Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

33
Cours de Microbiologie 3 ème année Médecine en Médecine Année universitaire 2019-2020 Pr ag S. BENAMMAR Maitre de conférence « A » en Microbiologie médicale. Département et Faculté de Médecine –Batna

Transcript of Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Page 1: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Cours de Microbiologie 3 ème année Médecine en Médecine

Année universitaire 2019-2020Pr ag S. BENAMMARMaitre de conférence « A » en Microbiologie médicale. Département et Faculté de Médecine –Batna

Page 2: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

DéfinitionL’infection urinaire (IU) correspond à l’agression d’un tissu de l’arbre urinaire par un ou plusieurs micro-organismes, générant une réponse inflammatoire, des symptômes cliniques de nature et d’intensité variables, ainsi qu’une uroculture positive.

Microorganismes : bactéries++++++ ,virus, parasites et champignons,

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 3: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Rappel anatomique/appareil urinaire➢L’appareil urinaire est composé de deux reins suivis d’uretères qui aboutissent dans la

vessie, qui contient l’urine, qui est éliminée par l’urètre

➢Il existe une différence anatomique entre l’homme et la femme au niveau de l’urètre,

ce dernier est plus court chez la femme ce qui l’expose à plus d’infections urinaires que

l’homme.

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 4: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Physiopathologie

▪L’infection urinaire est liée à des facteurs favorisants retrouvés

chez les bactéries à pouvoir uropathogène, ainsi que chez

l’homme qui présente des facteurs de risques d’infection urinaire.

▪Les portes d’entrée de l’infection urinaire sont de deux types :

✓La voie ascendante : c’est la plus fréquente, les germes

d’origine intestinale ou périnéale cheminent le long de l’urètre

jusqu’à la vessie. Cette contamination est spontanée ou provoquée

lors d’actes médicaux comme la mise en place d’une sonde urinaire.

✓La voie hématogène : est une voie rare. Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 5: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Epidémiologie❑Très fréquentes : 1ére place dans les Infections liées aux soins, 2 éme rang

en milieu communautaire.

❑Prévalence :

20-50 ans : femme > homme

> 50 ans : homme > femme

❑Morbidité et mortalité:

✓ Les IU sont d’avantage un marqueur de maladie qu’une cause d’augmentation de la mortalité .

✓ C’est cependant la cause la plus fréquente de septicémie et de choc infectieux chez le sujet âgé .

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 6: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Etiologies Très grande majorité de bacilles à Gram négatif (BGN), peu de

Cocci à Gram négatif ,

BGN = Essentiellement des entérobactéries ++++,

Cocci à Gram positif : Staphylococcus et Enterococcus Spp.

Variation des étiologies en fonction de l’origine de l’IU : communautaire ou nosocomiale , différence aussi selon le sexe…..

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 7: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Etiologies ❖ Infections communautaires :

-Entérobactéries en majorité avec en chef de file Escherichia coli , mais aussi Proteus mirabilis, Klebsiella spp.

- Plus rarement Enterococcus faecalis , Staphylococcus aureus et Stapyhylococcus saprophyticus chez la jeune femme.

❖ Infections nosocomiales :

-Entérobactéries mais en proportion diminuée par apport aux communautaires ( et plus résistantes) , au profit des germes hospitaliers ou non : Pseudomonas aeruginosa , Acinetoabcter baumanii , candida ,Enterococcus spp , Staphylococcus spp.

