ETUDE COMPARATIVE DE LA CONTAMINATION DES VIANDES...

UNIVERSITE D’ANTANANARIVO

ECOLE NORMALE SUPERIEURE

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DEPARTEMENT DE FORMATION INITIALE SCIENTIFIQUE (D.F.I.S)

°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°

CENTRE D’ETUDE ET DE RECHERCHE (C.E.R.)

SCIENCES NATURELLES

°°°°°°°°°°°°°°°

MEMOIRE DE FIN D’ETUDE EN VUE DE L’OBTENTION DU

CERTIFICAT D’APTITUDE PEDAGOGIQUE DE L’ECOLE

NORMALE (C.A.P.E.N)

ETUDE COMPARATIVE DE LA CONTAMINATION DES

VIANDES SUR ETALS ET DES PLATS CUITS PAR

Salmonella sp

Présenté par :

RARIVOJAONA Hery Tina

Promotion TONIA

Soutenu publiquement le 21 Octobre 2016

i

LES MEMBRES DE JURY DU MEMOIRE

De Monsieur RARIVOJAONA Hery Tina

PRESIDENT : Professeur RAKOTONDRADONA Rémi

PhD en Microbiologie et en Physiologie Végétale

Maître de Conférence

Enseignant Chercheur

Ecole Normale Supérieure

Université d’Antananarivo

JUGE : Docteur RANDRIAMPARANY Tantely

PhD en Biotechnologie - Microbiologie

Laboratoire National de Diagnostic Vétérinaire (LNDV)

Ministère auprès de la Présidence en charge de l’Agriculture et

de l’Elevage

RAPPORTEURS : Docteur RAZAFIARIMANGA Zara Nomentsoa

Docteur en Biochimie

Maître de Conférence

Enseignant Chercheur

Faculté des Sciences

Université d’Antananarivo

ii

Remerciements

Mes remerciements les plus reconnaissants sont destinés en premier lieu à Dieu tout puissant

pour sa bienveillance, et pour nous avoir toujours accordé son salut en nous octroyant santé,

force et courage, même dans les moments les plus difficiles.

En second lieu, je tiens à adresser mes profondes gratitudes aux membres de jury composés de :

Professeur RAKOTONDRADONA Rémi, Maître de Conférences et Enseignant

Chercheur à l’Ecole Normale Supérieure, qui, malgré ses multiples responsabilités, a

accepté de nous faire l’honneur de présider ce mémoire.

Docteur RANDRIAMPARANY Tantely qui en dépit de ces lourdes tâches, a accepté

d’examiner et de juger ce travail.

Docteur RAZAFIARIMANGA Zara Nomentsoa, Maître de Conférences et Enseignant

Chercheur à la Faculté des Sciences d’Antananarivo, pour son précieux encadrement

tout au long de cette étude et par la même occasion de bien vouloir être le rapporteur de

ce mémoire. Et aussi notamment pour votre rigueur et vos innombrables conseils qui

ont permis indéniablement d’améliorer la qualité de ce travail.

Je remercie aussi le Docteur RABENARIVAHINY René pour sa vive collaboration, de nous

avoir accordé un stage au sein du laboratoire LNDV.

Mes reconnaissances s’adressent aux responsables et techniciens du LNDV pour leurs appuis

technique et leurs conseils qui ont facilité mon adaptation et mon intégration dans le domaine

de la recherche.

Je tiens à remercier particulièrement Monsieur Martial et Mademoiselle Mevalyne Elysa pour

leurs vifs conseils et leurs aimables collaborations durant la période de stage au sein du LNDV.

Je tiens à remercier du fond du cœur tous les enseignants de l’ENS, qui m’ont formé et modelé

durant mon cursus scolaire à l’université, qui m’ont montré la voie et m’ont guidé dans mes

études. Je vous suis éternellement reconnaissant ! Que Dieu vous bénissent !

Je saisie cette occasion pour adresser ma profonde gratitude à mes parents qui ont toujours fait

en sorte que je ne manque de rien dans mes études malgré les coups dures. A ma grande sœur

qui m’a toujours soutenue dans les moments difficiles ainsi qu’à toute ma famille qui m’ont

iii

soutenu moralement et qui m’ont toujours encouragé dans mes études. De même que mes

camarades de la promotion TONIA qui ont fait preuve d’une très grande aide et de soutien,

merci infiniment !

Enfin mes plus vifs remerciement et considérations à tous ceux qui ont contribué de près ou de

loin à l’accomplissement de ce mémoire et qui n’ont pu être cités.

iv

Liste des tableaux

Tableau I. Agents responsables des diarrhées infectieuses aiguës sous les tropiques (d'après

Carpenter) ................................................................................................................................... 5

Tableau II. Symptomatologie des principales diarrhées bactériennes ....................................... 6

Tableau III. Evaluation de la déshydratation du nourrisson (selon l'Académie américaine de

pédiatrie-Centers of Disease Control and Prevention-Prescrire N° 207) ................................... 7

Tableau IV. Red flags ou drapeau rouge (d'après RL, VanGilder T, Steiner TS et al) .............. 8

Tableau V. Expression clinique et facteurs de la contamination des principales TIAC (d'après

l'Institut de veille sanitaire, France) ......................................................................................... 12

Tableau VI. Traitement symptomatique des diarrhées aigües sécrétoires et/ou non

compliquées .............................................................................................................................. 14

Tableau VII. Classification de Haeckel (1866) ........................................................................ 16

Tableau VIII. Nombre des Fokontany dans chaque arrondissement........................................ 29

Tableau IX. Propretés des couteaux ......................................................................................... 46

Tableau X. Les types de viandes et leurs proportions (saison humide et sèche) ..................... 51

v

Liste des figures

Figure 1. Arbre phylogénétique du monde vivant (d'après WOESE et al., 1990) ................................. 17

Figure 2. Formule de l'AG et de l'AMA ............................................................................................... 18

Figure 3. Représentation schématique de l'architecture de la paroi des bactéries gram (+) .................. 18

Figure 4. Représentation schématique de l'architecture de la paroi des bactéries gram (-) ................... 19

Figure 5. Activités liées à l'élevage, sources potentielles de salmonelles (bulletin épidémiologique,

santé humaine et animale n°58) ............................................................................................................ 23

Figure 6. Culture en strie ...................................................................................................................... 25

Figure 7. Commune Urbaine d'Antananarivo (RALAMBOARIMANANA, 2013).............................. 29

Figure 8. Pré-enrichissement non sélectif ............................................................................................. 31

Figure 9. Incubation dans l'étuve .......................................................................................................... 31

Figure 10. Enrichissement sélectif sur MKTTn .................................................................................... 32

Figure 11. Enrichissement sélectif sur RVS ......................................................................................... 32

Figure 12. Enrichissement sélectif, manipulation sous hotte PSM ....................................................... 33

Figure 13. Isolement des colonies typiques de Salmonella ................................................................... 33

Figure 14. Ensemencement sur milieu Kligler- Hajna .......................................................................... 34

Figure 15. Ensemencement sur Milieu de Simmons ............................................................................. 35

Figure 16. Disque ONPG ..................................................................................................................... 37

Figure 17. Résultats des cultures sur milieux RVS ............................................................................... 39

Figure 18. Résultats des cultures sur MKTTn ...................................................................................... 39

Figure 19. Résultats des cultures sur milieu SS .................................................................................... 40

Figure 20. Résultats des cultures sur milieu XLD ................................................................................ 40

Figure 21. Culture pure sur milieux SS ................................................................................................ 41

Figure 22. Culture pure sur milieux XLD............................................................................................. 41

Figure 23. Résultats des tests sur le Milieu Kligler-Hajna .................................................................... 42

Figure 24. Résultat du test sur le milieu de Simmons ........................................................................... 42

Figure 25. Résultats des analyses microbiologiques et prévalence de contamination des viandes sur

étals ...................................................................................................................................................... 43

Figure 26. Résultats des analyses microbiologiques et prévalence de la contamination des plats cuits

(saison humide) .................................................................................................................................... 44

Figure 27. Résultats des analyses microbiologiques et prévalence de la contamination des plats cuits

(saison sèche) ....................................................................................................................................... 44

Figure 28. Propretés des matériels de nettoyage de l'étal ...................................................................... 45

Figure 29. Propretés du bois ................................................................................................................. 46

Figure 30. Les matériels de boucheries ................................................................................................ 47

Figure 31. Type de conservation des viandes ....................................................................................... 47

Figure 32. Proportion des vendeurs portant une tenue adéquate. .......................................................... 48

Figure 33. Propreté des tenues des bouchers. ....................................................................................... 48

Figure 34. Prévalence des plats infectés par fokontany ........................................................................ 49

Figure 35. Les types de gargote et leurs proportions (saison humide) .................................................. 50

Figure 36. Prévalence des plats infectés par fokontany (saison humide) .............................................. 52

Figure 37. Répartition des plats infectés selon les arrondissements et selon la nature du menu

(saison humide) .................................................................................................................................... 53

Figure 38. Les types de gargote et leurs proportions (saison sèche) .................................................... 54

Figure 39. Prévalence des plats infectés par fokontany (saison sèche) ................................................. 55


(saison sèche) ....................................................................................................................................... 56

vi

Liste des annexes

ANNEXE I : Les matériels de laboratoire.

ANNEXE II : Gallérie classique pour l’identification et la confirmation des tests

biochimiques pour les salmonelles.

ANNEXE III : Les milieux de culture.

ANNEXE IV : Résumé des étapes de la recherche de Salmonelle dans les viandes.

ANNEXE V : Les cinq clés des aliments plus sûrs.

vii

Liste des abréviations

ACSQDA : Agence de Contrôle de la Sécurité sanitaire et de la Qualité des Denrées

Alimentaires.

CIRAD : Centre de Coopération International en Recherche Agronomique pour le

Développement.

DSI : Direction des Systèmes d’information.

EN ISO: European Norm, International Organization for Standardization.

EPT : Eau peptonée

IAC : Intoxication Alimentaire Collective.

ICAM : Intoxication Collective due aux Animaux Marins

INSTAT : Institut National de la Statistique.

LNDV : Laboratoire National de Diagnostic Vétérinaire.

MINEL : Ministère de l’Elevage.

OMS : Organisation Mondiale de la Santé.

PSM : Poste de Sécurité Microbiologique.

SVT : Science de la Vie et de la Terre.

TIACs : Toxi-Infections Alimentaires Collectives.

viii

GLOSSAIRE

Animaux de rente : animaux domestiques dont la garde a pour objectif la vente de produits,

qu’ils soient vivants ou sous forme transformée (lait, œufs, viande, etc.)

Cheptel : En agriculture : c’est l’ensemble du bétail qu’un éleveur ou un pays

détient (exemple : le cheptel national)

Choc septique : défaillance circulatoire aiguë, entraînant des désordres métaboliques et

viscéraux, déclenchée par un agent infectieux.

Ciliature péritriche : système de flagelles recouvrant de tous côtés la surface d’une bactérie et

permettant à la bactérie de se déplacer en tournoyant dans un milieu

liquide.

Coenocytique : adjectif relatif aux coenocytes, organismes ayant un cytoplasme multi-

nucléaire.

Colectasie : dilatation du côlon.

Coproculture : culture bactériologique de selles pour déceler la présence de germes

pathogènes normalement absents du tube digestif.

Hypovolémie : diminution générale du volume sanguin.

Immunosuppresseur : un médicament capable de diminuer ou de supprimer les réactions

immunitaires de l’organisme (corticoïdes, radiations ionisantes…)

Intoxication : trouble due à des germes exerçant un pouvoir toxique.

Légionellose : infection contagieuse grave, d'origine bactérienne, se traduisant surtout

par une pneumopathie.

Léthargique : relève d’un état de passivité pathologique pouvant avoisiner le coma.

Méningite : inflammation des méninges, en particulier d'origine infectieuse, se

traduisant par de la fièvre, une raideur de la nuque, des maux de tête et

des vomissements.

ix

Myxomycète : organismes proches des champignons, caractérisés par leurs aptitudes à

se déplacer.

Norme : c’est un document établit par consensus et approuvé par un organisme

reconnu, qui fournit pour des usages communs et répétés, des règles, des

lignes directrices ou des caractéristiques, pour des activités ou leurs

résultats garantissant un niveau d’ordre optimal dans un contexte donné.

Recrudescence : augmentation d'intensité des symptômes d'une maladie après une courte

rémission.

Rotavirus : virus à ARN, en forme de roue, principale responsable de gastro-entérites

infectieuses chez l’enfant.

Septicémie : infection généralisée due à la présence de germes pathogènes disséminés

dans l’organisme par le sang.

Sérotype : le mot sérotype (ou serovar) désigne une propriété antigénique

permettant d’identifier une cellule (bactérie, globule rouge, etc.) ou un

virus par des méthodes sérologiques.

Ubiquiste : individu ayant la capacité de coloniser plusieurs types de milieu.

Vibrions : bactéries pathogènes pour l’Homme, dont la forme rappelle celle d’une

virgule munie de cils.

x

Sommaire Les membres de jury ..................................................................................................................... i

Remerciements ............................................................................................................................ ii

Liste des tableaux .........................................................................................................................iv

Liste des figures ............................................................................................................................ v

Liste des annexes .........................................................................................................................vi

Liste des abréviations .................................................................................................................. vii

Glossaire .................................................................................................................................... viii

Sommaire .....................................................................................................................................x

Introduction générale ................................................................................................................... 1

I. Synthèse bibliographique ...................................................................................................... 3

I.1. Contexte ....................................................................................................................................... 3

I.1.1. Situation de Madagascar vis-à-vis de la sécurité alimentaire et enjeux du ministère de

l’élevage ......................................................................................................................................... 3

I.1.2. Gastro-entérites, toxi-infection alimentaire collective .......................................................... 4

I.1.2.1. Les gastro-entérites ........................................................................................................ 4

I.1.2.2. La salmonellose .............................................................................................................. 8

I.1.2.3. TIACs (Toxi-Infections Alimentaires Collectives) ........................................................... 11

I.1.2.4.Prophylaxie générale des gastro-entérites .................................................................... 13

I.2. Concept : généralités sur les bactéries ....................................................................................... 15

I.2.1. Approche historique : découverte du monde microbien ..................................................... 15

I.2.2. Classification et structure des bactéries .............................................................................. 15

I.2.2.1. Place des microorganismes dans le monde vivant ....................................................... 15

I.2.2.2. Structure des bactéries ................................................................................................. 17

I.2.2.3. Le genre Salmonella...................................................................................................... 20

I.2.3. Culture in vitro des bactéries: milieux et conditions ........................................................... 24

II. Matériels et méthodes ........................................................................................................ 27

II.1. Matériels ................................................................................................................................... 27

II.1.1. Matériels d’étude ............................................................................................................... 27

II.1.2. Matériels pour les analyses microbiologiques .................................................................... 27

II.1.3. Matériels pour le traitement des données ......................................................................... 28

II.2. Méthodes .................................................................................................................................. 28

Cadre d’étude ................................................................................................................... 28

Type d’étude ..................................................................................................................... 28

Période d’étude ................................................................................................................ 28

Population étudiée ........................................................................................................... 28

xi

Technique d’échantillonnage............................................................................................ 29

II.2.1 Choix et collecte des échantillons ........................................................................................ 29

II.2.2. Tests biologiques et identification ...................................................................................... 30

II.2.3. Méthode de traitements des données ............................................................................... 38

Les variables étudiés ......................................................................................................... 38

Méthode de collecte des données.................................................................................... 38

Méthode de traitement des données ............................................................................... 38

III. Résultats et discussions ....................................................................................................... 39

III.1. Résultats de l’identification bactérienne .................................................................................. 39

III.1.1. Résultats des cultures sur milieux liquides ........................................................................ 39

III.1.2. Résultats des cultures sur milieux gélosés ......................................................................... 40

III.1.3. Identification individualisée : tests biochimiques .............................................................. 41

III.2. Contamination des viandes sur étals et des plats cuits ............................................................ 43

III.2.1. Prévalence de la contamination des viandes ..................................................................... 43

III.2.2. Facteurs de risque associés à la contamination des viandes sur étals ............................... 45

III.2.3. Facteurs de risque associés à la contamination des plats cuits ......................................... 50

a. Cas de contamination en salmonelle des plats cuits : saison humide............................... 50

b. Cas de contamination en salmonelle des plats cuits : saison sèche .................................. 53

III.3. Discussion ................................................................................................................................. 57

III.3.1. Identification bactérienne ................................................................................................. 57

III.3.2. Comparaison de la contamination des plats cuits et des viandes sur étals ....................... 59

IV. Suggestions et intérêts pédagogiques .................................................................................. 63

IV.1. suggestions............................................................................................................................... 63

IV.2. Intérêts pédagogiques .............................................................................................................. 63

V. Conclusion générale ............................................................................................................ 80

Bibliographie .............................................................................................................................. 82

Annexes ....................................................................................................................................... a

INTRODUCTION

1

Introduction générale

A travers le monde, le bilan des personnes tuées liés à la sécurité sanitaire des aliments

s’élève à 2,2 millions de décès par an. En ce qui concerne l’Afrique en particulier, on compte

700 000 décès par an. Salmonella est une des premières causes de toxi-infections d’origine

alimentaire collectives (TIAC). Bien que certains cas puissent provenir directement des

animaux domestiques, des reptiles ou de l’eau contaminée, le pourcentage de transmission par

l’aliment est estimé à 95 %. Dans les aliments, le pourcentage de cas de TIAC imputables aux

bactéries a été estimé à 30,2 % (MEAD et al., 1999). En ce qui concerne Madagascar, durant

les cinq dernières années, les cas de maladies liées à la sécurité alimentaire signalés par

l’Agence de Contrôle de la Sécurité sanitaire et de la Qualité des Denrées Alimentaires

(ACSQDA) s’élèvent à 6 051 cas incluant 87 décès.

