Le réseau de plates-formes à votre service
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Le réseau de plates-formes à votre service !
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Le réseau de plates-formes à votre service !
Un réseau inter-régional : Bretagne et Pays de la Loire
GIS avec 13 membres : Anses, CNRS, Ifremer, Inra, Inria, Inserm, Irstea, Université d'Angers, Université de Bretagne Occidentale, Université de Bretagne Sud, Université de Nantes, Université de Rennes 1, Université Bretagne Loire
Plus de 15 ans d’existence
Qu’est-ce que Biogenouest ?
Favoriser l’accès à des plates-formes technologiques de haut niveau
Mutualiser les équipements et les
compétences sur les plates-formes et éviter les
redondances
Participer collectivement à l’évolution technologique
Diffuser la connaissance par des formations
Contribuer au rayonnement scientifique et au
développement économique du Grand Ouest
Missions et objectifs
Coordonner les plates-formes technologiques en sciences du vivant et de l’environnement en Bretagne et Pays de la Loire
Un réseau de 35 plates-formes…
x3
x4
x13
x9
x3 x3
… au service de 4 domaines !
Ouverture
Originalité et innovation (R&D, développement méthodologique et
technologique)
Formation
Plates-formes technologiques
Notre définition :
Une plate-forme est le regroupement sur un ou plusieurs sites des
équipements et des ressources humaines destinées à offrir à une
communauté d’utilisateurs des ressources technologiques de haut niveau.
La plate-forme s’engage à une ouverture large, a minima au niveau inter-
régional, aux expérimentateurs quel que soit leur rattachement (organismes publics, entreprises…).
Critères essentiels :
Acquièrent des équipements collectifs de haute technologie
Recrutent des personnels hautement qualifiés : ingénieurs spécialisés dans plusieurs domaines des biotechnologies
Développent des compétences spécifiques (veille technologique, R&D, etc.)
Organisent des journées d’animation et de formations destinées aux chercheurs (mini-colloques, rencontres, sessions technologiques, etc.)
Sont ouvertes au monde industriel : prestations de services, partenariats commerciaux, collaborations scientifique…
Les plates-formes
ACTIVITE CHIFFRES CLÉS
684 nouveaux utilisateurs des
plates-formes en 2017
+432 personnes dédiées aux
plates-formes en 2017
1114 projets démarrés sur les
plates-forme en 2017
48,2 M€ depuis 2002 pour les plates-formes
18 M€ Région Bretagne
18,2 M€ Région Pays de la Loire
12 M€ RNG/IBiSA
238 prestations pour des entreprises
49 collaborations avec des entreprises en 2017
RAYONNEMENT CHIFFRES CLÉS
378 publications recensées en 2017
Dont 261 publications par les plates-formes et 117 publications
citant une plate-forme
125 grands projets nationaux,
européens et internationaux dans
lesquels les plates-formes sont
engagées en 2017
Dont 96 projets nationaux, 23 projets européens et 6 projets internationaux
113 participations actives
des plates-formes à
des réseaux
régionaux, nationaux,
et internationaux
Dont 19 réseaux et/ou
groupes de travail régionaux,
74 nationaux
et 20 internationaux
1063 personnes formées aux technologies
des plates-formes en 2017
Le réseau des plates-formes
Protéomique • Protim - Rennes
• Impact - Nantes
• P2R - Nantes
• Cristallographie - Roscoff
Génomique • GEH - Rennes
• Plate-forme Génomique de Nantes - Nantes
• Genomer - Roscoff
Bio-informatique
•GenOuest - Rennes
•BiRD - Nantes
•ABiMS - Roscoff
Exploration fonctionnelle Vectorisation virale et non virale
• Production de vecteurs viraux - Nantes
• SynNanoVect - Rennes & Brest
• LentiVec - Angers
Transgenèse, modèles animaux et cellulaires
• Transgenèse Xénopes - Rennes
• TRIP - Nantes
• LGA - Nantes
• iPSC - Nantes Criblage et analyses fonctionnelles
• Therassay - Nantes
• ImPACcell - Rennes
•Biodimar - Brest
•KISSf - Roscoff
• CHEM-Symbiose - Nantes
• Cytocell - Nantes
Bio-imagerie
•MRic - Rennes
•PRISM – Rennes, Angers
•H2P2 - Rennes
•MicroPICell - Nantes
•Arronax - Nantes
•Neurinfo - Rennes
•PFCMV - Le Rheu
•APEX - Nantes
•Merimage - Roscoff
Analyse structurale et métabolomique
•BiBS - Nantes
• Corsaire - Angers, Brest, Nantes, Rennes & Roscoff
• Phenotic - Angers
Labellisées IBiSA
Reconnaissance nationale
Certifiées ISO 9001
Plus d’infos
Annuaire des plates-formes
Site internet
www.biogenouest.org
Gen2Bio
12e édition
3 conférences plénières
24 ateliers technologiques
1 exposition partenaires
1 session posters
Contacts : cellule d’animation
Marilène VALLOIS - Assistante de direction (Mise à disposition INRA – 80%)
Gestion et suivi budgétaire – secrétariat
Manuel SORROCHE - Chargé de communication (CDD INRA – 100%)
Evénementiel, création, et conseil aux plates-formes [email protected]
Jocelyne LE SEYEC - Chargée de mission (Mise à disposition ID2Santé – 50%)
Coordination des plates-formes, animation et formation [email protected]
Christian DIOT - Directeur (Mise à disposition INRA)
Merci de votre attention !
