ANNEXES CR par WP et Unités - Cirad

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1 ANNEXES CR par WP et Unités WP1 : Biologie et évolution des agents infectieux émergents page 1 WP2 : SHS Logiques et stratégies des différents acteurs de l’émergence sanitaire aux niveaux local, national et international. Les conditions d’une meilleure articulation. page 11 WP3. Modélisation et scénarios géographiques page 20 WP1 Biologie et évolution des agents infectieux émergents (BGPI, CMAEE, PVBMT) Animateur-trice : Michel Peterschmitt, BGPI Geneviève Libeau, CMAEE Modèle 1 : Modèle 1 Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) BGPI- Michel Peterschmitt RÉSULTATS Des résultats sur la recombinaison virale en tant que déterminant de l’émergence ont été obtenus sur les 3 opérations projetées dans l’ATP, opération ATP-1.2.1 selon une approche in vitro, opération ATP-1.2.2 selon une approche in planta, et opération ATP-1.2.3 selon une approche au champ. En ce qui concerne l’opération ATP-1.2.1, les résultats les plus importants ont pu être formalisés sous forme d’une publication parue dans une revue à fort facteur d’impact (Vuillaume et al. 2011, PLoS Pathog 7:e1002028). Contrairement aux prédictions qui pouvaient être faites sur la base des résultats de la littérature et notamment des résultats obtenus sur la mutation aléatoire qui s’avère fort ement létale, nous avons pu montrer avec le modèle TYLCV que la recombinaison aléatoire n’est pas forcément létale ; les 47 recombinants aléatoires générés in vitro entre le TYLCV et une espèce apparentée, le Tomato leaf curl Comoros virus (ToLCKMV), étaient tous infectieux et de plus ils présentaient tous une accumulation virale intra-plante similaire ou intermédiaire à celle des virus parentaux. Le potentiel d’émergence de ces recombinants a été confirmé en montrant sur un échantillon de 27 recombinants tirés aléatoirement, que tous sont transmis par le vecteur naturel, Bemisia tabaci. Enfin, nous avons montré que la virulence de certains de ces recombinants était significativement plus forte que celles des parents, ce qui doit nous alerter sur le risque économique encouru en cas de rencontre du TYLCV et du ToLCKMV qui pour le moment occupent des aires géographiques séparées. A la suite de l’opération ATP-1.2.1 décrit ci-dessus, nous avons engagé une opération sur la recombinaison in-planta (opération ATP-1.2.2). Les clones parentaux utilisés pour la recombinaison aléatoire in-vitro ont été réutilisés ici. En 2011, nous avons montré que les génomes recombinants apparaissent dès 30 jours après le début de la coinfection et que leur fréquence augmente rapidement jusqu’à atteindre environ 50% de la population virale dans la plante. Contrairement à nos attentes, la transmission par le vecteur naturel, B. tabaci, ne semble pas influencer la fréquence de génomes recombinants dans les plantes. Le niveau de coinfection cellulaire est un étape obligatoire dans l’émergence de recombinants inter -

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ANNEXES – CR par WP et Unités WP1 : Biologie et évolution des agents infectieux émergents

page 1 WP2 : SHS Logiques et stratégies des différents acteurs de l’émergence sanitaire aux niveaux local, national et international. Les conditions d’une meilleure articulation. page 11 WP3. Modélisation et scénarios géographiques

page 20

WP1 Biologie et évolution des agents infectieux émergents (BGPI, CMAEE, PVBMT) Animateur-trice : Michel Peterschmitt, BGPI Geneviève Libeau, CMAEE Modèle 1 : Modèle 1 Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) BGPI- Michel Peterschmitt

RÉSULTATS

Des résultats sur la recombinaison virale en tant que déterminant de l’émergence ont été obtenus sur les 3 opérations projetées dans l’ATP, opération ATP-1.2.1 selon une approche in vitro, opération ATP-1.2.2 selon une approche in planta, et opération ATP-1.2.3 selon une approche au champ. En ce qui concerne l’opération ATP-1.2.1, les résultats les plus importants ont pu être formalisés sous forme d’une publication parue dans une revue à fort facteur d’impact (Vuillaume et al. 2011, PLoS Pathog 7:e1002028). Contrairement aux prédictions qui pouvaient être faites sur la base des résultats de la littérature et notamment des résultats obtenus sur la mutation aléatoire qui s’avère fortement létale, nous avons pu montrer avec le modèle TYLCV que la recombinaison aléatoire n’est pas forcément létale ; les 47 recombinants aléatoires générés in vitro entre le TYLCV et une espèce apparentée, le Tomato leaf curl Comoros virus (ToLCKMV), étaient tous infectieux et de plus ils présentaient tous une accumulation virale intra-plante similaire ou intermédiaire à celle des virus parentaux. Le potentiel d’émergence de ces recombinants a été confirmé en montrant sur un échantillon de 27 recombinants tirés aléatoirement, que tous sont transmis par le vecteur naturel, Bemisia tabaci. Enfin, nous avons montré que la virulence de certains de ces recombinants était significativement plus forte que celles des parents, ce qui doit nous alerter sur le risque économique encouru en cas de rencontre du TYLCV et du ToLCKMV qui pour le moment occupent des aires géographiques séparées. A la suite de l’opération ATP-1.2.1 décrit ci-dessus, nous avons engagé une opération sur la recombinaison in-planta (opération ATP-1.2.2). Les clones parentaux utilisés pour la recombinaison aléatoire in-vitro ont été réutilisés ici. En 2011, nous avons montré que les génomes recombinants apparaissent dès 30 jours après le début de la coinfection et que leur fréquence augmente rapidement jusqu’à atteindre environ 50% de la population virale dans la plante. Contrairement à nos attentes, la transmission par le vecteur naturel, B. tabaci, ne semble pas influencer la fréquence de génomes recombinants dans les plantes. Le niveau de coinfection cellulaire est un étape obligatoire dans l’émergence de recombinants inter-

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espèces dans une plante coinfectée. Pour caractériser la relation entre coinfection et émergence de recombinants, nous avons cette année mis au point une technique d’hybridation in situ. Sur la base des points de recombinaison identifiés sur l’ensemble des génomes recombinants séquencés, on remarque qu’ils sont distribués tout au long du génome ce qui indique qu’il n’y a pas de contrainte mécanique majeure à la recombinaison entre ces deux virus. Cette distribution varie dans une même plante au cours du temps et entre plante ce qui suggère que la population de recombinants est soumise a des effets stochastiques liés à la dérive (stage M2 A. Antolik). Des effets sélectifs sont également discernables. En effet, à des stades tardifs de la coinfection, certains types de recombinant ont été isolés plusieurs fois dans une même plante et également dans des plantes différentes. De tels recombinants ont été testés en compétition avec les génomes parentaux (stage M1, N. Bouazza) pour tester l’hypothèse de leur sélection. Les analyses sont en cours.

L’opération ATP-1.2.3 sur le suivi de la recombinaison au champ sur le modèle TYLCV utilisé en condition contrôlé (opérations ATP-1.2.1 et 1.2.2) a été mené en collaboration avec l’ENA de Meknès. Un des objectifs de cette opération était de comprendre comment le TYLCV, qui chaque année provoque des épidémies estivales sur tomate dans le Nord Est du Maroc, se maintient en hiver en absence de tomate au champ. Les prospections hivernales n’avaient pas permis d’identifier d’adventice infectées en pleine hiver. Des prospections ont alors été entreprises sur des cultures hivernales (fève et haricot) qui se sont avérées infectées par le TYLCV et par une espèce apparentée, le Tomato yellow leaf curl Sardinia virus (TYLCSV). Ce résultat a non seulement permis de trouver les plantes qui sont potentiellement responsables du maintien hivernal de l’inoculum TYLCV, mais a également révélé leur possible implication dans la génération de virus recombinants. En effet, contrairement à la tomate qui n’est que très rarement infectée par le TYLCSV et à fortiori en coinfection avec le TYLCV, ces plantes hivernales, le sont fréquemment. Le passage apparemment obligé du TYLCV sur ces plantes hivernales qui lui assurent son maintien, augmente considérablement le risque de coinfection avec le TYLCSV, et inévitablement la génération de recombinants. Des recombinants TYLCV-TYLCSV ont été recherchés au sein de ces plantes par une étudiante marocaine en thèse coencadrée par A Tahiri et M Peterschmitt. Cette étudiante, Sanae El Montaser, a travaillé à BGPI d’avril à juin 2011. EXÉCUTION DE L'ATP (durant la période)

Rapprochement entre les résultats attendus et les résultats obtenus : les objectifs initiaux de l'année ont-ils été atteints ? Sinon pourquoi ?

