)55; ?B5 >5 >52016.igem.org/wiki/images/8/81/Mindynotes.pdf · )55; ?B5 >5 >5 ...6@!$& % &'$ +

10/19/2016 Week 2 Notes (6/June - 10/June/2016) · Benchling

https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-9J2PvXZo-week-2-notes-6june-10june2016/view?versionId=9010156&note=true&protocols=#print 1/3

Ẅěěķ 2 Ňǿțěș (6/Jųňě - 10/Jųňě/2016)

mǿb ģěňěș ǻș mǿbįŀě ěŀěměňțș įň țřǻňșfǿřmǻțįǿň●ňěěđ țǿ ģěț ģBĿǾČĶ șěqųěňčě fįŀěș fǿř ǻŀįģňměňț ẅįțħ čŀǿňěđ șǻmpŀěș●čǿđǿň ǿpțįmįżěđ fǿř čỳǻňǿ ǻňđ/ǿř řħįżǿ●čįțřįňě pŀǻșmįđș: věřįfỳ įň fřǻmě ẅįțħ ǻňǿțħěř șěqųěňčįňģ Řx●+ čǿňțřǿŀ → fįňđ pŀǻșmįđ(ș) ẅħěřě fŀųǿřěșčěňčě ẅǿřķěđ●ňěěđ șțřǻįň ǻňđ pŀǻșmįđ șțǿčķ●- čǿňțřǿŀș ǻŀřěǻđỳ mǻđě (țħě ĿİČ čǻșșěțțěș)●ěxpș. věřįfįěđ ẅįțħ șěqųěňčě●řěǻđỳ: ěňțřỳ pŀǻșmįđș fǿř ĿİČș (jųșț ňěěđ țǿ mǻķě řįģħț įňșěřț); đěțěřmįňě ẅħįčħ ǿňěș țǿ ųșě.●țěșț țħǻț ǿňčě čįțřįňě țřǻňșfǿřměđ įňțǿ řħįżǿbįǻ, fŀųǿřěșčěňčě șțįŀŀ ẅǿřķș●țħěň țěșț fǿř řěčǿmbįňǻșěș įň MǺĢĚ įň řħįżǿbįǻ●*ģěț pǾŘȚMǺĢĚ pŀǻșmįđ (pŀǻșmįđ ǿř șțřǻįň?) → ẅħǻț ěxǻčțŀỳ įș įț●ňěěđ pŀǻșmįđ mǻp, ěxpěčțěđ șěqųěňčě fįŀě●ẅħǻț įș Ǿřį, ẅħǻț įș șěŀěčțǻbŀě mǻřķěř●1. mǿvě pŀǻșmįđ įňțǿ řħįżǿbįǻ șțřǻįňș●

ǻ. ČİǺȚ 899○b. Ș. měŀįŀǿțį○

řħįżǿbįǻ čǿmpěțěňț čěŀŀș țěčħňįqųě●*ẅħǻț Ě. čǿŀį șțřǻįň įș pǾŘȚMǺĢĚ įň → șǿmě đǿ ňǿț ģįvě ģǿǿđ ĐŇǺ pŀǻșmįđ přěpș●ěňșųřě řħįżǿbįǻ įș șěňșįțįvě țǿ ǻňțįbįǿțįč șěŀěčțǿř (ňǿț řěșįșțǻňț)●mǻķě měđįǻ ǻňđ ěŀěčțřǿpǿřǻțě pŀǻșmįđș įňțǿ șțřǻįňș●čǿňșțřųčț pŀǻșmįđș ǻňđ țěșț/věřįfỳ įň Ě. čǿŀį → țħěň, mǿvě fįňįșħěđ pŀǻșmįđ įňțǿ řħįżǿbįǻ●věřįfỳ přǿțǿčǿŀ: pǿįňț mųțǻțįǿň įň ŘŇǺPǿŀ●șěǻřčħ čỳǻňǿ țřǻňșfǿřmǻțįǿň ǻňđ ŀįňěǻř věčțǿřș: Ǿřį, řįfǻmpįčįň mǻřķěř ẅįŀŀ ẅǿřķ?●bįǿįňfǿřmǻțįčș BĿǺȘȚ șěǻřčħ fǿř ħǿmǿŀǿģỳ/ǻňǻŀǿģ įň řħįżǿbįǻ; ģěț șěqųěňčě țǿ *mǻķě șỳňțħěțįč ěňțřỳ čǿňșțřųčț. Mųșț ħǻvě

șěqųěňčě șįmįŀǻřįțỳ ǻňđ fųňčțįǿňǻŀįțỳ

●

ǻșķ Jǻỳmįň○ǿųțřěǻčħ ẅįțħ ǿțħěř ǿřģǻňįżǻțįǿňș ǻbǿųț įĢĚM●čǿňșțřųčț șųbmįșșįǿň, ųșěđ ẅįțħ ĿİČ įňșțěǻđ ǿf řěșțřįčțįǿň?●

ħǿẅ țǿ mǻķě čǿmpŀįǻňț, ǿř ģěț ǻppřǿvǻŀ○přěpǻřǻțįǿň ǿf bįǿŀǿģįčǻŀ șǻmpŀě○

20ķb ģBĿǾČĶ șěqųěňčě fǿř čǿňșțřųčțįǿň ǿňčě ģěňě ħǻș běěň įđěňțįfįěđ; ňěěđ șěqųěňčě.●ŀěģĦb įň Ř. țřǿpįčį○čbb3 (ǿř ǿțħěř) įň Ř. țřǿpįčį○

pǻřțįțįǿň ẅħǿ ẅįŀŀ ẅǿřķ ẅįțħ țħě 3 čǿňșțįțųțįvě přǿmǿțěřș ǿf đįffěřěňț șțřěňģțħș; 4 įňđųčįbŀě přǿmǿțěřș.●bŀųěpřįňț ǿf MǺĢĚ mǿđįfįčǻțįǿňș įň řħįżǿbįǻ●

7/Jųňě/2016Přǿmǿțěř-čįțřįňě țěșțįňģ:●

- čǿňțřǿŀ = čěŀŀ ẅįțħ șỳň. ģěňě bųț ẅįțħ đỳșfųňčțįǿňǻŀ čįțřįňě = ěňțřỳ věčțǿř (ĿİČ čǻșșěțțě)○+ čǿňțřǿŀ = ňǿț přěșěňț○ěxpěřįměňțǻŀ = přǿpǿșěđ čěŀŀ ẅįțħ čįțřįňě ģěňě įň țħě įňțěřčħǻňģěđ ĿİČ čǻșșěțțě○

fŀųǿřěșčěňčě 96-pŀǻțě řěǻđěř ħǻș ŀįmįț ǿf đěțěčțįǿň; ňěěđș mįň.; ǻvǿįđ șǻțųřǻțįǿň●mǻķě șěřįǻŀ đįŀųțįǿň (8 đįŀųțįǿňș pěř čǿŀųmň)○

pųț pŀǻțě įň řěǻđěř ǻňđ đǿ ǿđ600(ňm) měǻșųřě (ħǿẅ mǻňỳ čěŀŀș pěř mĿ įň ěǻčħ ẅěŀŀ)●řěǻđ ǻț řįģħț ňm ěxčįțǻțįǿň/ěmįșșįǿň ŀěvěŀ●

čǿňțřǿŀ = čųřvě ǿf # čěŀŀș-ǻmǿųňț ǿf fŀųǿřěșčěňčě○

ȚŲĚȘĐǺỲ, 6/7/2016



ěxp = ǻmǿųňț șħǿųŀđ bě đįffěřěňț įň ěǻčħ șǻmpŀě, bųț řěŀǻțįǿňǻŀ įň đįŀųțįǿň.○ǿđ.6 = ǻčțųǻŀ ňųmběř țħǻț 0-1 ǿf ǻbșǿřbǻňčě/țųřbįđįțỳ ǿf bǻčțěřįǻŀ ǻčțįvįțỳ●ňěěđ PBȘ, șpěčțįňǿmỳčįň, ĿB, čěŀŀ ŀįňěș (pŀǻșmįđș), ģŀỳčěřǿŀ șțǿčķș fǿř pŀǻșmįđ pǿșțěřįțỳ, čųŀțųřěș●řěfěřěňčě șěqųěňčěș fǿř ǻŀŀ ǿf čįțřįňě pŀǻșmįđș → ħǿẅ mųčħ șěqųěňčě ǻčřǿșș pŀǻșmįđ ẅǻș đǿňě? ŀǿǿķ fǿř mųțǻțįǿňș (țřǻňșŀǻțįǿň fěǻțųřě ǿf ŀǻșěřģěňě)

●

Đǻțǻbǻșě! Fǿř șțǿčķ, ǿŀįģǿș, přįměřș,●Șțǿčķ = șțřǻįň čǻřřỳįňģ pŀǻșmįđ●Șțřǻįň = țħě bǻčțěřįǻŀ ħǿșț įțșěŀf●Přǿmǿțěř įňđųčįbįŀįțỳ (čǿňđįțįǿňș ǻňđ ųňįňđųčěđ v. įňđųčěđ čǿňțřǿŀș… ŀěǻķỳ přǿmǿțěř? įň ǻbșěňčě ǿf įňđųčěř, ňǿ čįțřįňě

fŀųǿř. șħǿųŀđ bě ǿbșěřvěđ) vș. čǿňșįțųțįvěňěșș

●

fįňđ přįměřș (ĢǺ)●řěǻđ ǻbǿųț țħě přǿmǿțěřș (șțřěňģțħ, ħǿẅ țǿ įňđųčě)●đěpěňđįňģ ǿň přǿțěįň, Ț, ǻģģřěģǻțįǿň, → fįřșț țřįǻŀ ųșě ŀįțěřǻțųřě přǿțǿčǿŀ●

čǿňč. řǻňģě○přǿbŀěm ẅįțħ ģBĿǾČĶȘ:●

- řěčǿmbįňǻșěș fǿųňđ ẅįțħ đǻțǻ mįňįňģ ǻppřǿǻčħ○fįňđ vįřųș țħǻț įňfěčț řħįżǿbįǻ○bįǿįňfǿřmǻțįčș ǻppřǿǻčħ țǿ įđěňțįfỳ mǿșț-ŀįķěŀỳ șěqųěňčě fǿř pųřpǿșě○șįmįŀǻř ĐŇǺ șěqųěňčě; șįmįŀǻř přǿțěįň fųňčțįǿň○čħěčķěđ fǿř fųňčțįǿňǻŀ đǿmǻįňș → 8 fǿř řħįżǿ, 8 fǿř čỳǻňǿ○ẅħěň mǻķįňģ ŀǿňģ (75 bp) ǿŀįģǿ, ǻččųřǻčỳ ǿf șỳňțħěșįș đěčřěǻșěș○řěčǿđě – țǿ ųșě țŘŇǺ mǿșț ǻvǻįŀǻbŀě įň ģįvěň ǿřģǻňįșm; řǻň

șįmųŀǻțįǿň fǿř čǿđǿň ǿpțįmįżǻțįǿň

○

ČȚĢ șțǻřț čǿđǿňș; șįňģŀě ǻǻ șųbșțįțųțįǿňș → șħǿųŀđ bě țħěřě ǿřňǿț?

○

ňěěđ țǿ fįňđ fįŀěș ǿf ẅħǻț țħě čǿmpǻňỳ ǻčțųǻŀŀỳ șěqųěňčěđ○přǿǿf-ǿf-přįňčįpŀě țħǻț țħįș měțħǿđ ẅǿřķș: țěșț řįfǻmpįčįň (ěffįčįěňčỳ ǿf pǾŘȚMǺĢĚ) ǻňđ șěŀěčț įň řħįżǿbįǻ●*pǾŘȚMǺĢĚ įň řħįżǿbįǻ* --> pųbŀįșħǻbŀě?●

ěvǻŀųǻțě řěčǿmbįňǻșě ẅįțħ řįfǻmpįčįň●? řįfǻmpįčįň ǻșșǻỳ fǿř pǾŘȚMǺĢĚ●

ǿbjěčțįvěș: țǿ țřǻňșfǿřm pǾŘȚMǺĢĚ įň Ě. čǿŀį, Ř. țřǿpįčį ǻňđ pŀǻțě ǿň 3 měđįǻ: șțřěǻķěđ, 5 ųĿ, ǻňđ 50 ųĿ čěŀŀ vǿŀ.●țǿ mǻķě țẅǿ țỳpěș ǿf ňěģǻțįvě čǿňțřǿŀș fǿř Ř. țřǿpįčį: ĿB ųňțřǻňșfǿřměđ ČİǺȚ 899 ǻňđ ĿB-ķǻň50 ųňțřǻňșfǿřměđ ČİǺȚ

899.

○

Ẅħěň čħǿǿșįňģ țħě ģěňě țǿ čǿŀǿňỳ PČŘ věřįfỳ fǿř pǾŘȚMǺĢĚ pŀǻșmįđ, čħǿǿșě 300-400 bp șěqųěňčě (mįň. 200).●přįměř ŀěňģțħ: 15-18 ňț○Țm ǻřǿųňđ 60Č○

țǿ đěțěčț mųțǻțįǿň fřěqųěňčỳ, șčřěěň ẅįțħ șěŀěčțįǿňș (șųčħ ǻș ǻňǿțħěř Ǻb) bỳ įňțěģřǻțįňģ ǻ řěpǿřțěř ģěňě įňțǿ țħě ģěňǿmě

țħǻț įș įňįțįǻŀŀỳ ǿff ųňțįŀ țħě ǿŀįģǿ țųřňș įț ǿň.

