Département Sciences de la Vie de l’Université Paris-Saclay

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Contact : dept-sdv@universite-paris-saclay.frInscription sur : www.universite-paris-saclay.fr/colloque-SDV

26 - 27 OCTOBRE 2017Département Sciences de la Vie : unicité du vivant, pluralité d’approches

Lieu :Amphithéâtre CartanFaculté des Sciences de l’Université Paris-SudOrsay

PROGRAMME : Jeudi 26 octobre :9h00 Introduction9h10 - 10h50 Santé et bien-être de l’Homme - 1ère partie 11h20 - 13h00 Innovations thérapeutiques 14h30 - 15h45 Santé et bien-être de l’Homme - 2ème partie 15h45 - 16h10 Plateformes du département SDV 16h40 - 18h00 Des mécanismes fondamentaux en biologie aux systèmes vivants – 1ère partie18h00 - 19h00 Discussion autour du projet de l’Université Paris-Saclay

Vendredi 27 octobre :9h15 - 10h55Des mécanismes fondamentaux en biologie aux systèmes vivants – 2ème partie11h25 - 11h50 Santé et bien-être de l’Homme – 3ème partie11h50 - 13h05 Agro-Sciences, Ecologie, Bioéconomie – 1ère partie14h30 - 15h30 Conférence plénière - Circulation des idées dans les sciences du vivant 15h30 - 16h20 Biologie des systèmes et modélisation du vivant16h50 - 18h10 Agro-Sciences, Ecologie, Bioéconomie – 2ème partie

COLLOQUE

Programme complet avec détail des intervenants sur www.universite-paris-saclay.fr/colloque-SDV

Amphithéâtre Cartan (Bât. 427)

Faculté des Sciences de l’Université Paris-Sud, Orsay

(Google Maps)

Programme

Jeudi 26 octobre

9h00 – Introduction – Rodolphe Fischmeister

9h10 – 10h50 / Santé et bien-être de l’Homme – 1ère

partie (Jean-Charles Duclos-Vallée)

• Gut microbotia in inflammatory bowel disease - Harry Sokol (Inra-AgroParisTech, Jouy-en-Josas)

• Frustrated endocytosis: when endocytosis goes beyond endocytosis - Guillaume Montagnac (Gustave

Roussy-Inserm-UPSud, Villejuif)

• Maladies du foie : dites-le avec des flores ! -Gabriel Perlemuter (Inserm-UPSud, Clamart)

• Tricyclo-DNA, une option pour le traitement systémique des maladies neuromusculaires par

modulation d’épissage - Luis Garcia (Inserm-UVSQ, Montigny-le-Bretonneux)

10h50 – Pause café

11h20 – 13h00 / Innovations thérapeutiques (Jean-Marc Grognet)

• Pouvoir des cellules souches pluripotentes : nouveaux concepts des biothérapies - Annelise

Bennaceur-Griscelli (Inserm-UPSud, Villejuif)

• Traitement du mélanome : Une révolution en oncologie - Caroline Robert (Gustave Roussy-Inserm-

UPSud, Villejuif)

• Les nanotechnologies peuvent-elles contribuer à la conception de nouveaux médicaments ? - Patrick

Couvreur (Cnrs-UPSud, Châtenay-Malabry)

• Perfusion ex vivo et organes artificiels : Vers la médecine du futur ? L’exemple du poumon - Olaf

Mercier (APHP-Inserm-UPSud, Le Plessis-Robinson)

13h00 – Pause déjeuner (uniquement pour les inscrits)

14h30 – 15h45 / Santé et bien-être de l’Homme – 2ème

partie (Marc Humbert)

• Lymphoma complicating autoimmunity: impact of disease activity and treatment - Gaetane Nocturne

(Inserm-UPSud, Le Kremlin-Bicêtre)

• Towards an understanding of the brain mechanisms of syntax - Stanislas Dehaene (Cea-Inserm, Saclay)

• La médecine a-t-elle pour vocation de rendre les gens heureux ? Comment penser les limites de la

recherche biomédicale dans la quête du bien-être - Bruno Falissard (Inserm-UPSud, Villejuif)

15h45 – 16h10 / Plateformes du département SDV - Frédéric Dollé (Cea, Orsay) (Rodolphe Fischmeister)

16h10 – Pause café

16h40 – 18h00 / Des mécanismes fondamentaux en biologie aux systèmes vivants – 1ère

partie (Loïc Lepiniec)

• Chromosome folding in bacteria and its regulation - Frédéric Boccard (Cnrs-UPSud-Cea, Gif-sur-Yvette)

• Division site selection in plant cells - David Bouchez (Inra-AgroParisTech-Cnrs, Versailles)

• Holistic metagenomics in marine plankton communities - Patrick Wincker (Cea-Génoscope, Evry)

18h00 – 19h00 / Discussion autour du projet de l’Université Paris-Saclay avec Gilles Bloch, Président

19h00 – Apéritif/Cocktail (uniquement pour les inscrits)

Vendredi 27 octobre

9h15 – 10h55 / Des mécanismes fondamentaux en biologie aux systèmes vivants – 2ème

partie (Mireille

Bétermier)

• Take off your cap: coordinated recruitment of enzymes for eukaryotic mRNA decay - Marc Graille

(Ecole Polytechnique, Palaiseau)

• Les usines virales formées lors de l’infection rabique ont des propriétés d’organelles liquides - Yves

Gaudin (Cnrs-Cea-UPSud, Gif-sur-Yvette)

• L'histoire de la domestication du pommier revisitée et ses conséquences sur les pommiers sauvages

européens - Tatiana Giraud (Cnrs-UPSud-AgroParisTech, Orsay)

• Evolution des comportements : le cas des poissons cavernicoles aveugles, ou comment survivre dans

l'obscurité - Sylvie Rétaux (Cnrs-UPSud, Gif sur Yvette)

