24/09/2012

1

Christophe Jacquet & les E-C de la commission de PhyV

Les enseignements en Biosciences Végétales

2

Les différentes mentions dans le département Biologie & Géosciences (2011-2016)

Master SPE

LICENCE TERRE &

ENVIRONNEMENT

TERRE &

ENVIRONNEMENT

TERRE &

ENVIRONNEMENT

Master ECOLOGIE

LICENCE BIOLOGIE & ENVIRONNEMENT

IPE

BOPE

PCESVT

PPE

BOPE

PCESVT

Master BBT & BI

LICENCE BIOCHIMIE

BBM

BI

BIOCHIMIE

L3

PRO

Master BIOSANTÉ

Master MABS

LICENCE BIOLOGIE

BCP

MABS

BIOLOGIE

PCAV

PCAV APPROFONDISSEMENT « BIOLOGIE, TERRE & ENVIRONNEMENT » APPROFONDISSEMENT « BIOLOGIE & BIOCHIMIE »

PORTAIL SCIENCES DE LA NATURE

L1

L2

L3

SPE : Science de la Planète et de l’Environnement

BOPE : Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes

PCESVT : Prépa. concours d’Enseignants des SVT

IPE : Ingénierie pour l’environnement; PPE : Professorat des Ecoles

BBT : Biochimie et Biotechnologie; BBM : Biochimie et Biologie Moléculaire;

BI : Bioingénierie

MABS : Microbio Agrobiosciences Bioinformatique et biologie des systèmes

BCP : Bio cell et Physiologie

PCAV : Prépa Concours Agro-Véto,

M2

M1

2

24/09/2012

2

3

Positionnement des enseignements de biosciences végétales dans le département Biologie & Géosciences (2011-2016)

Master SPE

LICENCE TERRE &

ENVIRONNEMENT

TERRE &

ENVIRONNEMENT

TERRE &

ENVIRONNEMENT

Master ECOLOGIE

LICENCE BIOLOGIE & ENVIRONNEMENT

IPE

BOPE

PCESVT

PCESVT

PPE

LICENCE BIOCHIMIE

BBM

BIOCHIMIE

Master BIOSANTÉ

Master MABS

LICENCE BIOLOGIE

BCP

MABS

PCAV APPROFONDISSEMENT « BIOLOGIE, TERRE & ENVIRONNEMENT » APPROFONDISSEMENT BIOLOGIE & BIOCHIMIE »

PORTAIL SCIENCES DE LA NATURE

L1

L2

L3

SPE : Science de la Planète et de l’Environnement

BOPE : Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes

PCESVT : Prépa. concours d’Enseignants des SVT

IPE : Ingénierie pour l’environnement; PPE : Professorat des Ecoles

BBT : Biochimie et Biotechnologie; BBM : Biochimie et Biologie Moléculaire;

BI : Bioingénierie

MABS : Microbio Agrobiosciences Bioinformatique et biologie des systèmes

BCP : Bio cell et Physiologie

PCAV : Prépa Concours Agro-Véto,

Master BBT & BI

BOPE

BI

BIOLOGIE

PCAV

BI

L3

PRO

Au total, du L1 au M1 : 28 UE

gérées par les EC de PhyV

M2

M1

3

4

De la cellule à l’organisme

Intervenants :

Laurent Hoffmann Guillaume Bécard

Fabien Mounet ATERs

Moniteurs L1 –

Se

me

str

e 2

- P

or

tail

SN

- A

pp

ro

fon

dis

se

me

nt

Physiologie Végétale – Physiologie Animale - Biologie Cellulaire

- Comprendre la structure du végétal. - Étudier l’influence des hormones et des facteurs environnementaux sur la croissance et les fonctions essentielles à la vie des plantes.

750-800

4 CM - TD

24/09/2012

3

5

Approches expérimentales : De la molécule à l’organisme

Intervenants :

Soizic Rochange Laurent Hoffman

Christiane Marque Chantal Teulière

Fabien Mounet Hua Wang

ATERs Moniteurs

L1 –

Se

me

str

e 2

- P

or

tail

SN

- A

pp

ro

fon

dis

se

me

nt

Module de TP exclusivement (PhyA, PhyV, bio mol, bio cell) Méthodologies de base : dilutions, spectrophotométrie, observations au microscope 1 TP sur la germination 1 TP sur les protoplastes

750-800

5 TP

L2

– S

em

estr

es 3

& 4

– B

OP

E –

BC

P/M

AB

S -

PC

ES

VT

Biologie du Développement des Plantes

Intervenants:

Didier Aldon

Hua Wang

Fabien Mounet

Nicolas Frei dit Frey

Christophe Jacquet

Mots clés : Développement végétatif Développement reproducteur (contrôle de la floraison, fécondation, embryogenèse et formation de la graine, développement du fruit …)

