’ADN est peu connue (EPPLEN, 1993).

Toutefois, selon KÜNZLER et al. (1995) et KASHI et al. (1997), les microsatellites

joueraient un rôle dans la régulation de l’expression de certains gènes ou un rôle en tant que

séquences codantes.

4.3. Propriétés et applications des marqueurs microsatellites

4.3.1 Propriétés

Largement répartis dans le génome des eucaryotes (1 microsatellite tous les 120 à 180

kilobases), les microsatellites ont des propriétés intéressantes exploitées en génétique des

populations (EDWARDS et al., 1992; WEBER et WONG, 1993). Ils sont :

Très nombreux et très polymorphes (tableau VIII) : les microsatellites présentent un

polymorphisme de longueur dû à la variation du nombre de répétitions du motif. Un

allèle correspond à un nombre de répétitions du motif (en théorie) et à une taille

d’amplification (en pratique) (DAYO, 2002);

Codominants : l’individu hétérozygote présente simultanément les caractères des deux

parents homozygotes et peut être distingué de chacun des parents ;

Neutres (par rapport à l’environnement), c'est-à-dire non influencés par les processus

de sélection et leur transmission suit le schéma mendélien ;

29

Facile à amplifier par PCR : la PCR a rendu l’amplification des séquences

microsatellites facilement automatisable et les produits d’amplification peuvent être

révélés par une électrophorèse verticale sur un gel d’acrylamide. De nos jours, il

existe diverses générations de séquenceurs pour la révélation des produits

d’amplification des séquences microsatellites.

Tableau VIII : Fréquences des principaux types de microsatellites chez les mammifères (SCHIBLER

et al., 2000)

Série (taille du motif) Séquence du motif Fréquence Remarques

Mononucléotide (A)n Un tous les 5-10 kb 0.3 % du génome

Dinucléotide (CA)n Un tous les 25-100 kb 0.5 % du génome

(TC)n Un tous les 50 kb 0.2 % du génome

Trinucléotide (TTA)n Un tous les

_ (AGC)n 300-500 kb

Tétranucléotide

(AATC)n, (AATG)n

_

Dérivent des

(ACAG)n, (AAAT)n séquences poly A

(AAAG)n des familles Alu

4.3.2 Applications des marqueurs microsatellites

Les marqueurs microsatellites ont été utilisés pour l’étude de la diversité génétique chez

différentes espèces animales domestiques : chez les volailles (YOUSSAO et al., 2010), chez

les petits ruminants (MISSOHOU et al., 2006; TRAORE et al., 2009) ainsi que chez les

bovins (QUEVAL et al., 1998; SOUVENIR ZAFINDJRAONA et al., 1999; BELEMSAGA,

2000). Ils ont été également utilisés pour évaluer le degré d’introgression des populations

bovines africaines (FREEMAN et al., 2004; FREEMAN et al., 2006; DAYO, 2009).

Les marqueurs microsatellites trouvent également leur application comme outil dans les

programmes d’amélioration génétique des animaux domestiques à travers la recherche des

QTL (Quantitative Trait Loci). Les QTL constituent des régions chromosomiques contenant

les gènes impliqués dans le déterminisme génétique d’un caractère quantitatif. Leur détection

dans les différentes espèces se résume dans un premier temps à leur localisation et à

l’estimation de leurs effets à partir des informations fournies par les marqueurs. Le principe

de base consiste à observer s’il ya co-ségrégation des allèles au marqueur et au QTL dans la

descendance de reproducteurs