CMC AMBROISE PARÉ CMC PIERRE CHEREST CMC HARTMANN CMC BIZET.
Anne-Laure Roux Hôpital Ambroise Paré, Boulogne Billancourt
Transcript of Anne-Laure Roux Hôpital Ambroise Paré, Boulogne Billancourt
Infec&onsbroncho-pulmonaires:Duprélèvementaudiagnos&cau
laboratoire
Anne-LaureRouxHôpitalAmbroiseParé,BoulogneBillancourt
Indica&onsdesprélèvementspourlediagnos&cd’uneinfec&onbroncho-pulmonaire
• Modifica?ondelapriseenchargethérapeu?que• Situa?onscliniquesoùlesprélèvementsprésententlameilleuresensibilité
à Lechoixdutypedeprélèvementestfonc?ondessymptômes
à Bilansystéma?quedespa?entsimmunodéprimés
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Quelprélèvementpourquelmicroorganisme?
• Prélèvementsrespiratoires«invasifs»àbactériesetchampignons
• Sécré?onsnasalesoutrachéo-bronchiquesàvirus
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Performancesdesprélèvementsrespiratoires
• Absencedetraitementan?-infec?euxpréalable
• Rapiditédutransport
• Rapiditédepriseenchargeaulaboratoire
• Qualitéduprélèvement
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Délaid’acheminementdesprélèvementsrespiratoires
• Moinsde2heuresàT°ambiante
• Conserva?onà+4°Caumaximumpendant24h
• Excep?onpourlesmycobactéries/Legionella:maximum72hà+4°C
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Lesexpectora&ons
• Prélèvementrarementcontribu?fetsourced’erreur
• Contamina?onpardelasalivedansplusde50%descas
• Indica?ons:– Surinfec?ondebronchitechronique– Infec?onsàmycobactérie– Infec?onschezpa?entsa\eintsdemucoviscidose,BPCO
– RecherchedePneumocys/sjiroveciiparPCR6
Lavagebroncho-alvéolaire
• Indica?ons:– Documenta?ondespneumopathiesacquisessousven?la?onmécanique(PAVM)
– Documenta?ondespneumopathiesaiguëscommunautaireschezlespa?entsimmunodéprimésouencasd’échecdutraitementempirique
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Brossagebronchique
• Mêmesindica?onsqueleLBA
• Meilleureprélèvementpourlesculturesviralesetlacytologie
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Traitementdesprélèvementsaulaboratoiredebactériologie
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TYPE DE PRELEVEMENT DILUTIONS MILIEUX USUELS MILIEUX COMPLEMENTAIRES COLORATIONS
EXPECTORATION ASPIRATION BRONCHIQUE ASPIRATION TRACHEALE
1ösede100µl(2gouttes)prélèvementdeladilution10-39mlEPT10-310-5EPT=EauPhysiologiqueStérile
AérobieCOSDRIGAnaérobieCOSCO2PVXSCG(REA)Culture:100µlenrâteau(saufDDB)
ANCCANDMSACETRICEPPVX
ProtocoleDDBPur10µLenquadrant
LAVAGE BRONCHO-ALVEOLAIRE
1mlde100µlprélèvementdeladilution10-19mlEPT10-110-3
AérobieCOSAnaérobieCOSCO2PVXSCG(REA)
DRIGANCCAND
PRELEVEMENT DISTAL PROTEGE BROSSE
1ml2gouttesEPTdupur18gouttesEPTPUR10-1
AérobieCOSAnaérobieCOSCO2PVXSCG(REA)
DRIGANCCAND
GRAMObjx100
MGGObjx10
GRAMObjx100
MGGObjx10
GRAMObjx100
MGGObjx10
Colora&ondeMayGrunwaldGiemsa
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Colora&ondeGram
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Choixdesmilieuxdeculture/atmosphères
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Défini&ondesseuilsdesignifica&vité
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REMIC,2015
Interpréta&ondesrésultatsdeculture
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Recherchesspécifiques
• Legionellasppàimmunofluorescence+miseenculturesurmilieuspécifique
• Nocardiasppetautresac?nomycètesàexamenbactériologiquestandard+conserva?onpluslonguedesmilieuxdeculture
• Aspergillussppàexamenmycologiquestandard• Pneumocys/sjiroveciiàimmunofluorescence+PCR• Mycobactériesàexamenmycobactériologique• HistoplasmoseàleLBAestleprélèvementleplusadapté
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Legionellaspp
• Immunofluorescencedirecte:techniqueu?lisantdesan?corpsmonoclonauxreconnaissanttouslessérogroupes
• Culturedeslégionelles:lente(ledélaideréponseestde10jours)etdifficile.