La plate-forme GEH propose la réalisation et l'accompagnement des projets de séquençage, de la préparation des librairies jusqu'à l'analyse primaire bioinformatique des données générées par les équipements dédiés au NGS.
GEH propose également une mise à disposition de certains des équipements après formation et habilitation.
Génomique Environnementale et humaine
Responsable : Philippe VANDENKOORNHUYSE GEH
En plus des applications classiques de séquençage, GEH développe la production d’amplicon à grande échelle et son analyse, le RNASeq, le ChipSeq... Dans différents cas, des pipelines d'analyses ont été mis en place avec les utilisateurs. Dotée d’un appareil très haut débit unique en France, la plate-forme propose la conduite de projet pour les analyses fonctionnelles (qPCR and RT-qPCR, dPCR) et le génotypage SNP.
Grâce aux compétences d’un personnel dédié et hautement qualifié, la plate-forme conseille, propose et développe des prestations de génomique : séquençage haut-débit (génomes, exomes, capture de gènes...), génotypage haut-débit, étude du transcriptome (RNA-Seq et puces à ADN), et séquençage capillaire.
Génomique Nantes
Responsable : Richard REDON Génomique de Nantes
L’analyse des données est facilitée par les liens étroits avec la plate-forme BiRD. La plate-forme propose également une mise à disposition de ressources après formation et habilitation.
Ces prestations ne sont pas limitées en terme d’espèces étudiées et peuvent s’appliquer aux domaines de la mer, de l’agronomie, de l’environnement et de la santé.
La plate-forme Genomer développe des applications autour de thématiques environnementales : l'analyse de la diversité infraspécifique (génomique des populations, découverte de SNPs, génotypage haut débit), la génomique et la transcriptomique.
Au-delà du séquençage massif, la plate-forme est impliquée dans le développement de protocoles liés aux spécificités des modèles marins.
Après formation, les utilisateurs peuvent avoir accès en autonomie aux équipements de pointe.
Genomer
Responsable : Claire DAGUIN Genomer
Protim
Responsable : Charles PINEAU
La plate-forme consacre sa R&D à deux axes de recherche :
Développement de solutions innovantes en imagerie par spectrométrie de masse MALDI pour la toxicologie mécanistique et réglementaire et pour la recherche in situ de biomarqueurs de pathologies
Développement d’approches de protéomique intégrative et de protéogénomique pour l’extraction d’informations biologiques pertinentes à partir de jeux de données de protéomique à grande échelle sur des échantillons complexes.
Protim offre un ensemble de technologies de pointe dédiées à l’analyse des protéomes, depuis l’identification sensu stricto de protéines jusqu’à la prise en charge complète de programmes protéomiques de grande ampleur.
Protim
La plate-forme IMPACT offre un ensemble de technologies de pointe dédiées à l'étude globale des interactions moléculaires depuis le criblage à haut débit jusqu'à leur caractérisation et l'analyse structure-fonction par un ensemble d'approches biophysiques.
