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Date : Du 27 au 28septembre 2019
Pays : FRPériodicité : HebdomadaireOJD : 388700
Page de l'article : p.66-74Journaliste : Lola ParraCraviotto
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LES CHASSEURSDE VIRUS
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Partout dans le monde, des chercheurs tentent de prévenir les prochainesépidémies, étudiant des pathogènes et des mutations jusqu’alors
inconnus auprès des animaux qui les portent. Depuis les forêts de Guinéejusqu’aux laboratoires futuristes de Californie, nous sommes partis
à la rencontre de ceux qui luttent contre un nouvel Ebola.
De nos envoyés spéciaux Lola Parra Craviotto (texte) et Olivier Laban-Mattei/MYOP (photos)
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IW
Dans la region de Kindia, en
Guinée, les nombreuses grottespermettent d’étudier les
chauves-souris infectieuses.
"Si «aw
nâ£
Philippe Kolié. vétérinaire,examine une chauve-
souris à l'aide de gants
pour éviter toute morsure.
V
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Chaque pandémie coûte plus de 35 milliards d’euros à l’économie
mondiale, en personnel médical, centres de traitement, quarantaine...Sur l’écran, une imageen noir et blanc pré
sente de longues
bandes verticales
quelque peu diffuses.Elles illustrent des
fragments d’ADN
issus d’un échan
tillon de salive pré
levé sur un rat au Ghana. Brett
Smith, technicien du laboratoireOne Health Institute de l’université
de Californie à Davis (UC Davis), se
penche sur le cliché. « Ça pourrait
être positif », suggère-t-il, tout enmesurant à la règle la longueur de
chaque bande. Il cherche des taillesspécifiques pour déterminer si ce
prélèvement contient un virus.
Sur le plan de travail, une dizained’autres échantillons attendent leur
tour. Avant de se faire photogra
phier sous des rayons ultraviolets, ilsreposent dans de petites cuves
d'électrophorèse aux couleurs fluo
rescentes. Sous l’effet d’un champ
électrique, les molécules d’ADN
bougent à travers un gel en fonction
de leur taille, pour que l’on puisseensuite les mesurer sur l’échelle de
marqueur de poids moléculaire.« Lorsqu’un échantillon correspond à
l’une des tailles que l’on recherche, onséquence V ADN pour identifier le
virus qui pourrait être présent. »
FAIRE L’INVENTAIRE DES VIRUS
Brett Smith est un chasseur de virus.
Muni d’une blouse blanche, de
gants et de lunettes de protection, illes traque à partir de milliers
d’échantillons débusqués aux qua
tre coins du monde dans le cadre du
projet Predict. L’objectif est simple :anticiper la prochaine pandémie
mondiale, en découvrant de nouveaux virus avant qu’ils ne s’atta
quent à l’homme. Initié en 2009,Predict fait partie du programme
des menaces pandémiques émer
gentes de l’Agence des Etats-Unis
pour le développement internatio-
nal (USaid), qui l’a doté de
178,5 millions d’euros sur dix ans.
« A chaque nouvelle pandémie, onrentre dans un cycle de panique et de
course contre la montre qui coûte
habituellement plus de 35 milliards
d’euros à l’économie mondiale. En
personnel médical, centres de traite
ment, quarantaine, communica
tion... Sans oublier l’impact sur le
trading ! », explique Jonna Mazet,directrice de Predict et professeure
en épidémiologie. « Pour devancer
les épidémies, on doit savoir combien
de virus circulent, lesquels sont capa
bles d’infecter l’être humain, ainsique les circonstances qui facilitent
cette transmission. On examine alorsles familles virales qui peuvent abri
ter des pathogènes hautement mena
çants pour l’homme, et que nousn'avons jusque-là jamais rencon
trés. »
A ce jour, ils ont détecté plus d'un
millier de virus, dont Bombali, uneespèce d’Ebola découverte en 2018
chez des chauves-souris en Sierra
Leone. Si les analyses ont démontréqu’elle a la capacité d’infecter les
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En comprenant comment et pourquoi
les virus évoluent, on permettra de créerde nouveaux vaccins et traitements
cellules humaines, on ignore, pour
l'instant, s'il s’agit d'un pathogène
chez l’homme.