●

ŀǿňģ ħǿmǿŀǿģỳ ǻřmș ħěŀp țǻřģěț ǿŀįģǿ○Țěșț MǺĢĚ ẅįțħ ǻňđ ẅįțħǿųț țħě ĐŇǺ/pŀǻșmįđ (čǿňțřǿŀș)●Čǻň čǻŀųčŀǻțě țħě ěffįčįěňčỳ ǿf ĐŇǺ įňčǿřpǿřǻțįǿň ǿf MǺĢĚ ẅįțħ pǾŘȚMǺĢĚ ǿň șěŀěčțįǿň ǻňđ ňǿřmǻŀ pŀǻțěș

(ňųměřǻțǿř/đěňǿmįňǻțǿř)

●

țħě řǻțįǿ ǿf ħǿẅ mǻňỳ čěŀŀș ǻřě řěșįșțǻňț țǿ Ǻb/ țǿțǻŀ čěŀŀș○1. + șěŀěčțįǿň (čǿŀǿňįěș ģřǿẅň ẅħěň ģěňě țųřňěđ ǿň)●2. čǿňțřǿŀ șěŀěčțįǿň (ěxpěčț 100% ģřǿẅțħ)●

řǻțįǿ ẅįŀŀ đěțěřmįňě řěčǿmbįňǻțįǿň fřěqųěňčỳ ○Ǿř, čǻň ųșě fŀųǿřěșčěňț přǿțěįň (ǻňđ ěřǻșě țħě șțǿp čǿđǿň țǿ țųřň įț ǿň); řěpěǻț ẅįțħ ǿř ẅįțħǿųț pǾŘȚMǺĢĚ.●Țǿ șěě įf ǿųř pǾŘȚMǺĢĚ įș șįģňįfįčǻňț, ŀǿǿķ ųp ŀįțěřǻțųřě ǿf pǻșț ěffįčįěňčỳ.●

ẄĚĐŇĚȘĐǺỲ, 6/8/2016



Ěxǻmpŀě ǿf mųțǻțįǿň: țǻřģěț řįbǿșǿmǻŀ bįňđįňģ șįțě ǿř řǻřě čǿđǿň (čěŀŀ đǿěșň'ț ħǻvě mǻňỳ ǿf țħǻț țŘŇǺ, bųț čǻň čħǻňģě țǿ

mǻįňșțřěǻm čǿđǿň șǿ țǿ įňčřěǻșě țřǻňșŀǻțįǿň) --> țǿ ųpřěģųŀǻțě přǿțěįň.

●

Ǿňčě ǻ čǻșșěțțě įș pųț įňțǿ řħįżǿbįǻ, čǻň ųșě MǺĢĚ țǿ mǻķě přǿțěįň mǿřě ňǻțįvě.●Pųțțįňģ řěpǿřțěř ģěňě įňțǿ řħįżǿbįǻ đįffįčųŀț?○

ķňǿčķ-ǿųț mųțȘ įň MǺĢĚ ẅįțħ řěpǿřțěř ǿff ǻňđ ųșě ǿŀįģǿ țħǻț țųřňș įț ǿň, pŀųș ǿňě ǿf ěǻčħ ǿf țħě řěčǿmbįňǻșěș.●pǾŘȚMǺĢĚ mįģħț ňǿț ẅǿřķ đųě țǿ běțǻ ňǿț ẅǿřķįňģ○

ŘȚ-PČŘ țǿ ěňșųřě țħǻț řěčǿmbįňǻșě įș běįňģ țřǻňșčřįběđ, bųț įș ųňňěčěșșǻřỳ čǿňșįđěřįňģ țħě ǿųțčǿměș ǿf MǺĢĚ.●

Ǿbjěčțįvěș: țǿ đěșįģň țẅǿ přįměřș fǿř čǿŀǿňỳ PČŘ țǿ věřįfỳ pǾŘȚMǺĢĚ įň Ř. țřǿpįčį; țǿ čřěǻțě ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳ țǿ ěňșųřě Ř.

țřǿpįčį čǻň ňǿđųŀǻțě ǻňđ fįx Ň2 ǿň čŀǿvěř; țǿ đěșįģň přǿțǿčǿŀ fǿř měǻșųřįňģ pǾŘȚMǺĢĚ ěffįčįěňčỳ įň Ř. țřǿpįčį

●

Fǿř țǿmǿřřǿẅ: řųň țħřǿųģħ MǺĢĚ įň Ě. čǿŀį●Ňěěđ țǿ:●

věřįfỳ pǾŘȚMǺĢĚ įș įň Ř. țřǿpįčį bỳ:

(Ě. čǿŀį) řěșțřįčțįǿň șįțě ǻňđ řųň ģěŀ■(Ř. țřǿpįčį) đěșįģň přįměřș ǻňđ řųň čǿŀǿňỳ PČŘ ǿň ģǻm přǿțěįň■

țěșț įf pǾŘȚMǺĢĚ ẅǿřķș įň Ř. țřǿpǿčį bỳ:

șěŀěčțįǿň ǻșșǻỳ ẅįțħ ǻňǿțħěř Ǻb (șųčħ ǻș řǻfǻmčỳįň) ǻfțěř ǿŀįģǿ đěșįģň ǻňđ ěŀěčțřǿpǿřǻțįǿň■đěșįģň ǻňđ ǿřđěř ǿŀįģǿș●

ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳ țǿ věřįfỳ țħǻț Ř. țřǿpįčį čǻň ňǿđųŀǻțě

fįňǻŀįżě 10-ẅěěķ pŀǻňș

5 șŀįđě přěșěňțǻțįǿň ǿň ŀěģĦb■mǻķě ģŀỳčěřǿŀ șțǿčķș, pŀǻțě čųŀțųřěș, ǿf Ř. țřǿpįčį

Ňǿțěș ǿň mųțȘ:●ẅħěň đěșįģňįňģ țǻřģěțțěř ǿŀįģǿș fǿř MǺĢĚ, čřěǻțě ŀǿňģ ħǿmǿŀǿģỳ ǻřmș (2ķb)○

fŀǻňķįňģ mųțȘ įf ěxčįșįňģ■pǾŘȚMǺĢĚ țřǻňșįěňțŀỳ įňħįbįțș mųțȘ ųșįňģ mųțĿ○

Ňǿ ňěěđ țǿ ķňǿčķ ǿųț mųțȘ įf pǾŘȚMǺĢĚ įș șųffįčįěňț.●ČǻČŀ ųșěđ ẅħěň pŀǻșmįđ įș ŀěșș țħǻň 8ķb●

įf ŀǻřģěř, ųșě ěŀěčțřǿpǿřǻțįǿň○

ȚĦŲŘȘĐǺỲ, 6/9/2016

ȘǺȚŲŘĐǺỲ, 6/11/2016


https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-DZMMhOa2-week-3-notes-13june-17june2016/view?versionId=9420333&note=true&protocols=#print 1/3


Șěŀěčțįǿň ǻșșǻỳ fǿř pǾŘȚMǺĢĚ ěffčįěňčỳ įň Ř. țřǿpįčį:

įňșěřț ǺbŘ mǻřķěř įň Ř. țřǿpįčį țħǻț įș "ǿff" bỳ pǿįňț mųțǻțįǿň○

čřěǻțě ǿŀįģǿș ẅįțħ ŀǿňģ ħǿmǿŀǿģỳ ǻřmș (45 ňț ěǻ. fŀǻňķ) țħǻț čǻň "țųřň ǿň" Ǻb řěșįșțǻňčě○ěŀěčțřǿpǿřǻțě pǾŘȚMǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ Ř. țřǿpįčį ẅįțħ ǿŀįģǿș ǻňđ pŀǻțě ǿň (+) șěŀěčțįǿň pŀǻțěș (ẅįțħ ǻňțįbįǿțįč) ǻňđ (-)

pŀǻțěș (ĿB ǿňŀỳ--ěxpěčț ǻŀŀ čǿŀǿňįěș țǿ ģřǿẅ)

○

řǻțįǿ = (# čǿŀǿňįěș ǿň +)/(# čǿŀǿňįěș ǿň -) = mųțǻțěđ čěŀŀș/ňǿřmǻŀ čěŀŀș ■Ǿňčě přįměřș đěșįģňěđ ǻňđ ǿřđěřěđ fǿř pǾŘȚMǺĢĚ įđěňțįfįčǻțįǿň/věřįfįčǻțįǿň įň Ř. țřǿpįčį:

řųň čǿŀǿňỳ PČŘ țǿ įđěňțįfỳ ģǻm přǿțěįň įň Ř. țřǿpįčį; țħěň șěqųěňčě○řěpěǻț ẅįțħ Ě. čǿŀį○

Ẅǿřķ ǿň ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳ:

ǿbțǻįň ǻňđ ģřǿẅ čǿẅpěǻ pŀǻňțș○Ẅǿřķ ǿň přǿjěčț įđěǻ:

įđěňțįfỳ běșț ħįģħ ǻffįňįțỳ țěřmįňǻŀ ǿxįđǻșě (ĦǺȚǾ) fǿř Ř. țřǿpįčį○įđěňțįfỳ șmǻŀŀ mǿŀěčųŀěș/přǿțěįňș țħǻț ųpřěģųŀǻțě ĦǺȚǾ■įđěňțįfỳ șįțě ǿň șmǻŀŀ mǿŀěčųŀě/přǿțěįň ģěňě țǿ ųșě MǺĢĚ țǿ ųpřěģųŀǻțě įț■

ǿř, įđěňțįfỳ șįțě ǿň ĦǺȚǾ įțșěŀf fǿř ųpřěģųŀǻțįǿň ẅįțħ MǺĢĚ●țěșț pǾŘȚMǺĢĚ įň Ě. čǿŀį ǻș ẅěŀŀ

0.1-30% ěffįčįěňčỳ įș řěpǿřțěđ○įf věřỳ řǻřě țřǻňșfǿřmǻțįǿň, đǿ ǿňě pŀǻțě ǿf đįŀųțįǿň ǻňđ ǿňě pŀǻțě ǿf șpįň/pěŀŀěț/șųșpěňđ įň șmǻŀŀ vǿŀųmě/pŀǻțě ěvěřỳțħįňģ●ǿpțįmǻŀ/mǻx țěmpěřǻțųřě fǿř řħįżǿbįǻ = 28Č●*břįňģ Ě. čǿŀį ǻňđ řħįżǿbįǻ ģŀỳčěřǿŀ șțǿčķș țǿ ẄČ; čħǻňģě įňčųbǻțǿř țǿ 28Č●ǻŀǿňģ ẅįțħ đǿįňģ řěșțřįčțįǿň ěňżỳměș ẅįțħ Ě. čǿŀį ǻňđ șěqųěňčįňģ, čǻň đǿ čǿŀǿňỳ PČŘ vǻŀįđǻțįǿň ǿf ǻ fěẅ ŀǿčį ǻčřǿșș Ě. čǿŀį

pŀǻșmįđ țǿ ǻmpŀįfỳ (ŀįķě ẅħǻț įș đǿňě įň Ř. țřǿpįčį).

●

ẅħěň įňțěřpřěțįňģ đǻțǻ fřǿm MǺĢĚ įň pǾŘȚMǺĢĚ-Ř. țřǿpįčį, ňěěđ țǿ țřǿųbŀěșħǿǿț ●řįfǻmpįčįň mųțǻțįǿňș ẅįțħǿųț mųțȘ ǿččųř ňǻțųřǻŀŀỳ○

čřěǻțě mųțȘ ķňǿčķ-ǿųț įň řħįżǿbįǻ ●įđěňțįfỳ ǿțħěř țǻřģěțș įň řħįżǿbįǻ țħǻț čǻň ħěŀp ẅįțħ MǺĢĚ○

ẅįțħ 10-ẅěěķ přǿjěčț přǿpǿșǻŀ:●įňșțěǻđ ǿf pǿįňț mųțǻțįǿňș (ẅħįčħ čǻň bě đǿňě ẅįțħ ǿțħěř měțħǿđș), ŀǿǿķ ǻț đǿįňģ șěvěřǻŀ șįțěș țǿ ěňșųřě MǺĢĚ įș

mǿșț ǻppřǿpřįǻțě.

○

įđěňțįfỳ țħě běșț ǻșșǻỳ fǿř měǻșųřįňģ řěșpįřǻțįǿň○ŀǿǿķ įňțǿ țħě ňěčěșșįțỳ ǿf řěșpįřǻțįǿň įň řħįżǿbįǻ (běfǿřě/ǻfțěř ňǿđųŀǻțįǿň ǻňđ đįffěřěňțįǻțįǿň).○

ħǿẅ řěŀěvǻňț/șįģňįfįčǻňț įș țħįș?■

Țǿ đǿ fǿř țǿđǻỳ:●șțřěǻķ pǾŘȚMǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ Ě. čǿŀį pŀǻțěș ǻňđ břįňģ țǿ ẄČ

țřǻňșfěř ěŀěčțřǿpǿřǻțįǿň/řħįżǿbįǻ țřǻňșfǿřmǻțįǿň přǿțǿčǿŀ ǿňŀįňě

mǻķě čǿmpěțěňț čěŀŀș ǿf Ș. měŀįŀǿțį

ǿřđěř přįměřș fǿř čǿŀǿňỳ PČŘ ǿf Ř. țřǿpįčį

čřěǻțě ǻňđ ǿřđěř ǿŀįģǿș fǿř pǾŘȚMǺĢĚ ǻșșǻỳ įň Ě. čǿŀį ǻňđ řħįżǿbįǻ

Ħǻŀf ǿf įșǿŀǻțěđ pŀǻșmįđ ĐŇǺ (pǾŘȚMǺĢĚ-3) ẅįŀŀ bě țǻķěň țǿ ẄČ.

Fřǿm Jǻỳmįň'ș ěmǻįŀ: (Ųňđěřŀįňěđ = břįňģ țǿ ẄČ)●Șǿměǿňě ňěěđș țǿ čħěčķ įň ǿň țħě pǿřțmǻģě țřǻňșfǿřmǻțįǿňș.

ģřǿẅțħ ǿf țřǻňșfǿřměđ Ș. měŀįŀǿțį

MǾŇĐǺỲ, 6/13/2016

ȚŲĚȘĐǺỲ, 6/14/2016



ģřǿẅțħ ǿf țřǻňșfǿřměđ Ř. țřǿpįčį

Ẅě ňěěđ țǿ běģįň țřǻňșfǿřmįňģ țħě čįțřįňě čǿňșțřųčțș įňțǿ řħįżǿ. Țħįș mǻỳ įňvǿŀvě mǻķįňģ čǿmp čěŀŀș ǿųț ǿf měŀįŀǿțį. Ňěģ. čǿňțřǿŀ = Ě. čǿŀį.

Țħě čįțřįňě čǿňșțřųčțș įň ě čǿŀį ňěěđ țǿ bě břǿųģħț țǿ ẅěșț čǻmpųș fǿř țěșțįňģ

Ẅě ẅįŀŀ bě țěșțįňģ pǿřțmǻģě įň ě čǿŀį țǿmǿřřǿẅ ǻț ẄČ.

Șǿměǿňě ňěěđș țǿ mǻķě șǿmě řįfǻmpįčįň ǻňđ ĿB pŀǻțěș.Ǿf țħě měșșěđ ųp řěčǿmbįňǻșě čǿňșțřųčțș, șǿměǿňě ňěěđș țǿ pįčķ ǻđđįțįǿňǻŀ čǿŀǿňįěș fǿř șěqųěňčįňģ.Pěřfǿřm ǻňđ țǻķě ňǿțěș ǿň ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳș.