IMPACT
Applications : Etude des interactions protéine-protéine, antigène-anticorps, protéine-acide
nucléique, protéine- glycosides, protéine-ligand chimique, etc. Etude de profil d’expression de protéines, de leurs activités Recherche de biomarqueurs et de cibles d’intérêt Evaluation de la réponse immunitaire Analyse des complexes moléculaires Etude des modifications post traductionnelles (phosphorylation, acétylation, etc.) Criblage de biomolécules d’intérêt Développement d’outils diagnostiques, d’essais immunologiques et
de tests de spécificité Evaluation des paramètres thermodynamiques des équilibres liés aux
interactions biomoléculaires Etude de la stabilité des macromolécules purifiées.
Responsable : Pierre WEIGEL Impact
La plate-forme de production de protéines recombinantes P2R offre un large éventail de compétences pour la production et la purification de protéines recombinantes et d’anticorps.
P2R
Applications :
P2R fournit des complexes CMH/peptide de classe I humains, de rat ou de souris aux équipes d’immunologistes.
P2R a développé des compétences en production des protéines principalement dans le domaine de la santé : CMH/peptide, cytokines, molécules de co-stimulation, anticorps murins, anticorps chimérisés, etc.
P2R peut analyser et purifier les protéines recombinantes et accompagner les projets R&D de production de protéines recombinantes (en système procaryote ou eucaryote).
Responsable : Frédéric PECORARI P2R
La plate-forme de cristallographie propose 2 services :
Cristallogenèse : permet, à partir d’une protéine soluble, pure et très concentrée, de chercher des conditions de cristallisation, de reproduire et d’optimiser ses conditions afin d’obtenir des cristaux utilisables pour une collecte de données de diffraction au rayon X.
Cristallographie : pour réaliser la collecte de donnée de diffraction au rayon X, d’analyser les données obtenues afin de résoudre la structure 3D des protéines. La résolution de structure peut se faire i) par remplacement moléculaire (RM) quand la protéine a des homologues à structure connue, ou par des techniques de marquage avec des atomes lourds (métaux, sélénium) combiné à la collecte à plusieurs longueurs d’ondes (méthode MAD/SAD) dans le cas où le repliement protéique de la structure 3D est nouveau.
Responsable : Myrjam CZJZEK Cristallographie
Cristallographie
La plate-forme de production de vecteurs viraux a développé et validé des procédés de production et caractérisation de 2 types majeurs de vecteurs viraux de transfert de gènes : les adénovirus et les virus adéno-associés. Destinés à des applications in vitro et in vivo, ces vecteurs sont régulièrement utilisés pour évaluer ou moduler l'expression d'un gène dans un modèle cellulaire ou pour étudier des stratégies thérapeutiques en cancérologie, pour le traitement de maladies génétiques, acquises ou dégénératives.
Centre de production de vecteurs viraux
Responsable : Véronique BLOUIN
Le groupe R&D de la plate-forme développe des outils biologiques et des procédés de production et purification de vecteurs viraux compatibles avec une utilisation en clinique humaine (contraintes GMP).
Production de vecteurs viraux
La plate-forme SynNanoVect « Production de vecteurs de synthèse et vectorisation de biomolécules » propose une large gamme de vecteurs synthétiques efficaces pour le transfert de constructions d’acides nucléiques et de molécules thérapeutiques que ce soit pour des applications in vitro ou in vivo. Cette plate-forme offre également plusieurs services :
La caractérisation des nanocomplexes lipidiques et de leurs propriétés physicochimiques
Un système d’imagerie du petit animal par bioluminescence et fluorescence
Des appareillages pour l’étude préclinique de la tolérance
Un service d’électroporation.
SynNanoVect
Responsable : Tristan MONTIER SynNanoVect
LentiVec
La plate-forme LentiVec « Production de Vecteurs Lentiviraux » permet la construction à façon d’un vecteur lentiviral spécifique à la séquence d’intérêt que le chercheur souhaite exprimer (promoteurs, gènes, système ARN interférent...).
