Atelier 5 / Les données - ATIH
35
1
Transcript of Atelier 5 / Les données - ATIH
1
Atelier 5 Les donneacutees collecteacutees le potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
2Ate
lier
5
Renforcer la seacutecuriteacute des donneacutees du PMSI
Loi de modernisation du systegraveme de santeacute (ndeg2016-41 du 26 janvier 2016 - article 193)
Mise en place du serveur seacutecuriseacute drsquoaccegraves aux donneacutees hospitaliegraveres
httpsacces-securiseatihsantefr
3
ContexteA
telier
5
Accegraves seacutecuriseacute ATIH Authentification forte Traccedilabiliteacute Accessible 24x6
Gratuit via navigateur web SAS Enterprise Guide
R Studio
Explorateur de fichiers
Pack Office
Tutoriels
Support deacutedieacute supportatihsantefr
4A
telie
r 8
Principes et fonctionnementA
telier
5
Conformiteacute MR-005 4 champs du PMSI national + chainage
9 ans + anneacutee en cours
Reacutesumeacutes de passages aux urgences (RPU)
Le serveur dispose eacutegalement Reacutefeacuterentiels communs
SAE depuis 2008
Documentation
5A
telie
r 8
Donneacutees disponiblesA
telier
5
Simpliciteacute drsquoaccegraves
Structuration et indexation Optimisation des temps de traitement
Mise agrave jour hebdomadaire
Donneacutees retravailleacutees
Possibiliteacute drsquoimports exports
Partage de programmes Noms de variables communs Uniformisation sur les anneacutees
6A
telie
r 8
Avantages du dispositifA
telier
5
Espace documentaire Documentation utile agrave lrsquoexploitation des bases
Actualiteacutes et derniegraveres mises en ligne
Echange
Simplification administrative Signature eacutelectronique
7A
telie
r 8
Projet drsquoameacutelioration en coursA
telier
5
Pregraves de 600 utilisateurs
+ de 300 en eacutetablissements de santeacute
Dans 130 structures
8A
telie
r 8
Le serveur aujourdrsquohui A
telier
5
Accegraves aux bases nationales de donneacutees de santeacute via le site de lATIH
Dr Michel LehmannDeacutepartement de lrsquoInformation Meacutedicale m-lehmannchu-montpellierfr
Composition
‐ tables SAS et documentation (Excel)
‐ donneacutees PMSI
‐ tous champs HAD MCO SSR Psychiatrie
‐ mise agrave jour rapide (hebdomadaire)
‐ donneacutees compleacutementaires
‐ eacutequipements SAE ndash source DREES
‐ population source INSEE
‐ eacutetablissements source FINESS (manque la filiation des eacutetablissements)
‐ possibiliteacute de stocker localement nos propres reacutefeacuterentiels (tables formats macros hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 2
Indications
‐ toute eacutetude comparative neacutecessitant de mieux connaicirctre les activiteacutes dhospitalisation des eacutetablissements tiers
‐ toute question ponctuelle visant agrave faire eacutevoluer des pratiques de codage
‐ mesure dincidence
‐ repeacuterage deacutetablissements atypiques
‐ sollicitation directe eacuteventuelle
‐ recours aux divers reacutefeacuterentiels disponibles agrave des fins internes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 3
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Atelier 5 Les donneacutees collecteacutees le potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
2Ate
lier
5
Renforcer la seacutecuriteacute des donneacutees du PMSI
Loi de modernisation du systegraveme de santeacute (ndeg2016-41 du 26 janvier 2016 - article 193)
Mise en place du serveur seacutecuriseacute drsquoaccegraves aux donneacutees hospitaliegraveres
httpsacces-securiseatihsantefr
3
ContexteA
telier
5
Accegraves seacutecuriseacute ATIH Authentification forte Traccedilabiliteacute Accessible 24x6
Gratuit via navigateur web SAS Enterprise Guide
R Studio
Explorateur de fichiers
Pack Office
Tutoriels
Support deacutedieacute supportatihsantefr
4A
telie
r 8
Principes et fonctionnementA
telier
5
Conformiteacute MR-005 4 champs du PMSI national + chainage
9 ans + anneacutee en cours
Reacutesumeacutes de passages aux urgences (RPU)
Le serveur dispose eacutegalement Reacutefeacuterentiels communs