10h55 – Pause café

11h25 – 11h50 / Santé et bien-être de l’Homme – 3ème

partie (Gilles Chiocchia)

• Emergence des premiers médicaments de thérapie génique - Anne Galy (Inserm-UEVE-Généthon, Evry)

11h50 – 13h05 / Agro-Sciences, Ecologie, Bioéconomie – 1ère

partie (Claire Rogel-Gaillard)

• Metabolic engineering of lipids: a tale of length and desaturation - Jean-Denis Faure (Inra-

AgroParisTech-Cnrs, Versailles)

• Des champs qui nous nourrissent mais des pratiques qui impactent l’environnement et la santé :

exemples des interactions Agriculture-Environnement-Santé - Enrique Barriuso (Inra-AgroParisTech,

Thiverval-Grignon)

• Synergie entre sélection génomique et connaissance du déterminisme génétique des caractères : le

cas des bovins - Didier Boichard (Inra-AgroParisTech, Jouy-en-Josas)

13h05 – Pause déjeuner (uniquement pour les inscrits)

14h30 – 15h30 / Conférence plénière – Circulation des idées dans les sciences du vivant par Michel Morange

(Professeur de biologie à l’ENS et à l’Université Pierre et Marie Curie, Directeur du Centre Cavailles d’histoire et

de philosophie des sciences de l’ENS, Paris)

Les idées circulent entre les différentes disciplines qui forment les sciences du vivant, aussi

bien qu’avec les disciplines qui leur sont extérieures. J’utilise le mot « idée » pour désigner

à la fois des modèles explicatifs et de nouvelles technologies. Différents exemples de cette

circulation seront décrits, appartenant au passé comme au présent. Les échanges peuvent

être bénéfiques, mais parfois aussi conduire à des échecs. J’insisterai sur la dynamique de

ces échanges.

15h30 – 16h20 / Biologie des systèmes et modélisation du vivant (Stéphane Aymerich)

• RNA deep sequencing: capturing the dark matter that matters - Daniel Gautheret (Cnrs-Cea-UPSud,

Gif-sur-Yvette)

• RetroSynthetic Biology - Jean-Loup Faulon (Inra-AgroParisTech, Jouy-en-Josas)

16h20 – Pause café

16h50 – 18h10 / Agro-Sciences, Ecologie, Bioéconomie – 2ème

partie (Nathalie Frascaria-Lacoste)

• Dynamique et ingénierie du microbiote de la rhizosphère - Denis Faure (Cnrs-Cea-UPSud-Inra, Gif-sur-

Yvette)

• Interactions entre le changement climatique, les agroécosystèmes et les forêts : impacts, atténuation

et adaptation - Paul Leadley (Cnrs-UPSud-AgroParisTech, Orsay)

• A one health perspective for vaccine strategies against bronchiolitis - Sabine Riffault (Inra, Jouy-en-

Josas)

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Présentation des intervenants

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Jeudi 26 octobre

9h00 – Introduction – Rodolphe Fischmeister

Rodolphe Fischmeister est Directeur de Recherche à l’Inserm, vice-doyen chargé de la recherche à la Faculté de Pharmacie de l’Université Paris-Sud, directeur du laboratoire d’excellence LERMIT, directeur de l’UMS IPSIT et directeur-adjoint de l’unité Inserm UMR-S 1180. Depuis 2016, il est responsable du Département des Sciences de la Vie de l’UPSaclay et président de la section européenne de l’International Society for Heart Research. Ses études concernent la régulation physiologique et physiopathologique de l’activité électrique et contractile cardiaque, et les voies de signalisation qui la contrôlent.

9h10 – 10h50 / Santé et bien-être de l’Homme – 1ère

partie (Jean-Charles Duclos-Vallée)

Jean-Charles Duclos-Vallée est professeur d’hépatologie à l’Université Paris-Sud et exerce ses fonctions hospitalières au sein du Centre Hépato-Biliaire à l’hôpital Paul-Brousse à Villejuif. Il a une expertise internationale dans la prise en charge des maladies sévères du foie avant et après transplantation, en particulier concernant les patients atteints d’infection virale C et des maladies auto-immunes du foie. Il est responsable depuis 2013 du Département Hospitalo-Universitaire « Hépatinov » qui rassemble des unités cliniques et de recherche

pour promouvoir des projets innovants dans la prise en charge diagnostique et thérapeutique de différentes maladies du foie de l’enfant et de l’adulte. Depuis 2016, il est coordinateur du programme de recherche hospitalo-universitaire « “iLite- Innovations in liver tissue engineering » dans le cadre des programmes d’investissement d’avenir.

Gut microbotia in inflammatory bowel disease par Harry Sokol

Professeur dans le département de gastroentérologie de l'hôpital Saint-Antoine (APHP, Paris, France) et responsable de l'équipe AVENIR, “Gut Microbiota and Immunity” (INSERM U1157/UMR CNRS 7203, UPMC, et MICALIS)

Harry Sokol est un expert internationalement reconnu dans les domaines des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) et du microbiote intestinal. Il a publié plus de 120 articles sur ces sujets (h-index = 30), est reviewer pour plusieurs revues majeures (dont Gut, Gastroenterology, Mucosal Immunology, ISME journal, Cell Host & Microbes, Nature Methods, Nature

Reviews Immunology et Nature). Son travail sur le rôle du microbiote intestinal dans la pathogenèse des MICI a abouti à des articles marquants décrivant la dysbiose associée aux MICI et le rôle de la bactérie commensale Faecalibacterium prausnitzii essentielle dans l'homéostasie intestinale et dans les MICI. Actuellement, son travail se concentre sur le déchiffrement des interactions microbiote intestinal (y compris les virus et les champignons)-hôte dans la santé et les maladies afin de mieux comprendre leur pathogenèse et développer des traitements innovants. Harry Sokol a reçu une subvention ERC en 2016 pour développer une thématique de recherche sur les liens entre microbiote intestinal et métabolisme du tryptophane dans les pathologies. Outre la recherche fondamentale, il participe également à la recherche translationnelle et coordonne notamment deux essais contrôlés randomisés évaluant la transplantation de microbiote fécale dans la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique.