Ẅħěň ųșįňģ ǻňțįbįǿțįčș: (ųșě ěxǻčț přǿțǿčǿŀș)●įf șǻŀț: đįŀųțě țǿ ẅǻțěř įň đěșįřěđ čǿňč. (1000X); fįŀțěř, șțěřįŀįżě, ǻňđ ǻŀįqųǿț fǿř fřěěżįňģ ǻț 1mĿ ěǻčħ.○įf ňǿț: fįňđ ǻđěqųǻțě șǿŀvěňț (ĐMȘǾ). Ǿňčě įň șǿŀň, țǻķě ųp țǿ fįňǻŀ čǿňč. ẅįțħ ẅǻțěř.○

ĚțǾĦ ǻňđ čħŀǿř.■Țřǻňșfǿřměđ čěŀŀș mųșț bě șțǿřěđ ǻț 4Č, ňǿț -20Č.●

Jǻỳmįň ħǻș ǿŀįģǿ fǿř ČİǺȚ fǿř MǺĢĚ, ǻ "Ħ536Ỳ mųțǻțįǿň įň țħě ģěňě řpǿB"●"ẅě ķňěẅ ẅħǻț țħě mųțǻțįǿň ẅǻș įň Ě čǿŀį țħǻț ŀěđ țǿ řįf řěșįșțǻňčě (Ħ526Ỳ), șǿ ẅě ǻŀįģňěđ țħě ČİǺȚ věřșįǿň ǿf țħě

ģěňě țǿ Ě čǿŀį ǻŀŀǿẅįňģ ųș țǿ đěțěřmįňě țħǻț Ħ526 įň Ě čǿŀį įș ěqųįvǻŀěňț țǿ Ħ536 įň ČİǺȚ."

○

Ħě ǻŀșǿ șěňț țħě řħįżǿbįǻ ǻňțįbįǿțįč řěșįșțǻňčě đǻțǻ fǿř ČİǺȚ ǻňđ měŀįŀǿțį: MİČ (ųģ/mĿ ǿf Ǻb)●"įň Měŀįŀǿțį, ỳǿų čǻňňǿț ųșě Șțřěpțǿmỳčįň, ǻňđ ňěěđ țǿ ųșě ǻ ħįģħěř čǿňčěňțřǻțįǿň ǿf Ķǻňǻmỳčįň (ųșįňģ ňěǿmỳčįň

įňșțěǻđ mįģħț įmpřǿvě řěșųŀțș). İň ČİǺȚ, ỳǿų čǻňňǿț ųșě șpěčțįňǿmỳčįň, șțřěpțǿmỳčįň, ǿř żěǿčįň."

○

A B C D E

1Ǻňțįbįǿțįč MİČ Měŀįŀǿțį Řěčǿmměňđěđ

Čǿňčěňțřǻțįǿň Měŀįŀǿțį

MİČ ČİǺȚ Řěčǿmměňđěđ

Čǿňčěňțřǻțįǿň ČİǺȚ

2 Čǻřběňįčįŀŀįň <2.5 50 10 50

3 Ķǻňǻmỳčįň 50 100 <2.5 35

4 Șpěčțįňǿmỳčįň 25 100 >100 Đǿ Ňǿț Ųșě

5 Șțřěpțǿmỳčįň >100 Đǿ Ňǿț Ųșě >100 Đǿ Ňǿț Ųșě

6 Țěțřǻčỳčŀįňě <2.5 7.5 <2.5 7.5

7 Řįfǻmpįčįň <2.5 100 <2.5 100

8 Ģěňțǻmỳčįň 10 50 <2.5 10

9 Żěǿčįň <2.5 7.5 >100 Đǿ Ňǿț Ųșě

10 Ħỳģřǿmỳčįň 5 25 <2.5 25

11 Ěřỳțħřǿmỳčįň <2.5 25 <2.5 25

12 Čħŀǿřǻmpħěňįčǿŀ <2.5 12.5 25 100

Țǻbŀě1

Ǻ șěpǻřǻțě ǿŀįģǿ ẅįŀŀ bě đěșįģňěđ fǿř Ș. měŀįŀǿțį fǿř MǺĢĚ ǿf țřǻňșfǿřmǻțįǿň ẅįțħ pǾŘȚMǺĢĚ-3.●Ňǿțěș ǿň ǿŀįģǿ đěșįģň fřǿm Ķǿěň:●

"Țħě fįřșț țħįňģ ỳǿų'ŀŀ ňěěđ țǿ fįňđ ǿųț įș ẅħǻț ěxǻčț mųțǻțįǿň ỳǿų ẅǻňț țǿ įňșěřț. Đǿěșň'ț řįfǻmpįčįň řěșįșțǻňčě ○čǿmě fřǿm ǻň ǻŀțěřǻțįǿň ǿf ǻň ǻmįňǿ ǻčįđ įň ǻ čěřțǻįň ģěňě?

ẄĚĐŇĚȘĐǺỲ, 6/15/2016



ěčǿčỳč.ǿřģ (ħțțpș://ųřŀđěfěňșě.přǿǿfpǿįňț.čǿm/v2/ųřŀ?ų=ħțțp-3Ǻ__ěčǿčỳč.ǿřģ&đ=ǺẅMFǻQ&č=-

đģ2m7żẄųųĐŻ0MŲčV7Șđqẅ&ř=mřVģ8_jỲ8xĚ9ģ19Ě-

ẅżň2ŘŘ_ě4įjỳǾ30vXẅ7q00ģFBŲ&m=Ỳ8ħǺ7Ț3XfJẅİmŲěșșǺ3șJŀm61ỳ3ŀfB5ųřđř8Ķħżǻ8ěẅ&ș=QňħǺfŘĶx5ț_ẅ3żđŻ2ș

ň5xfMǺ98B7ěřđųxŇș7ňŻxJżșǺ&ě=): İț'ș ǻ đǻțǻbǻșě ẅħěřě ỳǿų čǻň fįňđ țħě șěqųěňčěș ǻňđ fųňčțįǿň ǿf ģěňěș. Ňǿțě,

ěčǿčỳč ẅįŀŀ bỳ đěfǻųŀț șħǿẅ ỳǿų Ě.čǿŀį Ķ12, bųț ųňđěř țħě șěǻřčħ bǻř ỳǿų čǻň čħǻňģě țħě ǿřģǻňįșm țǿ Řħįżǿbįǻ.

○

Țħįș ẅěbșįțě ẅįŀŀ țěŀŀ ỳǿų: ŀǿčǻțįǿň ǿf țħě ģěňě ǿň țħě ģěňǿmě, ǿřįěňțǻțįǿň ǿf țħě ģěňě, șěqųěňčě

Bǻșěđ ǿň țħįș įňfǿřmǻțįǿň ỳǿų čǻň įđěňțįfỳ țħě bǻșěș șųřřǿųňđįňģ ỳǿųř đěșįřěđ mųțǻțįǿň (40-45 ǿň ěǻčħ șįđě), țǿ ģįvě

ỳǿų țħě 90bp ǿŀįģǿ.

○

Ħěřě čǿměș țħě čħǻŀŀěňģįňģ pǻřț. İf ỳǿų řěčǻŀŀ, MǺĢĚ ǿŀįģǿș ǻřě mǿșț ěffįčįěňț įf țħěỳ čǻň řěpŀǻčě ǻň Ǿķǻżǻķį○fřǻģměňț đųřįňģ ģěňǿmě đųpŀįčǻțįǿň. Bǻčțěřįǻŀ ģěňǿměș ǻřě čįřčųŀǻř ǻňđ ħǻvě ǿňě ǿř țẅǿ ǿřįģįňș ǿf řěpŀįčǻțįǿň.

Ỳǿų'ŀŀ ħǻvě țǿ fįňđ ǿųț: Ẅħěřě įș țħě ǿřį ǿf țħě Řħįżǿbįǻ ģěňǿmě? Ẅħǻț įș țħě pǿșįțįǿň ǻňđ ǿřįěňțǻțįǿň ǿf ỳǿųř ģěňě įň

řěŀǻțįǿň țǿ țħě ǿřį? Ẅįțħ ħěŀp fřǿm țħě ňǻțųřě přǿțǿčǿŀș pǻpěř, ǻňđ țħě ǻňșẅěřș țǿ țħě ŀǻșț țẅǿ qųěșțįǿňș, ỳǿų șħǿųŀđ

bě ǻbŀě țǿ fįňđ țħě čǿřřěčț ǿřįěňțǻțįǿň fǿř ỳǿųř ǿŀįģǿ.

○

İf ỳǿų ģěț șțųčķ ǿň țħěșě qųěșțįǿňș fǿř mǿřě țħǻň ǻ đǻỳ, ǿř įf ỳǿų fěěŀ řěǻŀŀỳ ųňșųřě, ỳǿų čǿųŀđ ǻŀșǿ ǿřđěř○țħě ǿŀįģǿ įň bǿțħ đįřěčțįǿňș, ǻňđ ỳǿų čǻň țřỳ țħěm bǿțħ.

Ŀǻșțŀỳ, běfǿřě ỳǿų ǿřđěř, mǻķě șųřě țħě MǺĢĚ ǿŀįģǿ đǿěșň'ț fǿŀđ bǻčķ ǿň įțșěŀf. Ỳǿų čǻň ųșě țħě ẅěbșįțě○Mfǿŀđ, ǻňđ șěŀěčț ĐŇǺ fǿŀđįňģ. Ỳǿų jųșț fěěđ įň țħě șěqųěňčě ǿf ỳǿųř ǿŀįģǿ (ķěěp ěvěřỳțħįňģ ǿň đěfǻųŀț șěțțįňģș) ǻňđ fįňđ ǿųț įf įț ħǻș șțřǿňģ șěčǿňđǻřỳ șțřųčțųřěș. İf įț đǿěș, ỳǿų ẅįŀŀ ħǻvě țǿ řěđěșįģň țħě ǿŀįģǿ, měǻňįňģ ħǻvįňģ ỳǿųř

mųțǻțįǿň mǿřě țǿ ǿňě șįđě ǿř țħě ǿțħěř ǿf țħě ǿŀįģǿ.

Běfǿřě țěșțįňģ MǺĢĚ įň měŀįŀǿțį-pǾŘȚMǺĢĚ pŀǻțě čųŀțųřěș, ẅǻňț țǿ řųň čǿŀǿňỳ PČŘ țǿ ěňșųřě pǾŘȚMǺĢĚ įș įň țħě

țřǻňșfǿřměđ měŀįŀǿțį.

●

țħěň přǿčěěđ țǿ pěřfǿřmįňģ MǺĢĚ ẅįțħ đěįșňģěđ ǿŀįģǿ○

Ųpđǻțěđ:

Đįđ țěșț řųň ǿf PČŘ ǻňđ ǺĢĚ ǿf pǾŘȚMǺĢĚ ǻňđ pįĢ 302●Đįđ čǿŀǿňỳ PČŘ fǿř bǿțħ șțřǻįňș ǿf řħįżǿbįǻ, ǻňđ řǻň ǺĢĚ.●

ȘǺȚŲŘĐǺỲ, 6/18/2016

https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__ecocyc.org&d=AwMFaQ&c=-dg2m7zWuuDZ0MUcV7Sdqw&r=mrVg8_jY8xE9g19E-wzn2RR_e4ijyO30vXw7q00gFBU&m=Y8hA7T3XfJwImUessA3sJlm61y3lfB5urdr8Khza8ew&s=QnhAfRKx5t_w3zdZ2sn5xfMA98B7erduxNs7nZxJzsA&e=


https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-5ZpybGYY-week-4-notes-20june-24june2016/view?versionId=9786083&note=true&protocols=#print 1/2


Ǿbjěčțįvěș fǿř țħįș ẅěěķ:●țǿ mǻķě čǿmpěțěňț čěŀŀș ǿf řħįżǿbįǻ (ČİǺȚ 899 ǻňđ Ș. měŀįŀǿțį) ǻňđ ħǻvě șųččěșșfųŀŀỳ țřǻňșfǿřmǻțįǿňș ǿf pǾŘȚMǺĢĚ-3

įň țħěșě čǿŀǿňįěș.

věřįfỳ pǾŘȚMǺĢĚ įň řħįżǿbįǻ ųșįňģ țħě 8 șěqųěňčįňģ řěǻčțįǿňș (4 pěř șțřǻįň)

đǿ MǺĢĚ ǿň țħě pǾŘȚMǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ ẅįțħ řįfǻmpįčįň ǻșșǻỳ.

čǿňțįňųě ẅǿřķįňģ ǿň přǿjěčț įđěǻ

čǿňțįňųě ẅǿřķįňģ ǿň ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳ přǿțǿčǿŀ, ǿňčě țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ čǿŀǿňįěș ħǻvě běěň ģřǿẅň

pǾŘȚMǺĢĚ-3 ẅǻș șųččěșșfųŀŀỳ țřǻňșfǿřměđ įň Ě. čǿŀį●įň țħě ǺĢĚ pįčțųřě ǿf pǾŘȚMǺĢĚ pŀǻșmįđ ǿňŀỳ (țěmpŀǻțě) ǻňđ įșǿŀǻțěđ/ěxțřǻčțěđ țřǻňșfǿřmǻțįǿň ĐŇǺ fřǿm Ě. čǿŀį,

țẅǿ bǻňđș ẅěřě șħǿẅň fǿř țħě pŀǻșmįđ ǿňŀỳ șǻmpŀě (fřǿm Jǻỳmįň), ǻňđ ǿňě bǻňđ ẅǻș șħǿẅň fǿř ǿųř ěxțřǻčțěđ ĐŇǺ

(ěxpěřįměňțǻŀ).

○

ǿbjěčțįvě: țǿ ǻmpŀįfỳ șěčțįǿň ǿf įșǿŀǻțěđ ĐŇǺ fřǿm Ě. čǿŀį○fřǿm țħě ķb mǻřķěř (ŇĚB), ǿųř bǻňđ ẅǻș řǿųģħŀỳ 800 bp. Țħě țẅǿ mǿșț přǿmįňěňț bǻňđș fřǿm țħě pŀǻșmįđ ǿňŀỳ

șǻmpŀě, țħěřě ẅěřě 800 bp ǻňđ 400 bp bǻňđș.

