1. Prélèvement bactérien. 1.1. Identification. 1.1.1. Quel type bactérien s'attend-on à trouver...

2.1.1

1. Prélèvement bactérien.1.1. Identification.

1.1.1. Quel type bactérien s'attend-on à trouver dans cet organe? Donner le nom du type de relation existant entre l'hôte et cette bactérie.

Le gros intestin contient des E. coli.Ce sont des bactéries commensales.

2.1.2

1.1.1. Quel type bactérien s'attend-on à trouver dans cet organe? Donner le nom du type de relation existant entre l'hôte et cette bactérie.

Le gros intestin contient des E. coli.Ce sont des bactéries commensales.

1.1.2. Commenter les observations.

Présence de très nombreux Bacillus.

1.1.3. Indiquer le nom des différents éléments visibles au microscope électronique.

cytoplasme

membrane plasmque

peptidoglycane

Les Bacillus sont caractéristiques de la flore vaginale. Un changement dans sa localisation a

permis sa pathogénicité.


1.1.4. Où ce type de germe se trouvent-il généralement dans le corps humain? Que peut-on en conclure?

2.2.1

1.2.1. Tracer les courbes de croissance sur Excel.1.2. Croissance.

0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260 280 300 320 340 3600.0

0.2

0.4

0.6

0.8

1.0

1.2

-8

-7

-6

-5

-4

-3

-2

-1

0

t (en mn)

trouble

1.2.2. Comparer le comportement des deux bactéries.

0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260 280 300 320 340 3600.0

0.2

0.4

0.6

0.8

1.0

1.2

-8

-7

-6

-5

-4

-3

-2

-1

0

t (en mn)

trouble

Ln(trble)

0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260 280 300 320 340 3600.0

0.2

0.4

0.6

0.8

1.0

1.2

-8

-7

-6

-5

-4

-3

-2

-1

0f(x) = 0.000203468369010644 exp( 0.025 x )f(x) = 0.00247875217666636 exp( 0.018 x )

t (en mn)

trouble

L’échantillon présente une vitesse de croissance plus rapide.

1.2.3. Calculer les vitesses spécifiques de croissance µ.

Angie

Echantillon

µ = 0,0180 mn-1

µ = 0,0250 mn-1


2.3.1

2. Antibiotique.2.1. Effet des Antibiotiques.

2.1.1. Donner le nom de ces trois molécules.2.2. Croissance.

Céphalosporine

Méthicilline

Pénicilline

2.1.2. Quel est leur mode d'action? Expliquer le mécanisme moléculaire.

Elles bloquent la synthèse de la paroi.

Elles agissent comme des inhibiteurs compétitifs grâce à leur homologie avec

la liaison peptidiquedes peptides inter-chaînes.

2.3.3

2.1.3. Calculer les vitesses de croissance dans chacun des cas.

Flore d’Angie

0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 1.2 1.4-2.22044604925031E-16

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2

1.4

f(x) = 0.1353375674926 exp( 0.0329524934651 x )f(x) = 0.1353168097311 exp( 0.0281168964929 x )f(x) = 0.1353225093408 exp( 0.0151366139641 x )

f(x) = 0.135055384064 exp( 1.0819013104848 x )

T

t (en h)

Trouble

0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 1.2 1.40

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2

1.4

f(x) = 0.1351882363382 exp( 1.441273087342 x )

f(x) = 0.1351016629456 exp( 1.3614131238488 x )f(x) = 0.135093575877387 exp( 1.3015615953505 x )

f(x) = 0.1352756002531 exp( 1.5006293353246 x )

T

t (en h)

trouble

2.1.4. Conclure.

Echantillon

La flore Angie présente une croissance plus faible que l’échantillon.De plus, cette dernière est résistante aux 3 antibiotiques.

2. Antibiotique.2.1. Effet des Antibiotiques.

2.4.1

2.2.1. Comment s'appelle cette méthode de mesure.

Méthode à deux points.2.2. Résistance.

2.4.3. Calculer la concentration en pénicilline des essais(on néglige l'intervention de l'extrait protéique sur le volume final de la solution).

Cpén = Ci x Vpén / Vt

Vpèn Tp Cpén

mL mL µg.L-1

1 0 15,00,9 0,1 13,50,8 0,2 12,00,6 0,4 9,00,5 0,5 7,50,4 0,6 6,00,2 0,8 3,01,0 0,0 15,0

2.2.2. Quel est le rôle du dernier essai (en absence d’enzyme)?

Il permet de mesurer la dégradation spontanée.

2.2.4. Calculer le coefficient de proportionnalité entre l'absorbance et la concentration en pénicilline.

On trace la droite étalon.

0 3 6 9 12 150

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2

1.4f(x) = 0.09 x

C (µg.L-1)

Abs

a = 0,09 L.µg-1

2.2.5. Pourquoi n'avons nous pas le droit de l'appeler coefficient d'extinction molaire?

A cause de l’unité.e est en L.mol-1.cm-1.