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Frustrated endocytosis: when endocytosis goes beyond endocytosis par Guillaume Montagnac

(Gustave Roussy-Inserm-UPSud, Villejuif)

L’endocytose est un processus fondamental qui permet à la cellule de se nourrir, de contrôler la composition de sa membrane plasmique mais aussi de réguler des voies de signalisations, par exemple en « éteignant » certains récepteurs activés en surface. L’endocytose permet donc à la cellule de s’adapter à son environnement et d’apporter une réponse adaptée aux différents signaux qu’elle rencontre. Pour être efficace, nous supposons que le

dialogue entre milieu extracellulaire et endocytose doit être bidirectionnel. Au laboratoire, nous étudions comment les propriétés physiques de l’environnement cellulaire influent sur l’endocytose dépendante de la clathrine. Nos travaux montrent par exemple que la topologie ou la rigidité de l’environnement cellulaire ont des conséquences profondes sur l’endocytose, notamment en empêchant mécaniquement la bonne formation de vésicules d’endocytose. Nous étudions comment ce phénomène d’endocytose frustrée, loin d’être trivial, affecte la capacité des cellules à migrer dans des environnements complexes et à proliférer.

Maladies du foie : dites-le avec des flores ! par Gabriel Perlemuter

Gabriel Perlemuter est professeur en hépato-gastroentérologie à l'université Paris-Sud/Paris-Saclay. Il dirige le service d'hépato-gastroentérologie et nutrition à l'hôpital Antoine-Béclère (Clamart) et une équipe Inserm, labellisée par la fondation pour la recherche médicale (FRM), intitulée Microbiote intestinal, macrophages et inflammation hépatique au sein de l'UMR-S 996. Les travaux de Gabriel Perlemuter et de son équipe consistent à étudier les interactions entre le microbiote intestinal et les maladies métaboliques du foie, liées à la

consommation d'alcool et au surpoids. Ils ont en particulier montré que la susceptibilité individuelle à développer une maladie du foie en cas de consommation d'alcool était liée, au moins en partie, à la présence d'une dysbiose spécifique. Actuellement, Gabriel Perlemuter et son équipe étudient si des bactéries particulières ou des prébiotiques pourraient prévenir ou améliorer un foie malade. Gabriel Perlemuter a reçu en 2016 le prix de lutte contre l'alcoolisme de l'Académie nationale de médecine et en 2017 le prix La science se livre de la meilleure vulgarisation scientifique pour son ouvrage Les bactéries, des amies qui vous veulent du bien (avec AM Cassard, Ed Solar). Il est depuis 2016 membre de l'Académie nationale de médecine.

Tricyclo-DNA, une option pour le traitement systémique des maladies

neuromusculaires par modulation d’épissage par Luis Garcia

(Inserm-UVSQ, Montigny-le-Bretonneux)

Luis GARCIA est Directeur de Recherche au CNRS, directeur de l’unité INSERM-UVSQ U1179 et du LIA-BAHN (UVSQ-CSM). Ses travaux concernent la conception et le développement de stratégies thérapeutiques pour les maladies neuromusculaires fondées sur des approches de thérapie génique et de modulation de l’épissage par des oligonucléotides antisens de dernière

génération tels que les tricyclo-DNA qui se révèlent particulièrement prometteurs dans différents modèles murins.

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11h20 – 13h00 / Innovations thérapeutiques (Jean-Marc Grognet)

Jean-Marc Grognet, pharmacien et docteur ès sciences pharmaceutiques, est directeur général de Genopole depuis février 2017. Après avoir dirigé le laboratoire d’études du métabolisme des médicaments et le groupe de pharmacologie clinique à la direction des Sciences du vivant du CEA, et avoir été nommé professeur à l’institut national des sciences et techniques nucléaires (INSTN), il intègre la direction de la recherche technologique du CEA comme directeur scientifique entre 2002 et 2007. Il rejoint ensuite le ministère de l’industrie en tant que sous-directeur chargé des secteurs des industries de santé, de la chimie et des matériaux. Il revient au CEA en 2011 pour prendre la direction de l’institut de biologie et de technologies de Saclay. De 2014 à 2015,

il dirige la valorisation en sciences du vivant du CEA. Il devient en 2016, le directeur de l’institut d’imagerie biomédicale et assure simultanément la direction du programme transversal « technologies pour la santé » de 2013 à 2016.

Pouvoir des cellules souches pluripotentes : nouveaux concepts des

biothérapies par Annelise Bennaceur-Griscelli

Annelise Bennaceur-Griscelli est Professeur des Universités en Hématologie à l’Université Paris Sud et dirige au sein du GHU Paris Sud l’Unité d’Oncogénétique moléculaire et de cytogénétique labélisée par l’Inca pour le diagnostic et traitement personnalisé des hémopathies malignes du territoire de santé Paris Sud. Elle est directrice de l’Unité de recherche Inserm UMR-S 935 « Modèles de cellules souches malignes et thérapeutiques» à l’institut André

Lwoff de Villejuif. Elle dirige depuis 2006 la plateforme de reprogrammation cellulaire « ESteam Paris Sud » pour la modélisation des pathologies tumorales et tester de nouvelles thérapies. Depuis 2012, elle coordonne dans le cadre des programmes d’Investissement d’Avenir, l’Infrastructure Nationale INGESTEM (www.ingestem.fr) dédiée au développement clinique des médicaments de thérapies innovantes à partir des cellules souches pluripotentes et de l’ingénierie tissulaire et génomique pour la médecine régénératrice et la cancérologie. Elle développe en particulier, des stratégies d’immunothérapie et nouvelles approches vaccinales des cancers. L’exposé portera sur les récentes avancées cliniques et applications médicales des cellules souches pluripotentes humaines par la conception de nouveaux médicaments grâce à la découverte révolutionnaire de la réprogrammation cellulaire, de l’ingénierie 3D et du génome éditing.