Des résultats sur la recombinaison virale en tant que déterminant de l’émergence ont été obtenus sur les 3 opérations projetées dans l’ATP, opération ATP-1.2.1 selon une approche in vitro, opération ATP-1.2.2 selon une approche in planta, et opération ATP-1.2.3 selon une approche au champ. Les objectifs initiaux de l'année ont été globalement atteints

Problèmes rencontrés dans l'exécution de l'ATP (problèmes méthodologiques, techniques ou logistiques).

Jusqu’en 2010 nous avions un projet PRAD entre le CIRAD et l’ENA de Meknès qui s’intitulait « Identification des facteurs permettant la réémergence estivale du TYLCV et du TYLCSV sur tomate au Nord Est du Maroc». Grâce à ce projet nous avons pu obtenir un appui financier pour permettre à une thésarde marocaine de venir au CIRAD pendant 4 mois sur la caractérisation de recombinants naturels de TYLCV (opération ATP-1.2.3). Ce financement nous a permis d’accueillir dès la première année d’ATP, Sanae El Montaser qui n’avait été prévue que sur la 2e année. Malheureusement, l’étudiante n’a pas pu rester jusqu’à la fin de son séjour car elle a été recrutée par le gouvernement marocain au mois de juillet dans le cadre d’une importante opération de recrutement

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parmi les jeunes. Le travail démarré cette année par Sanae sera cependant poursuivi en 2012 par une autre étudiante en thèse, sur le financement qui avait été prévu à cet effet.

Doit-on envisager des réajustements par rapport aux objectifs initiaux ?

Non

La collaboration avec les équipes participantes est-elle celle prévue ? La collaboration avec le partenaire marocain s’est passée comme prévue

IMPACT DE L'ATP SUR LES RELATIONS INTER-DEPARTEMENT OU INTER-DISCIPLINAIRES

Préciser la nature des renforcements des liens entre les départements, les disciplines concernées du CIRAD.

Cette année nous avons eu l’occasion de renforcer les liens entre les partenaires de l’ATP lors de la présentation du projet d’ATP devant la direction scientifique du CIRAD. Des échanges entre Santé Animal et Santé Végétal avaient déjà eu lieu lors de l’Atelier CIRAD portant sur l’analyse de la diversité (De l’analyse de la Diversité vers l’étude de l’évolution des agents pathogènes *SANTE végétale et animale* Montpellier – Agropolis International – 2 et 3 décembre 2010). Enfin, l’appel d’offre ARIMNET a été l’occasion d’échanges scientifiques avec les autres partenaires du projet ATP en présence de Jean François Tourrand. IMPACT SUR LA COOPÉRATION SCIENTIFIQUE

Préciser la nature du renforcement des liens avec les autres centrales scientifiques françaises, les institutions nationales Outre-mer, les dispositifs de recherche et d’enseignement en partenariat, les organismes internationaux.

Les travaux menés sur la recombinaison du TYLCV nous a permis de postuler sur un projet ARIMNET avec plusieurs partenaires Méditerranéen : Espagne, Tunisie, Egypte, et Israël. Le projet s’intitule “Classic and innovative approaches to manage emerging whitefly-transmitted viral diseases threatening tomato crops in the Mediterranean Basin”. Nos travaux sur l’émergence et la réémergence du TYLCV au Maroc nous a permis de tisser des liens avec la société Gautier Semence qui a un gros marché de semence en production maraîchère dans la région d’Agadir. Michel Peterschmitt a été invité par cette société pour donner une conférence sur la situation du TYLCV au Maroc lors d’une journée des producteurs en maraîchage à Agadir, le 31 mars 2011. VALORISATION DES RÉSULTATS

Liste des rapports prévus précisant pour chacun le titre, la nature du rapport (de travail, final...), l'état d'avancement, la date prévisionnelle de publication, la nature des diffusions envisagées. Les documents peuvent être annexés lorsqu'ils sont déjà élaborés.

Vuillaume, F., Thébaud, G., Urbino, C., Forfert, N., Granier, M., Froissart, R., Blanc, S., Peterschmitt, M. (2011). Distribution of the Phenotypic Effects of Random Homologous Recombination between Two Virus Species. PLoS Pathog 7, e1002028. Tahiri, A. (2011). Etude du pathosystème - Begomovirus/ Bemisia tabaci/ Tomate- au Maroc. Thèse

de Doctorat en Sciences, Université Moulay Ismail, Faculté des Sciences de Meknès, Maroc, p. 168

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C. Urbino, F. Vuillaume, G. Thébaud, A. Antolik, M. Granier, R. Froissart, S. Blanc et M. Peterschmitt. (2010) Stochasticité et sélection dans l’émergence de génomes recombinants chez les bégomovirus. Atelier Diversité évolution des agents pathogènes, CIRAD Montpellier, 2-3 décembre 2010. C. Urbino, F. Vuillaume, G. Thébaud, A. Antolik, M. Granier, R. Froissart, S. Blanc et M. Peterschmitt. (2011) Stochasticité et sélection dans l’émergence de génomes recombinants chez les begomovirus. Rencontres de Virologie Végétale, Aussois, France, 17-20 janvier 2011. Cica Urbino, Anna Antolik, Nabila Bouazza, Martine Granier, Stéphane Blanc, Michel Peterschmitt. Randomness and selection in the emergence of begomovirus recombinants. Plant Virus Ecology Network , Workshop 4, Montpellier, France, 30 Mai - 01 Juin 2011 Tahiri A., Granier L, El Montaser S., Blenzar A., Ouijja M.A., Urbino C., Peterschmitt M. (2011). Emergence and reemergence of tomato begomoviruses in the North East of Morocco. Plant Virus Ecology Network, Workshop 4, Montpellier, France, 30 Mai - 01 Juin 2011 C. Urbino, , N. Bouazza, M. Granier ,M. Peterschmitt (2011). Is it possible to be better than wild type TYLCV? Réseau d’Evolution Virale, 6-7 Octobre 2011, Montpellier 9 - BILAN FINANCIER

Consommation des crédits de l'année et proposition de budget pour l'année suivante (la synthèse du suivi des engagements devra être présentée sur la fiche DS-11-05).

Consommation des crédits en 2011 Tableau complet 14 000,00

13 566,13

TOTAL 433,87

Libellé Montant

Paye N. Bouazza mars 2011 417,09

Paye N. Bouazza avril 2011 417,09

Paye N. Bouazza mai 2011 417,09

Paye N. Bouazza juin 2011 417,09

Paye N. Bouazza juin 2011 305,87

Commande papeterie 68,65

Produits labo (régul) 287,00

Paiement publication 599,91

Produits labo 535,00

Envoie chrono - Dr Valli/Uk 40,00

Aspirateur à bouche 68,75

Produits labo 3 302,40

Produits labo 437,00

Produits labo 567,95

Produits labo 457,60

Produits labo 783,80

Produits labo 825,89

od compte 214750 / Produits

labo

1 284,00

Logiciels DM7Win-s 643,95

RNEASY Mini Kit 959,40

Valves 460,60

Réparation congélateur -80°

(n°7)

270,00

Des indemnités de stage avaient été versées pour une étudiante en M2 sur les crédits incitatifs de 2010 :

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Anna Antolik, Stagiaire M2 du 18/01/2010 au 13/06/2010. Rôle de l’insecte vecteur sur la recombinaison au sein des populations virales : Impact sur la fréquence et nature de virus recombinants ? Université de Montpellier II, Master 2 : Biologie, Géosciences, Agroressources et Environnement Spécialité : Biodiversité et Interactions Microbiennes et Parasitaires. Parcours : Ecologie et Epidémiologie des Parasites. Des indemnités de stage ont également été versées en 2011 pour une étudiante en M1 : Nabila Bouazza, Stagiaire M1 du 01/03/2011 au 21/07/2011. Evaluation de la valeur sélective de virus recombinants par rapport à leur parents. Université de Montpellier II, Master 1 : Biologie, Géosciences, Agroressources et Environnement, parcours BioIngenierie, Biodétection, Biotraçabilité, Biodiversité.

