LtzS BÖHM Alexander EV MARÉCHAL Cyril

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Développement et optimisationde services WebGIS interactifs et

communautairespour l’analyse intégrée

de données spatiales environnementales et moléculaires

LtzS BÖHM AlexanderEV MARÉCHAL Cyril

11/8/2013

Dr. Stéphane JOOSTPU Christophe CLARAMUNT

LtzS BÖHM, EV MARÉCHAL 211/8/2013

Déveloper des services WebGIS interactifs et communautairespour chercheurs en écologie moléculaire et décideurs publics:

quels enjeux, quelles solutions?

Problématique

LtzS BÖHM, EV MARÉCHAL 3

PlanIntroduction

1. Situation: formuler les besoins et identifier les utilisateurs 1. Analyse des besoins en écologie moléculaire

2. Démarche scientifique

3. Évaluation IHM des solutions

2. Mission : Proposer de nouveaux prototypes de GENOMAP et de GEOME1. Interface de GENOMAP

2. Système d’utilisateurs de GENOMAP

3. Visualisation des données environnementales et génétiques dans GEOME

4. Interface de GEOME

3. Execution: Synthèse entre modèles interactionnels universels et cohérence spatiale 1. Avantages des l’interfaces intégrées de GENOMAP de GEOME

2. Deux plateformes collaboratives au service de la biodiversité

Conclusion, Limites

Références

11/8/2013

Plan


Introduction1. Situation: formuler les besoins et identifier les utilisateurs

2. Mission : Proposer de nouveaux prototypes de GENOMAP et de GEOME

3. Execution: Synthèse entre modèles interactionnels universels et cohérence spatiale

Conclusion

Références

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Introduction


Introduction

LASIG, EPFL, Lausanne, SUI EN, Lanvéoc-Poulmic, FRA

11/8/2013

Introduction

Figure 1 : GC D2 415 Figure 2 : Campus de l’École Navale


École Navale et PFE

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Introduction

• FHM• D&I• Éthique• GEOPOL• EPMS• Stages Leadership

• FMM• NAV, ASTRO, Voile, BIM• Corvette: BIN, BE

• SCI• TC: SSA, STIC, STM, MTI• VA: GM, GE, EM, ASM, SIM• PFE

• 46 binômes• 21 projets à l’étranger + 2 outre-mer• 13 pays

Figure 3 : Vue depuis la passerrelle d’un BE devant Dunkerque avec une mer 3

Figure 4 : Cours dispenses le semestre de VA.


Introduction

1. Situation: formuler les besoins et identifier les utilisateurs 1. Analyse des besoins en écologie moléculaire

2. Démarche scientifique

3. Évaluation IHM des solutions2. Mission : Proposer de nouveaux prototypes de GENOMAP et de GEOME


Conclusions, Limites

Références

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1. Situation


Définition des contextes d’utilisations

1. Situation

Figure 5 : Schéma de extraction et du séquençage d’ADN. [1]


Démarche scientifique

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1. Situation

“Développement centré utilisateur”

Fig. 7 : UCD @ GENOMAP

Fig. 6 : Workflow


Évaluation ergonomique

Fig. 8 : GENOMAP Index Fig. 9 : GEOME Homepage

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GENOMAP USE CASES

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1. Situation

GENOMAP USE CASES:Mode “Public”

Fig.10: GENOMAP use case diagram 1


GENOMAP USE CASES

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1. Situation

GENOMAP USE CASES:Mode “Public”Mode “Private”

Fig. 11: GENOMAP use case diagram 2

Plus d’options de personnalisation


Introduction

1. Situation: formuler les besoins et identifier les utilisateurs

2. Mission : Proposer de nouveaux prototypes de GENOMAP et de GEOME1. Interface de GENOMAP

2. Système d’utilisateurs de GENOMAP

3. Visualisation des données environnementales et génétiques dans GEOME

4. Interface de GEOME3. Execution: Synthèse entre modèles interactionnels universels et cohérence spatiale

Conclusion, Limites

Références

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2. Mission

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Interface de GENOMAP

11/8/2013 LtzS BÖHM, EV MARÉCHAL

2. Mission

• Carte Openlayers

• Accès libre

• Affichages des études accessibles

• Système d’utilisateur: études «privées»