Les nanotechnologies peuvent-elles contribuer à la conception de nouveaux

médicaments ? par Patrick Couvreur

Professeur à l’Université Paris-Sud et membre de l’Académie des Sciences.

S’appuyant sur de nouveaux concepts physico-chimiques, le développement de nanomédicaments a permis d’imaginer des systèmes sub-microniques d’administration, éventuellement fonctionnalisés par des ligands spécifiques et capables : (i) de protéger la molécule active de la dégradation et (ii) d’en contrôler la libération dans le temps et dans l’espace. En associant un principe actif à un nanovecteur, le franchissement de certaines barrières biologiques peut aussi être facilité, le métabolisme et l’élimination du principe actif freinés et sa distribution modifiée pour l'amener à son site d'action. L’exposé discutera

de l’application de ces concepts au traitement du cancer et de certaines maladies du système nerveux central.

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Traitement du mélanome : Une révolution en oncologie par Caroline Robert

Caroline Robert est médecin et chercheur à Gustave Roussy et Professeur de Dermatologie à l’Université Paris Sud. Elle dirige le service de Dermatologie à Gustave Roussy et codirige avec Stephan Vagner l’équipe de recherche sur le Mélanome dans l’Unité INSERM UMR-S 981. Elle a été formée en France, dans la faculté de Médecine de Cochin Port Royal, et à l’hôpital Saint Louis, puis aux Etats-Unis dans l’Université de Harvard, Brigham and Women’s Hospital. Elle est présidente du groupe Mélanome de l’EORTC. Ses principales activités portent

sur la recherche clinique et translationnelle sur le mélanome. Elle coordonne de nombreux essais cliniques français et internationaux de phase I à III et son thème de recherche actuel porte sur l’étude des mécanismes de résistance aux thérapies ciblées et aux immunothérapies du cancer.

Perfusion ex vivo et organes artificiels : vers la médecine du futur ? L’exemple du poumon par Olaf Mercier

Olaf Mercier est Professeur de Chirurgie Thoracique à l’Université Paris Sud et pratique la transplantation cardio-pulmonaire, la chirurgie de l’hypertension pulmonaire, la chirurgie des voies aériennes et du cancer pulmonaire à l’Hôpital Marie Lannelongue. Il est Directeur de l’Unité de Recherche et d’Innovation de l’Hôpital Marie Lannelongue et membre de l’unité mixte de recherche INSERM –UPSud 999. Depuis 2015, il est directeur du comité scientifique de la Société Française de Chirurgie Thoracique et Cardio-vasculaire et dirige le programme de Recherche Hospitalo-Universitaire BioartLung 2020 visant à développer un

poumon artificiel. Ses études concernent la mise au point d’organes artificiels, la perfusion isolée d’organes et la physiopathologie du cœur droit.

13h00 – Pause déjeuner (uniquement pour les inscrits)

14h30 – 15h45 / Santé et bien-être de l’Homme – 2ème

partie (Marc Humbert)

Marc Humbert est Professeur de Pneumologie à l’Université Paris-Sud. Il est Chef du Service de Pneumologie de l’Hôpital Bicêtre, Centre de Référence de l’Hypertension Pulmonaire (AP-HP). Il dirige l’Unité Mixte de Recherche Inserm Université Paris-Sud “Hypertension artérielle pulmonaire: physiopathologie et innovation thérapeutique” (UMR-S 999) et le Département Hospitalo-Universitaire Thorax Innovation (DHU TORINO). De 2010 à 2014, Marc Humbert a été Vice-Président du Directoire de l’AP-HP en charge de la Recherche. Depuis Janvier 2013, il est l’Editeur en Chef de l’European Respiratory Journal (facteur d’impact 10.6). Il a publié plus de 600 articles scientifiques et a été cité parmi les scientifiques les plus influents dans le domaine médical par Thomson Reuters en

2014. Il a présenté la Cournand Lecture de la Société Européenne de Pneumologie en 2006 et il a reçu le Prix Descartes-Huygens de l’Académie Royale Néerlandaise des Arts et Sciences en 2009 et le Prix Eliane et Gérard Pauthier pour recherche sur les maladies rares (Fondation des Maladies rares sous l’égide de la Fondation de France) en 2016.

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Lymphoma complicating autoimmunity: impact of disease activity and

treatment par Gaetane Nocturne

MD, PhD, rhumatologue au sein de l’équipe du Pr Xavier Mariette. Elle mène des travaux de recherche translationnelle en immuno-rhumatologie au sein de l’équipe auto-immunité de l’unité INSERM/UPSud UMR-S 1184 IMVA « Immunology of Viral Infections and Autoimmune Diseases ».

Les maladies auto-immunes systémiques sont associées à un sur-risque de lymphome. Le développement de lymphoproliferation est en grande partie la conséquence de l’activation chronique et soutenue du système immunitaire. Les traitements immunosuppresseurs peuvent également intervenir dans

l’émergence de ces complications graves. Parvenir à disséquer ce qui revient à chacun de ces mécanismes est essentiel. Cela devrait permettre des avancées à la fois dans le domaine de l’oncohématologie mais également permettre d’accompagner le développement des nouvelles thérapies ciblées avec l’objectif d’en améliorer le profil de tolérance.

