Zotero

François MAGNANfrancoismagnan@gmail.com

http://www.francoismagnan.info

Gérer ses références bibliographiquesUrfist de Toulouse – 02/12/2013

Plan

• 1/ Présentation de l'outil• 2/ Gérer les références présentes dans la bibliothèque• 3/ Récupérer les références depuis catalogues, sites, et

autres façons d’intégrer des références• 4/ Enrichir la bibliothèque

+ tri, recherche, (et sorties d’informations bibliographiques)+ ajout de documents, notes et liens aux références+ autres fonctionnalités : sauvegarde, marqueurs

• 5/ Insérer les références : liaison avec traitement texte• 6/ Zotero en ligne

1/ PRÉSENTATION DE L'OUTIL

Version : Firefox ou Standalone

• Version extension Firefox• Avantage : permet de voir le site ressource et

faire la capture en simultané = captures sur le web facilitées

• Version : zotero standalone• Permet d'utiliser Zotero indépendamment du

navigateur, se mettra en lien avec Chrome, Safari grâce à des plugins, compatible Firefox

Faire apparaître/disparaître Zotero :

• soit raccourci clavier ctrl + alt + Z (windows)• Soit clic sur icône "zotero" en bas à droite..• Soit par menu outils zotero

Interface : 3 panneaux

• 1/ La bibliothèque et ses "collections » (dossiers)• 2/ Liste des références du dossier sélectionné• 3/ Pour la référence sélectionnée, champs qui

contiennent les informations bibliographiques

2/ Gérer les référencesprésentes dans la bibliothèque

Organisation des collections

• Classer les références dans les collections facilite le travail• Le dossier nommé « ma bibliothèque » contient l’ensemble

des références réparties dans les collections, et les références non classées….

• Dossier spécial pour les éléments non classés : clic droit et création d’un dossier « Unfiled Tems/Documents sans collection »

Organisation des collections

• Faire glisser une référence d'une collection à une autre : elle est copiée (reste dans le dossier d'origine, une copie est faite dans le dossier cible)

Retirer un élément d’une collection ou le supprimer

• Dans une collection, clic droit sur une référence

• Retirer le document sélectionné de la collection => la référence sera dans la bibliothèque, non classée, hors collection

• Supprimer le document sélectionné de la bibliothèque => dans la corbeille

Supprimer une collection

• Seul le dossier de collection est supprimé, les éléments contenus restent dans la bibliothèque.

Modifier les références

• Le 3ème panneau à droite indique le type du document (livre, film, article de journal, page web etc.)

• Pour modifier le type, clic dessus

• Pour modifier rapidement le contenu des champs : raccourcis claviers :

• tab (tabulation) = vers le bas • Shift (maj.) et tab en simultané = vers le bas

3/ Récupérer les référencesdepuis des catalogues, des sites..

Liste de sites compatibles

• Parmi les sites compatible : Amazon, Arxiv.org, Citeseer, Biomed Central, Pubmed, ScienceDirect, Sudoc, Google Books et Google Scholar, Revues.org, etc..

Comment Zotero reconnaît les références bibliographiques

• références incorporées dans les pages web : liste des standards et formats compatibles

liste des standards : http://tinyurl.com/7jjcz8t ou www.zotero.org/support/fr/compatible_standards_and_software

• Des explications sur cette compatibilitéexplications : http://tinyurl.com/7hfun2z ou http://www.zotero.org/support/fr/make_your_site_zotero_ready

(comment rendre le site compatible avec Zotero…)

Récupérer des références

• Il est préférable de sélectionner la collection cible avant la récupération, ainsi les références seront bien classées

• Si aucune collection n'est sélectionnée, les références – non classées - iront dans "ma bibliothèque"

Récupérer la liste entière des références sur une page

une icône jaune apparaît

Clic dessus pour récupérer les références de la liste de résultat affichée par le navigateur (contenues dans la page web affichée)

• Après le clic sur l’icône jaune, sélectionnez dans la liste qui apparaît les références à récupérer

• Lorsque votre navigateur affiche la page de description d’un et un seul document l'icône propre au type précis (article, livre, film) de l'œuvre apparaîtUn clic sur cette icône, et les références du document seront enregistrées

• A chaque type de document son icône, quelques exemples :

Exercices : récupérer des références

• Trouver et classer entre 20 et 50 références Catalogue du Sudoc, en recherche avancée, rechercher des références de thèses

•Capturer des références sur la librairie Amazon, ou site de votre choix : Revue.org, Youtube, Flickr, etc...

