Post on 04-Apr-2015
Évolution des répertoires géniques
Équipe Bioinformatique et Génomique Évolutive
BBE
BactériesBactéries
EucaryotesEucaryotes
ArchéesArchées
BBE
~ 60 gènes en commun
~400 - 10000 gènes
~2000 - 40000 gènes
~400 - 5000 gènes
Les génomes comme révélateurs de la diversité du vivant
BBE
E. coli S. typhimurium Y. pestis CO92 Y. pestis KIM
B. aphidicola
W. brevipalpis
H. infuenzae P. multocida V. cholerae
P. aeruginosa X. fastidiosa X. axonopodis X. campestris
418342033599
3879564653
17092015
2724+1081
55402680
4192
4029 275 gènes
Diversité des répertoires géniques au sein des Gamma-Protéobactéries
BBE
Diversité des répertoires géniques au sein de l’espèce Escherichia coli
4288 5016
5060
Welch et al., 2002
BactériesBactéries
EucaryotesEucaryotes
BBE
ArchéesArchées
Le renouvellement des répertoires géniques
BactériesBactéries
EucaryotesEucaryotes
BBE
ArchéesArchées
Endosymbioses (transferts de génomes)
Le renouvellement des répertoires géniques
BactériesBactéries
EucaryotesEucaryotes
BBE
ArchéesArchées
Endosymbioses (transferts de génomes)
Le renouvellement des répertoires géniques
Duplications complètes de génome
BactériesBactéries
EucaryotesEucaryotes
BBE
ArchéesArchées
Transferts de gènes entre espèces
Acquisitions de gènes (mais d’où?)
Le renouvellement des répertoires géniques
BBE
La mise en évidence des transferts horizontaux
AA
BB
CC
DD
AA
BB
CC
DD
A) Conflit phylogénétique
AA BB CC
gainsgains
B) Différences de contenus en gènes
DD
Une fraction importante de ces gènes n’a pas d’homologues dans d’autres espèces
GENES « ORPHELINS »
Pseu
dom
onas
E. c
oli k
12
Vibr
io
Yers
inia
Salm
onel
la
Esch
eric
hia
BBE
Les gènes « orphelins » d’E. coli selon leur date d’acquisition
““OORRFFaanns”s”
Plus jeunesPlus jeunes Plus vieuxPlus vieux
42
46
50
54
58
% G
+C
3 ch
ez E
. co
li K
12
60
Escherichiacoli K12
BBE
Les gènes « orphelins » présentent des caractéristiques de gènes de bactériophages
ou de plasmides
Rocha et Danchin, 2002
BBE
Les gènes « orphelins » sont associés en clusters et souvent proches d’éléments
mobiles
50.79
BBE
Les mécanismes de l’innovation génique