Comme bon nombre de pays du tiers monde, Madagascar connaît un boom démographique, et

les maladies liées à la sécurité alimentaire ne passent pas inaperçues tant dans la capitale que

dans les autres provinces de l’île. Entre autre, la vente des aliments sur la voie publique est une

caractéristique des pays en voie de développement. C'est une source d'approvisionnement en

aliments prêts à être consommés, pour la plupart de la population travaillant pendant la journée

ou loin de son domicile (RANDRIANOMENJANAHARY, 2006). Concernant la capitale en

particulier, la majorité des établissements de production alimentaire est située dans des zones

polluées qui représentent une grave menace de contamination des aliments. Les dernières

données rapportées au sein de l’ACSQDA concernant les cas de toxi-infection alimentaire sont

alarmantes. Devant ces contraintes sociales, économiques et démographiques alors, qu’en est-

il de la contamination en salmonelles des plats cuits vendus dans les gargotes par rapport aux

viandes sur étals? Pour répondre à cette question, les hypothèses suivantes sont adoptées : la

contamination en salmonelles des plats cuits serait beaucoup moins importante que celle des

viandes vendues sur étals et cette contamination dépendrait des différents paramètres de

traitement des viandes. A l’égard de ces hypothèses, nous voulons dans notre cas vérifier l’état

de contamination en salmonelles des viandes vendues dans les marchés de la ville

d’Antananarivo. On ne s’est pas contenté de la recherche bibliographique mais en sus nous

avons travaillé au laboratoire pour la recherche de salmonelles dans les viandes vendues. Ainsi,

dans ce présent mémoire, nos objectifs sont premièrement de mettre en exergue les différentes

étapes à suivre pour déceler la présence ou non de salmonelles dans les denrées alimentaires ;

et de déterminer les critères qui favorisent la contamination des viandes. Pour mieux cerner le

2

sujet, voici le plan du contenu : la première partie est consacrée à la généralité incluant une

synthèse bibliographique contenant des notions sur les gastro-entérites, les TIACs et les

bactéries. Ensuite, la deuxième partie parlera des matériels et des méthodes pour la recherche

des bactéries ainsi que pour le traitement des données. La troisième partie rapporte les résultats

suivis des interprétations, à la suite de laquelle nous en tirerons quelques suggestions et les

intérêts pédagogiques avant de terminer par une dernière partie réservée à la conclusion.

PREMIERE PARTIE :

GENERALITES

3

I. Synthèse bibliographique

I.1. Contexte

I.1.1. Situation de Madagascar vis-à-vis de la sécurité alimentaire et enjeux

du ministère de l’élevage

Dans le contexte actuel, la lutte contre la pauvreté se situe au cœur des politiques de

développement du pays. Elle fait partie des principaux objectifs du programme de

développement « Madagascar Action Plan » lancé par l’état malagasy (DEFI N°7 du MAP

p.080). Dans ce cadre s’inscrit aussi le Plan National de Développement (PND), définit pour

les années 2015 à 2019 par l’Etat, incluant le développement des certains secteurs dits « relais »

notamment ceux orientés vers la transformation des produits agricoles. Un des atouts majeur de

ces programmes est le développement du secteur santé car l’état de santé est un élément

essentiel du bien-être de la population et un facteur servant à augmenter la productivité des

travailleurs. Devant cette situation, les intoxications alimentaires et les maladies liées aux

aliments malsains posent un grave problème. En effet, d’une part, la présence des aliments

insalubres entraîne un manque à gagner pour le pays en diminuant le nombre des touristes ; et

d’autre part, la détérioration des aliments est une source de gâchis pouvant se répercuter

négativement sur le commerce aussi bien au niveau national qu’international ainsi que sur la

confiance des consommateurs. A Madagascar, les maladies liées à la sécurité alimentaire ont

des origines diverses. Dans la capitale, les établissements de production alimentaire se

rencontrent fréquemment dans les zones à risque de contamination. Certains centres de

restauration sont situés sur la voie publique. En plus, bon nombre de règles d’hygiène ne sont

pas respectées par les personnes qui tiennent ces institutions. Pourtant, la population mérite

d’avoir des aliments sans danger et propres à la consommation. « L’accès à des aliments

nutritionnellement appropriés et sans danger est un droit universel » (Conférence

Internationale FAO/OMS, 1992).

Entre autre, de par notre culture, Madagascar est un pays à vocation agricole. L’estimation de

l’effectif de cheptels bovins national durant les années 2010, 2011 et 2012 montrent

respectivement un total de 9 881 130, 9 958 000 et 10 037 600 bétails pour les 22 régions du

pays (DSI/MINEL). Dans ce cadre s’inscrit l’enjeu du ministère de l’élevage qui a pour

objectifs d’améliorer les productions animales en vue d’augmenter les revenus des éleveurs,

d'améliorer la consommation de produits animaux en vue de favoriser la sécurité alimentaire et

enfin de participer à la lutte contre la malnutrition et de contribuer à la croissance économique.

4

I.1.2. Gastro-entérites, toxi-infection alimentaire collective

I.1.2.1. Les gastro-entérites

Les gastro-entérites en zone tropicale représentent un problème majeur de santé publique, car

elles constituent l’une des principales causes de mortalité infantile dans les pays démunis. Les

diarrhées aiguës, motif fréquent de consultation en médecine de premier recours, avec une

prévalence de 1 à 2 épisodes/personne/an, sont en constante augmentation. Chaque année en

Afrique, en Asie et en Amérique latine, quelques 750 millions d’enfants de moins de cinq ans

sont atteints de diarrhée aiguë et 3 à 6 millions en meurent dans 80 % des cas avant l’âge de 2

ans.

a. Définition

C’est une infection du système digestif qui survient brutalement et qui provoque souvent des

vomissements et de la diarrhée. En pratique clinique et selon l’Organisation Mondiale de la

Santé (OMS), on parle de diarrhée lorsqu’il y a au moins trois selles, très molles à liquides, par

jour.

b. Causes et différents types

Les étiologies sont essentiellement infectieuses : intoxication alimentaire, agents viraux,

bactériens et/ ou parasitaires. Le tableau I de la page suivante montre les potentiels agents

responsables qui peuvent causer ce désagrément.

Parmi les infections entérales, on peut distinguer 3 groupes de germes correspondant à 3

mécanismes différents :

- les diarrhées toxiniques qui ne provoquent pas de modifications morphologiques des

entérocytes. Dans ce cas, les bactéries restent dans la lumière intestinale et secrètent une

entérotoxine qui s’applique sur les cellules et qui provoque une augmentation

considérable de la sécrétion d’eau et de sodium. Les bactéries en question s’agissent le

plus souvent de colibacilles entérotoxiniques, et plus rarement des vibrions cholériques.

- Les diarrhées invasives se traduisent par l’envahissement de la muqueuse par des

bactéries. Ce qui résulte à un micro-abcès et une ulcération. Les bactéries responsables

s’agissent le plus souvent des shigelles, des salmonelles, et de Campylobacter jejuni.

L’infection se manifeste par des fièvres et douleurs abdominales et par l’émission de

selles qui peuvent êtres glaireuses, sanglantes ou purulentes.

5

Source : GENTILINI et al, 1991

- Les diarrhées à virus déterminent une desquamation de la muqueuse par infection et

destruction des entérocytes de l’intestin grêle. Les villosités intestinales sont raccourcies

avec mal absorption transitoire des graisses et des disaccharides. Les rotavirus

cosmopolites engendrent 20 à 40 % des diarrhées aiguës hospitalisées en pays tropical,

40 à 60 % d’entre elles dans les pays tempérés.

Tableau I. Agents responsables des diarrhées infectieuses aiguës sous les tropiques (d'après

Carpenter)

DIARRHEES ENTEROTOXINIQUES CAS

Sécrétoires

- Escherichia coli entérotoxinique

- Vibrio cholera

- Autres vibrions

Non sécrétoires

- Staphylococcus aureus

- Clostridium perfrigens

- Clostridium difficile

- Bacillus cereus

- 25-70%

- Variable

- 1-3 %

- <5 %

- <5 %

- <2 %

- <2 %

DIARRHEES INVASIVES CAS

Bactériennes

- Shigella

- Salmonella

- Echerichia coli entéro-invasifs

- Campylobacter jejuni

- Yersinia enterocolitica

- Bacillus anthracis

Virales

- Rotavirus

- Virus Norwalk

- 5-25 %

- 1-2 %

- 1-2 %

- 3-15 %

- 1-2 %

- <1 %

6

c. Symptomatologie

Perte d’appétit, crampes abdominales, nausées, vomissements, diarrhées aqueuses, fièvre, maux

de tête et fatigue sont les symptômes les plus fréquents des gastro-entérites.

Le tableau II suivant montre les symptomatologies des principales diarrhées bactériennes selon

la nature de l’agent infectieux.

Tableau II. Symptomatologie des principales diarrhées bactériennes

Bactéries Diarrhée Dysenterie Douleurs Vomissement Fièvre Durée

d’incubation

Manifestations

extra-intestinales

Shigelles + + + ± + 48-72 h +

Salmonelles + ± ± ± + 12-24 h Septicémie

Colibacilles + Rare ± Rares 0 24-72 h Rares

Vibrions

cholériques + 0 0 + 0 24-72 h Choc

Staphylocoques + Rare ± ± ± 4-8 h Parfois choc

Bacille

perfringens + Rare + + + 8-48 h Parfois choc

Y.

enterocolitica + 0 ± 0 ± ? ±

C. jejuni + 0 + + + 1-7 jours Rares

Source : GENTILINI et al, 1991

Dans tous les cas, le degré de déshydratation aggrave la situation du malade. Elle représente la

complication de la maladie et peut imposer des mesures thérapeutiques urgentes. Le tableau III

ci-après montre l’évaluation de la déshydratation d’une personne atteinte de gastro-entérite (cas

du nourrisson).

7

Tableau III. Evaluation de la déshydratation du nourrisson (selon l'Académie américaine de

pédiatrie-Centers of Disease Control and Prevention-Prescrire N° 207)

Déshydratation

légère

Déshydratation

modérée

Déshydratation

grave

Absence de larme

Aspect « malade »

Sécheresse des

muqueuses

Moins de 2 signes

cliniques 2 signes cliniques

Au moins 3 signes

cliniques

Diurèse Un peu diminuée <1ml/Kg/h

Très <1ml/Kg/h

(rares urine dans les

couches)

Etat de conscience Normal Normal ± agitation ± léthargique mais

normal possible

Yeux Normaux Orbites creusées

Yeux cernés

Orbites

profondément

creusées

Pli cutané Normal Persistant Persistant

Fontanelle Normale Déprimée Déprimée

Extrémités Chaudes Normales Froides et marbrées

Pression artérielle Normale Normale Normale à basse

Fréquence

cardiaque Normale

Augmentée

>150/mn

Augmentée

>150/mn. Une

bradycardie peut

être présente en cas

de déshydratation

importante

Amplitude du

pouls Normale

Normale à un peu

diminuée Assez diminuées

Le tableau IV montre les manifestations cliniques des cas pouvant mener à des complications

(cas à surveiller de près : red flags ou drapeau rouge).

8

Tableau IV. Red flags ou drapeau rouge (d'après RL, VanGilder T, Steiner TS et al)

Signes digestifs Diarrhée hémorragique (selles muco-sanguinolantes)

Douleurs abdominales sévères ou péritonisme

Signes généraux

Température ≥38.5°C, choc septique

Durée prolongée > 3 jours

Déshydratation, hypovolémie, confusion, vomissements

abondants et/ou impossibilité d’ingérer des liquides.

La manifestation de l’un de ces signes cliniques implique l’hospitalisation du patient suivie des

examens complémentaires pour traiter la maladie. Parmi les situations des patients qui peuvent

présenter un potentiel risque de complication, on distingue les cas suivants :

Âges extrêmes : nourrisson/personne âgée > 65ans

Prothèse endovasculaire

Traitement immunosuppresseur

Utilisation récente d’antibiotiques

Hospitalisation récente

Relations homosexuelles

Femmes enceintes

(GUERRANT et al., 2011)

I.1.2.2. La salmonellose

Les salmonelloses sont l’une des maladies d’origine alimentaire les plus courantes et les plus

répandues, plusieurs dizaines de millions de cas étant recensés chez l’homme chaque année

dans le monde. En 2009, 151 571 personnes ont été atteintes en Europe, avec une diminution

progressive du nombre des cas les dernières années (The Community Summary Report on

Trends and Sources of Zoonoses and Zoonotic Agents in the European Union in 2007). Les

mortalités humaines engendrées par la fièvre typhoïde sont évaluées à 600 000 par an (HU et

al., 2003). Les cas, estimés entre 17 et 20 millions par an, sont essentiellement répertoriés dans

les pays du Tiers - Monde. La majorité des cas de salmonellose sont bénins, mais il arrive que

certaines personnes meurent de salmonellose. La gravité de l’affection dépend de facteurs liés

à l’hôte et de la souche de Salmonella impliquée. Cinq pour cents des patients infectés par S.

typhi deviennent des porteurs chroniques, asymptomatiques (MERMIN et al., 1999). Depuis

9

le début des années 90, des souches de Salmonella résistantes à une série d’antimicrobiens sont

apparues et posent maintenant un grave problème de santé publique.

Le taux de mortalité est inférieure à 1 %, si les cas sont pris en charge de façon précoce et si

l’antibiothérapie est initiée à temps et soutenue. Par contre, dans le cas contraire, le taux de

mortalité peut avoisiner 15 %. Toutefois, l’antibiothérapie peut être compliquée par

l’émergence de souches résistantes (MERMIN et al., 1999).

a. Définition

La salmonellose est une infection causée principalement par la consommation d’eau ou

d'aliments (œufs, produits laitiers, viandes...) souillés ou contaminés par les bactéries nommées

salmonelles.

Ce microorganisme cause surtout des maladies intestinales chez l'humain comme des gastro-

entérites, des toxi-infections alimentaires.

b. Cause

La maladie est provoquée par l’ingestion directe de bactérie (voie digestive), par l’intermédiaire

des aliments crus ou peu cuits (lait, viande,…). Il s’agit notamment du genre Salmonella sp. Ce

qui est responsables de fièvres typhique ou paratyphique (maladies à déclaration obligatoire),

de gastro-entérites, de toxi-infections alimentaires. L'infection peut aussi se produire à la suite

d’un contact avec un animal porteur de la bactérie, même s’il n’est pas malade ou qu’il ne

présente pas de symptôme.

c. Mode de transmission

La bactérie qui cause la salmonellose vit dans l'intestin de certains humains, animaux et les

oiseaux. Les salmonelloses majeures sont des affections strictement humaines. La

dissémination des germes est assurée par les sujets infectés : les malades les éliminent en grande

quantité dans leurs selles, accessoirement leurs vomissements et leurs urines.

Le mode de transmission de la salmonellose peut s’effectuer suivant 3 modalités

différentes :

10

• par contact direct des mains avec les selles de personnes ou d'animaux infectés

(volailles, oiseaux, chats, reptiles). Il est important de savoir qu'un animal peut être

infecté sans avoir eu de diarrhée;

• par contact indirect avec des personnes ou des aliments contaminés :

o en mangeant des aliments contaminés par une personne infectée qui les a

manipulés sans s'être d'abord lavé les mains avec de l'eau et du savon;

o en touchant des surfaces ou des objets contaminés par des selles humaines ou

animales;

• par contamination croisée, c'est-à-dire à partir d’une surface de travail contaminée par

la salmonelle pendant la préparation de viandes ou d'aliments crus. Par exemple : couper

des fruits et des légumes sur une surface de travail déjà utilisée pour couper du poulet

cru, sans l'avoir bien nettoyée à l’eau et au savon.

d. Symptôme

La durée d’incubation de la maladie est de 7 à 21 jours, mais parfois peut durer jusqu’à 6

semaines à la suite de laquelle la maladie peut revêtir diverses formes (HU et al., 2003).

L’infection peut être asymptomatique ou provoquer des symptômes très légers dans le cas de

S. paratyphi ou, au contraire, engendrer la fièvre typhoïde, affection très sévère, accompagnée

de fièvre et de septicémie. Elle touche surtout les enfants en bas âge et les jeunes adultes

(BÄUMLER et al., 1998).

Les symptômes les plus fréquents de la salmonellose sont les suivants: diarrhée, parfois

accompagnée de sang dans les selles; la déshydratation causée par cette émission abondante de

selles liquides peut présenter des dangers chez les enfants en bas âge et les personnes âgées ;

des crampes abdominales et des douleurs abdominales ; des nausées ; des vomissements

(parfois) ; de la fièvre ; des frissons ; des maux de tête et une vision floue.

Les symptômes apparaissent généralement de 12 à 24 heures après la contamination. Après la

disparition des symptômes, les salmonelles peuvent demeurer dans l’intestin pendant plusieurs

semaines et même plusieurs mois. On dit de ces personnes qu’elles sont alors « porteuses » de

la salmonelle. Elles peuvent encore transmettre la maladie même si elles n’ont plus de

symptômes.

Les symptômes de la salmonellose sont relativement bénins, et dans la majorité des cas, les

patients guériront sans traitement particulier. Cependant, dans certains cas, notamment chez les

https://fr.wikipedia.org/wiki/D%C3%A9shydratation_%28m%C3%A9decine%29

11

très jeunes enfants et les personnes âgées, la déshydratation associée peut devenir grave et

menacer la vie du sujet. Chez certaines personnes, la diarrhée peut être sévère au point

d’imposer l’hospitalisation du patient. Chez ces patients, l’infection à Salmonella peut

proliférer des intestins à la circulation sanguine, de là vers d’autres sites du corps et peut aller

jusqu’à entraîner la mort sauf si la personne est traitée rapidement (notamment par des

antibiotiques).

I.1.2.3. TIACs (Toxi-Infections Alimentaires Collectives)

Fréquentes et habituellement bénignes, les toxi-infections sont dues à l’ingestion d’aliments

crus ou peu cuits, contaminés par des salmonelles, des staphylocoques, des shigelles, des

colibacilles mais plus rarement des vibrions. Dans les aliments, le pourcentage de cas de TIAC

imputables aux bactéries a été estimé à 30,2 % ; 67,2 % des cas étant causés par les virus et,

seulement 2,6 % par des parasites, dont le principal est Toxoplasma gondii (MEAD et al.,

1999).

