Laboratoire Ploufragan- Plouzané

DIRECTION SCIENTIFIQUE DES LABORATOIRES

Programmes de travail

des laboratoires

pour l’année 2014

Laboratoire Ploufragan-

Plouzané

Laboratoire de Ploufragan-Plouzané

Le laboratoire

Le laboratoire de Ploufragan-Plouzané étudie :

les agents responsables des maladies ayant un fort impact sur l’économie des productions avicoles, cunicoles, porcines et piscicoles ou sur le potentiel immunitaire des animaux ;

les maladies émergentes

la transgression de la barrière d’espèces pour les agents pathogènes des volailles, des lapins et des porcs.

Il analyse les méthodes d’élevage et leurs évolution au regard de leurs conséquences éventuelles :

sur la santé et le bien être des animaux ;

sur la qualité des produits qui en sont issus ;

sur la santé des éleveurs.

Il développe des outils et méthodes de diagnostic et de prévention chez les animaux.

Il évalue également l’impact des polluants environnementaux sur les animaux et les risques liés à la

consommation des aliments issus de ces filières.

Il contribue à prévenir la contamination bactériologique des aliments issus des filières qui sont dans

son champ de compétence.

Enfin, il est laboratoire de référence pour plusieurs maladies ou contaminants alimentaires

zoonotiques. Il fournit à ce titre aux organismes internationaux ou à l’État un appui scientifique et

technique pour le contrôle vétérinaire (analyse de prélèvements, fourniture de réactifs de référence,

suivi de la qualité des analyses des laboratoires de diagnostic…) et les scientifiques du laboratoire

participent activement aux Comités d’Experts Spécialisés ou Groupes d’Expertise Collective

d’Urgence de l’Anses.

La recherche et la référence du laboratoire s’organisent autour de la collaboration entre ses unités

d’infectiologie, ses unités d’épidémiologie et ses services expérimentaux confinés ou non.

Unité Epidémiologie et bien-être en aviculture et cuniculture (EBEAC)

Chef d’unité : Virginie Michel

L’unité Épidémiologie et Bien-Être en aviculture et cuniculture (EBEAC) travaille sur des projets relevant à la fois de la santé animale (approche épidémiologique), du bien-être animal et de la santé du consommateur et de l’éleveur.

Les activités de l’unité s’orientent autour de 3 thématiques principales :

1) L’étude de l’influence des systèmes et pratiques d’élevage sur : la santé, le bien-être et les performances des animaux, intitulée « Système d’élevage – santé et bien-être animal ».

2) L’étude de l’impact des systèmes et pratiques d’élevage sur la sécurité sanitaire et l’hygiène des produits ainsi que la qualité sanitaire de l’environnement d’élevage, intitulée « Système d’élevage – Qualité sanitaire ».

3) La surveillance, l’épidémiologie descriptive et analytique des maladies réglementées et/ou d’élevage, intitulée « Épidémiologie des maladies aviaires »

Les thèmes qui seront développés en 2014 dans chacune des thématiques sont les suivants :

1) Système d’élevage – santé et bien-être animal

Deux approches sont développées au sein de cette thématique : i) L’impact des conditions précoces d’existence du jeune animal (phase d’incubation/gestation, puis jeune âge) sur sa santé, son bien-être et ses performances ; ii) L’impact des conditions de logement sur la santé, le bien-être et les performances des animaux sera étudié dans différentes filières, comme les poules pondeuses pour étudier l’interaction entre les conditions de logement et l’épointage du bec par exemple.

2) Système d’élevage – Qualité sanitaire Les outils d’épidémiologie descriptive et analytique sont appliqués ici à la filière volaille en vue d’améliorer la santé du consommateur et celle de l’éleveur et de répondre ainsi aux nouvelles missions de santé au travail de l’Anses.

3) Épidémiologie des maladies aviaires

Le RNOEA (le réseau National d’Observations Epidémiologiques en Aviculture) permet de surveiller l’évolution épidémiologique des maladies aviaires en France en collectant et analysant les données transmises de manière volontaire par 55 acteurs de la santé en filière avicole. Ces données uniques contribuent à l’épidémiosurveillance des maladies aviaires en France et permettent la détection d’émergences qui participe à la définition des priorités de travail en santé animale dans l’unité (e.g. études épidémiologiques sur Influenza aviaire, Botulisme,…).

Référence L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)

L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici (cocher)

L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après (cocher)

D- Contribution à la surveillance L’unité ne contribue pas aux réseaux de surveillance

1. Plans de contrôle et de surveillance ou campagnes d’analyse programmées par l’autorité

en 2014 Rien à signaler.

2. Animation ou contribution à l’animation de dispositifs de surveillance

Nom du dispositif de surveillance

Activités à conduire en 2014 Délivrable pour 2014

RNOEA (Réseau National d’Observations Epidémiologiques en Aviculture)

Développement d’un projet d’évolution de l’informatisation du RNOEA pour optimiser son fonctionnement de la collecte à la restitution des données. Ce projet se

réalise en collaboration avec la plateforme ESA et la DSI de l’Anses.

Base de données optimisée

A l’international (préciser le cas échéant) L’unité a en charge le volet épidémiologique du LNR botulisme aviaire créé en 2012 à l’Anses Ploufragan :

investigations épidémiologiques sur le terrain, exploitation des données et coordination des vétérinaires.

L’unité s’est impliquée dès 2011 dans l’épidémiologie descriptive (portage asymptomatique et

contamination environnementale) et analytique (pistes de facteur de risque) du botulisme aviaire et

étudie en 2013, en collaboration avec le LNR et le GDS Bretagne, le portage de C.botulinum chez les

bovins et le lien avec le botulisme aviaire. En 2014, l’unité poursuivra l’étude de la contamination

environnementale des élevages de volailles atteints et des pratiques à risque, et le partenariat avec

le LNR sera renforcé dans le cadre d’une recherche de financement commune pour un projet d’étude

sur la gestion des effluents et la décontamination des sites de volailles atteints (projet UMT Sanivol).

Recherche

1- Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014

non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée

(passer à la rubrique 1)

listés et détaillés ci-dessous :

Thématique :

Titre du projet Priorité (impératif, programmé)

Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)

PALMICOUV : Caractérisation et impacts de l’empoussièrement sur la santé des travailleurs et des animaux dans les couvoirs de palmipèdes

Impératif oui

Période Début (mois année) : mai 2013 Fin prévue (mois année) : avril 2015

Positionnement de l’équipe partenaire

Organisme(s) financeur(s) CASDAR RFI 2012

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : L’étude PALMICOUV consiste en une enquête épidémiologique transversale comparant l’état de santé des salariés de couvoir de canards exposés au duvet (zone éclosion) à celui de salariés non exposés (zone incubation). La phase de mesure d’exposition des salariés aux poussières est menée de juin à octobre 2013. L’année 2014 verra la fin du suivi médical des salariés, l’analyse des données épidémiologiques et la caractérisation microbiologique des poussières collectées. Ce projet s’inscrit au programme de l’UMT Sanivol.

CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats)

Nombre de mois sur l’année : 0

Transversalité intra–Anses ou partenaires hors Anses

Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Ploufragan-Plouzané, unité Mycoplasmologie Bactériologie Maisons-Alfort, unité Zoonoses Bactériennes

Partenaires (préciser les pays pour les équipes internationales)

ITAVI Mutualité Sociale Agricole SEPIA-Santé, cabinet d’étude en épidémiologie et santé publique

Thématique : Qualité sanitaire des produits avicoles



Projet "PPivol" : Définition et suivi d’indicateurs de réalisation des missions de surveillance en santé publique dans les abattoirs français de volailles

impératif oui

Période Début (mois année) : décembre 2011 Fin prévue (mois année) : décembre 2014


Organisme(s) financeur(s) DGAl

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Les objectifs du projet sont de : - concevoir des indicateurs de réalisation des missions d’inspection sanitaire à l’abattoir, - analyser ces indicateurs sur un échantillonnage de lots issus d’abattoirs différents et pour des

espèces de volailles différentes intégrés dans l’expérimentation nationale de mise en place du Programme Pilote,

- sur des espèces ciblées, identifier la valeur prédictive de ces indicateurs vis-à-vis de la présence de dangers bactériens à note de risque élevée dans la filière des viandes de volailles,

- sur des espèces ciblées, identifier et mesurer les indicateurs macroscopiques détectables en ante mortem prédictifs de conduites d’élevage à risque pour le bien-être des animaux et la santé animale.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements :


ONIRIS, Nantes DGAl, Paris

Thématique : Qualité sanitaire des produits avicoles



Biology and control of Campylobacter in the chicken supply chain (CamChain)

Impératif Oui

Période Début (mois année) : 06/2012 Fin prévue (mois année) : 06/2015

Positionnement de l’équipe Partenaire – Task Leader

Organisme(s) financeur(s) EMIDA

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : L’EBEAC est impliquée dans la tâche du projet concernant l’étude d’évaluation d’une mesure intervention sur le terrain pour réduire l’excrétion de Campylobacter chez le poulet. ‘The aim of the task is to produce a method framework to evaluate interventions against Campylobacter on the poultry farm. All steps of a controlled trial will be developed from the conception of the design study, the calculation of sample size to data analysis.” La phase opérationnelle de l’étude est prévue pour le deuxième semestre 2014 ; la 1ère partie de l’année sera dédiée à la sélection de l’intervention à tester et au développement des outils épidémiologiques nécessaires à l’enquête.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Anses Ploufragan HQPAP


THE UNIVERSITY OF LIVERPOOL THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE THE UNIVERSITY OF Newcastle THE VETERINARY UNIVERSITY VIENNA (Austria) VETERINARY UNIVERSITY DEPARTMETN OF FOOD HYGIENE AND ENVIORNMENTAL HEALTH (“Finland”) FRACOLTA DI DEDICINA VETERINARIA (“Italy”)

Thématique : Qualité sanitaires des produits avicoles


Sujet dans le champ de la lettre d’orientation

recherche (LOR)

Projet "BrAVIPORC" : prévenir la contamination des produits animaux par des polluants organiques persistants émergents, les retardateurs de flamme bromés

impératif oui

Période Début (mois année) : janvier 13 Fin prévue (mois année) : décembre 15


Organisme(s) financeur(s) CASDAR 2012

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Les objectifs du projet portant sur les polluants émergents, retardateurs de flamme bromés (RFB), sont de :

- proposer une méthodologie permettant de cerner les sources de RFB en élevages porcs et de volailles (pondeuses et poulets de chair), selon différents systèmes et pratiques d’élevage,

- améliorer les connaissances scientifiques sur les mécanismes et le taux de transfert des POP vers les produits animaux (chair, œuf) et leurs facteurs de variation à l’échelle de l’animal,

- intégrer l’ensemble de ces données pour hiérarchiser le niveau d’exposition humaine via la consommation des produits animaux issus de différents types d’élevage,

- fournir des recommandations et des outils d’aide à la décision aux producteurs afin de limiter le risque de contamination des produits par ce type de polluants.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Anses DER, Paris


ITAVI, IFIP, INRA - URA, INRA - PEAT, INRA – UR QuaPA, INPL – INRA AFPA, ONIRIS LABERCA, DGAl, UMR MoSAR

Thématique : Santé et Bien-être



Synergies pour la santé en élevages biologiques

impératif Oui


Positionnement de l’équipe Partenaire

Organisme(s) financeur(s) CASDAR

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : En s’appuyant sur la complémentarité des expertises, ce projet vise à appuyer la construction et la mise en œuvre d’une approche globale de la santé en élevage. Afin de remédier à des maladies de production, d’étiologie multifactorielle, nous proposerons des solutions adaptées à l’agriculture biologique et transposables en élevage conventionnel : le renforcement des capacités d’apprentissage de l’approche systémique, l’identification de facteurs favorisant le développement de maladies en élevage et la création d’un observatoire des pratiques alternatives. L’année 2014 sera consacrée à la réalisation d’une étude épidémiologique sur la santé et le bien-être des poulets de chair biologiques. Ce projet est inscrit au programme de travail de l’UMT Sanivol.

CDD associé(s) (y compris thèses et post- Nombre de mois sur l’année : 12

doctorats)


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Anses Ploufragan VIPAC


ITAB Inra les Magnereaux




Biobusiness : étude de l’impact des conditions d’incubation sur la santé et le bien-être des poulets de chair

programmé Oui



Organisme(s) financeur(s) Bourse Marie-Curie jusqu’en mars 2013 puis Conseil régional jusqu’en mars 2014

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) :

L’unité EBEAC accueille depuis mars 2010 un jeune chercheur travaillant sur ce projet et pilote le volet avicole du projet Biobusiness. Il étudie l’impact des conditions d’incubation sur les poussins et les poulets de chair à plus long terme. L’impact de la largeur de la fenêtre d’éclosion sur l’homogénéité du lot, la santé digestive, le bien-être et les performances zootechniques est particulièrement étudié. L’année 2014 sera dédiée à des valorisations par le biais d’articles scientifiques. CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats)



Entités/unités partenaires ou noms des établissements : SELEAC ; EBEP (Santé digestive)


10 partenaires parmi lesquels figurent le Royal Veterinary College (RVC, UK), l’Université de Leuven (Belgique), et la société Petersime (Belgique).




Prise en charge de la douleur lors des procédures expérimentales

programmé oui


Positionnement de l’équipe Chef de projet

Organisme(s) financeur(s)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : L’idée de ce projet, dans le cadre de la mise en place de la structure en charge du bien-être, est d’essayer de mettre en place des structures de prises en charge de la douleur animale lors de la réalisation de protocole douloureux. Les principales étapes du projet sont : dans un premier temps sur un modèle porcs et un modèle volaille : caractérisation précise des manifestations de douleur, du comportement et des signes cliniques des animaux

à l’occasion d’une expérimentation : ajout d’un lot « traité » contre la douleur et étude de l’impact de ce traitement sur le comportement et les signes cliniques, ainsi que sur la réalisation de l’objectif de la procédure expérimentale (e.g. reproduction d’une maladie)/ aux autres lots.


Nombre de mois sur l’année : 0 Période :


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : services expérimentaux Ploufragan


Projets de recherche qui démarrent en 2014




AQUARES : Etude pilote sur la présence de bactéries résistantes en amont et en aval des piscicultures dans l’hydro-écorégion Normandie/Bretagne

impératif oui



Organisme(s) financeur(s) DGAL (plan Ecoantibio 2017)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : cette étude entre dans le cadre de la mesure 37 du plan écoantibio 2017 qui prévoit d’examiner l’impact de l’utilisation des antibiotiques dans l’environnement des élevages et en particulier la diffusion de bactéries résistantes dans les eaux. Elle portera sur la détection et l’identification de bactéries résistantes en amont, en aval et dans les piscicultures dans l’hydro-écorégion Normandie/Bretagne. En complément, une enquête préliminaire portant sur les pratiques sanitaires en élevage et l’utilisation des antibiotiques en aquaculture en lien avec les maladies rencontrées sera réalisée. Dans cette étude à visée exploratoire, le nombre d’élevages sera limité à 20, mais 2 visites seront réalisées par élevage, afin de prendre en compte le caractère saisonnier de certaines maladies. L’année 2014 sera consacrée à la réalisation des 2 campagnes de prélèvements.


