Le laboratoire d'hier à demain

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    05-Jan-2017
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  • EEccoollee SSuupprriieeuurree ddee llaa SSaanntt,, LLaauussaannnnee

    TTrraavvaaiill rraalliiss ssoouuss llaa ssuuppeerrvviissiioonn ddee

    MMmmee MMaarriiee--JJooss DDeelliissllee

    MMaarrss 22001155

    CClliiaa FFoorrllaannii,, TTAABB 5544mmee vvoollee

  • SSoommmmaaiirree Mots cls: automatisation, volution, anciennes mthodes, entrobactries, hmocultures Les techniciens en analyses biomdicales jouent un rle essentiel dans le diagnostic et le traitement de certaines maladies. Jai dcid deffectuer ce travail pour mieux connatre ce mtier, son histoire et ce quoi il pourrait ressembler dans les annes venir. Pour cela, jai choisi une technique en bactriologie: la dtection et lidentification dentrobactries dans les hmocultures. Mon but est de montrer les changements de ces 30 dernires annes et quelques exemples de ceux prvus dans les 10 prochaines annes. Grce aux interviews de quatre technicien(ne)s en analyses biomdicales et du mdecin chef de lInstitut de Microbiologie, jai analys ces donnes sous plusieurs angles:

    La description des anciennes et actuelles techniques dans les faits.

    La comparaison de celles-ci, leurs avantages et inconvnients.

    La description des changements possibles dans le futur.

    Le ressenti des techniciens et du mdecin chef par rapport au laboratoire du futur .

    AAbbssttrraacctt Key words: automation, evolution, old methods, enterobacteria, blood cultures The technicians in biomedical analysis play an essential role in the diagnosis and treatment of some diseases. I decided to do this work to get to know this job, its history and what it might look like in the coming years. For this I chose a bacteriological technique: the detection and identification of enterobacteria in blood cultures. My goal is to show the changes of these last 30 years and some examples of those anticipated in the next 10 years. Thanks to the interviews with the four technicians in biomedical analysis and the medical chief officer of the Institute of Microbiology, I analyzed these data in different ways:

    The description of the past and present techniques in practice.

    The comparison of these, their advantages and disadvantages.

    The description of possible changes in the future.

    The feeling of technicians and medical chief officer over the laboratory of the future.

  • RReemmeerrcciieemmeennttss En prambule ce travail, je tiens remercier toutes les personnes ayant aid son laboration. Mes remerciements sadressent tout particulirement Mme Maria Senra Ortiz pour toute laide quelle ma apporte. Je remercie galement Mme Marie-Jos Delisle pour mavoir accompagne durant ce travail. Un grand merci au Professeur Gilbert Greub pour ses conseils et sa disponibilit, ainsi qu Mme Carole Massonnet, Mme Dominique Pilloud, M. Ali Aliu et M. Alessandro Matteo pour leur participation aux interviews. Je remercie finalement le Dr. Guy Prodhom et M. Christian Durussel pour laide quils mont apporte.

  • TTaabbllee ddeess mmaattiirreess

    1 INTRODUCTION GNRALE ................................................................................................ 1

    1.1 LABORATOIRE DE BACTRIOLOGIE DU CHUV: ......................................................................... 1 1.1.1 DESCRIPTION ............................................................................................................................... 1 1.2 ANALYSE CHOISIE: ...................................................................................................................... 2 1.2.1 RAISONS DE CE CHOIX ................................................................................................................. 2

    2 BUTS ............................................................................................................................................. 3

    3 INTRODUCTION : ASPECTS THORIQUES ....................................................................... 4

    3.1 LES ENTROBACTRIES: .............................................................................................................. 4 3.1.1 CARACTRES COMMUNS TOUTES LES ENTROBACTRIES: ...................................................... 5 3.1.2 PRLVEMENTS ET PATHOLOGIES ASSOCIS AUX ENTROBACTRIES: ...................................... 5 3.1.3 ENTROBACTRIE LA PLUS FRQUEMMENT RENCONTRE: ........................................................ 6 3.2 LES HMOCULTURES: ................................................................................................................... 7 3.2.1 TECHNIQUE: ................................................................................................................................ 7 3.2.2 GERMES PATHOGNES VERSUS CONTAMINATIONS: .................................................................... 7 3.2.3 SEPTICMIE OU SEPSIS: (SANT-MDECINE, 2015)(YERSIN & VINET, 2008)............................ 8 3.3 AUTOMATES ET TESTS BIOCHIMIQUES: ...................................................................................... 9 3.3.1 BD BBL SEPTI-CHEK, DE LA MAISON HARDY DIAGNOSTICS ............................................. 9 3.3.2 VITAL, DE LA MAISON BIOMRIEUX ....................................................................................... 9 3.3.3 BD BACTEC FX, DE LA MAISON BECTON DICKINSON .......................................................... 9 3.3.4 GALERIES MAISONS (IDENTIFICATION EN TUBE), API (IDENTIFICATION) OU ATB