En France, en 2001, Salmonella a été responsable de 57,7 % des 2 993 cas confirmés de TIAC,

répartis au sein de 272 foyers. La répartition des sérotypes était habituelle avec une majorité de

cas attribué à S. enteritidis (57,5 %) (HAEGHEBAERT et al., 2002).

a. Définition

Une toxi-infection alimentaire collective (TIAC) est définie comme l’apparition chez au moins

deux cas groupés, d’une symptomatologie similaire, le plus souvent de type gastro-intestinal

dont on peut rapporter la cause à une même origine alimentaire. (Institut de veille sanitaire,

France).

b. Situation des TIAC dans le monde

Il est estimé que chaque individu est atteint au moins une fois par an de troubles digestifs et que

dans un tiers des cas, l’aliment est directement incriminé (DAUBE et al., 1997).

Dans 30 % des foyers de salmonelloses apparus aux USA durant les années 1991 et 1992, une

température de stockage inappropriée a été considérée comme un des facteurs contributifs

essentiels. Ensuite, une cuisson inadéquate et une hygiène personnelle déficiente devaient être

mises en cause dans, respectivement, 27 et 20% de ces foyers (BEAN et al., 1997). En France,

sur un total de 2 993 cas confirmés et suspectés en 2001, la majorité (soit 63,2 %) ont été acquis

12

dans des collectivités. Dans ce cas, c’est surtout le milieu scolaire qui est le plus concerné, étant

donné qu’il a été responsable de 24 % des cas de salmonelloses. Les cas contractés dans un

cadre familial sont également fort importants avec un pourcentage de 43,8 %

(HAEGHEBAERT et al., 2002).

A Madagascar, les maladies liées à la sécurité alimentaire signalées à l’ACSQDA peuvent être

divisées généralement en 3 groupes : les IAC, les TIAC et les ICAM. Parmi ceux-ci, les TIAC

sont les plus fréquentes. Sur les 922 cas de maladies liées aux aliments apparu en 2012, 98,69%

(soit 910) sont des TIAC. Les restes correspondent à 0,54% (5 cas) d’IAC et 0,75% (7 cas)

d’ICAM. Et sur ce, sur les 8 cas de décès apparus, 7 d’entre eux se sont produits dans la région

d’Analamanga. En 2013, le nombre total de cas de maladies gastroentériques signalées est de

696 dont 78,59% (soit 547 cas) sont des TIAC, incluant au total 22 décès. Concernant les deux

dernières années 2014-2015, les cas signalés sont respectivement de 966 (dont 81,46% sont

des TIAC) et de 392 (dont 324 cas sont des TIAC), incluant respectivement 15 et 5 décès.

c. Facteurs de contamination et expression clinique des principales TIACs

En clinique, les symptomatologies digestives des TIACs sont résumées par le tableau suivant :

Tableau V. Expression clinique et facteurs de la contamination des principales TIAC (d'après

l'Institut de veille sanitaire, France)

TIAC A SYMPTOMATOLOGIE DIGESTIVE

Facteurs de la

contamination

responsable

Incubation

Symptômes

Signes digestifs fièvre

Salmonella sp 12-24h Diarrhée aiguë Oui

39-40°C

S. aureus 2-4h

Vomissements,

douleurs

abdominales,

diarrhée

Non

C. perfringens 8-24h Diarrhée isolée Non

Shigella sp 48-72h Diarrhée aiguë Oui

(http://www.invs.sante.fr/surveillance/tiac/index.htm)

http://www.invs.sante.fr/surveillance/tiac/index.htm

13

Par ailleurs, concernant les examens microbiologiques, deux types d’examens sont faisables :

Coproculture : peu d’intérêt individuel, mais très importante pour l’investigation d’une

épidémie (intérêt collectif, santé publique).

Aliments suspects : recherche éventuelle de micro-organisme.

I.1.2.4.Prophylaxie générale des gastro-entérites

Dans la plupart des cas, une prise en charge symptomatique est la première mesure adéquate

adoptée par les médecins. Le tableau VI ci-après montre un résumé des traitements

symptomatiques.

Mais dans tous les cas, la réhydratation est essentielle, il s’agit le plus souvent de réhydratation

orale à l’aide d’une solution « salée-sucrée » type OMS (pour un litre d’eau : 20g de glucose

ou 40g de sucre ; 3,5g de NaCl ; 1,5g de KCl ; 2,5g de bicarbonate ou de citrate). L’intérêt des

ralentisseurs du transit, des anti-sécrétoires, des absorbants est limité en opposition à la

lopéramide (Imodium®) qui a l’avantage d’être à la fois antipéristaltique et anti sécrétoire. Un

traitement antibiotique doit être considéré d’emblée en présence de signes et symptômes de

gravité et chez les patients à risque. Dans toute autre situation, et si la recherche de leucocytes

et/ ou de sang dans les selles est négative, une thérapie uniquement symptomatique est

généralement suffisante. Une nouvelle évaluation clinique s’impose dans les 72h afin d’ajuster

les mesures entreprises et le traitement antibiotique selon l’antibiogramme, s’il a été demandé.

Par ailleurs, pour prévenir ces infections, une hygiène du circuit alimentaire et un maintien des

températures réglementaires sont à respecter. Il est entre autre important d’éduquer, de

surveiller et de contrôler le personnel de la chaine alimentaire : hygiène des mains, tenue,

éviction des personnes présentant des symptômes d’infection, recherche des porteurs

asymptomatiques….

Les TIAC sont très fréquentes, y compris dans les pays à haut niveau de vie économique. Elles

sont en rapport avec la consommation d'aliments contaminés par certaines bactéries ou leurs

toxines. Elles peuvent survenir en milieu collectif ou familial. Les collectivités habituellement

concernées sont les crèches, les hôpitaux et les restaurants de collectivités.

14

Tableau VI. Traitement symptomatique des diarrhées aigües sécrétoires et/ou non

compliquées

Traitement

symptomatique Mesures à prendre

Réhydratation orale

Quantité de liquide à ajuster selon la sévérité des diarrhées :

environ 1-2L/ 24h pour 5-10 selles / 24h

‐ Thé noir/tisane sucré(e), soupes, bouillons,

‐ solution de réhydratation « maison » : 1L d’eau +1/2 cc

de sel + 8 cc de sucre)

‐ produits commerciaux (Elotrans®)

Présence de sel et du sucre est nécessaire pour une bonne

absorption de l’eau au niveau de l’intestin grêle.

Il convient d’éviter les produits lactés (altération transitoire des

enzymes villositaires) et jus de fruits en boîte (hyper-osmolaires

qui pourront aggraver les diarrhées).

Réhydratation

intraveineuse

En cas de signes de déshydratation : perfusion intraveineuse de

NaCl (0.9%) + KCl 40 mmol/ L

Ralentisseur du transit

Imodium® (ou Lopéramide) : comprimés orodispensibles de

2mg, ou sirop (5ml = 1mésurette=1mg)

Posologie : 1 comprimé à chaque selle non formée: au maximum

6cp /24h (= 12mg), à arrêter dès l’apparition de selles molles.

constipation voire colectasie en cas de posologie supra-

thérapeutique.

Hygiène locale

Lavage des mains

Éviter les contaminations par les partages des objets (verres,

lavettes, etc.)

(DUPONT 1997) (GUERRANT et al., 2001) (HEMPEL, 2006) (VALLIÈRE et al., 2008)

(VALLIÈRE, 2009).

15

I.2. Concept : généralités sur les bactéries

Les bactéries peuplent la planète terre depuis plusieurs milliards d’années. Ils l’ont dominée

pendant plus de trois milliard d’années et sont à l’origine de toutes les autres formes de vie. Les

microbes représentent plus de 60% de toute la matière organique sur terre. Ce sont les premières

formes de vie ; elles ont une capacité d’adaptation énorme et on en trouve plusieurs millions

d’espèces sur terre (quelques milliers d’entre elles seulement provoquent des maladies). La

majorité d’entre eux vivent en milieu aquatique ou terrestre ; où ils assurent principalement la

décomposition des substances organiques mortes. La plupart des microbes sont sans danger et

beaucoup sont bénéfiques ; voire indispensables (« flore » microbienne).

I.2.1. Approche historique : découverte du monde microbien

La taille moyenne d’une bactérie (microbe) va de deux microns à un demi-micron (un micron

est égal à un millième de millimètre) ; autrement dit, sur une ligne de un millimètre de long, on

pourrait aligner 500 microbes à 2000 microbes côte à côte.

Pour pouvoir observer ces êtres invisibles à l’œil nu, il a fallu que l’homme invente le

microscope. En effet, en 1673, Antony Van Leeuwenhoek (1632-1723) qui est un hollandais

marchand de tissus, en utilisant un microscope rudimentaire qu’il a fabriqué lui-même, a

découvert pour la première fois le monde des micro-organismes. Il a été le premier à décrire ce

nouveau monde qu’il a appelé «le Monde des animalcules».

Ce n’est que deux siècles plus tard que le rôle des bactéries dans les processus de fermentation

et dans la transmission des maladies a été découvert et que leur étude a commencé. Les

scientifiques les plus illustrés de cette époque étaient Louis Pasteur et Robert Koch.

I.2.2. Classification et structure des bactéries

I.2.2.1. Place des microorganismes dans le monde vivant

La découverte des nouvelles formes de vie (algues, champignons, levures, protozoaires,

bactéries) rendait difficile leur classement dans le règne animal ou végétal connus à l’époque.

En effet, tout ce qui était mobile était rapproché des animaux et tout ce qui était immobile et

photosynthétique (vert) était rapproché des végétaux. Cependant, des microorganismes ayant à

la fois des caractéristiques animales et végétales ont posé des problèmes. Les myxomycètes par

16

exemple étaient considérés comme champignons par les botanistes et comme protozoaires par

les zoologistes.

Ces problèmes ont partiellement été résolus, en 1866, par Haeckel (zoologiste allemand,

disciple de Darwin) qui a proposé la création d’un 3ème règne (en plus des règnes animal et

végétal), celui des Protistes, pour regrouper les algues, les protozoaires, les champignons et les

bactéries.

Tableau VII. Classification de Haeckel (1866)

Protistes Végétaux Animaux

Exemples

- Algues

- Protozoaires

- Champignons

- Bactéries

Plantes

vasculaires et

Bryophytes

Vertébrés et

Invertébrés

Propriétés

Unicellulaires, coenocytiques ou

multicellulaires ; avec très peu ou

pas de différenciation cellulaire

Multicellulaires, différenciation

cellulaire

en tissus et organes

La différence majeure entre les protistes, d’une part, et les animaux et les végétaux, d’autre part,

réside au niveau de l’organisation biologique. Les protistes sont des organismes simples,

possédant souvent des cellules pas ou très peu différenciées, du même type et indépendantes.

Les animaux et les végétaux, quant à eux, sont des organismes complexes, ayant des cellules

bien différenciées qui s’organisent en tissus pour former des organes.

Par ailleurs, les observations via microscope ont permis de montrer que les bactéries diffèrent

de toutes les autres cellules animales ou végétales. En effet, ils ne possèdent pas de véritable

noyau, celui-ci est représenté seulement par une région nucléaire contenant les filaments de

chromosomes (dans ce cas on les appelle des procaryotes), contrairement à ceux des cellules

eucaryotes (cellules animales ou végétales qui possèdent un véritable noyau entouré par une

membrane nucléaire enveloppant le nucléoplasme qui contient le matériel génétique).

Actuellement, grâce aux progrès technologiques et au développement de la science, la

classification phylogénique (basée à partir de la comparaison de séquences d’ADN ribosomique

16s ou 18s) du monde vivant comporte 3 domaines : le Bacteria (les bactéties), l’Archaea (les

Archées) et l’Eukarya (les eucaryotes).

17

Figure 1. Arbre phylogénétique du monde vivant (d'après WOESE et al., 1990)

La taxonomie (ou taxinomie) (du grec taxis = arrangement) est la science qui étudie les

méthodes permettant de classer les organismes en groupes d’affinité, dits taxons. L’espèce est

l’unité fondamentale de la classification. Elle regroupe les organismes qui possèdent de

nombreux caractères communs. A l’intérieur d’une même espèce, on distingue des souches.

Ainsi l’identification d’une bactérie suit plusieurs niveaux taxonomiques dont voici quelques

exemples : règne, embranchement ou phylum, classe, famille, genre et espèce.

I.2.2.2. Structure des bactéries

Toutes les bactéries présentent 2 structures de base commune à savoir la structure permanente

et la structure non permanente. La structure permanente, notamment constituée par la paroi

cellulaire, la membrane cytoplasmique ainsi que le cytoplasme, est rencontrée chez tous les

micro-organismes. Par ailleurs, certaines bactéries peuvent présenter d’autres structures comme

les capsules, les cils et les flagelles, ainsi que les spores. Ces entités constituent les structures

dites non permanentes qui peuvent selon le cas être présent ou non chez les microbes.

a. Les structures permanentes :

La paroi cellulaire

18

Composition chimique :

D’abord, il est à souligner qu’il existe 2 types de parois cellulaires : ceux des bactéries de gram

(+) et ceux des gram (-). Cette paroi est composée essentiellement par une couche de

peptidoglycane ou substance muco-complexe, responsable de la rigidité de la paroi. Cette

couche est constituée par deux sous-unités de composé à savoir :

L’acétyle-glucosamine ou AG

Et l’acide acétyle muramique ou AMA

Figure 2. Formule de l'AG et de l'AMA

(D’après : entretien avec le Professeur RAKOTONDRADONA Rémi, Enseignant de l’ENS)

Dans l’ensemble, ce qui différentie les bactéries de gram (+) des bactéries de gram (-), c’est

justement au niveau de la paroi cellulaire. En effet, ceux de gram (+) ont tendance à avoir

beaucoup plus de substance muco-complexe que ceux des bactéries de gram (-). Par ailleurs,

chez les bactéries de gram (+), la substance muco-complexes est accompagnée par des

polysaccharides constituant l’acide théichoique.

Figure 3. Représentation schématique de l'architecture de la paroi des bactéries gram (+)

Acétyle-glucosamine Acide acétyle muramique

19

Figure 4. Représentation schématique de l'architecture de la paroi des bactéries gram (-)

Fonction :

La paroi cellulaire présente d’une part, un rôle mécanique qui maintient la forme de la cellule

mais offre aussi une protection mécanique car elle peut supporter une pression de l’ordre de 10

atmosphères. D’autre part, elle intervient aussi dans la division cellulaire par la formation d’une

paroi transversale au moment de la division.

La membrane cytoplasmique

Directement localisée sous la paroi de la cellule, la membrane cytoplasmique d’une bactérie est

plus mince que la paroi : de l’ordre de 5nm (contre 30nm pour la paroi). Elle englobe le

cytoplasme de la cellule.


Comme chez toutes les cellules, la membrane cytoplasmique est constituée d’une double

couche phospholipidique (60% de la membrane) à l’intérieure de laquelle s’insèrent des

protéines (40% de la membrane). Cette membrane qui est semi-perméable, laisse passer les

petites molécules, les ions et l’eau mais pas les grosses molécules comme les protéines. On

parle dans ce cas de perméabilité sélective.

20

Fonction :

La membrane cytoplasmique assure les transports des substances, soit par osmose, soit par

diffusion soit par diffusion assistée. Par ailleurs, c’est aussi au niveau de cette membrane que

se localise le mésosome : appareil respiratoire de la bactérie, mais aussi impliqué dans la

division cellulaire.

Le cytoplasme


Elle est constituée par 80% d’eau et contient des acides nucléiques, des protéines, des sucres,

des lipides ainsi que des ions. Cette structure peut être divisée en 2 :

- La phase aqueuse où se déroulent les différentes réactions du métabolisme cellulaire

- La phase nucléaire qui contient l’ADN, de forme plus ou moins circulaire selon le cas,

dépourvue de membrane nucléaire, et peut être munie d’une pièce extra-chromosomale

appelée plasmide qui est capable de s’auto-dupliquer.

Il existe aussi beaucoup de ribosomes dans le cytoplasme. Les vacuoles sont des structures

protéiques qui ont le rôle de réservoir de nutriments et de déchets.

b. Les structures non permanentes

Les constituants dites non permanentes peuvent selon les cas être présentes ou non au niveau

des micro-organismes. Ils servent parfois de critère de classification ou même d’identification

des microbes. Les cils et les flagelles sont des filaments sinueux non ramifiés qui servent parfois

d’appendices locomoteurs. Par ailleurs, les capsules peuvent jouer différents rôles (adhésion

aux surfaces, résistance aux bactériophages, à la dessiccation ou aux autres agents

antimicrobiens).

I.2.2.3. Le genre Salmonella

Le genre Salmonella, qui appartient à la famille des Enterobacteriaceae, doit son nom au

Docteur Vétérinaire Salmon Eberth, bactériologiste américain du 19e siècle. Ce genre est

caractérisé par des bacilles à coloration Gram-négative, non sporulant, la plupart du temps

douées d’une mobilité propre grâce à des flagelles péritriches (à l’exception de Salmonella

gallinarum). La taille des bâtonnets varie entre 2 à 5 μm de longueur sur 0,7 à 1,5 μm de largeur

(Le MINOR, 2003).

21

La naissance de la famille des Enterobacteriaceae était en 1937 lorsqu’Otto RAHN proposa le

genre Enterobacter pour regrouper les microorganismes présentant des propriétés biochimiques

et morphologiques communes et parmi lesquels on trouvait déjà des noms tels qu’Escherichia,

Salmonella, Klebsiella, Proteus, Serratia ou Shigella. Les travaux des équipes de DON

BRENNER et de Patrick A.D. GRIMONT ont permis une véritable explosion de cette famille

avec un très grand nombre de nouveaux genres et espèces décrits depuis une vingtaine d’années.

Le nom d’entérobactéries a été donné parce que ces bactéries sont en général des hôtes normaux

ou pathologiques, suivant les espèces microbiennes, du tube digestif de l’homme et des

animaux. Mais les bactéries peuvent aussi se proliférer en abondance dans l’environnement,

notamment dans les sols et les eaux, et participer aux grands cycles de dégradation des matières

organiques.