Proposition de budget pour 2012

UMR BGPI (TYLCV) Budget 2012

Extraction ADN (Dellaporta) 1000

Extraction ADN (kit Quiagen) -

qPCR SybrGreen 1500

qPCR TaqMan 420

Consommable Bio Mol 1500

TempliPhi 336

RFLP 500

Séquençage 100 génomes complets 2950

Séquençage génome partiel 1534

Séquençage haut débit -

Cellules S3 800

PCR mutliplexe 430

Hybridation in-situ 1600

Anticorps 2000

Protoplastation 500

Logiciel Genious 750

Frais de publication 1500

Participation congrès 2000

1 mission F. Tiendrébéogo 4000

1 Mission 4 mois thésarde Maroc 4380

1 stage M1 ou M2 -

Total 27700

WP1.1 et WP1.3. UMR PVBMT Modèle 1 Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) Modèle 3 Xanthomonas citri Jean-Michel Lett, Olivier Pruvost, Christian Verniere L’équipe « Génomique et épidémiologie des agents pathogènes émergents » de l’UMR PVBMT est impliquée principalement dans l’axe 1 « Biologie et évolution des agents infectieux émergents » de l’ATP. Le projet Tomato Yellow Leaf Curl Virus a débuté mais une bonne part des activités se fera en 2012. Le projet Xanthomonas citri a pu débuter dès le début de l’année car nos collègues du Sénégal ont collecté les échantillons entre décembre

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2010 et janvier 2011 et que des collections des récentes émergences au Mali et en Ethiopie ont déjà été constituées. Cet axe est abordé autour de deux modèles. 1 – Le projet TYLC 1.1. Approche expérimentale in planta - Environnements variables Objectif : Déterminer les positions du génome associées à l'adaptation à l'hôte, les réseaux d'interactions multiples mises en jeux par le virus dans son adaptation et l'espace séquenciel exploré par les virus. Stratégie : Inoculer différentes espèces de plantes hôtes en laboratoire de confinement (prévue premier semestre 2012) et caractériser de façon moléculaire la descendance virale par pyroséquençage (deuxième semestre 2012). UMR PVBMT-JML - Frais de Séquençage Haut Débit = 15000 euros - Nous avons déjà proposé de reporter cette dépense sur 2012 (Année 2). Ce premier projet a débuté mais la caractérisation virale par pyroséquençage (et le budget associé) est repoussée à 2012 car la détection de l’accumulation virale par qPCR est en cours de développement (travail de thèse Alexandre de Bruyn). 1.2. Approche en conditions naturelles au champ - Écosystème réunionnais Objectif : Caractériser expérimentalement les paramètres épidémiologiques responsables de la dynamique épidémiologique observée depuis 10 ans dans la bassin maraîcher réunionnais. - Dépenses réalisées en 2011 (Année 1) : 1400 euros = Mission Gaël Thébaud au 3P - Modélisation des paramètres épidémiologiques [capacité de multiplication, efficacité de transmission par vecteur] - Reste à engager en 2012 : 1600 euros de Mission au 3P ou UMR BGPI Ce projet vise à rassembler les données épidémiologiques de l’émergence du TYLC à la Réunion, où une souche faible (TYLC-mild) et une souche sévère (TYLC-IL) sont présentes pour modéliser son développement. La mission de Gaël Thébaud a permis de débuter des approches analytiques. Cette modélisation est à poursuivre en 2012 et sera valorisée par une première publication. 2 – le projet Xanthomonas citri En 2011, nous avons réalisé la collection de 512 isolats du Sénégal et leur mise conservation à – 80°C. La collecte a été faite par des collègues du Sénégal. La caractérisation par analyse de séquences de gènes (MLSA) et par AFLP de quelques souches a montré qu’il s’agissait de souches ayant un large spectre d’hôtes mais qui sont différentes des souches de pathotype A (large spectre d’hôtes au sein des agrumes) typiques sur deux des six gènes de ménage ciblés ainsi que sur la base des profils AFLP. Ces souches sont prévalentes dans le sous-continent Indien (et ponctuellement présentes au Mali) mais le niveau de connaissance concernant ces souches en terme de virulence, agressivité et d’épidémiologie est quasi-nul. L’épidémie du Sénégal représente donc une opportunité intéressante. La formation au logiciel Bionumerics (gestion de bases de données partagées en ligne, souches et typage moléculaire pour de l’épidémiologie moléculaire), équipement acquis au travers de cette ATP a été réalisée par K. Vital et C. Vernière (financement service de formation Cirad et ANR XanthRacing).

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Un cofinancement de thèse Cirad-DGA a été obtenu sur le sujet « Histoire évolutive et émergence de Xanthomonas citri pv. citri en Afrique ». Cette thèse, réalisée par Mlle Alice Leduc et commencée le 01 octobre 2011, a certainement bénéficié de la dynamique de cette ATP Emergences pour son financement. Sur la description de la maladie au Sénégal a été acceptée et publié (Leduc et al. Plant Disease 2011 (Octobre) 95 :1311). La structure de la population sénégalaise sera analysée en 2012. Cette collection est en cours de génotypage à l’aide de microsatellites. Les différentes situations épidémiologiques au Sénégal, Mali et Ethiopie pourront être comparées. La maladie serait présente au Burkina-Faso et nous sommes en attente d’échantillons de ce pays comme d’échantillons du sud du Sénégal où une épidémie est aussi déclarée. Une prospection plus systématique dans ce pays serait aussi intéressante. Dépensé et engagé pour 2011

PVBMT (X. citri) PVBMT (TYLCV)

F

E

F Mission

F Mission

DEMANDE

5000

11200

CRÉDIT NOTIFIÉ

5000

11200

1800

6000

ENGAGEMENT DE L'ANNÉE

3500 + 2000

11200

1709,75 (avion + train) + 250

5999

SOLDE

-500

0

-169,75

1

Prévisions et demande pour 2012 (total de 36000 €)

PVBMT (X. citri)

PVBMT (TYLC)

F

E

M

F

E

F Mission

DEMANDE

8000+ 1500

a

2000+6000

b

15000 + 1500

c

2000

a Fonctionnement de laboratoire (biologie moléculaire/génotypage) + frais publication émergence Afrique (1500€) b Une mission Montpellier (suivi ATP) + mission Afrique de l’ouest nouvelle collecte c Travaux de séquençage 15000€ (report prévu de 2011) + frais publication projet modélisation (1500€) WP1.4 Modèle 4 : virus de la PPR et virus de la maladie de Newcastle. CMAEE Geneviève LIBEAU

RÉSULTATS

Résumé en 10 lignes des résultats significatifs obtenus durant la période. Un rapport plus

détaillé peut être joint en annexe ou des notes importantes déjà élaborées par ailleurs. Les équipes de Virologie et d’Epidémiologie (CMAEE) se proposent dans le WP1 de répondre aux questions : (1) de l’épidémiologie moléculaire de virus animaux et de leur dynamique évolutive, (2) de la diversité génétique des virus chez l’animal. Les virus pris comme modèles sont NDV, virus de maladie aviaire de Newcastle et PPRV, virus de la peste des petits ruminants, caractérisés par une grande plasticité du génome et diffusant par les mouvements d’animaux. Cette plasticité et cette diffusion par la mobilité animale sont à l’origine de l’émergence de nouvelles souches colonisant de nouveaux territoires.