Depuis une décennie, les chercheursde Predict sont partis à la chasse de
ces agents infectieux dans une tren
taine de pays d'Amérique latine,
d’Afrique et d’Asie. Là où la biodiversité animale et la densité de
population humaine sont impor
tantes, favorisant la propagation de
virus de l’animal vers l’homme.C’est dans ces zones sensibles que
les chercheurs prélèvent des échan
tillons tant sur la population que sur
les espèces sauvages. « Vu que la plupart des épidémies récentes ont été
provoquées par des zoonoses, desmaladies transmissibles entre l’ani
mal et l'homme, on doit surveiller
davantage ce type d’infection »,
assure Tarik Jasarevic, porte-parolede l’Organisation mondiale de la
santé. Depuis 2017, l'OMS place cequ’elle a nommé maladie X sur la
liste des affections représentant une
menace prioritaire. « La maladie Xsymbolise la prise de conscience d’un
pathogène encore inconnu, ou dont
les caractéristiques auraient changé,et qui pourrait provoquer une très
grave épidémie. »Pas étonnant alors que les cher
cheurs traquent également de nou
velles souches et d’autres maladies
émergentes. Comprendre commentet pourquoi les virus évoluent pour
rait conduire à la mise au point de
vaccins et de traitements. Bien que
Predict touche à sa fin en 2019,d’autres chasseurs de virus poursui
vent leurs traques au sein de projets
comme Ebo-Sursy, qui prend place
dans 10 pays d'Afrique, dont la Gui
née.
Dans la région de Kindia, à l’est
du pays, notre véhicule tout-terrains’enfonce sur une route poussiéreuse
entre d’imposants manguiers et
bananiers avant de parvenir à Koba-
Pastoria, une localité faite de rues enterre battue et de maisons en toit de
chaume. Nous accompagnons leséquipes d'Ebo-Sursy lors d’unejournée de prélèvements sur des
chauves-souris, dans un pays hanté
par les souvenirs de l’Ebola. « On raconte habituellement aux villageois
qu’on vient tout simplement étudier
les chauves-souris. Le mot virus n’estpas évoqué et encore moins celui
d’Ebola ! », s’exclame le vétérinaire
Philippe Kolié, tout en enfilant unediscrète combinaison de travail grise
et bleue, en vue de passer inaperçu.
« L’année dernière, on prélevait à Kis-
sidougou, au sud du pays, lorsqu’ungroupe de paysans est venu à notre
rencontre. On a été accusés d’injecter
de LEbola aux animaux. Peu importait à leurs yeux si le préfet et même
l’imam avaient validé notre mission :
on a dû prendre la fuite sous une pluie
de cailloux ! »
DÉBUSQUER LES ESPÈCES
RÉSERVOIRS
Lancé en 2017, ce programme quinquennal financé à hauteur de 8 mil
lions d’euros par l’Union euro-péenne est coordonné par
l’Organisation mondiale de la santé
animale (OIE), en partenariat entre
l’Institut Pasteur, le Centre de coopération internationale en recher
che agronomique pour le dévelop
pement (Cirad) et l’Institut de
recherche pour le développement
(IRD). Son objectif initial étaitd’améliorer la détection précoce de
cinq zoonoses majeures, dont
Ebola, Marburg et Lassa. « Cepen
dant, le projet a été élargi pour ne
passer à côté d’aucune piste »,
précise Alpha Keita, chercheur enmicrobiologie à l’IRD et —
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Le sang prélevé sur cette
chauve-souris peut abriter
des virus ou des
mutations inconnus.
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On multiplie l'ADN
pour mieux détecter
la séquence virale
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Une bonne partie de la population refuse de croire qu’Ebola
viendrait des chauves-souris, foyers de nombreux virus
responsable des laboratoires du
Centre de recherche et de formation
en infectiologie de Guinée (Cerfig).
« Lorsqu’on réalise des prélèvements,on regarde tout pathogène inconnu ou
toute nouvelle souche que chaque
échantillon abrite potentiellement. »
La nuit tombée, l’équipe approcheles grottes de Fônmèdè après avoir
traversé une végétation luxuriante.