Comme toutes les bactéries à coloration Gram-négative, l’enveloppe des salmonelles est

constituée de 3 éléments : la membrane cytoplasmique, la membrane externe (paroi), et l’espace

péri plasmique constitué de peptidoglycane qui sépare les deux membranes. La paroi confère à

la bactérie sa forme et sa rigidité et lui permet de résister à une pression osmotique relativement

élevée dans l’environnement (RYCROFT, 2000).

Facteurs de croissance

Salmonella est une bactérie mésophile : son optimum de croissance est proche de la température

corporelle des animaux à sang chaud (35-43°C). La limite de croissance inférieure se situe aux

environs de 5°C ; il est toutefois généralement admis que la plupart des sérotypes ne croissent

qu’à partir de 7°C (HANES, 2003). La congélation ou la surgélation a peu d’effets sur la

population de salmonelles dans un aliment. Elle ne garantit en aucune manière la destruction

d’un nombre suffisant de bactéries viables. En définitive, les processus de congélation

entraînent l’émergence de bactéries stressées qui devront, pour croître à nouveau, se réadapter

aux nouvelles conditions régnant dans le milieu après décongélation.

Mécanismes de virulence

Un nombre considérable de gènes (de l’ordre de quelques centaines) doit être mobilisé par

Salmonella en vue de contrecarrer les mécanismes de défense de l’hôte. Tous les sérotypes des

salmonelles peuvent, en théorie, causer une infection systémique chez les humains au statut

immunitaire diminué, alors que la plupart engendreront une diarrhée fébrile, des vomissements,

des douleurs abdominales ; et chez les sujets âgés ou immuno-défiscients des bactériémies, des

22

septicémies et des localisations extradigestives, en particulier vasculaires peuvent avoir lieu

(BÄUMLER et al., 2000). Lorsqu’il y a localisation de l’infection, les salmonelles restent

souvent cantonnées dans les ganglions lymphatiques mésentériques. Les premiers mécanismes

de défense utilisés par l’hôte sont constitués par le degré d’acidité de l’estomac et les sels

biliaires de l’intestin grêle, qui exercent un effet bactéricide. Une fois dans l’intestin grêle, les

salmonelles doivent le plus rapidement possible adhérer à la muqueuse intestinale (DIBB-

FULLER et al., 1999), (THORNS et al., 2000) (VIMAL et al., 2000).

Les salmonelloses humaines sont considérées comme des maladies zoonotiques transmises par

l'ingestion de denrées alimentaires contaminées. A ce stade de connaissances, tout sérovar de

Salmonella sp, reconnu comme ubiquiste, tel que Salmonella enteritidis et Salmonella

typhimurium, est susceptible de causer des troubles digestifs plus ou moins graves.

Vecteurs

Au cours des opérations d'abattage et de transformation des animaux, la contamination peut être

transmise aux parties comestibles (viandes, abats…). En ce qui concerne les volailles

productrices d'œufs destinées à la consommation humaine, les salmonelles et plus

particulièrement Salmonella enteritidis peuvent être hébergées dans le tractus génital de la

poule, sans manifestations cliniques apparentes ; dans ces conditions, le vitellus (jaune d’oeuf)

pourra être contaminé avant la formation proprement dite de l'œuf.

D'autres aliments peuvent être contaminés comme les viandes, le lait et les produits laitiers, à

cause de mauvaises manipulations ou au cours de la traite ; les légumes et autres végétaux, du

fait de contamination fécale lors de la production. Notons enfin que les personnes exposées au

contact étroit avec des animaux ou avec leurs matières fécales, ou avec des patients atteints de

salmonelloses, sont des facteurs de risque d'infection très importants.

Vie et survie dans l’environnement

Des souches de Salmonella sp ont été isolées dans des milieux très variés ; elles sont capables

de se multiplier dans des conditions aérobies ou anaérobies, dans une gamme de température

très large (5°C-46°C), bien que l'optimum de croissance se situe entre 35°C et 43°C ; la

croissance est sensiblement ralentie lorsque les températures sont inférieures à 15°C. Les

valeurs de pH supérieures à 9 ou inférieures à 4 sont considérées comme bactéricide vis à vis

des souches de Salmonella sp.

23

Dans ces conditions, il n'est pas rare d'isoler des Salmonella dans des milieux très différents.

Les animaux forment le principal réservoir des Salmonella, mais les différentes activités

agricoles et humaines entraînent une vaste dispersion de ces bactéries dans des environnements

très divers : eaux naturelles, eaux usées, déchets, animaux de rente et sauvages tels que les

oiseaux, les rongeurs et les insectes, etc….

Habitat et facteurs de contamination

Le rapport européen sur l’analyse quantitative des risques microbiologiques estime que 10 à 20

% des cas de salmonelloses humaines en Europe sont attribuables au porc. L’émergence depuis

deux décennies de Salmonella multi résistantes aux antibiotiques fait également partie des

préoccupations en santé publique.

Comme la montre la figure 5 ci-après, de par leur caractère ubiquiste, les salmonelles sont

susceptibles de contaminer un élevage lors des différents mouvements d’animaux, matériels ou

personnes liés à l’activité de l’élevage.

Figure 5. Activités liées à l'élevage, sources potentielles de salmonelles (bulletin

épidémiologique, santé humaine et animale n°58)

Les différentes études menées jusqu’à présent n’ont pas permis de privilégier réellement l’une

ou l’autre de ces voies et la diversité des sérovars isolés dans un même élevage montrent que

plusieurs voies de contamination peuvent coexister dans un même élevage. La contamination

se transmet entre porcs, de différentes bandes et/ ou stades physiologiques et les salmonelles

24

peuvent également se propager par d’autres vecteurs animés (homme, rongeurs, insectes…) ou

de manière indirecte par le matériel et l’environnement. Elles persistent dans un élevage en

colonisant des réservoirs, soit animés (troupeau de truies, rongeurs, homme…) soit inanimés

(matériel, lisier, bâtiments, poussières…) (d’après le bulletin épidémiologique n° 58, santé

animale et alimentation ; publication conjointe de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de

l’alimentation, de l’environnement et du travail, de la Direction générale de l’alimentation du

ministère de l’agriculture, de l’agroalimentaire et de la forêt ; France ; septembre 2013).

I.2.3. Culture in vitro des bactéries: milieux et conditions

Toute étude menée sur les microorganismes doit être faite à partir de « culture pure », c'est-à-

dire contenant un seul genre de microorganisme, sans autres formes vivantes. Ceci implique la

nécessité de l’utilisation de milieu de culture.

a. Définition

Un milieu de culture est une solution d’éléments nutritifs utilisée en laboratoire pour la

croissance des micro-organismes. En d’autre mot, c’est une préparation au sein de laquelle des

micro-organismes peuvent se multiplier.

b. Classification et différents types de milieux

Les bactéries peuvent aussi bien se développer dans des milieux solides que dans des milieux

liquides. Ceci implique qu’en laboratoire, les milieux de culture peuvent être de nature solide

ou de nature liquide. Les milieux solides sont souvent obtenus en ajoutant un agent gélifiant.

Le plus utilisé étant l’agar-agar ou la gélose.

Les milieux de culture peuvent être subdivisés en quatre types selon sa nature :

Les milieux différentiels : utilisation d’un colorant pour mettre en évidence des

réactions chimiques particulièrement spécifiques de la croissance d’un micro-

organisme.

Les milieux sélectifs : contenant un composé chimique ou un antibiotique inhibant

de façon sélective la croissance de certains micro-organismes sans affecter d’autres.

Les milieux non-sélectifs : tous milieux ne contenant aucune molécule inhibitrice,

de préparation assez simple et contenant une base nutritive de molécules azotées.

25

Les milieux non-sélectifs mais enrichis : obtenus après ajout de liquides ou

suspension riche en diverses matières organiques (sang, sérum, suppléments

polyvitaminiques…) dans un milieu de base adéquat.

En général et très souvent, l’aspect de sa culture permet d’identifier un microorganisme sans

avoir recours au microscope. Une culture pure est constituée par une seule espèce de bactéries

se développant dans ou sur quelques substances ou milieux favorables à son métabolisme, à

une température convenable. Pour réaliser une culture pure, une des méthodes utilisées est la

« culture en stries » : après avoir trempé une aiguille simple ou terminée par une petite boucle

(öse) dans une suspension épaisse contaminée, on raye la surface du milieu nutritif solide. L’öse

est alors stérilisée et utilisée pour tracer des stries parallèles entre elles et perpendiculaire au

premier trait. On recouvre ainsi toute la surface (Figure 6).

Figure 6. Culture en strie

Source : photo de l’auteur.

Par cette méthode, la suspension est tellement étalée qu’il ne reste plus en définitive que

quelques bactéries qui donneront, après incubation, des « colonies ». Ce sont ces dernières qui

seront utilisées pour faire des cultures pures.

Les cultures en stries sont effectuées dans des boîtes de pétri, boîte rondes en verre, faites de

deux parties comme des boîtes à fromage, ne fermant pas hermétiquement, de façon à assurer

une libre circulation d’air.

26

c. Les micro-organismes dans les aliments

Les micro-organismes pathogènes présents dans les aliments, dans l’environnement ou bien

dans les matières fécales sont généralement en petit nombre : de l’ordre de 10 000/g dans les

aliments cuits, moins de 5000 micro-organismes/ml dans le lait (FAO, 1995), et peuvent entrer

en concurrence avec une flore saprophyte, abondante dans certaines matrices alimentaires.

Etant donné les conditions de traitement et de conservation des aliments, les bactéries peuvent

être stressées. Pour isoler les bactéries, l’analyse microbiologique classique des aliments

nécessite donc plusieurs étapes successives, ce qui entraîne un temps de réponse relativement

important (VARNAM A et al., 1996). La recherche de Salmonella sp dans les denrées

alimentaires et les échantillons environnementaux fait l'objet d'une procédure normalisée au

niveau international (norme ISO 6579). Cette recherche nécessite des phases de pré-

enrichissement, puis d'enrichissement sélectif, suivies d'une étape d'isolement sur des milieux

sélectifs spécifiques, et enfin d'identification biochimique et sérologique. L'ensemble de ces

opérations a besoin d’un délai de temps compris entre 3 et 5 jours.

Concernant le choix des milieux de cultures, les entérobactéries poussent facilement sur les

milieux ordinaires en 24 heures à 37°C, en milieu facultatif aérobiose ou anaérobiose. Leurs

exigences nutritionnelles sont, en général, réduites et la plupart se multiplient en milieu

synthétique avec une source de carbone simple comme le glucose (WALTMAN W, 2000).

Sur milieux gélosés, les colonies d’entérobactéries sont habituellement lisses, brillantes, de

structure homogène (type « smooth » ou S). Cet aspect peut évoluer après cultures successives

pour donner des colonies à surface sèche et rugueuse (type « Rough » ou R) (GRAY, 1956).

DEUXIEME

PARTIE :

MATERIELS

ET

METHODES

27

II. Matériels et méthodes

II.1. Matériels

II.1.1. Matériels d’étude

Les matériels d’étude sont constitués par différents échantillons de viandes appartenant à

plusieurs espèces : viande de volaille, viande de porc et viande bovine.

II.1.2. Matériels pour les analyses microbiologiques

L’ensemble des matériels utilisés peuvent être divisés généralement en quatre groupes :

Les matériels plastiques, parmi lesquels on peut citer :

o Les flacons de 250 ml : récipient utilisé pour faire le pré-enrichissement non sélectif

des échantillons de viandes à tester.

o Les glacières : qui permettent le transport des échantillons provenant des boucheries

vers le laboratoire.

Les verreries, parmi lesquelles on peut citer les ballons, les éprouvettes graduées, les tubes

à essai, les béchers ainsi que les boites de pétri.

Les petits matériels comme :

o Le bec Bunsen : qui permet d’une part une stérilisation des matériels comme les

tubes et les pinces par la chaleur sèche (stérilisation extemporaire : pour utilisation

immédiate), et d’autre part, la flamme du bec Bunsen crée un courant de conviction

d’air qui entraine que tout air dans un globe virtuel de 15cm de rayon autour du bec

Bunsen est passé une fois dans la flamme. Ceci procure un environnement stérile de

travail pour faire les manipulations.

o Le vortex : appareil permettant de mélanger le contenu d’un tube à essai par

agitation rapide.

o La balance de précision : qui permet de préparer (par pesage) les différents milieux.

Les gros matériels tels que :

o L’autoclave : appareil permettant la stérilisation des matériels de culture ou de l’eau

distillée par chaleur humide.

o Le four : qui permet de stériliser les verreries par la chaleur sèche.

o L’étuve : qui permet d’incuber la culture microbienne.

o La hotte PSM ou Poste de Sécurité Microbiologique (ou hotte à flux laminaire) : elle

est utilisée pour maintenir une zone de travaille stérile durant les manipulations.

28

Elle protège contre les contaminations en procurant un environnement stérile de travail.

(cf. ANNEXE I : Les matériels de laboratoire)

II.1.3. Matériels pour le traitement des données

A part les cahiers, les stylos et le bloc-notes, l’utilisation de l’ordinateur pour traiter les

données recueillies a été nécessaire.

II.2. Méthodes

Cadre d’étude,

L’étude a été réalisée dans la Commune Urbaine d’Antananarivo, dont la superficie est de 87

km2 et le nombre de population totale est estimé à 3 532 454 en 2015 (I.N.S.T.A.T, 2015). La

Commune Urbaine d’Antananarivo est limitée au Sud et à l’Ouest par le District

d’Antananarivo Atsimondrano, au Nord et à l’Est par le District d’Antananarivo Avaradrano.

Du point de vue administratif, la Commune Urbaine d’Antananarivo comporte 6

arrondissements et 192 Fokontany.

Type d’étude,

Notre étude s’agit d’une étude rétrospective qui intéresse surtout les contaminations des viandes

par les salmonelles. Cette étude concerne non seulement le cas des viandes sur étals mais aussi

les plats cuits vendus dans certains restaurants et gargotes de la capitale.

Période d’étude

La période d’étude a été divisée en deux pour le cas de l’étude de la contamination des plats

cuits.

Une étude menée durant la saison humide du 13 Mars au 23 Juin 2014, et une étude menée

durant la saison sèche du 01 Juillet au 08 Septembre 2014.

Par ailleurs, l’étude de la contamination des viandes sur étals s’étend de Janvier 2016 à Mars

2016.

Population étudiée

La population d’étude est constituée par les viandes fraîches vendues sur étals ainsi que les plats

cuits à base de viande vendue dans les gargotes et les restaurants de la capitale.

29

La population d’enquête est constituée par les bouchers qui vendent la viande de poulet de chair,

de la viande de porc ou de la viande de bœuf ainsi que par les responsables (vendeurs) qui

tiennent les gargotes.

Technique d’échantillonnage,

La technique d’échantillonnage est de type exhaustif car toutes les données recueillies auprès

du LNDV sont traitées. Avec les 150 échantillons de plats cuits analysés pour chaque saison

(année 2014), et en addition avec les 198 échantillons de viandes sur étals prélevés (étude 2016),

la taille totale des échantillons est égale à 498.

II.2.1 Choix et collecte des échantillons

L’enquête a été menée auprès de différentes boucheries consentantes réparties dans les six

arrondissements de la capitale d’Antananarivo. Le mode d’échantillonnage aléatoire a été choisi

pour mieux représenter chaque arrondissement, l’enquête a été menée auprès des Fokontany

par Arrondissement.

Tableau VIII. Nombre des Fokontany dans chaque arrondissement

Arrondissements Nombre de Fokontany

1er arrondissement 44

2ème arrondissement 24





Figure 7. Commune Urbaine d'Antananarivo (RALAMBOARIMANANA, 2013)

30

Il s’agit d’un sondage aléatoire en grappe qui a pour but de choisir les fokontany représentant

chaque arrondissement. La grappe est le fokontany. Sur la base de la liste de tous les fokontany

existant dans chacun des six arrondissements, 3 à 9 fokontany par arrondissement ont été

sélectionnés au hasard.

Ci-dessous la liste des Fokontany représentant chaque arrondissement :

Arrondissement I: Analakely, Ambodifilao, Tsaralalana, Antsahavola, 67 Ha Nord-

Oest, 67 Ha Sud, Andohatapenaka I et II, Antanimalalaka-Analakely, Cité

Ambodinisotry.

Arrondissement II : Ambolokandrina, Ankadindratombo, Ankazotokana ambony.

Arrondissement III : Ambodivona, Andravoahangy Est, Ankadifotsy, Antanimena,

Ampahibe, Adrabohangy tsena, Besarety, Faravohitra Mandrosoa.

Arrondissement IV : Mahamasina, Anosy Andrefan'Ambohijanahary, Anosibé

andrefana, Antsinanantsena, Ouest Mananjary.

Arrondissement V: Ambatokaranana, Ambatomainty, Analamahintsy tanana,

Anjanahary, Manjakaray.

Arrondissement VI : Andranomena, Ambohimanarina, Ambodimita, Ankazomanga,

Soamanandrariny.

Les prélèvements ont été effectués suivant le calendrier préétabli à raison de 15 prélèvements

par semaine. Trois types de viande ont été prélevés à savoir, viande de bœuf, viande de porc et

de viande de poulet. Les viandes ont été stockées dans des sachets stériles et soigneusement

ficelées pour éviter la pénétration des germes contaminants.

Le transport des prélèvements a été fait dans une glacière contenant des plaques eutectiques de

+4°C jusqu’au laboratoire (cf. ANNEXE I : les matériels de laboratoire). Les échantillons ont

été rapidement transportés. L’analyse des prélèvements a été immédiatement entamée dès

l’arrivée au laboratoire.

II.2.2. Tests biologiques et identification

La recherche de salmonelles dans les viandes suit la norme internationale ISO 6579 qui

préconise quatre étapes réparties en cinq jours.

31

1. Premier jour ou J1 : Pré-enrichissement non sélectif

Après avoir pesé exactement 25 grammes d’un échantillon de viande à l’aide de la balance de

précision, on le découpe en petits morceaux à l’aide de ciseaux et de pince préalablement

stérilisés. Ensuite les fragments de viande sont mis dans un flacon de 250ml puis 225ml d’EPT

ont été ajoutés. Après avoir agité 5 fois le flacon, on le porte dans une étuve à 37°C pour une

incubation pendant 18 à 20 heures.