SAE depuis 2008
Documentation
5A
telie
r 8
Donneacutees disponiblesA
telier
5
Simpliciteacute drsquoaccegraves
Structuration et indexation Optimisation des temps de traitement
Mise agrave jour hebdomadaire
Donneacutees retravailleacutees
Possibiliteacute drsquoimports exports
Partage de programmes Noms de variables communs Uniformisation sur les anneacutees
6A
telie
r 8
Avantages du dispositifA
telier
5
Espace documentaire Documentation utile agrave lrsquoexploitation des bases
Actualiteacutes et derniegraveres mises en ligne
Echange
Simplification administrative Signature eacutelectronique
7A
telie
r 8
Projet drsquoameacutelioration en coursA
telier
5
Pregraves de 600 utilisateurs
+ de 300 en eacutetablissements de santeacute
Dans 130 structures
8A
telie
r 8
Le serveur aujourdrsquohui A
telier
5
Accegraves aux bases nationales de donneacutees de santeacute via le site de lATIH
Dr Michel LehmannDeacutepartement de lrsquoInformation Meacutedicale m-lehmannchu-montpellierfr
Composition
‐ tables SAS et documentation (Excel)
‐ donneacutees PMSI
‐ tous champs HAD MCO SSR Psychiatrie
‐ mise agrave jour rapide (hebdomadaire)
‐ donneacutees compleacutementaires
‐ eacutequipements SAE ndash source DREES
‐ population source INSEE
‐ eacutetablissements source FINESS (manque la filiation des eacutetablissements)
‐ possibiliteacute de stocker localement nos propres reacutefeacuterentiels (tables formats macros hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 2
Indications
‐ toute eacutetude comparative neacutecessitant de mieux connaicirctre les activiteacutes dhospitalisation des eacutetablissements tiers
‐ toute question ponctuelle visant agrave faire eacutevoluer des pratiques de codage
‐ mesure dincidence
‐ repeacuterage deacutetablissements atypiques
‐ sollicitation directe eacuteventuelle
‐ recours aux divers reacutefeacuterentiels disponibles agrave des fins internes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 3
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Renforcer la seacutecuriteacute des donneacutees du PMSI
Loi de modernisation du systegraveme de santeacute (ndeg2016-41 du 26 janvier 2016 - article 193)
Mise en place du serveur seacutecuriseacute drsquoaccegraves aux donneacutees hospitaliegraveres
httpsacces-securiseatihsantefr
3
ContexteA
telier
5
Accegraves seacutecuriseacute ATIH Authentification forte Traccedilabiliteacute Accessible 24x6
Gratuit via navigateur web SAS Enterprise Guide
R Studio
Explorateur de fichiers
Pack Office
Tutoriels
Support deacutedieacute supportatihsantefr
4A
telie
r 8
Principes et fonctionnementA
telier
5
Conformiteacute MR-005 4 champs du PMSI national + chainage
9 ans + anneacutee en cours
Reacutesumeacutes de passages aux urgences (RPU)
Le serveur dispose eacutegalement Reacutefeacuterentiels communs
SAE depuis 2008
Documentation
5A
telie
r 8
Donneacutees disponiblesA
telier
5
Simpliciteacute drsquoaccegraves
Structuration et indexation Optimisation des temps de traitement
Mise agrave jour hebdomadaire
Donneacutees retravailleacutees
Possibiliteacute drsquoimports exports
Partage de programmes Noms de variables communs Uniformisation sur les anneacutees
6A
telie
r 8
Avantages du dispositifA
telier
5
Espace documentaire Documentation utile agrave lrsquoexploitation des bases
Actualiteacutes et derniegraveres mises en ligne
Echange
Simplification administrative Signature eacutelectronique
7A
telie
r 8
Projet drsquoameacutelioration en coursA
telier
5
Pregraves de 600 utilisateurs
+ de 300 en eacutetablissements de santeacute
Dans 130 structures
8A
telie
r 8
Le serveur aujourdrsquohui A
telier
5
Accegraves aux bases nationales de donneacutees de santeacute via le site de lATIH
Dr Michel LehmannDeacutepartement de lrsquoInformation Meacutedicale m-lehmannchu-montpellierfr
Composition
‐ tables SAS et documentation (Excel)
‐ donneacutees PMSI
‐ tous champs HAD MCO SSR Psychiatrie
