Evaluation des stocks et étude de la structure génétique des populations de Paracentrotus

lividus (Oursin violet) en Corse

Sophie Duchaud UMS3514StellaMare–UMR-CNRS6134SPE

EricDurieux.VaninaPasqualini.SoniaTernengoUMS3514StellaMare–UMR-CNRS6134SPE–UniversitédeCorse

StéphaneCoupé.SandrineGaillardEquipeEB2M-LaboratoirePROTEE–UniversitédeToulon

SéminairesurlemilieuMarinSTARESO11mai2016

Etude génétique

Conclusions Etude de la démographie

Contexte

Présentation de l’espèce Paracentrotus lividus

 PrésentenMéditerranéeetAtlanQqueEst Oursinleplusappréciédanslagastronomieméditerranéenne Gonadesappréciées:captureentreenconcurrenceaveclapériodedereproducQon

 Depuislesannées70:diminuQondesstocks Plusieursfacteursresponsables:

 Pêche PolluQondeseaux DestrucQondeshabitats

 Espècemenacée(ConvenQondeBerne–1979) Capturerèglementée(Barcelone–1987)

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En Corse ?

 DiminuQondesstocksconstatée LégislaQonconcernantlescapturesencoreplusdraconienne DemandesenaugmentaQon

Nécessiterdemaintenirlesac/vitésdepêcheenpréservantlespopula/onsnaturelles

Quelles données ?

 DonnéesdisponiblessurlespopulaQonssurdessitesprécis(Bonifacio,Calvi,Galéria,l’étangd’Urbinu) Absenced’étudesurlagénéQquedespopulaQonsàl’échelledelaCorse Absenced’étudecomparaQvedespopulaQonsàl’échelledel’île

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Etude génétique

Etude de la démographie

Contexte Conclusions

Objectifs de l’étude

 Réaliserun1erétatdeslieuxdespopulaQonsàl’échelledelaCorse EtudierlesfacteursinfluençantlesabondancesenP.lividus RéaliseruneanalysegénéQqueautourdelaCorse

Cadre de l’étude

 Réaliséeparl’UniversitédeCorseauseinduprogramme«Oursins»UMS3514StellaMare Danslecadred’unethèse(UMR6134SPE)sousladirecQonduPrVaninaPasqualinietduDrSoniaTernengo

ParQe1:Etudedeladémographie

ParQe2:EtudegénéQque

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Etude génétique

Etude de la démographie

Contexte Conclusions

Objectifs de l’axe

Contexte Etude de la démographie

 Réaliserle1erétatdeslieuxàl’échelledelaCorse Observers’ilexistedesvariaQonsspaQalesettemporellesdesabondances Etudierdesparamètrespouvantinfluencerlesdensités

Macinaggio

AlboNonza

Vallidone

Etang de Diana

Etang d’Urbino

SanguinairesIsolella

Tonnara

Punta di u catu

Méthodologie

 Etuderéaliséeauxprintempsetautomnes2013et2014 RéalisaQondecomptagesvisuelsviatransects(3,6,9m) Analysesdessubstrats+recouvrementvégétal Inventairedespoissonsprésents

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Etude génétique

Conclusions

Existe-t-ildesvariabilitésspa/aleettemporelle?: RéalisaQond’unePermanova(designà4facteurs)sousPrimer

Résultats

 VariabilitéssignificaQves(P<0,05)observéespourlesfacteurs: Année Saison(Année) Site(Prud’homie) 6

Contexte Etude de la démographie Etude

génétique Conclusions

Zonessignifica/vementdifférentesentermededensités? RéalisaQond’untestdeKruskalWallis

Résultats

 GroupesAetB:significaQvementdifférentsdugroupeD(densitéslesplusimportantes) GroupeC:intermédiaire GroupeA:comprendlesétangsetMacinaggio

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Contexte Etude de la démographie Etude

génétique Conclusions

Paramètresinfluençantladensité? RéalisaQond’untestdeSpearman

Résultats

 ParacentrotuslividusetArbacialixulanégaQvementcorrélésà: laprofondeur(moinsd’individusobservéà9m) aurecouvrementvégétal

 ParacentrotuslividusposiQvementcorréléàArbacialixula

*:valeurssignificaQvespourα=0,05**:valeurssignificaQvespourα=0,01***:valeurssignificaQvespourα=0,001

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Contexte Etude de la démographie Etude

génétique Conclusions

Influencedurecouvrementvégétaletd’A.lixulasurlesabondancesdesdifférentesclassesdetailledeP.lividus?

 RéalisaQond’uneACP

Résultats

Recouvrementvégétal

Traduc/on Détermina/on

EncrusQng Encroûtant Espècescalcaires

Turfy Rasant Hauteur<1cm

Shrubby ArbusQf 1cm≤Hauteur<10cm

Arborescent Hauteur≥10cm

Posidoniaoceanica

 PeQtsindividussemblentpréférerlesvégétauxrasantsetarbusQfs

 Lesindividusdetaillessupérieuresontdespréférencespourlesalguesencroûtantes

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Contexte Etude de la démographie Etude

génétique Conclusions

Influencedurecouvrementvégétaletd’A.lixulasurlesabondancesdesdifférentesclassesdetailledeP.lividus?