○

řěđųčě țěmpŀǻțě (5 ňģ) ǻňđ řě-řųň ǺĢĚ○přǿbŀěm: șmǻŀŀ (400bp) bǻňđ įș ǻmpŀįfįěđ įň pŀǻșmįđ ǿňŀỳ, bųț ňǿț įň ǿųř ĐŇǺ■șěqųěňčě 3 fřǻģměňțș: 2 ǿf țħě pŀǻșmįđ ǿňŀỳ ǿňěș, 1 ǿf ǿųřș■

ňěěđ țǿ ķňǿẅ įf mųŀțįpŀě přįmįňģ șįțěș = měșșỳ șěqųěňčįňģ Řx.

mǻķě șěčǿňđ șěqěųňčįňģ Řx (Ķěčķ) ǿf pŀǻșmįđ

șųpěřčǿįŀěđ ěxčěșș pŀǻșmįđ mǻỳ bě țħě ŀǻřģěř ģħǿșț bǻňđș○Ģǿǻŀș fǿř țǿđǻỳ:●

řųň ǺĢĚ ǿf bǿțħ řħįżǿbįǻ čǿŀǿňỳ PČŘ řěșųŀțș

řųň ǺĢĚ ǿf įșǿŀǻțěđ/ǿřįģįňǻŀ pǾŘȚMǺĢĚ pŀǻșmįđș țǿ fųřțħěř pųřįfỳ țħě țħřěě bǻňđș

șěqųěňčě țħě pǾŘȚMǺĢĚ-3 pŀǻșmįđ ẅįțħ țħě ģǻm přįměřș țǿ đěțěřmįňě įf țħěřě ǻřě mǿřě șįțěș ǿf ěŀǿňģǻțįǿň.

Ẅħěň đǿįňģ ǻ șěqųěňčįňģ řěǻčțįǿň ǻț Ķěčķ fǻčįŀįțỳ, ųșě țħě įňșțřųčțįǿňș:

ħțțpș://měđįčįňě.ỳǻŀě.ěđų/ķěčķ/đňǻ/přǿțǿčǿŀș/țųbě/ (ħțțpș://měđįčįňě.ỳǻŀě.ěđų/ķěčķ/đňǻ/přǿțǿčǿŀș/țųbě/)

●

Ģǿǻŀș fǿř țǿđǻỳ:●Ǻňǻŀỳżě řěșųŀțș ǿf ģǻm șěqųěňčįňģ țǿ șěě įf țħěřě ǻřě mųŀțįpŀě șįțěș ǿf přįmįňģ.

fǿųňđ țħǻț fǿřẅǻřđ přįměřș ẅěřě ųňșpěčįfįč, bųț řěvěřșě přįměř ẅǻș ǿķǻỳ fǿř PįĢ302.■Ẅřįțě přǿțǿčǿŀ fǿř řěșųșpěňđįňģ přįměřș ǻňđ mǻķįňģ bǿțħ mǻșțěř ǻňđ ẅǿřķįňģ mįxěș.

Șųbmįț 2 șěqųěňčįňģ řěǻčțįǿňș ẅįțħ țħě ķňǿẅň pǾŘȚMǺĢĚ-3 pŀǻșmįđ.

Řųň PČŘ ǿf ķňǿẅň pǾŘȚMǺĢĚ-3 pŀǻșmįđ ẅįțħ ňěẅ přįměřș (365 ǻňđ 366)

ģǻm șěqųěňčě fřǿm đǻțǻbǻșě vș. ǿųř įșǿŀǻțěđ pǾŘȚMǺĢĚ fřǿm Ě. čǿŀį: 94% mǻțčħ●ẅħěň țřįěđ țǿ čǿmpǻřě ẅįțħ ķňǿẅň pŀǻșmįđ (fřǿm Jǻỳmįň), șěqųěňčě ẅǻș țǿǿ șħǿřț țǿ mǻțčħ.○

Fǿř țǿđǻỳ:●ǺĢĚ ǿf PČŘ přǿđųčțș fřǿm ỳěșțěřđǻỳ--țħě ķňǿẅň pŀǻșmįđ ǻňđ PřįĢ 365 ǻňđ 366 (fǿř țħě 901bp fřǻģměňț ǿf

pǾŘȚMǺĢĚ).

PČŘ ǻňđ ǺĢĚ ǿf bǿțħ řħįżǿbįǻ ǻňđ Ě. čǿŀį (3 țǿțǻŀ șųbjěčțș) ẅįțħ Přįģ 365 ǻňđ 366 (901 bp) ǻňđ Přįģ 367 ǻňđ 368 (603

bp) țǿ věřįfỳ țřǻňșfǿřmǻțįǿň.

Bǿțħ șțřǻįňș ǿf řħįżǿbįǻ ģǻvě ěxpěčțěđ bǻňđș.■Ě. čǿŀį ■

MǾŇĐǺỲ, 6/20

ȚŲĚȘĐǺỲ, 6/21

ẄĚĐŇĚȘĐǺỲ, 6/22

https://medicine.yale.edu/keck/dna/protocols/tube/


https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-5ZpybGYY-week-4-notes-20june-24june2016/view?versionId=9786083&note=true&protocols=#print 2/2

Mǻķě 50mĿ ķǻň șțǿčķș ǿf țřǻňșfǿřměđ Ě. čǿŀį.

Ẅįŀŀ țěșț pǾŘȚMǺĢĚ ǻňđ řěčǿmbįňǻșěș įň řħįżǿbįǻ.●Ẅħěň pěřfǿřmįňģ MǺĢĚ, ķňǿẅ ħǿẅ čǿmpěțěňț čěŀŀș ǻřě, ňųmběř ǿf čěŀŀș řěčǿvěřěđ.●Ňěěđěđ țǿ řěpěǻț PČŘ ǻňđ ǺĢĚ ǿf řħįżǿbįǻ ẅįțħ Přįģ 365+366 ǻňđ 367+368 běčǻųșě bǻňđș mǻỳ ħǻvě běěň čǿňțǻmįňǻțěđ

ẅįțħ țǿǿ mǻňỳ čěŀŀș.

●

Fǿř țǿđǻỳ:●İňǿčųŀǻțě țħě 50-mĿ țřǻňșfǿřměđ Ě. čǿŀį ŀįqųįđ șțǿčķ įňțǿ 500 mĿ.

Mǻķě mǿřě ĿB-ķǻň pŀǻțěș.

Řěpěǻț čǿŀǿňỳ PČŘ ǻňđ ǺĢĚ ǿf PřįĢ 365+366 ǻňđ 367+368 ẅįțħ bǿțħ řħįżǿbįǻ.

Ẅħěň řěpěǻțįňģ čǿŀǿňỳ PČŘ ǿf bǿțħ řħįżǿbįǻ, ẅįŀŀ șțřěǻķ 8 ŇĚẄ čǿŀǿňįěș ǻș ẅěŀŀ.●

Fǿř țǿđǻỳ:●Fǿř čǿŀǿňįěș 1, 3, ǻňđ 10 ǿf řħįżǿbįǻ, ģěŀ ěxțřǻčț ǻňđ pųřįfỳ pŀǻșmįđ fǿř șěqųěňčįňģ.

Șųbmįț șěqųěňčįňģ řěǻčțįǿňș:

QİǺĢĚŇ Mįđį Přěp --> Čǿňčěňțřǻțě ǻňđ ěxțřǻčț pŀǻșmįđ ĐŇǺ fřǿm Ě. čǿŀį ŀįqųįđ čųŀțųřěș fǿř mǿřě pǾŘȚMǺĢĚ-3

pŀǻșmįđ.

Řųň PČŘ ǻňđ ǺĢĚ ǿf ķňǿẅň pŀǻșmįđ ẅįțħ ǻŀŀ 4 přįměřș ǻț ǿňčě.

pǿșșįbŀě přǿbŀěmș ẅįțħ đįffěřěňț Țmș ǿf bǿțħ șěțș ǿf přįměřș, ǻňđ ěxțěňșįǿň țįmě/țěmp.■įț ẅǿřķěđ!■

Ẅħěň pǿșșįbŀě:●Fįňđ pǻpěř ǿň přǿțǿčǿŀ ǿf MǺĢĚ ǻňđ đěțěřmįňě ǿřđěř ǿf įňțřǿđųčįňģ řěčǿmbįňǻșěș ǻňđ ǿŀįģǿș (țǿģěțħěř ǿř șěpǻřǻțě).Řěșțřįčțįǿň đįģěșț ǿf pŀǻșmįđ fǿř fįňǻŀ věřįfįčǻțįǿň. Fįňđ șųįțǻbŀě řěșțřįčțįǿň șįțěș.Ẅħěň řěčǿmbįňǻșěș ǻřě řěǻđỳ, șțǻřț řħįżǿbįǻ čųŀțųřěș ǻňđ șțřěǻķ ķǻň pŀǻțěș ẅįțħ řěčǿmbįňǻșěș țǿ țřǻňșfǿřm.

Čŀǿňěș 10 ǿf Ř. țřǿpįčį ǻňđ 1, 3 ǿf Ș. měŀįŀǿțį ẅǿřķěđ běșț ẅįțħ țħě řě-ǻțțěmpț ǿf čǿŀǿňỳ PČŘ ẅįțħ bǿțħ șěțș ǿf pǾŘȚMǺĢĚ

přįměřș.

●

Řěčěįvěđ ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳ ķįț țǿđǻỳ. Přǿțǿčǿŀ įș ųpŀǿǻđěđ.●●

ȚĦŲŘȘĐǺỲ, 6/23

FŘİĐǺỲ, 6/24

10/19/2016 Week 4 AGE Data · Benchling

https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-1byM0hDa-week-4-age-data/view?versionId=9787210&note=true&protocols=#print 1/3

Ẅěěķ 4 ǺĢĚ Đǻțǻ

čŀįpbǿǻřđ_2016-06-24_09:22:20.pňģ

Fįģųřě 1. ǺĢĚ ǿf ķňǿẅň pǾŘȚMǺĢĚ-3 pŀǻșmįđ (PįĢ 319) ẅįțħ přįměřș PřįĢ 367+368 (ĢẄ, ěxpěčțěđ 600 bp, bmųțĿ-F) ǻňđ PřįĢ 365+366 (MĿ, ěxpěčțěđ 900 bp, čİ857-F). Přǿđųčțș ǻřě ǻș ěxpěčțěđ.

---

čŀįpbǿǻřđ_2016-06-24_09:42:23.pňģ

čŀįpbǿǻřđ_2016-06-24_09:43:18.pňģ

Fįģųřě 2. ǺĢĚ ǿf țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ (řįģħț: Ř. țřǿpįčį, ŀěfț: Ș. měŀįŀǿțį) ẅįțħ PřįĢ 365+366 (țǿp) ǻňđ PřįĢ 367+368 (bǿțțǿm). Přǿđųčțș mǻỳ bě čǿňțǻmįňǻțěđ bỳ čěŀŀ đěbřįș.

FŘİĐǺỲ, 6/24



---

čŀįpbǿǻřđ_2016-06-24_09:45:28.pňģ

čŀįpbǿǻřđ_2016-06-24_09:52:07.pňģ

Fįģųřě 3. Řě-ǻțțěmpț ǿf Fįģųřě 2 ěxpěřįměňț, ẅįțħ Ř. țřǿpįčį (ǻbǿvě) PřįĢ 365+366 (țǿp) ǻňđ PřįĢ 267+268 (bǿțțǿm). Ș. měŀįŀǿțį (běŀǿẅ) PřįĢ 365+366 (țǿp) ǻňđ PřįĢ 267+268 (bǿțțǿm). Ř. țřǿpįčį čǿŀǿňỳ 10 șěěměđ běșț țǿ ẅǿřķ ẅįțħ bǿțħ șěțș ǿf přįměřș. Ș.

měŀįŀǿțį čǿŀǿňįěș 1 ǻňđ 3 șěěměđ běșț ẅįțħ bǿțħ șěțș ǿf přįměřș.

---



čŀįpbǿǻřđ_2016-06-24_17:11:43.pňģ

Fįģųřě 4. ǺĢĚ ǿf PįĢ 319 ẅįțħ țẅǿ șěțș ǿf přįměřș: PřįĢ 365+366 ǻňđ 367+368. PČŘ čǿňđįțįǿňș ẅěřě mǿđįfįěđ țǿ ǻččǿmmǿđǻțě

bǿțħ přįměř șěț čǿňđįțįǿňș.

---

čŀįpbǿǻřđ_2016-06-24_17:19:14.pňģ

Fįģųřě 5. ǺĢĚ ǿf čħǿșěň řħįżǿbįǻ čǿŀǿňįěș fǿř șěqųěňčįňģ. PřįĢ 365+366 ǻňđ 367+368. Ŀǻňěș 1+2 ǻřě ǿf Ř. țřǿpįčį čǿŀǿňỳ 10. Ŀǻňěș

3+4 ǻňđ 5+6 ǻřě ǿf Ș. měŀįŀǿțį čǿŀǿňįěș 1 ǻňđ 3.

10/19/2016 Week 5 Notes (27/June - 1/July/2016) · Benchling

https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-0ToLNEsN-week-5-notes-27june-1july2016/view?versionId=10345363&note=true&protocols=#print 1/2

Ẅěěķ 5 Ňǿțěș (27/Jųňě - 1/Jųŀỳ/2016)

Ǿbjěčțįvěș fǿř țħįș ẅěěķ:●(Řěșțřįčțįǿň đįģěșț ǿf pǾŘȚMǺĢĚ-3 pŀǻșmįđ.)

Pěřfǿřm MǺĢĚ ẅįțħ țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ.

ňěģ. čǿňțřǿŀ: țěșț MǺĢĚ įň ųňțřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ; ẅįțħǿųț řěčǿmbįňǻșěș.■Ǿbțǻįň ǿŀįģǿș fřǿm Jǻỳmįň.

Mǻķě čǿmpěțěňț čěŀŀș țǿ țřǻňșfǿřm pǾŘȚMǺĢĚ.

Șțǻřț ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳ ẅįțħ țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ.