Cette plate-forme offre plusieurs services :
Le développement d’un vecteur lentiviral, qu’il soit utilisé pour la surexpression d’un gène ou son inhibition
L’aide au clonage pour l'obtention d'un vecteur lentiviral recombinant
La production, purification, concentration et titration d'un lot de particules lentivirales
La réalisation de test de biosécurité
L’appui scientifique et technique pour des projets innovants par les activités de R&D
LentiVec
Responsable : Guillaume PODEVIN
La plate-forme propose à toute équipe de recherche la possibilité d'utiliser les modèles xénopes (X. laevis et X. tropicalis) pour ses travaux. Les animaux adultes, embryons, têtards, ovocytes sont produits au centre.
Le plateau de recherche propose différentes prestations :
Création de lignées transgéniques
Mutagenèse
Criblage phénotypique
Microinjection dans l'ovocyte et criblage électrophysiologique d'ovocytes microinjectés…
Transgenèse Xénopes
Responsable : Christophe HELIGON Transgenèse Xénopes
TRIP
TRIP « Trangenèse Rat et ImmunoPhénomique » est la seule structure académique en France, et une des rares en Europe, à posséder un savoir-faire dans le domaine de la transgenèse chez le rat, depuis plus de 15 ans.
Les activités de la plate-forme :
Développement des modèles à façon de rats transgéniques, knock-out ou knock-in pour l’étude de pathologies humaines ou pour des études de gènes et de fonctions biologiques particulières.
Immunophénotypage et analyse de la réponse immune de modèles de rats génétiquement modifiés
R&D : la plate-forme est pionnière dans le
développement et la validation de technologies
innovantes pour générer des invalidations
ciblées chez le rat.
TRIP
Responsable : Ignacio ANEGON
LGA
Le LGA (laboratoire des grands animaux) est spécialisé dans la chirurgie expérimentale de modèles pré-cliniques de transplantation, ainsi que dans diverses procédures chirurgicales et/ou immunomonitorage sur porcs et primates.
LGA
Responsable : Gilles BLANCHO
Le laboratoire est ouvert à la recherche, à l'enseignement, mais également à des tests réglementaires in vivo. Il est spécialisé dans la chirurgie, en particulier d’allo et de xénotransplantation rénale dans des modèles pré-cliniques, mais également dans d’autres procédures chirurgicales (test de nouvelles techniques, nouveaux matériels, etc.) et enfin l'immunomonitorage des animaux en expérimentation.
iPSC
La plate-forme met à disposition de la communauté scientifique son savoir-faire en matière de cellules souches pluripotentes (homme, rat, souris) pour des applications en médecine régénérative, en physiopathologie ou biologie du développement.
La plate-forme propose :
la reprogrammation de cellules adultes en cellules IPS,
des formations aux techniques de reprogrammation et de cultures cellulaires de cellules souches pluripotentes,
l’édition du génome de cellules souches pluripotentes.
iPSC
Responsable : Laurent DAVID
Therassay
Therassay est une plate-forme d'exploration fonctionnelle sur le petit animal. Elle offre les moyens techniques et l’expertise pour l’analyse de nouvelles voies thérapeutiques ou nutritionnelles, depuis la validation de cibles d’intérêt jusqu’à l’évaluation de molécules en pharmacologie de sécurité :
Exploration fonctionnelle des pathologies cardiovasculaires, métaboliques, musculaires, digestives, respiratoires et cancéreuses sur le petit animal
Validation à un niveau pré-clinique de nouvelles cibles d’intérêt thérapeutique
Therassay
Responsable : Flavien CHARPENTIER
Evaluation des effets thérapeutiques ou protecteurs de molécules ou de composés alimentaires
Caractérisation des effets d’un produit : identification de son action, des organes cibles, des doses actives
ImPACcell
La plate-forme ImPACcell propose un service d’analyse du contenu cellulaire par l'image (HCS/HCA) pour détecter, analyser et quantifier des phénomènes biologiques tels que la toxicité, la motilité cellulaire, le cycle cellulaire, l'apoptose, la perturbation de voies de signalisation au niveau cellulaire et dans des petits organismes. Elle est configurée autour de 3 plateaux :
Plateau automatisé de cultures et de tests cellulaires
Plateau de microscopie automatisée pour l'analyse multifactorielle et multiparamétrique d'images
Plateau de bioscreening de molécules exogènes basé
sur l'étude de différentes lignées cellulaires
adhérentes sur support pour culture
cellulaire (plaques de 6 à 384 puits).