Figure 8. Pré-enrichissement non sélectif

Source : photo de l’auteur

Figure 9. Incubation dans l'étuve


2. J2 : Enrichissement sélectif

o Sur MUELLER KAUFMANN (MKTTn)

1ml de pré-enrichissement sur EPT a été transféré dans 10ml de MKTTn en tubes. Une

incubation à 37°C pendant 24 heures dans l’étuve est nécessaire.

32

Figure 10. Enrichissement sélectif sur MKTTn


o Sur RAPPAPORT VASSILIADIS (RVS).

1ml de pré-enrichissement sur EPT a été exactement prélevé et on le transfère dans 10ml de

bouillon RVS prêt à l’emploi. Une incubation de 41,5°C à l’étuve pendant 24 heures est

nécessaire.

Figure 11. Enrichissement sélectif sur RVS


Les manipulations pour cet enrichissement sur milieux liquides (MKTTn et RVS) se font en

présence de nombreux micro-organismes. De ce fait, les traitements se font impérativement

sous hotte PSM.

33

Figure 12. Enrichissement sélectif, manipulation sous hotte PSM


3. J3 : Isolement sélectif

o A partir de MKTTn

A l’aide des écouvillons, les milieux gélosés SS et XLD ont été ensemencés en parallèle.

Ensuite, une incubation de 37°C à l’étuve pendant 24 heures est nécessaire.

o A partir de RVS

Un ensemencement en parallèle des milieux SS et XLD a été effectué à l’aide des écouvillons.

Ensuite, les milieux gélosés sont incubés dans une étuve à 37°C pendant 24 heures.

Figure 13. Isolement des colonies typiques de Salmonella


a. Prélèvement à partir

de l’enrichissement b. Ensemencement sur milieux

gélosés

34

4. J4 : examen des boites et repiquage

Après avoir repéré les colonies typiques de Salmonella, une colonie isolée a été prélevée et

ensemencée sur les milieux SS et XLD afin d’avoir des cultures pures.

5. J5 : confirmation (identification biochimique)

Pour effectuer les tests biochimiques d’identification de Salmonella, trois milieux

caractéristiques ont été utilisés :

o Milieu de Kligler-Hajna

Ce milieu permet de vérifier la fermentation du lactose et du glucose, la production de H2S ainsi

que le dégagement gazeux. Le milieu est conditionné en tube avec une pente et un culot.

Ensemencement

La pente est abondamment ensemencée par stries serrées ou par inondation et le culot par simple

piqûre à l’ide de la même pipette ou d’un fil droit. Le milieu est incubé 18 heures à 37°C en

prenant bien le soin de dévisser partiellement la capsule afin de permettre les échanges gazeux.

Figure 14. Ensemencement sur milieu Kligler- Hajna


35

Lecture

Fermentation du lactose : trace rouge : lactose (-)

trace jaune : lactose (+)

Fermentation du glucose : culot rouge : glucose (-)

culot jaune : glucose (+)

La production de H2S sera visualisée par l’apparition de précipité noir de sulfure de fer et la

production de gaz sera mise en évidence par des bulles dans la gélose ou un décollement de

celui-ci.

o Utilisation de Citrate (Milieu de Simmons)

Le milieu est conditionné en tube avec une pente.

Ensemencement

L’ensemencement se fait en surface par stries centrale et longitudinale. Une incubation de 30 à

37°C pendant 24 heures est nécessaire.

Figure 15. Ensemencement sur Milieu de Simmons


36

Lecture

Les bactéries « citrates positives » bleuissent le milieu en donnant une culture souvent

abondante. En revanche, les bactéries « citrates négatives » ne donnent ni culture, ni

bleuissement du milieu.

o Le milieu Urée-indole

Ensemencement

Après avoir distribué stérilement 0,25 à 0,50ml de milieu Urée-Indole dans des tubes à

hémolyse, ce dernier est abondamment ensemencé à partir de culture pure prélevée sur milieu

gélosé. Une incubation à l’étuve ou dans un bain marie à 37°C pendant 24 heures est nécessaire.

Lecture

Recherche de l’uréase :

- Pour les bactéries à uréase positive, le milieu devient alcalin par formation de carbonate

d’ammonium et vire en rouge violacé.

- Par contre, la couleur du milieu reste inchangée s’il n’y a pas d’uréase.

Recherche de la production d’indole :

Après 24 heures d’incubation, 4 à 5 gouttes de réactifs de Kovacs ont été versées dans le tube

de milieu Urée-indole ensemencé. La présence d’indole est relevée par l’apparition d’une

coloration rouge à la partie supérieure du milieu.

La composition et la préparation de ces différents milieux seront détaillées dans l’annexe III.

Recherche de la ß galactosidase

Les entérobactéries acidifiant le lactose doivent posséder 2 enzymes : une ß galactosidase

perméase nécessaire à la pénétration du lactose à l’intérieure de la bactérie et une ß

galactosidase, permettant de scinder la molécule de lactose. En absence de la première enzyme,

une entérobactérie ß galactosidase (+) ne pourra exprimer son caractère lactose (+). Pour la

mise en évidence de la ß galactosidase, deux techniques peuvent être utilisées : celle de Le

Minor et Ben Hamida ainsi que celle de Lowe qui utilisent comme substrat l’ortho-nitrophényl-

bêta-D galactopyranoside ou ONPG. Les disques d’ONPG permettent d’effectuer aisément

cette réaction.

37

Figure 16. Disque ONPG


Ensemencement

Une suspension dense de bactérie a été préparée à partir d’une culture pure sur milieu gélosé

dans 0,5ml d’eau distillée stérile contenue dans un tube à hémolyse. Après, un disque ONPG a

été mis dans le tube et ce dernier est placé dans un bain-marie à 37°C pendant 30 minutes.

Lecture

Une réaction positive se manifeste par l’apparition d’une coloration jaune due à la libération de

nitrophénol. La coloration apparait généralement entre 15 et 30 minutes. Cette coloration se

traduit par l’hydrolyse de l’ONPG (ONPG [+]).

Une fois les tests biochimiques effectués, l’identification de la bactérie sera réalisée à l’aide

d’une galerie classique (cf. ANNEXE II: Gallérie classique pour l’identification et la

confirmation des tests biochimiques pour les salmonelles) permettant de confirmer la nature du

micro-organisme.

Les différentes étapes à suivre pour la recherche des salmonelles dans les viandes sont résumées

dans l’annexe IV.

Disque ONPG

38

II.2.3. Méthode de traitements des données

Les variables étudiés,

variables indépendantes

Les variables indépendantes n’influencent pas directement la possibilité de contaminations des

échantillons. Parmi ces variables sont impliqués les types de gargotes, les quartiers de

prélèvement ainsi que la race ou le type de viande.

variables dépendantes

Certaines variables ont un rapport direct avec la contamination des échantillons. Parmi

lesquelles on peut citer d’une part, la nature du menu en ce qui concerne les plats cuits, et

d’autre part les moyens de conservations des viandes, la tenue du boucher, les propriétés des

matériels de nettoyage de l’étal, du couteau ainsi que du bois qui sert à couper les viandes.

Méthode de collecte des données

On a utilisé les ressources disponibles au sein du LNDV.

Méthode de traitement des données

Le logiciel Microsoft office 2013 a été utilisé. La saisie a été faite à partir de Microsoft Word

2013 et le traitement des données chiffrées a été effectué à l’aide d’Excel 2013.

TROISIEME

PARTIE :

RESULTATS

ET

DISCUSSIONS

39

III. Résultats et discussions

III.1. Résultats de l’identification bactérienne

III.1.1. Résultats des cultures sur milieux liquides

En milieux liquides, les entérobactéries provoquent le trouble du bouillon. C’est constaté ici

pour le cas du milieu RVS et du milieu MKTTn.

Figure 17. Résultats des cultures sur milieux RVS


Figure 18. Résultats des cultures sur MKTTn


Bouillon troublé

40

III.1.2. Résultat des cultures sur milieux gélosés

Lors de l’isolement, les colonies mesurent en général 1,5 à 3 mm après 24 heures à 37°C, et

sont de type S.

Dans le milieu SS, des colonies transparentes à incolores avec un centre noir ont été observées

(Figure 19), et des colonies rouges avec centre noir dans le milieu XLD (Figure 20).

Figure 19. Résultats des cultures sur milieu SS

Figure 20. Résultats des cultures sur milieu XLD


Les résultats des cultures après repiquage pour obtenir des cultures pures montrent ces mêmes

aspects homogènes.

Colonie à centre noir

Couleur transparente


Couleur rouge

41

Figure 21. Culture pure sur milieux SS

Figure 22. Culture pure sur milieux XLD


III.1.3. Identification individualisée : tests biochimiques

o Résultat des tests sur Milieu de Kligler-Hajna

Les résultats des tests ont montrés :

- Une fermentation du lactose négative témoignée par des traces rouges à l’extrémité de

la pente.

- Une fermentation du glucose montrée par un culot jaune.

- Une activité H2S positive montrée par l’apparition de traces noires.

- Ainsi que la production de gaz témoignée par le décollement du milieu.



42

Figure 23. Résultats des tests sur le Milieu Kligler-Hajna


o Résultat du test sur le milieu de Simmons : utilisation de Citrate

Le virage de la couleur du milieu en bleue témoigne une activité citrate positive.

Figure 24. Résultat du test sur le milieu de Simmons


o Résultats des tests sur le milieu Urée-indole

Recherche de l’uréase :

La couleur du milieu inchangée témoigne une uréase négative.

Traces rouges

Cavité

Traces noires

Culot jaune

Virage en bleue

43

Recherche de la production d’indole :

Le résultat du test ne montre pas la présence d’anneau rouge à la surface du tube. Ce qui signifie

que la bactérie ne produit pas d’indole.

Recherche de la ß-galactosidase : résultats du test à l’ONPG (Orthonitrophényl ß-D-

galactopyranoside)

Une apparition de coloration jaune montre une activité ONPG (+). Dans notre cas, l’absence de

coloration jaune indique que la bactérie ne dégrade pas l’ONPG.

III.2. Contamination des viandes sur étals et des plats cuits

III.2.1. Prévalence de la contamination des viandes

Les estimations des contaminations des viandes vendues sur étals ainsi que des plats cuits sont

données par les figures suivantes

Cas des viandes sur étals

Figure 25. Résultats des analyses microbiologiques et prévalence de contamination des

viandes sur étals

Sur la base des 198 échantillons de viande non cuite analysée en laboratoire, 35% d’entre elles

(c'est-à-dire 70 échantillons) ont été jugé contaminées par les salmonelles.

35%

65%

Positif Négatif

44

Cas des plats cuits

o Pour la saison humide

La prévalence de cas de plat cuit contaminé sur les 150 échantillons analysés a révélé que

seulement 4% ont été contaminés par les salmonelles pendant la saison humide de cette étude

(Figure 26).

Figure 26. Résultats des analyses microbiologiques et prévalence de la contamination des

plats cuits (saison humide)

o Pour la saison sèche

Le résultat des analyses microbiologiques sur tous les plats analysés (150 échantillons) est

représenté sur la figure 27 suivante :

Figure 27. Résultats des analyses microbiologiques et prévalence de la contamination

des plats cuits (saison sèche)

D’après cette figure, 1% (2 échantillons parmi les 150 analysés) de tous les échantillons ont

été testés positifs. Le reste, 99% est sans danger.

4%

96%

positifs négatifs

1%

99%

positif négatif

45

III.2.2. Facteurs de risque associés à la contamination des viandes sur étals

L’analyse des viandes vendues sur étals a été faite à partir de 198 échantillons au total.

Les facteurs de contamination des viandes sur étals peuvent dépendre sur plusieurs paramètres.

Parmi ces paramètres, prenons les cas suivant : la propreté des matériels de nettoyages de l’étal,

la propreté des couteaux ainsi que du bois qui sert à couper les viandes, les matériaux de

boucherie incluant le type de conservation, et enfin la tenue du boucher.

Concernant les matériels de nettoyage de l’étal

La figure 28 ci-après montre les propretés des matériels utilisés par les bouchers.

Sur les 198 boucheries visitées, seulement 35% (70 établissements) d’entre eux ont révélés des

matériels de nettoyage propre. Les restes, 65%, ont été constatées sales.

Figure 28. Propretés des matériels de nettoyage de l'étal

Concernant la propreté des couteux utilisés

Le tableau IX suivant montre les états des couteux utilisés par les bouchers pour couper les

viandes. 70% des couteux utilisés par les bouchers sont propres et seulement 30% sont sales.

sale 65%

propre35%

sale propre

46

Tableau IX. Propriétés des couteaux

Propretés des couteaux Effectif

Sale 60

Propre 138

Total 198

Concernant le bois qui sert à couper les viandes

Le résumé de l’état des bois qui servent à couper les viandes sont données sur la figure 29

suivante. 62% des établissements visités utilisent du bois sales. Pour les restes (38%), les bois

utilisés pour couper les viandes ont été jugés propres.

Figure 29. Propretés du bois

Concernant les matériaux de boucher et le type de conservation des viandes.

La figure 29 montre les différents types de matériaux de conservation utilisés par les boucheries

ainsi que leurs proportions. Les matériels utilisés par les boucheries sont des congélateurs, des

réfrigérateurs, ou des vitrines pour conserver les viandes. Sur les 198 établissements visités,

149 d’entre eux (75%) ne possèdent pas de matériels à part les couteaux et le bois qui sert à

couper les viandes. Seulement un établissement possède à la fois une vitrine et un congélateur.

sale62%

propre38%

sale propre

47

La nature et la proportion de ces matériaux, utiles dans cette filière de vente de viande crue, a

un impact sur le type de conservation des viandes.

Figure 30. Les matériels de boucheries

Le graphe ci-après montre le type de conservation des viandes. Comme le montre le graphe

(Figure 31) 169 (85%) des bouchers utilisent une réfrigération pour conserver les viandes. Les

restes, 29 (15%), n’utilisent aucune chaine du froid.

Figure 31. Type de conservation des viandes

Concernant la tenue des bouchers.

La tenue adéquate pour un boucher lors de l’exécution de ce métier est souvent représentée par

une blouse et un callot. La proportion des vendeurs qui portent des tenues est donnée par le

graphe suivant (Figure 32).

39

81 1

149

0

20

40

60

80

100

120

140

160

congélateur réfrigérateur vitrine vitrine etcongélateur

rien

29

169

0

20

40

60

80

100

120

140

160

180

Température ambiante sous froide

48

Figure 32. Proportion des vendeurs portant une tenue adéquate.

Comme l’indique le graphe ci-dessus (Figure 32), 80% des bouchers portent des blouses lors

de leurs travails. Les restes portent une tenue ordinaire et aucun d’eux ne porte un callot. Les

constatations sur la propreté des vêtements ou des blouses portés par les vendeurs sont

données par la figure ci-après (Figure 33).

Figure 33. Propreté des tenues des bouchers.

68% des bouchers ont été jugés pour porter des tenues ou vêtements sales et seulement 32%

seulement portent des tenues propres.

Cas de la contamination par Fokontany

Dans le graphe ci-après (Figure 34), les Fokontany sont groupés selon leur arrondissement.

Pour chaque arrondissement, le nombre d’échantillons contaminés jugés positifs aux tests ainsi

que les échantillons jugés négatifs sont comparés au nombre total de prélèvements effectués.

39

0

159

0

20

40

60

80

100

120

140

160

180

Aucune Callot Blouse

propre32%

sale68%

propre sale

49

Figure 34. Prévalence des plats infectés par fokontany

Légende :

Arrondissement I : 67Ha Nord-oeust, Andohatapenaka I et II, Antanimalalaka-Analakely,

Cité Ambodinisotry.

Arrondissement II : Ambolokandrina, Ankadindratombo, Ankazotokana

Arrondissement III : Ampahibe, Andravoahangy Est, Andravoahangy Tsena, Besrety,

Faravohitra Mandrosoa.

Arrondissement IV: Anosibe adrefana, Antsinanantsena, Oest Mananjary.

Arrondissement V: Ambatokaranana, Ambatomainty, Analamahintsy Tanana, Anjanahary,

Manjakaray.

Arrondissement VI: Soamanandrariny.

Antsimondrano: Andoharanofotsy,Tanjombato Iraitsimivaky, Antandrokomby,

Andranonahoatra, Anosimasina, Bemasoandro.

Avaradrano : Ankadikely.

Sur les 52 échantillons collectés dans le premier arrondissement, 23 se sont révélés positifs aux

tests bactériologiques. 11 échantillons ont été récoltés dans le 2ème arrondissement dont 5 parmi

23

5 9 11 91

111

29

6

26 25 19

1

20

2

52

11

35 3628

2

31

3

198

0

20

40

60

80

100

120

140

160

180

200

positif négatif Nbr Total de prélèvement

50

eux sont contaminés. Par ailleurs, 9 échantillons parmi les 35 collectés dans le 3ème

arrondissement ont été jugés positifs. Pour le cas du 4ème arrondissement, 11 échantillons parmi

les 36 récoltés ont été contaminé par les salmonelles. Pour le 5ème arrondissement, 9 échantillons

sur 28 ont été contaminés ; et enfin pour le 6ème arrondissement, 2 échantillons seulement ont

été récoltés dont un échantillon a été jugé testé positif.

Entre autre, des échantillons de viandes provenant des quartiers hors de la ville ont été récoltés.

Parmi lesquels, on compte 31 échantillons récoltés dans la commune Antananarivo

Atsimondrano dont 11 d’entre eux sont contaminés. De plus, 3 échantillons ont été récoltés

dans la commune Antananarivo Avaradrano dont 1 a été jugé positif aux tests.

III.2.3. Facteurs de risque associés à la contamination des plats cuits

a. Cas de contamination en salmonelle des plats cuits : saison humide

Concernant le type de gargote

La figure 35 ci-après montre la proportion des différents types de gargotes inclus dans l’étude.

Figure 35. Les types de gargote et leurs proportions (saison humide)

Les prélèvements ont été faits à partir de différents types de gargotes sélectionnées. Au total,

71 gargotes réparties à travers les quartiers de la ville ont été choisies. Comme le montre la

figure ci-dessus, 55% (correspondant à 42 gargotes) des gargotes sont de type indépendantes,

29 sont de type familiale (38%) et seulement 5 appartiennent à des sociétés (7%).

familiale 38%

indépendante

55%

société7%

familiale indépendante société

51

Concernant le type de viande.