‐ mise agrave jour rapide (hebdomadaire)
‐ donneacutees compleacutementaires
‐ eacutequipements SAE ndash source DREES
‐ population source INSEE
‐ eacutetablissements source FINESS (manque la filiation des eacutetablissements)
‐ possibiliteacute de stocker localement nos propres reacutefeacuterentiels (tables formats macros hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 2
Indications
‐ toute eacutetude comparative neacutecessitant de mieux connaicirctre les activiteacutes dhospitalisation des eacutetablissements tiers
‐ toute question ponctuelle visant agrave faire eacutevoluer des pratiques de codage
‐ mesure dincidence
‐ repeacuterage deacutetablissements atypiques
‐ sollicitation directe eacuteventuelle
‐ recours aux divers reacutefeacuterentiels disponibles agrave des fins internes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 3
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Accegraves seacutecuriseacute ATIH Authentification forte Traccedilabiliteacute Accessible 24x6
Gratuit via navigateur web SAS Enterprise Guide
R Studio
Explorateur de fichiers
Pack Office
Tutoriels
Support deacutedieacute supportatihsantefr
4A
telie
r 8
Principes et fonctionnementA
telier
5
Conformiteacute MR-005 4 champs du PMSI national + chainage
9 ans + anneacutee en cours
Reacutesumeacutes de passages aux urgences (RPU)
Le serveur dispose eacutegalement Reacutefeacuterentiels communs
SAE depuis 2008
Documentation
5A
telie
r 8
Donneacutees disponiblesA
telier
5
Simpliciteacute drsquoaccegraves
Structuration et indexation Optimisation des temps de traitement
Mise agrave jour hebdomadaire
Donneacutees retravailleacutees
Possibiliteacute drsquoimports exports
Partage de programmes Noms de variables communs Uniformisation sur les anneacutees
6A
telie
r 8
Avantages du dispositifA
telier
5
Espace documentaire Documentation utile agrave lrsquoexploitation des bases
Actualiteacutes et derniegraveres mises en ligne
Echange
Simplification administrative Signature eacutelectronique
7A
telie
r 8
Projet drsquoameacutelioration en coursA
telier
5
Pregraves de 600 utilisateurs
+ de 300 en eacutetablissements de santeacute
Dans 130 structures
8A
telie
r 8
Le serveur aujourdrsquohui A
telier
5
Accegraves aux bases nationales de donneacutees de santeacute via le site de lATIH
Dr Michel LehmannDeacutepartement de lrsquoInformation Meacutedicale m-lehmannchu-montpellierfr
Composition
‐ tables SAS et documentation (Excel)
‐ donneacutees PMSI
‐ tous champs HAD MCO SSR Psychiatrie
‐ mise agrave jour rapide (hebdomadaire)
‐ donneacutees compleacutementaires
‐ eacutequipements SAE ndash source DREES
‐ population source INSEE
‐ eacutetablissements source FINESS (manque la filiation des eacutetablissements)
‐ possibiliteacute de stocker localement nos propres reacutefeacuterentiels (tables formats macros hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 2
Indications
‐ toute eacutetude comparative neacutecessitant de mieux connaicirctre les activiteacutes dhospitalisation des eacutetablissements tiers
‐ toute question ponctuelle visant agrave faire eacutevoluer des pratiques de codage
‐ mesure dincidence
‐ repeacuterage deacutetablissements atypiques
‐ sollicitation directe eacuteventuelle
‐ recours aux divers reacutefeacuterentiels disponibles agrave des fins internes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 3
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Conformiteacute MR-005 4 champs du PMSI national + chainage
9 ans + anneacutee en cours
Reacutesumeacutes de passages aux urgences (RPU)
Le serveur dispose eacutegalement Reacutefeacuterentiels communs
SAE depuis 2008
Documentation
5A
telie
r 8
Donneacutees disponiblesA
telier
5
Simpliciteacute drsquoaccegraves
Structuration et indexation Optimisation des temps de traitement
Mise agrave jour hebdomadaire
Donneacutees retravailleacutees
Possibiliteacute drsquoimports exports
