L’utilisation des informations du L’utilisation des informations du pedigree pour gérer la variabilité pedigree pour gérer la variabilité génétique d’une population en génétique d’une population en danger : L’élevage du mouton danger : L’élevage du mouton Xalda en Asturies en est un Xalda en Asturies en est un

exemple.exemple.

Travail de GénétiqueTravail de Génétique

IntroductionIntroduction

L’élevage de Xalda:L’élevage de Xalda:

- en danger de - en danger de disparition disparition

- Coefficient de - Coefficient de consanguinité élevéconsanguinité élevé

Que faire pour la Que faire pour la sauvegarde de sauvegarde de l’espèce?l’espèce?

IntroductionIntroduction

Le paramètre F:Le paramètre F:

- mesure de l’identité entre allèles- mesure de l’identité entre allèles

- probabilité d’obtenir des gènes - probabilité d’obtenir des gènes identiques (%)identiques (%)

mesure le taux de pertes de mesure le taux de pertes de variabilité génétiquevariabilité génétique

IntroductionIntroduction

Taille de la population:Taille de la population:

Influence très fort la variabilité Influence très fort la variabilité génétique (fixation des gènes)génétique (fixation des gènes)

Choix de reproducteur limités Choix de reproducteur limités gènes gènes ne sont plus tirés au sort ne sont plus tirés au sort dérive dérive génétique dans un sens.génétique dans un sens.

IntroductionIntroduction

Pour maintenir la variabilité: il est Pour maintenir la variabilité: il est nécessaire de monitorer en utilisant un nécessaire de monitorer en utilisant un ens. de paramètres caractérisant:ens. de paramètres caractérisant:

- structures de la population- structures de la population - pratique de gestion- pratique de gestion Les xaldas est un exemple représentatif Les xaldas est un exemple représentatif

au niveau des études pour la conservation au niveau des études pour la conservation de la génétique animale developpée en de la génétique animale developpée en EuropeEurope

MatérielMatériel

- Analyse de l’information des pedigree de - Analyse de l’information des pedigree de l’association des éleveurs de moutons l’association des éleveurs de moutons Xalda ( ACOXA) de 1992 à 2001.Xalda ( ACOXA) de 1992 à 2001.

- 9 lignées- 9 lignées

- 805 moutons enregistrés- 805 moutons enregistrés

- 562 vivants dont 507 femelles- 562 vivants dont 507 femelles

- Population très jeune- Population très jeune

MéthodesMéthodes

Différents paramètres utilisés:Différents paramètres utilisés:

- Ne : Nombre efficace en fonction du - Ne : Nombre efficace en fonction du nombre de mâles et de femelles utilisés.nombre de mâles et de femelles utilisés.

Ne= 4(NmNf)/(Nm+Nf)Ne= 4(NmNf)/(Nm+Nf)

MéthodesMéthodes

Différents paramètres utilisés:Différents paramètres utilisés:

- Le paramètre F:- Le paramètre F:

mesure de l’identité entre allèlesmesure de l’identité entre allèles

probabilité d’obtenir des gènes probabilité d’obtenir des gènes identiques (%)identiques (%)

mesure le taux de pertes de mesure le taux de pertes de variabilité génétiquevariabilité génétique

MéthodesMéthodes

Différents paramètres utilisés:Différents paramètres utilisés:

- Le paramètre F:- Le paramètre F:

F= 1/(2Ne)F= 1/(2Ne)

MéthodesMéthodes

Différents paramètres utilisés:Différents paramètres utilisés:

-AR: -AR:

Coefficient moyen de non-Coefficient moyen de non-relationrelation

Indique la contribution Indique la contribution génétique à la populationgénétique à la population

MéthodesMéthodes

Différents paramètres utilisés:Différents paramètres utilisés:

-AR: Utilisées comme:-AR: Utilisées comme:

index pour maintenir le stock index pour maintenir le stock génétique initialgénétique initial

comparer la consanguinité au comparer la consanguinité au sein d’une sous populationsein d’une sous population

MéthodesMéthodes

Différents paramètres utilisés:Différents paramètres utilisés: -AR: Calcul du coefficient pour un -AR: Calcul du coefficient pour un

fondateur:fondateur: 11→ Pour le fondateur (car il → Pour le fondateur (car il

appartient à la population)appartient à la population) 1/2→ Par fils du fondateur (dans 1/2→ Par fils du fondateur (dans

la population)la population) 1/4→ Par petit fils du fondateur 1/4→ Par petit fils du fondateur