Nombre de mois sur l’année : 0 Période : -


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : MB et EBEP


ITAVI, CIPA, GDS




Etude qualitative et quantitative de l’utilisation des antibiotiques en pisciculture(AnPi)

impératif oui




Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Cette étude entre dans le cadre de la mesure 35 du plan écoantibio 2017. L’élevage piscicole est un produciton en développement dont l’usage des antibiotiques n’a jusqu’alors fait l’objet que d’enquêtes ponctuelles. Le projet a pour objet de dresser un état des lieux qualitatif et quantitatif des usages antibiotiques dans les différentes espèces de poissons d’élevage en France, d’évaluer la variabilité des usages entre sites d’élevages et de rechercher si des paramètres peuvent être associés à des usages plus ou moins importants (saison, pratiques d’élevage…). En 2014, la collecte des données sera réalisée sur un échantillon représentatif de piscicultures au niveau national.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : EBEP, CIPA, ITAVI, GDS, SNGTV





Cu-Bi : Bilan en filière cunicole des efforts engagés pour la réduction des usages antibiotiques

impératif oui




Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : La filière cunicole a sollicité la conduite en 2010 d’une étude sur l’utilisation des antibiotiques en élevages ayant débouché sur l’élaboration d’une charte interprofessionnelle fixant des modalités de suivi des usages et des objectifs de réduction. Après 2 ans d’application, le projet a pour objectifs (1) de dresser un bilan quantitatif et qualitatif de la mise en œuvre des efforts de réduction des usages antibiotiques en estimant au sein d’un groupe d’élevages la diminution des usages obtenue, (2) d’identifier les difficultés auxquelles les éleveurs, vétérinaires, techniciens sont confrontés pour engager une diminution ou faire face à celle-ci, (3) de rechercher d’éventuels liens entre les performances des élevage et la modification des usages antibiotiques. Le recueil des données seront organisées sur les 6 premiers mois de 2014, l’analyse des données et la rédaction du rapport avant la fin 2014.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : EBEP, ITAVI, CLIPP





BeakEnrich : Apports d’enrichissements et débecquage chez les poules pondeuses

Programmé, sera proposé en septembre 2013 pour subventions

oui



Organisme(s) financeur(s) Projet à proposer à Région Bretagne; France Agrimer

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Étude de l’effet de l'enrichissement de l’environnement des poules pondeuses en cages aménagées lors de la période de ponte et/ou lors de leur période d’élevage au sol, pour compenser un stress précoce comme une mutilation : l’épointage du bec. L’enrichissement étudié sera social (relation homme-animal) ou physique (apport de blocs à gratter) ou nutritifs. Ce projet évaluera le bien -être par de multiples critères innovants, ainsi que la santé et les performances des anmaux.


Nombre de mois sur l’année : Période : -







Qualicouv : Optimisation de la qualité du

poussin d’un jour : quels leviers d’actions sur le stockage des œufs à couver et des poussins ?

Programmé, Soumis à financement par le CASDAR

Oui



Organisme(s) financeur(s) CASDAR RFI, soumis Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : La viabilité des poussins est un paramètre crucial à optimiser afin de mieux maitriser la mortalité des premiers jours d’élevage et de réduire l’usage des antibiotiques. La qualité des poussins, la santé, le bien-être et les performances zootechniques au cours de l’élevage dépendent de nombreux facteurs qui seront étudiés : conditions et durées de stockage des OAC, conditions et durées de stockage des poussins. CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats)

Nombre de mois sur l’année : 6 Période : 07 – 12/14


Entités/unités partenaires ou noms des

établissements : Seleac


ITAVI - Projet UMT Sanivol




REDUC’AB : réduction de l’usage des antibiotiques en élevage de poulets de chair : déterminants sociologiques et résultats d’une intervention

programmé oui



Organisme(s) financeur(s) Soumission au CASDAR RFI

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Basée sur un état des lieux des usages et l’identification préliminaire des déterminants psycho-sociaux d’une modification des pratiques, une étude d’intervention sera menée en élevages de poulets de chair afin de mettre en œuvre une réduction volontaire du recours aux antibiotiques critiques, d’en mesurer l’efficacité et d’éventuels impacts technico-économiques et sanitaires. L’année 2014 sera consacrée à la préparation de l’étude d’intervention au travers de la réalisation de l’étude préliminaire d’évaluation des pratiques d’usage des antibiotiques (actualisation des données disponibles), de l’identification des déterminants psychosociaux du recours aux antibiotiques et de la définition des modalités de l’intervention. La mise en œuvre de l’intervention et le suivi des élevages débutera fin 2014.


Nombre de mois sur l’année : 12 Période : 01 – 12/2014


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : EBEP, ONIRIS, ITAVI (UMT SANIVOL), CRA


2- Récapitulatifs des thèses et post-doctorats

Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours

Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année

Surveillance et modélisation de la transmission des pestes aviaires dans les systèmes avicoles pluri-espèces de Madagascar : une approche méta-populationnelle

R.Mraidi Sept 2010 – oct 2013

Impact des facteurs d'incubation et de démarrage sur la croissance, la santé et le bien-être des poulets de chair

H. Bergoug Avril 2012 - 2014

3- Habilitation à diriger les recherches Rien à signaler.

4- Organisation de manifestations scientifiques Rien à signaler.

5- Autre(s) action(s) nationale(s) ou internationale(s)

Rien à signaler.

Unité Epidémiologie et bien-être du Porc (EBEP)

Chef d’unité : Nicolas Rose

L’unité Epidémiologie et Bien-être du Porc oriente ses activités de recherche vers l’acquisition de connaissances destinées à la gestion des troubles de santé chez le porc ayant une incidence économique importante, de même que sur les dangers zoonotiques au sein de cette filière et les pratiques d’usage des antibiotiques en relation avec l’émergence de résistances. L’unité n’est pas directement impliquée dans un LNR. Toutefois elle est amenée à contribuer aux activités d’expertise des LNR de l’Agence par exemple via la participation à des groupes de travail comme celui sur la mise à disposition d’outils statistiques communs, standardisés pour les essais interlaboratoires d’aptitude (EILA), les saisines sur les antibiotiques en élevage ou sur le virus de l’hépatite E. Localement, l’UR EBEP collabore également étroitement avec les LNR comme celui sur la grippe porcine (UR-VIP) ou celui sur l’antibiorésistance. Sur la période 2013-2014, l’unité renforcera la composante méthodologique (modélisation épidémiologique, biostatistiques) pour l’étude des thématiques suivantes :

Epidémiologie quantitative et modélisation des maladies d’importance économique pour la filière porcine : outils pour une maîtrise du complexe respiratoire porcin (interactions entre Mycoplasma hyopneumoniae, les virus Influenza, le virus du SDRP et le PCV-2).

Epidémiologie quantitative et modélisation des dangers zoonotiques dans la filière porcine : comprendre l’épidémiologie du virus de l’hépatite E pour des mesures de maîtrise adaptées. Etude de la dynamique d’infection intra-élevage en conditions réelles et par modélisation.

Pharmacoépidémiologie (PEP) : exploration des déterminants humains de l’usage des antibiotiques et étude de l’impact des décisions prises en matière de modification des pratiques.

Développements méthodologiques statistiques adaptés à l’épidémiologie animale : amélioration des méthodes statistiques de traitement des données d’épidémiologie analytique pour une meilleure prise en compte de leurs caractéristiques (structure hiérarchique, corrélations, regroupements par blocs).

C- Référence L’unité ne fait pas de référence

L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici

L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après

Contribution à la surveillance L’unité ne contribue pas aux réseaux de surveillance


en 2014 Rien à signaler.




Dispositif National de Surveillance des virus Influenza porcins (collab. LNR Influenza)

Extension aux régions non couvertes jusqu’à présent, centralisation d’une base de données

Rapport année 3 du dispositif

Recherche





Thématique : Epidémiologie quantitative et modélisation des maladies d’importance économique pour la filière porcine



Epidémiologie du virus du SDRP (Syndrome dysgénésique respiratoire porcin)

Programmé Oui



Organisme(s) financeur(s) ANR (MIHMES) Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Ce projet associe des études en conditions réelles permettant de décrire différentes dynamiques d’infections à l’égard du SDRP et d’en déduire les déterminants. Des études expérimentales en conditions protégées sont aussi conduites pour évaluer l’impact de la vaccination sur la transmission du virus et d’estimer les paramètres d’un modèle de dynamique d’infection intra-élevage.


Nombre de mois sur l’année : 04 Période : 09/2013 – 04/2014


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : UVIP (Ploufragan) et UMR BioEpAR (Oniris)


Thématique : Epidémiologie quantitative et modélisation des dangers zoonotiques dans la filière porcine



Epidémiologie du virus de l’hépatite E Programmé Oui


Positionnement de l’équipe Coordinateur

Organisme(s) financeur(s) ANR (HEVECODYN) Ce projet a pour but d’identifier les dynamiques d’infection en élevage prédisposant à la contamination des porcs au stade de l’abattage. Après avoir réalisé des suivis longitudinaux en élevages infectés et des essais expérimentaux de transmission, l’année 2014 sera consacrée à l’élaboration finale d’un modèle de propagation intra-élevage et à l’évaluation de stratégies de maîtrise à l’aide de ce modèle.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Collaboration UMR Virologie - laboratoire de santé animale


IFREMER, CEERAM, INSERM, CNR Hépatites

Thématique : PEP - Surveillance des usages antibiotiques



Etude CIPARS programmé oui

Période Début (mois année) : juin 2011 Fin prévue (mois année) : Décembre 2014


Organisme(s) financeur(s) -

L’étude vise à appliquer aux données collectées au Canada dans le cadre du programme de surveillance des usages antibiotiques en élevage de porcs, les différentes modalités de mesure quantitative de l’utilisation développées et utilisées en France. Les résultats obtenus par les différentes mesures seront comparés et la variabilité des usages entre élevages sera analysée.




Public Health Agency of Canada, Guelph Ontario

Thématique : Antibiotiques et antibiorésistance – EcoAntibio2017



Application de la mesure 35 du plan ecoAntibio2017 – étude des usages antibiotiques en pisciculture

impératif oui

Période : Début (mois année) : juin 2013 Fin prévue (mois année) : décembre 2015

Positionnement de l’équipe Responsable

Organisme(s) financeur(s) Convention DGAl - Anses Une pré-étude sur les utilisations d’antibiotiques en élevage piscicole (projet Aquares) ainsi qu’en enquête descriptive et analytique (projet AnPi) seront conduites : les quantités et modalités d’usage des antibiotiques seront recueillies et analysées dans un échantillon représentatif d’élevages de poissons.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : UMB, EBEAC (Anses) ITAVI, CIPA, GDS, GTV





Application de la mesure 35 du plan ecoAntibio2017 – blan des actions de démédication en filière cunicole

impératif oui

Période Début (mois année) : septembre 2013 Fin prévue (mois année) : juin 2015

Positionnement de l’équipe responsable

Organisme(s) financeur(s) Convention DGAl - Anses La filière cunicole a œuvré depuis 2 ans pour modifier ses pratiques d’utilisation des antibiotiques. L’indicateur quantitatif global mis en place dans la filière (IFTA) et les données de ventes annuelles montrent des progrès collectifs certains. Afin de poursuivre les efforts, d’identifier les difficultés rencontrées et les facteurs de succès, une étude auprès des éleveurs sera conduite. CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats)



Entités/unités partenaires ou noms des établissements : EBEAC (Anses), CLIPP, ITAVI, GTV





Application de la mesure 35 du plan ecoAntibio2017 – renouvellement des évaluation d’usage antibiotique en élevage de porc et exploration des facteurs psychosociologiques

impératif oui

Période Début (mois année) : septembre 2013 Fin prévue (mois année) : décembre 2015


Organisme(s) financeur(s) Convention DGAl - Anses Un panel avait été constitué en 2010 par l’IFIP en filière porcine avec le financement d’INAPORC et l’appui de l’Anses afin de quantifier l’utilisation des antibiotiques dans les élevages. Alors que celui-ci doit être renouvelé en 2014, une estimation de l’évolution des usages dans les élevages enquêtés en 2010 sera réalisée à des fins de comparaison (2010-2013 et anciens/nouveaux élevages) et une exploration de l’influence possible des facteurs psychosociologiques sera effectuée par le biais de questionnaires. CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats)



Entités/unités partenaires ou noms des établissements : IFIP, INAPORC, département psychologie - Université Rennes 1, Oniris


Thématique : Antibiotiques et antibiorésistance



EFFORT impératif oui

Période Début (mois année) : septembre 2013 Fin prévue (mois année) : 2016

Positionnement de l’équipe Partenaire du Workpackage leader

Organisme(s) financeur(s) Programme européen Le workpackage vise à mettre en œuvre des études d’intervention en élevages de porcs et volailles afin de mettre en évidence par comparaison avant/après et ici/ailleurs l’impact bénéfique de mesures de gestion sanitaires sur l’utilisation des antibiotiques (en incluant dans l’évaluation les paramètres technico-économiques et sanitaires).


Nombre de mois sur l’année : 1 CDD (voir Fougères) Période :


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Anses-Fougères


Oevet (DK), PorQ (NL), VETWORKS (BE), VION (NL)

4- Projets de recherche qui démarrent en 2014

Thématique : Influenza Porcin / Epidémiologie prédictive et évaluative, modélisation



Modélisation de la propagation et de la persistance des virus influenza enzootiques en élevage porcin.

Programmé oui


Positionnement de l’équipe Indépendant

Organisme(s) financeur(s) Anses/région Bretagne Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Bilan bibliographique des données disponibles sur la propagation des virus grippaux chez le porc, co-circulation de différentes souches, mécanismes de réassortiment. Estimation de paramètres de transmission à partir des données épidémiologiques disponibles dans l’unité. CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats)



Entités/unités partenaires ou noms des établissements : UEBEP et UVIP, INRA MIA Jouy, IRMAR Rennes



Doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours, qu’elles soient encadrées ou co-encadrées par un scientifique de l’Anses

Titre Nom du doctorant

Durée : mois année-mois année Financeurs

Méthodes multibloc pour données hiérarchiques

Aïda Eslami

09/2010 – 09/2013 Anses/Région Bretagne

Modélisation de la propagation et de la persistance des virus influenza enzootiques en élevage porcin.

Charlie Cador

12/2013 – 12/2016 Anses/région Bretagne

6- Habilitation à diriger les recherches

Claire Chauvin



Rien à signaler.

Unité Génétique Virale et Biosécurité (GVB)

Chef d’unité : Yannick Blanchard

L’unité GVB a acquis depuis sa création une maîtrise de la virologie moléculaire et d’outils

associés (vectorisation, ADN plasmidiques réplicatifs, VLP, transcriptomique, micro-

arrays,…). Ces compétences ont permis de développer une plate-forme génomique haute

densité objet de nombreuses collaborations avec d’autres unités de l’Anses ou au sein de

réseaux internationaux tel Epizone. L’unité n’ayant pas de mandat officiel de référence, sa

vocation à aborder des problématiques transversales s’est peu à peu affirmée.

L’unité développe de plus des projets originaux axés sur l’étude des interactions hôtes-pathogènes

basés sur des modèles d’intérêts pour les filières de production essentiellement liés aux circovirus

porcins (Identification des facteurs de virulence) et aux rétrovirus endogènes, virus parasites des

génomes, maintenus sous un control étroit par leur hôtes.

Des projets transversaux dédiés d’une part aux ADN plasmidiques réplicatifs (dissémination et

intégration) et aux nouvelles approches en reverse vaccinologie ont été développés ou sont en cours

de développement et permettent d’acquérir une expertise sur la biosécurité des techniques

vaccinales.

Le développement des approches hautes densité se poursuit avec l’acquisition d’équipement de

séquençage de nouvelle génération et le développement de l’expertise dans la préparation des

librairies et le traitement des données issues de ces nouvelles technologies.




D- Contribution à la surveillance L’unité ne contribue pas aux réseaux de surveillance (cocher, passer à la rubrique E)

Recherche





Thématique : ADN circulant (vaccination à ADN plasmidique)



ADN de PCV2 extracellulaire Programmé Non

Période Début (mois année) : Septembre 2012 Fin prévue (mois année) : Juin 2014


Organisme(s) financeur(s) Anses Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Décrire les objectifs à

atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) :

Le projet consiste à rechercher si de l’ADN du circovirus porcin de type 2 (PCV2) est relargué par les cellules infectées par ce virus et à le caractériser. Il consiste en particulier à étudier si l’apoptose induite par l’ORF3 du PCV2 ou d’autres processus sont impliqués dans ce processus de relargage. La période 2012 – septembre 2013 est consacrée à la recherche et à la caractérisation physique de cet ADN. Puis, si les résultats le permettent, le rôle de l’ORF3 et d’autres protéines du PCV2 sur le relargage sera évalué. 2014 sera consacrée à finaliser les études et le cas échéant à rédiger un manuscrit à soumettre à un journal scientifique pour publication.