Comme le tableau X ci-après l’indique, seulement 7 (5%) des gargotes servent du « poulet

gasy » dans leurs menus. Les restes, 143 (95%), par contre utilisent la viande de poulet de chair.

Tableau X. Les types de viandes et leurs proportions (saison humide et sèche)

Type de viande Nombre

Poulet gasy 7

Poulet de chair 143

Total 150

Concernant les quartiers de prélèvement.

Les fokontany appartenant au même arrondissement sont groupés sur la figure suivante avec le

nombre de cas de contaminations positifs par rapport au nombre total de plat analysé pour

chaque arrondissement.

Les prélèvements dans chaque arrondissement ont été faits à partir de quelques fokontany. Ici,

les prélèvements effectués au sein des quartiers du fokontany 67Ha sont représentés séparément

des autres fokontany appartenant au premier arrondissement (c'est-à-dire le premier

arrondissement).

52

Figure 36. Prévalence des plats infectés par fokontany (saison humide)

Dans le premier arrondissement, seul un cas sur trente s’est révélé positif au test. C’est aussi le

cas pour le sixième arrondissement en opposition au quatrième arrondissement qui n’a révélé

aucun plat contaminé parmi les trente échantillons analysés. Par contre, quatre plats sur trente

sont contaminés dans le troisième arrondissement.

Concernant les différents types de menus servis dans les gargotes.

Les différents menus de plat à base de viande dans les différents quartiers peuvent être groupés

globalement en 17 menus (Figure 37)

30

30

30

30

30

0

0

1

4

1

0 5 10 15 20 25 30 35

67 Ha

Mahamasina - Anosy -Andrefanombohijanahary

Andranomena -Ambohimanarina -Ambodimita - Ankazomanga

Ambodivona - Andravoahangy -Ankadifotsy - Antanimena

Analakely - Ambodifilao - Tsaralalana -Antsahavola

positifs nombre de prélèvement

53


(saison humide)

Parmi les menus incriminés, la viande avec la sauce tomate présente la plus grande proportion

de plat contaminé à raison de 3 plats parmi tous les échantillons analysés. Le bouillon et la

viande à la pomme frite ainsi que des viandes aux légumes ont été contaminés à raison de 1 plat

parmi tous les échantillons analysés.

La prévalence de cas de plat cuit contaminé sur les 150 échantillons analysés a révélé que

seulement 4% ont été contaminés par les salmonelles pendant la saison humide de cette étude

(Figure 26).

b. Cas de contamination en salmonelle des plats cuits : saison sèche

Concernant les types de gargotes

Les répartitions de type de gargote sont données par la figure 38 suivante :

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00 0

1

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

3

0 0 0 0

1

0 0 0 0 0 0 0 0 00

1

0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00

1

2

3

4

4ème arrondissement Positif 6ème arrondissement Positif

3ème arrondissement Positif 1ère arrondissement Positif

54

Figure 38. Les types de gargote et leurs proportions (saison sèche)

Parmi les 138 gargotes visités, 81(59%) gargotes sont de type indépendant, 49 sont de type

familial (35%) et 8 appartiennent à des sociétés (6%).

Concernant le type de viande

Les résultats ici sont les mêmes que pour la saison humide. C'est-à-dire, 95% des gargotes parmi

les 138 utilisent le poulet de chair. Le reste 5%, servent du « poulet gasy » dans leurs menus.

Concernant les quartiers de prélèvement

Les fokontany représentants chaque arrondissement sont groupés dans le graphe 39 suivant

pour montrer la prévalence de contamination par rapport au nombre total d’échantillon de plats

analysés.

familiale35%

indépendante59%

société6%

55

Figure 39. Prévalence des plats infectés par fokontany (saison sèche)

Seuls le sixième arrondissement et le quatrième arrondissement ont révélé pour chacun un

échantillon contaminé parmi les trente analysés.

Concernant les différents types de menus servis dans les gargotes.

Les différents types de plats analysés peuvent être représentés par 17 menus différents. La

figure 40 ci-après montre la prévalence de contaminations de ces plats.

30

30

30

30

30

0

1

1

0

0

0 5 10 15 20 25 30 35

67 Ha

Mahamasina - Anosy -Andrefanombohijanahary

Andranomena -Ambohimanarina -Ambodimita - Ankazomanga

Ambodivona - Andravoahangy -Ankadifotsy - Antanimena

Analakely - Ambodifilao - Tsaralalana -Antsahavola

Positif Nombre de prélèvement

56


(saison sèche)

2 cas ont été trouvés positifs sur les 150 plats analysés, un plat de poulet grillé (cas prélevé dans

le 4ème arrondissement) et un plat de soupe au poulet (prélevé dans le 6ème arrondissement)

0 0 0 0 0

1

0 0 0 0 0 0 0 0 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0

1

0 0 0 0 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00

1

2

3

4ème arrondissement Positif 6ème arrondissement Positif

57

III.3. Discussion

III.3.1. Identification bactérienne

Concernant le protocole adopté pour la recherche des salmonelles

Les étapes à suivre pour la recherche de salmonelle dans notre cas suit la norme ISO 6579.

Cette norme impose plusieurs étapes consécutives concernant le traitement des échantillons.

Ces étapes, étant exposées dans la partie « matériels et méthodes », fait intervenir l’utilisation

de plusieurs milieux de culture de nature différente.

Par ailleurs, dans une étude faite par Christian Stephan SECKE concernant l’étude de la qualité

bactériologique des aliments vendus sur la voie publique de Dakar en 2007, la méthode utilisée

dans la recherche des bactéries suit la norme AFNOR (Association Française de

Normalisation). Cette norme décrit des méthodes horizontales pour les analyses

microbiologiques. Les étapes à suivre dans cette méthode sont presque les mêmes que pour

celles de la norme ISO 6579. Seulement, pour l’enrichissement sélectif, au lieu d’utiliser le

milieu MKTTn, on utilise la solution de Sélénite-Cystine (SC). A part cette remarque, tous les

autres étapes restent les mêmes.

Concernant les étapes à suivre pour les analyses microbiologiques

Les cultures sur les milieux gélosés SS et XLD montrent des colonies à centre noir. Ce dernier

témoigne une production de sulfure d’hydrogène H2S. Cette caractéristique permet aisément

d’identifier et de distinguer les colonies typiques de salmonelle. Les tests sur le milieu de

Kligler-Hajna permettent de mettre en évidence cette production de H2S. La production de H2S

par les microorganismes est mise en évidence par incorporation du fer ou de plomb dans le

milieu. Il se forme un précipité noir de sulfure de fer ou de plomb.

S2+ + 4e- S2-

Le souffre réduit va se combiner avec le fer ferreux Fe2+ selon la réaction :

Fe2+ + S2- Fe S (précipité de sulfure de fer)

58

L’ion Fe2+ vient du sulfate de fer contenu dans le milieu de culture :

SO4Fe SO42- + Fe2+

Par ailleurs l’utilisation du citrate, mise en évidence par le test sur le milieu de Simmons,

comme seule source de carbone par les bactéries, se traduit par une alcalinisation du milieu

(virage au bleu). Nous avons la réaction suivante

Citrate + 3(H2O) Acide citrique + 3OH

Concernant la recherche de l’’uréase sur le milieu Urée-indole, toutes les bactéries sont capables

d’hydrolyser l’urée selon la réaction :

Seule une uréase très active aboutit finalement à la réaction :

COOH-NH2 CO2 + NH3

CO2 + NH3 se combinent et donnent du Carbonate d’ammonium :

CO2 + 2(NH3) + H2O CO32-

+ (NH4+) 2

Le carbonate d’ammonium formé alcalinise le milieu, ce qui traduit le virage de l’indicateur

coloré de l’orange au rose framboise ou dès fois au rouge violacé.

En ce qui concerne la production d’indole, certaines bactéries dégradent le tryptophane grâce à

une tryptophanase. Il se forme de l’indole, de l’acide pyruvique et de l’ammoniac. L’indole est

apolaire et réagit fortement avec le para-diméthyl-aminobenzaldéhyde (contenus dans le réactif

de Kovacs) en milieu acide et donne un anneau rouge qui remonte en surface.

59

Concernant la recherche de la ß-galactosidase, le terme ONPG hydrolase est plus approprié que

celui de ß-galactosidase dans la mesure où il précise que le substrat utilisé est l’ONPG et non

le lactose. En effet, il existe des germes qui reconnaissent l’ONPG du côté nitro-2- phénol et

non celui du ß-galactoside. Ces germes ont donc une activité ONPG hydrolase tout en ne

fermentant pas les lactoses.

Le test à l’ONPG est une technique basée sur l’action directe de l’enzyme sur une molécule

chromogène pouvant être l’ortho-nitrophényl-ß-D-galactopyranoside ou le 2-naphtol-ß-D-

galactopyranoside.

Ces molécules sont utilisées comme substrat et libèrent respectivement l’ortho-nitrophénol (de

couleur jaune) et le ß -naphtol.

La recherche de ß galactosidase permet de dépister rapidement les germes qui fermentent

lentement le lactose. Elle est très utile pour la différenciation des Salmonella et des Arizona,

ainsi que pour l’identification des coliformes lactoses lents (Nitrobacter, Enterobacter, E. coli).

III.3.2. Comparaison de la contamination des plats cuits et des viandes sur étals

Cas des viandes sur étals

Concernant le cas des viandes sur étals, 35% des échantillons récoltés et analysés ont été

contaminés par les salmonelles. Dans notre cas, la majorité des matériels en contact des viandes

lors des manipulations effectués par les bouchers ont été jugés sales. Parmi lesquels figurent les

matériels de nettoyage, les bois ainsi que la tenue portée par les bouchers. Cette situation

pourrait expliquer la contamination des viandes vendues sur étals.

60

En effet, l’étude faite par Christian Stephan SECKE, concernant l’analyse des aliments vendus

dans les rues de Dakar, montre que l’insuffisance d’hygiène dans le nettoyage des matières

premières et des ustensiles de cuisine est parmi les facteurs qui augmentent le risque de

contamination des aliments par les microorganismes (SECKE, 2007 ).

Entre autre, les matériels de boucherie tels les réfrigérateurs et les vitrines font défauts chez les

vendeurs. Seulement 20% des boucheries possèdent des congélateurs pour conserver les

viandes. Par ailleurs, 85% de tous les bouchers ont affirmés que la conservation des viandes est

sous froide. Ceci induit à un certain paradoxe vu les proportions et la nature des matériels de

boucherie utilisés par les vendeurs. En effet, 169 établissement parmi les 198 ont répondu avoir

recourt à la conservation par le froid pour préserver les restes des viandes alors que les matériels

qui permettent ce type de conservation font défauts au sein de leurs institutions. Ceci implique

un transport des viandes vers d’autres endroits qui peut présenter une augmentation potentielle

des sources de contamination.

En effet, une étude faite par RAKOTONJANAHARY Todisoa Benjamin en 2015, sur l’analyse

microbiologique des fromages, souligne que la mauvaise désinfection des matériels de traites,

du transport et lors de la réception du lait ainsi que le non-respect des normes d’hygiène

pourraient expliquer la contamination du lait et des fromages par les bactéries

(RAKOTONJANAHARY, 2015).

Dans l’étude faite par Christian Stephan SECKE, l’auteur souligne que si l'on suit la filière

partant des matières premières jusqu'aux produits finis, le problème du respect strict des règles

d'hygiène, ainsi que les contraintes liées à la conservation des aliments résident. Cette étude

montre que l'exposition des aliments à la température ambiante favorise la prolifération des

germes à l'origine de l'altération et des risques d'intoxication alimentaire.

En effet, Christian Stephan SECKE affirme dans son étude que les méthodes de conservation

des aliments visent à éliminer complètement les microorganismes pathogènes et d'altération,

dans le but d'empêcher leur prolifération. Et de nos jours, la réfrigération (5°C) et la surgélation

(-18°C) constituent les méthodes de conservation des aliments, car elles permettent une

conservation de plus longue durée en inhibant le développement des microorganismes.

61

Cas des plats cuits

Les résultats obtenus à partir des études sur les plats cuits à base de viande sont quasi les mêmes

pour la saison sèche et la saison humide. Sur les 150 échantillons de plats cuits analysés au

laboratoire pour chaque saison de 2014, les prévalences de contamination sont respectivement

de 4% et de 1% pour la saison humide et la saison sèche.

Dans notre cas, les résultats obtenus pour les deux saisons ont montré que la majorité des

gargotes à partir desquels ont été faits les prélèvements sont des institutions indépendantes

correspondant pour la plupart à des constructions simples, c'est-à-dire pas d’infrastructure

perfectionné. Et par ailleurs concernant la distribution des contaminations par quartier, celles-

ci semble être distribué aléatoirement à travers la ville.

Concernant la nature du menu, pour la saison humide la viande servie avec sauce tomate

présente la plus grande proportion parmi les plats contaminés. En effet pour les deux saisons,

les plats contaminés sont surtout les plats à base de viande servis avec d’autres additifs comme

les légumes. Ceci est le cas de la soupe, du bouillon, des frites au pomme frite et ainsi que des

viandes au légume. Un seul cas parmi les plats infectés est une exception : le cas d’un plat de

poulet grillé durant la saison sèche. Selon ces résultats, la nature des menus pourraient être

impliqué dans la contamination des plats car ces différents menus nécessitent une préparation

préalable lors de la cuisson. Et en plus, les autres composants du menu à part la viande peuvent

être éventuellement source de salmonelles.

Enfin, la constatation générale des résultats quant à la race de volaille utilisée par les boucher

permettent de dire que la majorité des viandes de volailles vendues sont des poulets de chair.

En 2012, une étude regroupant la Direction des Services Vétérinaires de Madagascar, le

CIRAD, la Faculté de médecine et le Centre d'Infectiologie Charles Mérieux (CICM)

d'Antananarivo a tenté d'évaluer la séroprévalence de Salmonella sp dans les plats préparés à

base de porc dans les restaurants de rue de la capitale ainsi que de caractériser les facteurs de

risques majeurs à l’origine de toxi-infections alimentaires chez les consommateurs. Les

résultats de cette étude ont montré que sur 178 plats analysés, 9 étaient contaminés par des

salmonelles. Sur ce, l'analyse globale des pratiques des gargotiers enquêtés a montré que ces

derniers présentaient des lacunes concernant les bonnes pratiques d'hygiène à appliquer dans

leur secteur d'activité. Et par ailleurs, l'analyse des facteurs de risque réalisée a révélé que, dans

le contexte de l'étude, l'utilisation des nappes sales et une température de service des plats

62

inférieure à 52°C étaient fortement associées à l'augmentation du risque de contamination des

plats par Salmonella. A l'inverse, la situation géographique du quartier de l'établissement

enquêté, le type de construction, le port d'habits spécifiques par les propriétaires et de couvre-

chef intégral par le personnel semblent associé à une diminution des risques de contamination

des plats par les salmonelles. Les plats semblent ainsi moins contaminés dans les quartiers sud

d'Antananarivo, ainsi que dans les restaurants construits en dur et non pas simplement en pleine

rue, ou encore lorsque le personnel porte des vêtements propres et un couvre-chef (CEDRIC

et al., 2012).

Entre autre, des études ont montrées que certains aliments semblent être plus vulnérables à la

contamination par les micro-organismes, à savoir les œufs (surtout les mayonnaises), le lait et

les produits laitiers….

QUATRIEME

PARTIE :

SUGGESTIONS ET

INTERETS

PEDAGOGIQUES

63

IV. Suggestions et intérêts pédagogiques

Les études faites dans ce travail permet de dégager différents intérêts, à la fois pour la vie

quotidienne ainsi que dans le domaine de l’enseignement. En effet, les études des différents

processus qui peuvent conduire à la contamination des aliments et provoquant ainsi une maladie

ont permis de dégager quelques suggestions qui s’avèrent très utiles pour lutter contre les TIAC

et/ou les intoxications alimentaires. Par ailleurs, les concepts généraux évoqués dans ce présent

travail peuvent être utilisé pour illustrer les connaissances dans le domaine de l’enseignement.

IV.1. suggestions

Face aux différents paramètres qui peuvent induire à une contamination des aliments à base de

viande et ainsi présentant un potentiel risque de maladie gastro-entérique, des mesures de

prévention peuvent être adopté par les vendeurs ou même les foyers :

Premièrement, le respect des mesures d’hygiène est absolument indispensable lors des

manipulations des aliments. Le lavage des mains avant toutes manipulations s’avère prioritaire.

En second lieu, concernant les restaurations collectives, plusieurs points peuvent être soulevés

pour garder les aliments en bon état. Le respect des bonnes pratiques de transport, stockage et

préparation des aliments doivent être prioritaire. En plus de tous cela, il ne faut jamais oublier

le respect des mesures d’hygiène. Par ailleurs, en ce qui concerne la conservation des restes

d’aliments, le respect strict de la chaîne du froid et du chaud doit être bien considéré.

Finalement, en restauration familiale, la conservation par le froid (à +4°C) des restes des repas

des 72 dernières heures doit être respecté. Les viandes hachées, ainsi que les viandes de volaille

doivent être bien cuites.

Dans tous les cas, les besoins en matière de sensibilisation et d’éducation des consommateurs

et de tous les opérateurs du secteur de l’agro-alimentaire doivent être bien considérés et

appliqués. Dans ceci s’inscrit les notions de base sur la qualité sanitaire des produits, ainsi que

des bonnes pratiques d’hygiène qui figure dans « les 5 clés des aliments plus sûrs » élaboré par

l’OMS (cf. ANNEXE V).

IV.2. Intérêts pédagogiques

Figurant parmi les grandes écoles de l’université d’Antananarivo, l’ENS est l’une des rares

institutions qui prépare les étudiants à devenir enseignant, en incluant dans leurs cursus

64

universitaire une formation spécialisée en didactique de l’enseignement. Sur ce, le présent

mémoire est un outil qui peut servir de support didactique dans l’élaboration des cours d’une

part, ainsi que dans l’illustration des connaissances théoriques des élèves d’autre part.

