DIAGNOSTIC ÉCOLOGIQUE DE LA BRENNE JURASSIENNE...

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DIAGNOSTIC COLOGIQUE DE LA BRENNE JURASSIENNE ET DE SES AFFLUENTS

NOVEMBRE 2011

FEDERATION DU JURA POUR LA PECHE ET LA PROTECTION DU MILIEU AQUATIQUE 395, rue Bercaille 39000 LONS-LE-SAUNIER Tl : 03 84 24 86 96 Fax : 03 84 24 96 31 www.peche-jura.com

DIAGNOSTIC COLOGIQUE DE LA BRENNE JURASSIENNE ET DE SES AFFLUENTS

NOVEMBRE 2011

Rapporteurs FDPPMA 39: Irne SICARD Thomas GROUBATCH

LISTE DES ABREVIATIONS............................................................ 1 INTRODUCTION................................................................................ 2 1. DMARCHE GLOBALE................................................................ 3 2. SECTEUR DTUDE ET ASPECTS MTHODOLOGIQUES..... 4 2.1 La Brenne et son contexte environnemental ...................................................................................................4 2.1.1 Situation gographique......................................................................................................................................... 4 2.1.2 Topographie et rseau hydrographique ........................................................................................................ 5 2.1.3 Contexte gologique................................................................................................................................................ 5 2.1.4 Contexte climatique................................................................................................................................................. 5 2.1.5 Contexte hydrologique ........................................................................................................................................... 6 2.1.5 Valeur cologique..................................................................................................................................................... 6

2.2 Stations dtudes et nature des investigations................................................................................................7 2.3 Mthodologie suivie .................................................................................................................................................10 2.3.1 Qualit physique de la Brenne lchelle du tronon.............................................................................10 2.3.2 Mtabolisme thermique et structuration biotypologique ....................................................................12 2.3.3 Qualit physico-chimiques..................................................................................................................................13 2.3.4 Analyse des communauts benthiques..........................................................................................................13 2.3.5 Analyse des peuplements piscicoles................................................................................................................15

3. RSULTATS ET DISCUSSIONS ................................................ 16 3.1 Qualit physique lchelle du tronon ..........................................................................................................16 3.2 Mtabolisme thermique et structuration typologique .............................................................................24 3.3 Qualit physico-chimique......................................................................................................................................26 3.4 Qualit biologique.....................................................................................................................................................29 3.4.1 Les communauts benthiques de la Brenne................................................................................................29 3.4.2 Les communauts benthiques des affluents de la Brenne. ...................................................................33 3.4.3 Les peuplements piscicoles de la Brenne......................................................................................................35 3.4.4 Les peuplements piscicoles des affluents de la Brenne. .........................................................................41

4. PROPOSITIONS DE GESTION ................................................... 48 4.1 Prservation des zones humides........................................................................................................................48 4.2 Amlioration des pratiques agricoles ..............................................................................................................48 4.3 Pollutions et micropolluants ................................................................................................................................49 4.4 Restauration de la ripisylve..................................................................................................................................50 4.5 Le lit et les berges......................................................................................................................................................50 4.6 Effacement douvrage..............................................................................................................................................53 4.7 Les affluents.................................................................................................................................................................53

CONCLUSION.................................................................................. 54 BIBLIOGRAPHIE ............................................................................. 55 ANNEXES ......................................................................................... 57

Diagnostic cologique de la Brenne jurassienne et de ses affluents FDPPMA39

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LISTE DES ABREVIATIONS AAPPMA : Association Agre pour la Pche et la Protection des Milieux Aquatiques DCE : Directive Cadre sur lEau EPTB Sane et Doubs : Etablissement Territorial Public du Bassin Sane ETM : Elments Traces Mtalliques HAP : Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques NTT : niveau Typologique Thorique REH : Rseau dEvaluation des Habitats

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INTRODUCTION Les hydrosystmes continentaux ont subi par le pass de multiples altrations. Aujourdhui encore, certains comportements et politiques de gestion contribuent dgrader ces milieux, alors mme quils sont reconnus pour rendre de nombreux services et pour tre source de richesses. Ces altrations, de natures diffrentes, ont fortement modifi les fonctionnements naturels de ces cosystmes. Les politiques environnementales qui voient le jour depuis une vingtaine dannes lont bien compris. Ainsi la prservation et la restauration de la qualit des milieux aquatiques est une condition ncessaire au bien-tre de tous. Cest dans ce contexte que la Directive Cadre sur lEau merge des instances europennes. La DCE oblige les tats membres de lUnion Europenne atteindre lobjectif de bon tat pour toutes les masses deau en 2015. En 2010, suite aux demandes des diffrentes AAPPMA, dans le cadre de mise en place du second contrat de rivire Seille par lEPTB Sane et Doubs et considrant la seule existence de donnes disparates sur le bassin versant, la Fdration dcidait de mettre en place une tude diagnostic de la Brenne et quelques-uns de ses affluents majeurs. Lobjectif est dtablir ici ltat biologique, chimique et morphologique du cours deau.

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1. DMARCHE GLOBALE La ralisation de diagnostics cologiques de cours deau lchelle du bassin versant peut soprer de diffrentes manires. La mthodologie couramment applique est celle dite dchelles embotes . Les objectifs de ce type dapproche sont : de travailler du gnral vers le particulier . Les investigations ralises lchelle du bassin versant donnent la possibilit de sorienter vers des recherches aux chelles plus locales. de croiser les diffrentes informations rcoltes aux diffrentes chelles. La confrontation de donnes de natures diverses, rcoltes principalement par le biais de la spatialisation, permet de mettre en vidence certaines relations de cause effet. Le bassin versant correspond lchelle la plus large des investigations. Les donnes rcoltes cette chelle permettent de mettre en vidence une grande partie des facteurs ayant des impacts potentiels sur le milieu. Ceci permet de dfinir quelles sont les investigations mener des chelles plus prcises. Les tronons des cours deau correspondent des units structurales homognes. La sectorisation du linaire en tronons homognes est ralise sur la base de caractristiques physiques et gomorphologiques. Les critres permettant cette sectorisation sont les ruptures de pentes, les confluences, les points durs, les changements doccupation du sol, etc. Les tronons sont thoriquement homognes en terme de dynamique, de succession des diffrents facis dcoulement et donc des biocnoses aquatiques du cours deau. Enfin, lchelle la plus fine est celle de la station. La station est dfinie de faon ce que les diffrents facis dcoulement (radier-plat-mouille par exemple), leurs recouvrements respectifs et leurs rpartitions soient reprsentatifs du tronon dans lequel elle sinscrit. Cela permet dextrapoler les rsultats obtenus aux investigations menes sur la station lchelle du tronon. Il est couramment admis que la dimension de la station, pour des cours deau du gabarit de la Brenne, correspond une longueur comprise entre 10 et 20 fois la largeur du lit mineur.

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2. SECTEUR DTUDE ET ASPECTS MTHODOLOGIQUES

2.1 La Brenne et son contexte environn