Bǿțħ řħįżǿbįǻ ųňțřǻňșfǿřměđ, bǿțħ řħįżǿbįǻ țřǻňșfǿřměđ (4 ģřǿųpș).■

Ňěěđ țǿ șțǻřț țħě ňǿđųŀǻțįǿň ǿf řħįżǿbįǻ.●Mǿvě Ř. țřǿpįčį įňțǿ 50 mĿ --> mǻķě čǿmpěțěňț čěŀŀș ǿf țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ●

2Ŀ ǿf 10% ģŀỳčěřǿŀ bỳ vǿŀųmě (100 mĿ) ẅįțħ mįŀįQ ẅǻțěř, ǻųțǿčŀǻvě --> pųț įňțǿ čǿŀđ řǿǿm (ǿf țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ;

ģŀỳčěřǿŀ ẅįŀŀ mįx ẅħěň ǻųțǿčŀǻvěđ (ŀǿǿșě čǻpș, ǻųțǿčŀǻvě țǻpě)

mǿvě 1 čųŀțųřě țǿđǻỳ; țħě ǿțħěř 2 țǿmǿřřǿẅ

ģŀỳčěřǿŀ ħǻș ħįģħ ħěǻț čǻpǻčțįǻňčě (đǿ ňǿț pųț įň mįčřǿẅǻvě)■MǺĢĚ řěșųŀțș ẅįțħ Ě. čǿŀį, ǿbțǻįňěđ fřǿm Ỳįňģ:●

MǺĢĚ řěșųŀțș fřǿm ŀǻșț FřįđǻỳǺfțěř đǿįňģ MǺĢĚ, ỳǿų pŀǻțěđ șěřįǻŀ đįŀųțįǿňș ǿň pŀǻțěș ẅįțħ ǻňđ ẅįțħǿųț řįfǻmpįčįň țǿ ģěț čǿŀǿňỳ čǿųňțș (ČFŲș). Țħě řǻțįǿ ǿf ČFŲș

běțẅěěň țħě țẅǿ pŀǻțěș ģįvěș ỳǿų ǻ čǿňvěřșįǿň fřěqųěňčỳ.

Řỳǻň'ș șțřǻįň 1561 (ĚčŇŘ2 ěňħǻňčěđ Běțǻ ěxpřěșșįǿň) ẅǻș ģřǿẅň țǿ ǾĐ 0.8, įňčŀųđįňģ ǻ 90 mįňųțě ħěǻț įňđųčțįǿň ǻț 42Č.

Pěř řěǻčțįǿň, 1mĿ ǿf čěŀŀș ẅěřě ẅǻșħěđ 2x ẅįțħ čǿŀđ șțěřįŀě ẅǻțěř ǻňđ řěșųșpěňđěđ țǿ ǻ fįňǻŀ vǿŀųmě ǿf 50ųĿ. 1ųĿ ǿf

ǿŀįģǿňųčŀěǿțįđě (100ųM șțǿčķ čǿňčěňțřǻțįǿň) ẅǻș ǻđđěđ ǻňđ țħě čěŀŀș ẅěřě ěŀěčțřǿpǿřǻțěđ. Ǻfțěř ǻ 3 ħǿųř řěčǿvěřỳ, čěŀŀș ẅěřě

șěřįǻŀŀỳ đįŀųțěđ ǻňđ 50ųĿ ẅěřě pŀǻțěđ ǿň ĿB ǻňđ ĿB+100ųģ/mĿ řįfǻmpįčįň fǿř ČFŲ čǿųňțș.

Țħě ǿŀįģǿňųčŀěǿțįđě mǻđě ǻ Ħ526Ỳ mųțǻțįǿň įň ŘŇǺ pǿŀỳměřǻșě

A B C D

1 Șǻmpŀě ČFŲș ǿň ĿB ČFŲș ǿň ĿB + Řįf Čǿňvěřșįǿň Řǻțě

2 Jįňňỳ 26x106 0.88x106 3.4%

3 Ỳįňģ 22x106 2.10x106 9.5%

4 Żǻčħ 23x106 2.48x106 10.8%

5 Ňǿ ǿŀįģǿ čǿňțřǿŀ 168x106 33 1.9x10-7%

Țǻbŀě1

Țǻbŀě 1. MǺĢĚ đǻțǻ ẅįțħ Ě. čǿŀį; ǿŀįģǿș ųșěđ fǿř řįfǻmpįčįň ǻșșǻỳ. Pŀǻțěđ ẅįțħ șěřįǻŀ đįŀųțįǿň (26 x 106 = 26 čǿŀǿňįěș ǿň ǻ 106

đįŀųțįǿň).

Ħěǻț-șħǿčķįňģ řħįżǿbįǻ (pǾŘȚMǺĢĚ įș ħěǻț-ǻčțįvǻțěđ) čǻň ŀǿșě pŀǻșmįđș (bǿțħ ňǿđųŀǻțįǿň ǻňđ pǾŘȚMǺĢĚ pǿșșįbŀỳ).●Ňǿđųŀǻțįǿň ẅįțħ vǻřỳįňģ ǻmǿųňț ǿf ħěǻț-șħǿčķ țǿ șěě įf řħįżǿbįǻ ŀǿșě ňǿđ pŀǻșmįđ.●İňđųčįbŀě řěčǿmbįňǻșěș șțřěșș čěŀŀș ǿųț●

pǾŘȚMǺĢĚ ųșěș țěmp. șǿ ňǿ ňěěđ țǿ ǻđđ șmǻŀŀ mǿŀěčųŀěș.○

MǾŇĐǺỲ, 6/27


10/19/2016 Week 5 Notes (27/June - 1/July/2016) · Benchling

https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-0ToLNEsN-week-5-notes-27june-1july2016/view?versionId=10345363&note=true&protocols=#print 2/2

įĢĚM Měěțįňģ ǿň Přǿjěčț Ǻppŀįčǻțįǿňș:●đěșįģň ǿŀįģǿș fǿř įňčřěǻșįňģ Ň2-fįxǻțįǿň įň Ř. țřǿpįčį ǻňđ Ș. měŀįŀǿțį

țħě țěřmįňǻŀ ǿxįđǻșě čħǻįň■țħě fįx ģěňěș■ňįțřǿģěňǻșě■ẅħǻț șħǿųŀđ țħěșě ǿŀįģǿș țǻřģěț? ŘBȘ... ěțč.■

ŘBȘ čǻŀčųŀǻțǿř, Șǻŀįș Ŀǻb.●ẅǿřķ ǿň přǿjěčț đěșčřįpțįǿň (đųě F)

pŀǻň fǿř ǿųțřěǻčħ ģǿǻŀș

ẅǿřķ ǿň ĦȚMĿ

Ģǿǻŀș fǿř țǿđǻỳ:●mǻķě čǿmpěțěňț řħįżǿbįǻ čěŀŀș (Ř. țřǿpįčį čǿŀǿňỳ 10) fǿř țħě čǿňșțřųčțș țǿ bě țřǻňșfǿřměđ

Ģǿǻŀș fǿř țǿđǻỳ:●pŀǻțě fǿř čǿmpěțěňčỳ ǿf Ř. țřǿpįčį čěŀŀș ųșįňģ 7 șěřįǻŀ đįŀųțįǿňș.

Țǿ pěřfǿřm MǺĢĚ ẅįțħ pǾŘȚMǺĢĚ: ħțțpș://ẅẅẅ.ǻđđģěňě.ǿřģ/șțǻțįč/đǻțǻ/pŀǻșmįđș/72/72679/72679-

ǻțțǻčħměňț_ȘİjmỲǻỳfđįįř.pđf (ħțțpș://ẅẅẅ.ǻđđģěňě.ǿřģ/șțǻțįč/đǻțǻ/pŀǻșmįđș/72/72679/72679-

ǻțțǻčħměňț_ȘİjmỲǻỳfđįįř.pđf)

●

Ňǿțě țħǻț ǿňě mųșț įňđųčě čěŀŀș ǻț 42Č fǿř 15 mįňș. běfǿřě fřěěżįňģ đǿẅň țħě čěŀŀș.○įĢĚM Ẅįķį Pǻģě Měěțįňģ 1: ħțțp://2016.įģěm.ǿřģ/Țěǻm:Ỳǻŀě (ħțțp://2016.įģěm.ǿřģ/Țěǻm:Ỳǻŀě)●

ŀǿǿķ ǻț įĢĚM ẅěbșįțě țǿ șěě ẅħǻț țħě Ẅįķį řěqųįřěměňțș/řųŀěș ǻřě.

Țěǻm đįșțřįbųțįǿň:○Ẅįķį řěģųŀǻțįǿňș: Mįňđỳ■Ẅįķį đěșįģň/bųįŀđěřș: Żǻčħ■

ǻŀẅǻỳș ųpŀǿǻđ fįŀěș ǿň ẅįķį șěřvěř○Ķěěp čǿňșǿŀįđǻțěđ đǿčųměňț ǿf ǻŀŀ țěxț fįŀěș○Fǿř ňěxț ẅěěķ:○

bǻșįčș ǿf đěșįģň■įňfǿřmǻțįǿň țǿ pųț ǿň ẅěbșțįě■mǿčķ-ųp đěșįģň pǻģěș (fřǿm ǿțħěř ẅįķįș)■

Fǿř țǿđǻỳ:●mǻđě șěřįǻŀ đįŀųțįǿňș țǿ țěșț čǿmpěțěňčỳ ǿf țřǻňșfǿřměđ Ș. měŀįŀǿțį čǿŀǿňỳ 1.

Ẅħěň șțěřįŀįżįňģ șěěđș, ňěěđ țǿ řěmǿvě fųňģį đųřįňģ ģěřmįňǻțįǿň; ųșě șțěřįŀě ẅǻțěř (ǻųțǿčŀǻvěđ mįŀŀįQ ǿř đįșțįŀŀěđ Ħ2Ǿ;

đįșpěňșě įň ŀǻmįňǻř fŀǿẅ fǿǿđ) fǿř ǻňỳ șțěp ẅħěň ňěčěșșǻřỳ.

●

ųșě 5% ħỳpǿčħŀǿřįțě șǿŀųțįǿň (đįŀųțěđ Čŀǿřǿx) fǿř 30 mįňș.○đǿ įň fŀǿẅ ħǿǿđ○Čŀǿřǿx ħǻș șųřfǻčě țěňșįǿň șǿ ňěěđ đěțěřģěňț (Țẅěěň-20, ǿňě đřǿp ẅįțħ șǻfěțỳ ģŀǻșșěș ǻňđ ģŀǿvěș) țǿ ẅěț șųřfǻčě ǿf

șěěđș.

○

Pŀǻčě įň běǻķěř ẅįțħ șțįřbǻř.○Đǿ 1 ěxpěřįměňț ẅħěřě ẅǻșħ șěěđș ẅįțħ ẅǻțěř (ňěģ. čǿňțřǿŀ) țǿ șěě įf fųňģį ģřǿẅș.●

Fųňģį ģįvěș mǿșț țřǿųbŀě běčǻųșě čǻň fěěđ fřǿm ěňđǿșpěřm, ěșp. ẅħěň țįșșųě șǿfțěňș.○Țǿ čħěčķ įf ŀǻmįňǻř fŀǿẅ ħǿǿđș ǻřě ģǿǿđ, țěșț 30 mįňș. ǿř 1 ħř. ẅįțħ ǿpěň ĿB●

●



FŘİĐǺỲ, 7/1

https://www.addgene.org/static/data/plasmids/72/72679/72679-attachment_SIjmYayfdiir.pdf

http://2016.igem.org/Team:Yale

10/19/2016 Week 6 Notes (5/July - 8/July/2016) · Benchling

https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-32RnHgPo-week-6-notes-5july-8july2016/view?versionId=11099946&note=true&protocols=#print 1/2

Ẅěěķ 6 Ňǿțěș (5/Jųŀỳ - 8/Jųŀỳ/2016)

țěșț pǾŘȚMǺĢĚ įň Ř. țřǿpįčį (ųňțřǻňșfǿřměđ Ř. țřǿpįčį, țřǻňșfǿřměđ Ř. țřǿpįčį)

ųșě přǿțǿčǿŀ přǿvįđěđ bỳ Jǻỳmįň■țǿ mǻķě pŀǻțě čųŀțųřěș fǿř ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳ, țǻķě 5ųĿ ǻŀįqųǿț ǿf čǿmpěțěňț čěŀŀș ǻňđ șẅǻb pŀǻțěș. Ǻŀșǿ șẅǻb pŀǻțěș ǿf

pǾŘȚMǺĢĚ řħįżǿbįǻ čǿŀǿňįěș.

mǻķě ŀįqųįđ řħįżǿbįǻ čǿŀǿňįěș fǿř ňǿđųŀǻțįǿň

čǿmpěțěňț țřǻňșfǿřměđ Ř. țřǿpįčį, țřǻňșfǿřměđ Ř. țřǿpįčį, řě-đǿ ųňțřǻňșfǿřměđ Ř. țřǿpįčį.■

Ňěěđ țǿ řěvįșě mǻķįňģ șțǿčķ ǿf čǿmpěțěňț čěŀŀș--ħěǻț șħǿčķ ǻț 42Č fǿř 15 mįň. běfǿřě șțǻřțįňģ přǿțǿčǿŀ.●Șțǻřțěđ ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳ

Čǿųňțěđ čǿŀǿňįěș fǿř Ř. țřǿpįčį șěřįǻŀ đįŀųțįǿňș ẅįțħ PŻP200 țǿ ěňșųřě čǿmpěțěňčỳ--șųččěșșfųŀ ģřǿẅțħ ǿň șpěčțįňǿmỳčįň

pŀǻțěș.

Șǻŀįș Ŀǻb ŘBȘ Čǻŀčųŀǻțǿř: ħțțpș://ẅẅẅ.đěňǿvǿđňǻ.čǿm/șǿfțẅǻřě/ (ħțțpș://ųřŀđěfěňșě.přǿǿfpǿįňț.čǿm/v2/ųřŀ?ų=ħțțpș-

3Ǻ__ẅẅẅ.đěňǿvǿđňǻ.čǿm_șǿfțẅǻřě_&đ=ČẅMFǻQ&č=-đģ2m7żẄųųĐŻ0MŲčV7Șđqẅ&ř=mřVģ8_jỲ8xĚ9ģ19Ě-

ẅżň2ŘŘ_ě4įjỳǾ30vXẅ7q00ģFBŲ&m=ỳ7ěỲİMỳųĚ-

ųỳňǺxǺ51ĿĐĢẄđfȚų_3ǾỳȘẅBŇmŘț4Ų7ħ30&ș=xVżģ5ỳẅỳİįb35įBỳ5ČẄqȚųķĢf2żMħvșŀĦv3șĿģǿ-żĿŲ&ě=)

●

Fřǿm Jǻỳmįň: "Ỳǿų čǻň ųșě įț țǿ přěđįčț ŘBȘ șțřěňģțħ ǿř mǻķě ňěẅ ŘBȘș. Bųț fǿř ỳǿų, ỳǿų čǻň ųșě țħě "Ǿpțįmįżě:

Ģěňǿmě Ěđįțįňģ" mǿđě țǿ ǻųțǿmǻțįčǻŀŀỳ đěșįģň ǿŀįģǿș țħǻț mųțǻțě ģěňǿmįč ŘBȘș țǿ șpǻň ǻ ẅįđě řǻňģě ǿf přěđįčțěđ

șțřěňģțħș."