Nombre de mois sur l’année : 2 Période : Septembre 2012 – Février 2014


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Non


Aucun

Thématique : Vaccination à ADN plasmidique



Trafic intracellulaire de la glycoprotéine B du PrV

Programmé Non

Période Début (mois année) : Janvier 2009 Fin prévue (mois année) : Septembre 2014


Organisme(s) financeur(s) Anses

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Nous avons montré que la glycoprotéine B (gB) du virus de la pseudorage porcine peut être utilisée comme transporteur d’antigènes vaccinaux. Nous avons émis l’hypothèse que cette propriété est liée au trafic intracellulaire de la gB. Les objectifs de l’étude sont (1) de suivre le trafic intracellulaire de la gB et (2) d’étudier si les modifications de certains sites d’adressage de la gB entraînent des modifications dans le transport intracellulaire de la gB. Tous les outils de marquage intracellulaire ont été mis au point et les différents mutants ont été construits. L’étude du trafic intracellulaire de la gB et des différents mutants, initialement programmée en 2013, elle a été reportée à 2014 suite a un congé de la technicienne en charge des expériences. La période janvier – septembre 2014 sera donc consacrée à la finalisation de l’étude.






Aucun

Thématique : Circovirus porcins



Circovirus N°1 : Etude de la transmission transplacentaire du PCV-2

programmé oui

Période Début (mois année) : Décembre 2011 Fin prévue (mois année) : Janvier 2014

Positionnement de l’équipe indépendant

Organisme(s) financeur(s) Anses et Bourse de recherche de Boehringer-Ingelheim Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Un essai expérimental a été réalisé afin de mettre en évidence l’influence du moment de l’infection de la truie par le PCV-2, avant ou en cours de gestation, sur la possibilité d’une transmission placentaire. Tous les porcelets issus des truies inoculées étaient séronégatifs même s’ils étaient fortement infectés. L'absence d’anticorps spécifiques chez l’ensemble des porcelets infectés pose la question de l’influence de l’âge du fœtus au moment de l’infection, sur la séroconversion. De plus, la transmission placentaire du PCV-2 peut avoir lieu lorsque la truie s’infecte avant la gestation ou après la seconde moitié de gestation. La transmission de fœtus à fœtus in utero semble possible lorsque la charge virale est élevée. La fin de l’année 2013 va être consacrée à la valorisation des résultats par une publication.






Aucun




Circovirus N°2 : Etude des facteurs de virulence de la capside du PCV-2

programmé oui

Période Début (mois année) : Octobre 2011 Fin prévue (mois année) : Décembre 2014


Organisme(s) financeur(s) Anses Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Lors de nos études précédentes, il a été montré qu’un motif spécifique du génogroupe porté par la protéine virale Cap est un déterminant moléculaire de la virulence du PCV-2. Les protéines Cap mutées au niveau du motif génogroupe, présentaient des distributions de localisations cellulaires différentes des protéines Cap sauvages. La protéine NPM1 est une protéine navette entre le cytoplasme et le noyau, l’interaction de la protéine Cap avec NPM1 pouvait être altérée et être à l’origine de ces modifications de localisation cellulaire. L’interaction entre la partie N-terminale de la protéine NPM1 et la protéine Cap a été confirmée par un test double-hybride. L’étude de ces interactions se poursuit.






Aucun


Titre du projet :

Priorité (impératif, programmé)


Circovirus N°3 : Etude du rôle de l’immunodomaine 3 de la protéine de capside du PCV-2 dans la virulence

programmé oui

Période Début (mois année) : Décembre 2012 Fin prévue (mois année) : Décembre 2014


Organisme(s) financeur(s) Anses et Bourse de recherche de Boehringer-Ingelheim Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Quatre domaines antigéniques portés par la protéine de capside des PCV ont été identifiés dont l’immunodomaine 3, domaine commun entre PCV-1 (non-pathogène) et PCV-2 (pathogène). L’immunodomaine 3 comprend neuf acides aminés (positions 169 à 177), inclus dans une zone conservée de la capside PCV-2. Sur ces 9 acides aminés, seuls les acides aminés 169 et 173 de la protéine de capside sont différents entre PCV-1 et PCV-2. Cette variation de deux acides aminés pourrait ainsi modifier la reconnaissance anticorps/antigène et induire une réponse immune différentielle entre les deux virus. Afin de déterminer une implication éventuelle de

l’immunodomaine 3 dans la virulence des PCV, les caractéristiques de deux clones mutants (mPCV-1 et mPCV-2), chacun portant sur leur protéine Cap les deux acides aminés 169 et 173 échangés entre PCV-1 et PCV-2, sont étudiées in vitro et in vivo.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : NON


Aucun

Thématique : rétrovirus endogènes



Rétrovirus N°1 : Intégrase rétrovirales programmé oui




Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Ce projet a été initié par une transversalité INRA –Anses sur une thèse co-financée par les deux organismes. La thèse portait sur la caractérisation des intégrases rétrovirales aviaires (RAV) et porcines (PERV) ainsi que la recherche de partenaires cellulaires de ces intégrases. La thèse a été soutenue en Décembre 2011. Un interactant de l’intégrase PERV a été identifié ; ce travail nécessitait d’être enrichi avant de pouvoir être soumis à publication. Ce travail a donc été poursuivi au cours de l’année 2012, l’interaction avec l’intégrase a été finement cartographiée et le rôle de cette interaction au cours du cycle rétroviral est en cours d’investigation. L’année 2013 a été consacrée à la poursuite des travaux, à l’exploitation des derniers résultats et la rédaction d’un article dans une revue de virologie de niveau international (soumission prévue au cours du dernier trimestre 2013).




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : UMR 745 INRA , Lyon (C. Ronfort)


Thématique : rétrovirus endogène



Rétrovirus N°2 :Intégration rétrovirales chez le porc

programmé oui

Période Début (mois année) : janvier 08 Fin prévue (mois année) : Novembre 13


Organisme(s) financeur(s) CEE FP7

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Le programme développé en GVB s’inscrit dans les actions de deux workpackages du projet NADIR . Le premier workpackage porte sur la mise au point d’une technique fiable d’évaluation des sites d’intégrations des rétrovirus endogènes porcins dans les génomes. Le deuxième workpackage a pour objectif d’identifier précisément les sites d’intégrations PERV dans le nucléus porcin maintenu sur le

site de Ploufragan. La fin de Nadir initialement prévue en avril 2013 a été repoussée (avec l’accord de l’UE) à Novembre 2013. La période suivante sera consacrée à la valorisation des résultats par des communications

CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats) post doc

Nombre de mois sur l’année : 5 Période : janvier-Mai


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Partenaires NADIR


Cf programme NADIR

Thématique : Plateforme transcriptomique/Séquençage Bioinformatique



Plate-forme N°2: resistance antibiotique : Sequence based characterisation of ESBL-carrying plasmids

programmé oui

Période Début (mois année) : Janv 13 Fin prévue (mois année) : Juin14


Organisme(s) financeur(s) Anses /Club 5

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : ESBL/AmpC-producing bacteria are emerging in food-producing animals throughout Europe,

simultaneously with their emergence in hospitals. Although there are many potential sources for

ESBL/AmpCs in humans, the contribution of poultry and poultry meat products to human clinical

ESBLs is documented. CTX-M-1 dominates the epidemiology in poultry, with TEM-52, CMY-2 and

SHV-12 as other prevalent enzymes detected. The poultry associated genes are predominantly

located on IncI1-plasmids, but other plasmid types occurr as well.

Identifying the genetic relatedness would strengthen the position of the four countries involved in

an attempt to intervene in the GGPS animals abroad.

Because it is assumed that plasmid tranfer dominates the epidemiology, the project focusses at ESBL/AmpC-genes and plasmids carrying these genes and at this stage not at strain geno-typing.



Transversalité intra–Anses ou partenaires hors Anses collaboration MB (I kempf)

Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Labo Anses Ploufragan


Thématique : Plateforme transcriptomique/Séquençage/ Bioinformatique

Titre du projet Priorité (impératif, programmé) Sujet dans le champ de la lettre d’orientation recherche (LOR)

Séquençage de génomes de Campylobacter

programmé oui

Période Début (mois année) : Juin 2013 Fin prévue (mois année) : Dec 2017


Organisme(s) financeur(s) Anses/DGA Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : L’unité HQPAP possède un souchier Campylobacter, issus de volailles principalement. Nous voudrions connaître leurs caractéristiques génomiques et répondre à certaines questions liées à leur caractère pathogène et/ou résistant. Pour ce faire, le financement d’une bourse de thèse DGA /UEB a été obtenue par l’unité HQPAP. Notre travail va consister en la mise en place des outils d’analyse des données obtenues des premières souches de Campylobacter séquençées pour faciliter le travail du futur doctorant, et en son accompagnement dans la prise en main de ces outils. Le doctorant devra généraliser l’analyse aux souches séquencées. Seront mis en place des outils pour le nettoyage des lectures, leur alignement par rapport à des génomes de référence, leur assemblage de novo en cas d’alignement partiel, ainsi que la détection et la caractérisation de plasmides.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Marianne Chemaly (Unité HQPAP, ANSES Ploufragan)



Titre du projet : Priorité (impératif, programmé)


Caractérisation des haplotypes de rhabdovirus de chauve-souris

programmé oui

Période Début (mois année) : Juin 2013 Fin prévue (mois année) : Mars 2014


Organisme(s) financeur(s) Anses Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Ce projet vise la caractérisation de la variabilité de souches de Rhabdovirus de chauve-souris (79 EBLV1, 17 virus rabiques). Un séquençage SOLEXA d’EBLV1 a été fait par l’Anses de Malzéville. Son analyse a été commencée par Cécile Troupin à l’Institut Pasteur. Notre travail consiste en l’accompagnement de l’ANSES de Malzéville pour la compréhension et l’amélioration éventuelle de l’analyse menée par l’Institut Pasteur. Il nous permet d’appréhender les difficultés que nous rencontrerons lors de la reconstruction de quasi-espèces (sujet récurrent de l’Anses) dans le cadre de séquençage haut débit avec une technologie Illumina. Il prépare également de futurs séquençages de Rhabdovirus de chauve souris, cette fois menés à l’Anses.


Nombre de mois sur l’année : Période :


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Evelyne Picard-Meyer, Florence Cliquet (ANSES Malzéville)


Cécile Troupin, Laurent Dacheux (Institut Pasteur)


Thématique : Vaccination à ADN plasmidique



Campybro : identification de nouveaux antigènes vaccinaux contre campylobacter par vaccinlogie inverse

Programmé Cliquer ici

Période (non encore définie) Début (mois année) : janvier 2014 Fin prévue (mois année) : décembre 2016


Organisme(s) financeur(s) Union Européenne Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Le projet européen Campybro qui vient d’être accepté par l’Union Européenne consiste en l’étude de 2 voies de contrôle de l’infection à Campylobacter chez les poulets de chair : la nutrition et la vaccination. L’équipe GVB est impliquée dans la seconde stratégie. Elle appliquera la stratégie appelée vaccinologie inverse pour identifier de nouveaux antigènes potentiellement vaccinaux et testera le pouvoir protecteur de ces antigènes in vivo. L’année 2014 sera consacrée à l’identification de nouveaux antigènes potentiellement vaccinaux par vaccinologie inverse et à la mise en place des premiers outils d’analyse de l’immunogénicité de ces antigènes.


Nombre de mois sur l’année : 6 (thèse partagée avec HQPAP) Période : Janvier - Décembre


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Collaboration avec l’UHQPAP de Ploufragan Programme Européen


ISMADE Spain; PROPOLLO Spain; FIA France; CIDEF France; NEPLUVI The Netherlands; BTT Hungary; ANCAVE Portugal; MIKROLAB Hungary; REDONDO Spain; CZV Spain




Etude du rôle de la protéine gC1qR dans l’infection par le PCV2

programmé oui

Période Début (mois année) : Décembre 2013 Fin prévue (mois année) : Décembre 2016


Organisme(s) financeur(s) Anses et bourse ARED région Bretagne Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : La protéine gC1qR est le récepteur de la tête lobulaire de C1q, premier composant du complexe C1 dans le système du complément et joue un rôle important dans l’immunité innée. La caractérisation de l’interaction entre les protéines Cap de PCV et gC1qR permettrait de savoir si cette interaction est impliquée dans la virulence de PCV-2 par rapport à PCV-1 et notamment si l’activation de gC1qR par la protéine Cap PCV-2 peut être impliquée dans la déplétion lymphocytaire caractéristique des lésions pathologiques de la maladie d’amaigrissement du porcelet.


Nombre de mois sur l’année : 12 (thèse) Période : 2013 - 2016

Transversalité intra–Anses ou partenaires hors Entités/unités partenaires ou noms des

Anses établissements :


Thématique : Plateforme transcriptomique/Séquençage /Bioinformatique



Suivi de l’évolution génomique de Taylorella equigenitalis sur 1000 générations

programmé

Période Début (mois année) : Septembre 2013 Fin prévue (mois année) : Juin 2014


Organisme(s) financeur(s) Anses, fonds FEDER Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Nous allons séquencer n génomes de Taylorella equigenitalis, en réalité le même à différents temps de son évolution (sur 1000 générations). Nous nous intéressons à son évolution parce-que les régions les plus variables sont celles liées à sa virulence. L’extraction des acides nucléiques sera faite à Dozulé. Nous nous chargerons du séquençage et de l’analyse bioinformatique. Nous devrons pouvoir déposer les séquences de ces génomes pour les mettre à disposition en téléchargement. Nous participerons à la formation de Fabien pour l’acquisition de compétences bioinformatiques liées à ces analyses.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Laurent Himbert, Sandrine Pétrin, Fabien … (ANSES Dozulé)





Séquençage de souches de Listéria programmé

Période Début (mois année) : janvier 2014 Fin prévue (mois année) :


Organisme(s) financeur(s) Anses, autres? Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Dans le contexte de MedVetNet, Sophie Roussel et Franka Restruct ont obtenu une bourse de thèse pour la caractérisation de souches de Listéria par méthode PFGE, MLST, et séquençage haut débit. Le doctorant recruté devra à la fois avoir des compétences en biologie et en informatique. Notre rôle sera son encadrement informatique et l’apprentissage et la vérification de techniques disponibles et éprouvées du DTU. Ce projet s’inscrit dans le cadre d’échanges de compétences et se focalisera sur des souches aux phénotypes particuliers. Il s’attachera aussi à la caractérisation de marqueurs de virulence. Il pourrait être étendu à des souches de Listéria de l’ANSES de Boulogne sur mer, voire à d’autres pathogènes. De plus ce projet devrait s’inscrire dans le cadre du projet GMI (Global Microbial Identifier) initié par le NCBI, la FDA et le DTU.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Sophie Roussel, Benjamin Félix (ANSES Maison Alfort), Annie Beaufort, Brigitte Carpentier


René Enrickson Danemark Tekniske University (DTU), Franka Restruct (DTU),



Titre Nom du doctorant

Durée : mois année-mois année

Financeurs

Rôle de gC1qR dans l’infection par le PCV-2

Guy Kouokam 12/2013 – 12/2016 Anses-bourse ARED Bretagne

Restriction rétrovirale chez le porc

Antonin Demange 12/2010 – 12/2014 bourse ARED Bretagne

4- Habilitation à diriger les recherches Béatrice Grasland, soutenance HDR en fin d’année 2013.

5- Organisation de manifestations scientifiques Rien à signlaer.


Rien à signaler.

Unité Pathologie virale des poissons (PVP)

Chef d’unité : Thierry MORIN

L’unité « Pathologies Virales des Poissons » (PVP) est localisée sur le Technopole Brest-Iroise à

Plouzané (Finistère) où elle dispose, en complément de ses laboratoires de virologie cellulaire, de

biologie moléculaire et d’immunologie, d’installations expérimentales agréées et totalement

rénovées lui permettant de réaliser des contaminations en conditions contrôlées avec des agents

biologiques ou physico-chimiques sur poissons d’eau douce ou d’eau de mer. Laboratoire national de

référence (LNR) pour les maladies virales réglementées des poissons depuis de nombreuses années,

l’unité PVP assure à ce titre un certain nombre de missions d’appui scientifique et technique,

notamment des activités analytiques en virologie et sérologie (accréditation COFRAC n°1-2251 selon

le référentiel ISO 17025). L’unité développe également des activités de recherche portant sur deux

thématiques : les virus piscicoles et l’immuno-écotoxicologie. Composé de 9 permanents (3

contractuels Niv 2, 1 IE, 1 AI, 3 Tech et 1 Agt), l’unité est en pleine mutation depuis le début de

l’année 2012, avec 5 départs en retraite prévus d’ici à 2015.