Partage de programmes Noms de variables communs Uniformisation sur les anneacutees
6A
telie
r 8
Avantages du dispositifA
telier
5
Espace documentaire Documentation utile agrave lrsquoexploitation des bases
Actualiteacutes et derniegraveres mises en ligne
Echange
Simplification administrative Signature eacutelectronique
7A
telie
r 8
Projet drsquoameacutelioration en coursA
telier
5
Pregraves de 600 utilisateurs
+ de 300 en eacutetablissements de santeacute
Dans 130 structures
8A
telie
r 8
Le serveur aujourdrsquohui A
telier
5
Accegraves aux bases nationales de donneacutees de santeacute via le site de lATIH
Dr Michel LehmannDeacutepartement de lrsquoInformation Meacutedicale m-lehmannchu-montpellierfr
Composition
‐ tables SAS et documentation (Excel)
‐ donneacutees PMSI
‐ tous champs HAD MCO SSR Psychiatrie
‐ mise agrave jour rapide (hebdomadaire)
‐ donneacutees compleacutementaires
‐ eacutequipements SAE ndash source DREES
‐ population source INSEE
‐ eacutetablissements source FINESS (manque la filiation des eacutetablissements)
‐ possibiliteacute de stocker localement nos propres reacutefeacuterentiels (tables formats macros hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 2
Indications
‐ toute eacutetude comparative neacutecessitant de mieux connaicirctre les activiteacutes dhospitalisation des eacutetablissements tiers
‐ toute question ponctuelle visant agrave faire eacutevoluer des pratiques de codage
‐ mesure dincidence
‐ repeacuterage deacutetablissements atypiques
‐ sollicitation directe eacuteventuelle
‐ recours aux divers reacutefeacuterentiels disponibles agrave des fins internes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 3
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Simpliciteacute drsquoaccegraves
Structuration et indexation Optimisation des temps de traitement
Mise agrave jour hebdomadaire
Donneacutees retravailleacutees
Possibiliteacute drsquoimports exports
Partage de programmes Noms de variables communs Uniformisation sur les anneacutees
6A
telie
r 8
Avantages du dispositifA
telier
5
Espace documentaire Documentation utile agrave lrsquoexploitation des bases
Actualiteacutes et derniegraveres mises en ligne
Echange
Simplification administrative Signature eacutelectronique
7A
telie
r 8
Projet drsquoameacutelioration en coursA
telier
5
Pregraves de 600 utilisateurs
+ de 300 en eacutetablissements de santeacute
Dans 130 structures
8A
telie
r 8
Le serveur aujourdrsquohui A
telier
5
Accegraves aux bases nationales de donneacutees de santeacute via le site de lATIH
Dr Michel LehmannDeacutepartement de lrsquoInformation Meacutedicale m-lehmannchu-montpellierfr
Composition
‐ tables SAS et documentation (Excel)
‐ donneacutees PMSI
‐ tous champs HAD MCO SSR Psychiatrie
‐ mise agrave jour rapide (hebdomadaire)
‐ donneacutees compleacutementaires
‐ eacutequipements SAE ndash source DREES
‐ population source INSEE
‐ eacutetablissements source FINESS (manque la filiation des eacutetablissements)
‐ possibiliteacute de stocker localement nos propres reacutefeacuterentiels (tables formats macros hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 2
Indications
‐ toute eacutetude comparative neacutecessitant de mieux connaicirctre les activiteacutes dhospitalisation des eacutetablissements tiers
‐ toute question ponctuelle visant agrave faire eacutevoluer des pratiques de codage
‐ mesure dincidence
‐ repeacuterage deacutetablissements atypiques
‐ sollicitation directe eacuteventuelle
‐ recours aux divers reacutefeacuterentiels disponibles agrave des fins internes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 3
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Espace documentaire Documentation utile agrave lrsquoexploitation des bases
Actualiteacutes et derniegraveres mises en ligne
Echange
Simplification administrative Signature eacutelectronique
7A
telie
r 8
Projet drsquoameacutelioration en coursA
telier
5