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Activité scientifique du WP1 pour l’année: Pour le modèle ruminant (PPRV), une étude de la dynamique évolutive du virus a été entreprise. L’estimation de l’accumulation des mutations naturelles, de l’ordre 10 x 10 -4 mutations/site/année, a été étudiée sur une courte séquence du gène de la nucléoprotéine (N) provenant des souches de la banque virale du laboratoire de l’UMR15 et des données de GenBank. De ce fait, on estime à 1000 ans le temps qui a été nécessaire au virus de la peste bovine pour émerger chez les petits ruminants et être pleinement adapté à ces nouveaux hôtes (datation moléculaire de cette courte séquence du gène N). In vitro et par génération artificielle de mutants d’échappement à l’interférence ARN, la dynamique d’émergence du virus est cependant amplifiée et passe à sept à douze fois la valeur de plasticité naturelle (thèse de Carine Holz et publication 2011). Il est également envisagé d’étudier la diversité génétique du virus lors de l’infection naturelle d’un individu. Un premier essai méthodologique de métagénomique du vaccin PPRV Nigeria 75-1 (séquençage haut-débit et analyse bioinformatique) a été budgété en 2011 et sera réalisé en début 2012. Pour le modèle aviaire (NDV), l’épidémiologie moléculaire du virus et la dynamique évolutive sont plus abouties car obtenues avec la séquence complète du gène F (1600 séquences GenBank) et des souches déjà isolées dans le cadre du projet FSP-Gripavi : 19 souches de NDV isolées, 12 à Madagascar et 7 au Mali. Celles qui seront récoltées dans le cadre de l’ATP seront intégrées dans cette analyse. Les souches isolées à Madagascar mettent en évidence un nouveau génotype, le génotype XI et celles du Mali, le génotype XIII. Actuellement des souches éthiopiennes sont en cours d’analyse et il existe une possibilité que ces souches puissent constituer le 14eme génotype. La datation moléculaire du gène F complet a permis de reconstruire l’histoire évolutive des NDV entre les souches de Classe I et de Classe II. L’hypothèse est que l’ancêtre commun le plus proche se situe aux alentours de 1520-1530. Les perspectives pour PPRV ainsi que NDV sont l’estimation de l’accumulation des mutations dans le circuit de diffusion au niveau du terrain. La réponse à cette question passe par l’actualisation du répertoire des souches circulant, le séquençage du génome complet des virus adaptés à chaque espèce hôte pour évaluer la contribution de chacun des gènes à l’adaptation. Les récoltes de PPRV sur foyers et leur séquençage ont été initiées et se poursuivront sur 2012 et 2013 (thèse AIRD obtenue en complément de l’ATP et Master II épidémiologie). Pour NDV, la transmission du virus entre volailles vaccinées et infectées et volailles sentinelles sera étudiée pour évaluer l’infectivité des virus excrétés par les volailles vaccinées. Au cours de cette ATP, il y a eu acquisition d’outils bioinformatiques spécialisés, permettant la calibration d’horloge moléculaire : Phylogénie (approches bayésiennes / maximum de vraisemblance) et datation (BEAST/PAML) ainsi que l’élaboration d’une base de données sur la migration animale (voir WP3). EXÉCUTION DE L'ATP (durant la période)

Rapprochement entre les résultats attendus et les résultats obtenus : les objectifs initiaux de l'année ont-ils été atteints ? Sinon pourquoi ?

Problèmes rencontrés dans l'exécution de l'ATP (problèmes méthodologiques, techniques

ou logistiques).

Doit-on envisager des réajustements par rapport aux objectifs initiaux ?

La collaboration avec les équipes participantes est-elle celle prévue ?

Oui : Le calendrier de l’ATP a été respecté et les activités soutenues, et accompagnées de plusieurs publications. Il y a eu rapprochement et collaboration pour les équipes animales et végétales basées sur Montpellier. L’équipe CMAEE a utilisé les infrastructures et logistiques des autres équipes pour les études quantitatives de mutants viraux.

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MPACT DE L'ATP SUR LES RELATIONS INTER-DEPARTEMENT OU INTER-DISCIPLINAIRES

Préciser la nature des renforcements des liens entre les départements, les disciplines

concernées du CIRAD.

L’ATP contribue au développement et à la mise en place d’une animation scientifique de site avec des échanges / participations aux conférences sur site Baillarguet et au partage de l’équipement lourd (robot d’extraction d’acides nucléiques dans le laboratoire P3, microscopie, PCR-quantitative etc..). Il est envisagé la participation de membres référents des différentes UR aux comités de suivi de thèse.

IMPACT SUR LA COOPÉRATION SCIENTIFIQUE

Préciser la nature du renforcement des liens avec les autres centrales scientifiques françaises, les institutions nationales Outre-mer, les dispositifs de recherche et d’enseignement en partenariat, les organismes internationaux.

Le projet d’ATP a permis cette année de consolider un dispositif partenarial régional avec les pays situés sur un des axes majeurs de diffusion de la PPR vers l’Afrique du Nord et l’Europe : Sénégal, Mauritanie, Mali, Maroc au travers de projets de jumelage financés par l’OIE et de formations diplômantes (thèses et masters). Concernant NDV, cette ATP sert de relais avec le projet GRIPAVI et permet de maintenir les liens avec les pays partenaires notamment Madagascar, le Mali et la Mauritanie.

Réalisation d’opérations de jumelage entre laboratoires de référence de l’OIE (UMR CMAEE) et laboratoires du Sud (Maroc, réalisé ; Sénégal-Mali, en cours). Les partenariats bilatéraux ont été développés dans le cadre des réseaux régionaux existant : Réseau Euro-Méditerranéen de Santé Animale REMESA, et RESOLAB en lien avec les organisations internationales OIE, FAO).

Thèse AIRD-Sud d’Habib Salami (étudiant ivoirien) en co-encadrement avec l’ISRA LNERV Sénégal sur le sujet « Diffusion d’un virus et évolution de son génome dans des populations de ruminants domestiques. Application à l’épidémiologie moléculaire et à la surveillance de la peste des petits ruminants. »

Thèses en alternance d’Olivier Fridolin Maminiaina (soutenue en octobre 2011) et de Harentsoaniaina Rasamoelina Andriamanivo (épidémiologie, soutenance mi-décembre 2011) ; Institution FOFIFA Madagascar.

Thèse en alternance de Marthin Dakouo (soutenance en 2012) LCV, Bamako, Mali.

Master II en épidémiologie SEMHA d’Ahmed Salem Ould Sidi Mahmoud « Impact économique de la PPR en Mauritanie ». Thèse envisagée à suivre sur financement du SCAC de Nouakchott.

VALORISATION DES RÉSULTATS

Liste des rapports prévus précisant pour chacun le titre, la nature du rapport (de travail,

final...), l'état d'avancement, la date prévisionnelle de publication, la nature des diffusions envisagées. Les documents peuvent être annexés lorsqu'ils sont déjà élaborés.

Holz CL, Albina E, Minet C, Lancelot R, Kwiatek O, Libeau G, Servan de Almeida R.RNA Interference Against Animal Viruses: How Morbilliviruses Generate Extended Diversity to Escape siRNA Control. J Virol. 2011 Nov 9.

Kwiatek O, Ali YH, Saeed IK, Khalafalla AI, Mohamed OI, Obeida AA, Abdelrahman MB, Osman HM, Taha KM, Abbas Z, El Harrak M, Lhor Y, Diallo A, Lancelot R, Albina E, Libeau G. Asian lineage of peste des petits ruminants virus, Africa. Emerg Infect Dis. 2011 Jul;17(7):1223-31.

Maminiaina OF, Gil P, Briand FX, Albina E, Keita D, Andriamanivo HR, Chevalier V,

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10

Lancelot R, Martinez D, Rakotondravao R, Rajaonarison JJ, Koko M, Andriantsimahavandy AA, Jestin V, Servan de Almeida R. Newcastle disease virus in Madagascar: identification of an original genotype possibly deriving from a died out ancestor of genotype IV. PLoS One 2010.

Hammoumi et al. New genotypes of avian paramyxoviruses type I identified in West-Africa provide new outcomes for phylogeny reconstruction. PLoS One (en révision)

9 - BILAN FINANCIER

Consommation des crédits de l'année et proposition de budget pour l'année suivante (la synthèse du suivi des engagements devra être présentée sur la fiche DS-11-05).

A ces tableaux de synthèse doivent être jointes les informations nécessaires à une bonne

compréhension de la répartition des dépenses par grands groupes d'activités (ou unités participantes) et par nature de dépenses (missions, fonctionnement courant, activités de formation : Master, doctorants, stagiaires, vacataires, ateliers ou séminaires...).