Créer un nouvel élément à partir de la page

• Utile lorsque le site n'est pas compatible• Possible de créer une référence à partir des

métadonnées de la page affichée (p.ex. titre de la page)Lorsque le document (pdf, ppt, html, etc.) s’affiche dans le navigateur, clic sur l’icône bleue « créer un nouvel élément à partir de la page »

• Capturer les références d’une page web sur un site non compatible avec la fonction « créer un nouvel élément à partir de la page »

• Exercez vous sur des pages non reconnues par Zotero

Application : créer un nouvel élément à partir de la page

Précision sur « créer un nouvel élément à partir de la page »

• Si dans les préférences (générales) de Zotero, "faire une capture automatique de la page lors de la création d'éléments à partir de pages Web" est sélectionné, le fichier ouvert (html, pdf, etc.) sera récupéré en même temps et attachée à la référence qui aura alors le statut "page web »

Créer manuellement une référence

• 1 - avec l'icône verte, choisir le type de document

Récupérer une référence par ISBN

• Insérer une référence par ISBN (International Standard Book Numbers), DOI (Digital Object Identifiers) or PMID (PubMed Identifiers)

Insérer des références d'une bibliographie réalisée sur un traitement de texte

Passer par un outil de gestion des références bib. en ligne : Wizfolio, coller les références bibliographiques

Les exporter depuis Wizfolio, puis les importer dans Zotero

Voir explications en bas de page ici :http://wiki-urfist.unice.fr/wiki_urfist/index.php/

ZOTERO_un_Logiciel_de_bibliographie_2.0ou : http://bit.ly/d1Vzgj

4/ Enrichir la bibliothèque

Dédoublonnage

Doublons répérés automatiquement

Clic pour fusion des doublons

Tri

• Dans le deuxième panneau, il est possible de trier les références par titre, créateurs, etc..Positionner la souris sur l’intitulé du champs et clic pour trier

• Pour un meilleur tri, il est possible de faire apparaître davantage de champs

Recherche

• Pour une recherche de référence rapide dans tous les champs, écrire un mot dans le champ recherche

• Explication complémentaires : http://www.zotero.org/support/searching

• Recherche avancée, clic sur la loupe

• Il est alors possible d’enregistrer la recherche sous la forme d'un dossier qui se mettra automatiquement à jour avec les nouveaux éléments de Zotero s'ils correspondent aux conditions de la recherche

sortie d'informations bibliographiques , depuis la bibliothèque

• Sans liaison automatique avec le traitement de texte• Choisir style bibliographique par défaut : préférences

de Zotero, puis exportation• Sélectionner une collection ou des références. Clic

droit sur la sélection, puis choisir l'option « créer une bibliographie »

Choisir le style

• Choisir le format de sortie : rtf, html, copier dans presse-papier, impression directe

Rapport

• Clic droit sur la sélection, choisir l'option générer un rapport

• Tous les champs non vides figurent sur le rapport, un fichier html s’ouvre dans le navigateur

Exercice : sortie d'informations bibliographiques, tri, recherche

Créer une bibliographie à partir d'un dossierCréer une bibliographie de l'ensemble des références capturéesCréer une bibliographie des réf. de thèses que vous avez capturées, puis générez un rapport à partir de ces thèses

• Générer un rapport sur les cinq dernières références ajoutées dans la bibliothèque.

• Créer un dossier de recherche avec les thèses récupérées, puis ajouter une nouvelle thèse dans la bibliothèque. Se place t‘elle bien dans le dossier de recherche adéquat ?

Capture de documents• Zotero capture des documents web (thèse, article,

page html, image, etc.)• le document est attaché à sa référence

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Capture de la page qui s’affiche dans la navigateur

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Lorsque le document s’affiche dans le navigateur, clic sur l’icône bleue « créer un nouvel élément à partir de la page ». Une référence (statut "page web") est alors créée.