Le projet de l’unité pour 2014 va consister à i) pérenniser l’activité, notamment par le recrutement et

la formation d’un agent contractuel de catégorie 2 qui prendra en charge la qualité et la métrologie

et viendra en renfort sur les activités de référence en virologie ; ii) valoriser et finaliser le

développement de méthodes analytiques spécifiques de certains virus piscicoles listés ou non au

niveau Européen et responsables de problèmes importants en élevage ; iii) mener différents projets

de recherche en virologie ; iv) développer ses activités en immuno-écotoxicologie en renforçant

notamment les transversalités avec la thématique virologie.

Référence

L’unité ne fait pas de référence (cocher, passer à la rubrique D)



1. Développement ou acquisition de méthodes

Mandat : Maladies réglementées des poissons

Titre explicite de la méthode : Recherche d’anticorps spécifiques de l’Herpès Virus de la Carpe Koï (KHV) par

séroneutralisation Priorité (impératif, programmé) : programmé

Technique / Matrice / Type de méthode Séroneutralisation sur sérums / plasmas

Délivrable pour 2014 Dossier de validation finalisé + publication


Titre explicite de la méthode : Détection des différents génogroupes de Nodavirus par PCR temps réel (simplex +

duplex ARN1 et ARN2) Priorité (impératif, programmé) : programmé

Technique / Matrice / Type de méthode PCR temps réel sur mix d’organes

Délivrable pour 2014 Publication

Officialisation de méthodes

Mandat(s) Indiquer le nombre de méthodes que vous prévoyez de proposer à la tutelle pour officialisation au cours de l’année 2014 (indicateur COP)

Maladies réglementées des poissons 1 (séroneutralisation KHV)

2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux instances de normalisation nationales ou internationales)

Mandat Demandes d’EST attendues en 2014 Maladies réglementées des poissons Participation au groupe de travail Anses visant à élaborer un avis relatif à

la hiérarchisation des dangers sanitaires exotiques ou présents en France métropolitaine (pour la partie poissons d’élevage)

Mandat Participation à des comités, commissions, GT de normalisation de méthodes d’analyse ISO, CEN, AFNOR, FAO, OIE…

Maladies réglementées des poissons -Participation aux groupes de travail « Sanitaire et santé des poissons » et « Environnement » du GIS Pisciculture demain. -Participation au Directoire Opérationnel du GIS Pisciculture demain.

3. Animation des réseaux de laboratoires officiels

Mandat : Maladies réglementées des poissons Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser

en 2014

Type d’EIL (EILA, EILV)

Priorité (impératif,

programmé)

Champ (matrice / analyte /

méthode…)

Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous

les 6,12,18 ou 24 mois) Maladies virales des poissons (virus SHV, NHI et NPI)

EILA (selon exigences ISO 17 043)

Impératif Surnageants de culture

Tous les 24 mois

Nombre et type des EIL (EILA, EILV) que vous avez prévu d’organiser en 2014 (Indicateur COP)

Mandat(s) EILA EILV Maladies réglementées des poissons 1 (multi-virus) 0 ou 1 (SN KHV)

Mandat : Maladies réglementées des poissons Titre de session(s) de

formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels


Cocher la case si cette activité est régulière (annuelle, bisannuelle)

Biologie moléculaire (collab. Pologne) Méthodes sérologiques (demande LRUE) Formation technique labos agréés

Programmé A confirmer A confirmer

x

4. Accréditation

Mandat : Maladies réglementées des poissons Ligne(s) d’accréditation prévue(s) d’ajouter dans l’annexe technique sur

2014 Priorité (impératif, programmé)

Recherche d’anticorps spécifiques de l’Herpès Virus de la Carpe Koï (KHV) par séroneutralisation

Programmé (2014 ou 2015)

Mandat : Maladies réglementées des poissons Au travail s’ajoute l’entretien des lignes d’accréditation Oui, 10 lignes d’accréditation

actuellement en virologie et sérologie

5. Participation à des EIL

Mandat : Maladies réglementées des poissons Titre de l’EIL auquel vous avez prévu de participer en 2014


Priorité (impératif,

programmé)

Champ (matrice / analyte / méthode…)

Cocher la case si cette activité est

régulière (annuelle,

bisannuelle) EILA Européen multi-

pathogènes organisé par le Laboratoire

Communautaire

EILA Impératif 6 pathogènes listés à détecter + d’éventuels pathogènes complémentaires non listés : 1) Virus de la Septicémie Hémorragique

Virale, 2) Virus de la Nécrose Hématopoïétique Infectieuse, 3) Virus de

l’Anémie Infectieuse du Saumon, 4) Herpès Virus de la Carpe Koï, 5) Virus de la Nécrose

Hématopoïétique Epizootique, 6) Alphanomyces invadans.

Deux grands types de méthodes utilisées: culture cellulaire couplée à identification par immunofluorescence ou neutralisation ; PCR

souvent associées à séquençage.

X Annuelle

6. Contrôle de kits et de réactifs

Mandat Demandes de contrôles attendues en 2014 Maladies réglementées des poissons -Contrôle de lots de SVF

-Contrôle à la demande de réactifs commerciaux (anticorps essentiellement) -Contrôle des réactifs produits pour les laboratoires agréés : sérums, surnageants viraux + ensemble des contrôles internes des réactifs de référence et des lignées cellulaires

7. Souchothèques


Au travail s’ajoute l’entretien des collections Oui (environ 1000 isolats viraux en souchothèque)

Si oui, Opérations particulières programmées : -Ajouts et caractérisation de nouvelles souches -Transmission régulière des données de séquençage au LRUE

8. Autre action dans le domaine de la référence

Impératif : Recrutement et formation d’un nouveau correspondant qualité et métrologie (IE en charge

partant en retraite en 07/13) + habilitation d’un nouveau personnel en virologie et sérologie.

Impératif : Maintien et amélioration continue du système qualité (création et révision documentaire, fiches

de progrès, …).

Impératif : Production et contrôle de réactifs de référence (suspensions virales, lignées cellulaires, sérums).

Impératif : Enrichissement de la souchothèque interne et de la base de données moléculaires.

Valorisation programmée (via publications) de travaux effectués ces dernières années mais non valorisés

(développement et validation de méthodes sérologiques (séroneutralisation et ELISA), essais vaccinaux, …).

Contribution à la surveillance

L’unité ne contribue pas aux réseaux de la surveillance

Recherche


non détaillés, intégration de la liste des conventions en cours enregistrées à la DFT souhaitée listés et détaillés ci-dessous :

Thématique : Virologie Titre du projet Priorité (impératif, programmé) Sujet dans le champ de la lettre

d’orientation recherche (LOR)

MOLTRAQ : Molecular tracing of viral pathogens in aquaculture

Impératif Oui


Positionnement de l’équipe Partenaire et leader du WP (3)

Organisme(s) financeur(s) ANR (prog EMIDA)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : - Séquençage partiel d’une collection de rhabdovirus d’anguilles. - Analyse phylogénétique de rhabdovirus collectés à l’échelle européenne (anguilles, perches, etc.). - Participation à l’étude phylogénétique d’autres virus piscicoles (fournitures de souches, séquences, …) - Sélection de sondes moléculaires pour contribution à la création de micropuces à ADN. - Participation active à la base de données moléculaires Fishpathogens database.

CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats) Nombre de mois sur l’année : 12 Période : 01/14 – 12/14

Transversalité intra–Anses ou partenaires hors Anses Entités/unités partenaires ou noms des établissements : IFREMER (Dpt Génétique, Pathologie et Environnement), IRD (UMR 226 ISE-M)


Norwegian Veterinary Institute et Norwegian Computing Center (Norvège), Technical University of Denmark (EURL ; Danemark), Friedrich Loeffler Institut (Allemagne)

Thématique : Immuno-écotoxicologie Titre du projet Priorité (impératif, programmé) Sujet dans le champ de la lettre


TRANSCHEM : Effets trans-générationnels d’une pollution chronique aux pesticides sur l’état sanitaire et le système immunitaire de la truite arc en ciel

Programmé Oui


Positionnement de l’équipe Leader

Organisme(s) financeur(s) Interne + Post-doc région Bretagne (projet dérivé intitulé SANIFISH) Sera redéposé à appels à projets en 2014 (fonctionnement + post-doc)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : - Exposition chronique (env 8 mois) de truites arc en ciel adultes à un herbicide : évaluation des effets sur ces géniteurs et sur leurs descendances (impact sur le système immunitaire et les capacités de défenses anti-infectieuse, la qualité des œufs, le développement du système nerveux central, …) + développement d’outils diagnostiques en biologie moléculaire (PCR temps réel) permettant de suivre des biomarqueurs de la réponse immunitaire.

CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats) Nombre de mois sur l’année : 12 Période : 09/13 – 09/14 (Post-doc)

Transversalité intra–Anses ou partenaires hors Anses Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Université du Havre, Cedre de Brest, INRA de Rennes, IUEM




ACIVIR Programmé Oui



Organisme(s) financeur(s) Région Aquitaine + FEP + Professionnels

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Développement de méthodes PCR pour la détection de 2 virus d’esturgeons : AciHV1 (Herpesvirus) et WSIV (Iridovirus). Production de vecteurs servant de contrôles positifs et livraison au partenaire LDA40.


Nombre de mois sur l’année : 2 Période : Juin-Juillet


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : LDA40




Challenge Nodavirus / Bars Programmé Oui



Organisme(s) financeur(s) Privé (convention recherche)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : -Sélection de souches virales -Tests préliminaires pour évaluer la sensibilité des poissons et définir le mode et la dose de contamination -Challenge -Transfert des échantillons à Labogena pour assignation de parenté -En //, évaluation des outils de diagnostic de l’unité, notamment des outils moléculaires récemment développés


Nombre de mois sur l’année : / Période : /


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : SYSAAF et partenaire privé




Virmarq : Identification de marqueurs de virulence chez un Novirhabdovirus pour l’amélioration du diagnostic et une gestion sanitaire raisonnée des élevages de truites arc en ciel (thèse d’université).

Programmé Oui


Positionnement de l’équipe Co-encadrement

Organisme(s) financeur(s) INRA et ANSES (cofinancement)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : -Sélection de souches présentant des niveaux de virulence différents – évaluation in vivo ; -Séquençage complet et comparaison de génomes pour identification de marqueurs potentiels de virulence ; -Construction de virus recombinant par génétique inverse et évaluation des effets in vivo ; -Développement d’outils de diagnostic.


Nombre de mois sur l’année : 12 (Contrat INRA) Période : 01/14 – 12/14


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : INRA Jouy en Josas, Unité VIM


10- Projets de recherche qui démarrent en 2014 Thématique : Virologie Titre du projet Priorité (impératif, programmé) Sujet dans le champ de la lettre


Re-Sist : Technologies moléculaires pour la sélection de poissons résistants aux maladies (accepté)

Impératif Oui

Période Début (mois année) : Non connu Fin prévue (mois année) : durée de 48 mois


Organisme(s) financeur(s) OSEO

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : -Conventionnement et lancement du projet -Organisation de l’équipe en interne et aménagement du laboratoire pour intégrer une partie bactériologie. Phase de transfert méthodologique et de sélection de souches prévues avec un sous-traitant régional.

-Etudes préliminaires (conditions d’élevage, paramètres et modalités de contamination, température, pour mettre en place des modèles de challenges expérimentaux à objectif génétique pour différentes maladies (Nodavirose, Pasteurellose, Vibriose) et différentes espèces (bar, daurade)). -Préparation des challenges sur grands effectifs. -Participation aux réunions de suivi.


Transversalité intra–Anses ou partenaires hors Anses Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Entreprises : Aquanord, Les sources de l’avance, Pisciculture de Minin Nevez, France Turbot, Viviers de Sarrance, Ferme marine du Douhet, Les poissons du soleil, Ferme marine de Camporomo Organismes publics : INRA, IFREMER, SYSAAF


Thématique : Virologie Titre du projet



SC2E : Système de Crevetticulture Eco-Efficient (en phase finale d’évaluation)

Programmé Oui

Période Début (mois année) : Fin 2014 Fin prévue (mois année) : Fin 2016


Organisme(s) financeur(s) OSEO

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Acquisition et mise en œuvre de méthodes de diagnostic par PCR sur 2 virus de crustacés (PStDNV et WSSV)


Transversalité intra–Anses ou partenaires hors Anses Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Entreprises : Martrop, Artelia, Stereau, Idee Organismes publics : IFREMER, UPMC


Thématique : Immunologie Titre du projet



AgreenFish : Adaptations aux transitions alimentaires en aquaculture: les caractériser et les favoriser (accepté)

Programmé Oui

Période Début (mois année) : 1/01/2014 Fin prévue (mois année) : Fin 2017


Organisme(s) financeur(s) ANR (prog. Bioadapt)


Le projet AGREENFISH vise à (i) décrypter les mécanismes qui sous-tendent les capacités à court et à long terme de la réponse adaptative pour utiliser un régime alimentaire de base végétale et (ii) identifier les marqueurs d'adaptation afin d’améliorer la sélection à venir des poissons adaptés aux nouveaux régimes alimentaires. L’étude sera réalisée chez la truite arc-en-ciel, sur des poissons

isogéniques précédemment identifiés comme très divergents face au régime alimentaire et sur des poissons sélectionnés par rapport à leur aptitude face au nouveau régime. Les tâches de l’UPVP à réalisées en 1014 : -Conventionnement, lancement du projet et participation aux réunions de suivi -Développement de biomarqueurs moléculaires afin d’évaluer l’état de santé général et plus particulière le profil immunologique des poissons -Participation aux prélèvements du matériel biologique CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats) Nombre de mois sur l’année : /

Période : /

Transversalité intra–Anses ou partenaires hors Anses Entités/unités partenaires ou noms des établissements : INRA (Jouy en Josas, St Pée sur Nivelle, Rennes), Université de Pau, Université de Montpellier


Thématique : Immunologie Titre du projet



GISA : Amélioration de l’état de santé des truites en élevage en réduisant les situations de mal-être et de stress chez les géniteurs et lors du développement précoce (en cours d’évaluation)

Programmé Oui

Période Début (mois année) : Non connu Fin prévue (mois année) : durée de 36 mois


Organisme(s) financeur(s) ANR + financement interne INRA


Des situations de mal-être et de stress appliquées au poisson d’élevage (géniteurs / œufs) juste après la fécondation ont des conséquences sur le développement embryonnaire et sur les performances des juvéniles. A partir d’une analyse des situations d’élevage et de la perception des éleveurs, le projet GISA propose i) d’évaluer les effets trans-générationnel du stress pré- et post-natal sur l’état de santé et le bien-être des truites arc-en-ciel, ii) d’identifier des leviers d’action pour remédier à ces effets en jouant sur l’enrichissement du milieu et enfin iii) de valider ces résultats dans des conditions de production aquacole. Les tâches de l’UPVP à réalisées en 1014 : -Conventionnement, lancement du projet et participation aux réunions de suivi -Participation aux prélèvements du matériel biologique -Evaluation des effets trans-générationnels du stress pré- et post-natal sur le système immunitaire (bio-marqueurs, épreuves virales expérimentales). CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats) Nombre de mois sur l’année : /

Période : /

Transversalité intra–Anses ou partenaires hors Anses Entités/unités partenaires ou noms des établissements : INRA




Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année Financeurs VIRMARK En cours de

recrutement 10/13 – 10/16 Anses et INRA

Post-doctorats prévus (sujets acceptés) et en cours

Titre Nom du postdoc Durée : mois année-mois année Financeurs MOLTRAQ BELLEC 12/12 – 05/14 Europe

SANIFISH En cours de recrutement

09/13 – 09/14 Région Bretagne

ACIVIR A définir 06/13 – 07/13 FEP / Collectivités


T. MORIN

13- Organisation de manifestations scientifiques Rien à signaler


Rien à signaler.