Licence PCESVT (filière enseignement) L2S4 Biologie du Développement Animal et végétal CM 7 x 2h + TD 3 x 2h + TP 1 x 4h

Licence BOPE (Ecologie) L2S3 Physiologie Végétale (Bio du développement) CM 7 x 2h + TD 3 x 2h + TP 1 x 4h

Licence BCP / MABS (Biologie) L2S3 Initiation à la Biologie du Développement Animal & Végétal CM 5 x 2h + TD 2 x 2h

230

210

40

6

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4

L2

– S

em

estr

e 4

– M

AB

S +

L2

Bio

ch

imie

+ P

CE

-SV

T Physiologie végétale (et métabolisme végétal)

Dynamique des métabolismes primaire et secondaire des végétaux

supérieurs.

Mots clés : nutrition carbonée, nutrition azotée minérale et

symbiotique, nutrition eau, transport des sèves brute

et élaborée, métabolites secondaires et paroi.

200

Intervenants:

Vincent Burlat

(Biologie)

Cécile Albenne

/Christophe Dunand

(Biochimie)

Guillaume Bécard

(PCE-SVT)

Hua Wang

Valérie Pacquit

Chantal Teulières

Moniteurs & ATERs 7

L2

– S

em

estr

es 4

– M

AB

S

Biotechnologies des microorganismes et des plantes

Intervenants:

Christophe Jacquet

Elodie Gaulin

Arnaud Bottin

+ collègues

microbio & genet

Exploitation des biotechnologies par l’homme dans le cadre du

développement durable.

3 sous-UE des composantes de MABS

Mots clés : OGM, amélioration génétique, marqueurs moléculaires,

plasmides Ti, levures, fermentation alcoolique, conjugaison, plasmide…

60

8

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5

L3

– S

em

estr

e 5

– M

AB

S

Génétique Moléculaire et Amélioration des Plantes

Intervenants:

Jean-Philippe Galaud

Christiane Marque

Chantal Teulières

Stratégies, concepts et outils d’amélioration génétique des végétaux.

Mots clés : Les 3 génomes; organisation et plasticité, génie génétique,

marqueurs moléculaires

50

9

L3

– S

em

estr

e 6

– M

AB

S/B

I

Biologie cellulaire et signalisation végétale

Intervenants:

Vincent Burlat

Valérie Cotelle

Valérie Pacquit

Mots clés :

- Parois, surface cellulaire. Diversité structurale et fonctionnelle.

- Réseaux de signalisation. Adaptation aux facteurs de l’environnement

(lumière, stress abiotiques). Hormones végétales.

35

10

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6

L3

– S

em

estr

e 6

– M

AB

S/B

I

Intervenant:

Laurent Hofman

De la génétique mendélienne aux programmes de sélection et

d’amélioration des espèces végétales d’intérêt agronomique.

Mots clés : Lois de Mendel, QTL caractères agronomiques, systèmes de

reproduction), créations variétales…

Applications de la génétique à l’agronomie

35

11

L3

(&

M1) –

Se

me

str

e 6

– M

AB

S/B

CP

Les bases de l’analyse de séquences.

Mots clés : Alignement deux à deux ; Alignement

multiple (ClustalW);

Comparaison séquences (Blast..); Motifs…

Bioanalyse

Intervenants:

Catherine Mathé

Elodie Gaulin

+ autres EC

bioinformatique

12

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7

13

Licence Professionnelle L3P

Biotechnologie

Spécialité : Amélioration génétique des plantes

MÉTIERS - Assistant- Ingénieur, Technicien spécialisé en recherche - Contrôleur qualité-produit.

SECTEURS PROFESSIONNELS VISES (public ou privé) : - Recherche et le développement : programmes d’exploration et d’amélioration des plantes - Production agricole : agrochimie, production de semences et protection des végétaux

Durée de la formation : 12 mois dont 5 de stage Recrutement : BAC + 2 (BTS, DUT, L2 ou équivalent) Formation initiale et continue , VAE (Validation des Acquis d’Expérience)

L3

PR

O –

dip

lôm

e

Intervenants:

Christiane Marque

Chantal Teulières

Didier Aldon

Jean-Philippe Galaud

Laurent Hoffmann

Maxime Bonhomme

Vincent Burlat

Christophe Roux

Christophe Dunand

Christophe Jacquet

18

13

Contenu de la partie académique (460h, septembre à mars)

Deux Unités d’Enseignement du tronc commun: • Communication dans l’entreprise • Analyse et traitement des données (MB)

Trois Unités d’Enseignement de la spécialité • Exploitation des vitro-méthodes et de la transgénèse (VB, CD, CT, CM)

•Métabolisme et développement • Production végétale in vitro •Embryogénèse somatique et systèmes simplifiés •Transformation génétique •Applications et aspects règlementaires associés aux OGM