Pregraves de 600 utilisateurs
+ de 300 en eacutetablissements de santeacute
Dans 130 structures
8A
telie
r 8
Le serveur aujourdrsquohui A
telier
5
Accegraves aux bases nationales de donneacutees de santeacute via le site de lATIH
Dr Michel LehmannDeacutepartement de lrsquoInformation Meacutedicale m-lehmannchu-montpellierfr
Composition
‐ tables SAS et documentation (Excel)
‐ donneacutees PMSI
‐ tous champs HAD MCO SSR Psychiatrie
‐ mise agrave jour rapide (hebdomadaire)
‐ donneacutees compleacutementaires
‐ eacutequipements SAE ndash source DREES
‐ population source INSEE
‐ eacutetablissements source FINESS (manque la filiation des eacutetablissements)
‐ possibiliteacute de stocker localement nos propres reacutefeacuterentiels (tables formats macros hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 2
Indications
‐ toute eacutetude comparative neacutecessitant de mieux connaicirctre les activiteacutes dhospitalisation des eacutetablissements tiers
‐ toute question ponctuelle visant agrave faire eacutevoluer des pratiques de codage
‐ mesure dincidence
‐ repeacuterage deacutetablissements atypiques
‐ sollicitation directe eacuteventuelle
‐ recours aux divers reacutefeacuterentiels disponibles agrave des fins internes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 3
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Pregraves de 600 utilisateurs
+ de 300 en eacutetablissements de santeacute
Dans 130 structures
8A
telie
r 8
Le serveur aujourdrsquohui A
telier
5
Accegraves aux bases nationales de donneacutees de santeacute via le site de lATIH
Dr Michel LehmannDeacutepartement de lrsquoInformation Meacutedicale m-lehmannchu-montpellierfr
Composition
‐ tables SAS et documentation (Excel)
‐ donneacutees PMSI
‐ tous champs HAD MCO SSR Psychiatrie
‐ mise agrave jour rapide (hebdomadaire)
‐ donneacutees compleacutementaires
‐ eacutequipements SAE ndash source DREES
‐ population source INSEE
‐ eacutetablissements source FINESS (manque la filiation des eacutetablissements)
‐ possibiliteacute de stocker localement nos propres reacutefeacuterentiels (tables formats macros hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 2
Indications
‐ toute eacutetude comparative neacutecessitant de mieux connaicirctre les activiteacutes dhospitalisation des eacutetablissements tiers
‐ toute question ponctuelle visant agrave faire eacutevoluer des pratiques de codage
‐ mesure dincidence
‐ repeacuterage deacutetablissements atypiques
‐ sollicitation directe eacuteventuelle
‐ recours aux divers reacutefeacuterentiels disponibles agrave des fins internes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 3
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Accegraves aux bases nationales de donneacutees de santeacute via le site de lATIH
Dr Michel LehmannDeacutepartement de lrsquoInformation Meacutedicale m-lehmannchu-montpellierfr
Composition
‐ tables SAS et documentation (Excel)
‐ donneacutees PMSI
‐ tous champs HAD MCO SSR Psychiatrie
‐ mise agrave jour rapide (hebdomadaire)
‐ donneacutees compleacutementaires
‐ eacutequipements SAE ndash source DREES
‐ population source INSEE
‐ eacutetablissements source FINESS (manque la filiation des eacutetablissements)
‐ possibiliteacute de stocker localement nos propres reacutefeacuterentiels (tables formats macros hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 2
Indications
‐ toute eacutetude comparative neacutecessitant de mieux connaicirctre les activiteacutes dhospitalisation des eacutetablissements tiers
‐ toute question ponctuelle visant agrave faire eacutevoluer des pratiques de codage
‐ mesure dincidence
‐ repeacuterage deacutetablissements atypiques
‐ sollicitation directe eacuteventuelle
‐ recours aux divers reacutefeacuterentiels disponibles agrave des fins internes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 3
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Composition