Unité Mycoplasmologie Bactériologie (UMB)

Chef d’unité : Isabelle Kempf

Les études menées par l’UMB concernent les bactéries pathogènes du porc, les mycoplasmoses

aviaires et porcines ainsi que l’antibiorésistance dans les filières aviaires, porcines et maintenant

piscicoles et leur environnement. Les problématiques s’articulent autour de la santé animale

(pathologies liées à ces agents : détection et méthodes de contrôle), de la santé publique (infections

zoonotiques à Campylobacter, Streptococcus suis, antibiorésistance, santé au travail…) et de

l’environnement (impact environnemental des traitements antibiotiques, contamination de

l’environnement par des bactéries pathogènes ou zoonotiques…). L’UMB est Laboratoire national de

référence (LNR) pour les mycoplasmoses aviaires et LNR associé pour l’antibiorésistance. Outre les

projets de recherche dans les domaines précédemment indiqués, elle mène également des activités

d’appui scientifique et technique (diagnostic spécialisé des infections mycoplasmiques aviaires ou

porcines, plans de surveillance de la résistance de Campylobacter en filières avicoles et porcines) et

collabore avec le laboratoire de Lyon pour l’animation du réseau RESAPATH de surveillance de la

résistance des bactéries pathogènes des animaux.

Référence L’unité ne fait pas de référence

L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE et ne l’intègre pas ici

L’unité a un programme de travail spécifique LR-UE intégré dans les rubriques ci-après


Mandat : LNR Mycoplasmoses aviaires

Titre explicite de la méthode : PCR Mycoplasmoses aviaires

Priorité (impératif, programmé) : programmé

Technique / Matrice / Type de méthode PCR Taqman sur souches isolées (différentes espèces)

Délivrable pour 2014 développée



Santé animale Commission AFNOR U47

Antibiorésistance Groupe de travail vétérinaire du CA-SFM

Antibiorésistance Comité scientifique de l’Onerba


Rien à signaler.

4. Accréditation

Mandat : Mycoplasmoses aviaires

Au travail s’ajoute l’entretien des lignes d’accréditation pour ARL mycoplasmoses aviaires

Oui

Mandat : Antibiorésistance

Au travail s’ajoute l’entretien des lignes d’accréditation (CMI Campylobacter, antibiogramme)

Oui

Mandat : hors mandat (Mycoplasmoses porcines)

Au travail s’ajoute l’entretien des lignes d’accréditation (IF Mycoplasma hyopneumoniae)

programmé


Mandat : LNR Mycoplasmoses aviaires

Titre de l’EIL auquel vous avez prévu de participer en 2013





ARL MG/MS EILA impératif sérums

Mandat : LNR associé antibiorésistance






CMI Campylobacter EILA impératif Souches de Campylobacter

Antibiogramme EILA impératif Souches bactériennes


Mandat Demandes de contrôles attendues en 2014

LNR Mycoplasmoses aviaires En fonction des demandes

7. Souchothèques Rien à signaler.

8. Autre action dans le domaine de la référence Rien à signaler.

Contribution à la surveillance L’unité ne contribue pas à la surveillance


en 2014

Surveillance annuelle de la résistance aux antibiotiques des Campylobacters isolés de poulets et de porcs à l’abattoir prélevés en 2013 et de poulets et dindes prélevés en 2014 (selon décision de la Commission européenne)




RESAPATH Contribution à l’animation du réseau RESAPATH (filières avicoles et porcines)

Rapport données 2013

Recherche





Thématique : Antibiorésistance



Projet COVETLAB : séquençage de plasmides d’E. coli de volailles productrices de BLSE

impératif oui

Période Début (mois année) : octobre 2012 Fin prévue (mois année) : mars 2014


Organisme(s) financeur(s) Covetlab

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014’ (max 10 lignes) : En 2014, les données.de séquence des plasmides devraient être disponibles et seront analysées en vue de publications


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : UGVB Ploufragan


CVI (NL), SVA (Suède), AHVLA (UK)




Thèse FERMERES Résistance aux

antibiotiques de la flore digestive du porc : étude in vivo et développement d’une approche en système de fermentation in vitro

impératif oui

Période Début (mois année) : janvier 2012 Fin prévue (mois année) : juin 2013 (18 mois à Ploufragan puis 18 mois à Clermont Ferrand jusqu’en décembre 2014)

Positionnement de l’équipe coordinateur

Organisme(s) financeur(s) Bourse de thèse : Anses – région Bretagne – Fonctionnement : convention SIMV avec Univ. Clermont Fd en cours de rédaction

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) en 2014, l’étudiant sera à Clermont-Ferrand, l’année sera consacrée, pour l’UMB, à l’exploitation des données et au suivi de la rédaction des publications et de la thèse.




Univ Clermont Ferrand




Projet ANTIRES impératif oui

Période Début (mois année) : juin 2012 Fin prévue (mois année) : décembre 2013 (pour la partie expérimentale), juin 2014 pour les analyses


Organisme(s) financeur(s) France Agrimer

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : les essais sur porcs permettront d’évaluer l’intérêt de l’utilisation de probiotiques (souches d’E. coli à fort pouvoir de colonisation) pour empêcher la sélection d’E. coli résistants aux C3G chez le porc. En 2014, les dernières analyses seront réalisées et les publications rédigées


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Anses Fougères (PKPD)


Inserm Paris

Thématique : antibiorésistance



PALMICOUV : Caractérisation et impacts de l'empoussièrement sur la santé des travailleurs en couvoirs de palmipèdes

impératif oui



Organisme(s) financeur(s) CASDAR Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : L'UMB est chargée de la caractérisation de l'antibiorésistance d’ E. coli et Staphylococcus aureus isolés dans les échantillons de poussières de couvoirs de canards.


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Anses Ploufragan-UEBEAC et Itavi (UMT Sanivol, pilote)





AQUARES impératif oui


Positionnement de l’équipe coordinateurCliquer ici

Organisme(s) financeur(s) DGAL (plan EcoAntibio)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : L’objectif de cette étude exploratoire est (i) de proposer une sélection pertinente d’indicateurs de la dissémination de l’antibiorésistance, (ii) de valider une méthodologie analytique et d’échantillonnage pour la mise en place d’un plan de surveillance à l’échelle nationale sur la pisciculture en eau douce. Par conséquent, le nombre d’élevages suivis sera limité (n < 20), mais deux visites seront effectuées sur une période d’un an. Il sera alors possible de prendre en compte l’aspect saisonnier des épisodes infectieux et du cycle de production. De plus certains lots pourront faire l’objet d’un suivi complet. Cette étude s’accompagnera d’une première enquête sur les pratiques sanitaires et l’utilisation des antibiotiques en aquaculture

CDD associé(s) (y compris thèses et post-doctorats) 1 technicien (CDD porté par l’ITAVI)

Nombre de mois sur l’année : 12 Période : janvier à décembre 2014 -



Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Unité SANIVOL (Anses Ploufragan) ; ITAVI, organisations professionnelles de la pisciculture

Thématique : pathologies bactériennes



Caractérisation moléculaire de Mycoplasma hyorhinis

programmé oui

Période Début (mois année) : Janvier 2012 Fin prévue (mois année) : Juin 2014



Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Les objectifs de ce programme sont de développer trois méthodes de typage (séquençage du gène P37, MLVA et MLST) et de caractériser 25 souches de Mycoplasma hyorhinis non reliées épidémiologiquement. La plus grande partie du travail a été effectuée dans le cadre d'un master 2 en 2012. Cependant, le typage par MLST a été poursuivi en 2013 et sera terminé au cours du premier trimestre 2014.


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : 0



Titre du projet Priorité (impératif, Sujet dans le champ de la

programmé) lettre d’orientation recherche (LOR)

OPTIMICOL programmé oui




Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : le projet vise à optimiser la détection de la résistance de E. coli à la colistine et à caractériser un ensemble de souches résistantes à la colistine colligées dans le cadre du Résapath.


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Anses Lyon – Unité AVB


/

Thématique :antibiorésistance

Titre du projet DECRAB : destruction des résidus d’antibiotiques, bactéries et gènes de résistance lors du compostage de fumiers de volailles



impératif oui

Période Début (mois année) : Septembre 2013 Fin prévue (mois année) : Septembre 2014


Organisme(s) financeur(s) MEDDE (plan Ecoantibio 2017)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : au cours de l’année 2014, les échantillons collectés lors du stockage ou du compostage de fumiers de poulets traités par colistine seront analysés pour évaluer l’évolution des populations bactériennes résistantes à la colistine, des gènes de résistance à différents antibiotiques et des plasmides porteurs de gènes de résistance. Ces analyses seront effectuées par méthodes bactériologiques et moléculaires. Un étudiant en Master 2 sera recruté pour participer au projet.






SELEAC Ploufragan, ITAVI, CHU Poitiers


Thématique : pathologies bactériennes



AIRELEVEUR "Exposition aux contaminants aériens et impacts sur la santé des travailleurs en élevage de porcs et de volailles de chair"

programmé oui

Période Début (mois année) : Janvier 2014 Fin prévue (mois année) : Décembre 2016


Organisme(s) financeur(s) Appel à projet d’innovation et de partenariat CasDar coordonné par la Chambre Régionale d’Agriculture de Bretagne. Réponse attendue Mi-Juillet 2013




EFFORT : Ecology from Farm to Fork Of microbial drug Resistance and Transmission

impératif antibiorésistanceCliquer ici


Positionnement de l’équipe partenaireCliquer ici

Organisme(s) financeur(s) FP7

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : en 2014, des prélèvements seront réalisés dans des piscicultures et au niveau de la distribution de poissons, en vue de caractériser les bactéries et gènes de résistance dans cette filière. Les protocoles précis d’analyse et la répartition des taches entre les différents laboratoires de l’Anses seront précisés au cours de la journée de lancement du projet en septembre 2013.






Anses Fougères, Anses Maisons Alfort,



Titre Nom du doctorant Durée : mois année-mois année Financeurs

FERMERES Mickael Fleury Décembre 2011-Décembre 2014 -

Anses Région Bretagne

-


Anne Bouchardon (si non soutenue en 2013)

15- Organisation de manifestations scientifiques

Titre de la manifestation Priorité (impératif, programmé)

Période Public Enjeux pour l’Anses


Colloque international francophone de microbiologie animale

programmé 15-16 mai 2014

Scientifique Participation de l’UMB dans le Bureau de direction : C. Marois

Le 6ième Colloque international francophone de microbiologie animale se tiendra à Toulouse les 15-16 mai 2014. Le premier Colloque a eu lieu à Saint-Hyacinthe en 2000 et depuis, il se tient à tous les 2-3 ans dans un pays de la francophonie (Canada, France, Belgique, Canada et Maroc). À chaque fois, une centaine de chercheurs ont participé à ces colloques. L’objectif principal de ce Colloque est de permettre à des chercheurs francophones à travers le monde d’échanger leurs résultats dans leur langue de travail. Ce Colloque permet également d’établir des collaborations entre les chercheurs francophones et, aux futurs chercheurs, de rencontrer des chercheurs internationaux dans le but d’effectuer des stages de formation dans leurs laboratoires. Ce Colloque est donc une occasion unique pour la majorité des chercheurs de la francophonie d’échanger sur des sujets scientifiques de microbiologie animale et d’établir des collaborations internationales. Initialement, ce Colloque ne portait que sur les agents bactériens, mais maintenant, il couvre également les agents viraux et les parasites. Les divers aspects touchant les agents « infectieux » sont abordés lors de ces colloques, à savoir : la pathogénie, l’immunité, le diagnostic, le traitement des infections, l’épidémiologie et la santé publique. Un Bureau de direction formé de chercheurs représentant les divers pays de la francophonie assure la bonne marche des colloques et un secrétariat permanent, établi à Saint-Hyacinthe, assiste le comité organisateur local. Enfin, le Colloque est une excellente occasion de souligner le travail d’un chercheur émérite


Rien à signaler.

Unité Virologie Immunologie Porcines (VIP)

Chef d’unité : Le Potier Marie-Frédérique

Les thématiques développées par l’Unité Virologie Immunologie Porcines (UVIP) concernent les grands syndromes viraux du porc, tels que les maladies épizootiques comme la peste porcine classique (PPC), la peste porcine africaine (PPA) ou la maladie d’Aujeszky (MA) comme ceux ayant un fort impact sur l’économie de la production porcine comme le syndrome dysgénésique et respiratoire porcin (SDRP) et/ou présentant un risque zoonotique comme l’influenza porcin (IP). Ces infections virales sont abordées sous l’angle du diagnostic de laboratoire, de la caractérisation des virus, de la relation hôte-pathogène et de l’épidémiosurveillance. L’UVIP héberge quatre laboratoires nationaux de référence (LNR) pour la PPC, la PPA, la MA et l’IP et

est aussi laboratoire de référence OIE pour la MA.

En 2014, l’UVIP va poursuivre ses activités dans les domaines de la référence et de

l’épidémiosurveillance en étroite association et complémentarité avec les projets de recherche

développés.





Mandat : Peste Porcine Africaine

Titre explicite de la méthode : détection d’anticorps par ELISA


Technique / Matrice / Type de méthode ELISA/Sérum

Délivrable pour 2014 validée

Mandat : Influenza Porcin

Titre explicite de la méthode : RT-PCR en temps réel pour le sous-typage des virus Influenza Porcins


Technique / Matrice / Type de méthode RT-PCR en temps réel / Surnageants d’écouvillons nasaux/ Biologie moléculaire

Délivrable pour 2014 adaptée

Officialisation de méthodes

Mandat(s) Indiquer le nombre de méthodes que vous prévoyez de proposer à la tutelle pour officialisation au cours de l’année 2014 (indicateur COP)


Mandat Demandes d’EST attendues en 2014

PPA Méthode de sérologie transférable à un réseau de laboratoires départementaux


PPC/PPA/MA/IP AFNOR commission 47


Mandat :PPC

Titre de l’EIL que vous prévoyez d’organiser en 2014




Périodicité, le cas échéant, telle que validée avec la tutelle (tous les 6,12,18 ou 24 mois)

SEROLOGIE EILA... impératif SERUM/anticorps/ ELISA et Neutralisation virale quantitative

tous les 24 mois

VIROLOGIE EILA... impératif SERUM/génome viral/ PCR tous les 12 mois

Mandat : Maladie d’Aujeszky






VIROLOGIE EILA... programmé Souches,organes,../génome viral/ PCR

Selon demande de la DGAlautre (préciser)

Mandat : Influenza Porcin






VIROLOGIE EILA... Cliquer ici Souches,organes,../génome viral/ RT-PCR

tous les 24 mois PAS D’EILA RT-PCR IP EN 2014


Mandat(s) EILA EILV

PPC 2

PPA 0

MA 0 ou 1

IP 0

Mandat : PPC

Titre de session(s) de formation/atelier/séminaire dispensée(s) aux laboratoires officiels



Technique de neutralisation virale programmé

Mandat :IP




Journée d’information et d’échanges du réseau de laboratoires agréés pour l’IP

programmé

4. Accréditation

Mandat : PPC/PPA/MA/IP

Entretien des lignes d’accréditation Oui


Mandat : PPC






European CSF ILCT Organisé par le LRUE de l’université vétérinaire de Hanovre

EILA impératif Sérums/ anticorps et virus/ sérologie : ELISA, Neutralisation virale différentielle (5 souches) Virologie : RT-PCR, isolement viral,séquençage

annuelle

Mandat : PPA






European ASF ILCT Organisé par le LRUE du CISA INIA de Valdeolmos

EILA impératif Sérums et broyats d’organes/ anticorps et virus/ sérologie : ELISA, immunoblot, IPMA ou IFMA, virologie : PCR et isolement viral

annuelle



PPC Contrôle lot par lot Kit ELISA (1 producteur) : 2-3 lots Contrôle lot par lot kit RT-PCR (2 producteurs) : 1 lot/producteur

PPA Contrôle initial Kit ELISA (1 producteur)

MA Contrôle lot par lot Kit ELISA gB (3 producteurs) : 3-5 lots/producteur Contrôle lot par lot Kit ELISA gE (2 producteurs) : 2-3 lots/producteur

IP Contrôle lot par lot kits RT-PCR en temps réel : RT-PCR gène M, RT-PCR gène pH1, RT-PCR gène pN1 (2 producteurs, 5 kits) : 1 à 3 lots/an/kit


8. Autre action dans le domaine de la référence

Rien à signaler.



en 2014

PPC : surveillance active de la PPC chez les sangliers sauvages du Nord-Est de la France (57 et 67) Surveillance active en élevages de porcs par sérologie (plein air, sélection, abattoir,..) et évènementielle (suspicions cliniques et lésions abattoir)

PPA : surveillance évènementielle en France métropolitaine et surveillance sérologique à l’abattoir sur l’île de La Réunion

MA : Surveillance active en élevages de porcs par sérologie (plein air, sélection, abattoir,..) et évènementielle (suspicions cliniques et lésions abattoir) Surveillance de la MA chez les sangliers sauvages en France métropolitaine Plan de surveillance spécifique en Corse

IP : Surveillance passive en élevages dans le cadre du Dispositif National de Surveillance des virus influenza chez le porc




PPC : surveillance chez les sangliers sauvages du Nord-Est de la France (57 et 67) PPC : Surveillance des porcs

Sangliers : diagnostic spécialisé et analyse des résultats obtenus sur la zone d’observation renforcée Porc : confirmation des résultats des LVD et traitement des suspicions

Rapport de convention DGAL/Anses Rapport pour le LRUE Rapport d’analyses pour la DGAl et les DDPP. Bulletin épidémiologique

MA : Surveillance active des porcs

Porc : confirmation des résultats des LVD et traitement des suspicions

Rapport d’analyses pour la DGAl et les DDPP. Bulletin épidémiologique

IP : Dispositif national de surveillance des virus Influenza chez le porc

Identification (sous-typage) des virus détectés, traitement de résultats des analyses virologiques, saisie des informations recueillies dans les documents d’accompagnement des prélèvements, analyses épidémiologiques, synthèses des résultats de virologie et d’épidémiologie.