• Etude des génomes et phytopathologie (JPG, CM, CR, DA)

•Bases de biologie cellulaire et moléculaire •Génomique structurale et fonctionnelle •Phytopathologie et diagnostic moléculaire

• Schémas de sélection et production de semences (DA, LH, CJ, MB, SR) •Bases génétiques de la sélection • Physiologie de la reproduction •Organisation de la filière semence, méthodes de contrôle qualité

L3

PR

O –

dip

lôm

e

+TPs

14

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8

15

Positionnement des enseignements de biosciences végétales dans le département Biologie & Géosciences (2011-2016)

Master SPE

LICENCE TERRE &

ENVIRONNEMENT

TERRE &

ENVIRONNEMENT

TERRE &

ENVIRONNEMENT

Master ECOLOGIE

LICENCE BIOLOGIE & ENVIRONNEMENT

IPE

BOPE

PCESVT

PPE

BOPE

PCESVT

LICENCE BIOCHIMIE

BBM

BI

BIOCHIMIE

L3

PRO

Master BIOSANTÉ

Master MABS

LICENCE BIOLOGIE

BCP

MABS

BIOLOGIE

PCAV

PCAV APPROFONDISSEMENT « BIOLOGIE, TERRE & ENVIRONNEMENT » APPROFONDISSEMENT « BIOLOGIE & BIOCHIMIE »

PORTAIL SCIENCES DE LA NATURE

L1

L2

L3

SPE : Science de la Planète et de l’Environnement

BOPE : Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes

PCESVT : Prépa. concours d’Enseignants des SVT

IPE : Ingénierie pour l’environnement; PPE : Professorat des Ecoles

BBT : Biochimie et Biotechnologie; BBM : Biochimie et Biologie Moléculaire;

BI : Bioingénierie

MABS : Microbio Agrobiosciences Bioinformatique et biologie des systèmes

BCP : Bio cell et Physiologie

PCAV : Prépa Concours Agro-Véto,

Master BBT &

BI M1 SVT-E

15

M1-M

AB

S

Agro

Food

Chain

Microbio – Génét

QSA

16

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9

M1–

Se

me

str

e 7

– M

AB

S

Outils et stratégies d’analyses globales. Mise en évidence des

spécificités plante / champignon /bactérie

Mots clés : Génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique…

Génomique des Plantes et des Microorganismes

Intervenants:

Jean-Philippe Galaud

Elodie Gaulin

+ EC microbio

55

17

analyses phénotypiques analyse de transcriptome

M1–

Se

me

str

e 7

– M

AB

S

Traitement des Données Biologiques

Intervenant:

Maxime Bonhomme

Initiation aux outils statistiques permettant d’analyser des données biologiques qui sont de nature variable (quantitatives, qualitatives)

55

18

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10

M1–

Se

me

str

e 7

– M

AB

S

initier l’étudiant à la recherche scientifique en lui proposant un véritable

projet scientifique en immersion complète dans un laboratoire pendant 2

mois

Mots clés : hygiène et sécurité, cahier de laboratoire, analyse

bibliographique, techniques de communication scientifique

Stage d’initiation à la recherche

Intervenants:

Valérie Cotelle

+ EC microbio

19

M1–

Se

me

str

e 7

– M

AB

S

TP et TD – anglais scientifique

Mots clés : approches expérimentales de microbiologie moléculaire

étude de la régulation de gènes impliqués dans le pouvoir pathogène.

Xanthomonas campestris; Colletotrichum lindemuthianum

Méthodes expérimentales et publications scientifiques

Intervenants:

Arnaud Bottin

C. Jacquet

+ EC microbio

20

10

24/09/2012

11

.

analyse de structure génétique des populations

analyse génétique de pedigrés

détection de QTL

Génomique et génétique statistique

M1–

Se

me

str

e 7

– M

AB

S

Mise en pratique et utilisation des concepts fondamentaux de la génétique

statistique, incluant la génétique des populations, la génétique quantitative, la

cartographie génétique. Cas concrets en génétique végétale et animale

Intervenant:

Maxime Bonhomme 21

10

.

Stratégies infectieuses des microorganismes

M1–

Se

me

str

e 8

– M

AB

S

Diversité des stratégies infectieuses des bactéries et parasites eucaryotes chez

les animaux et végétaux.

Mots clés : effecteurs, appressorium, système de sécrétion, biotrophie,

nécrotrophie, manipulation de l’hôte

Intervenants:

Christophe Roux

Matthieu Arlat

Elodie Gaulin

Arnaud Bottin

22

55

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12

.