ImPACcell
Responsable : Rémy LE GUEVEL
Biodimar
BIODIMAR® est une plate-forme technologique à l’interface Mer/santé, spécialisée dans l’étude de la biodiversité.
BIODIMAR® est spécialisée dans l’extraction, la purification et la caractérisation des biomolécules.
Le développement de biotests spécifiques peut se faire à la demande.
Elle a pour vocation la valorisation de substances bioactives d’origine marine (mais aussi terrestre) dans le domaine de la santé, la cosmétologie, la nutraceutique et l’antifouling.
Biodimar
Responsable : Claire HELLIO
KISSf
La plate-forme spécialisée de criblage d’inhibiteurs KISSf offre un service d’évaluation à moyen-débit de la bioactivité de composés chimiques.
En utilisant un panel sélectionné de protéines kinases, les analyses réalisées permettent d’évaluer les propriétés thérapeutiques de molécules d’intérêt.
En intervenant sur des mécanismes cellulaires particuliers (notamment la mitose et la mort cellulaire programmée), l’activité technique de KISSf se situe dans le domaine de la biologie et de la santé.
KISSf
Responsable : Stéphane BACH
CHEM-Symbiose
CHEM-symbiose est une plate-forme de prestations collaboratives ou de services pour la synthèse de molécules chimiques d’intérêt. Elle est destinée à répondre à un besoin des chercheurs académiques des sciences du vivant en molécules organiques rares ou non disponibles dans le commerce, difficilement accessibles ou nécessitant un savoir-faire particulier pour leur préparation. Cette plate-forme a aussi pour objectif d’accompagner des projets de recherche collaboratifs en préparant des molécules originales pour l’innovation thérapeutique ou la validation de concept.
CHEM-Symbiose
Responsable : Jacques LEBRETON
Cytocell
La plate-forme Cytocell propose un ensemble de prestations axées autour de la cytométrie de flux multi-paramétrique, du tri cellulaire et de l’imagerie en cytométrie. Ces ressources permettent de caractériser et séparer des populations de cellules, procaryotes comme eucaryotes, ou de particules (vésicules, nanoparticules, organites…) pour la recherche fondamentale et/ou clinique.
Cytocell
Responsable : Nathalie LABARRIERE
MRic
La plate-forme d’imagerie MRic propose un accès réglementé à des systèmes d'imagerie, ainsi qu’une aide scientifique et technique à la conception de projets et d'expériences.
Adossée à des équipes de recherche, la plate-forme a également une activité soutenue de R&D dédiée à la conception de prototypes et de méthodes en microscopie.
MRic dispense des formations aux techniques de microscopie.
MRic
La plate-forme s'articule autour de 2 plateaux techniques :
MRic-Photonics : microscopie de fluorescence pour le vivant, FRAP, FRET, FLIM, FCS
MRic-TEM : cytologie ultrastructurale, immunomicroscopie électronique, coloration négative,
cryo-microscopie électronique
Responsable : Marc TRAMIER
PRISM La plate-forme donne accès à des outils d’imagerie et de spectroscopies complémentaires permettant un examen à différentes échelles : molécule, cellule, et tissus. Ces examens sont possibles in-vivo pour le petit et moyen animal et pour des produits biologiques.
Domaines d’applications :
Biomédical (imagerie fonctionnelle cérébrale, imagerie anatomique, évaluation de traitement, etc.)
Biologie structurale (étude des interactions protéines/lipides, la chimie, les traceurs pour l’imagerie…)
Sciences de l’aliment et de l’agronomie (étude de la mobilité moléculaire dans les systèmes complexes, impact du stress hydrique sur les végétaux…)
Génie des procédés (micro-diffusion de l’eau dans les milieux poreux, transferts de chaleur et de matière dans les bioproduits…).
PRISM
La plate-forme PRISM est articulée en 4 composantes : Ani-SCANs - Imagerie multi-modalité appliquée au modèle porc Agro-SCANs - IRM multi-échelle et RMN en agronomie et agro-alimentaire Bio-SCANs - IRM et SRM du petit animal et applications cliniques Bio-RMN - Spectroscopie RMN structurale et biologique
Responsable : François MARIETTE
H2P2
H2P2
Responsable : Alain FAUTREL
La plate-forme d’histopathologie H2P2 met à disposition de la communauté scientifique les outils d’histologie classiques :
Congélation, fixation, inclusion de tissus, coupes fines au microtome et cryostat, coloration, immuno-histochimie, hybridation in situ sur coupes de tissus, etc.
