Spirale Dynamique Evolution individuelle et collective #1 - Lirmm
Bio-informatique LIRMM Montpellier Logiciels et serveurs G é nomique comparative et fonctionnelle
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Bio-informatique LIRMM Montpellier Logiciels et serveurs Génomique comparative et fonctionnelle
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Bio-informatique LIRMM Montpellier Logiciels et serveurs G é nomique comparative et fonctionnelle. Equipe bioinformatique du LIRMM. 6 Permanents V. Berry (MdC, UM2), L. Bréhelin (CR, CNRS), G. Caraux (Prof Agro Mpl), O. Gascuel (DR CNRS), O. Martin (CR, INRA), E . Rivals (CR, CNRS) - PowerPoint PPT Presentation
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Bio-informatiqueLIRMM Montpellier
Logiciels et serveursGénomique comparative
et fonctionnelle
Equipe bioinformatique du LIRMM
• 6 PermanentsV. Berry (MdC, UM2), L. Bréhelin (CR, CNRS),G. Caraux (Prof Agro Mpl), O. Gascuel (DR CNRS),O. Martin (CR, INRA), E. Rivals (CR, CNRS)
• 2 AssociésA. Jean-Marie (DR, INRIA), G. Mélançon (Prof, UM3)
• 1 Ingénieur GénopoleS. Pinloche, puis F. Le Thiec
• 8 Doctorants• 1 Post-doctorant
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• Actions– régionales
… Génopole Languedoc-Roussillon …
– nationalesAnimation communauté nationale IMPGLancement de JOBIM (conf. francophone)Responsable de l’ACI IMPBio
– internationalesMembre du bureau editorial de Systematic BiologyCurrent Protocols in BioinformaticsComite de Progr. conférences, revues (ECCB, WABI)
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• Collaborations– régionales
MP Lefranc, J. Buard (IGH, Montpellier)N Galtier (GPIA, Montpellier)E. Douzery (ISEM, Montpellier)P. Jarne (CEFE, Montpellier)L. Journot (CCIPE, Montpellier)
– nationales…– internationales
M. Hendy (Massey Univ., NZ)G. Weiner (Australian National University, AU)R. Desper (NCBI, USA)F. Major (Univ. de Montreal, CA)S. Rahmann, M. Vingron (Max Planck Institute, GER)
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• Publications 2002-03– Discrete Applied Mathematics– Combinatorics, Probability and Computing– Lecture Notes in Computer Science (2 articles)– Journal of Computational Biology (2 articles)– Bioinformatics– Systematic Biology– Proteomics– Molecular Biology and Evolution (3 articles)
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• Valorisation sur le portail web– DTscore recontruction d’arbres de duplication
– FastME reconstruction phylogénétique
– GAME inférence phylogénétique, estima° de gamma
– MSAlign alignement de cartes de minisatellites
– STAR recherche de répétitions de motifs
– PermutMatrix visualisation de données d’expression
– PHYML reconstruction phylogénétique
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• PermutMatrix– Analyse exploratoire d'un tableau
de données d’expression qui incorpore la sériation
– Seriation optimale avec ou sans structure arborée.
– Reprend l’approche de Eisen mais avec réorganisation optimale des feuilles de l’arbre de classification.
– Applications : série temporelle, cycle cellulaire
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• PermutMatrix
– article soumis à Bioinformatics
– implication de S. Pinloche
– www.lirmm.fr/~caraux/PermutMatrix/
– nombreux retours positifs
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• PHYML– Reconstruction phylogénétique avec maximum de
vraisemblance (“meilleures méthodes”)
– Modèles de substitution variesNucléotides JC69,K2P,F81,F84, HKY, TN93, GTRAcides aminés Dayhoff, JTT, mtREV
– Aussi précis que fastDNAml, beaucoup + rapide
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• PHYML Précision topologique
NJDNAPARS
FastME
fastDNAml
PHYML
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• PHYML Temps de calcul
40 taxa500 bp
100 taxa500 bp
218 taxa4,182 bp
500 taxa1,428 bp
DNADIST+NJ 0.3s 2.3s 50s 2min15s
DNAPARS 0.5s 6s 4min 13min15s
MetaPIGA 21s 3min30s 4h45min 9h
fastDNAml 1min15s 26min30s … …
PHYML 2.7s 12s 8min15s 12min
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• PHYML– article paru dans Systematic Biology début Oct.
– implication de F. Le Thiec
– www.lirmm.fr/~guindon/phyml.html
– 1100 visites : France, Etats-Unis, Nouvelle-Zélande, Allemagne, Norvège, Canada, Autriche, Royaume-Uni, Suisse, Belgique, Chine…
