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Kahina RAMDANI

Master I : Biologie et Ecologie Marine

Quantitative Phylogénétique Assessment of Microbiol Communities

in Diverse Environments 

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• Les microorganismes jouent un rôle essentiel dans le cycle des éléments nutritifs et interagissent intimement avec de nombreuses espèces.

•Le but de cette étude est de déterminer l’habitat préféré pour l’ensemble des clades microbiens.

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INTRODUCTION

METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

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Cette étude a été faite sur quatre grands ensembles de données hétérogéniques des communautés microbiennes, distinctes et qui sont dérivées d’environnements séparés géographiquement.

- Les eaux de surface de l’océan

- Drainage minier acide

- Os de baleine des grands fond

- Les terres agricoles

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INTRODUCTION

METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

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Amplification gène ribosomique (16S et 18S) par PCR et séquençage

Extraction PCR Clonage des Séquençage ADN fragments Comparaison

séquences

Le séquençage de Shotgun des communautés d’ADN métagénomique (donne un accès non biaisé des organismes non cultivés et aucune étape d’amplification des PCR n’est impliqué.

L’arbre de référence utilisé est l’arbre de F D. Ciccarelli, 2006 d’après 31 gènes universels chez les organismes dont le génomes est complètement séquencé.

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INTRODUCTION

METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

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INTRODUCTION

METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

Les gènes marqueurs montrent que certaines communautés évoluent plus vite que d’autres

Proteobacteries est le phylum le plus dominant dans la vie microbienne dans les deux environnements marin et terrestre.

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INTRODUCTION

METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

Les organismes qui évoluent relativement vite sont plus répondus dans le milieu marin (Prochlorococci).

Dans une grande échelle de temps, observation de remarquables changements de l’habitat préféré.

Les organismes qui évoluent plus lentement sont trouvés dans les échantillons des terres agricoles (Gloeobacter).

Dans une courte échelle de temps, une stabilité remarquable de l’habitat .

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Protéobactéries

Cyanobactérie

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En général, les résultats obtenus n’ ont pas beaucoup changé, en particulier, parce qu’il n’y a pas eu de commentaires sur la diversité mais des discussions sur les clades entiers et non pas uniquement sur les espèces individuelles.

Les taxons microbiens ont un environnement préféré et sélectif.

INTRODUCTION

METHODES RESULTATS CONCLUSIONS

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L’arbre obtenu a permis de tracer l’habitat préféré des organismes microbiens à travers le temps et aussi à quelle fréquence les lignées changent leurs environnements préférés.