Et des technologies plus innovantes telles que :
La microdissection laser
Le tissue multi array (TMA) qui permet de regrouper sur un même bloc de paraffine des centaines de tissus différents
La spectroscopie Raman : méthode non destructive
d'observation et de caractérisation de la composition
moléculaire.
MicroPICell
La plate-forme MicroPICell propose un ensemble de prestations axées autour de l’imagerie cellulaire à fluorescence et de l’histologie.
MicroPiCell regroupe des équipements en histologie et en bio-imagerie photonique. Elle possède les compétences scientifiques et techniques pour la réalisation de projets scientifiques en sciences du vivant.
MicroPiCell propose de nombreuses formations liées aux techniques de microscopie photonique et d’analyse d’images.
MicroPICell
Responsable : Perrine PAUL-GILLOTEAUX
Arronax
Le cyclotron ARRONAX est un accélérateur multi-particules, de haute énergie (70 MeV) et forte intensité (2 x 375 µA) permettant de produire des radioisotopes innovants à usage médical, pour l'élaboration de radiopharmaceutiques pour le diagnostic (imagerie TEP : Cu64, Sc44) et la thérapie (alpha radiothérapie vectorisée : At211).
La présence sur site d'une annexe de la pharmacie à usage interne du CHU de Nantes permet de produire et délivrer des médicaments expérimentaux pour des essais cliniques en Médecine nucléaire.
Arronax
Responsable : Férid HADDAD
Neurinfo
La plate-forme d'imagerie et de neuroinformatique (Neurinfo) offre des ressources d'acquisition, de gestion et de traitement d'images pour le développement et la valorisation d'activités de recherche clinique, méthodologique et technologique :
Neurinfo
Réalisation, suivi et coordination du volet imagerie IRM d’études de recherche clinique et de recherche fondamentale menées sur la plate-forme
Mise au point des protocoles d’acquisition IRM et optimisation des séquences
Acquisition des données
Mise au point d’outils de traitement de données et exploitation des données
Gestion des données, etc.
Responsable : Christian BARILLOT
La plate-forme met à disposition un savoir-faire en matière d'hybridation in situ fluorescente (FISH) sur chromosomes en mitose et en méiose :
Localisation sur les chromosomes de séquences d'ADN répétées (FISH)
Hybridation génomique in situ (GISH) qui permet la différenciation des chromosomes parentaux chez des structures hybrides interspécifiques ou polyploïdes
Localisation et organisation physique de clones BAC (BAC-FISH) sur chromosomes en mitose et en méiose (stade pachytène)
pour une résolution plus fine
Le BAC-Fiber-FISH sur fibres d'ADN peignées permet l'analyse d'arrangements de séquences et l’identification de la longueur physique en kilobases.
PFCMV
L’outil principal de la plate-forme est l’Hybridation in situ en fluorescence (FISH) sur préparation chromosomique en mitose, méiose et fibres d’ADN. Le pouvoir de résolution de la FISH permet une analyse fine de la structure des chromosomes.
PFCMV
Responsable : Olivier CORITON
APEX
La plate-forme d’expertise en anatomie pathologique pour la recherche (APEX) apporte à la communauté scientifique une expertise en histopathologie animale et en phénotypage tissulaire et cellulaire. Pour évaluer l’impact d’une maladie ou d’un agent exogène sur l’organisme, APEX combine une exploration morphologique tissulaire à celle par bio-imagerie en fluorescence.
APEX
Responsable : Marie-Anne COLLE
Merimage
La plate-forme Merimage s’articule autour de 2 pôles d'activités : Le pôle optique offre un accès réglementé à de nombreux systèmes
d'imagerie, permet d’étudier des échantillons biologiques en imageant la fluorescence émise par les fluorochromes et en étudiant des phénomènes dynamiques.
Le pôle électronique offre des prestations d’analyse structurale ainsi que diverses techniques d’immunohistochimie.