• Bactériesexigeantes,nécessitantl'u?lisa?ondemilieuxspécialisésàmilieuBCYE.LeslégionellessontdesbactériesaérobiesstrictesdontlacroissanceestfavoriséeparlaprésencedeCO2(2,5%).aspectcaractéris?quedescoloniesditen“verrefriMé”
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Legionellaspp
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Coloniesen«verrefri\é»surmilieuBCYE
Nocardiasppetac&nomycètes
• Diagnos?cexclusivementdirect• Examendirectetmiseenculture
– BacillesàGramposi?framifiésavecunaspectmouchetéou?gré– Culturesurmilieuxstandards(géloseausang,gélosechocolat)enaérobioseou
sous5%deCO2.
!Nécessitédeprolongerl’incuba&ondesmilieuxaumoins10joursü 30%deculturesposi?vesen48heuresü 50%après5jours
DemandespécifiéeparleclinicienderecherchedeNocardiaobligatoire!!!
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Nocardiasppetac&nomycètes
Aspergillusspp,examenmicroscopique
• Miseenévidencedefilamentsmycéliensde«typeaspergillaire»• Entrelameetlamelle,ilsmesurentde2à4µmdediamètre,apparaissenthyalins,cloisonnés,etparfoisramifiés(dichotomieavecanglesaigusà45°)• U?lisa?ondeméthodesdemarquage(noirchlorazol)oudecolora?onspécifiques(Gomori-Groco\)
Aspergillusspp:Cultureetiden&fica&on
• Milieufongiquespécifique(Sabouraud+/-an?bio?ques)èiden?fica?onprécisedugenreetdel’espèceduchampignon.Aspergilluspousseen3à5joursà37°C.L’aspectmacroscopiqueestrasàpoudreux,veloutéparfoiscotonneux,etdecouleurvariéeenfonc?ondel’espèce• Examendirectàpar&rdelaculture!orienta&ondiagnos&que• Iden&fica&onparspectrométriedemasse
Aspergillusspp:autrestechniques
• Biologiemoléculaire– Techniquesd’amplifica?ongéniquespécifiquesd’Aspergillus– Sérum,prélèvementsrespiratoires– Intérêt:bonnevaleurprédic?venéga?vedanslesérum– Limites:• Equipementspécifique• Trèssensiblesèdis?nc?onentrecolonisa?on(portageasymptoma?que)etinfec?onplusdifficile
Pneumocys6sjirovecii
• Intérêtdelacolora?ondeMGGpourvoirlesformesvégéta?ves
• Immunofluorescencedirecte
• LaPCRquipermetdedétecterdefaibleschargesfongiques
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Lediagnos&cdelatuberculoseaulaboratoire:étapesprincipales
Méthodesclassiques
ü examenmicroscopique
ü culture
ü iden?fica?on
ü an?biogramme
Méthodesgéné&ques
ü amplifica?ond’ADN/ARNmycobactériendansleprélèvement
ü iden?fica?onparsondegéné?que
ü iden?fica?ondesmuta?onsconférantlarésistanceauxan?bio?quesdanslesgènescibles
Lesprélèvements:quelquesprincipes
ü Onpeutchercherlesmycobactériesdanstouslesprélèvements! avecplusoumoinsdesuccès!
ü Emissionirrégulièredesbacillestuberculeux→nécessitéderépéterlesprélèvements
ü 10à30%descasdetuberculosesontdiagnos?quésuniquementsurlaclinique
ü Crachatspontané,lema?nàjeunsipossible(2à3mlminimum)ü Crachatinduitü Tubagegastrique
→àrépéterdeux(outrois)jourssuccessifsDansun2èmetemps:ü Aspira?onbronchiqueü Lavagebroncho-alvéolaire
Prélèvementspulmonaires
Hygièneetsécurité
ü Lesespècesducomplexetuberculosisàl’excep?ondelasouchevaccinaleBCGàbactériesdugroupederisquebiologique3
→protec&onadéquatedespersonnelsetdel’environnement:mesuresdeconfinementd’unniveau3(laboratoireL3)
Laboratoire L3
Accès sécurisé via un sas
Pression négative
Masque FFP2 en permanence
Manipulation sous Poste de Sécurité
Microbiologique
Sécurisé, couteux et contraignant
Laboratoire L3
Accès sécurisé via un sas
Pression négative
Masque FFP2 en permanence
Manipulation sous Poste de Sécurité
Microbiologique
Sécurisé, couteux et contraignant MasqueFFP2 PSM2
Etapededécontamina&on=étapeessen&elle
ü Elimina?ondelafloreoro-pharyngéedanslesprélèvementsrespiratoires
ü Elimina?ondelafloredanslesprélèvementsurinairesetdiges?fs
→méthodedeKubica:Nacétyl-L-cystéine/citratedesodium/NaOH
éliminelaflore,maisaussiunepar?edesBAAR!