Munis d’un GPS, de lampes fronta
les et de bottes en caoutchouc, lesmembres de l’équipe posent un
piège harpe dans la première des
grottes : lorsque les chauves-souris
prendront leur envol, elles se heurteront aux mailles en nylon de ce
grand filet de capture, tendu entre
deux perches. Elles glisserontensuite dans un bac situé en dessous
du cadre, pourvu de poches empê
chant leur fuite.Ces mammifères sont soupçonnés
d’être le réservoir de l’Ebola, et deservir d’habitat au pathogène sans
en être infecté. « Les chauves-sourisont appris ci cohabiter avec nombre
de virus. Beaucoup plus que d'autres
réservoirs comme les primates, les
oiseaux ou même les humains »,
explique Alpha Keita.
DES LABORATOIRES MOBILES
Un virus qui tue son hôte n’est pas
un virus qui a réussi, puisque,
comme tout parasite, il a besoin de
celui-ci pour se multiplier. Mais cer
tains deviennent rusés, comme
l'herpès, qui a appris à se dissimuler
dans le système nerveux de l’hôte, làoù les défenses immunitaires sont le
moins susceptibles de l'attaquer.
« Pour lutter contre un virus, il fautconnaître les mécanismes qui se met
tent en place lorsqu’il infecte son
hôte, affirme Noël Tordo, virologueet directeur de l’Institut Pasteur de
Guinée. Ils ne peuvent être que des
parasites, puisqu’ils ne disposent paseux-mêmes d’une autonomie suffi
sante pour survivre. Ils s’avèrent parexemple incapables de fabriquer
leurs propres protéines et doivent
alors se servir du ribosome de l’hôte
pour y parvenir. »
Ce soir-là, une douzaine de petiteschauves-souris insectivores tom
bent dans le piège harpe. Les mainsprotégées par d’épais gants de
contention, Philippe récupère fer
mement chacun des mammifères.
Les uns après les autres, ils sontmesurés et pesés dans le laboratoire
portable installé sur une table.
Souana Goumou, biologiste et
assistant technique du projet, pré
lève ensuite, à l’aide d’un coton-tige,un échantillon de salive chez la pre
mière chauve-souris, arrache quelques poils de son pelage ambré et
pique soigneusement avec un poin
çon l’une des ailes. L’animal se
rebelle et montre ses dents, tandis
que son cœur bat à grande vitesse.
DES NOURRITURES INFECTÉES
Lorsque les premières gouttes de
sang coulent, Souana les récupère
sur un papier buvard. Avant de relâ
cher l’animal. Alpha vérifie à sontour l'espèce à laquelle il appartient
dans un livre sur les chauves-souris
d’Afrique, alors que des enfants
l’entourent. « Miam... Celle-là, elleest bonne ! » confie l’un des petits en
parcourant les différentes espèces
avec Alpha. « On la mange grillée
avec du piment et du sel. » Abasour
dis, nous leur demandons s'ils n’ontpas peur de se faire mordre par l’un
de ces chiroptères, vecteurs de tant
de maladies. Les enfants sourient etrécupèrent des cailloux par terre
qu’ils lancent en direction de celles
qui survolent nos têtes. « Ils tententde percer leurs ailes avec des pierres
pour les empêcher de voler. Une fois
par terre, ils achèvent l’animal. Par
fois, ils se font mordre. Nous devronsdiscuter avec les chefs du village pour
apprendre à la communauté à vivre en
paix avec les espèces réservoirs »,
explique Alpha Keita. « L’Ebola aété surtout ravageur en Guinée fores
tière, au sud du pays, où une grandepartie de la population se nourrit de
viande de brousse. » Bien qu’interdite peu après le début de l’épidémie
d’Ebola, elle est encore consomméeclandestinement par certains Gui
néens. Ils risquent alors d’attraper
toutes sortes de maladies, en entranten contact avec les fluides d’une
espèce réservoir au moment de la
chasse ou du découpage.