Si dans les préférences de Zotero, "faire une capture automatique de la page lors de la création d'éléments à partir de pages Web" est sélectionné, le fichier ouvert sera récupéré en même temps que la référence

Autre méthode• Sélectionner la référence. Clic sur l’icône trombone sélectionner

« Joindre une capture »

• Autres choix : – Joindre le lien : établit un simple lien hypertexte entre la

référence et le doc en ligne – Attach Stored Copy of File : permet de faire une capture d’un

document disponible en local (la 3ème méthode…)– Attach Link to File : lien entre référence et document local– Le plus simple : réduire le navigateur, depuis le dossier qui

contient les fichiers, les faire glisser avec la souris jusqu’à Zotero

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Capture des PDF Récupérer les métadonnées du pdf

• Capture d’un document pdf : Clic-droit sur le PDF capturé, choisir : récupérer les métadonnées du pdf pour que Zotero créer une référence d’après les métadonnées du pdf. Ne marche pas toujours…

• Sur certaines base de données d´articles scientifiques en texte intégral (Science Direct) la capture des pdf est automatique lors de la capture d’une simple référence, si dans les options de Zotero « joindre automatiquement les pdf » est coché

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Récupérer les métadonnées PDF• La méthode la plus directe que Zotero emploie est se servir du

DOI (Digital Object Identifier ou identifiant d'objet numérique) inclus dans le document PDF, mais ce n'est pas la seule.

• Si Zotero identifie le document PDF dans Google Scholar, il crée un nouvel item dans la bibliothèque, télécharge les métadonnées bibliographiques, et relie le document PDF à ce nouvel item.

• Extraits de http://www.zotero.org/support/fr/retrieve_pdf_metadataou http://tinyurl.com/bf5oql5

Zotfile étend les possibilitésde gestion des pdf de Zotero

• CF le blog francophone Zotero :• http://zotero.hypotheses.org/467• Permet – de renommer (la manière de le faire est configurable) et

de gérer les attachements Zotero,– de synchroniser des PDFs entre votre ordinateur et votre

tablette– d’extraire les annotations faites dans le ficher PDF sur

votre tablette (ou ailleurs) pour les transformer en notes rattachées à votre item zotero

Créer des notes

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Zotero peut aussi gérer vos notes indépendantes ou liées aux références

Clic sur cette icône pour créer une note

Note parente, ou dépendante d’une référence

Dans le 3ème volet, remarquer l’éditeur de notes

Créer une note « à la volée »

• Il est possible, en lisant un article sur le Web, de sélectionner du texte que voulez capturer, puis clic-droit : choisir Zotero, créer une note Zotero à partir de la sélection Une référence est créée, une note l'accompagne contenant le texte sélectionné (et la page web est capturée si l'option "capture automatique" est cochée dans les préférences)

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Exercices : notes

• Créer note indépendante et attachée.• Créer une note à partir d'un texte sélectionné

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Les marqueurs (1)

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•Cette fonction permet d’ajouter/gérer des « tags » ou mots-clefs à une référence

•Clic sur une flèche en bas du premier panneau pour les faire apparaître/disparaître

Les marqueurs (2)

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Le sélecteur de marqueur peut faire apparaître tous les marqueurs utilisés dans la bibliothèque,

Si clic sur un ou plusieurs marqueurs, seules les références contenant ces marqueurs apparaîtront

Les marqueurs (3)

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Dans le troisième panneau, choisir l’onglet « marqueurs »

•Vous pouvez alors ajouter les marqueurs (mots-clefs) un par un

Les marqueurs (4)

• Pour ajouter un marqueur à plusieurs références en même temps :

– Sélectionner plusieurs références dans le deuxième panneau

– Les faire glisser vers un marqueur

Sauvegarde et export de la bibliothèque

Usages :• Sert à transférer des références d’un logiciel à

un autre (p. ex. Zotero vers Endnote• Vers la bibliothèque d’une tierce personne,

aussi pour faire une sauvegarde régulière de votre bibliothèque (choisir format Zotero RDF)

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Export de la bibliothèque (2)

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Clic droit sur « ma bibliothèque ». Choisir le format d’exportation

Seul le format Zotero RDF permet une

sauvegarde complète, avec les fichiers attachés.