En 2011, la somme de 29 067 Euros a été dépensée en réactifs et séquençage sur le WP1 sur les 31 000€ alloués à l’UR CMAEE (gestion des parts WP1 + WP3). Concernant le budget prévisionnel du WP1, il a été reporté en 2012 et 2013 les sommes non allouées au WP 1 en 2011 mais mis à disposition pour la réalisation des autres WPs, (5 500 € en jaune sur le budget 2012). Il est donc demandé pour les activités de 2012 la somme de 33 500 Euros, comprenant 18 000 Euros de réactifs biologiques, 10 000 Euros de séquençage, et 5 500 Euros de déplacement et missions terrain (soutien au thésard). Budget WP1 CMAEE:

année 1 année 2 année 3 total

Thésard (bourse AIRD 2011 soumise)

0 0 0 0

Réactifs courant de biologie moléculaire

18 000 18 000 18 000 54 000

Biopuces 0 (2000) 0 (2000) 0 (2 000) 0 Séquençage 5 000 10 000 3 000 18 000 Pathotypage in vivo 15 000 15 000 Ordinateur 0 (2000) 0 Valorisation (Publication/congrès) 0 (1500) 0 (1500) 0 (1 500) 0 frais de mission 0 5 500 5 500 11 000

Total 23 000

33 500

41 500 98 000

(Sommes initialement prévues et défalquées pour le fonctionnement des autres WP)

Page 11: ANNEXES CR par WP et Unités - Cirad

11

WP2. Logiques et stratégies des différents acteurs de l’émergence sanitaire aux niveaux local, national et international. Les conditions d’une meilleure articulation.

Figuié, Muriel, ES, MOISA

Binot, Aurélie, ES, AGIRS RÉSULTATS L’année 1 a été consacrée aux thèmes du GT1. « Gouvernance internationale » et du GT2 « Politiques nationales ». Une analyse de la politique mise en œuvre par le Maroc pour la gestion de la Peste des Petits Ruminants a été réalisée montrant les mécanismes de transferts de politiques internationales. Ces politiques ont-elles-mêmes été étudiées dans le cadre du GT1 (Politiques internationales) à travers l’évolution des réglementations sanitaires internationales (OIE, OMS). Le rôle de l’expertise épidémiologique dans la définition et la mise en œuvre des politiques a été également été analysé d’un point de vue socio-historique. Les dispositifs de surveillance, outil majeur de cette gouvernance, ont été évalués dans le cas de la surveillance de la grippe aviaire au Vietnam. Des réunions d’animation scientifiques ont été organisées plusieurs fois dans l’année. L’ensemble de ces travaux doit être approfondi en année 2. EXÉCUTION DE L'ATP (durant la période)

Rapprochement entre les résultats attendus et les résultats obtenus : les objectifs initiaux de l'année ont-ils été atteints ? Sinon pourquoi ?

Les travaux développés en ’année 1 ont abordé les thématiques suivantes :

l’étude des politiques marocaines de gestion de la Peste des Petits Ruminants

l’analyse de l’évolution des outils réglementaires de l’OIE et de l’OMS et de la gouvernance internationale des EID

l’évaluation des dispositifs de surveillance de la grippe aviaire au Vietnam

socio histoire de l’épidémiologie et de l’expertise internationale épidémiologie

Ces travaux ont été conduits à travers les activités suivantes :

Animation scientifiques Séminaires d’animation scientifique les 14/01, 13/05 (SHS et épidémiologie CIRAD CEPEL), 30/09 et 25/11.

Stages, master

Serrat M. (Sciences Po, 6 semaines, OIE, commerce régional volailles). Encadrement M.Figuié, T.Lecotty, F. Buton.

Matthieu Brun (Sciences Po, Lyon, Master: Politiques marocaines PPR). Encadrement Marie Hrabanski. Stages de 6 mois, Montpellier et Rabat. Accueil au Centre Jacques Berque.

Thèses

Recrutement d’un doctorant. Bruno Bouet (dir Eve Fouilleux, sciences Po), démarrage de la thèse le 1/11/11.

Démarrage de la thèse de Mme Nguyen Minh Huong (sociologue Vietnam) à Amsterdam, encadrement Muriel Figuié CIRAD, Christian Broer, Univ. d’Amsterdam (Sociologie).

Missions, déplacements

1 mission de M. Hrabanski au Maroc

3 missions de F. Buton à Paris (OIE, ENVA)

Page 12: ANNEXES CR par WP et Unités - Cirad

12

1 mission de Ch. Broer et Nguyen M. Huong en Nov. 2011 à Montpellier Les objectifs initiaux n’ont été que partiellement atteints du fait du démarrage tardif des activités lié à une notification des crédits en juin 2011, et de problèmes institutionnels sur le terrain (voir plus bas). De plus, les membres de l’ATP n’ont pas tous pu s’engager autant que prévu pour des raisons diverses (expatriation, prise de responsabilité ; …). Ce problème a été en partie compensé par l’arrivée dans le projet d’un nouveau doctorant (Bruno Bouet), de sa directrice de thèse (Eve Fouilleux, CNRS-CIRAD Moisa). Pour 2012, une collaboration doit se développer avec Nathalie Brender, Politologue, Haute Ecole de Gestion, Genève Suisse.

Problèmes rencontrés dans l'exécution de l'ATP (problèmes méthodologiques, techniques

ou logistiques). Le terrain marocain, qui avait été choisi pour l’étude de l’échelle nationale s’est révélé difficile, les accords de coopération entre le CIRAD et les instituts marocains n’ayant pas été finalisés à la date du démarrage de nos activités. Ceci pose la question de la pertinence des incitations de la direction du CIRAD à ses chercheurs pour qu’ils s’engagent sur des terrains et des partenariats en Méditerranée alors que la cadre institutionnel ne s’y prête pas (encore). En outre, le choix du Maroc avait été fait dans l’objectif de collaborer avec les autres WP de l’ATP et de bénéficier de leur insertion dans les institutions marocaines, ce qui s’est révélé beaucoup plus difficile que prévu. Le travail de terrain n’a pu se faire qu’en partie. (La dimension « politiques publiques » a été traitée mais pas les aspects géographiques) et l’objectif de construction de partenariat en sciences sociales avec le Maroc n’a pas été atteint. La notification des crédits ne nous a été faite qu’en mai 2011. Il est à souhaiter que pour les années suivantes les délais soient réduits afin de permettre la continuité de nos activités et éviter la démobilisation de nos partenaires.

Doit-on envisager des réajustements par rapport aux objectifs initiaux ? Réorientation géo-partenariales

La question se pose de la poursuite des activités du GT2 sur le terrain méditerranéen. Nous envisageons un développement de nos travaux en Asie, et l’inclusion de travaux en Afrique Australe pour plusieurs raisons :

la présence de dispositifs prioritaires en Asie (Grease, « gestion des risques épidémiologiques émergents en Asie du Sud Est »), et en Afrique Australe (RP PCP « Produire et Conserver en Partenariat) et du dispositif prioritaire en politiques publiques (DP Politiques publiques et Gouvernance en Afrique australe), impliqués dans problématiques proches (émergence, « One Health », gouvernance) de celles du WP2 de l’ATP.

la présence de deux chercheurs (Aurélie Binot, Marisa Peyre, ES Agirs) du projet ATP, basées en Asie -Vietnam et Thaïlande- (en plus de la doctorante vietnamienne déjà associée au projet).

nous sommes sollicités par les équipes CIRAD sur le terrain de l’Afrique austra le où notre présence permettrait de renforcer les liens entre la discipline sciences politiques (DPPP) et la thématique sanitaire « One Health ».

Page 13: ANNEXES CR par WP et Unités - Cirad

13

Réorientation thématique Le thème de la surveillance épidémiologique qui avait été envisagé initialement comme transversal au différent échelles d’analyse (GT1, GT2, GT3) fera l’objet d’un groupe de travail en tant que tel permettant de croiser à la fois l’approche socio-historique (F. Buton), socio-économique avec des travaux à développer au Vietnam en Thailande sur l’impact social de la surveillance (Aurélie Binot, Marisa Peyre) en même temps qu’une réflexion sur les évolutions des modes des surveillance (« risk based », syndromique, systémique,…conduite par Marisa Peyre, Muriel Figuié).

La collaboration avec les équipes participantes est-elle celle prévue ?