Dans un quartier excentré de Kindia,
Agnès, une jeune femme enceinte de
son troisième enfant, nourrit safamille grâce à des plats à base de
viande de brousse. A l’intérieurd’une marmite dégageant une forte
odeur, on remarque le bassin et les
côtes d’un primate cuisiné. Vu qu'unkilo de bœuf coûte ici 42 000 francs
guinéens, Agnès achète des petits
babouins, moins coûteux au poids,pour en faire 25 plats de 5 000 francs
chacun. Des petits prix si attirantsque ses clients parcourent plusieurs
kilomètres pour déguster ses prépa
rations. Son regard est méfiant
envers nous. Elle et certains de sescompatriotes sont loin de changer le
mode d’alimentation qu’ils défen
dent âprement.Bon nombre de Guinéens refusent
encore de croire que l’origine de l'épi
démie d'Ebola est due aux animaux.Les théories complotistes s’avèrent
d’ailleurs nombreuses. « Nous avonstoujours vécu avec les chauves-souris
sans que rien ne se passe. Ça n’a pas desens qu’elles soient des vecteurs de
maladies mortelles», nous raconte un
homme âgé, drapé d'un boubou etassis paisiblement sur une chaise à
même la rue. « Cette maladie a été
importée par les étrangers. Les réfugiés issus de la guerre civile en Sierra
Leone et en Libye l’ont amenée. En
Guinée, il n’y a jamais eu d’Ebolaavant leur arrivée ! »
VERS DAVANTAGE D’ÉPIDÉMIES
Il ignore qu’avec la mobilité des
hommes, le raccordement des populations et le développement des
moyens de transport, les virus voyagent plus facilement au-delà des
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A l'avenir, il y aura davantage d’épidémies.
1,6 million d’espèces virales seraient à ce jour inconnues
frontières. L'introduction del’Ebola au sein de zones fortement
peuplées a joué un rôle primordial
dans sa vitesse de propagation
durant la crise en Afrique de
l’Ouest. La vie de plus de 11 000 personnes a été emportée entre 2013
et 2016.
Depuis le milieu du XXe siècle, lerythme d’apparition de nouvelles
pathologies mortelles a augmenté
en raison d’une démographie galo
pante et de la disposition de nou
veaux outils technologiques pour
diagnostiquer les virus. « A l’avenir,
il y aura davantage d’épidémies »,
prédit Christine K. Johnson, profes-seure en épidémiologie et santé des
écosystèmes à l’UC Davis et direc
trice de la surveillance humaine et
animale pour Predict. « D’une part,parce qu’on empiète de plus en plus
sur la forêt, et d’autre part, à cause duchangement climatique : les espèces
migrent, apportant avec elles un bon
nombre de virus, inconnus ou non.C’est déjà le cas des moustiques
portant la dengue ou te zika. » La cartographie actuelle des virus est donc
devenue obsolète.Les chercheurs de Predict ont
d’ailleurs détecté du Marburg sur des
chauves-souris en Sierra Leone, unfîlovirus létal que l’on ne croyait pas
présent en Afrique de l’Ouest. Quant
aux équipes d’Ebo-Sursy, elles ontégalement trouvé des traces d’anti
corps d’Ebola sur des chauves-souris
au Cameroun, un pays épargné par
la récente épidémie. C’est la raisonpour laquelle ils privilégient les fron
tières pour prélever des échantillons
et suivent la migration de ces chirop
tères en les baguant.
LA GUERRE EST DÉCLARÉE
Dans la mesure où Predict a estimé
à plus de 1,6 million le nombre d’es-pèces virales inconnues dont
700 000 auraient le potentiel d’in
fecter l’homme, un nouveau projetvisant à compléter ces travaux
devrait bientôt démarrer sur le ter
rain : le Global Virome Project.
Cette initiative mondiale, menée parun groupe de scientifiques et de
décideurs politiques, est également
dirigée par Jonna Mazet, persuadéeque dans dix ans on saura presque
identifier la totalité de ces pathogè
nes inconnus. Sans oublier qu’ils
peuvent muter à terme. « Les virusne se multiplient pas strictement à
l’identique, mais en créant parfoisune multitude de descendants diffé
rant par mutation du modèle origi
nal, précise le virologue Noël Tordo.Ces mutants sont le plus souvent des
tinés à s’éteindre, mais si une diffi
culté se présente - par exemple un
anticorps généré par le système
immunitaire de l’hôte infecté - et que
le virus original ne passe pas, il y aplus de chances que le mutant y par
vienne, puisqu’il s’avère encore
inconnu du système immunitaire. »Dans cette guerre sanitaire perpé
tuelle, homme et virus ont doncadopté une stratégie similaire : antici
per les attaques de l’ennemi pour assu
rer sa survie. Lola Pana Craviotto