Merimage
Responsable : Sophie LE PANSE
BiBS
BiBS réunit des équipements dédiés à l’étude des biopolymères (polysaccharides, protéines, lipides). Ils permettent de caractériser leur structure, leurs interactions, leur organisation et leur localisation dans des systèmes d’origine biologique (tissus ou organes végétaux, algues, milieux bactériens, etc.) ou synthétiques (aliments, matrices alimentaires, biofilms, matériaux composites, etc.).
BiBS
Les outils disponibles permettent également d’aborder des paramètres dynamiques (diffusion, mobilité), de suivi d’activités de dégradation ou de transformation, ainsi que de cribler des collections larges d’échantillons sur des critères chimiques et structuraux.
Techniques : microscopies, RMN, spectrométrie de masse, phéno-chemotypage
Responsable : Hélène ROGNIAUX
Corsaire
La plate-forme Corsaire repose sur le fonctionnement en réseau de plateaux analytiques aux champs de compétences technologiques et thématiques complémentaires, offrant la possibilité de réaliser des :
Analyses ciblées de métabolites
Profils métaboliques
Empreintes métaboliques
Approches métabolomiques
Caractérisations structurales de métabolites
Plate-forme Corsaire
Responsables : Alain BOUCHEREAU et Bruno LE BIZEC
Les compétences analytiques et méthodologiques développées au sein des différents plateaux permettent de proposer des analyses approfondies, qualitatives ou quantitatives, sur une très large gamme de famille de métabolites extraits de matrices biologiques d’origines diversifiées (animale, végétale, microbienne).
pour Corsaire-Laberca
La plate-forme d'instrumentation et d'imagerie « PHENOTIC Semences et Plantes » rassemble des outils de phénotypage basés sur l’acquisition et le traitement d’images, en imagerie conventionnelle / non conventionnelle, en haut débit et/ou haute précision des mesures et intégrant les compétences et les expertises des équipes de recherche STIC et sciences du végétal.
Phenotic
La plate-forme propose des services autour de modalités d’imagerie telles que :
l’imagerie visible,
les imageries multi et hyper spectrale,
l’imagerie thermographique,
l’imagerie de fluorescence de chlorophylle,
l’imagerie de profondeur,
l’imagerie 3D,
les imageries RX et tomographique RX 3D.
Responsable : Tristan BOUREAU et Etienne BELIN Phenotic
GenOuest
La plate-forme GenOuest offre l’accès à un environnement bio-informatique complet combinant une infrastructure matérielle et logicielle, des bases de données publiques, des outils et chaînes de traitements, le support associé. Cet environnement est exploitable de diverses façons : cluster, cloud privé, portail web.
GenOuest
Responsable : Olivier COLLIN
GenOuest propose le développement d’applications bio-informatiques ainsi qu’une expertise et des formations. Elle assure également le transfert technologique des nouveaux outils issus de la recherche en bio-informatique de l’Institut dont elle dépend.
BiRD
BiRD
Responsable : Audrey BIHOUEE
Grâce aux liens étroits avec la plate-forme génomique et aux compétences d’un personnel dédié et hautement qualifié, la plate-forme BiRD a construit une expertise en analyse de données de génomique et en développements bio-informatiques autour des workflows d’analyse. L’offre de la plate-forme s’articule en 3 volets :
La mise à disposition d’environnements matériels et logiciels (cluster de calcul, Galaxy, Cloud)
La prise en charge de projets de bio-analyse pour les applications de séquençage massif (analyse de variants et transcriptomique), génotypage haut-débit ou puces à ADN
La formation à l’analyse de données et langages informatiques
ABIMS
ABiMS
Responsable : Erwan CORRE
ABiMS propose des analyses et des développements aux équipes de recherche dans le cadre de collaboration scientifique sous forme de projets.
Son offre de service est répartie en cinq activités :
e-infrastructure : cluster de calcul, Galaxy, JBrowse/Apollo, RStudio, banques, stockage and logiciels scientifiques
Bio-analyse : analyse de données ‘-omics’ (RNAseq, assemblage, metagénomique, metabarcoding, etc.)
Ingénierie logicielle : création de sites web, logiciels et de base de données
Formation : RNASeq, phylogénie, Linux, R, Python
Support : pour l’utilisation des ressources de calcul (logiciel, données, etc.) La plate-forme ABiMS appartient aux infrastructures nationales : Institut Français de Bioinformatique (IFB) et EMBRC-France.