Rapports d’analyses et Synthèse annuelle à l’intention de l’ensemble des acteurs du DNS. Article dans le Bulletin épidémiologique.

A l’international : Préparation de l’Action concertée Européenne ESNIP 4 (European Surveillance Network for Influenza in Pigs).

Recherche





Thématique : peste porcine africaine



Development and validation of alternative diagnostic tools for ASF

impératif oui



Organisme(s) financeur(s) Anses / CoVetLAb

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : The development and

validation of additional virus detection and serology tests could improve and support African swine

fever (ASF) diagnostics. Currently, ASF virus detection tests use primary cells. Virus detection using

established cell lines instead of primary cells would allow for large scale titrations, could lead to the

development of more simple and harmonized test procedures, improved reproducibility and

reliability.Developing an IPMA using cell lines could lead to a simple, standardized, highly sensitive

and specific serological confirmatory test for ASF. Given the large economic impact of ASF control

measures, several highly reliable tests for ASF are needed.






CVI, DTU and SVA

VectiqStress impératif oui

Période Début (mois année) : 01/10/2011 Fin prévue (mois année) : 28/12/2014


Organisme(s) financeur(s) Anses et CIRAD

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Mise au point du modèle de transmission du virus de la PPA au porc par piqure de tiques Ornithodoros. Etude des réactions inflammatoires et immunes locales et systémique après piqure.


Nombre de mois sur l’année : 12 portés par le CIRAD Période : 01/01 – 31/10/2014


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : thèse Anses-CIRAD


/

ASFORCE Targeted research effort on African swine fever

impératif oui



Organisme(s) financeur(s) 7ème PCRD KBBE.2012.1.3-02 -

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Influence des stress environnementaux sur la compétence vectorielle des tiques Ornithodoros.






Coordinateur : Université de Lisbonne Dr Carlos Martin Es, F, D, Pt, It, Ro, UK, Russie, Bulgarie, CH

Thématique : Influenza porcin



Development and validation of

molecular tools for sub-typing swine

influenza viruses

impératif Oui

Période Début (mois année) : octobre 2013 Fin prévue (mois année) : septembre 2014


Organisme(s) financeur(s) CoVetLab (Club5) Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Objectives:

1. Full validation of existing molecular sub-typing tools. 2. Establishment of sensitive, specific and robust molecular sub-typing tools for routine use. 3. Inter-laboratory trialling of molecular sub-typing tools among Club-5 partners. 4. Improvement of molecular sub-typing tools for application in the major swine-producing countries across the EU.

Brief workplan : 1. Initial parallel evaluation of the existing conventional and RRT-PCR sub-typing assays on a

representative panel of SIV samples and negative controls. 2. Compare the diagnostic and analytical sensitivities of existing assays to virus isolation in SPF

eggs or cells and HI. 3. Design additional and/or alternative primers/probe sets to target subtypes H1N1, H1N2 and

H3N2 in singleplex format. 4. Evaluation of additional and/or alternative primers/probe sets on a representative panel of

SIV samples (including homotypic strains) and negative controls. 5. Evaluation of Fluidigm Dynamic Array. 6. Organise and conduct full-scale ring trials of tools amongst Club-5 partners.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements


AHVLA (UK), CVI (Pays-Bas), DTU (Danemark), SVA (Suède)

Thématique : virus Influenza porcins



Thèse de Doctorat "Etudes comparées de la pathogénèse des virus grippaux chez le porc pré-infecté ou non par Mycoplasma hyopneumoniae"

impératif oui

Période Début (mois année) : 01/10/2012 Fin prévue (mois année) :01/10/2015




Soumission d’un article relatif aux résultats du projet RestriAlFlu

Fin de l’exploitation de l’essai NADIR et valorisation

Rédaction d’une revue sur les réponses du porc à l’infection grippale.


Nombre de mois sur l’année : 0 (personnel permanent) Période :


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : UMB/SPPAE ; SENAH INRA St Gilles ; INRA Tours ; VIM INRA Jouy en Josas


Thématique : Influenza porcin



Etude comparative de virus influenza « avian-like swine H1N1 » et swine-like avian H1N1 » isolés respectivement chez le porc et chez la dinde, en Bretagne, entre 2005 et 2008

programmé Oui

Période Début (mois année) : septembre 2011 Fin prévue (mois année) : août 2014


Organisme(s) financeur(s) Ressources propres

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Objectif : Etude comparative de virus influenza H1N1 circulant dans des élevages de porcs et de dindes en Bretagne au cours de la période 2005-2008 et appartenant au même lignage génétique. - Analyses génomiques des différents isolats (aviaires et porcins) sélectionnés : séquençage génomes complets, reconstructions phylogénétiques, recherche de "profils protéiques types" et/ou de déterminants moléculaires spécifiques de l’espèce hôte (voire de la virulence) - Etude des relations antigéniques croisées entre les différents isolats - Etablissement d'un profil viral à potentiel virulent s'il existe - Valorisation des résultats obtenus.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Unité VIPAC, Anses-Ploufragan


Thématique : Syndrome dysgénésique respiratoire porcin (SDRP)



Modélisation multi-échelle, de l’Intra-Hôte animal à la Métapopulation, des mécanismes de propagation d’agents pathogènes pour Evaluer des Stratégies de maîtrise (MIHMES)

impératif oui

Période Début (mois année) : 15/01/2012 Fin prévue (mois année) : -14/01/2017


Organisme(s) financeur(s) ANR (MIHMES)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Ce projet a pour

vocation d’optimiser le design de programme de maitrise d’infections endémiques à potentiel

économique important et /ou présentant un risque pour la santé publique vétérinaire (ex :

surconsommation d’intrants médicamenteux). Sur le modèle de l’infection SDRP, il est prévu de

réaliser les essais expérimentaux en animaleries protégées et des enquêtes en élevage pour disposer

des données indispensables à la modélisation de la diffusion du virus SDRP en milieu vacciné (intra-

élevage) et à la modélisation de la réponse immune du porc infecté par le virus SDRP (intra-hôte) .


Nombre de mois sur l’année : 4 Période : 01/01/2014 – 30/04/2014


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : UEBEP


ONIRIS, INRA, CNRS, INRIA


Thématique : SDRP

Titre du projet



Programme de recherche et de lutte contre le SDRP

programmé oui

Période Début (mois année) : juillet 2014 Fin prévue (mois année) : juillet 2017


Organisme(s) financeur(s) Région Bretagne, CASDAR, Inaporc, CRP

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : programme de recherche et de lutte contre le SDRP en collaboration avec les acteurs bretons de la filière porcine (OVS, CRAB, IFIP). Deux objectifs principaux : (i) protéger les élevages SDRP négatifs et (ii) prévenir l’introduction de nouvelles souches SDRP. Dans le cadre du premier objectif : (a) Validation de l’ELISA SDRP sur fluide oral qui permettra de faciliter le suivi des élevages SDRP négatifs (diminution des couts de prélèvements et du stress des animaux). (b) Evaluation du risque représenté par le lisier dans la transmission du virus SDRP des élevages SDRP positifs vers les élevages négatifs (afin de pouvoir contrôler ce risque) Dans le cadre du second objectif : (a) Suivi phylogénique des souches SDRP circulant en Bretagne et en France pour détecter l’émergence de nouvelles souches. (b) Caractérisation de l’infection par une nouvelle souche SDRP hautement pathogène (Léna) qui permettra de disposer des données nécessaires à une évaluation du risque en cas d’émergence de ce type de souche en France.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : UEBEP


CRAB, UGPVB, OVS porc Bretagne, IFIP




VecTiqStress Jennifer Bernard 10/2012 – 12/2015 Cirad/Anses Etudes comparées de la pathogénèse des virus grippaux chez le porc pré-infecté ou non par Mycoplasma hyopneumoniae

Céline Deblanc 10/2012 – 12/2015 Personnel permanent Anses


Titre Nom du postdoc Durée : mois année-mois année Financeurs

MIHMES Renson Patricia - 04/2014 ANR

ASFORCE - 7ème PCRD KBBE


Rien à signaler.



Rien à signaler.

Unité virologie immunologie parasitologie aviaires et cunicoles (VIPAC)

Chef d’unité : Véronique Jestin

L'activité de l'unité concerne les maladies virales et parasitaires d’importance majeure en

productions avicoles : réglementées ou non, émergentes ou réémergentes, zoonotiques ou non ainsi

que les caliciviroses des lagomorphes, avec les objectifs d’améliorer la détection et la caractérisation

des pathogènes, le suivi de leur évolution, la compréhension des mécanismes de virulence, de

transmission intra- et inter-espèces et de prévention de leur diffusion.

Actuellement, les activités de virologie pour laquelle l'unité VIPAC est accréditée COFRAC, sont bien

ancrées sur l’influenza aviaire et la maladie de Newcastle (pour lesquelles elle est laboratoire

national de référence) ainsi que sur la maladie de Gumboro et les Métapneumoviroses aviaires (pour

lesquelles elle est laboratoire OIE de référence) et sur les caliciviroses des lapins domestiques,

sauvages et du lièvre. Depuis plusieurs années sur ces diverses thématiques l’unité VIPAC conduit des

programmes de recherche et contribue à l’activité d’expertise au plan national ou international

(européen en particulier). Courant 2013, l’unité a renforcé son positionnement sur les coranavirus

aviaires en participant à un nouveau projet COST (accepté) et en contribuant au dépôt d’un projet

Aniwha et ANR (accepté juin 2013). Le positionnement de l’activité parasitologie, essentiellement

dédié aux coccidioses aviaires, a été revu pour répondre à la feuille de route fixée; les discussions

sont en cours pour réunir les fonds nécessaires à son fonctionnement.





Mandat : LNR Newcastle

Titre explicite de la méthode : Développement et validation de méthode de détection de virus de la maladie de Newcastle par RT-PCR temps réel avec son témoin interne (pour répondre aux exigences de la norme PCR)

Priorité (impératif, programmé) : programmé (sous réserve qu’une méthode de ce type soit reconnue officiellement au niveau européen : difficulté technique à surmonter -en cours au LRUE- et cadre réglementaire EU puis Fr à actualiser)

Technique / Matrice / Type de méthode Développement et validation de méthode (Extraction sur colonne et amplification par RT-PCR temps réel) Organes – Cerveaux – Liquide allantoïque

Délivrable pour 2014 (si les réserves énoncées ci-dessus sont levées d’ici fin 2013)

Construction d'ARN encapsidés Production d'ARN transcrits Validation (en cours)

Mandat : LR OIE AMPV

Titre explicite de la méthode : rRT-PCR pan-AMPV (méthode de détection commune à tous les sous groupes d’AMPV par RT-PCr en temps réel)


Technique / Matrice / Type de méthode rRT-PCR Ecouvillons respiratoires et surnageants de culture cellulaires

Délivrable pour 2014 Sélection amorce et sonde Production ARN transcrit Méthode applicable au stade expérimental



LNR NDV et AIV AFNOR – GT4, GT immunoséro, Commission U 47A

LNR OIE IBDV Programme de jumelage Anses / Harbin HVRI (Chine), harmonisation de méthodes en sérologie / virologie


Mandat : LNR AIV NDV






Détection d’anticorps de la maladie de Newcastle par IHA

EILA impératif méthode tous les 2 ans

Détection de virus influenza aviaire selon la méthode de RT-PCR temps réel H5 et/ou H7 avec IPC

EILV Programmé (attente d’un positionnement clair de la DGAL sur ses priorités

Liquide allantoïque inactivé/influenza sous-type H7 et/ou H5/extraction + RT-PCR temps réel


Mandat(s) EILA EILV

LNR influenza aviaire/maladie de Newcastle

1 1

Mandat :




Programme de jumelage HVRI-Harbin Chine / Anses, appui pour constitution d’un réseau de laboratoires (Chine et pays voisins)

Programmé

4. Accréditation

Mandat : LNR AIV/NDV

Ligne(s) d’accréditation prévue(s) d’ajouter dans l’annexe technique sur 2014


Accréditation en tant qu'organisateur d'essais interlaboratoires d'aptitude (norme NF EN ISO/CEI 17043)

Programmé en principe fin 2013 mais dérive possible du fait du COFRAC


Mandat :






Détection de virus influenza aviaire de différents sous-types par PCR et pathotypage par séquençage des virus de sous types H5/H7

EILA européen Impératif Liquide allantoïque/virus/RT-PCR temps réel et RT-PCR/séquençage

1 an

Détection par PCR et pathotypage par séquençage de paramyxovirus aviaires de type 1

EILA européen Impératif Liquide allantoïque/virus/RT-PCR temps réel et RT-PCR/séquençage

1 an

Identification de myxovirus et paramyxovirus hémagglutinants aviaires par inhibition de l’hémagglutination

EILA européen Impératif Liquide allantoïque/virus/IHA

1 an

Titrage d’anticorps influenza aviaire de sous types H5/H7 par IHA

EILA européen Impératif Sérum/anticorps/IHA

1 an

Titrage d’anticorps de la maladie de Newcastle

EILA national Impératif Sérum/anticorps/IHA 2 ans


Rien à signaler.

7. Souchothèques

Mandat :

Entretien des collections Oui

LNR influenza aviaire/maladie de Newcastle production lot mère lot de travail et contrôles correspondants (identification, activité pureté..) pour les nouvelles souches mises en collection ; nouvelles productions selon l’état des stocks et contrôles correspondants ; production des sérums homologues réactualisation des données de réactions croisées entre souches

8. Autre action dans le domaine de la référence Préparation et contrôles des réactifs (antigènes, sérums, ARN transcrits, témoins positifs internes etc… de référence pour cession extérieure et besoins internes) Validation du process de décontamination appliqué aux MOT influenza (une fois que le guide du CMRBL sera sorti et qu’une méthode sera sélectionnée de façon incontestable) si pas fait d’ici fin 2013 Participation au groupe de travail (Anses) sur la validation de méthode Réponse aux sollicitations des Etats membres de l’OIE dans le cadre des mandats de référence bursite infectieuse et métapneumovirus aviaires



en 2014

Enquête relative à l’Influenza Aviaire au sein des élevages de volailles, conformément à la décision 2010/367/CE du 25 juin 2010


Rien à signaler.

Recherche

11. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014




Thématique : AMPV



METABE Programmé oui

Période Début (mois année) : 2012 Fin prévue (mois année) : 2014 ?