Méthodesclassiques
ü examenmicroscopique
ü culture
ü iden?fica?on
ü an?biogramme
Méthodesgéné&ques
ü amplifica?ond’ADN/ARNmycobactériendansleprélèvement
ü iden?fica?onparsondegéné?que
ü iden?fica?ondesmuta?onsconférantlarésistanceauxan?bio?quesdanslesgènescibles
Lediagnos&caulaboratoire:étapesprincipales
ü Colora?ondeZiehl-Neelsen(méthodederéférence)
ü Colora?onàl’auraminefluorescente=méthodedeDegommier
ü Nonspécifique
ü Peusensible:5.103à104bacilles/ml
ü RendudesrésultatsennombredeBAARparlameouparchamps
Examenmicroscopique
Résultatsrendus
BAARvusàlacolora&on
Résultatsrendus Fluorescence
X250 x400
AucunBAARdétecté 0 0
PrésencedeBAARentrèsfaiblenombre
1-2 1-2
+ 1-9(lame) 1-9(lame)
++ 1-9(1champ) 4-36(10champs)
+++ 1-90(1champ) 4-36(1champ)
++++ >90(1champ) >36(1champ)
REMIC,2015
Colora&ondeZiehl-Neelsen
Diagnos?cen15min
Colora&onàl’auraminefluorescente
Diagnos?cen3min
èLestestscommercialisésnesontvalidésquepourlesprélèvementsrespiratoires!
1. EnhancedAmplifiedMycobacteriumtuberculosisDirectTest(E-AMTDT)
2. AmplicorMycobacteriumtuberculosisTest3. Inno-LiPA-Rif.TBTest4. GenoTypeMycobacteriaDirectTest5. GeneXpertMTB/RIF(recommandéparl’OMS)
Méthodesgéné&ques:PCRdirectessuréchan&llons
ü Détec?onducomplexeM.tuberculosis
ü Détec?ondemuta?onsdanslegènerpoBconférantlarésistance
àlarifampicine
→directementàpar?rd’unprélèvement
→sansextrac?onpréalable
→complètementautoma?sée
ü Extrac?on,amplifica?onetdétec?onparlatechniquedePCRen
tempsréeldansuneseulecartouche
PrincipedutestXpert®MTB/RIF
Tempsdeprépara&ondel’échan&llon:20minutes
ProtocoledutestXpert®MTB/RIF
MaislaPCRnerésoutpastout…
Tuberculose Sensibilité Spécificité
M+ 98% 98%
M- 72% 96%
Extra-respiratoire
(M-)
30% 98%
VPP:98%etVPN:90%
UnePCRnéga?venepermetpasd’exclureunetuberculose
Méthodesclassiques
ü examenmicroscopique
ü culture
ü iden?fica?on
ü an?biogramme
Méthodesgéné&ques
ü amplifica?ond’ADN/ARNmycobactériendansleprélèvement
ü iden?fica?onparsondegéné?que
ü iden?fica?ondesmuta?onsconférantlarésistanceauxan?bio?quesdanslesgènescibles
Lediagnos&caulaboratoire:étapesprincipales
ü SurmilieudeLöwenstein-Jensen
ü Aspectdescoloniescaractéris?quepourcertainesespèces
ü sensibilitéde102à103bacilles/ml
→diagnos?cdelaplupartdescas(avecorienta?onsurl’espèceencause)
→délaimoyende14-21jourssiBAAR+/21-42jourssiBAAR-
Culture-surmilieusolide
M.tuberculosissurLoewenstein-Jensen-Medium
ü MilieudeMiddlebrook(7H9ou7H10)+supplémentOADC(acideoléique,albumine,catalase,dextrose)+/-mélanged’an?bio?ques
ü Croissancedétectéegrâceàdesautomatesd’incuba?onàlecturecon?nue² Composéfluorescentsensibleàlaconcentra?ond’oxygène² Larespira?ondesmycobactériesencroissanceconsomme
l’oxygènedumilieuetpermetl’ac?va?ondelafluorescence
→délaimoyende5-10jourssiBAAR+/10-28jourssiBAAR-
Culture-surmilieuliquide(MGIT©)
LatechniqueMGIT©
Conclusions
ü Lecontextecliniqueetépidémiologiqueguidelesexamensàme\reenœuvre
ü Aucunou?lmicrobiologiquen’est100%sensiblenispécifique
ü Obliga?ondedemandesexplicitesduclinicienpourlarecherchedemicroorganismesatypiques
ü Lediagnos?caulaboratoire=examenmicroscopique+culture
ü Apportmajeurdestechniquesdebiologiemoléculaire