Ainsi par exemple, dans le cadre du niveau secondaire ce document peut illustrer les

enseignants dans l’élaboration des cours, notamment :

- Pour la classe de 4ème : ce document peut servir de document de base pour l’illustration

des cours concernant le chapitre « Les fonctions de nutrition chez l’homme ». Plus

précisément dans le sous-chapitre « La digestion », dans la partie « hygiène

alimentaire ».

- Pour la classe de 3ème : ce document peut servir à concrétiser les cours dans le chapitre

« Les microbes et l’homme ». Plus précisément dans le sous-chapitre « La biologie des

microbes ». Ce document peut aider l’enseignant à fournir plus d’informations ainsi que

de concrétisation dans les parties « la biologie des microbes » qui parle à propos de la

définition d’un microbe, de sa structure ainsi que des infections microbiennes et des

différentes étapes de ces infections.

- Pour la classe de Seconde, les informations dans ce présent livre peut aider à

l’élaboration des cours concernant, d’une part la biologie sur la partie «étude

morphologique et structure de la cellule », et d’autre part l’écologie sur la partie « les

êtres vivants et leurs milieux » parlant de la classification des êtres vivants ainsi que des

interactions entre eux.

Ce présent livre peut aider les enseignants dans le renforcement de leurs capacités dans le

domaine de la recherche en fournissant des informations sur les travaux en laboratoire, et ainsi

peut plaider à une augmentation de la qualité des travaux pratiques dans les établissements

scolaires. A part les enseignants, ce mémoire peut servir aussi de document de référence pour

les étudiants en suscitant :

- la curiosité des élèves dans les démarches expérimentales en laboratoire.

- les élèves à respecter les mesures d’hygiène dans leurs vies quotidiennes.

Par ailleurs, ce manuel présente les mesures de précautions pour éviter la contamination des

aliments par les microbes. Rédigé par l’OMS, des pratiques simples et efficaces admis au niveau

international permettent d’assurer l’état qualitatif des aliments sont proposés.

65

Pour les universitaires, ce présent mémoire peut servir de source de documentation :

- Pour la 2ème année, les formules chimiques représentées dans ce mémoire pourraient

servir dans les cours de biochimie structurale.

- Pour la 3ème année, les informations dans ce livre pourraient aider les élèves dans les

cours de biochimie métabolique.

- Pour la classe de 4ème année, ceci peut servir de document de base et d’illustration pour

les cours de Microbiologie.

Dans le cadre formel de l’éducation, un des objectifs de l’enseignement des Sciences Naturelles

dans les collèges est de mettre en évidence les liens existants entre les facteurs biotiques. Pour

la classe de troisième (niveau secondaire), un des objectifs de l’enseignement de la SVT c’est

qu’à la fin de l’année scolaire, l’élève doit être capable de comprendre le mode de vie des

microbes et ses conséquences sur l’homme.

Voici donc la proposition de quelques contenus supplémentaires à insérer dans la fiche

pédagogique pour la classe de troisième afin d’aider les enseignant dans l’élaboration et

l’illustration des cours ; suivie d’un programme de travaux dirigés et d’une fiche pour la

réalisation de travaux pratiques concernant le thème.

Pour terminer, un petit exercice sera proposé pour vérifier la connaissance et la compétence des

élèves ainsi que pour mettre au point les rattrapages si cela nécessaires.

66

FICHE PEDAGOGIQUE

Classe : 3ème

Matière : Science de la Vie et de la Terre.

Thème : Biologie

Chapitre : Les microbes et l’homme

Leçon : La biologie des microbes

Objectif général : l’élève doit être capable de réaliser que les microbes sont des êtres vivants

qui peuvent servir à l’homme mais contre quoi l’homme doit se prémunir.

Objectif

spécifique

Contenus Observation

La biologie des microbes

Situation : De nombreux évènements

dans l’actualité, tels que :

Les sensibilisations en faveur de la lutte

contre le SIDA.

Les pics de grippe, de gastroentérite ou

de bronchiolite observés chaque hiver.

La recrudescence de la tuberculose, ou

les cas de méningite, légionellose,

salmonellose.

Problématique : Comment l’homme peut-

il limiter les risques liés aux infections

microbiennes ?

Investigation :

A partir de l’analyse

des situations

constatées dans la

vie courante, amener

les élèves à réfléchir

sur la relation entre

les microbes et

l’Homme en se

basant sur leurs

connaissances

générales.

67

Définir un

microbe

Énoncer les

caractères

distinctifs des

microbes

Classer les

microbes après

les avoir

caractérisés

il faut connaître les différents micro-

organismes

comprendre comment ils pénètrent dans

notre organisme

savoir ce qu’ils deviennent une fois à

l’intérieur de notre corps

trouver des moyens pour empêcher cette

pénétration des microbes ou pour limiter

leur développement.

Sous problème : Qu’appelle-t-on les

micro-organismes ?

I) Diversité des micro-organismes

La Définition d’un microbe

Un micro-organisme est un être vivant

microscopique. Il peut être inoffensif pour

l’Homme voir utile, ou au contraire

provoquer des maladies (pathogène)

les différents types de micro-

organismes

les champignons (Pénicillium)

les virus (virus de la grippe)

les bactéries (streptocoques lactiques et

bacilles lactiques). Les streptocoques et

les staphylocoques sont des bactéries

rondes et les bacilles sont des bactéries

en bâtonnet (exemple les salmonelles).

Les protozoaires ou animaux

unicellulaires

Sous problème : comment pénètrent-ils

dans l’organisme ?

Commenter avec les

élèves la nécessité

d’utiliser un

microscope pour

étudier un microbe

Établir avec les

élèves un tableau de

classification des

microbes en algues

unicellulaires,

protozoaires,

champignons

microscopiques,

bactéries et virus

68

Caractériser et

définir les étapes

d’une infection

microbienne

II) Pénétration des micro-organismes

dans l’organisme

les infections microbiennes

La peau et les muqueuses constituent des

barrières naturelles aux micro-organismes.

Leur action peut être:

- mécanique : nombreuses couches de

cellules infranchissables, mucus qui piège

les microbes;

- et/ou chimique (HCl dans l'estomac,

acides sur la peau...).

A ces barrières il faut rajouter la présence

des bactéries déjà présentes dans notre

corps (flore intestinale qui nous protège de

l'installation d'autres bactéries.

On dit qu'il y a contamination quand l'une

des barrières est franchie (blessure, piqûre,

irritation...)

Sous problème : que deviennent les

microbes une fois dans l’organisme ?

69

Caractériser et


d’une infection

microbienne

III) La prolifération des micro-

organismes dans l’organisme

les étapes de l’infection microbienne

Lorsque les micro-organismes pénètrent à

l’intérieur de notre corps, ils y trouvent des

conditions favorables à leur développement

(bonne température, humidité,

alimentation…).

Pour les bactéries : une fois installées dans

l’organisme, les bactéries vont pouvoir

exercer leur action pathogène et provoquer

une infection.

Chez les bactéries, on distingue deux

grands modes d’action :

- certaines, comme les streptocoques, les

salmonelles se multiplient et envahissent

tout l’organisme. C’est une septicémie ou

infection généralisée, souvent mortelle.

-D’autres, comme le bacille tétanique,

restent localisés près du point d’entrée dans

l’organisme et produisent des toxines

(poisons) qui agissent sur certains organes

cibles en entraînant les symptômes de la

maladie. C’est une toxémie.

Pour les virus :

L’action des virus sur l’organisme est plus

complexe que celles des bactéries. Ce sont,

en effet, des parasites intracellulaires.

Commenter avec les

élèves, à l’aide des

schémas, l’évolution

d’une infection

microbienne

A illustrer avec le cas

de la contamination

par les salmonelles

70

Caractériser et


d’une infection à

virus

La cellule parasitée est appelée la cellule-

hôte (exemple : un lymphocyte pour le virus

du SIDA)

Ils injectent leur information génétique dans

une cellule qu’ils utilisent alors pour se

multiplier. Dans le cas le plus simple, la

multiplication peut se produire quelques

minutes après la pénétration du matériel

génétique dans la cellule.

En se multipliant dans la cellule, les virus

ont sur celles-ci des effets allant du simple

changement de forme à la destruction totale.

Sous problème : Comment empêcher la

pénétration ou la prolifération des microbes

?

IV) Limiter les risques de

contamination et d’infection.

1) Empêcher la pénétration des microbes

Pour empêcher toute contamination, il faut

donc limiter le passage des microbes par les

4 voies principales d’accès :

- la voie respiratoire : porter un masque de

protection.

- la voie digestive : se laver les mains avant

chaque repas, faire cuire les aliments,

respecter la chaîne du froid, respecter les

dates de péremption.

Commenter avec les

élèves, à l’aide des

schémas, l’évolution

d’une infection

virale.

Enumérer les

mesures de

précautions pour

avoir des aliments

sains. (illustration

avec le cas des

salmonelles)

71

Définir et

pratiquer une

antisepsie

Définir et

pratiquer une

asepsie

- la voie génitale : utiliser un préservatif,

seul moyen de contraception également

efficace contre microbes responsables des

infections sexuellement transmissibles

(IST).

- la voie cutanée : utiliser l’asepsie et

l’antisepsie.

Antisepsie : méthode curative qui consiste à

détruire les microbes sur une plaie à l’aide

de produits antiseptiques (alcool modifiée,

eau oxygénée…).

Asepsie : méthode préventive qui consiste à

détruire les microbes dans l’environnement

pour éviter toute contamination. Cette

méthode est employée dans les hôpitaux

(bloc opératoire).

2) Lutter contre la prolifération des

microbes

Par utilisation des antibiotiques.

Commenter avec les

élèves les intérêts de

l’antisepsie et en

donner les méthodes.

Commenter avec les

élèves les intérêts de

l’asepsie et en

donner quelques

méthodes

72

TRAVAUX DIRRIGES : les microbes et l’homme

Classe : 3ème


Thème : Biologie

Chapitre : Les microbes et l’Homme

Leçon : La biologie des microbes



Partie I : origine de la contamination par les microbes

Activité 1 : Préparer une gélatine nutritive dans une boîte de Pétri

Elaborer un milieu stérile, une gélatine qui ne contient pas de microbes (se référer à la

préparation des milieux gélosés SS ou XLD)

Poser des microbes sur la surface gélifiée (pour montrer aux élèves les risques de

contaminations). Sur ce, pour mettre en évidence les microbes présents sur la peau, on pose 3

doigts sur la gélatine. Puis on referme la boîte et on met à l’étuve à 37°C pendant 24h.

73

Activité 2 : observation des résultats

On ne peut présenter à des élèves des boites cultivées compte tenu du danger de

contamination. On présentera les résultats sous forme de photos :

Activité 3 : exercices d’application

La photo ci-dessus montre une culture de salmonelles sur un milieu nutritif appelé gélose

XLD. Sur cette photo, entourer toutes les colonies d’un cercle noir ; utiliser deux cercles

rouges pour entourer deux colonies identiques.

74

Activité 4 : comment réaliser un dessin d’observation en SVT ?

Les 3 règles d’or :

- N’utiliser que le crayon à papier à mine fine ;

- Traits de légendes tracés à la règle et parallèles ;

- Toujours dessiner GRAND.

TITRE COMPLET

Grossissement

Nom

Prénoms

Date

Classe

L

E

G

E

N

D

E

S

5cm

Échelle

Feuille blanche (sans carreaux) 5cm

Titre de la figure

75

TRAVAUX PRATIQUES : Les microbes et l’homme

Classe : 3ème


Thème : Biologie


Leçon : La biologie des microbes (application pratique des cours théoriques).



Partie II : La diversité des microbes

Activité 1 : Observation des microbes bénéfiques dans le yaourt au microscope

a. Réaliser une préparation microscopique 30 minutes

Prélevez un échantillon se trouvant à votre disposition.

Déposez sur une lame.

Recouvrez d'une lamelle

Placez la préparation sur le plateau du microscope.

b. Utiliser un microscope 10 minutes

Observez la préparation au microscope. (grossissement x10 et x100).

Activité 2 : exercices d’application (évaluations rapportés sur fiche)

c. Réaliser un schéma simplifié du protocole expérimental 30 minutes

d. Réaliser un dessin d'observation 30 minutes

76

e. ranger matériel 10 minutes

f. Venir se laver les mains avec du savon 10 minutes

Grille de notation du dessin

Observation de micro-organismes

SVT 3ème

Ma page

j’ai utilisé le crayon à papier sur toute la page

j’ai respecté la présentation (marge 5cm, nom et prénoms, date et

classe en haut à droite)

Mon titre

j’ai souligné le titre

j’ai désigné l’objet dessiné et le mode d’observation

j’ai indiqué le grossissement sous le titre

Mon dessin

Mon dessin est de grande taille

J’ai respecté les proportions originales

J’ai dessiné avec un trait de crayon fin et précis

J’ai montra la présence de micro-organismes

Mes légendes

J’ai tracé des traits à la règle et parallèles entre eux (ne pas les croiser

et s’arrêter à la marge)

J’ai placé une flèche fine au bout de légende

J’ai indiqué des légendes exactes

Mon orthographe est correcte

J’ai indiqué une échelle ou la taille d’une bactérie

/1

/1

/1

/2

/1

/1

/1

/1

/1

/1

/1

/4

/2

/2

Date

77

Exercice type (les réponses seront indiquées par une trame de fond bleue)

Classe : 3ème


Thème : Biologie


Leçon : La biologie des microbes (application pratique des cours théoriques).



Classe de 3ème

SCIENCE DE LA VIE ET DE LA TERRE

Calculatrice interdite

Nom et prénoms Observations Note

1. Qu’est-ce qu’un microbe ?

Un microbe est un être vivant microscopique. Il peut être inoffensif pour l’Homme voir utile, ou

au contraire provoquer des maladies (pathogène).

2. Trois documents vous-sont présentés ci-dessous

a. Avec quel instrument ont été observés les 3 éléments présentés ?

Ces éléments ont été observés en utilisant le microscope électronique.

Salmonella spp 1 2 3

X 13951

78

b. Quel autre nom pourriez-vous donner à l’élément 3 ?

L’autre nom du globule blanc c’est le leucocyte

c. A quel grossissement l’observation des bactéries a-t-elle été faite ?

Les bactéries salmonelles ont été observées avec un grossissement de 13951 fois.

d. Que pouvez-vous dire de la taille de la bactérie par rapport au globule blanc ?

La bactérie est nettement plus petite que le globule blanc car en effet, l’observation à x2000 du

leucocyte montre une image claire de la cellule. Alors qu’un grossissement à x13951 d’une

observation de bactérie montre simplement un amas de plusieurs bactéries.

e. Que pouvez-vous dire de la taille du virus par rapport à la bactérie ?

Les virus sont encore plus petits que les bactéries car en effet, comme le montre la figure,

l’observation d’un virus nécessite un très grand grossissement de l’ordre de x300 000.

3. Compréhension de document

Relevez dans le document ci-dessous les modes de contamination possible par des micro-

organismes.

Texte

Les micro-organismes sont connus depuis longtemps comme étant des êtres microscopiques

invisibles à l’œil nu, mais qui par contre peuvent causer de sérieuses troubles chez l’Homme.

Leurs diversités leurs ont permis de coloniser un grand nombre de milieux de vie tant dans

l’environnement que dans l’organisme des animaux parasités. En effet, l’Homme peut être

contaminé par certains micro-organismes dit « pathogènes » qui peuvent parasiter les cellules

de son organisme. Les conséquences de ces contaminations sont souvent de graves maladies

parmi lesquelles on peut citer la salmonellose : principale maladie qui caractérise les

intoxications alimentaires. Le tableau ci-après résume quelques exemples de micro-organisme

avec leurs milieux de vie respectifs, les mécanismes qui pourront conduire à une contamination

de l’Homme ainsi que les noms des maladies causées par ces êtres microscopiques.

79

Micro-organisme Milieux de vie Mode de

contamination Maladies

Salmonella spp

(bactérie)

Sol, aliments, surface

en contact avec des

fèces contaminées

Consommation

d’aliment contaminé

ou contact avec les

objets contaminés

Salmonellose (gastro-

entérite responsable

de toxi-infection

alimentaire)

Listéria spp

(bactérie)

Aliments (charcuterie,

fromage)

Consommation

d’aliment contaminé

Listériose (atteinte

pulmonaire et

cérébrale)

Clostridium tétani

(bactérie)

Objet en contact avec

le sol (épines, clou…)

Plaie causé par des

objets contaminés

Tétanos (atteinte du

système nerveux

conduisant à la

paralysie musculaire

généralisée)

Bacille de Koch

(bactérie)

poumons des

personnes

contaminées

Inhalation des

gouttelettes

contaminées

Tuberculose (atteinte

pulmonaire, parfois

atteinte d’un organe)

Alphavirus

(virus) Salive de moustique

Piqûre de moustique

contaminé

Chikungunya

(atteintes articulaires

et musculaires)

VIH (virus)

Sang, sperme,

sécrétion vaginale des

personnes

contaminées

Rapport sexuel non

protégé avec une

personne contaminée

ou blessure en

contact avec du sang

contaminé.

Sida (responsable de

nombreuses maladies)

Les modes de contamination possible sont :

- Par voie orale : due à l’inhalation de sources porteurs de micro-organisme.

- Par voie digestive : par ingestion d’aliments souillés.

- Par voie cutanée : par le contact avec des objets contaminés ou par piqûre.

- Par voie génitale : via les rapports sexuels non protégés.

CONCLUSION GENERALE

ET PERSPECTIVE

80

V. Conclusion générale

L’analyse microbiologique des aliments fait l’objet d’un protocole normalisé à l’échelle

international. En ce qui concerne la recherche de salmonelles dans les aliments de rue vendus

dans la capitale, il existe plusieurs étapes consécutives (cf. ANNEXE IV) dont le but final est

d’isoler et d’identifier la présence du genre Salmonella sp.