Towards an understanding of the brain mechanisms of syntax par Stanislas Dehaene

Professeur au Collège de France, Directeur de l’unité « Cognitive Neuroimaging » INSERM-CEA-University Paris Saclay

How did language and mathematics emerge in humans during the course of evolution? Scientists since Galileo have insisted that mathematics is structured as a language – but is this language similar to spoken language? Do mathematicians use classical language areas when doing mathematics? In the first part of the talk, I will present converging evidence that a specific brain circuit involving the left posterior superior temporal sulcus (pSTS) and inferior frontal gyrus (IFG, pars triangularis and orbitalis) play a central role in the

syntax of spoken and written natural languages. In the second part, I will show that when professional mathematicians reflect upon high-level mathematical concepts in algebra, analysis, geometry or topology, the activation spares classical language areas and involves areas also recruited during elementary number processing. Thus, distinct circuits are recruited for natural and mathematical languages, although each involves a syntax with nested tree structures.

La médecine a-t-elle pour vocation de rendre les gens heureux ? Comment penser les limites de la recherche biomédicale dans la quête du bien-être par Bruno Falissard

Professeur à l’Université Paris-Sud et directeur du CESP (UMR-S INSERM/UPsud 1178

Après des études à l’école Polytechnique, Bruno Falissard a poursuivi des études médicales et s’est spécialisé en pédopsychiatrie en 1991. Il a soutenu une thèse en biostatistique et a réalisé un stage postdoctoral en psychométrie

et méthodes exploratoires multidimensionnelles. Il a été chef de clinique en pédopsychiatrie en 1996-97, maitre de conférences en biostatistique à la faculté de médecine Paris-Sud en 1997-2002 puis professeur en 2002 dans la même faculté. Il est responsable du master de santé publique de la faculté de médecine Paris-Sud et directeur du CESP (centre de recherche en épidémiologie et santé des populations). Ses activités de recherche portent sur la méthodologie et l’épistémologie de la recherche en psychiatrie. Depuis 2015 il est président de la IACAPAP (International association of child and adolescent psychiatry and allied professions) et membre de l’Académie de Médecine.

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15h45 – 16h10 / Plateformes du département SDV - Frédéric Dollé (CEA, Orsay) (Rodolphe

Fischmeister)

Plateformes du département SDV par Frédéric Dollé

CEA / DRF - Institut des Sciences du Vivant Frédéric Joliot

Le département Sciences de la Vie de l’Université Paris-Saclay affiche un réseau exceptionnel de près de 200 plateformes : ce réseau est le reflet de la diversité des recherches menées dans le domaine des Sciences de la Vie – allant d’une recherche fondamentale à des applications dans les domaines de la santé, mais aussi de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement – et témoigne de la richesse des modèles biologiques étudiés et utilisés (micro -organisme, végétal, animal, homme) et des échelles d’étude appréhendées (du gène à

l’écosystème voire au territoire).

16h10 – Pause café

16h40 – 18h00 / Des mécanismes fondamentaux en biologie aux systèmes vivants – 1ère

partie (Loïc

Lepiniec)

Loïc Lepiniec est l’un des deux animateurs de l’axe « Des mécanismes fondamentaux en biologie aux systèmes vivants » du département et membre de la commission d’animation scientifique. Directeur de recherche à l’IJPB (INRA-AgroPT-CNRS, Versailles), Coordinateur du LabEx SPS, il enseigne également la biologie à l’Ecole Polytechnique. Ses travaux portent essentiellement sur le développement et le métabolisme de la graine chez la plante modèle Arabidopsis thaliana et l’utilisation des biotechnologies végétales en amélioration des plantes. Il travaille plus

particulièrement sur le contrôle de l’expression des gènes.

Conformation des chromosomes chez les bactéries et sa régulation par Frédéric Boccard

Directeur de Recherche au CNRS, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule, CEA - CNRS - Université Paris-Sud, Gif-sur-Yvette.

Chez les bactéries, l'ADN est condensé dans une structure appelée nucléoïde qui assure aussi bien la régulation des gènes que la ségrégation des chromosomes. Les progrès récents, en partie liés au développement de nouvelles technologies, permettent de révéler les principes généraux de l'organisation des chromosomes chez les bactéries. Les résultats obtenus chez différentes espèces ont divulgué une organisation du chromosome à différentes échelles : une organisation locale qui assure la régulation des gènes et une organisation subcellulaire qui contrôle

la dynamique spatiale des chromosomes. Nous étudions au laboratoire les deux bactéries Escherichia coli et Pseudomonas aeruginosa dont les différentes propriétés d’organisation chromosomique récapitulent des caractéristiques structurelles retrouvées chez de nombreuses espèces. Nous aborderons les propriétés structurelles et le rôle fonctionnel de la chromatine bactérienne ainsi que les mécanismes utilisés par des protéines qui contrôlent la dynamique de l’organisation multicouche du chromosome.

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Division site selection in plant cells par David Bouchez

Directeur de recherche à l'Institut Jean-Pierre Bourgin (INRA-AgroParisTech-CNRS, Versailles)

Du fait de la paroi pecto-cellulosique qui enchâsse les cellules et les lie les unes aux autres, les cellules de plantes sont incapables de toute migration. La topologie tridimensionnelle des tissus végétaux est donc régie essentiellement par la mitose. De ce fait, le choix du site de division est sune décision particulièrement cruciale pour une cellule de plante, et qui a des conséquences

importantes sur la morphogenèse de l'organisme multicellulaire. Les plantes terrestres partagent des mécanismes de sélection du plan de division et d'exécution de la cytokinèse tout à fait particuliers, qui font appel à des réseaux de cytosquelette spécifiques.