Positionnement de l’équipe Responsable

Organisme(s) financeur(s) Région en 2012-2013. Ressources propres en 2014 ? Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Le projet a pour but de construire le premier système de génétique inverse adapté aux AMPV-C du

canard. Depuis février 2012, un génome d’AMPV-C déjà disponible au laboratoire a été totalement

séquencé et cloné en quasi totalité dans un plasmide bactérien. Les protéines virales nécessaires à la

réplication de ce génome ont été clonées et un minigénome porteur d’un gène rapporteur a été

construit. Pour mener à bien le projet, il reste à i) achever les constructions plasmidiques encore en

cours, ii) régénérer des particules virales infectieuses, iii) construire des virus mutants pour étudier si

les protéines G et SH contribuent à la spécificité d’hôte.

L’impact de différentes modifications des protéines d’enveloppe sur la spécificité d’hôte sera évalué

en propageant les virus modifiés sur culture d’anneaux de trachées dérivés d’embryons de cane,

poule ou dinde exempts d’organismes pathogènes spécifiés (disponibles au laboratoire), ou sur

animaux EOPS lorsque les animaleries protégées du laboratoire seront à nouveau disponibles.


Nombre de mois sur l’année : Néant Période : -



Partenaires (préciser les pays pour les équipes internationales) Collaboration scientifique avec l’Université de Liverpool (Dr C.J. Naylor)

Thématique : Influenza aviaire



TransFlu : “Genetic determinants for interspecies transmission of influenza A viruses”

programmé oui

Période Début (mois année) : décembre 2008 Fin prévue (mois année) : décembre 2016 - long terme/fonction résultats


Organisme(s) financeur(s) FRIA antérieurement ; Infect-ERA (si accepté) et fonds propres

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Objectif : Identifier des déterminants génétiques de virus influenza aviaires et porcins prédictifs d’une transmissibilité inter-espèces et/ou de virulence, en suivant leur évolution au cours de l'infection et au cours de passages successifs par contact au sein d’espèces intermédiaires (canard, caille, pigeon, porc). - Caractérisation de virus mutants des sous-types H5N1, H7, H9, H2 et H1N1, produits lors d’essais expérimentaux (canard, cailles, pigeons), campagnes de prélèvements en élevage (porc), ou d’essais in vitro par génétique inverse (Anses, FLI) - Séquençage à haut débit pour caractériser les quasi-espèces d’isolats choisis et leur évolution au cours des passages dans les hôtes intermédiaires (Anses, FLI) - Recherche et étude des déterminants d'adaptation pour les mammifères et les marqueurs de virulence (Anses, FLI) - Caractérisation phénotypique en termes de transmissibilité (Anses fonction de la disponibilité des animaleries A3), virulence et de spécificité de récepteur d’isolats porteurs de tels marqueurs d'adaptation (Anses, FLI) - Etude des réponses immunologiques in vitro dans des cellules de mammifères (SVA)





- Anses, Laboratoire de Ploufragan : unité GVB, VIP, SELEAC confiné et EBEP - Friedrich-Loeffler Institute (FLI) - National Veterinary Institute SVA


- Anses laboratoire de Ploufragan : Unités VIP, G Simon ; GVB plateforme séquençage haut débit (F Touzain et Y Blanchard) ; EBEP N Rose (exploitation statistique des données de transmission) - FLI, Institut of Diagnostic Virology, Timm Harder (Allemagne) - National Veterinary Institute, SVA, department Virology Immunobiology and Parasitology, Siamak Zohari (Suède) De plus cette même thématique est proposée dans le cadre du projet de COST Eurozoonet (en cours évaluation)

Thématique : Influenza aviaire



Etude des virus H1N1 swine avian-like circulant dans les élevages de dindes et de porc entre 2005 et 2008

programmé exploitation des données déjà générées

oui

Période Début (mois année) : février 2013 Fin prévue (mois année) : 1er semestre 2014

Positionnement de l’équipe leader

Organisme(s) financeur(s) Anses fonds propres

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Objectif : Valorisation des résultats obtenus. - Exploitation des données de séquences acquises à partir de différents isolats sélectionnés (aviaires) et porcins) - Recherche de "profils protéiques types" ou de déterminants moléculaires d'espèces ou de virulence - Croisement des données pour l'établissement d'un profil viral à potentiel virulent s'il existe




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Laboratoire de Ploufragan/unité VIP (Anses)


Thématique : Paramyxovirus



Etude de la cinétique d’expression des mRNA P/V/W des plusieurs virus de la

programmé oui

maladie de Newcastle

Période Début (mois année) : juin 2013 Fin prévue (mois année) : fin 2014 sous réserve de disponibilité plateforme séquençage haut débit GVB


Organisme(s) financeur(s) Anses (fonds propre)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Objectifs : Déterminer la cinétique d’expression des mRNA P/V/W de virus PMV1. Une comparaison entre un virus virulent et un virus avirulent ainsi qu’avec un autre paramyxovirus aviaire (APMV11) possédant un gène P atypique produisant en théorie des proportions de P/V/W différentes sera réalisé. - Grace à du séquençage haut débit, suivi d’une analyse bioinformatique. Les différences observées pourront permettre de mettre en évidence une potentielle régulation de l’expression de ces mRNA. Notamment au niveau de l’insertion alternative dans le gène P pour former les proteines P/V/W lesquelles jouent un rôle important dans la pathogenicité




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : GVB : plateforme séquençage haut débit


Thématique : Caliciviroses des lagomorphes



Evolution génétique des souches de RHDV circulant en France dans les populations de lapins de garenne entre 2009 et 2014

impératif oui

Période Début (mois année) : novembre 2011 Fin prévue (mois année) : octobre 2015


Organisme(s) financeur(s) ONCFS + Fédération Nationale des Chasseurs Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Ce projet de recherche rentre dans le cadre du suivi de l’évolution génétique et antigénique des souches de RHDV, et notamment du nouveau virus variant de RHDV (RHDV2) que nous avons caractérisé en France dans des élevages de lapins vaccinés et la faune sauvage en octobre 2010. Nous collaborons avec l’ONCFS, l’INRA-ENVT, l’INSERM et le laboratoire OIE de référence des caliciviroses de l’IZSLER (Italie) pour les différentes études menées sur le RHDV2. En 2014 : génotyper environ 75 souches RHDV récoltées au cours de l’année dans les populations de lapins sauvages sur une grande partie du territoire français pour suivre l’évolution génétique et antigénique du RHDV2, confirmer le remplacement presque total des souches de RHDV classiques, déterminer et étudier la séquence du gène codant la protéine de capside de souches RHDV2 et RHDV intéressantes, surveiller l’apparition d’un nouveau groupe génétique.



Transversalité intra–Anses ou partenaires hors Entités/unités partenaires ou noms des

Anses établissements : ONCFS, Réseau SAGIR (ONCFS/FNC/Anses-Nancy)


-S. Marchandeau, ONCFS, CNERA, Nantes -A. Decors, SAGIR, ONCFS, Le Perray-en-Yvelines




Etude des interactions hôte/pathogène lapin/RHDV et de l’origine de la virulence des RHDV

programmé oui

Période Début (mois année) : octobre 2010 Fin prévue (mois année) : en fonction des financements obtenus


Organisme(s) financeur(s) Fonds propres Anses + recherche de financement auprès des appels d’offres européens ou autres

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Le système hôte/pathogène Lapin/RHDV sert de modèle animal à l’INSERM-Nantes pour l’étude des caliciviroses humaines (responsables de gastro-entérites). Nos derniers travaux en commun ont démontré l’existence d’une co-évolution génétique du lapin et du RHDV au cours du temps. Ce type de travaux s’est poursuivi à l’INSERM au travers de l’étude du phénotype des récepteurs aux virus non pathogènes apparentés au RHDV que nous avons caractérisés en France en 2006-2010 et au RHDV2, ainsi que de la mise en évidence de sites potentiels de glycosylation pouvant contribuer à la pathogénicité des souches. Pour conforter les résultats préliminaires obtenus par l’INSERM, des études expérimentales sur lapins sont prévues en 2014 à l’Anses pour notamment analyser l’impact de la glycosylation sur la virulence des souches. Ces données aideront à identifier les mécanismes d’émergence de la RHD et à valider l’hypothèse du passage de la barrière d’espèce (voir ci-après).




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : INSERM, ONCFS


- J. Le Pendu et N. Ruvoën-Clouet, INSERM, Nantes - S. Marchandeau, ONCFS, CNERA, Nantes




Caractérisation moléculaire complète de souches EBHSV et étude des interactions hôte/pathogène dans le modèle lièvre/EBHSV.

impératif oui



Organisme(s) financeur(s) Fonds propres Anses + prévision de financement de l’ONCFS

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Avec le CIBIO-UP et l’INSERM-Nantes, je co-dirige un projet réalisé par une post-doc portugaise sur l’étude i) de l’évolution génétique des souches EBHSV (co-direction Anses) ii) des interactions génétiques lièvre/EBHSV pour comprendre les mécanismes de défense de l’hôte, la pathogénicité et la co-évolution virus/hôte (co-direction INSERM). Ces travaux aident à comprendre l’épidémiologie de la maladie, à étudier l’émergence des formes pathogènes de lagovirus et les mécanismes du passage de la barrière d’espèce. Dans ce cadre, nous avons fourni des EBHSV français, belges et grecques de différents groupes génétiques intéressants pour cette étude. Il est ainsi prévu de fournir des EBHSV récents que nous pourrions génotyper et caractériser en 2014 si une nouvelle convention d’étude démarre (voir ci-dessus) et de poursuivre notre contribution de caractérisation moléculaire des virus sélectionnés en complétant les données moléculaires déjà acquises.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : CIBIO-UP, INSERM, ONCFS


- J.Abrantes et P. Esteves, CIBIO-UP, Portugal - J. Le Pendu et N. Ruvoën-Clouet, INSERM, Nantes - J-S. Guitton, ONCFS, CNERA, Nantes - A. Decors, SAGIR, ONCFS, Le Perray-en-Yvelines




Compréhension de l’émergence (RHDV-EBHSV) et de la ré-émergence (RHDV2) de calicivirus pathogènes chez les léporidés

programmé oui

Période Début (mois année) : avril 2012 Fin prévue (mois année) : en fonction des financements obtenus


Organisme(s) financeur(s) Fonds propres Anses + recherche de financement auprès des appels d’offre européens ou autres

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Le projet ECALEP accepté par la DS fin 2012 associe l’Anses à 7 équipes nationales et européennes. Son financement reste à trouver. Son but est d’explorer 2 hypothèses pour expliquer l’origine des caliciviroses du lapin et du lièvre ainsi que l’émergence récente du RHDV2 : l’évolution de lagovirus non-pathogènes vers des formes pathogènes ou le passage de la barrière d’espèce à partir d’un hôte réservoir, associé ou non à une recombinaison entre lagovirus existants. Des données déjà acquises (INSERM-Nantes, IZSLER) font penser que le lapin Sylvilagus floridanus, espèce américaine introduite en Europe au cours des années 80, pourrait être cet hôte. En plus des travaux avec l’INSERM mentionnés ci-dessus, Il est prévu de continuer à chercher des virus NP dans des échantillons de Sylvilagus, d’identifier des virus NP chez le lièvre et éventuellement d’autres virus NP chez le lapin, de contribuer à la caractérisation moléculaire complète des virus, d’étudier in vivo les virus de lapin.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : ONCFS, INRA-ENVT, INSERM, IZSLER, CIBIO-UP, IREC, NVI.


- S. Marchandeau, ONCFS, CNERA, Nantes - A. Decors, SAGIR, ONCFS, Le Perray-en-Yvelines - S. Bertagnoli, INRA-ENVT, Nantes - J. Le Pendu et N. Ruvoen-Clouet, INSERM, Nantes - L. Capucci et A. Lavazza, IZSLER, Brescia, Italie - J. Abrantes et P. Esteves, CIBIO-UP, Portugal - R. Villafuerte, IREC, Cordoba, Espagne - D. Gavier-Widen, NVI, Uppsala, Suède

Thématique : Santé animale - épidémiologie



Projet CASDAR - SYNERGIES pour la santé des élevages biologiques

Cliquer ici oui

Période Début (mois année) : sept 2013 Fin prévue (mois année) : sept 2015


Organisme(s) financeur(s) Ministère de l’Agriculture - CASDAR Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Dans le cadre de ce projet qui vise à identifier des facteurs influençant la santé des animaux en agriculture biologique, un inventaire des parasites digestifs est prévu dans une centaine d’élevages suivis, à deux périodes pour chaque élevage, en milieu et en fin d’élevage.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Unité EBEAC Ploufragan ITAB Professionnels de la filière biologique


12. Projets de recherche qui démarrent en 2014

Thématique : Coronavirus aviaires



Ecoépidémiologie des coronavirus, de la faune sauvage à l'homme, et risque d'émergence (EPICOREM)

Impératif Oui

Période Début (mois année) : 2014 (voire sept 2013 ?) Fin prévue (mois année) : 2016


Organisme(s) financeur(s) ANR Programme blanc

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : EPICOREM propose une étude des infections à CoV, depuis la faune sauvage jusqu’à l’Homme. Le projet aborde de nombreux aspects de l’écologie des coronavirus : l’évaluation de la circulation dans les différentes populations animales et humaine, l’étude de la diversité des souches CoV circulant dans les populations où il existe un dépistage des infections à CoV, la recherche de CoV dans les populations animales où aucune donnée n’est disponible, l’étude des facteurs clefs de la transmission inter hôtes, les conditions d’adaptation du virus aux différentes contraintes (goulot d’étranglement, immunité pré-existante, anti-viraux). La meilleure connaissance de l’écologie de ces virus devrait permettre de mieux appréhender la dynamique des infections à CoV dans les différentes populations animales et humaine, et ains contribuer à une détection rapide et précoce de l’émergence de variants potentiellement pathogènes.


Nombre de mois sur l’année : Néant Période : -

Transversalité intra–Anses ou partenaires hors Anses INRA-ENVA-ANSES - UMR 1161 Virology, Sophie LE PODER ANSES Nancy – Laboratory for rabies and wildlife, Elodie MONCHATRE


Partenaires (préciser les pays pour les équipes internationales) Université de Caen Basse-Normandie - EA 4655 – Unité de recherche Risques Microbiens, Astrid VABRET Institut Pasteur – Laboratory for Urgent Response to Biological Threats (CIBU), Meriadeg LE GOUIL INRA-INP-ENV-Toulouse, UMR1225 , Jean-Luc GUERIN Institut Pasteur Paris - Genotypage des Pathogènes et Sante Publique, Valérie CARO

Thématique : Bursite infectieuse (IBDV)

Titre du projet



Caractérisation moléculaire, réplication et pouvoir pathogène résiduel des vaccins atténués de la bursite infectieuse aviaire

Programmé oui

Période Début (mois année) : 2014 Fin prévue (mois année) : 2017


Organisme(s) financeur(s) ANMV – Ecole Nationale Supérieure Vétérinaire d’Alger (+ fonds SCAC ?)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2013 (max 10 lignes) : Objectifs : Détermination de paramètres permettant de définir une limite d’acceptabilité en matière de virulence pour les souches vaccinales atténuées du virus de la Bursite Infectieuse aviaire (Gumboro) + étude de souches virales sauvages algériennes. - Mesure du pouvoir pathogène et de la réplication en utilisant les outils moléculaires développés

précédemment au laboratoire. - Séquençage et analyse des génomes - Corrélation entre ces critères et le pouvoir immunodépresseur des souches vaccinales.


Nombre de mois sur l’année : Néant (objectif = prise en charge du doctorant par ENSV Alger) Période : Janvier - Décembre


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : ANMV


Ecole Nationale Supérieure Vétérinaire d’Alger, Algérie.