2. Antibiotique.

2.4.6

2.2.6. Calculer les vitesses initiales spécifiques (c'est à dire uniquement dues à l'enzyme) en Abs.mn-1.

Ce calcul présente une double difficulté:

On mesure une dégradation de substrat.

Il existe une dégradation spontanée de l’antibiotique.

2.2. Résistance. 2. Antibiotique.

2.4.6


Etape 1: mesure vitesse de dégradation.

V = (Abs0 – Abs15) / Dt

V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec

mL Angie Ech

1 1,350 1,205 0,671

0,9 1,215 1,072 0,551

0,8 1,080 0,939 0,433

0,6 0,810 0,676 0,210

0,5 0,675 0,545 0,108

0,4 0,540 0,415 0,015

0,2 0,270 0,163 0,000

1,0 1,350 1,070 1,200

Vangie 1 = (1,350 – 1,205) / 0,25= 0,580 Abs.mn-1

V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec V apparente(Abs.mn-1)

mL Angie Ech Angie Ech

1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72

0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66

0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59

0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40

0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27

0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10

0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54

1,0 1,350 1,280 1,313


2.4.6


Etape 2: mesure vitesse vraie.

Vvraie = V – Vspontanée


mL Angie Ech

1 1,350 1,205 0,671

0,9 1,215 1,072 0,551

0,8 1,080 0,939 0,433

0,6 0,810 0,676 0,210

0,5 0,675 0,545 0,108

0,4 0,540 0,415 0,015

0,2 0,270 0,163 0,000

1,0 1,350 1,070 1,200



1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72

0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66

0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59

0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40

0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27

0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10

0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54

1,0 1,350 1,280 1,313

Vspontanée = (Abs0 – Abs15) / Dt

Vspontanée Angie = (1,350 – 1,280) / 0,25 = 0,280 Abs.mn-1



1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72

0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66

0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59

0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40

0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27

0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10

0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54

1,0 1,350 1,280 1,313 0,280 0,15


2.4.6


Etape 2: mesure vitesse vraie.

Vspf = V – Vspontanée


mL Angie Ech

1 1,350 1,205 0,671

0,9 1,215 1,072 0,551

0,8 1,080 0,939 0,433

0,6 0,810 0,676 0,210

0,5 0,675 0,545 0,108

0,4 0,540 0,415 0,015

0,2 0,270 0,163 0,000

1,0 1,350 1,070 1,200



1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72

0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66

0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59

0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40

0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27

0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10

0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54

1,0 1,350 1,280 1,313

VAngie = 0,580 – 0,280 = 0,300 Abs.mn-1



1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72

0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66

0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59

0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40

0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27

0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10

0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54

1,0 1,350 1,280 1,313 0,280 0,15

V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec V apparente(Abs.mn-1) V spécifique (Abs.mn-1)

mL Angie Ech Angie Ech Angie Ech

1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72 0,300 2,566

0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66 0,292 2,507

0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59 0,282 2,438

0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40 0,257 2,250

0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27 0,240 2,120

0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10 0,218 1,950

0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54 0,150 1,393

1,0 1,350 1,070 1,200 0,280 0,15 0 0


2.4.6

V pènicilline Abs0 V spécifique (Abs.mn-1)

mL Angie Ech

1 1,350 0,300 2,566

0,9 1,215 0,292 2,507

0,8 1,080 0,282 2,438

0,6 0,810 0,257 2,250

0,5 0,675 0,240 2,120

0,4 0,540 0,218 1,950

0,2 0,270 0,150 1,393

1,0 1,350

V pènicilline Abs0 Abs à 15 sec V apparente(Abs.mn-1) V spécifique (Abs.mn-1)

mL Angie Ech Angie Ech Angie Ech

1 1,350 1,205 0,671 0,580 2,72 0,300 2,566

0,9 1,215 1,072 0,551 0,572 2,66 0,292 2,507

0,8 1,080 0,939 0,433 0,562 2,59 0,282 2,438

0,6 0,810 0,676 0,210 0,537 2,40 0,257 2,250

0,5 0,675 0,545 0,108 0,520 2,27 0,240 2,120

0,4 0,540 0,415 0,015 0,498 2,10 0,218 1,950

0,2 0,270 0,163 0,000 0,430 1,54 0,150 1,393

1,0 1,350 1,070 1,200 0,280 0,15 0 0

2.2.7. Convertir en µg de pénicilline dégradée.L-1.s-1

Etape 1: Calculer la concentration des tubes.

Cpén = Ci x Vi / Vt

Cpén1 = 15 x 1 / 1


mL Angie Ech

15 1,350 0,300 2,566

13.5 1,215 0,292 2,507

12,0 1,080 0,282 2,438

9,0 0,810 0,257 2,250

7,5 0,675 0,240 2,120

6,0 0,540 0,218 1,950

3,0 0,270 0,150 1,393

1,0 1,350


2.4.6

2.2.7. Convertir en µg de pénicilline dégradée.L-1.s-1

0.0 3.0 6.0 9.0 12.0 15.00.000

0.200

0.400

0.600

0.800

1.000

1.200

1.400

1.600

f(x) = 0.09 x

C (en µg.L-1)

Abs

Etape 2: Convertir.