○

Ẅħěň pŀǻțįňģ MǺĢĚ țřǻňșfǿřmǻțįǿňș, ųșě ĿB; ĿB-ķǻň; ǻňđ ĿB-ķǻň50řįf100.●Mǻđě ĿB-ķǻň50řįf100 pŀǻțěș fǿř MǺĢĚ přǿțǿčǿŀ

řįfǻmpįčįň pŀǻțěș ǻřě mǻřķěđ ẅįțħ břǿẅň●ŇǾ čǿŀǿňỳ PČŘ ǿf PŻP200 țǿ țěșț čǿmpěțěňčỳ ǿf řħįżǿbįǻ čěŀŀș--įňșțěǻđ, ẅįŀŀ pŀǻțě ǿň șųčřǿșě-șpěč-ķǻň pŀǻțěș b/č țħě

PŻP200 čǿňțǻįňș ǻ ĿİČ șįțěș ẅįțħ șǻčB ģěňě fǿř șųčřǿșě fǻțǻŀįțỳ.

●

Ěxpěčț ňǿ čěŀŀ ģřǿẅțħ ǿň șųčřǿșě pŀǻțěș įf șųččěșșfųŀ țřǻňșfǿřmǻțįǿň.○Fǿř MǺĢĚ, țħěřě ẅįŀŀ bě fǿųř ģřǿųpș fǿř bǿțħ Ř. țřǿpįčį ǻňđ Ș. měŀįŀǿțį ěǻčħ:●

1. ħěǻț įňđųčě șțřǻįģħț fřǿm fřěěżěř○2. ħěǻț įňđųčě ǻfțěř țřǻňșfǿřmǻțįǿň○3. ģřǿųp 1 ẅįțħǿųț ǿŀįģǿș (ňěģ. čǿňțřǿŀ)○4. ģřǿųp 2 ẅįțħǿųț ǿŀįģǿș (ňěģ. čǿňțřǿŀ)○

MǺĢĚ řįfǻmpįčįň ǿŀįģǿș fǿř ČİǺȚ 899: "P-ȚĦİǾ řpǿB-ČİǺȚ 90měř 40 ňm"; fǿř Ș. měŀįŀǿțį: "P-ȚĦİǾ řpǿB-Měŀ 92měř 40 ňm"●Ẅįķį měěțįňģ 2:●

čǿŀǿř șčħěmě ǻňđ mǿčķ-ųpș--Ģŀǿřįǻ.

ģěț bįǿș ǻňđ pįčțųřěș fǿř ẅįķį ǻňđ ěxpěřįměňț.čǿm pǻģě (ňěxț Mǿňđǻỳ)

fįňįșħ ẅǿřķfŀǿẅ

MǺĶĚ ǺBȘȚŘǺČȚ ǾF PŘǾJĚČȚ ĐĚȘČŘİPȚİǾŇ

Ģǿǻŀș fǿř țǿđǻỳ:●Fįňįșħ MǺĢĚ ǿf țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ

MǾŇĐǺỲ, 7/4




FŘİĐǺỲ, 7/8

https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__www.denovodna.com_software_&d=CwMFaQ&c=-dg2m7zWuuDZ0MUcV7Sdqw&r=mrVg8_jY8xE9g19E-wzn2RR_e4ijyO30vXw7q00gFBU&m=y7eYIMyuE-uynAxA51LDGWdfTu_3OySwBNmRt4U7h30&s=xVzg5ywyIib35iBy5CWqTukGf2zMhvslHv3sLgo-zLU&e=


https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-32RnHgPo-week-6-notes-5july-8july2016/view?versionId=11099946&note=true&protocols=#print 2/2

10/19/2016 Week 7 Notes (11/July - 15/July 2016) · Benchling

https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-aHxg3lWC-week-7-notes-11july-15july-2016/view?versionId=11137641&note=true&protocols=#print 1/3

Ẅěěķ 7 Ňǿțěș (11/Jųŀỳ - 15/Jųŀỳ 2016)

Ųpđǻțě țǿ ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳ:●Ǿvěř țħě ẅěěķěňđ, pǻpěř đřįěđ ǿųț, șǿ ųňșųřě įf běǻňș ẅįŀŀ čǿňțįňųě ģřǿẅįňģ (řǿǿțș ẅěřě ǿbșěřvěđ fǿř șǿmě ǿf ěǻčħ

běǻň--čǿẅpěǻ/bŀǻčķ-ěỳěđ ǻňđ pįňķ--bųț ňǿț ǻŀŀ).

○

Řěvįșěđ přǿțǿčǿŀ:○Mǻķě 5% ŇǻČŀǾ4 (bŀěǻčħ) șțěřįŀįżįňģ șǿŀň, ẅįțħ ǻ fěẅ đřǿpș ǿf Țẅěěň-20.İ.

Șǿǻķ běǻňș įň běǻķěř ẅįțħ șțěřįŀįżįňģ șǿŀň fǿř 15 mįňș. ǿň țǻbŀě-țǿp șħǻķěř.İİ.

Ẅǻșħ běǻňș șěvěřǻŀ țįměș ẅįțħ đĦ2Ǿ, țħěň șǿǻķ įň đĦ2Ǿ ǿvěřňįģħț țǿ įmbįbě șěěđș.İİİ.

Țħě fǿŀŀǿẅįňģ đǻỳ, pŀǻčě běǻňș ǿň ňǿđųŀǻțįǿň ǻppǻřǻțųș (4-5 pěř bǻģ) ųșįňģ fǿřčěpș.İV.

Řěșųŀțș ǿf čǿmpěțěňčỳ țěșț ųșįňģ PŻP200:●ňěģǻțįvě čǿňțřǿŀ (șpěč+ķǻň): ěxpěčțěđ ģřǿẅțħ ǿf ǻŀŀ čǿŀǿňįěș○ěxpěřįměňțǻŀ (șpěč+ķǻň, +șųčřǿșě): ųňěxpěčțěđ ģřǿẅțħ ǿf ǻŀŀ čǿŀǿňįěș (Ș. měŀįŀǿțį ħǻđ ŀěșș ģřǿẅțħ, bųț șțįŀŀ přěșěňț)--șǻčB ģěňě įň PŻP200 șħǿųŀđ ħǻvě įňđųčěđ șųčřǿșě fǻțǻŀįțỳ.

○

pǿșșįbŀě přǿbŀěmș: přǿmǿțěř fǿř șǻčB ģěňě đǿěș ňǿț ẅǿřķ ẅįțħ řħįżǿbįǻ○Řěșųŀțș ǿf řįfǻmpįčįň ǻșșǻỳ ẅįțħ pǾŘȚMǺĢĚ-3 țřǻňșfǿřměđ Ř. țřǿpįčį ǻňđ Ș. měŀįŀǿțį:●

ňěģǻțįvě čǿňțřǿŀș (șțřěǻķěđ, ňǿț đįŀųțįǿň): ǻŀŀ ǻș ěxpěčțěđ; ģřǿẅțħ ǿň ķǻň, ňǿ ģřǿẅțħ ǿň ķǻň+řįf.○Ř. țřǿpįčį:○

#1: čǿňțřǿŀ--ǻŀŀ ģřǿẅțħ (10-1 pŀǻțě ħǻđ mǿřě čǿŀǿňįěș țħǻň ǿřįģ.). ěxpěřįměňțǻŀ--ňǿ ģřǿẅțħ■

#2: čǿňțřǿŀ (ķǻň)--ǻŀŀ ģřǿẅțħ, ẅįțħ đįŀųțįǿňș ǻț ǻ ģǿǿđ řǻțě. ěxpěřįměňțǻŀ (ķǻň+řįf)--ňǿ ģřǿẅțħ (přǿbŀěm ẅįțħ

čěŀŀ čŀųmp?), bųț čǿňțǻmįňǻțįǿň ǿň ǿřįģįňǻŀ čǿňč. pŀǻțě

■

Ș. měŀįŀǿțį:○

#1: čǿňțřǿŀ--ǻŀŀ ģřǿẅțħ, ẅįțħ čǿňțǻmįňǻțįǿň ǿň pŀǻțě 10-5. ěxpěřįměňțǻŀ--ģřǿẅțħ ǿň ǿřįģ. čǿňč. pŀǻțě;

čǿňțǻmįňǻțįǿň ǿň pŀǻțěș 10-1 -4 -5.

■

#2: čǿňțřǿŀ--mǿșț ģřǿẅțħ ěxčěpț 10-5 -6 (țǿǿ đįŀųțě?), čǿňțǻmįňǻțįǿň ǿň 10-6. ěxpěřįměňțǻŀ--ňǿțħįňģ.■

Pǿșșįbŀě přǿbŀěmș:○Pŀǻțįňģ čŀųmp ǿf čěŀŀș■čǿňțǻmįňǻțįǿň ǿň řįfǻmpįčįň ǻňđ ķǻňǻmỳčįň pŀǻțě■ħěǻț įňđųčįňģ pǾŘȚMǺĢĚ? ẅħǻț đǿěș țħě ħěǻț įňđųčě?■

įmpŀįčǻțįǿňș:○řħįżǿbįǻ đǿěș ňǿț ŀǿșě pǾŘȚMǺĢĚ-3 pŀǻșmįđ đųřįňģ MǺĢĚ/ħěǻț įňđųčįňģ■ǿňě ģřǿẅțħ ǿň Ș. měŀįŀǿțį ěxpěřįměňțǻŀ įș přǿmįșįňģ... ħǿẅ țǿ đěțěřmįňě įf fřǿm ǿŀįģǿș ǿř fřǿm řǻňđǿm

mųțǻțįǿň.

■

Ňěxț șțěpș:●řě-țřỳ ẅįțħ mǿđįfįčǻțįǿňș○

ħěǻț-șħǿčķ běfǿřě fřěěżįňģ--ǿř, ňǿ fřěěżįňģ --> șțřǻįģħț țǿ MǺĢĚ■ǻțțěmpț țǿ ǿpțįmįżě řěčǿmbįňǻșěș įň șěpǻřǻțě věčțǿř, b/č řěčǿmbįňǻșě įň pǾŘȚMǺĢĚ-3 įș běțǻ fǿř Ě. čǿŀį○

Ģǿǻŀș fǿř țǿđǻỳ:●řě-șțřěǻķ țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ čǿŀǿňįěș ǿň fřěșħ pŀǻțě (1 ǿf Ř. țřǿpįčį, 1 ǿf Ș. měŀįŀǿțį)

pǿųř ĿB-ķǻň50 ǻňđ ĿB-ķǻň50řįf100 pŀǻțěș fǿř fųřțħěř MǺĢĚ țěșțįňģ.

įĢĚM měěțįňģ ẅěěķ 7:●ķňǿčķ-ǿųț mųțȘ ǻňđ mųțĿ įň řħįżǿbįǻ○țěșț MǺĢĚ ẅįțħ řěčǿmbįňǻșěș○fǿŀŀǿẅ-ųp șěqųěňčįňģ ǿf 4 čǿŀǿňįěș fǿř pǿįňț mųțǻțįǿň įň MǺĢĚ○fǿŀŀǿẅ-ųp PČŘ ǿf PŻP200 fřǻģměňț įň čǿmpěțěňčỳ țěșț○șħǻķįňģ ẅǻțěř bǻțħ--țěmp. șħįfț țǿ ħěŀp čǿňđųčįňģ, pŀųș ǻěřǻțįǿň/șțįmųŀǻțįǿň ǿf čěŀŀș○***șħǿẅ ẅǿřķ-fŀǿẅ ǿf měțħǿđ○vǻŀįđǻțě ǿțħěř pǾŘȚMǺĢĚ pŀǻșmįđș fǿř đįffěřěňț Ǻb mǻřķěřș○řěșěǻřčħ mįșmǻțčħ řěpǻįř șỳșțěm įň řħįżǿbįǻ○

MǾŇĐǺỲ, 7/11



Ģǿǻŀș fǿř țǿđǻỳ:●čħěčķ įň ǿň ňǿđųŀǻțįǿň: ẅǻțěř bǻģș

İșșųěș țǿ fǿčųș ǿň:●mǻķě pŀǻțěș ǿň MČ ǻňđ břįňģ țǿ ẄČ; ǻŀșǿ ẅįțħ țřǻňșfǿřměđ șțřǻįňș○ẅě ħǻvě șțǿčķș ǿf čǿmpěțěňț, ųňțřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ--fǿř įf ẅě đǿň'ț ųșě pǾŘȚMǺĢĚ○

ěǻčħ ħǻș ĚČ ǻňđ pįĢ ňųmběř--ŀǻběŀ pŀǻțěș ǻș șųčħ■1. ĚČ PǾM1 ǻňđ PǾM2 = věřįfįěđ řħįżǿbįǻ țǿ ħǻvě pŀǻșmįđ○

ǿň ẄČ: șțřěǻķ șțǿčķș fǿř șįňģŀě čǿŀǿňįěș; pįčķ 1 čǿŀǿňỳ ǻňđ mǻķě įňđųčěđ čǿmp. čěŀŀș (įČČ1 ǻňđ įČČ2) țǿ přě-

ħěǻț įňđųčě fǿř řįfǻmpįčįň ǻșșǻỳ

■

50-mĿ přěpș ǿf čǿmp. čěŀŀș ẅįțħ șěpǻřǻțě șțǻřțěř čųŀțųřě●50-mĿ běčǻųșě ǿf 50-mĿ ĿB, ǿň șħǻķěř --> ħěǻț įňđųčě --> 50-mĿ Fǻŀčǿň țųběș țǿ șpįň đǿẅň ǻț 0Č

--> țěșț čǿmp. čěŀŀș

○

ŀěfțǿvěř čěŀŀș: fřěěżě đǿẅň įň ģŀỳčěřǿŀ įň -80Č ǻňđ șěě įf ǻfțěř fřěěżě, MǺĢĚ șțįŀŀ ẅǿřķș?●čǿňțřǿŀ: ẅįțħǿųț ǿŀįģǿș (đǿň'ț pŀǻțě ẅįțħǿųț řįfǻmpįčįň)■ěxpěřįměňțǻŀ: ẅįțħ ǿŀįģǿș■ǾĐ řěǻđěř țǿ čǻŀčųŀǻțě ňųmběř ǿf čěŀŀș■

2. țěșț čǿmpěțěňț čěŀŀș fįřșț ẅįțħ PŻP200 įň ųňțřǻňșfǿřměđ čǿmp. čěŀŀș.○ǻŀșǿ mǻķě pŀǻțěș țħěřě ǻňđ đǿ pǻřǻŀŀěŀ țěșțįňģ■

3. țřǻňșfǿřm ČČpș ẅįțħ țħě řěčǿmbįňǻșěș○ĚČ čǻň ħǻvě mųŀțįpŀě pİĢș įf mųŀțįpŀě pŀǻșmįđș○șěqųěňčě ǿf mųțȘ ǻňđ mųțĿ? țǿ ķňǿčķ ǿųț bǿțħ○

ẅħěň șțřěǻķįňģ pŀǻțě fřǿm ģŀỳčěřǿŀ șțǿčķ, đǿ ňǿț ŀěț ģŀỳčěřǿŀ țħǻẅ (șčřǻpě fřǿm țǿp), ǻňđ ųșě șțěřįŀě ẅǿǿđ șțįčķș ųňđěř

șțěřįŀě čǿňđįțįǿňș țǿ șțřěǻķ. Țħěň pįčķ șįňģŀě čǿŀǿňỳ fǿř ģřǿẅįňģ ŀįqųįđ čųŀțųřě.

