Marilyne Summo Université Montpellier II Zahra Vafa Sébastien Harispe Pol Kennel Application to...
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Marilyne Summo Université Montpellier IIZahra VafaSébastien HarispePol Kennel
Application to Blot SyntenyDéveloppement d'un visualisateur de synténies
Master 1 Intégration de compétences option BioinformatiquePromotion 2007-2008
Introduction
Synténie : Définie la conservation de l’ordre des gènes entre deux espèces apparentées. Alignement (orthologue, paralogue)
Espèce 1
Espèce 2
L’existant :Logiciel d’alignement (ex : Mauve, Mummer, Pipmarker, Alfresco ,etc.)Logiciel de visualisation d’alignement
Introduction
Présentation du projet
Sujet : créer un visualisateur de synténies.
Objectifs : Données d’alignement modifiables Attribution de couleurs aux blocs Zoom jusqu’au niveau nucléotidique Multi- visualisation Définition d’un format d’entrée (XML)
Pré-requis :
Environnement EclipseLangage JAVABibliothèque graphique : SWT / JFREEGRAPHParseur XML => JDOM
Présentation du projet
Organisation du travail:
Centralisation des données : SVN hebergé chez Google Codehttp://code.google.com/p/synteny-viewer/
Document Googlehttp://docs.google.com/Doc?docid=d7r4v3d_1hcdjpwdm&hl=en
Mise à disposition de tutoriaux jdom, swt, ect....
Présentation du projet
ConceptionUML : diagramme de cas d’utilisation
Fichiers d’entrée :
Format XML DTD (Document Type Definition) pour chaque type de fichier Script PERL de création des fichiers XML
Conception
Patron Modèle Vue Contrôleur (MVC)
Modèle : données manipulées par l’application. Vue : représentation graphique des données, interface
avec l’utilisateur. Contrôleur : gestion des évènements.
Conception
Résultats
Démonstration ABSynt
Conclusion & Discussion
Optimisations futures :
Optimisation de la représentation graphique. Optimisation des statistiques. Génération automatique des fichiers d’entrée XML
intégrée à l’application. Création d’un exécutable
Conclusion & Discussion
• Découverte de la phase de conception d’un projet informatique
• Mise en place de structures de communication cohérentes• Adaptation aux besoins de l’utilisateur • Elargissement des compétences en programmation JAVA• Découverte de l’interfaçage graphique en JAVA• Gestion d’une équipe de travail
Remerciements
Sèverine BérardAnnie Château
Isabelle MougenotVincent Ranwez