Holistic metagenomics in marine plankton communities par Patrick Wincker

Patrick Wincker est directeur de recherche au CEA et directeur du Genoscope. Il coordonne le séquençage et l’analyse génomique du projet Tara Océans. L’expédition Tara Oceans, co-dirigée par Eric Karsenti (chercheur CNRS, détaché à l’EMBL) et Etienne Bourgois, a navigué sur tous les océans, pour étudier les écosystèmes marins planctoniques. Comparée aux autres programmes de métagénomique, l’originalité principale de Tara Oceans tient dans son échelle globale. Il ne s’agit plus de comprendre un groupe particulier, comme les bactéries, les virus ou les organismes eucaryotes, mais de les décrire tous en

même temps. En effet, il existe de nombreux modes d’interaction entre espèces, comme la symbiose, le parasitisme ou la compétition, qui expliquent la dynamique des communautés microbiennes et ne peuvent être compris qu’en étudiant l’ensemble des acteurs. Les premiers résultats obtenus indiquent que la diversité génétique de ces communautés est globalement très sous-estimée. Le contenu en gènes des différents groupes phylogénétiques est étudié par métagénomique et métatranscriptomique, permettant d’aborder la complexité génique à l’échelle globale et sa variabilité.

18h00 – 19h00 / Discussion autour du projet de l’Université Paris-Saclay avec Gilles Bloch, Président

Gilles Bloch est diplômé de l’École polytechnique, titulaire d’un doctorat de l’UPMC en biophysique moléculaire, d’un doctorat de médecine obtenu à Paris-Diderot et d’une habilitation à diriger les recherches. Il entre au CEA en 1990 pour participer au développement de la spectroscopie RMN in vivo. Son post-doctorat le conduit à Yale, puis il rejoint le service hospitalier Frédéric-Joliot à Orsay dont il devient chef de laboratoire avant d’être nommé directeur adjoint de la Direction des Sciences du Vivant du CEA en 2001. Il quitte le CEA en juillet 2002, pour un parcours en cabinets ministériels qui le conduit à devenir le

premier directeur de l’ANR puis directeur général de la recherche et de l'innovation. En 2009, il prend la direction des Sciences du Vivant du CEA et quitte cette fonction en juin 2015 après son élection à la présidence de l'université Paris-Saclay.

19h00 – Apéritif/Cocktail (uniquement pour les inscrits)

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Vendredi 27 octobre

9h15 – 10h55 / Des mécanismes fondamentaux en biologie aux systèmes vivants – 2ème

partie

(Mireille Bétermier)

Mireille Bétermier coordonne l’Initiative de Recherche Stratégique 3D_CHROME qui rassemble des biologistes, physiciens et mathématiciens de Paris-Saclay autour de l’étude et la modélisation de l’organisation tridimensionnelle des génomes, de sa dynamique pendant les processus biologiques et de son impact sur l’évolution. Directrice de recherche au CNRS, elle anime une équipe à l’I2BC (CEA, CNRS, UPSud à Gif-sur-Yvette). Ses travaux sur la paramécie ont permis de mettre en évidence le rôle des éléments transposables et des voies cellulaires de réparation de l’ADN dans les réarrangements programmés du génome qui se déroulent à chaque cycle sexuel dans le noyau somatique en développement.

Take off your cap: coordinated recruitment of enzymes for eukaryotic mRNA

decay par Marc Graille

Directeur de recherche CNRS au Laboratoire de Biochimie de l’Ecole Polytechnique, Palaiseau. Directeur de l’équipe ATIP-Avenir CNRS “Couplage entre la traduction et la dégradation des ARNm eucaryotes”.

La synthèse des protéines par le ribosome à partir des ARN messagers (ARNm) est un processus finement régulé qui permet aux cellules de s’adapter pendant le cycle cellulaire ou en réponse à des facteurs extérieurs. A l’image de la

transcription et de la traduction, la dégradation des ARNm eucaryotes est un mécanisme très régulé qui permet aux cellules de moduler rapidement la production de protéines. Elle nécessite l’élimination de la coiffe méthylguanosine (m7GpppX) et de la queue poly(A) qui protègent, respectivement, les extrémités 5’ et 3’ des ARNm d’une dégradation non contrôlée. Lors de cet exposé, je présenterai nos résultats récents décrivant un mécanisme coordonné pour le recrutement et l’activation des enzymes de dégradation à la coiffe en 5’ des ARNm eucaryotes.

Les usines virales formées lors de l’infection rabique ont des propriétés

d’organelles liquides par Yves Gaudin

Directeur de recherches au CNRS, Responsable du département de Virologie de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC)

La réplication du virus de la rage s’effectue dans des usines virales baptisées corps de Negri. Dans des expériences alliant biologie cellulaire et biophysique, nous avons caractérisé la nature physico-chimique de ces structures qui hébergent la synthèse des acides nucléiques viraux et montré qu’elles se forment par séparation de phase liquide. Ces usines virales constituent donc un nouvel exemple d’organelle liquide.

L'histoire de la domestication du pommier revisitée et ses conséquences sur les pommiers sauvages européens par Tatiana Giraud Directrice de recherches au CNRS à l’ENS, Chargée de cours à l’école Polytechnique et directrice adjointe du laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution à Orsay

La domestication est un processus de sélection rapide et récent, constituant un bon modèle pour étudier la diversification des organismes vivants. Malgré l’importance culturelle et économique pommier, son histoire évolutive était peu connue. Nous avons montré que le pommier cultivé résultait d’hybridations entre plusieurs espèces sauvages et que la culture du pommier

menaçait le pommier sauvage européen par des flux de gènes importants.

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Evolution des comportements : le cas des poissons cavernicoles aveugles, ou comment survivre dans l'obscurité par Sylvie Rétaux

Directrice de Recherche au CNRS à l’Institut de Neuroscience Paris-Saclay (CNRS-UPSud, Gif sur Yvette), Directrice du Département « Développement et Evolution » de l’Institut.