Nous n’avons pu mobiliser Saadia Radi du Centre Jacques Berque pour les études en sciences sociales et humaines au Maroc, partenaire en sciences sociales prévu pour le projet au Maroc. Une

autre chercheuse Karine Benaffal de ce même centre à été sollicitée. De la même manière, pour des raisons diverses, notamment liées au contexte politique du pays, nous n’avons pas développé les échanges initialement envisagées avec des chercheurs impliqués sur le terrain égyptien (Anne Marie Moulin Cedej). IMPACT DE L'ATP SUR LES RELATIONS INTER-DEPARTEMENT OU INTER-DISCIPLINAIRES

Préciser la nature des renforcements des liens entre les départements, les disciplines concernées du CIRAD.

L’existence du projet ATP a contribué à l’obtention de la bourse de thèse du CIRAD doctorant du Nord (Bruno Bouet). Si les collaborations entre Moisa et AGIRS existaient avant le projet ATP sur cette thématique (projet Gripavi), le projet ATP a permis d’élargir cette collaboration à d’autres chercheurs en sciences sociales d’autres UR (CIRED, ArtDev, Selmet) et de constituer ainsi un collectif inter UR autour de la question du risque et des SHS. IMPACT SUR LA COOPÉRATION SCIENTIFIQUE

Préciser la nature du renforcement des liens avec les autres centrales scientifiques françaises, les institutions nationales Outre-mer, les dispositifs de recherche et d’enseignement en partenariat, les organismes internationaux.

Si des collaborations avaient déjà été initiées entre le CIRAD et le CNRS sur la question des risques sanitaires avant l’ATP (Muriel Figuié, UMR Moisa et Claude Gilbert CNRS PACTE, collaboration initiée par le projet Ardigrip), l’ATP a permis de donner suite à cette collaboration et de l’élargir à d’autres chercheurs politistes du CNRS, F. Buton et Eve Fouilleux (CNRS Cepel) et de contribuer ainsi au renforcement des activités en sciences politiques au CIRAD. En outre, cette collaboration, en contribuant à renforcer les liens entre les Ur Moisa et Cepel, et a été un argument du dossier de Labex (Labex GoSud) déposé en nov. 2011 (CEPEL, Green, Lameta, Moisa). Cependant à l’issue de cette première année, nous n’avons pas renforcé de partenariat avec les partenaires scientifiques du Sud sur cette problématique. Mais il faut dire que rares sont les équipes de recherches travaillant sur ce thème, et il n’y en a aucune dans les pays du Sud…Tisser des collaborations sur ce thème est un travail de long terme. VALORISATION DES RÉSULTATS

Liste des rapports prévus précisant pour chacun le titre, la nature du rapport (de travail, final...), l'état d'avancement, la date prévisionnelle de publication, la nature des diffusions envisagées. Les documents peuvent être annexés lorsqu'ils sont déjà élaborés.

Communications à colloque

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14

Buton F. « Découvrir l’Amérique en Afrique. Le renouveau de la surveillance épidémiologique en

France », Journée Surveillance épidémiologique et sciences sociales – CIRAD-CEPEL, ATP «

Emergences et risques sanitaires en Méditerranée » du CIRAD, Montpellier 13 mai 2011 (avec F.

Pierru)

Buton F. « Crises that didn’t come: Responses to pandemic influenza threats: USA 1976, France

2009 », Colloque After 1918 : History and Politics of Influenza in the 20th and 21st centuries, EHESP-

CHSTM (avec F. Pierru)

Buton F. « Crises that didn’t come ». Présentation au séminaire de l’ATP Emergences sanitaires,

CIRAD, Montpellier, 30 septembre 2011.

Buton F. « La crise qui ne vient pas. Essai de comparaison historique de deux réponses sanitaires à la

menace de pandémie grippale (Etats-Unis 1976, France 2009). », Congrès AFSP Strasbourg,

septembre 2011 ( (avec F. Pierru)

Figuié M., Peyre M.I., 2011. Uncertainty in international governance of emerging zoonotic diseases.

"Risk uncertainty and Policy" Conference, European Association of Sociology, Risk and Uncertainty

Research Committee. Ostersund, Sweden, 23-25 March 2011

Figuié M., 2011. La réforme des règlements sanitaires et zoosanitaires internationaux: construction et

surveillance de l'émergence. Communication au séminaire "Surveillance épidémiologique et sciences

sociales", Cirad-Cepel, Montpellier 13 mai 2011.

Figuié, M., 2011. Gouvernance internationale des émergences zoosanitaires. Communication aux

journées d'Etudes dans le cadre du programme "Homme-pathogènes: une longue co-évolution", 25

Octobre et 6 Décembre, à la Maison des Sciences de l'homme de Montpellier

Hrabanski M., Brun Matthieu, 2011. « La lutte contre la peste des petits ruminants au Maroc :

Emergence d’un « problème public » et circulation des recommandations internationales ».

Communication au colloque de la Société française d’Economie Rural (SFER), Dijon, 8-9 décembre

2011.

Articles : en préparation

Figuié M., “Revisions of the International Health Regulation (WHO) and of the Terrestrial Animal

Health Code (OIE): the co- construction of the “emerging infectious disease” concept and of the global

health governance”. Soumis à Journal of Risk Research.

Rapports de Stages

Brun Matthieu, 2011. “La lutte contre la peste des petits ruminants au Maroc. Circulation des normes

internationales et légitimation des bonnes pratiques». Mémoire de Master Sciences Politiques, IEP

Lyon sous la dir. de M Hrabanski CIRAD

Serrat Maud, 2011. Analyse de la Base de Données BACI (Base pour l’Analyse du Commerce

International) du CEPII : le commerce des petits ruminants au Maghreb. Rapport de stage au CIRAD

(3 semaines)

Serrat Maud, 2011. L’expertise de l’OIE. Rapport de stage au CIRAD (3 semaines)

Rapport d’études

Page 15: ANNEXES CR par WP et Unités - Cirad

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Marisa Peyre, Véronique Duteurtre. 2011. « Etat des lieux de la surveillance de l’influenza aviaire au

Vietnam ». Rapport d’Etude

Contribution à l’animation transversale

Journée SHS et épidémiologie, 13 mai 2011, CIRAD Montpelier, environ 25 participants

BILAN FINANCIER

Consommation des crédits de l'année et proposition de budget pour l'année suivante (la synthèse du suivi des engagements devra être présentée sur la fiche DS-11-05).

Produit : 31 000 € Dépenses : 25 300 € solde disponible 5 700 €

voir tableau

A ces tableaux de synthèse doivent être jointes les informations nécessaires à une bonne compréhension de la répartition des dépenses par grands groupes d'activités (ou unités participantes) et par nature de dépenses (missions, fonctionnement courant, activités de formation : Master, doctorants, stagiaires, vacataires, ateliers ou séminaires...).

Page 16: ANNEXES CR par WP et Unités - Cirad

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DS-11-05

SUIVI DES ENGAGEMENTS DES ATPd Titre de l’ATPd :

WP2

F

E

F

E

F

E

F

E

F

E

DEMANDE

27000

CRÉDIT NOTIFIÉ

31000

ENGAGEMENT DE L'ANNÉE

25300

SOLDE

5 700

F : fonctionnement E : équipement

(main d’œuvre temporaire à mettre dans F : fonctionnement)

Fiche à conserver pour la durée de l'ATP :

- En transmettre un exemplaire, partiellement rempli, chaque année, à la DGD-RS, avec le compte-rendu annuel.

- Commentaire explicatif des engagements annuels à faire à part.

Page 17: ANNEXES CR par WP et Unités - Cirad

17

Programmation des travaux, animation et demande budgétaire pour l'année 2012

Rappel des objectifs du WP2

scientifique : l’analyse multi-niveau des politiques de gestions des émergences zoosanitaires

Construction d’un collectif CIRAD - MOISA, AGIRs, ArtDev, Selmet, Cired, CNRS Structuration du WP2 et chercheurs impliqués. GT1. Gouvernance internationale.

P. Bonnet, M. Figuié, Fr. Buton, M. Peyre, B. Bouet, E. Fouilleux. (OIE, OMS et FAO), Cl. Gilbert / N.Brender (OMS) et A. Binot (WCS) GT2. Politiques nationales.

M. Hrabanski (Maroc), Nguyen Minh Huong, M. Peyre (Vietnam), Cl. Gilbert et Fr. Buton (France). M. Figuié B. Bouet, Eve Fouilleux (Zimbabwe ?) GT3. Acteurs locaux.