Epidémiosurveillance des souches EBHSV du lièvre

programmé oui

Période Début (mois année) : courant 2014 Fin prévue (mois année) : en fonction des financements obtenus


Organisme(s) financeur(s) Fonds propres Anses + prévision de financement de l’ONCFS

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Suite à son apparition au début des années 80, l’EBHS constitue la 1ère cause de mortalité infectieuse du lièvre, espèce à grande valeur cynégétique. Très peu de données internationales sur l’évolution génétique des EBHSV existent. Notre dernière étude d’épidémiologie moléculaire des souches françaises date de 2010 (convention AFSSA/ONCFS P7754). Elle avait permis de réactualiser nos outils de diagnostic/phylogénie, de suivre la propagation du nouveau groupe génétique (G3) détecté en France en 2004 suite à d’importantes mortalités de lièvres dans le sud-est, de suivre son évolution génétique, de confirmer le remplacement des groupes génétiques existants et de mieux comprendre l’épidémiologie de la maladie. Il est prévu de caractériser les virus EBHS qui circulent en 2014 en France, de surveiller l’apparition de nouveaux groupe génétique, d’acquérir des données moléculaires récentes pouvant servir au projet en cours avec le CIBIO-UP (voir ci-après).




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : ONCFS, Réseau SAGIR (ONCFS/FNC/Anses-Nancy)


- J-S. Guitton, ONCFS, CNERA, Nantes - A. Decors, SAGIR, ONCFS, Le Perray-en-Yvelines

Thématique : coccidiose avaiie



Etude de la fécondation et de la sporulation des coccidies

programmé Feuille de route M Mortureux



Organisme(s) financeur(s) CIDEF /CIPC et partenaires privés (montage en cours de finalisation)

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : Le but est de mieux comprendre les étapes et les mécanismes impliqués dans l’étape de fécondation au cours du cycle de développement des coccidies aviaires, afin d’agir sur cette phase du cycle pour limiter la production d’oocystes infectieux. Le modèle portera sur Eimeria acervulina, espèce de coccidie la plus répandue et la plus dommageable dans les élevages de poulets. L’efficacité de la fécondation sera comparée entre différents isolats de cette espèce de coccidies, et un modèle de fécondation in vitro sera développé pour étudier les mécanismes impliqués et agir sur cette étape. L’impact de la modulation de cette fécondation sur la capacité des coccidies à résister aux anticoccidiens sera ensuite mesuré.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : unité spécialisée dans la fécondation (équipe CNRS Rennes ?)


13. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats Rien à signaler.

14. Habilitation à diriger les recherches Rien à signaler.

15. Organisation de manifestations scientifiques Rien à signaler.

16. Autre(s) action(s) nationale(s) ou internationale(s)

Rien à signaler.

Unité, Hygiène et Qualité des Produits Avicoles et Porcins

Chef d’unité : Martine DENIS

Les activités de recherche de l’unité ont pour thématique la « Maîtrise des agents bactériens zoonotiques par une approche pluridisciplinaire dans les filières avicole et porcine ». Les principales bactéries zoonotiques étudiées actuellement sont Salmonella, Campylobacter, Listeria, Yersinia et Clostridium botulinum. L’unité développe une approche pluridisciplinaire autour de 3 thématiques : 1- Prévalence, facteurs de risques et épidémiologie moléculaire - acquérir des données de prévalence, de quantification, de facteurs de risque et de diversité génétique aux différents maillons des chaînes - proposer une recherche réactive en fonction des problèmes émergents - tracer les bactéries du réservoir, l’animal, jusqu’à l’homme Développement : de techniques de détection / de dénombrement/ de typage (méthodes classiques ou moléculaires) 2 - Relations Hôte-pathogène-matrice - acquérir des connaissances : sur la colonisation des animaux par les bactéries / sur la diffusion des bactéries entre les animaux en

relation ou non avec le microbiote digestif sur la relation du pathogène avec des matrices inertes - caractériser les souches issues du terrain (élevages, abattoirs et distribution) et de l’homme en

étudiant les mécanismes de virulence / les caractères phénotypiques de ces souches Développement : de modèles animaux /de méthodes pour mesurer la virulence, les caractères

phénotypiques 3 - Moyens de lutte - Elevage : diminuer l’excrétion des bactéries par les animaux en élevage sous l’action de molécules

(via l’alimentation) ou de la vaccination - Abattoir : diminuer la diffusion de la bactérie à l’abattoir en jouant sur des paramètres

technologiques Développement : de modèles animaux / d’outils technologiques Pour 2014, les objectifs principaux seront d’acquérir des données supplémentaires pour Yersinia enterocolitica et C. botulinum (axe 1), de développer de nouveaux outils de typage pour Yersinia, Salmonella, C. botulinum et Campylobacter (axe 1) et de quantification pour Yersinia et Salmonella, de caractériser génétiquement et phénotypiquement les souches (Salmonella, Campylobacter, Listeria et Yersinia) collectées aux différents maillons de 2 filières afin d’identifier celles qui ont la capacité de passer du réservoir, l’animal, à l’homme (axe 2), d’acquérir des connaissances sur la colonisation et diffusion de Yersinia chez le porc (axe 2), de proposer des moyens de lutte pour Campylobacter à l’élevage ou l’abattoir et pour C. botulinum à l’élevage(axe 3).




Thématique : Salmonella / Salmonelloses aviaires


Mandat : Salmonelle/Salmonelloses aviaires

Titre explicite de la méthode : dénombrement de Salmonella par NPP-PCR


Technique / Matrice / Type de méthode dénombrement / alimentaire / moléculaire



Titre explicite de la méthode : typage de Salmonella par MLVA


Technique / Matrice / Type de méthode typage / souche / moléculaire



Titre explicite de la méthode : identification des variants Typhimurium monophasiques et immobiles


Technique / Matrice / Type de méthode PCR / souche / moléculaire

Délivrable pour 2014 adaptée



Salmonella / Salmonelloses aviaires

sans objet


. Commission V08B : Microbiologie des aliments de l’AFNOR

Commission V08B : Microbiologie des aliments de l’AFNOR / Groupe GT2 de la commission U47 et groupe miroir français du WG6/TAG5 (CEN) ISO EN 6887-6 et ISO EN 13307 / Groupe CEN/TC275/WG6-TAG8 méthode ISO 6579


Mandat : Détection de Salmonella dans les échantillons de productions primaires






Détection de Salmonella dans les échantillons de productions primaires

EILA impératif échantillons de productions primaires / Salmonella/ NFU 47-100

tous les 12 mois


Mandat(s) EILA EILV


1 0

Mandat : Salmonella / Salmonelloses aviaires




Journée du réseau Salmonella impératif

4. Accréditation




aucune


Au travail s’ajoute l’entretien des lignes d’accréditation oui








Recherche de Salmonella organisé par l’ASA (RAEMA)

EILA impératif Poudre de lait / Salmonella /NF EN ISO 6579

Recherche de Salmonella organisé par l’EU-RL

EILA impératif Echantillons de viandes/ Salmonella/ NF EN ISO 6579

Recherche de Salmonella organisé par l’EU-RL

EILA impératif Echantillons de productions primaires / Salmonella/ NF EN ISO 6579 / A1

(Annexe D)

Sérotypage des Salmonella - organisé par le LNR

EILA impératif Souches de salmonella/ sérotypage

Détection de Salmonella dans les échantillons de productions primaires - organisé par le LNR

EILA impératif Echantillons de productions primaires / Salmonella/ NFU 47-100




sans objet


8. Autre action dans le domaine de la référence L’unité est impliquée dans la surveillance Salmonella des élevages de volailles et de porcs du laboratoire de Ploufragan, environ 1000 échantillons à analyser sur l’année. L’unité a en charge de récupérer et conserver les souches de Salmonella prélevées dans le cadre des contrôles officiels et d’entrer les commémoratifs de ces souches dans une base de données.

Thématique : Campylobacter


Mandat : Campylobacter

Titre explicite de la méthode : nouvelle version de la norme 10272 si publiée en 2014

Priorité (impératif, programmé) : impératif

Technique / Matrice / Type de méthode recherche/matrice viande-caeca/bactério

Délivrable pour 2014 révisée

2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux

instances de normalisation nationales ou internationales)


Campylobacter sans objet










Détection de Campylobacter à partir de matrice alimentaire

EILA impératif Peaux de poulet / Campylobacter / ISO 10272-partie 1

tous les 12 mois


Mandat(s) EILA EILV

Campylobacter 1 0





Identification espèces programmé

4. Accréditation




Aucune Cliquer ici


Au travail s’ajoute l’entretien des lignes d’accréditation oui








Détection de Campylobacter à partir de matrice alimentaire – organisé par le LNR

EILA impératif Peaux de poulet / Campylobacter / ISO 10272

Dénombrement de Campylobacter thermotolérants organisé par l’EU-RL

EILA impératif Produit carné/ Campylobacter /NF EN ISO 10272 2

Recherche de Campylobacter thermotolérants organisé par l’EU-RL

EILA impératif Produit carné/ Campylobacter /NF EN ISO 10272 1




7. Souchothèques Rien àsignaler.

8. Autre action dans le domaine de la référence Aucune pour LNR Campylobacter

Thématique : LNR Botulisme aviaire


Mandat : Botulisme aviaire

Titre explicite de la méthode : détection de Clostridium botulinum


Technique / Matrice / Type de méthode Détection / organes-environnement élevages/ bactériologie classique



Titre explicite de la méthode : identification des gènes de toxine


Technique / Matrice / Type de méthode Identification / extrait ADN / PCR temps réel



Titre explicite de la méthode : typage génétique des souches


Technique / Matrice / Type de méthode Typage génétique / extrait ADN / moléculaire


2. Expertise scientifique et technique relative aux méthodes d’analyse (dont participation aux

instances de normalisation nationales ou internationales) Rien à signaler.

3. Animation des réseaux de laboratoires officiels Rien à signaler.

4. Accréditation Rien à signaler.

5. Participation à des EIL Rien à signaler.

6. Contrôle de kits et de réactifs Sans objet.


8. Autre action dans le domaine de la référence Dépôt d’un dossier d’autorisation MOT pour l’expérimentation animale

Contribution à la surveillance L’unité ne contribue pas à la surveillance (cocher, passer à la rubrique E)


en 2014 Ne sait pas à ce jour.

10. Animation ou contribution à l’animation de dispositifs de surveillance Rien à signaler.

Recherche

11. Projets de recherche initiés avant 2014, toujours en cours au 01/01/2014


517A : Safeorganic 440A : Fedelilas 567A : Dabesbio 546A : Camchain 585A : Campysafe en attente d’un n° de convention : Campybio (financement FranceAgrimer) en attente d’un n° de convention : Botunet (financement FranceAgrimer) en attente d’un n° de convention : CotrapYe (financement CPER) en attente d’un n° de convention : Bovibot (financement GDS)

listés et détaillés ci-dessous : pour projets hors convention

Thématique : 2- relation hote-pathogène-matrice



Caractérisation de souches de L. mono isolées de porcs et comparaison entre le stade de l’élevage et celui de la distribution

programmé oui



Organisme(s) financeur(s) fonds propres

Décrire les objectifs à atteindre et tâches à réaliser au cours de l’année 2014 (max 10 lignes) : capacité d'adhésion aux surfaces inertes des souches de Listeria monocytogenes d’origine porcine isolées à l’élevage et à la distribution en vue d’apprécier la capacité des souches à passer les différents maillons de la filière porcine






Thématique : 1- Prévalence, facteurs de risques et épidémiologie moléculaire



BOTEPI programmé oui

Période Début (mois année) : mars 2013 Fin prévue (mois année) : mai 2013


Organisme(s) financeur(s) en attente de la convention DGAl

développer une méthode pour détecter/ isoler la bactérie, identifier les sources dissémination des spores dans les élevages suite à un épisode de botulisme. Identifier les points critique lors du Nettoyage et Désinfection. améliorer méthodes de confirmation.




Entités/unités partenaires ou noms des établissements : EBEAC, Identypath





YeDiv programmé oui

Période Début (mois année) : septembre 12 Fin prévue (mois année) : septembre 14



typage par PFGE et detection des genes de virulence des souches de YE isolées lors de l’enquête de prévalence menée à l’abattoir en 2010-2011.









SALMLVA programmé oui

Période Début (mois année) : janvier 12 Fin prévue (mois année) : juin 14



développer la MLVA pour S. Derby après séquençage du génome de 2 souche. Besoin de définir de nouveaux snps car ceux publiés testés et pas intéressant pour avoir un bon schéma de MLVA pour S. Derby.









YerType programmé oui

Période Début (mois année) : janvier 13 Fin prévue (mois année) : juin 14



développer la MLVA pour Yersinia après séquençage du génome de 2 souches; la PFGE pas assez discriminante, besoin d'une autre méthode de typage pour étude divesrité génétique de YE chez le porc et plus tard comparaison avec souches hum.






Thématique : 2 - Relations Hôte-pathogène-matrice



CAMPYTRANS programmé oui

Période Début (mois année) : janvier 11 Fin prévue (mois année) : janvier 14



Etudier le transfert de Campylobacter de la peau de poulet vers un produit consommé cru, via une planche de découpe. Caractériser génétiquement et phénotypiquement les isolats capables de transférer. Déterminer les conditions favorisant ce phénomène.








DICOPYE Cliquer ici Cliquer ici


Positionnement de l’équipe Cliquer ici


Apporter des connaissances sur la relation hôte-pathogène (Porc-Yersinia enterocolitica) en étudiant la colonisation du porc par Y.enterocolitica en modèle expérimental par plusieurs approches complémentaires : effet dose / souche /persistance









VIRUCAMP programmé oui

Période Début (mois année) : janvier 13 Fin prévue (mois année) : janvier 14



Etudier la virulence potentielle d’isolats de C. jejuni de LOS de classe A de la filière avicole et la comparer à celle d’isolats humains. La présence de gènes de virulence et la virulence in vitro sur cellules eucaryotes sera déterminée






Thématique : 3. Moyens de lutte



CampyRisk En attente de réponse oui

Période Début (mois année) : décembre 2013 Fin prévue (mois année) : décembre 2015

Positionnement de l’équipe Coordination France

Organisme(s) financeur(s) Campus France (Appel à projets : PLATON)

Projet de coopération avec la Grèce autour de Campylobacter: prévalence en Grèce et analyse de risque en France.





3 équipes grecques Une équipe de la DER




CYEPOD programmé oui

Période Début (mois année) : mai 13 Fin prévue (mois année) : avril 14



Développer des outils (FISH, PCRq, Elisa) permettant l’étude de la colonisation du porc par Y.enterocolitica en modèle in vivo. développer un modèle in vitro pour identifier rapidement les souches à fort potentiel colonisateur et/ou virulents pour l'H.


Nombre de mois sur l’année : 12 Période : mai 13 - avril 14


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : Anses, laboratoire de Fougères


12. Projets de recherche qui démarrent en 2014

Thématique : 3 - Moyens de lutte



CAMPYBRO impératif oui



Organisme(s) financeur(s) FP7

L’objectif principal consiste à évaluer l’efficacité de moyens de lutte (stratégies alimentaires / Vaccination) pour contrôler les populations de Campylobacter chez le poulet de chair, en vue de réduire le risque pour le consommateur..


Nombre de mois sur l’année : 36 Période : janvier 14 - décembre 13


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : UGVB


Imasde, Propollo, FIA, Cidef, Nepluvi, BTT, Ancave, Mikrolab, Redondo, CZV.




CAMPYsource impératif oui



Organisme(s) financeur(s) DGA / CG22

proposer des outils de typage moléculaire (MLST, CGF40, NGS) pouvant fournir différents niveaux d’information sur les souches impliquées dans des cas de campylobactérioses humaines permettant de déterminer une source potentielle de contamination.


Nombre de mois sur l’année : 36 Période : septembre 14 - août 17


Entités/unités partenaires ou noms des établissements : UGVB


13. Récapitulatifs des thèses et post-doctorats



CAMPYBRO Marine Meunier janvier 14 - décembre 16 FP7

CAMPYsource à recruter septembre 14 - août 17 DGA / CG22


Titre Nom du postdoc Durée : mois année-mois année Financeurs

CYEPOD Stéphanie Morin mai 13 - avril 14 SAD (Région)

-

Indiquer les pays pour les ressortissants étrangers

14. Habilitation à diriger les recherches Rien à signaler.

15. Organisation de manifestations scientifiques Rien à signaler.

16. Autre(s) action(s) nationale(s) ou internationale(s)

Rien à signaler.

Laboratoire Ploufragan- Plouzané

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