La biologie évolutive du développement, connue sous le nom d'évo-dévo est une discipline de la biologie de l'évolution qui a pour objectif de comprendre l'origine de la diversité morphologique des organismes à travers l'étude comparée des gènes qui régulent leur développement. L’exposé présentera un exemple d’évolution morphologique du système nerveux qui sous-tend une évolution comportementale adaptative, en réponse à un changement

d’environnement drastique. Le modèle utilisé est un modèle émergent de micro-évo-dévo, le poisson Astyanax mexicanus qui se présente sous deux morphotypes très différents : une forme « normale » de rivière et une forme cavernicole, aveugle et dépigmentée, vivant dans l’obscurité totale et permanente de grottes mexicaines.

10h55 – Pause café

11h25 – 11h50 / Santé et bien-être de l’Homme – 3ème

partie (Gilles Chiocchia)

Gilles Chiocchia est professeur d'immunologie à l'Université de Versailles-Saint-Quentin. Il est directeur d'une unité de recherche comprenant 3 équipes dont les recherches sont axées sur la physiopathologie de pathologies infectieuses et inflammatoires et la recherche de nouveaux biomarqueurs. Il dirige une plateforme hospitalière de biomarqueurs innovants au sein de l’UFR Paris-Ile-de-France-Ouest. Son équipede recherche est member du Labex Inflamex. Il a obtenu son doctorat en immunologie à l'Université de Paris Descartes en 1992, avant d'entreprendre un post-doctorat de trois ans

en immunologie au Cornell Medical Center à New York. Ses intérêts de recherche comprennent la compréhension moléculaire des maladies auto-immunes avec une approche intégrée de l’inflammation chronique et un focus particulier sur la spondylarthrite.

Emergence des premiers médicaments de thérapie génique par Anne Galy

Directrice de Recherche à l’Inserm, responsable de l’unité mixte de recherche « Integrare » (UMR-S 951) à Généthon et du programme thérapeutique sur les maladies du sang et du système immunitaire à Généthon.

Ses travaux portent sur le traitement de déficits immunitaires primaires par thérapie génique et sur l’immunogénicité des vecteurs de thérapie génique.

Le domaine de la thérapie génique a longtemps oscillé entre espoir et déconvenue. Actuellement après 25 ans d’améliorations cliniques et technologiques, des résultats positifs sont obtenus dans diverses maladies rares ou cancers. Les

premiers médicaments de thérapie génique autorisés commencent donc à émerger très lentement. Après une revue de l’état d’avancement du domaine, j’exposerai quels sont les défis à surmonter pour développer les divers types de médicaments de thérapie génique.

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11h50 – 13h05 / Agro-Sciences, Ecologie, Bioéconomie – 1ère

partie (Claire Rogel-Gaillard)

Claire Rogel-Gaillard, Directrice de Recherches à l’INRA, est responsable de l’UMR Génétique Animale et Biologie Intégrative (UMR1313 GABI, INRA-AgroParisTech, http://www6.jouy.inra.fr/gabi) basée à Jouy-en-Josas. Elle coordonne l’Institut Sciences Animales Paris-Saclay (http://saps.paris) et l’initiative de recherche stratégique PREDICT. Responsable adjointe du département Sciences de la Vie de l’UPSaclay, elle est l’une des deux animatrices de l’axe « Agro-Sciences, Ecologie et Bioéconomie ». Elue au

Conseil académique de l’UPSaclay, elle est membre de son bureau. Ses activités de recherche actuelles portent sur la caractérisation de la capacité immunitaire chez le porc, afin d’identifier des marqueurs génétiques et des biomarqueurs prédictifs de réponses vaccinales et de la sensibilité/résistance à des pathogènes.

Ingénierie métabolique des lipides, une histoire de longueur et de

désaturation par Jean-Denis Faure

Professeur à AgroParisTech et directeur de recherche à l'IJPB (INRA-AgroParisTech-CNRS, Versailles)

Les enjeux agronomiques associés aux oléoprotéagineux sont multiples, essentiellement liés à l’huile (extractibilité, rendement, qualité) et au tourteau de pressage, riche en protéines, utilisé pour l’alimentation animale. Le développement de variétés adaptées à de nouveaux usages (alimentaires,

industriels) et qui tiennent compte des enjeux actuels de production (valorisation des terres, limitation de l'impact sur l'environnement) nécessite de choisir les caractères à modifier mais aussi le chassis végétal à utiliser. Ces approches d'ingénierie seront illustrées avec le développement de variétés de cameline (Camelina sativa) pour la production d'huile ou comme senseurs environnementaux.

Des champs qui nous nourrissent mais des pratiques qui impactent

l’environnement et la santé : exemples des interactions Agriculture-Environnement-Santé par Enrique Barriuso

Directeur de recherche à l’INRA et directeur de l’UMR INRA-AgroParisTech Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS)

Les agrosystèmes fournissent des services, dont le plus important est la production végétale, mais certaines pratiques agricoles peuvent aussi être à l’origine de nuisances impactant la qualité de l’environnement. Ce conflit ou compromis entre services et impacts sera illustré à partir des exemples d’interactions agriculture – environnement, avec l’objectif d’intéresser la

communauté « santé » du département pour aller jusqu’à la prise en compte des impacts sanitaires.

Synergie entre sélection génomique et connaissance du déterminisme génétique des caractères : le cas des bovins par Didier Boichard

Directeur de Recherche à l’INRA, GABI Jouy en Josas

La sélection génomique, ou sélection basée sur une prédiction de valeur génétique à partir de marqueurs couvrant tout le génome, modifie fortement les méthodes de sélection des animaux et des plantes. Elle repose sur des populations de référence de grande taille, à la fois phénotypées et génotypées. Ces populations de référence sont également des ressources uniques de cartographie génétique. Combinées à une imputation à l’échelle de la séquence du génome complet, ces

dispositifs permettent d’identifier les variants candidats sous-jacents aux QTL avec une excellente résolution. Cet exposé présente la synergie entre sélection génomique et connaissance du déterminisme des caractères chez les bovins.