Sur la base des échantillons récoltés durant les études, la comparaison générale de la

contamination des viandes sur étals et des plats cuits a montré que les viandes sur étals, c'est-à-

dire non cuites, présentent une contamination élevée vis-à-vis des plats cuits vendus dans les

gargotes de la ville. Les viandes sur étals n’ayant subies aucun traitement spécifique à la chaleur

via les cuissons, une prévalence générale de 35% de contamination sur les 198 échantillons

analysés se montre très significatif contre seulement les 4% de contamination sur les 150

échantillons de plats cuits prélevés pendant la saison humide. Et cette contamination diminue

jusqu’à seulement 1% durant la saison sèche. Ce qui vérifie notre première hypothèse. Une

influence de la saison de pluie semble avoir un impact sur la contamination des aliments par les

salmonelles mais une étude plus précise des variables concernant ce sujet est nécessaire pour

confirmer l’influence des saisons sur la contamination en microbe.

La contamination des échantillons de viandes récoltés et analysés au laboratoire, que ce soit

pour les plats cuits ou pour le cas des viandes sur étals, dépendent de plusieurs facteurs. Parmi

ceux-ci, des facteurs étroitement liés à une potentielle contamination des viandes sont à

souligner telles les propretés des matériels utilisés lors des manipulations. Entre autre, la nature

des menus pour les plats cuits peuvent aussi entre en jeu en raison de la diversification du mode

de cuisson. En effet, certains menus nécessitent un long processus de cuissage au feu. Ce qui

inclut une stérilisation des aliments. Par ailleurs pour certains menus, les autres ingrédients à

part la viande, qui en générale ne nécessitent pas un long temps de cuisson, peuvent influencer

la contamination des plats par les salmonelles. Ce qui vérifie notre seconde hypothèse.

Soulignons que les modes de conservation ne sont pas à négliger pour assurer une qualité saine

des aliments.

Dans l’avenir, nous envisageons de proposer :

- L’analyse des autres aliments vendus dans les rues de la ville comme les œufs et les

mayonnaises.

81

- Une étude rétrospective comparative de la contamination des aliments pour chaque

saison afin de déterminer les influences des saisons et ainsi de proposer des mesures

d’accompagnement.

- La sensibilisation des institutions de production alimentaire ainsi que de la

population en générale à propos des risques de contaminations bactériennes.

82

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33. [web] [Citation : Lundi 14 Mars 2016.] http://www.invs.sante.fr/surveillance/tiac/index.htm.

Annexes

a

Annexes

ANNEXE I : les matériels de laboratoire

Les matériels plastiques

Les verreries

Flacon plastique de 250ml Glacières

Micropipette Ecouvillons

Tube en verre et tube à essai Flacon en verre 100ml

b

Les petits matériels

Les gros matériels

Bain marie Balance de précision

Etuves Hotte PSM (poste de

sécurité microbiologique

Autoclave Four

c

ANNEXE II: Gallérie classique pour l’identification et la confirmation des tests biochimiques pour les salmonelles :

Caractères biochimiques de Salmonella

Oxyd Urée Ind ONPG Lact Glu Gaz H2S LDC ODC ADH Cit Mob Manit

S. en général - - - - - + + + + + - - + +

S. typhi - - - - - - - Faible + - - - + +

S.paratyphi A - - - - - + + -

Souvent - + - - + +

S.arizonae - - -

+ en

2h - + + + + + ± + + +

S.enterica - - -

+ en

2h ± + + + + + - + + +

S.paratyphi B

et C - - - - - + + + + + - - + +

S.choleasus - - - - - + + + + + + - + +

S.spp - - - - - + + + + + + + + +

S. galliparum - - - - - + - + + + - + - +

d

ANNEXE III : les milieux de culture

Bouillon RAPPAPORT-VASSILIADIS Soja (RVS)

PREPARATION

- Mettre en solution 26,6 g de milieu déshydraté (BK148) dans 1 litre d’eau distillée ou

déminéralisée.

- Agiter lentement jusqu’à dissolution complète.

- Répartir en tubes ou en flacons.

- Stériliser à l’autoclave à 115°C pendant 15 minutes.

- Refroidir le milieu jusqu’à 25°C.

FORMULE-TYPE

(Pouvant être ajustée de façon à obtenir des performances optimales). Pour 1 litre de milieu :

- Peptone papaïnique de soja ..........................................................4,50 g

- Chlorure de sodium .......................................................................7,20 g

- Phosphate monopotassique ..........................................................1,26 g

- Phosphate dipotassique ................................................................0,18 g

- Chlorure de magnésium anhydre ................................................13,40 g

- Vert malachite (oxalate)..............................................................36,0 mg

pH du milieu prêt-à-l’emploi à 25°C : 5,2 ± 0,2.

Bouillon de MÜLLER-KAUFFMANN au Tétrathionate-Novobiocine (MKTTn)

PREPARATION

- Mettre en suspension 89,4 g de milieu de base déshydraté (BK169) dans 1 litre d’eau

purifiée.

- Porter à ébullition lentement, sous agitation constante.

- Maintenir l’ébullition pendant 2 minutes.

- Ne pas autoclaver.

- Refroidir le milieu jusqu’à 25°C.

FORMULE - TYPE du milieu de base (sans Iode, ni novobiocine)

e

(Pouvant être ajustée de façon à obtenir des performances optimales). Pour 1 litre d’eau

purifiée :

- Tryptone...........................................................................................8,6 g

- Extrait de viande ..............................................................................4,3 g

- Sels biliaires...................................................................................4,78 g

- Chlorure de sodium..........................................................................2,6 g

- Carbonate de calcium ....................................................................38,7 g

- Thiosulfate de sodium anhydre....................................................30,45 g

- Vert brillant....................................................................................9,6 mg

La gélose Salmonella-Shigella (SS)

PREPARATION

- Mettre en suspension 63,0 g de milieu déshydraté (BK022) dans 1 litre d’eau distillée ou

déminéralisée.

- Porter lentement le milieu à ébullition sous agitation constante et l’y maintenir durant le

temps nécessaire à sa dissolution


- Refroidir et maintenir le milieu à 44-47°C.

- Couler en boîtes de Pétri stériles.

- Laisser solidifier sur une surface froide.

- Faire sécher les boîtes à l’étuve, couvercle entrouvert.

FORMULE - TYPE


- Peptone pancréatique de viande .....................................................5,0 g

- Extrait de viande ..............................................................................5,0 g

- Lactose ..........................................................................................10,0 g

- Sels biliaires.....................................................................................8,5 g

- Citrate de sodium...........................................................................10,0 g

- Thiosulfate de sodium......................................................................8,5 g

f

- Citrate ferrique ammoniacal .............................................................1,0 g

- Rouge neutre ..............................................................................25,0 mg

- Vert brillant..................................................................................0,33 mg

- Agar agar bactériologique..............................................................15,0 g


LECTURE

Les Salmonella qui ne fermentent pas le lactose présentent des colonies incolores,

transparentes, avec ou sans centre noir (production d’H2S).

Les Shigella sont incolores.

Les coliformes présentent des colonies rouges ou rosées.

Les colonies suspectes seront repiquées sur gélose de Kligler (BK034) ou TSI (BK059) en

vue de leur identification ultérieure.

La gélose XLD (Xylose-Lysine-Désoxycholate)

PREPARATION

- Mettre en suspension 52,9 g de milieu déshydraté (BK168) dans 1 litre d’eau distillée ou

déminéralisée.

- Chauffer en agitant fréquemment jusqu’à 90°C environ.

- Arrêter le chauffage dès que le milieu est complètement dissous.


- Refroidir et maintenir le milieu à 44-47°C.

- Couler en boîtes de Petri stériles.

- Laisser solidifier sur une surface froide.

NOTE :

Le chauffage excessif ou le maintien prolongé du milieu à 44-47°C peut provoquer une

précipitation, si bien que les colonies risquent de donner des réactions moins nettes.

Le milieu doit présenter un aspect clair et une couleur rouge orangé.

FORMULE - TYPE


g

- Extrait autolytique de levure...........................................................3,00 g

- L-Lysine .........................................................................................5, 00 g

- Lactose ..........................................................................................7, 50 g

- Saccharose ....................................................................................7, 50 g

- Xylose ............................................................................................3,75 g

- Désoxycholate de sodium..............................................................1,00 g

- Chlorure de sodium........................................................................5,00 g

- Thiosulfate de sodium....................................................................6,80 g

- Citrate ferrique ammoniacal ...........................................................0,80 g

- Rouge de phénol............................................................................80 mg

- Agar agar bactériologique............................................................12,50 g


LECTURE

Shigella, Providencia, Edwardsiella et Salmonella paratyphi fermentent le xylose lentement

ou pas du tout, contrairement aux autres bactéries. Les Salmonelles sont différenciées par leur

aptitude à décarboxyler la lysine.

La production de sulfure d’hydrogène en milieu alcalin provoque la formation de colonies à

centre noir, tandis qu’en milieu acide la coloration noire n'apparaît pas.

L’aspect des colonies est le suivant :

Caractéristiques Microorganismes

Colonies jaunes LDC (-), parfois H2S (+) Escherichia coli, Citrobacter,

Enterobacter, Proteus, Serratia, Klebsiella

Colonies rouges LDC (+), H2S (-) Shigella, Providencia, Salmonella

Colonies rouges, à centre noir, LDC (+), H2S (+) Salmonella, Arizona, Edwardsiella

h

ANNEXE IV : Résumé des étapes de la recherche de Salmonelle dans les

viandes.

Sur milieu MKTTn

(Incubation pendant 24heures à 37°C)

Sur RVS

(Incubation pendant 24heures à 41,5°C)

Sur milieu SS

(Incubation de 37°C

pendant 24heures)

Sur milieu SS


pendant 24heures)

Sur milieu XLD


pendant 24heures)

Sur milieu XLD


pendant 24heures)

(Morceaux de 25grammes de viande dans 200ml d’EPT, suivi d’une incubation

de 18 à 20heures à une température de 37°C)

Culture des colonies typiques de salmonella sur les milieux gélosés SS et XLD

pour avoir des colonies pures

Tests biochimiques

i

ANNEXE V : Les 5 clés des aliments plus sûrs (d’après l’OMS)

Clef 1. PRENEZ L’HABITUDE DE LA PROPRETE

- L’unité de vente et le lieu doivent rester propres – en

particulier, toutes les surfaces de travail doivent être

constituées d’un matériau imperméable et facile à

nettoyer et rester bien au-dessus du sol.

- Le lieu de vente doit être loin de poubelles, de toilettes,

d’égouts à ciel ouvert et d’animaux.

- Il faut utiliser des poubelles avec couvercle et les vider

régulièrement.

- Des infrastructures de base pour faciliter

l’assainissement, toilettes, installations pour se laver les

mains, approvisionnement en eau sûre et évacuation des

eaux usées par exemple, doivent être accessibles.

- Les aliments doivent être protégés de la poussière, des

insectes, de la saleté et du rayonnement solaire direct.

Pourquoi ?

Les mains, les ustensiles et

les conteneurs de déchets

peuvent véhiculer des

micro-organismes nocifs

de même que, dans

l’environnement, les

animaux, la poussière et

l’eau polluée.

Clef 2. SEPAREZ LES ALIMENTS CRUS DES ALIMENTS CUITS

- Séparez les aliments crus, en particulier la viande, le

poulet et le poisson crus, des aliments cuits.

- N’utilisez pas les mêmes ustensiles : il ne faut pas utiliser

les mêmes couteaux et planches à découper pour

manipuler les aliments crus et les aliments cuits.

- Essayez de vous servir d’ustensiles, comme des pinces,

des pelles, des cuillers, de petites tasses, ou encore des

mouchoirs en papier ou des gants propres, pour manipuler

des aliments prêts à consommer ou des glaçons pour les

boissons.

- Lavez-vous les mains à l’eau et au savon après avoir été

aux toilettes, touché des objets contaminés, comme de

l’argent, des restes de nourriture, des ordures, des

Pourquoi ?

Les aliments crus, en

particulier la viande, la

volaille, les poissons et

fruits de mer, leurs sucs,

ainsi que les animaux

vivants et les déchets

alimentaires, contiennent

en général des micro-

organismes pathogènes.

Ceux-ci peuvent passer sur

d’autres aliments au cours

de la manipulation, de la

préparation et de la

j

mouchoirs, après avoir touché les cheveux, le nez ou

d’autres parties du corps. N’utilisez pas des torchons

sales pour vous essuyer les mains.

Faites attention à la santé et à l’hygiène ;

a) Portez un tablier d’une couleur claire.

b) Évitez de porter des accessoires, comme des bagues,

des bracelets ou des montres.

c) Respectez les règles d’hygiène personnelle, comme de

se couper les ongles, de se doucher tous les jours, d’avoir les

cheveux courts ou de les réunir sous une casquette ou un

foulard, de s’abstenir de préparer ou de manipuler des

aliments lorsqu’on manifeste des symptômes de maladies,

comme des éruptions cutanées, des abcès, des coupures, un

nez qui coule, des infections de l’œil ou de l’oreille ou la

diarrhée.

d) Évitez les mauvaises habitudes pendant que vous

préparez ou servez de la nourriture :

fumer ou chiquer du tabac, se gratter le nez, tousser ou

éternuer, postillonner sur la nourriture, goûter la nourriture

avec les doigts.

conservation. De bonnes

règles d’hygiène, le lavage

très fréquent et très

soigneux des mains restent

donc la première ligne de

défense pour la prévention

des maladies d’origine

alimentaire.

Clef 3. LIMITEZ AUTANT QUE POSSIBLE LES DANGERS

- Faites bien cuire les aliments, en particulier la viande, les

volailles, les œufs et les produits de la mer, au moins à 70

°C.

- Une fois cuites, les viandes et volailles ne devraient plus

être rosées. Utilisez un thermomètre de préférence.

- Les soupes et les ragouts doivent avoir bouilli au moins

deux minutes.

- Gardez les aliments cuits très chauds (température

excédant les 60°C) jusqu’à ce qu’ils soient servis.

- Réchauffez soigneusement les aliments cuits.

Pourquoi ?

Une bonne cuisson tue

presque tous les micro-

organismes dangereux et

détruit certaines toxines.

Des études ont montré que

la cuisson des aliments à

70 °C contribue à garantir

qu’ils soient sûrs pour la

consommation.

k

Clef 4. EMPECHEZ LE DEVELOPPEMENT DES MICRO-ORGANISMES DANS LES

ALIMENTS

- Ne laissez pas des aliments cuits à température ambiante

plus de deux heures. Mettez rapidement au réfrigérateur

toute denrée cuite ou périssable (de préférence à une

température inférieure à 5 °C).

- Dans les situations où les possibilités de réfrigération sont

limitées, il vaut mieux préparer la nourriture en petites

quantités pour éviter les restes.

- S’il faut préparer les aliments à l’avance, s’il y a des

restes, ou si la nourriture doit être transportée sur une

certaine distance d’un lieu à l’autre, veillez à garder les

aliments soit au chaud (à plus de 60 °C), soit au froid (en

dessous de 5 °C).

Pourquoi ?

Les micro-organismes

peuvent se multiplier

rapidement à température

ambiante. En maintenant

une température inférieure

à 5 °C ou supérieure à 60

°C, leur développement est

ralenti ou stoppé.

Clef 5. UTILISEZ DE L’EAU ET DES PRODUITS SURS

- Utilisez de l’eau sûre. Si vous avez des doutes sur votre

approvisionnement, faites-la bouillir avant de l’ajouter

aux aliments. Si vous mettez des glaçons dans les

boissons, vérifiez que l’eau provient d’une source sûre.

- Vérifiez que les aliments proviennent de sources sûres et

fiables.

- Si vous utilisez des additifs alimentaires, vérifiez qu’ils

soient bien autorisés et utilisés dans les quantités qui

conviennent.

- Sélectionnez des denrées alimentaires saines et non

avariées. Évitez les aliments moisis.

- Faites attentions aux dates de péremption.

- Lavez (et pelez s’il le faut) les fruits et les légumes, en

particulier s’ils doivent être consommés crus ou peu cuits.

Pourquoi ?

Les matières premières, y

compris l’eau et la glace,

peuvent être contaminées

par des microorganismes

et des produits chimiques

dangereux. Des produits

chimiques toxiques

peuvent se former dans les

denrées alimentaires

avariées ou moisies. Une

sélection attentive des

matières premières et des

mesures simples, comme le

lavage et l’épluchage,

peuvent réduire ces

risques.

Auteur: RARIVOJAONA Hery Tina

Adresse: Lot III J 75 Anosimahavelona

Tel : +261 34 38 807 37

E-mail : [email protected]

Directeur du mémoire : Dr RAZAFIARIMANGA Zara Nomentsoa

ETUDE COMPARATIVE DE LA CONTAMINATION DES VIANDES SUR

ETALS ET DES PLATS CUITS PAR Salmonella sp

Nombre de pages : 83

Nombre de figures : 40

Nombre de tableaux : 10

Résumé

Il s’agit d’une étude rétrospective qui essaie de comprendre le cas de contamination des viandes

sur étals ainsi que des plats cuits vendues dans les marchés de la ville d’Antananarivo. Les

analyses effectuées en laboratoire, pour la recherche des salmonelles dans les viandes vendues

sur étals, nous a permis de suivre les différentes étapes nécessaires, régies par la norme

internationale ISO 6579.

Les cultures des salmonelles ont mis en évidence les caractéristiques typiques des

entérobactéries en se présentant sous forme de colonies de type S. Celles suspectées comme

étant des colonies de salmonelles sont facilement reconnaissables par un centre noir témoignant

la production de H2S, un des caractéristiques de la bactérie. Sur la base des échantillons étudiés,

les prévalences des contaminations sont respectivement de 35%, 4% et 1% pour les viandes sur

étals et les plats cuits des saisons humide et sèche.

La comparaison générale des résultats sur l’étude des deux types de viande a montré que les

viandes sur étals sont beaucoup plus vulnérables à la contamination que les plats cuits. En plus,

les contaminations sont étroitement liées à des variables dites dépendantes incluant les matériels

en contact direct avec les viandes ainsi que les différents processus de manipulations.

Dans tous les cas, le respect strict des mesures d’hygiènes est fortement recommandé ainsi que

l’application des 5 clés des aliments sûrs établis par l’OMS.

Mots clés : gastro-entérite, salmonellose, TIAC, viande, contamination, salmonelles, culture.

mailto:[email protected]

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