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deanna-johnston -
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L’exemple du « run Auto SEQ-15 18 » correspond au séquençage d’un génome bactérien (environ 4Mb) sur une puce 316 (100Mb) et va servir de base à une présentation détaillé des différents composants d’un « Report ».
- Library Summary:
Nombre de millions de bases filtrées et trimmées et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ
Nombre de millions de bases filtrées et trimmées au sain de reads ayant une accuracy supérieure ou égale à 98% (Q17)
Nombre de millions de bases filtrées et trimmées au sain de reads ayant une accuracy supérieure ou égale à 99% (Q20)
Nombre de reads filtrées et trimmées indépendant de la longueur et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ
Longueur moyenne des reads de la librairie filtrée et trimmée et reporté dans les fichiers SFF et FASTQ
Longueur maximum des reads de la librairie filtrée et trimmée
Indépendant de l’alignement
Le graphe représente la mesure consensus du signal correspondant à la libération d’un H+ après incorporation d’un nucléotide, pour les trois premières bases de la clé intégrée au moment de la préparation de la librairie.
Histogramme des longueurs de reads trimmées et présentes dans le fichier SFF
AQ17 correspond à une précision d’au moins 98%, basée sur l’alignement par rapport au génome de référenceAQ20 correspond à une précision d’au moins 99%, basée sur l’alignement par rapport au génome de référence(Pour info: AQ30 correspond à une précision d’au moins 99,9%, basée sur l’alignement par rapport au génome de référence) …
Profondeur moyenne de couverture du génome de référence
Pourcentage de couverture du génome de référence à partir du séquençage de la librairie
Dépendant de l’alignement
A noter: Cet exemple met en évidence une capacité de séquençage supérieure aux spécificités attendues de la puce (Puce 316/ 100Mb)
- Test Fragment Report :
Les tests fragments sont des spikes-in aux régions homopolymériques variables (2, 3 ou 4 mer). Ils ajoutés à la librairie et en sont dissociés par leur clé
50AQ17 signifie le nombre de séquences ayant une taille de 50pb minimum avec un taux d’erreur de 1/50. Ce contrôle qualité est basé sur l’alignement.
TF_A > 30% et TF_D > 60%
- Ion Sphere TM Particle Identification Summary:
Les « Ion Sphere Particle », ou ISP, sont couplées aux aux fragments d’ADN au cours de l’emPCR. Dans l’idéal, une ISP sera associée à un seul fragment d’ADN au sein d’un microréacteur d’emPCR.
La « heat map » représente la densité de chargement des puits de la chip par les ISP
Nombre total de puits sur la puce 6,337,656
Nombre total de puits sur la puce 6,337,656
Puits avec ISP 2,927,533
Puits avec ISP 2,927,533
Puits videsPuits vides
Puits avec ISP vivant ( ISP + « clé » )
2,654,830
Puits avec ISP vivant ( ISP + « clé » )
2,654,830Signal trop faibleSignal trop faible
Librairie avec ISP2,644756
Librairie avec ISP2,644756
Test fragment10,074
Test fragment10,074
(Différentiation de la clé )
clé: ( TCAG ) ( clé: ATCG )
Nombre de séquences ayant franchi l’ensemble des filtres et reportées dans les fichiers SFF et FASTQ
% enrichissement =
( Puits avec ISP )
( Puits avec ISP ) - Test fragment avec
ISPTest fragment avec
ISP
Librairie avec ISP
Librairie avec ISP
Séquences dont la taille est inférieure à 8 bases (clé de 4 bases inclue)
Séquences pour lesquelles le séquençage de la clé ne « match » pas parfaitement
Séquences considérées comme ayant plus d’un fragment par ISP
Séquences ayant une homologie très faible par rapport au génome de référence