‐ tables SAS et documentation (Excel)
‐ donneacutees PMSI
‐ tous champs HAD MCO SSR Psychiatrie
‐ mise agrave jour rapide (hebdomadaire)
‐ donneacutees compleacutementaires
‐ eacutequipements SAE ndash source DREES
‐ population source INSEE
‐ eacutetablissements source FINESS (manque la filiation des eacutetablissements)
‐ possibiliteacute de stocker localement nos propres reacutefeacuterentiels (tables formats macros hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 2
Indications
‐ toute eacutetude comparative neacutecessitant de mieux connaicirctre les activiteacutes dhospitalisation des eacutetablissements tiers
‐ toute question ponctuelle visant agrave faire eacutevoluer des pratiques de codage
‐ mesure dincidence
‐ repeacuterage deacutetablissements atypiques
‐ sollicitation directe eacuteventuelle
‐ recours aux divers reacutefeacuterentiels disponibles agrave des fins internes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 3
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Indications
‐ toute eacutetude comparative neacutecessitant de mieux connaicirctre les activiteacutes dhospitalisation des eacutetablissements tiers
‐ toute question ponctuelle visant agrave faire eacutevoluer des pratiques de codage
‐ mesure dincidence
‐ repeacuterage deacutetablissements atypiques
‐ sollicitation directe eacuteventuelle
‐ recours aux divers reacutefeacuterentiels disponibles agrave des fins internes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 3
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Indications (2)Meacutethodologie de reacutefeacuterence 005 - extrait
‐ eacutevaluation comparative de loffre de soins analyses spatiales analyses strateacutegiques
‐ eacutevolution des pratiques de prises en charge incidence de certains facteurs dans les
hospitalisations analyses temporelles
‐ analyses comparatives des activiteacutes de soins eacutetudes de trajectoire de patients bassin de
recrutement devenir des patients
‐ description et analyse des pathologies et parcours de soins des patients dans les eacutetablissements
de santeacute
‐ analyse du territoire de santeacute des groupements hospitaliers de territoire (GHT) eacutetudes de
collaboration entre eacutetablissements dun peacuterimegravetre deacutefini
‐ analyse continue deacutevaluations comparatives meilleure adaptation de loffre de soins
optimisation valorisation des seacutejours reacutealisation dindicateurs de pilotage strateacutegie
‐ travaux de modeacutelisation simulation planning logistique hospitaliegravere recherche
opeacuterationnelle
‐ eacutetudes eacutepideacutemiologiques
‐ eacutetudes meacutedico-eacuteconomiques
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 4
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Modaliteacutes dadministration (1)
‐ Obtention dun accegraves aux donneacutees deacutemarches (CNIL + ATIH) faciliteacutees avec en regard une traccedilabiliteacute plus meacutethodique des usages qui sont faits des donneacutees
‐ Utilisation dun accegraves seacutecuriseacute avec une cleacute physique presque 7 jours sur 7 24 heures par jour
‐ Possibiliteacute de compte utilisateur multi-sites
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 5
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Modaliteacutes dadministration (2)
‐ Partage des traitements et donneacutees par plusieurs utilisateurs sur un mecircme site client
‐ Langage SAS plusieurs modes de traitement des donneacutees codage classique requecirctes SQL glisser-deacuteposer
‐ possibiliteacute dutiliser le langage R sur simple demande
‐ Export possible des reacutesultats sous divers formats facilitation de lexport sous certains formats courants html pptx Excel (tutoriel programmes-exemple hellip)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 6
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Mise en garde et preacutecautions demploi