V = V spf / 0,09


mL Angie Ech

15 1,350 0,300 2,566

13.5 1,215 0,292 2,507

12,0 1,080 0,282 2,438

9,0 0,810 0,257 2,250

7,5 0,675 0,240 2,120

6,0 0,540 0,218 1,950

3,0 0,270 0,150 1,393

1,0 1,350

C pènicilline Vitesse spécifique(en µg.L-1.mn-1)

µg.L-1 Angie Ech

15,0 3,3 28,5

13,5 3,2 27,9

12,0 3,1 27,1

9,0 2,9 25,0

7,5 2,7 23,6

6,0 2,4 21,7

3,0 1,7 15,5


2.4.8


µg.L-1 Angie Ech

15,0 3,3 28,5

13,5 3,2 27,9

12,0 3,1 27,1

9,0 2,9 25,0

7,5 2,7 23,6

6,0 2,4 21,7

3,0 1,7 15,5

2.2.8. Calculer les Vm et Km des 2 enzymes grâce aux 4 représentations classiques.

Lineweaver et Burk 1/V = f ( 1/C )

0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.350.0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

f(x) = 0.110769230769231 x + 0.0276923076923077

f(x) = 1.125 x + 0.225AngieLinear (Angie)

1/S (en 1/(µg.L-1)

1/V (en 1/µg.L-1.Mn-

1)

Vm = 1 / b(en µg.L-1.mn-1)

Km = a / b(en µg.L-1)

Angie Echantillon

4,44 36,11

5 4


2.4.8


µg.L-1 Angie Ech

15,0 3,3 28,5

13,5 3,2 27,9

12,0 3,1 27,1

9,0 2,9 25,0

7,5 2,7 23,6

6,0 2,4 21,7

3,0 1,7 15,5


Hanes - Woolf S/V = f ( S )

Vm = 1 / a(en µg.L-1.mn-1)

Km = b / a(en µg.L-1)

Angie Echantillon

4,44 36,11

5 4

0.0 2.0 4.0 6.0 8.0 10.0 12.0 14.00.0

1.0

2.0

3.0

4.0

5.0

f(x) = 0.00384215206758562 x + 0.0958399288572696

f(x) = 0.225 x + 1.125Angie

S (en µg.L-1)

S/V (en mn)


2.4.8


µg.L-1 Angie Ech

15,0 3,3 28,5

13,5 3,2 27,9

12,0 3,1 27,1

9,0 2,9 25,0

7,5 2,7 23,6

6,0 2,4 21,7

3,0 1,7 15,5


Eadie - Hofsize V = f ( V/S )

Vm = b(en µg.L-1.mn-1)

Km = a(en µg.L-1)

Angie Echantillon

4,44 36,11

5 4

0.00 1.00 2.00 3.00 4.00 5.00 6.000.0

5.0

10.0

15.0

20.0

25.0

30.0f(x) = − 3.99999999999999 x + 36.1111111111111

f(x) = − 4.99999999999997 x + 4.44444444444444

Angie

V/S (en mn-1)

V (en µg.L-1.mn-1)


2.4.8


µg.L-1 Angie Ech

15,0 3,3 28,5

13,5 3,2 27,9

12,0 3,1 27,1

9,0 2,9 25,0

7,5 2,7 23,6

6,0 2,4 21,7

3,0 1,7 15,5


Eisenthal et Cornish-Bowden

Vm(en µg.L-1.mn-1)

Km(en µg.L-1)

Angie Echantillon

4,44 36,11

5 4

-5.0 0.0 5.0

-4

-3

-2

-1

0

1

2

3

4

S (en µg.L-1)

V (en µg.L-1.mn-1)

Angie

-5.0 0.0 5.0-5

0

5

10

15

20

25

30

35

40

45

Echantillon

Angie Echantillon

4,44 36,11

5 4


2.4.9

2.2.9. Indiquer l'activité des deux extraits en µg.mn-1.mL-1 d'extrait.

Vm(en µg.L-1.mn-1)

Km(en µg.L-1)

Angie Echantillon

4,44 36,11

5 4

activité = Vm / Vextrait

Angie Echantillon

4,44 36,11

222,2 1805,6Vm(en µg.L-1.mn-1.mL-1)


2.5.1

3.1.1. Que nous apprends ce type d'étude sur la conformation d'une protéine.

3. Conformation.

0 50 100 150 200 250 300 350 400 450 5000

1

2

3

4

5Ez Angie

Ez Echantillon

séquence

polarité

Les parties polaire sont en contact avec le milieu aqueux, tandis que les partie apolaires sont situées à l’intérieure de la protéine.

3.1.2. Pourquoi n'avons nous pas le droit de l'appeler coefficient d'extinction molaire?

e est exclusivement en L.cm.mol-1

3.1.3. Peut-on localiser le site actif de cette manière?

Si les sites actifs se comportent de façon différente, c’est qu’ils sont différents.


1. Prélèvement bactérien. 1.1. Identification. 1.1.1. Quel type bactérien s'attend-on à trouver...

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