• Génération d’url d’accès aux études privées

• Sélection de couleur prédéfinies

• Affichage de trois légendes et de Landmark sur la carte

• Tutorial


Système d’utilisateurs de GENOMAP

• Inscription libre• Sélection du statut privée/public• Palettes de couleurs personnalisable• Mise à jour de l’étude• Réinitialisation du mot de passe• Administrateur

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2. Mission

2. Mission


2. Mission

Visualisation des données environnementales et génétiques dans GEOME


• Fichier JSON limité à 1 degré autour de l’étude

• Chaque fichier contient les valeurs des 12 mois et annuelle

2. Mission



2. Mission



Interface de GEOME

2. Mission


Introduction



3. Execution: Synthèse entre modèles interactionnels universels et cohérence spatiale 1. Avantages des l’interfaces intégrées de GENOMAP et de GEOME

2. Deux plateformes collaboratives au service de la biodiversitéConclusion, Limites

Références

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3. Execution

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Avantages des l’interfaces intégrées de GENOMAP et de GEOME

• L'interface de visualisation de GEOME et de GENOMAP• offre l'exploration des données statistiques et binaires géoréférencées;• offre un fort degré d'interactivité avec les éléments représentés;

• Cette interactivité permet notamment : • de sélectionner des individus ou populations;• d'interroger des surfaces de la couche des données environnementales;• d'appeler des informations dérivées;• d'appliquer des analyses statistiques ou spatiales;

• Les concepts principaux qui régissent l’interface sont:• Réduire la charge cognitive ;• Mettre le contrôle entre les mains de l'utilisateur. [2]


3. Résultats

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Avantages des l’interfaces intégrées de GENOMAP et de GEOME

• La dynamique assure la cohérence • entre les différentes représentations;• entre la carte et les tableaux de bords;

• « Le concept de tableau de bord repose sur l'intégration au sein d'une même interface d'éléments de représentation graphique complémentaires »[2] , tels que :

• Compteur d’individus• Position (LAT, LON)• Valeurs précises des paramètres environnementaux

• « L'utilisateur doit pouvoir obtenir directement les éléments nécessaires au suivi des valeurs et à une prise de décision éclairée et rapide ».


3. Résultats


Introduction




Conclusion, LimitesRéférences

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Conclusion, Limites


Limites

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Conclusion, Limites

• GENOMAP• Basemap après chargement de données (Gmaps…)• RETEX

• GEOME• Grandes études: optimisation des JSON• Lecture du nom d’individu dans le JSON• Affichage precipitation: limites des valeurs• Inscription doit passer par un administrateur.• Lenteur d’affichage pour les études couvrant une grande surface


Intérêt• Visualiser des données difficiles à se représenter• Faibles connaissance techniques nécessaires• Accessibilité optimale• Ne nécessite pas d’installation de logiciel• Outils de calculs performant pour GEOME: Sambada (S.Stucki)

11/8/2013

Conclusion, Limites


• Présentation PFE - CF KESSLER 27 06 2013, http://cours.ecole-navale.fr/mod/resource/view.php?id=2522 (30.07.2013, 13h00)

• [1] http://wwz.ifremer.fr/lareunion/Medias-Ifremer/Medias-Lareunion/CAMP-SOOI/Sequencage-ADN (08.11.2013, 08h21)

• [2]Pointet, A., Solution de cartographie statistique distribuée mapIntera™, PPT, juin 2009

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RéférencesRéférences

http://cours.ecole-navale.fr/mod/resource/view.php?id=2522

http://cours.ecole-navale.fr/mod/resource/view.php?id=2522

http://wwz.ifremer.fr/lareunion/Medias-Ifremer/Medias-Lareunion/CAMP-SOOI/Sequencage-ADN




Merci pour votre attention!-

Thank you for having paid attention to our presentation!

Questions

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Futur travaux• Améliorer interface: separer fenêtres (+ sobre)

• Database information on demande

• Color selection and creation in popups

• Generate URL to share in popup

• Evaluate logs : traductions dans d’autres langues

• Transfert technologique (?): • futur OpenLayers 3.0• Django & GEOME

• Téléchargement des données• Extraction d’images annotées• Visualisation de graphes

• études de diversité génétique • = projet Semestre d’une étudiante d’ici • et qui utilisera notre service

19/09/2013 EV2 Böhm, Maréchal

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