(dans la population)(dans la population)

Résultats et discussionRésultats et discussion

Utilisation abusive de certains individus Utilisation abusive de certains individus

=> ↓ de la variabilité génétique=> ↓ de la variabilité génétique

Nombre très Nombre très faiblefaible d’ancêtred’ancêtre → race → race rencontre un d° de selection de la part des rencontre un d° de selection de la part des éleveurs qui éleveurs qui utilisentutilisent massivement un massivement un nombre réduit de reproducteur (choisit sur nombre réduit de reproducteur (choisit sur la conformation)la conformation)

Résultats et discussionRésultats et discussion

Intervalle de génération moyen réduit : Intervalle de génération moyen réduit : 3 ans 3 ans

- voie père-fils : courte (relève)- voie père-fils : courte (relève)

- voie mère-filles : longue (attente - voie mère-filles : longue (attente de voir ses résultats)de voir ses résultats)

13 ancêtres 13 ancêtres 50% de la variabilité 50% de la variabilité génétiquegénétique

Résultats et discussionRésultats et discussion

La moyenne des La moyenne des FF de la population: de la population: 1,762% (faible)1,762% (faible)

Mauvaise estimation: il n’y a que 7 Mauvaise estimation: il n’y a que 7 générations, pedigree top courtgénérations, pedigree top court

NeNe sera donc mal estimé de part la sera donc mal estimé de part la formule formule

FF n’est donc pas un bon indicateur de n’est donc pas un bon indicateur de perte de gènes. perte de gènes.

Résultats et discussionRésultats et discussion

ARAR peut-être utilisé comme complément peut-être utilisé comme complément pour estimer la consanguinité dans une pour estimer la consanguinité dans une population:population:

- évalue la contribution - évalue la contribution génétique des fondateursgénétique des fondateurs

- évalue la représentation - évalue la représentation génétique de chaque individu qui n’est pas génétique de chaque individu qui n’est pas fondateurfondateur

Résultats et discussionRésultats et discussion

ARAR est utilisé indirectement pour est utilisé indirectement pour caractériser les troupeaux comme caractériser les troupeaux comme représentation de la populationreprésentation de la population

Résultats et discussionRésultats et discussion

ConclusionsConclusions

Manque d’infos sur la taille de la pop Manque d’infos sur la taille de la pop sous estimation nb d’individus sous estimation nb d’individus consanguins mais hauts coef. d’inbreeding consanguins mais hauts coef. d’inbreeding pas possible d’utiliser les paramètres pas possible d’utiliser les paramètres habituelshabituels

utilisation de nouveaux paramètresutilisation de nouveaux paramètres Usage abusif de certains individus aux Usage abusif de certains individus aux

dépends d’autresdépends d’autres

ConclusionsConclusions

Utilisation de l’Utilisation de l’ARAR

Infos sur la description de la pop. et du Infos sur la description de la pop. et du managementmanagement

Plus facile à calculer et à comprendre par les Plus facile à calculer et à comprendre par les éleveurséleveurs

ConclusionsConclusions

En pratique En pratique

Calcul de l’Calcul de l’ARAR pour chaque individu après la pour chaque individu après la saison des naissancessaison des naissances

Favoriser certains accouplementsFavoriser certains accouplements Égaliser la représentation génétique des Égaliser la représentation génétique des

différentes lignées et troupeauxdifférentes lignées et troupeaux

ConclusionsConclusions

Sélection des béliers ayant l’Sélection des béliers ayant l’ARAR le plus bas le plus bas possiblepossible

Sélection des mères à béliers sur leur Sélection des mères à béliers sur leur conformation parmi les moins représentées conformation parmi les moins représentées génétiquementgénétiquement

BibliographieBibliographie

GOYACHE F., GUTTIERREZ J.P., GOYACHE F., GUTTIERREZ J.P., FERNANDEZ I., GOMEZ E., ALVAREZ I., FERNANDEZ I., GOMEZ E., ALVAREZ I., DIEZ J., ROYO L.J., Using pedigree to DIEZ J., ROYO L.J., Using pedigree to monitor genetic variability of endangered monitor genetic variability of endangered populations : the Xalda sheep breed of populations : the Xalda sheep breed of Asturias as an example, J. Anim. Breed. Asturias as an example, J. Anim. Breed. Genet., Genet., 120120 : 95-105 (2002) : 95-105 (2002)

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