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 8: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Bactéries en cause

(http://aaup-dz.com/upload/8c2012/18-D-Tiouit.pdf)

Examen direct famille espèce %

BGN Entérobactéries +++++ Escherichia coli 68

Proteus mirabilis 8

Klebseilla sp 5

Autres entérobactéries 3

Pseudomonadaceae Pseudomonas aeruginosa 1

Cocci à G + en

chainettes

Streptococcaceae Enterococcus

(E.faecium, E.faecalis)

5

Streptocoques B

(Streptococcus agalactiae)

3

Cocci à + en amas

Staphylococacceae Staphylococcus aureus 3

S.saprophyticus 3

Autre bactéries 1

8Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 9: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Familles et espèces F % M %

BGN 91,7 % Entérobactéries

88,83%

E.coli 72,53 42,9

Klebsiella spp. 8,79 17,2

P.mirabilis 5,08 12,3

Autres Proteus , Morganella ,

Povidencia

0,96 7,39

Autres entérobactéries 2,28 6,89

BGN non

fermentaires 2,87%

Acinetobacter spp. 0,05 0,5

Pseudomonas spp. 0,76 6,4

Cocci gram positif 8,3 % S.aureus 0,5 1,47

S. saprophyticus 4,67 1,74

Enterococcus spp:

E.faecalis

Autres enterocoques

1,52 2,03

1,02 1,35

0,51 0,68

Streptococcus B

Autres streptococcus spp

0,71 0

0,71 0

Micro-organismes en cause et distribution selon le sexe(http://aaup-dz.com/upload/8c2012/18-D-Tiouit.pdf)

9Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 10: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Micro-organismes Communauté (%) Nosocomial (%) Récidives (%)

Escherichia coli 70-80 50 50

Proteus mirabilis 10 1-5 3

Klebsiella spp. 1-5 5-10 11

Staphylococcus

saprophyticus

10-15 0 4

Staph. epidermidis 1-5 10-20 4

Enterococci 1-5 10-20 7

Autres entérobactéries <1 5-10

Pseudomonas aeruginosa 1-2 5-10 2

Répartition des microorganismes selon : IUN, IUC , IUR(http://aaup-dz.com/upload/8c2012/18-D-Tiouit.pdf)

10Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 11: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

L’ECBU Le diagnostic de certitude de l’IU est apporté par l’examen

cytobactériologique des urines qui permet de :

✓Confirmer le diagnostic d’infection.

✓Isoler et d’identifier le micro organisme en cause.

✓ Préciser son profil de sensibilité aux antibiotiques usuels .

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 12: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Contextes de l’ECBU

▪ Signes d’ IU (patents ou évocateurs) : dysurie , pollakiurie, brulures mictionnelles, pesanteur vésicale, hématurie macroscopique , incontinence urinaire , douleurs lombaires , fièvre associée à un autre signe.

▪ Signes trompeurs : hyperthermie isolée , protéinurie, diabétique, sujet âgé , nouveau né et nourrisson.

▪ Bandelette urinaire pathologique(leucocyturie et/ou nitrites +)

▪ Systématique : femme enceinte , préopératoire urologique ou gynécologique , contrôle post thérapeutique.

▪ Non obligatoire en cas de cystite aigue de la femme jeune sans antécédents , en dehors de la grossesse.

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 13: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Contextes de l’ECBU▪ Cas particuliers : symptômes trompeurs ou non spécifiques =˃ L’ECBU :

1.Nouveau né et nourrisson, en cas de :

✓ Fièvre

✓ Septicémie

✓ Mauvaise prise de poids ou cassure de la courbe pondérale

✓ Ictère persistant

✓ Diarrhée

2.Sujet âgé :

En cas de : somnolence, désorientation, chutes, anorexie, troubles digestifs, troubles du

comportement.

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 14: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

PrélèvementIl comporte des précautions à prendre et un protocole à suivre+++++

1.Le matériel : pot stérile, étanche , à usage unique, pourvu d’une grande ouverture

2.Le moment du prélèvement :

➢Le prélèvement des urines doit être effectué avant toute antibiothérapie.

➢Le prélèvement doit être effectué sur les urines du matin ayant séjournés toute la nuit dans la vessie.

3.La toilette pour le prélèvement :

➢Après un lavage hygiénique des mains.