M. Figuié (Zimbabwe?), M. Peyre, A. Binot (Vietnam, Thailande) GT4. Animation scientifique (A. Binot, M. Figuié, P. Bonnet)

(comparaison des échelles d’intervention, (internationale, nationale, locale), comparaison internationale

• appui à la publication, élaboration d’un projet d’ANR, animation transversale de l’ATP

GT5. L’épidémiologie et la surveillance épidémiologique.

F.Buton, A. Binot, M.Peyre, M.Figuié, T. le Cotty Engagement des chercheurs CIRAD Dép./UR/Localisation Nom Fonction,

Disciplines Activités dans l’ATP en 2012

Temps sur l’ATP (mois)

2011 2012 2013

ES, Agirs, Montpellier Aurélie Binot Anthropologue, géographe

GT1 (WCS)

GT4 GT3 et GT5 (Thailande)

3 3 3

ES, Selmet, Montpellier Pascal Bonnet Economiste GT4 2 2 2

ES, Moisa, Montpellier Bruno Bouet Sociologue GT1, GT3 (Zimbabwe?) 1 10 10

ES, Moisa, Montpellier Muriel Figuié Sociologue GT1 (OIE), GT2 et GT3 (Zimbabwe?)

GT4, GT5

4 5 5

ES, Moisa/ CNRS Cepel, Montpellier

Eve Fouilleux Politiste GT1, GT3 (Zimbabwe?) 2 2

ES, ArtDev, Montpellier Marie Hrabanski

Sociologue GT 2 (Maroc) 2 1 1

ES, Cired, Montpellier Tristan Lecotty Economiste GT5 (Vietnam) 1 1 1

ES, Agirs, Hanoi Marisa Peyre Epidémiologiste GT1 (FAO)

GT3 et GT5 (Vietnam, Thailande)

1 2 1

Activités programmée pour l’année 2

GT1. Politiques internationales Poursuite de l’analyse des dispositifs mis en place pour la gestion des émergences zoosanitaires à l’échelle internationale. Lors de la première année, ces études ont surtout été conduites via l’analyse des documents disponibles. En année 2, nous mènerons des interviews auprès d’experts de la FAO, OMS et OIE ; Nous interrogerons également dans notre analyse le rôle des organisations environnementalistes (notamment WCS) dans la

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définition et la mise œuvre du référentiel. Bruno Bouet (doctorant CIRAD) et Nathalie Brender (Haute Ecole de Gestion, Genève) se joindront à nos activités en 2012. GT2. Politiques nationales

Maroc : les résultats obtenus en année 1 (Politiques du Maroc de gestion de la PPR) seront approfondis en année 2, Il s'agira de compléter les données récoltées pour notamment comprendre le rôle de certains acteurs qu’on peut considérer comme les « perdants » des dispositifs sélectionnés et les mécanismes par lesquels certaines alternatives à la gestion du problème ont été écartées (ce travail s’appuiera notamment sur un stage d’étudiant marocain). Le terrain du doctorant (Zimbabwe ?) sera abordé essentiellement en année 3 (année 2 de la thèse). Mais une première mission sera menée en année 2 avec ses co- encadrantes afin de préciser le projet de thèse. GT3. Acteurs locaux Ces études seront menées en année 3 (pour le Zimbabwe) et en année 2 au Vietnam et en Thaïlande en lien avec le GT5 sur la surveillance, (voir plus bas). GT4. Animation scientifique Nous poursuivrons nos séminaires scientifiques et envisageons d’organiser un séminaire transversal sur l’histoire de la surveillance épidémiologique (si nous trouvons suffisamment de documents d’archives. Des contacts ont déjà été pris en ce sens avec les services des archives du CIRAD).

GT5. Epidémiologie et surveillance épidémiologique L'objectif est d'avancer dans l'histoire de l'épidémiologie animale en France et au niveau internationale afin d'analyser, dans un second temps, les transformations de l'expertise internationale en matière épidémiologique au regard du nouveau paradigme « One Health ». En outre, la surveillance épidémiologique sera analysée d’un point de vue socio-économique. Les travaux menés viseront à identifier et évaluer de façon quantitative les facteurs sociaux associés aux performances de la surveillance en santé animale en prenant l’exemple de l’influenza aviaire. Les travaux seront menés en parallèles au Vietnam et en Thaïlande. Ces travaux s’appuieront sur des travaux en cours de réalisation dans le cadre d’un projet d’évaluation socio-économique de la surveillance de l’influenza aviaire en Asie du Sud Est (projet REVASIA AFD Socio-Eco). Budget nécessaire pour 2012

Unité Nombre

d'unités total

Taux unitaire

total (euros)

Fonctionnement

réunions de l'équipe SHS à Montpellier forfait 5 500 2 500

Valorisation

appui publications forfait 500 3 500

participations à colloque forfait 5 3 500

Divers

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19

achat bibliographie forfait 500

Stages

indemnités stagiaire local mois 4 450 1 800

indemnités stagiaires français (y compris indemnités de double résidence) mois 13 650 8 450

voyages stagiaires vol 1 - 5 000

fonctionnement stagiaires stage 1 forfait 2 040

Missions/ déplacements

vols internationaux vol 3 1400 5 500

frais de mission (per diem, IS) mission 3 930 3 030

fonctionnement mission mission 3 250 750

déplacement Paris mission 13 250 4 000

déplacement Europe (Genève, Rome) mission 4 600 4 200

Partenariats/ sous-traitance (extérieure)

fonctionnement local Maroc/ forfait 1 1 000

Divers, imprévus 1 000

46 770

Page 20: ANNEXES CR par WP et Unités - Cirad

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WP3. Modélisation et scénarios géographiques Laurence Vial, CMAEE Vladimir Grosbois, AGIRs L’activité a consisté principalement à affiner le projet et à en évaluer la faisabilité en organisant des réunions auxquelles participaient les chercheurs impliqués dans cet axe 3. En particulier, une réunion s’est tenue le 21/07/2011 à laquelle participaient : Laurence Vial, Renaud Lancelot, Caroline Coste, Aurélie Binot (impliquée dans l’axe 2) et Vladimir Grosbois. L’ordre du jour de cette réunion étaient la définition des actions à mettre en place en particulier pour remplir les objectifs CIII et CIV (mouvements d’animaux, et plus précisément du bétail…), et la planification des sujets de stage à proposer dans le cadre de l’ATP axe3. Résultats : Ce WP vise à développer des concepts et méthodologies génériques permettant de prédire spatialement un risque d’émergence pour un pathogène à transmission vectorielle, entre autre par le biais de déplacements des hôtes vertébrés. Il a été décidé de se concentrer sur le modèle tiques et maladies associées, en particulier sur les tiques du genre Hyalomma dans le bassin méditerranéen. Toutefois d’autres modèles connexes pourront être intégrés s’ils répondent aux questions génériques posées. Outre l’implication des chercheurs en poste, les activités 2011 ont généré trois stages de master II. Trois réunions de travail inter-unités ainsi que des points hebdomadaires pour le suivi des étudiants ont été organisés. Un séminaire sur la modélisation chez les vecteurs devait être organisé en 2011 mais a été reporté à début 2012. Le réalisé scientifique du WP3 est le suivant : Pour savoir où des vecteurs sont présents ou pourraient s’établir, des modèles prédictifs de niche écologique ont été développés à partir de données historiques de présence pour 5 espèces de Hyalomma, afin de déterminer leurs habitats favorables et donc leur distribution potentielle dans le bassin méditerranéen (encore jamais réalisé jusqu’à présent) (Hadjemi 2011). L’usage de deux méthodes statistiques (ENFA et MAXENT) ont permis d’évaluer leur sensibilité/spécificité respective et de mieux comprendre les limites de ces modèles (Merlin 2011). En 2012 et 2013, ces modèles seront améliorés, étendus aux autres espèces d’intérêt de Hyalomma et validés par des collectes de terrain réalisées dans le cadre de l’ATP et d’autres projets collaboratifs tels qu’EDENext (publication des résultats prévue pour 2013). Une étude prospective sur la notion de donnée de présence pour une tique et sur l’optimisation des protocoles d’échantillonnage et des méthodes de validation de modèle constituera un élément théorique important de l’approche. Pour savoir où et comment des hôtes vertébrés de vecteurs et de pathogènes se déplacent, il a été développé une base de données bibliographique sur les mouvements de ruminants domestiques dans le bassin méditerranéen et au Sahel ainsi qu’un outil web de représentation temporelle et spatiale des mouvements d’hôtes vertébrés (Coste 2011). Cet outil permet de caractériser le mouvement en termes de flux et d’intensité et de le classer selon l’espèce animale concernée et le type de flux. Il permet d’intégrer aussi bien des données de bases internationales telles que FAOSTAT ou UN Comtrade database ainsi que des données des systèmes d’informations régionaux, d’observatoires filières, de projets de recherche