12h05 – Pause déjeuner (uniquement pour les inscrits)

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14h30 – 15h30 / Conférence plénière – Circulation des idées dans les sciences du vivant par Michel

Morange (Professeur de biologie à l’ENS et à l’Université Pierre et Marie Curie, Directeur du Centre

Cavailles d’histoire et de philosophie des sciences de l’ENS, Paris)

Circulation des idées dans les sciences du vivant par Michel Morange

Professeur de biologie à l’ENS et à l’Université Pierre et Marie Curie, Directeur du Centre Cavailles d’histoire et de philosophie des sciences de l’ENS, Paris

Les idées circulent entre les différentes disciplines qui forment les sciences du vivant, aussi bien qu’avec les disciplines qui leur sont extérieures. J’utilise le mot « idée » pour désigner à la fois des modèles explicatifs et de nouvelles technologies. Différents exemples de cette circulation seront décrits,

appartenant au passé comme au présent. Les échanges peuvent être bénéfiques, mais parfois aussi conduire à des échecs. J’insisterai sur la dynamique de ces échanges.

15h30 – 16h20 / Biologie des systèmes et modélisation du vivant (Stéphane Aymerich)

Stéphane Aymerich est responsable de la commission d’animation scientifique et contributeur de l’axe « Des mécanismes fondamentaux en biologie aux systèmes vivants » du département SDV. Directeur de recherche à l’INRA, il dirige l’Institut Micalis (INRA-AgroParisTech, Jouy-en-Josas) qui regroupe depuis 2010 les équipes INRA et AgroParisTech actives dans le champ de la « Microbiologie de l’Alimentation au service de la Santé ». Ses travaux portent plus particulièrement sur le métabolisme central et le contrôle de l’expression des gènes chez la bactérie modèle Bacillus subtilis qu’il étudie en mettant en œuvre des approches de biologie des systèmes.

RNA deep sequencing: capturing the dark matter that matters, par Daniel

Gautheret

Professeur à l'Université Paris-Sud et chef d'équipe à l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule, Gif sur Yvette

L'ARN est la première étape entre génotype et phénotype, ainsi cette molécule est systématiquement altérée dans tous les cancers et maladies génétiques. Pourtant, la diversité des ARN est telle qu'identifier ceux ayant réellement un impact ou un pouvoir prédictif dans les maladies demeure un problème majeur. La combinaison du séquençage massif et de l'apprentissage statistique pourrait bien apporter la

réponse la plus pertinente à cette question.

RetroSynthetic Biology par Jean-Loup Faulon

Directeur de Recherche INRA à MICALIS et Professeur dans le centre de Biologie de Synthèse du Département de Chimie de l’Université de Manchester.

Jean-Loup Faulon travail dans le domaine de la biologie de synthèse depuis une dizaine d’années, aux Etats Unis où il était directeur de recherche au Joint BioEnergy Institute, puis à l’institut de Biologie des Systèmes et de Synthèse, une unité CNRS au Genopole d’Evry. La présentation sera ciblée sur des outils de rétrosynthèse pour concevoir et mettre en œuvre des voies de biosynthèse et biodégradation dans le cadre de l’ingénierie métabolique et de l’ingénierie de biocapteurs cellulaires.

16h20 – Pause café

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16h50 – 18h10 / Agro-Sciences, Ecologie, Bioéconomie – 2ème

partie (Nathalie Frascaria-Lacoste)

Nathalie Frascaria-Lacoste est Professeur d’Ecologie Evolutive/Ingénierie Ecologique à AgroParisTech. Elle est présidente du Département Science de la Vie et Santé (SVS) au sein de cet établissement. Elle est, par ailleurs, Directrice-Adjointe du Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution (UMR 8079 CNRS/UPS/APT située à Orsay). Elle est co-animatrice de l’axe « Agro-Sciences, Ecologie, Bioéconomie » du département SDV de l’Université Paris-Saclay. En matière de recherche, Nathalie Frascaria-Lacoste travaille sur l’adaptation des socio-écosystèmes au changement climatique ainsi qu’au développement d’une ingénierie écologique urbaine.

Dynamique et ingénierie du microbiote de la rhizosphère par Denis Faure

Directeur de Recherche CNRS à l’I2BC (CNRS-CEA-Univ PSud, Gif-sur-Yvette)

Les végétaux et leurs microbiotes entretiennent des relations moléculaires complexes qui affectent la santé et le développement du végétal, ainsi que la dynamique et les activités des populations microbiennes du sol. Comprendre ces interactions permet de les optimiser à des fins de protection des cultures végétales.

Interactions entre le changement climatique, les agroécosystèmes et les forêts :

impacts, atténuation et adaptation par Paul Leadley

(Cnrs-UPSud-AgroParisTech, Orsay)

A one health perspective for vaccine strategies against bronchiolitis par Sabine

Riffault

Directrice de Recherche INRA à la VIM (Inra, Centre de Recherche Ile de France - Jouy-en- Josas)

Sabine Riffault est directrice de l’unité de recherche INRA « Virologie et Immunologie Moléculaires » au sein de laquelle elle anime un groupe de recherche sur l’immunité néonatale et le virus respiratoire syncytial agent des bronchiolites chez le veau et le nourrisson. Ses travaux réalisés chez la souris en tant qu’espèce modèle ou chez le veau ont pour objectif de mieux comprendre les

défenses immunitaires propres à la période néonatale et au poumon et de proposer de nouvelles approches vaccinales pour le veau et le nourrisson.