 RéalisaQond’uneACP

Résultats

Recouvrementvégétal

Traduc/on Détermina/on

EncrusQng Encroûtant Espècescalcaires

Turfy Rasant Hauteur<1cm

Shrubby ArbusQf 1cm≤Hauteur<10cm

Arborescent Hauteur≥10cm

Posidoniaoceanica

ArbacialixulaposiQvementcorréléavectouteslesclassesdetaille

PosidoniaoceanicanégaQvementcorréléavecP.lividusetA.lixula VégétauxarborescentsnégaQvementcorrélésavecP.lividus

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Contexte Etude de la démographie Etude

génétique Conclusions

Objectifs de l’axe

 EtudierladiversitégénéQqueetlastructuraQongénéQqueenCorse ConnexionsentrelesdifférentespopulaQons? LienentrelespopulaQonsd’étangsetdemer?

Contexte Etude génétique

Méthodologie

 EchanQllonnageréaliséauxPrintemps2013et2014 Prélèvementsur

 50juvéniles(<5cm):3piquants/individu 50adultes(≥5cm):5piquants/individu

Macinaggio

Albo

Vallidone

Etang de Diana

Etang d’Urbino

SanguinairesIsolella

Punta di u catu

Urbino Ext.

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Etude de la démographie

Conclusions

Méthodologie (suite)

 TraitementdeséchanQllonsparlelaboratoirePROTEE(Univ.Toulon)

 ExtracQon,amplificaQon(PCR),génotypage 6microsatelliteschoisispourl’analyse:28,Hist,T,L,BetC StructuregénéQque(indicesFST,RST) RéparQQongénéQque(AMOVA)

Résultats

Diversitéallélique:étudielesdifférentesversionsdesallèlesd’ungène,leurgammedetaille,etc.

 Nombred’allèlessimilairesàceuxtrouvésenPACApourlesloci28,HistetT. ≠observéespourleslociL,BetCà2hypothèses:

 Spécificitélocale? Dûaunombred’individuséchanQllonnéplusgrandenCorse?

 DifférenciaQonentrepopulaQons(MarkovChains)

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Contexte Etude génétique

Etude de la démographie

Conclusions

Résultats (suite)

Richesseallélique:permetdedéterminerlenombred’allèlesprésentspourunlocusdonné

 SimilaireentrelescohortestemporellesetlessitesàdiversitégénéQquehomogènepourlaCorseàl’échelledel’aired’échanQllonnage L’apportdenouvellesrecruessemblesuffisantpourmaintenirleniveaudediversitégénéQqueobservédanslapopulaQonadultepourchaquesite

Structuregéné/que:existe-t-ildessouspopulaQonsauseindelapopulaQonCorsed’oursins?Siouiexiste-t-ildesfluxdegènes?UQlisaQond’indicateursFSTetRST

 FST:prendencomptelafréquenceallélique: PopulaQonglobalerelaQvementhomogène.PasdedifférenciaQonstaQsQqueobservéeentrelesgroupes.

 RST:étudielesressemblancesentreallèlesbaséessurlataille: Mêmeconclusionquepourl’indiceFST 13

Contexte Etude génétique

Etude de la démographie

Conclusions

Résultats (suite)

Testdedifférencia/ongéné/que:permetd’analyserlarépar//ondeladiversitégéné/queentrelesdifférentssites,cohortestemporelles,etc.

 PasdedifférenciaQonsignificaQveentrecohortetemporelleobservéeàdiversitégénéQquedesrecrueshomogèned’unegénéraQonàl’autre

 TendanceàladifférenciaQondecertaineszones:Diana,Isolella,Sanguinaires,ValidoneàNécessitéd’affinerlesrésultatspourtesterl’hypothèsed’unestructuraQonetpourquoi?Zonestropexploitées?BaissedeseffecQfsdûàdescausesenvironnementales?DébutdedifférenciaQonpourlesindividusd’étang?

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Contexte Etude génétique

Etude de la démographie

Conclusions

Etude de la démographie

Contexte Conclusions

 FortediversitégénéQquereparQedemanièrehomogèneàl’échelledelaCorse PasdestructuraQonspaQalesignificaQveobservéeàl’échelledelapopulaQonCorsecomptetenudesmarqueursuQlisés DiversitégénéQquedesrecrueshomogèned’unegénéraQonàl’autre Pasdemiseenévidenced’uneffondrementdémographiquelocalsurlessitesétudiés.

Etude génétique

 VariabilitésspaQaleettemporellemisesenévidence CorrélaQonsobservéespourlaprofondeur,lerecouvrementvégétaletlesabondancesenA.lixula TendancesobservéesenfoncQondelaclassedetailledeP.lividus

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Etude génétique

Etude de la démographie

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