5/ Insérer les références

Plugin de liaison avecle traitement de texte

Version standalone le plugin est intégré à l’outil

Zotero sur Firefox : sur le site de Zotero, www.zotero.org, clic sur Download puis word processor plugins

Dans la page qui apparaît, clic sur « install… plugin » qui correspond à votre système d’exploitation et à votre logiciel (Open Office, Word)

Styles bibliographiques et Zotero

Zotero : outil créé pour répondre aux besoins des chercheurs :Styles bibliographiques de Zotero = styles de revues scientifiques (très majoritairement) standardisés grâce au langage CSL

Les styles bibliographiques peuvent être séparés en deux grands groupes

le système dit de « Vancouver » avec des citations numériques qui renvoient à un numéro d'apparition dans la liste bibliographique (classement par ordre d'apparition dans le texte)

• le système de « Harvard » avec des citations « auteur-date » : binôme (auteur + date) pour la citation dans le texte , références dans la liste bibliographique (par ordre alphabétique et chronologique).

• En science exacte, la tendance est plutôt aux styles « auteur-date » bien que des revues prestigieuses (comme Science ou Nature) maintiennent l'utilisation d'un style numérique plus généralement utilisé en sciences humaines.

• http://infolit.be/LELiS/ch04s02.html d'après Bernard POCHET- Université de Liège

• http://infolit.be/LELiS/ch04s02.html • Bernard POCHET - Université de Liège – « Lire et écrire la

littérature scientifique » livre en accès libre :http://www.infolit.be/LELiS/ar01.html

Styles numérotation : Les possibles insertions de Zotero dans le traitement de texte (1)

Numéro d’appel=> inséré par icône « citation »

Réf zone bas de pagepar ordre de numéro => insérée par icône « citation »

Bibliog. fin de documentpar ordre alphab. auteur=> insérée par icône bibliography

Styles CSL avec numéro d’appel, références numérotées en zone bas de page et biblio finale classée selon ordre alpha. auteurs

Modern Humanities Research Association Note with bibliographyChicago Manual of style (full note)Chicago Manual of style (note)

Styles numérotation : Les possibles insertions de Zotero dans le traitement de texte (1)

Numéro d’appel=> inséré par icône « citation »

Bibliog. fin de documentpar ordre numérotation=> insérée par icône « bibliography »

Styles numérotation : Les possibles insertions de Zotero dans le traitement de texte (2)

Styles CSL avec Numéro d’appel, (pas de références numérotées en zone bas de page) et biblio finale classée selon ordre apparition dans le texte IEEE Nature JournalVancouver

Styles numérotation : Les possibles insertions de Zotero dans le traitement de texte (2)

Styles au format (auteur date) proposés par Zotero

American Anthropological Association American Psychological Association 6th Edition Cell Chicago Manual of Style author date Elsevier’s Harvard Style (with titles) Modern Langage Association

Styles auteur date : Les possibles insertions de Zotero dans le traitement de texte

Auteur et date=> insérés par icône « citation »

Bibliog. fin de documentpar ordre alphab. auteur=> insérée par icône bibliography

• Dans le document que vous rédigez, placez le curseur là où vous souhaitez insérer l'appel

•Cliquez sur le bouton d'insertion d'une citation (première icône) Choisir le style à utiliser

La barre d'outil Zotero apparaît dans le ruban compléments1ère icône : insère la citation : choix du style (lors de la première

insertion,) choix de la référence et insertion de la citation2ème : modifier une citation déjà insérée (le curseur doit être à

l’intérieur de la note de bas de page ou de fin de section)3ème : pour insérer une bibliographie (récapitulative des insertions)4ème modifier la bibliographie (si le curseur est à l’intérieur d'une

biblio.) 5ème : mettre à jour vos insertions par rapport à la base Zotero (si un

nom d’auteur modifié dans Zotero, le document se mettra à jour et incorporera la modif.)

6ème : changer le style biblio. Affecte tout le document, mieux vaut le sauvegarder avant.

7ème : Remove codes (attention, les insertions ne pourront plus être mises à jour, mieux vaut sauvegarder le document avant)

Insertion d’une citation

Editeur de citations

• Editer une citation : il faut pour cela que le curseur soit positionné dans la citation à éditer

• Pour insérer la bibliographie, se positionner à l'endroit où elle devra apparaître, et clic sur la 3ème icône.

Editer la bibliographie : pour cela, il faut positionner le curseur dans une bibliographie insérée. Possibilité d'ajouter des éléments ou d'en retirer.