➢Réaliser une toilette locale de la région uro-génitale (avec un antiseptique non irritant comme le dakin ou la chlorhexidine ou un savon neutre comme le savon de Marseille)

➢Chez la femme : la toilette est réalisée au niveau de la région vulvaire d’avant en arrière pour éliminer les germes vulvo-vaginaux et digestifs

➢Chez l’homme : la toilette concerne le méat urinaire

➢ Rinçage abondamment à l’eau

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 15: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Prélèvement4.Les différentes techniques de recueil des urines :

4.1. La technique du milieu du jet :

Elle consiste à éliminer le premier jet urinaire alors que le milieu du jet qui correspond à l’urine vésicale est récupéré dans un pot stérile (≈10ml), qui ne sera ouvert qu’à la fin de la toilette sans toucher le bord du récipient , le tube est fermé hermétiquement.

Recherche de BK: Prélever la totalité des urines de la nuit après restriction hydrique depuis la veille au soir, prélèvement fait trois jours de suite.

4.2. Le sac collecteur :

➢Le collecteur ou la poche à urine est une technique non invasive, réservée aux nouveaux nés et nourrissons qui ne font pas de miction à la demande.

➢Le collecteur d’urine présente une partie adhésive qu’on dépose sur la région périnéale préalablement désinfectée et essuyée afin d’assurer son adhérence et éviter le contact avec la partie anale. Le collecteur est laissé en place vingt à trente minutes.

➢À la fin de la miction, on retire le collecteur et on le ferme en collant les parties adhésives entre elles.

4.3.La ponction sus pubienne :

Geste spécialisé, invasif, peu courant. Ponctionner l'urine directement dans la vessie à l’aide d’une seringue après désinfection des téguments, réalisée chez des nourrissons fébriles nécessitant une antibiothérapie en urgence.

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 16: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Prélèvement4.4. Le sondage :

Ponctionner avec une seringue stérile, la chambre de prélèvement au niveau de la

tubulure préalablement désinfectée après clampage en aval.

5.Le transport du prélèvement urinaire :

➢Le tube est fermé hermétiquement et étiqueté.

➢Le prélèvement doit être accompagné d’une fiche de renseignements comportant :

✓Identité du malade , malade hospitalisé ou externe , pathologie existante, antécédents

✓Notion de chirurgie sur l’appareil urinaire, la prise d’antibiotiques ou de corticoïdes

✓La technique de prélèvement pratiquée.

➢Le transport doit être rapide et ne doit pas dépasser trente minutes après la miction,

sinon l’urine est placée dans de la glace afin d’éviter les faux positifs.

➢La conservation des urines pour l’analyse microbiologique : analyse immédiate

au laboratoire (une conservation éventuelle des urines se fait à +4°C au max 12-24H)

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 17: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 18: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

J3

Lecture : Identification / antibiogramme

Prélèvement

Examen BactériologiqueExamen Cytologique

Quantitatif Qualitatif

Gram Ensemencement

Anse calibrée/méthode de Kass Lame Immergée/

Dénombrement-Interprétation

J1

J2

18

L ≥ 104/ml

Page 19: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

19Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 20: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Etude cytologique

20Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 21: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Se fait sur cellule de numération type nageotte ou malassez

Dénombrement de différents éléments figurés contenus dans un volume donné de l'urine à étudier

,en particulier leucocytes

Nombre rapporté au ml

Urine normale: < 10.000 leucocytes/ml et < 5000 hématies/ml

On note la présence de cristaux, cylindres , cellules épithéliales,

bactéries .

Si urine claire on fait une centrifugation et on travaille sur

le culot

Une coloration de gram du frottis du culot de centrifugation de l'urine peut être réalisée en cas de diagnostic difficile

Étude

quantitative

Étude

qualitative

:

21Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 22: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Examen bactériologique(culture)

❖ Dénombrement des micro-organismes :

L’évaluation quantitative de la bactériurie se fait par dilution des urines ou par technique de l’anse calibrée ou technique de la lame immergée

❖ Ensemencement :

- D’une quantité définie de l’urine

- Milieux gélosés simples : gélose nutritive ou C L E D (cystéine, lactose, électrolyte déficient) , BCP….