Page 21: ANNEXES CR par WP et Unités - Cirad

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et des données de terrain. En 2012 et 2013, cet outil de description et de suivi sera affiné en y intégrant d’autres données bibliographiques (e.g. informations existantes sur les déplacements d’oiseaux migrateurs) et de terrain (e.g. enquêtes plus détaillées sur certains réseaux commerciaux et de transhumance sur une zone pilote). A termes, cet outil doit permettre de réaliser de premiers modèles de réseaux de circulation des hôtes vertébrés. Enfin, pour déterminer la capacité de dissémination un vecteur par son hôte, une première synthèse bibliographique ainsi qu’une base de données ont été réalisées en 2011 afin de cibler les espèces d’oiseaux d’intérêt en tant qu’hôtes pour le genre Hyalomma et de définir les patrons généraux de portage de tiques par les oiseaux (Balança 2011). En 2012 et 2013, la réalisation d’enquêtes de terrain sur une zone pilote pour déterminer quantitativement les interactions des tiques du genre Hyalomma avec leurs hôtes ruminants seront conduites. Cette question sera aussi traitée par une approche indirecte utilisant la phylogéographie et étudiant la structure des communautés de tiques du genre Hyalomma à l’échelle du bassin méditerranéen. Elle se basera d’une part sur les spécimens de terrain récoltés pour valider les modèles de distribution mais aussi par l’utilisation des tiques de collection présentes au cirad. Un premier essai sur la collection a été budgétisé sur 2011 pour un réalisé en janvier 2012. Hadjemi A. Aires de distribution des principales espèces de tiques du genre Hyalomma d'intérêt en santé publique et vétérinaire dans le bassin méditerranéen et en Afrique : Identification de zones de sympatrie, significations évolutive et épidémiologique. Stage de master II Santé Animale et Epidémiosurveillance dans les pays du Sud (SEAPS), Université Montpellier II, Septembre 2011, 34pp. Merlin A. Mise en place d’un modèle de distribution d’une tique d’intérêt en santé publique, Hyalomma marginatum marginatum. Stage de master II Santé Animale et Epidémiosurveillance dans les pays du Sud (SEAPS), Université Montpellier II, Septembre 2011, 36pp. Coste C. Dispersion de pathogènes en relation avec la mobilité animale. Stage de master II Surveillance Epidémiologique des Maladies Humaines et Animales (SEMHA), Santé publique Paris XI et Sciences et Santé Paris XII, Juin 2011, 53pp. Balança G. Synthèse bibliographique sur le transport des tiques par les oiseaux. Rapport et base de donnée édités en juin 2011.

Exécution de l’ATP : Les résultats obtenus suivent largement le calendrier de départ proposé. Seules les enquêtes de terrain ont du être reportées à l’année suivante du fait de la survenue du « printemps arabe » et de ce fait du retard du CIRAD à établir des collaborations durables et solides au Maghreb alors qu’il avait été décidé collégialement de choisir le Maghreb comme zone « pilote » d’étude. Cet aspect pourra être rediscuté en comité de pilotage. Impact de l’ATP sur les relations inter-départements et inter-disciplinaires :

Les principales équipes impliquées dans le WP3 (UPR22 et UMR15) ont largement collaboré sur la réalisation des activités. Une coordination bi-partite (Laurence Vial de l’UMR15 et Vladimir Grosbois de l’UPR22) a été choisie. Cette collaboration sera d’autant plus forte les prochaines années avec le co-encadrement de stages de master (e.g. master en biostatistique sur les protocoles d’échantillonnage et de validation des modèles de niche, master SAEPS sur le suivi des interactions tiques-ruminants) et la co-organisation de séminaires (e.g. séminaire sur la modélisation chez les vecteurs, séminaire sur les déplacements animaux). Lors des réunions de cadrage de l’ATP, il est clairement apparu aux différentes équipes qu’il y avait un lien évident entre le végétal et l’animal en termes d’émergence. En particulier, des discussions ont été amorcées autour des méthodes

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de modélisation de l’émergence entre Gaël Thébaud (végétal) et Laurence Vial/Vladimir Grosbois (animal). Il pourrait être proposé de tester certains modèles développés dans le WP3 sur les maladies vectorielles végétales et inversement. Enfin, la diversité des compétences proposées pour le WP3 (épidémiologie, entomologie, écologie, statistiques, modélisation, génétique…) parle d’elle-même quant à l’impact inter-disciplinaire de l’ATP. Impact de l’ATP sur la coopération scientifique : Le choix du modèle « Hyalomma » pour le WP3 est stratégique puisque la surveillance de certains représentants du genre est fortement accrue depuis la récente émergence de CCH en Europe. Les activités du WP3, entre autres les enquêtes de terrain, sont étroitement menées en collaboration avec d’autres institutions (Faculté vétérinaire de Budapest en Hongrie, Université d’Ankara en Turquie, IRVT et IRESA en Tunisie, ONSSA et IAV au Maroc…) et d’autres projets traitant de questions comparables (EDENext, Vbornet, ARIMnet si accepté…) afin de profiter d’un réseau d’expertises et de terrains le plus large possible. Ainsi, en 2011, un des étudiants de master en modélisation a effectué son terrain en Hongrie avec la faculté vétérinaire de Budapest. Ses résultats seront présentés au prochain congrès EDENext. Bilan financier : En 2011, l’indemnisation des trois stages de master II a été prise sur d’autres projets compte-tenu du retard pris au démarrage de l’ATP. La somme de 1681,70 Euros a toutefois été dépensée pour leur fonctionnement. Stages de master envisagés pour la période 2012-2014 Finalement, 3 stages de master sont donc planifiés : • Un master I : recherche documentaire réseaux de circulation du bétail dans le Sud du bassin méditerranéen et construction du modèle du réseau. • Un master II bio-statistiques: optimisation des méthodes d’échantillonnage et d’analyse statistique pour valider les prédictions de prévalences de tiques issues des modèles de niche écologique et de réseau de circulation des hôtes. • Un master II SAEPS ou EPSED issu d’un pays du Sud du bassin méditerranéen: validation terrain des prédictions de prévalences de tiques issues des modèles de niche écologique et de réseau de circulation des hôtes. Concernant le budget prévisionnel du WP3, il a été reporté en 2012 et 2013 les sommes qui n’ont pu être allouées pour 2011 et qui avaient été laissées disponibles pour la bonne réalisation des autres WPs, c’est-à-dire 7500 Euros (en jaune sur le budget). Il est donc demandé pour les activités de 2012 la somme de 42050 Euros, comprenant 1500 Euros de coordination, 14550 Euros de matériel et fonctionnement, 22000 Euros de stages de master et leurs frais de terrain, et 4000 Euros de déplacement et missions.

unité Nb unit prix unit 2011 2012 2013 total

Coordination

réunions WP3 forfait 4 500 0 1000 1000 2000

appui publications forfait 2 500 500 500 1000

colloque forfait 1 1500 1500 1500

Matériel et fonctionnement

matériel échantillonnage forfait 1 3000 0 3000 3000

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extraction forfait 500 3 1000 500 1500

PCR forfait 3500 1.5 2250 3000 5250

clonage forfait 200 13 1300 1300 2600

séquençage forfait 1500 10 7000 8000 15000

Stages

indemnités stagiaires modélisation mois 24 417 0 5000 2500 7500

indemnités stagiaires terrain mois 18 417 5000 5000 10000

voyages stagiaires vol 3 1000 2000 1000 3000

fonctionnement stagiaires terrain stage 3 5000 10000 5000 15000

Missions/déplacements

voyages vol 6 1000 2000 2000 2000 6000

frais mission mission 6 1000 2000 2000 2000 6000

total 4000 42500 33300 79350