    (ANTIBIOGRAMME), DE LA MAISON BIOMRIEUX: .................................................................... 10 3.3.5 VITEK 2, DE LA MAISON BIOMRIEUX : ................................................................................ 10 3.3.6 MALDI-TOF: MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION/IONISATION TIME-OF-FLIGHT, DE LA

    MAISON BIOMRIEUX ................................................................................................................ 12 3.3.7 PETITS TESTS BIOCHIMIQUES: ................................................................................................... 12 3.4 SYSTME INFORMATIQUE: ......................................................................................................... 12 3.4.1 MOLIS: MODULAR OPEN LABORATORY INFORMATION SYSTEM ............................................ 12

    4 MATRIEL ET MTHODES .................................................................................................. 13

    4.1 INTERVIEWS: ............................................................................................................................... 13 4.1.1 CHOIX DES PROTAGONISTES ...................................................................................................... 13 4.1.2 LIEUX DE RENCONTRE ............................................................................................................... 13 4.1.3 DROULEMENT DES INTERVIEWS .............................................................................................. 13 4.1.4 CONSTRUCTION DU PROJET ET RDACTION DES INTERVIEWS ................................................... 13

    5 RSULTATS .............................................................................................................................. 15

    5.1 PRSENTATION DES QUATRE TECHNICIEN(NE)S INTERVIEW(E)S: ....................................... 15 5.2 1RE PARTIE: DESCRIPTION DES MTHODES UTILISES AU FIL DU TEMPS ............................... 15 5.2.1 TAPES ACTUELLES DE DTECTION ET DIDENTIFICATION DENTROBACTRIES DANS LES

    HMOCULTURES: ....................................................................................................................... 15 5.2.2 TAPES DE DTECTION ET DIDENTIFICATION DENTROBACTRIES DANS LES

    HMOCULTURES AVEC LES ANCIENNES MTHODES: ................................................................. 17

  • 5.3 2ME PARTIE: VISION ET RESSENTI DES TAB PAR RAPPORT CES VOLUTIONS ..................... 19 5.3.1 PLACE DE LANALYSE CHOISIE DANS LE LABORATOIRE: .......................................................... 19 5.3.2 COMPARAISON DES MTHODES: ................................................................................................ 19 5.3.3 AVEC LA MTHODE ACTUELLE: ................................................................................................. 22 5.3.4 MTHODE ACTUELLE: POUR LE CLINICIEN ET LA PRISE EN CHARGE DU PATIENT ..................... 29 5.3.5 MTHODE ACTUELLE: POUR LE LABORATOIRE ......................................................................... 29 5.3.6 MTHODE ACTUELLE: POUR LE TECHNICIEN EN ANALYSES BIOMDICALES ............................ 29 5.3.7 VOLUTION FUTURE: INFORMATISATION DES DONNES ........................................................... 30 5.3.8 VOLUTION FUTURE: RESSENTI DES TECHNICIENS .................................................................... 30 5.3.9 VOLUTION FUTURE: CONSQUENCES ...................................................................................... 31 5.3.10 VOLUTION FUTURE: SPCIFIQUEMENT POUR LA DTECTION ET LIDENTIFICATION

    DENTROBACTRIES DANS LES HMOCULTURES ..................................................................... 32 5.3.11 VOLUTION FUTURE: POUR LA FORMATION DE TECHNICIEN EN ANALYSES BIOMDICALES .... 32 5.3.12 VOLUTION FUTURE: AUTOMATISATION COMPLTE ................................................................. 33 5.4 3ME PARTIE: INTERVIEW DU PROFESSEUR GILBERT GREUB ................................................... 34 5.4.1 PRSENTATION DU MDECIN INTERVIEW: ............................................................................... 34 5.4.2 MOMENTS CLS DE LVOLUTION DE LA DTECTION ET DE LIDENTIFICATION

    DENTROBACTRIES DANS LES HMOCULTURES: ........................