CSL• CSL (Citation Style Language ) : langage basé sur XML décrit

références et bibliographies finales utilisé par Zotero, Mendeley, Qiqqa et PandocLe projet CSL comprend un dépôt de styles (https://github.com/citation-style-language/styles), qui contient plus de 1500 styles correspondant à autant de standards bibliographiques spécifiques. Il est possible d'effectuer des recherches dans ces différents styles par le biais du dépôt Zotero de styles : http://zotero.org/styles

2 versions de CSL0.8.1, utilisée dans Zotero 2.0.x1.0, utilisée dans Zotero 2.1 - Zotero 2.1 peut lire les styles CSL 0.8 s’ils sont complètement valides

Eléments principaux de syntaxe http://www.zotero.org/support/dev/citation_styles/csl_0.8.1_syntax et

http://citationstyles.org/downloads/primer.htmlDans chaque feuille de style, on retrouve les trois rubriques suivantes (après

les données d'identification classiques, du type "nom de l'auteur du style" etc.) :- les macros, éléments de code pré-assemblés que l'on ré-emploiera par la suite. C'est là, que l'on créera une macro pour désigner l'auteur (ordre entre le nom/prénom, initialisation, majuscules, etc.). Vous pouvez créer les macros que vous voudrez, avec les noms que vous souhaiterez, dès lors qu'elles incluent des éléments reconnus par Zotero, faisant référence aux champs de chaque référence en bas à droite du volet Zotero (tels que les catégories « type de documents », « titre », ou plus exactement leurs équivalents anglais) - une section consacrée aux notes de bas de page, dans laquelle on peut reprendre tout ou partie des macros précédentes ;- une section destinée à la bibliographie en fin de texte, dans laquelle on peut reprendre, là encore, des macros élaborées dans la première section.

• Pour un aperçu des styles proposés par Zotero, taper dans la barre d’adresse :chrome://zotero/content/tools/cslpreview.xul

• Ou Préférences/avancées/CSL PreviewCet outil crée des citations pour les documents sélectionnés dans votre copie de Zotero pour tous les styles CSL installé.

6/ Zotero outil en ligne

• bibliothèque en ligne, privée ou publique

• Travail collaboratif

• Réseau social : affichage possible des contacts, messagerie en ligne

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Ouvrir un compte sur le site Zotero

• http://www.zotero.org/

• Clic sur "register" pour ouvrir un compte ou sur "login" pour accéder à un compte existant

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Synchronisation local-distant

• A moins que vous ne choisissiez vous même une option de synchronisation particulière, vos données en local ne pourront pas être perdues/écrasées.

• Il est plus prudent de faire par vous même des sauvegardes en local en exportant la bibliothèque

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Synchronisation : fusion, option la plus courante

• Le travail s’effectue en local, il est demandé à la bibliothèque en ligne de se mettre automatiquement à jour..

• => Par défaut, le processus de synchronisation de Zotero fusionne les données du client (local) Zotero et du serveur Zotero.

• Fusion : donnera toujours la priorité au local

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Synchronisation • puis Préférences• Icône puis onglet "Settings" pour

s'identifier : login et mot de passe du compte Zotero

• Fusion : clic sur l’icône verte de synchronisation (ou laissez coché : synchro. Automatique dans les préférences)

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Le compte en ligne

• Onglet My Library pour afficher la bibliothèque

• Seul le titulaire du compte peut voir la librairie en ligne, sauf modification des paramètres

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Notez l'adresse : http://www.zotero.org/login

Rendre visible la bibliothèqueen ligne

• Sélectionner "Settings" puis onglet "Privacy"

– Vous pouvez spécifier que vos notes seront elles aussi visibles

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Groupes de travail

• le groupe a son adresse, ses membres : bibliothèque commune

• Choix lors de la création du groupe :– Visibilité publique, entrée libre– Visibilité publique, entrée réservée– Visibilité privée, entrée sur invitation

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Groupe de travaildroit des membres et

réglages propres à la bibliothèque

• Le fondateur du groupe a un statut de propriétaire : peut supprimer le groupe

• Membres sont soit admin, soit simples membres

• Réglages propres à la bibliothèque : – Qui peut ajouter supprimer éléments : soit membres, ou admin

(par défaut)– Qui peut accés au fichiers attachés : soit membres, ou admin (par

défaut)

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Ressources

• Tutos vidéos zotero : http://tinyurl.com/bcjalyy

• Blog Zotero francophone : http://zotero.hypotheses.org

• Scoop-It (sélection d’infos) Zotero : http://www.scoop.it/t/zotero