-On peut rajouter d’autres milieux en fonction de l’examen direct

-Incubation des géloses pendant 24- 48 h , à 37°

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 23: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Examen bactériologique(culture)

0,1 ml

10ml d'eau

distillée Milieux

gélosés

simples: GN

ou CLED,

BCP ou

chromogènes Incubation des géloses

pendant 24-48 h,à 37C

Ensemencement:

Lecture et interprétation:

La culture a valeur de

confirmation. Elle est

toujours nécessaire

pour préciser l'espèce

bactérienne, quantifier

la bactériurie et

effectuer un

antibiogramme0,1 ml

23

Page 24: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Lecture et interprétation

-Lecture des géloses incubées , à la recherche d’une croissance

bactérienne , si positive dénombrement de cette bactériurie :

nombre d’UFC / ml d’urine.

- Confrontation des données de la cytologie et de la culture ,

prise en compte des renseignements cliniques ,d’éventuels

précédents ECBU , et si possible des conditions de

prélèvement Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 25: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Lecture et interprétation:

1 103 UFC/ml

10 104 UFC/ml

100 105 UFC/ml

Dilution de l’urine

ensemencée à 10-3

=˃ 1colonie = 103

UFC/ml

25Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 26: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Interprétation des infections urinaires communautaires (IUC) : SPILF 2014

Chez un patient symptomatique avec leucocyturie > 104 /ml, les seuils de bactériurie sont :

Espèces bactériennes Seuil de significativité (UFC/ml)

Homme Femme

E. coli, S. saprophyticus ≥ 103 ≥ 103

Entérobactéries autres que E. coli, entérocoque, C. urealyticum, P. aeruginosa, S. aureus

≥ 103 ≥ 104

26Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 27: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Interprétation des IU nosocomiales (SPILF 2015):

➢Chez un patient symptomatique sans sonde => leucocyturie ≥

104 /ml, et bactériurie ou candidurie ≥ 103 ou 104 UFC /ml.

➢ Chez un patient sondé => Bactériurie ou candidurie ≥105 UFC /ml

❖ La leucocyturie n’a pas d’intérêt chez les patients sondés.

27

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 28: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Attitude pratique

28Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 29: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Identification

1.Découle de la morphologie de la colonie +/- aspect au gram ,

tests : Oxydase , catalase , test bile esculine , au NACL 6,5%..

➢BGN galerie Api 20 E/Api 20 NE,

➢Staph coagulase, galerie api staphylocoque

➢Strepto , Entérocoque galerie api Strepto.

2. Nouvelles technique: identification avec automate,

Spectrométrie de masse

29

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 30: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Notification des réaction positives et négatives

Code d’identification

Banques des données

Nom de la bactérie

1/La galerie biochimique

d’identification:Contient des tests basés sur l’étude de la fermentation de sucres et des caractères enzymatiques

30

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 31: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

Antibiogramme :

- Pour toute souche isolée , pure .

- Mesure in vitro de la sensibilité de celle ci aux antibiotiques ,

par méthode de diffusion des disques en milieu gélosée.

- Choix des molécules à tester en fonction de la bactérie isolée.

- Recommandations et technique standardisée CLSI .

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna

Page 32: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

méthode manuelle la

plus utilisée

Méthode de

diffusion en gélose

Inoculum 0.5

macfarlard

Gélose standardi

sée mueller Hinton

Disque de papier

antibiotique

Réalisation d’un antibiogramme:but: tester la bactérie vis a vis

d’un panel d’antibiotiques pour déterminer les sensibilités aux antibiotiques à partir d’une colonie =>résultat en 4 h à 24 h

32

Page 33: Cours de Microbiologie 3 Année universitaire 2019-2020 Pr ...

CONCLUSION L’ECBU est un examen simple , mais dont les résultats sont

conditionnés par un prélèvement de qualité , une prise en charge rapide et une interprétation irréprochable.

Il apporte le diagnostic de certitude d’une infection urinaire et permet un TRT efficace grâce à l’antibiogramme

Dr Sonia Benammar , Faculté de médecine Batna