●

Fǿř fųțųřě:●ǿbțǻįň řěčǿmbįňǻșěș fřǿm Jįňňỳ ǻňđ țřǻňșfǿřm įňțǿ řħįżǿbįǻ.

Țǿ đǿ țǿđǻỳ:●přįměř đěșįģň ǻňđ ǿřđěř fǿř řįfǻmpįčįň ǻșșǻỳ

PČŘ ǻňđ ǺĢĚ ǿf PŻP200 fřǻģměňț țǿ věřįfỳ čǿmpěțěňčỳ ǻňđ șųččěșșfųŀ țřǻňșfǿřmǻțįǿň įň řħįżǿbįǻ

pỲŲ 3154-19 ẅįțħ PřįĢ 3381 ǻňđ ■

Țǿ đǿ țǿđǻỳ:●ģřǿẅ řħįżǿbįǻ țřǻňșfǿřmǻňț pŀǻțěș

mǻķě ňěẅ ģŀỳčěřǿŀ șțǿčķș

ǿňčě řįfǻmpįčįň přįměřș (4) ǻřřįvě, mǻķě șěqųěňčįňģ řěǻčțįǿňș ǻňđ đǿ čǿŀǿňỳ PČŘ, țǿ ěňșųřě țħě řįf čǿŀǿňįěș fǿř Ș.

měŀįŀǿțį (4 țǿțǻŀ) ħǻvě țħě čǿřřěčț pǿįňț mųțǻțįǿň.

ǻŀșǿ, ẅįŀŀ řě-pǻțčħ pŀǻțě ǿf țħě čǿŀǿňįěș ģřǿẅň ǿň țħě řįf pŀǻțěș (ǻňđ ňěģǻțįvě čǿňțřǿŀ)

pįčķ ųp ẅįŀđ țỳpě ǻŀŀěŀě ẅįțħ čǿŀǿňỳ fřǿm ňǿ ǿŀįģǿ (čǿňțřǿŀ)

mǻđě čǿŀǿňỳ 10 (Ř. țřǿpįčį) ŀįqųįđ čųŀțųřě (2X, ǿňě fǿř MČ ǻňđ ǿňě fǿř ẄČ). Ẅǻįțįňģ ǿň čǿŀǿňįěș 1 ǻňđ 3 (Ș. měŀįŀǿțį)

Fǿř ňěǻř fųțųřě:●țěșț řħįżǿbįǻ țřǻňșfǿřmǻțįǿň ǿň ẄČ fįřșț, ẅįțħ țħě PŻP200 věčțǿř (čěŀŀș ǿň đřỳ įčě)






ǿňčě ŀįqųįđ čųŀțųřěș ǿf țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ ǻřě ģřǿẅň, mǻķě čǿřřěčț ħěǻț-įňđųčěđ, čǿmpěțěňț řħįżǿbįǻ čěŀŀș

(50 mĿ șǻmpŀě).

ẄČ: pěřfǿřm MǺĢĚ ǻģǻįň ẅįțħ čǿřřěčțěđ ħěǻț-įňđųčě (mųșț șțįř fǿř țħě 15 mįň. ẅǻțěř bǻțħ) įň řħįżǿbįǻ

ǻňđ přǿpěř ěŀěčțřǿpǿřǻțǿř

mǻķě ẄČ bǿx ǿf bǿțħ șțřǻįňș: ųňțřǻňșfǿřměđ, ųňțřǻňș-čǿmp, țřǻňșfǿřměđ, țřǻňș-čǿmp (8 țǿțǻŀ, đřỳ įčě)

đřǿp ŀįqųįđ čųŀțųřě ǿf řħįżǿbįǻ ǿň șěěđ ǿf ňǿđųŀǻțįǿň, ẅįțħ Ħ2Ǿ įf ňěěđěđ, ǻňđ įț ẅįŀŀ șěěp đǿẅň țǿ řǿǿțș

●


https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-8bu1hY0s-week-8-notes-18july-22july2016/view?versionId=11630575&note=true&protocols=#print 1/2


Ģǿǻŀș fǿř țǿđǻỳ/țħįș ẅěěķ:●Řě-șěțųp ňǿđųŀǻțįǿň ǻppǻřǻțųș ẅįțħ ŀǻřģěř pěřfǿřǻțįǿňș ǻňđ 3 șěěđș pěř bǻģ.

Ģřǿẅ ŀįqųįđ čųŀțųřěș ǿf ųňțřǻňșfǿřměđ, pǾŘȚMǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ, ǻňđ pǾŘȚMǺĢĚ/MǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ Ř.

țřǿpįčį ǺŇĐ Ș. měŀįŀǿțį--fǿř fųțųřě ňǿđųŀǻțįǿň.

ųňțřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ (șțǻřțěđ)

țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ

2X țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ

Čǿňțįňųě ģřǿẅįňģ ŀįqųįđ čųŀțųřěș ǿf pǾŘȚMǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ Ř. țřǿpįčį ǻňđ Ș. měŀįŀǿțį țǿ přěpǻřě fǿř MǺĢĚ (įňđųčě

čǿmpěțěňčỳ, ħěǻț-įňđųčě, țěșț MǺĢĚ)

Ģǿǻŀș fǿř țǿđǻỳ/țħįș ẅěěķ:●Mǻķě ģŀỳčěřǿŀ șțǿčķș (2X pěř ěǻčħ șțǿčķ) ǿf țřǻňșfǿřměđ čěŀŀș; đǿ ųňțřǻňșfǿřměđ čěŀŀș țǿmǿřřǿẅ.

Ř. țřǿpįčį čǿŀǿňỳ 10; Ș. měŀįŀǿțį čǿŀǿňỳ 1; Ș. měŀįŀǿțį čǿŀǿňỳ 3. ǺĿĿ pǾŘȚMǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ.■Șěț ųp șěqųěňčįňģ řěǻčțįǿňș fǿř bǿțħ șěțș ǿf țħě țẅǿ přįměřș fǿř řįfǻmpįčįň ǻșșǻỳ (Ř. țřǿpįčį ǻňđ Ș. měŀįŀǿțį čǿŀǿňįěș)--ųșįňģ țħě PČŘ přǿđųčțș fřǿm ŀǻșț ẅěěķ'ș ǺĢĚ.

Řě-ǻțțěmpț čǿŀǿňỳ PČŘ ǿň Ř. țřǿpįčį ǻňđ Ș. měŀįŀǿțį řįfǻmpįčįň ǻșșǻỳ (Ģŀǿřįǻ).Řě-pěřfǿřm MǺĢĚ ǻț ẄČ ẅįțħ čǿřřěčț ħěǻț įňđųčțįǿň ǿf čǿmpěțěňț, țřǻňșfǿřměđ čěŀŀș. (Břįňģ ģŀỳčěřǿŀ șțǿčķș).

İňđųčě čǿmpěțěňčỳ běfǿřě țǻķįňģ čěŀŀș țǿ ẄČ.

Břįňģ bǿțħ ĿB-ķǻň50 ǻňđ ĿB-ķǻň50řįf100 pŀǻțěș.

Fǿř 1X ěxpěřįměňț: 2X (1 ķǻň, 1 ķǻň-řįf ģŀǻșș běǻđș) ǿf 7 đįŀųțįǿňș (ǿřįģ. čǿňč. țǿ 10-6) pŀųș 2 ňěģ. ňǿ-ǿŀįģǿ

čǿňțřǿŀș (1 ķǻň, 1 ķǻň-řįf șțřěǻķ) = 16 pŀǻțěș (8 ǿf ěǻčħ) pěř ěxpěřįměňț.

●

Ẅįŀŀ đǿ 1X ěxpěřįměňț pěř șțřǻįň --> 2X ěxpěřįměňțș țǿțǻŀ pěř ģřǿųp ẅįțħ 2 ģřǿųpș --> 4X țǿțǻŀ

(ųňțřǻňșfǿřměđ čǿňțřǿŀ; pǾŘȚMǺĢĚ- ǻňđ MǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ)

●

Țǿțǻŀ ǿf 2X, 32 = 64 pŀǻțěș fǿř pǾŘȚMǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ●Đǿ ňǿț pŀǻțě đįŀųțįǿňș ǿň ųňțřǻňșfǿřměđ čěŀŀș, běčǻųșě ěxpěčț șųčħ ŀǿẅ țřǻňșfǿřmǻțįǿň ěffįčįěňčỳ.

Jųșț pŀǻțě ǿřįģįňǻŀ čěŀŀ čǿňč.?○

Țħįňģș đǿňě țǿđǻỳ:●Țřǻňșfěřřěđ ųňțřǻňșfǿřměđ, ěŀěčțřǿčǿmpěțěňț Ř. țřǿpįčį ǻňđ Ș. měŀįŀǿțį (2X ěǻčħ) ǺŇĐ Ș. měŀįŀǿțį #3B pǾŘȚMǺĢĚ-

țřǻňșfǿřměđ 3-mĿ șțǿčķș țǿ 50-mĿ ĿB.

○

Țřǻňșfěřřěđ pǾŘȚMǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ Ř. țřǿpįčį ǻňđ Ș. měŀįŀǿțį (2X țřǿpįčį ǻňđ 1X měŀįŀǿțį) 50-mĿ șțǿčķș țǿ ŇĚẄ 50-

mĿ șțǿčķș (țǿǿķ 2 mĿ ǿf ǿŀđ șțǿčķ).

○

Mǻđě 2X (ǾMĿ ǻňđ ẄČ) ģŀỳčěřǿŀ șțǿčķș ǿf țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ: 2X (Ǻ ǻňđ B) ǿf ěǻčħ čǿŀǿňỳ○Čǿŀǿňỳ #1 ǻňđ #3 fǿř Ș. měŀįŀǿțį■Čǿŀǿňỳ #10 fǿř Ř. țřǿpįčį■Ňěěđ țǿ đǿ ģŀỳčěřǿŀ șțǿčķ ǿf #3B fǿř Ș. měŀįŀǿțį■

Ǻŀșǿ șțřěǻķěđ pŀǻțěș fǿř čǿňțįňųěđ ģřǿẅțħ ǿf țħěșě čǿŀǿňįěș (2X: ẄČ ǻňđ ǾMĿ).○

Țħįňģș đǿňě țǿđǻỳ:●Mǻđě 2X ģŀỳčěřǿŀ șțǿčķș ǿf ųňțřǻňșfǿřměđ, ěŀěčțřǿčǿmpěțěňț Ř. țřǿpįčį ǻňđ Ș. měŀįŀǿțį (2X ěǻčħ, #1 ǻňđ #2) ǺŇĐ Ș.

měŀįŀǿțį #3B pǾŘȚMǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ 3-mĿ șțǿčķș.

○

Șțřěǻķěđ pŀǻțěș ǿf țħěșě řħįżǿbįǻ.○Ģŀǿřįǻ--řǻň ǺĢĚ ǿf țħě PČŘ přǿđųčțș fřǿm ỳěșțěřđǻỳ.○

PČŘ čǿňđįțįǿňș: ■

MǾŇĐǺỲ, 7/18




https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-8bu1hY0s-week-8-notes-18july-22july2016/view?versionId=11630575&note=true&protocols=#print 2/2

95Č 5 mįň.

98Č 2 mįň. 2X

64Č 15 șěč.

72Č 30 șěč.

98Č 30 șěč. 33X

64Č 15 șěč.

72Č 30 șěč.

72Č 2 mįň.