‐ les faciliteacutes daccegraves et temps de reacuteponse peuvent provoquer un pheacutenomegravene daccoutumance et induire un abus voire une addiction agrave lusage des donneacutees
‐ cette faciliteacute ne doit pas faire oublier que le propre dun reacutesultat statistique est decirctre plus souvent faux (si le calcul reacutealiseacute est erroneacute) ou de reacutepondre agrave une autre question que celle poseacutee
aussi nous recommandons que chaque prise dinformation soit preacuteceacutedeacutee
‐ dune phase de speacutecifications mecircme succinctes
‐ dune digestion des reacutesultats lors de la descente
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 7
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Modaliteacutes de suivi
‐ responsabiliteacute interne respect des regravegles (meacutethodologies de reacutefeacuterence MR005 et engagement aupregraves de lATIH)
‐ possibiliteacutes de deacutevelopper les interactions entre utilisateurs
‐ Forum (modeacutereacute)
‐ en sus dune foire aux Questionsune Foire aux Ideacutees (avec exemples de reacutesultats)
‐ formations deacutedieacutees (data managers)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 8
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Tips (1)Documentation directe des tables
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 9
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Tips (2)Reclassement en Fonctions Groupage + reacutecentes
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 10
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Tips (3)Valorisation ATIH des RSA (et seacutejours SSR)
Donneacutees de Santeacute ATIH Lyon 20112018 11
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Service des Donneacutees de Santeacute - Hospices Civils de Lyon
HESPER - Health Services and Performance Research Lab
Atelier 5 - Les donneacutees collecteacutees le
potentiel de lrsquoaccegraves seacutecuriseacute
Duclos Antoine Polazzi Steacutephanie Payet Ceacutecile
Journeacutee ATIH des donneacutees hospitaliegraveres
Villeurbanne 20 Novembre 2018
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Conception drsquoeacutetudes
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Travaux de recherche sur le PMSI aux HCL
2010rsquo2000rsquo1990rsquo
Donneacutees
locales
Donneacutees
reacutegionales
Donneacutees
nationales
Etudes sur les services de santeacute ou eacutepideacutemiologiques
- Approches observationnelle ou interventionnelle
- Travaux meacutethodologiques
- Collaboration historique HCL-ATIH
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Etape preacutealable de protocolisation
bull Formulation precise de lrsquohypothegravese question de recherche
bull Eleacutements cleacutes du potocole Titre de lrsquoeacutetude
Investigateurs avec accegraves aux donneacutees
Rationnel avec justification du caractegravere drsquointeacuterecirct public de lrsquoeacutetude
Objectif(s)
Meacutethodologie Scheacutema drsquoeacutetude Sources de donneacutees Population
eacutetudieacutee Critegraveres drsquoeacutevaluation Variables drsquointeacuterecirct Analyses
Calendrier preacutevisionnel
Reacutefeacuterences bibliographiques
bull Deacuteclaration MR005 avant de traiter les donneacutees Protocole
Deacuteclaration Publique drsquoInteacuterecirct
Fiche Reacutesumeacute INDS
Date preacutevisionnelle de fin drsquoeacutetude
Rapport de reacutesultats obtenus publication scientifique
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Exemples agrave partir de 2 eacutetudes
bull Etude ELIPSE
Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux reacuteduisant
significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du temps eacutetaient
exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement
indeacutesirable grave apregraves lrsquoopeacuteration
bull Etude BARIATRIQUE
Comparer le risque de reprise chirurgicale entre diffeacuterents types
drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Preacuteparation des donneacutees
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Espace commun
bull Dossier Projet
Programmes de creacuteation de la base et des analyses
Base de donneacutees
Dictionnaire des variables
Flowchart
Rapport de data-management et drsquoanalyse
bull Tables constitueacutees en amont
Etude ELIPSE Actes Urgences DAS du RSS Elixhauser
Etude BARIATRIQUE Actes Urgences DAS du RSS Charlson
Elixhauser Deacutecegraves
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Donneacutees utiliseacutees
bull Historique
Etude ELIPSE 2008 agrave 2017
Population 2013-2016 6 mois de suivi washout
depuis 2008
Etude BARIATRIQUE 2012 agrave 2018
Population 2013-2015 3 ans de suivi 1 an de conso
anteacuterieures
bull Tables
Etude ELIPSE MCO (FIXE UM) SAE bases
administratives (MCO_XXXX)
Etude BARIATRIQUE MCO (FIXE UM DMIP DIANAT
DMI_VALO_DGFOQN MED_VALO_DGFOQN)
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Nomenclatures utiliseacutees
bull Nomenclatures geacuteneacuterales
Etude ELIPSE FINESSGEO FINESS
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
Etude BARIATRIQUE
CORRESP_CODE_COM_GEO_TS_POP
bull Nomenclatures PMSI
Etude BARIATRIQUE ALL_CCAM
ALL_CCAM_HIERA ALL_CIM10
ALL_CIM10_HIERA MCO_DM_EN_SUS
MCO_DM_HIERA
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Donneacutees teacuteleacutechargeacutees
bull Etude ELIPSE
INSEE Revenu median des meacutenages de la commune
DREES Accessibiliteacute potentielle localiseacutee aux meacutedecins
geacuteneacuteralistes
ENC MCO
bull Etude BARIATRIQUE
INSEE Revenu meacutedian des meacutenages de la commune
Classification ATC
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Analyse des donneacutees
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Analyses statistiques des donneacutees
bull 2 logiciels disponibles SAS et R
bull Microsoft office 2013
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Objectif Comparer le risque de reprise chirurgicale entre
diffeacuterents types drsquointervention (sleeve vs bypass vs anneau)
bull Appariement des patients entre les 2 proceacutedures au sein de
chaque eacutetablissement
Scores de propension
Utilisation drsquoune proceacutedure SAS
Scores de propension agrave haute dimension
Importation de macros et drsquoun fichier speacutecifique (jar)
Validation en amont aupregraves de lrsquoATIH pour srsquoassurer de la
compatibiliteacute sur la plateforme
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Utilisation de SAS eacutetude BARIATRIQUE
bull Statistiques descriptives
Importation sur la plateforme de nos macros types pour la
mise en forme des tableaux
bull Modegravele de survie
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()
Sex male 3012 (174) 3424 (198)
Age in year mean (SD) 420 (114) 416 (118)
Median income mean (SD) 201584 (32162) 201995 (31988)
Congestive heart failure 87 (05) 99 (06)
Cardiac arrhytmias 450 (26) 465 (27)
Valvular disease 51 (03) 46 (03)
hellip hellip
Bypass
N=17282 ()
Sleeve
N=17282 ()HR [IC 95] P-value
Reprise chirurgicale
1-7 jours 538 (31) 337 (20) 062 [054-071] lt0001
8-30 jours 160 (09) 135 (08) 083 [066-104] 0117
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
Utilisation de Rstudio eacutetude ELIPSE
bull Objectif Etudier si les patients opeacutereacutes dans des hocircpitaux
reacuteduisant significativement leur dureacutee de seacutejour au cours du
temps eacutetaient exposeacutes agrave un risque plus eacuteleveacute de
reacutehospitalisation pour eacuteveacutenement indeacutesirable grave apregraves
lrsquoopeacuteration
bull 3 groupes drsquohocircpitaux selon lrsquoeacutevolution de leur dureacutee de seacutejour
Diminution majeure modeacutereacutee pas de diminution
Classification des pentes importation du package K-means
supportatihsantefr
Installeacutes sur la plateforme dans les 48h
Uniquement heacutebergeacutes sur la plateforme CRAN et non sur github