Immunité et symbioses végétales

M1–

Se

me

str

e 7

& 8

– B

I/M

AB

S

Mécanismes de résistance chez les plantes, de la perception du parasite à

l’activation des défenses. Modèle en zig-zag de l’immunité végétale

Mise en place des différents types de symbioses

Comparaisons symbiose - résistance

Intervenants:

Christophe Jacquet

Guillaume Bécard

Elodie Gaulin

Arnaud Bottin 23

10-18

Biologie du Développement des Plantes

M1–

Se

me

str

e 8

– M

AB

S

Intervenants:

Didier Aldon

Vincent Burlat

Christophe Dunand

Laurent Hoffmann

Soizic Rochange

Hua Wang

Influence des facteurs environnementaux

Composés hormonaux et photorécepteurs dans la plasticité

phénotypique. Interactions croisées …

au cours des grandes étapes de développement (germination,

floraison, fécondation, embryogenèse et sénescence)

24

10

semestre 2 2012 Planning Master M1 - EM8BBVBM Biologie du Développement des Plantes

CM QUAND? lieu / heure QUOI ? QUI?

1 Lundi 23 janvier 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Introduction au Développement des plantes D. Aldon

2 jeudi 26 janvier 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Espèces reactives de l'oxygène & développement C. Dunand

3 lundi 30 janvier 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 L'acide abscissique - Perception & Signalisation D. Aldon

4 jeudi 2 février 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Strigolactones, SMS & Développement des plantes S. Rochange

5 lundi 6 février 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Les Gibberellines D. Aldon

6 jeudi 9 février 2012 10h -12h - Bat 2A C11 L'épiderme racinaire: un modèle d'étude de la différenciation cellulaire L. Hoffmann

7 lundi 13 février 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Régulation développement des plantes / facteurs environnementaux exple de la lumière D. Aldon

8 jeudi 16 février 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Cytokinines – brassinosteroides - D. Aldon

9 lundi 20 février 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Contrôles de la floraison D. Aldon

10 jeudi 23 février 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Metabolisme IIdaire & devt des plantes Vincent Burlat

11 lundi 27 février 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Bio du devt - particularités des ligneux H. Wang

12 jeudi 1 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Auxines (Transport & voies de signalisation) H. Wang

13 lundi 12 mars 2012 7h45-9h45 - Bat 2A C11 Maintien de l'intégrité pariétale et acteurs moléculaires L. Hoffmann

14 jeudi 15 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C11 Ethylène /formation fruit H. Wang

TD QUAND?

1 vendredi 27 janvier 2012 10h -12h - Bat 2A C1 ROS & peroxydase C. Dunand

2 vendredi 3 février 2012 10h -12h - Bat 2A C1 TD plantes - environnement & dev D. Aldon

3 vendredi 10 février 2012 10h -12h - Bat 2A C1 TD "New phytohormones" S. Rochange

4 vendredi 17 février 2012 10h -12h - Bat 2A C1 Approches génétiques pour l'étude du développement de l'épiderme d'Arabidopsis. L. Hoffmann

5 vendredi 24 février 2012 10h -12h - Bat 2A C1 TD floraison D. Aldon

6 vendredi 2 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C1 TD Diff et dev trichomes D. Aldon

7 vendredi 16 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C1 Signalisation hormonale & protéasome S. Rochange

8 vendredi 23 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C1 Signalisation auxinique H. Wang

9 vendredi 30 mars 2012 10h -12h - Bat 2A C1 1 TD d'illustration couplé au cours Vincent Burlat

10 vendredi 6 avril 2012 10h -12h - Bat 2A C1 TD prepa TP H. Wang

24/09/2012

13

.

Génétique et épigénétique des plantes

M1–

Se

me

str

e 7

& 8

– B

I/ M

AB

S

Analyse fonctionnelle « Boîte à outils » génétique.

obtention, exploitation et analyse de mutants; génétique directe et inverse,

Epigénétique : modifications de la chromatine, ARN non codants, silencing

Mots clés : EMS, tilling, insertion, RNAi, miRNA & siRNA

Intervenants:

Soizic Rochange

JP Galaud

Valérie Cotelle

Valérie Pacquit

25

10-18

La plante: son utilisation et amélioration par l’homme

Programmes CAPES

M1–

Se

me

str

e 8

–

SV

T-E

Etat de la planète (eau, sol..)

VANA (Valorisation Non Alimentaire Biomasse Végétale)

Développement Durable

Les interactions plantes/environnement

- symbiose

- parasitisme

Intervenants:

Elodie Gaulin

Christophe Jacquet

Guillaume Bécard

Thierry Lamaze

26

25

24/09/2012

14

?

Great Dane >50 kg Chihuahua <3 kg

* Classical and molecular genetics and their use in plant and animal breeding * The techniques used in biotechnology

M1–

Se

me

str

e

8 A

gr

o F

oo

d C

ha

in

Molecular Basis for Plant & Animal Improvement

Intervenant:

Hua Wang 27