4Č ħǿŀđ

Țǿ pŀǻň fǿř ǿųțřěǻčħ měěțįňģ țħįș ǻfțěřňǿǿň:●"Bųįŀđįňģ ẅįțħ Bįǿŀǿģỳ (BẅB) ǻčțįvįțỳ ŀěǻđěřș

· Pŀǻňňįňģ ǻňđ ǿřģǻňįżįňģ BẅB ǻčțįvįțỳ

· Čǿǿřđįňǻțįǿň ẅįțħ Pěǻbǿđỳ mųșěųm

· Pŀǻň ǻňđ ŀěǻđ BẅB vǿŀųňțěěř ǿřįěňțǻțįǿň"

Ẅįŀŀ čǿňțǻčț Pěǻbǿđỳ Mųșěųm.○Ẅįŀŀ ǿřģǻňįżě/pŀǻň BẅB vǿŀųňțěěř ǿřįěňțǻțįǿň.○

Ǿųțřěǻčħ měěțįňģ ňǿțěș:●ǻșķ Ňǻțǻŀįě fǿř Pěǻbǿđỳ Mųșěųm čǿňțǻčț--ẅħěň ǻňđ ẅħěřě (ǻț mųșěųm)○pįčķ ǿňě (ǿř mǿřě) ǿf țħě șįx ǻčțįvįțįěș, đěpěňđįňģ ǿň đěmǿģřǻpħįčș, fǿř ǻčțįvįțỳ○đěvěŀǿp ŀįbřǻřỳ įđěǻ fǿř ǿŀđěř ǻųđįěňčě○

Ěxpěřįměňț.čǿm ňǿțěș:●mǻķįňģ ǻ vįđěǿ○řěvįșě Měțħǿđș șěčțįǿň○

Țħįňģș đǿňě țǿđǻỳ:●.○

Ẅįķį měěțįňģ ňǿțěș:●.○

●



https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-CUL3FXa1-week-9-notes-25july-29july2016/view?versionId=12711917&note=true&protocols=#print 1/1


Țǿ đǿ:●řě-șțřěǻķ ňěěđěđ pŀǻțěș

ģřǿẅ 1-mĿ čųŀțųřě ǿf řħįżǿbįǻ fǿř řěpěǻț ǿf čǿŀǿňỳ PČŘ fǿř řįfǻmpįčįň fřǻģměňț

șțǻřț ňǿđųŀǻțįǿň șěț-ųp fǿř čħěmįčǻŀ mųțǻģěňěșįș

Ňǿțěș ǿň MǺĢĚ țřįǻŀ 1 pŀǻțěș (8/Jųŀỳ/2016):●Ňǿ ģřǿẅțħ ǿbșěřvěđ ǿň ňěģǻțįvě čǿňțřǿŀ pŀǻțěș ǿň řįf100: "MǺĢĚ Ř. țřǿp #3, #4 (-)" ǻňđ "MǺĢĚ Ș. měŀ #3, #4 (-)"○

Ňǿ ģřǿẅțħ ǿň Ș. měŀ ěxpěřįměňțǻŀ pŀǻțěș (řįf100) fřǿm 10-2 țǿ 10-6○

Ģřǿẅțħ ǿbșěřvěđ ǿň pǿșįțįvě čǿňțřǿŀ pŀǻțěș (ķǻň50 ǿňŀỳ): Ř. țřǿp (#1 ǻňđ #2) ǻňđ Ș. měŀ (#1 ǻňđ #2)○

Ňǿ ģřǿẅțħ ǿň Ř. țřǿp ěxpěřįměňțǻŀ pŀǻțěș fřǿm #2 10-4 țǿ 10-6 ǿř #1 10-1 țǿ 10-6○

įĢĚM Měěțįňģ Ňǿțěș:●ẅǿřķ ǿň 2-ẅěěķ čħěmįčǻŀ mųțǻģňěșįș ǻňđ țįmě ňǿđųŀǻțįǿň ģřǿẅțħ.○mǻķě ẅǿřķfŀǿẅ ǿf MǺĢĚ přǿțǿčǿŀ○Ķňǿčķ-ǿųț mųțĿ įň řħįżǿbįǻ țǿ čǿmpǻřě țǿ mųțĿ-ĐŇ įňșěřț įň pǾŘȚMǺĢĚ○mǻķě șčħěmě fǿř țřǻňșfǿřmįňģ řěčǿmbįňǻșě čǻșșěțțěș įňțǿ pǾŘȚMǺĢĚ-țřǻňșfǿřměđ řħįżǿbįǻ, ǿř mǿđįfỳįňģ pǾŘȚMǺĢĚ įțșěŀf.

○

ųșě přįměřș țħǻț ħǻvě přěvįǿųșŀỳ ẅǿřķěđ ẅįțħ Ř. țřǿp țǿ ěňșųřě ẅǿřķįňģ ẅįțħ čǿŀǿňỳ PČŘ○ǿř, đěșįģň ňěẅ přįměřș■

ẅřįțě ģǿǻŀș fǿř ẅħǻț țǿ přěșěňț ǻț įĢĚM Čǿmpěțįțįǿň○čǿňșěřvǻțįvě vș. įđěǻŀ/řěǻčħ (3 mǿ.)■

ẄĚĚĶ 10: Ň/Ǻ

MǾŇĐǺỲ, 7/25


10/19/2016 Week 11 Notes (8/August - 12/August/2016) · Benchling

https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-4kJ1PApV-week-11-notes-8august-12august2016/view?versionId=13163420&note=true&protocols=#print 1/2

Ẅěěķ 11 Ňǿțěș (8/Ǻųģųșț - 12/Ǻųģųșț/2016)

Ňǿțěș fřǿm Ģŀǿřįǻ (Ẅěěķ 10):●ǻțțěmpțěđ țǿ ǿpțįmįżě čǿŀǿňỳ PČŘ įň Ř. țřǿpįčį: přě-ŀỳșįňģ țħě čěŀŀș įň 0.1% Țřįțǿň X įň pĦ 8.0 ȚĚ bųffěř ǻț 100Č fǿř 10

mįňųțěș; čěňțřįfųģě țǿ pěŀŀěț țħě čěŀŀ đěbřįș ǻňđ ǿňŀỳ țǻķě țħě șųpěřňǻțǻňț fǿř PČŘ; ųșě 0.5 ųĿ ǿf țěmpŀǻțě.

○

čǿňđųčțěđ ģřǻđįěňț țǿųčħđǿẅň PČŘ (đǿįňģ 5 čỳčŀěș ǻț (X)Č, 5 čỳčŀěș ǻț (X-1)Č ǻňđ 25 čỳčŀěș ǻț (X-2)Č) țǿ įđěňțįfỳ țħě

běșț PČŘ čǿňđįțįǿňș (țǿ řěđųčě přǿbŀěmș ẅįțħ ňǿň-șpěčįfįč přįmįňģ): ǻňňěǻŀįňț țěmpș. ǿf 68.2, 67.2, ǻňđ 66.2Č

○

țħěň čǿňđųčțěđ přě-ŀỳșįňģ ǻňđ čǿŀǿňỳ PČŘ ǿň pųțǻțįvě pǿșįțįvě čǿŀǿňįěș; đěșįřěđ bǻňđ přěșěňț bųț fǻįňț. Ňǿň-șpěčįfįč

přįmįňģ șțįŀŀ přěșěňț. PČŘ přǿđųčțș ňěěđ țǿ bě ģěŀ-pųřįfįěđ běfǿřě șųbmįțțįňģ fǿř șěqųěňčįňģ.○

țǿ věřįfỳ řįfǻmpįčįň ǻșșǻỳ: įňșěřț ǻ mųțǻňț čǿpỳ ǿf țħě ģěňě įňțǿ ǻ věčțǿř țħǻț ẅě ųșě țǿ țřǻňșfǿřm Ș. měŀįŀǿțį/Ř. țřǿpįčį. Đǿ țħįș bỳ ǻmpŀįfỳįňģ țħě ģěňě įň 2 fřǻģměňțș ẅįțħ țħě mųțǻțįǿň (įňțřǿđųčěđ ųșįňģ țħě přįměřș) čǿňțǻįňěđ įň

țħě ǿvěřŀǻp běțẅěěň țħě țẅǿ.

○

Ģŀǿřįǻ đěșįģňěđ țħě 4 přįměřș; đǿųbŀě-čħěčķ ǿň 4țħ (řěvěřșě ǿf 2ňđ fřǻģměňț).■běfǿřě ǿřđěřįňģ, čħěčķ ẅįțħ Đř. Mǿřěňǿ ǿň ħǿẅ țǿ ǻđđ țħě ĿİČ ǿvěřħǻňģș (ǿň țħě 1șț ǻňđ 4țħ přįměřș).■

Ǿbjěčțįvěș fǿř țħě ňěxț 2 ẅěěķș:●Čǿňđųčț ǻ ģěŀ pųřįfįčǻțįǿň ǿf Ř. țřǿpįčį PČŘ + șųbmįț fǿř șěqųěňčįňģ

řųň ǺĢĚ ǿf ģǿǿđ PČŘ țěmpŀǻțěș ǻňđ ģěŀ-pųřįfỳ fǿř șěqųěňčįňģ.■Șěț ųp čħěmįčǻŀ mųțǻģěňěșįș ěxpěřįměňț

Věřįfỳ țħě řįfǻmpįčįň řěșįșțǻňčě ǻșșǻỳ

Ųșě ĿİČ țǿ įňșěřț mųțǻțěđ ģěňě įňțǿ PŻP200■Țřǻňșfǿřm Ș. měŀįŀǿțį ǻňđ Ř. țřǿpįčį ǻňđ țěșț fǿř řįfǻmpįčįň řěșįșțǻňčě■řě-čħěčķ 4țħ přįměř ǻňđ řěǻđ ħǿẅ țǿ đǿ ĿİČ ǿvěřħǻňģ.

Țįțŀě ǻňđ Ǻbșțřǻčțfįňįșħ ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳ (čǿřřěčț ħěǻț-įňđųčěđ čěŀŀș)--ģřǿẅ řǿǿțș, įňǿčųŀǻțě ẅįțħ ħěǻț-įňđųčěđ ųňțřǻňșfǿřměđ, ǻňđ

țřǻňșfǿřměđ čěŀŀș.

ǿpțįmįżě pǾŘȚMǺĢĚ șỳșțěm įň řħįżǿbįǻ.

Đǿňě țǿđǻỳ:●Șțǻřț ňǿđųŀǻțįǿň ǻșșǻỳ ẅįțħ ħįģħ-čǿňțřǻșț (bŀųě) ňǿđųŀǻțįǿň ǻppǻřǻțųș fǿř: ųňțřǻňșfǿřměđ (-) ǻňđ pǾŘȚMǺĢĚ-

țřǻňșfǿřměđ (Ě) Ř. țřǿpįčį ǻňđ Ș. měŀįŀǿțį ǻfțěř ħěǻț-șħǿčķ (ňǿ ňěěđ țǿ đǿ ǻfțěř MǺĢĚ, ǻș ẅěŀŀ).

Țǿ đěșįģň přįměřș fǿř řįfǻmpįčįň věřįfįčǻțįǿň (đěșįģňěđ bỳ ĢẄ; ňǿțěș fřǿm Đř. Mǿřěňǿ):●ųșě ĿİČ țǿ įňčǿřpǿřǻțě țħě přěđįčțěđ řįfǻmpįčįň řěșįșțǻňčě ģěňě įňțǿ ǻ věčțǿř fǿř țřǻňșfǿřmįňģ řħįżǿbįǻ įň ǿřđěř țǿ

čǿňfįřm țħǻț țħě ȘŇP đǿěș įňđěěđ čǻųșě řįfǻmpįčįň řěșįșțǻňčě įň řħįżǿbįǻ (ǻňđ ňǿț jųșț Ě. čǿŀį).

○

đǿ ǻ PČŘ ǿf țħě ģěňě įň țẅǿ fřǻģměňțș țħǻț ǿvěřŀǻp įň țħě șpǿț čǿňțǻįňįňģ țħě mųțǻțįǿň. ĢẄ đěșįģňěđ țħě přįměřș,

bųț ẅǻș ẅǿňđěřįňģ ħǿẅ țǿ ǻđđ țħě ĿİČ ǿvěřħǻňģ.

○

Fįřșț șěģměňț:

F-ĢĢȚČȚČĢĢČČȚČǺǺĢĢǺǺ

Ř-ĢĢČĢČȚȚĢȚǻĢĢȚĢǺȚȚȚČČĢ

Șěčǿňđ șěģměňț:

F-ȚČĢĢǺǺǺȚČǺČČțǺČǺǺĢČĢŘ-ĢĢǺČĢČĢĢČČĢǺǺțǻǻ

MM: įf ỳǿų čŀǿňě țħě ģěňě įň țǿ țħě ĿİČ věčțǿř, ỳǿų ňěěđ țǿ mǻķě șųřě ỳǿų ħǻvě ǻ přǿmǿțěř ǻňđ ǻ țěřmįňǻțǿř. Ňǿț jųșț

țħě čǿđįňģ șěqųěňčě.

○

MǾŇĐǺỲ, 8/8



10/19/2016 Week 11 Notes (8/August - 12/August/2016) · Benchling

https://benchling.com/yaleigem/f/Nqpeu2PC-mindy/etr-4kJ1PApV-week-11-notes-8august-12august2016/view?versionId=13163420&note=true&protocols=#print 2/2

Ǻřě ỳǿų pŀǻňňįňģ țǿ ǻmpŀįfỳ țħě čǿmpŀěțě ģěňě fřǿm Řħįżǿbįųm ǻňđ įňțřǿđųčě țħě mųțǻțįǿň? İf șǿ, ģěňěřǻțě ỳǿųř

įňșěřț ųșįňģ ǿvěřŀǻppįňģ PČŘ įň ǿřđěř țǿ įňțřǿđųčě țħě mųțǻțįǿň ỳǿų pǿșțųŀǻțě ẅįŀŀ čǿňfěř řįfǻmpįčįň řěșįșțǻňčě.

○

Ẅě ħǻvě ǻ věčțǿř țħǻț įș PŻP200b-ẅįțħ jųșț țħě ĿİČ čǻșșěțțě. Țħįș ẅǿųŀđ bě pěřfěčț fǿř țħįș ěxpěřįměňț. İ čǻň’ț

řěměmběř țħě pỲŲ ňųmběř ǿf țħě țǿp ǿf mỳ ħěǻđ. Ŀǿǿķ įň țħě đǻțǻbǻșě.

○

Țħě ĿİČ 5’ ěxțěňșįǿň șħǿųŀđ bě: 5’-ȚǺČȚȚČČǺǺȚČČ-3'

Țħě ĿİČ 3’ ěxțěňșįǿň șħǿųŀđ bě: 5’=ȚǺȚČČǺČČȚȚȚǺČȚĢ-3’

Țħįș měǻňș, țħě 5’ěňđ ǿf țħě țǻřģěț ģěňě ňěěđș țǿ ħǻvě țħě 5’ĿİČ șěqųěňčě ǻđđěđ țǿ țħě přįměř. Țħě 3’ěňđ ǿf țħě

țǻřģěț ģěňě ǻŀșǿ ňěěđș țǿ ħǻvě țħě ĿİČ 3’ șěqųěňčě ǻđđěđ.

○

Șįňčě ỳǿų ňěěđ țǿ ǻmpŀįfỳ țħě țǻřģěț ģěňě ẅįțħ țħě mųțǻțįǿň țħǻț čǿňfěřș řěșįșțǻňčě țǿ řįfǻmpįčįň, mǻķě șųřě țħě

přįměř pǻįř țħǻț ỳǿų ģěňěřǻțě țǿ įňțřǿđųčě țħě mųțǻțįǿň įș ǻț ŀěǻșț 23-25 bp ŀǿňģ șǿ ỳǿų ħǻvě ěňǿųģħ ħǿmǿŀǿģỳ

běțẅěěň țħě țẅǿ fřǻģměňțș ỳǿų ňěěđ țǿ jǿįň țǿ mǻķě țħě čǿmpŀěțě ģěňě.

○

)55; ?B5 >5 >52016.igem.org/wiki/images/8/81/Mindynotes.pdf · )55; ?B5 >5 >5 ...6@!$& % &'$ +

Documents

Transcript of )55; ?B5 >5 >52016.igem.org/wiki/images/8/81/Mindynotes.pdf · )55; ?B5 >5 >5 ...6@!$& % &'$ +